Tema 3.

Aminocidos, pptidos y protenas 1

TEMA 3. AMINOCIDOS, PPTIDOS y PROTENAS
1. Estructura y clasificacin de los aminocidos.
2. Propiedades cido-base de los aminocidos y pptidos
3. El enlace peptdico
4. Pptidos: hidrlisis y secuenciacin
5. Clasificacin y funcin de las protenas
6. Niveles estructurales de las protenas
1. Estructura y clasificacin de los aminocidos.
Como su nombre indica los aminocidos son compuestos que poseen un grupo amino (-
NH
2
) y un grupo cido (carboxlico -COOH) en su estructura. Los aminocidos son
los precursores de los pptidos y las protenas, y en ellos el grupo amino y el grupo
carboxilo, se encuentran unidos al mismo tomo de carbono, conocido como carbono-
(-aminocidos). La estructura general de los -aminocidos (a excepcin de la
prolina, que es cclica) es la siguiente:





Como se puede apreciar el carbono- (a excepcin de la glicina) es un carbono quiral y
como tal presenta dos enantimeros (L- y D-). Los 20 -aminocidos presentes en las
protenas son de la serie L- y en su representacin de Fischer poseen el grupo amino
hacia la izquierda. La diferencia entre los aminocidos viene dada por el resto -R, o
cadena lateral, unida al carbono-. Atendiendo a la naturaleza del grupo -R los aa
s

pueden clasificarse en:
Neutros o apolares
Polares sin carga
Polares con carga negativa
Polares con carga positiva

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las Fig. 1, 2 y 3 recogen (a pH 6-7) los 20 L--aminocidos.
Apolares:
Son 8 los aminocidos que se clasifican como poseedores de cadenas laterales no
polares. La alanina, valina, leucina e isoleucina, poseen cadenas laterales de
hidrocarburos alifticos. La metionina posee una cadena lateral de ter tilico (C-S-C).
La prolina:




es el nico aminocido cclico, pues el grupo -R se cierra sobre el N del grupo -amino
(realmente es un imino-cido). Por su parte, la fenilalanina y el triptfano contienen
grupos aromticos.
Polares sin carga
Siete son los -aminocidos cuyo resto -R es polar pero sin carga. La glicina posee la
cadena ms simple, un tomo de hidrgeno. La serina y la treonina son portadores de
un grupo hidroxilo (-OH). La asparragina y la glutamina, poseen cadenas laterales
portadoras de un grupo amido. La tirosina posee un grupo fenlico y la cistena debe
su polaridad a la presencia de un grupo tilico (-SH).
Polares con carga negativa
Existen dos -aminocidos cuyo resto polar posee carga negativa, debida a la presencia
de un grupo carboxilo (-COOH) , el cido glutmico y el cido asprtico.
Polares con carga positiva
Tres son los -aminocidos que poseen restos -R cargados positivamente a pH
fisiolgico. La lisina posee una cadena lateral de butilamonio, la arginina presenta un
grupo -R de guanidina y la histidina es portadora de un grupo -R de imidazolio.

Esta clasificacin se ha realizado sobre la base del grupo -R, pero es importante indicar
que a pH fisiolgico (pH 7,3), el grupo -amino se encuentra cargado positivamente y

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el grupo -carboxilo lo est negativamente, por esta razn en la figura estos grupos
aparecen siempre cargados.
Dentro del conjunto de los aminocidos naturales, existen unos que pueden ser
sintetizados por las clulas humanas a partir de otras sustancias, pero tambin hay
aminocidos que debemos tomarlos en la dieta, ya que nuestras clulas no pueden
sintetizarlos, se conocen con el nombre de aminocidos esenciales y son: valina,
leucina, isoleucina, treonina, metionina, fenilalanina, triptfano y lisina.

2. Propiedades cido-base de los aminocidos y los pptidos
El pH del medio en el que se encuentre el aminocido es esencial para determinar sus
propiedades cido-base, aspecto tambin importante pues de ello dependen las
propiedades qumicas y la funcionalidad biolgica de los pptidos y protenas que
forman.
Las propiedades cido-base de un aminocido vienen determinadas por los grupos
protonables que posea. Un aminocido puede actuar bien como cido o como base
(sustancias anfteras), pudiendo tener hasta tres grupos con carcter cido-base: el -
amino, el -carboxilo y, en algunos casos, el resto -R. La Fig. 4 muestra los
aminocidos que poseen un grupo -R protonable. Lo importante es que estos grupos
poseen un carcter cido-base dbil, lo que hace que dependiendo del pH el
correspondiente equilibrio pueda desplazarse en un sentido o en otro (hacia la forma
protonada o hacia la desprotonada)
Veamos como afecta el pH a la valina. La val posee slo dos grupos protonables, el -
amino y el -carboxilo. A pH fisiolgico la valina presentara la siguiente estructura:




O
C C
O
-
CH
H
3
N
CH
3
+
H
3
C

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tomemos los grupos por separado y veamos como les afecta el pH. El grupo amino
presentara dos formas, una protonada (P) y cargada positivamente (-NH
3
+
), y otra
desprotonada (DP) y sin carga (-NH
2
), segn el siguiente equilibrio:
-NH
3
+
<=======> -NH
2
+ H
+
donde el pK 10 (pK= -log Ka)
si el pH aumenta, el equilibrio se desplaza hacia la derecha (dominando la forma con
carga 0) y si disminuye lo har hacia la izquierda (dominando la forma con carga +1).
Con el grupo -carboxilo ocurrira algo similar:
-COOH <=======> -COO
-
+ H
+
pK 2
en funcin del pH, la proporcin de forma protonada (carga 0) o forma desprotonada
(carga -1) variar, respetando siempre la constante de ionizacin del grupo en cuestin
si la temperatura se mantiene constante.
Supongamos que estamos ahora a pH 1, en estas condiciones tendramos exceso de
protones en el medio y ambos equilibrios estaran desplazados en un 100 % hacia las
formas protonadas. Si aumentamos el pH los equilibrios comenzaran a desplazarse
hacia la derecha hasta llegar a un pH muy bsico, momento en el que las formas
dominantes (al 100 %) seran las desprotonadas. Pero, qu ocurre a pHs intermedios?.
Para ello debemos tener en cuenta la Ka para cada equilibrio, o mejor dicho su pKa (que
sera el -logKa) (Fig.4). El grupo -amino de la valina tiene un pK de 10, y sto quiere
decir que a pH 10 el 50 % de los grupos amino estarn protonados (si tenemos 100
molculas de valina, 50 tendrn el grupo amino protonado y 50 lo tendrn
desprotonado, al menos tericamente, y segn se desprende de la constante de
ionizacin). Por su parte el grupo -carboxilo de la valina, que tiene un pK de 2, estar
protonado al 50 % cuando el pH del medio sea 2.
En general se consideran los siguientes puntos, para determinar el porcentaje de
protonacin de un grupo ionizable en un aminocido:


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Si el pH < pK el grupo esta al 100 % protonado
Si el pH > pK el grupo est al 100 % desprotonado
Si el pH = pK el grupo est al 50 % protonado
Existe un pH al cual la carga neta del aminocido es cero (si lo colocamos en un campo
elctrico no se desplazar hacia ninguno de los polos). El pH al cul un aminocido
posee carga neta cero recibe el nombre de punto isoelctrico (pI), que es la media
aritmtica de los valores de pK
1
y pK
2
que afectan al cambio de carga del aminocido.

3. El enlace peptdico
Los aminocidos se encuentran unidos en los pptidos y las protenas mediante un
enlace amida (-CO-NH-):







Este enlace se forma por reaccin entre el grupo -COOH de un aminocido y el -
amino del siguiente (con prdida de una molcula de agua) y recibe el nombre de
enlace peptdico (Fig. 5A).
Entre los aos 1930-1940, Pauling y Corey, mediante el estudio de Rayos X de cristales
de aminocidos, dipptidos y triptidos, dilucidaron la estructura tridimensional del
enlace peptdico. As, descubrieron que la unin C-N del enlace peptdico era ms corta
que en la mayor parte de los dems enlaces C-N y llegaron a la conclusin de que el
enlace deba tener algn carcter de doble enlace, por la aparicin de dos formas
resonantes:




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Luego dedujeron que los 4 tomos que rodeaban al enlace peptdico C-N (O, C, C,
H) estaban situados en el mismo plano, de tal manera que el oxgeno del grupo
carbonilo y el hidrgeno del N-H estaran en posicin trans- (Fig.5b). Esta ordenacin
es rgida, y es el resultado de la estabilizacin por resonancia de las formas
anteriormente citadas.
Partiendo de estos dos hechos, puede describirse el armazn de una cadena
polipeptdica como constituido por una serie de planos, con posibilidad de giro en los
C (Fig. 5B). De esta forma podemos escribir la estructura de un pptido como una
sucesin de planos en la que los grupos -R se van alternando (Fig. 5C).

4. Hidrlisis y secuenciacin de un pptido
Un pptido puede hidrolizarse por diferentes mtodos. Algunos permiten la escisin de
todos los aminocidos (hidrlisis total), y otros, ms selectivos, permiten "macar" y/o
separar a uno de los aminocidos (hidrlisis diferencial). De tal forma que incluso
puede determinarse la posicin que ocupa cada aminocido en la cadena (es decir su
secuencia).
La hidrlisis total se realiza en presencia de HCl 6N, calentando a 100 C durante
10-24h, y en tubo al que se le ha hecho el vaco. Tras el proceso se utiliza un sistema
cromatogrfico que permita separar y determinar cuntos y cules son los
aminocidos que forman la cadena.
La hidrlisis parcial se realiza con reactivos selectivos (en la mayora de los casos
proteasas) que hidrolizan determinados enlaces peptdicos.
La tripsina hidroliza por la derecha de Arg , Lys
La quimotripsina hidroliza por la derecha de Phe, Trp, Tyr
La pepsina hidroliza por la izquierda de Phe, Trp, Tyr
La termolisina hidroliza por la izquierda de Val, Leu, Ile
El bromuro de ciangeno (BrCN) hidroliza por la derecha de la Met

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Por otro lado, tambin existen mtodos que permiten determinar el primer aminocido
(Resto N- terminal) o el ltimo (Resto C- terminal) de una cadena polipeptdica.
La determinacin del resto N-terminal, se puede realizar, entre otros mtodos, mediante
la Degradacin de Edman: en este proceso el pptido reacciona con fenil isotiocianato
(Fig. 6a) que se une selectivamente al primer aminocido. Por otro lado, la
determinacin del resto C-terminal, se puede realizar con Hidracina: (Fig. 6b) este
compuesto reacciona con todos los enlaces peptdicos del pptido, provocando la
hidrlisis de los mismos.

5. Clasificacin general y funcin de las protenas
Las protenas son cadenas polipptidicas que se diferencian de los oligopptidos en el
nmero de aminocidos que contienen, en su carcter funcional y sobre todo en que son
el resultado del proceso de traduccin gentica. La conformacin de una protena hace
referencia a la disposicin espacial de la misma, aspecto de vital importancia, pues va a
estar directamente relacionado con la funcin que desempean. Segn la conformacin
las protenas pueden clasificarse en fibrosas y globulares. Las fibrosas poseen las
cadenas polipeptdicas ordenadas de modo paralelo a lo largo de un eje. Forman
materiales fsicamente resistentes e insolubles en agua, siendo elementos bsicamente
estructurales como por ejemplo la -queratina del pelo, la fibroina de la seda o el
colgeno de los tendones. Por su parte, las protenas globulares, estn constituidas por
una o varias cadenas polipeptdicas plegadas de modo que puedan adoptar una
conformacin esfrica o globular, desempeando diferentes funciones de tipo
metablico (protenas transportadoras, enzimas, anticuerpos,...). Algunas protenas
incluso pueden situarse entre estas dos conformaciones como sera el caso de la miosina
de los msculos o el fibringeno de la sangre.

6. Niveles estructurales de las protenas
La conformacin que presenta una protena va a depender directamente de los distintos
niveles estructurales que posee, niveles que a continuacin se detallan.
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a) ESTRUCTURA PRIMARIA: hace referencia a la posicin que ocupa cada
aminocido en la cadena polipeptdica, es decir nos da idea de la secuencia de la
protena. La importancia de este nivel radica en que la posicin que ocupa cada
aminocido dentro de la cadena va a condicionar enormemente el resto de los niveles
estructurales y en ltimo trmino la funcin que desempea la protena.

b) ESTRUCTURA SECUNDARIA: hace referencia a la ordenacin regular y
peridica de la cadena polipeptdica en una direccin determinada. Bsicamente,
podemos encontrar dos tipos de estructura secundaria, la hlice- y la conformacin-.
En la Hlice (Fig. 7a) la cadena polipeptdica adopta una conformacin helicoidal.
Las estructuras helicoidales se caracterizan por el numero de aminocidos por vuelta
(n) (3,6 restos en la Hlice-) y por su paso de rosca (p), o distancia entre vueltas (5,4
para la Hlice-). Esta conformacin se estabiliza por puentes de hidrgeno (R-C=O
H-N-R) intracatenarios (dentro de la hlice). Adems, los restos -R de los
aminocidos se disponen hacia fuera de la hlice evitando las interacciones estricas
(por grupos voluminosos) y estabilizando la conformacin. Por otro lado, la hlice- se
distorsiona o pierde la conformacin cuando en la secuencia aparece una prolina, nico
aminocido cclico. En la naturaleza se pueden encontrar otros tipos de hlices (Fig. 7b)
como son la hlice 3
10
y la hlice que difieren en los parmetros n y p.
En la conformacin- (Fig. 8a) la cadena adopta una ordenacin lineal en la que los
restos -R, de los aminocidos, se van alternando por encima y por debajo (zig-zag) del
plano del enlace peptdico. Esta conformacin se estabiliza con puentes de hidrgeno
entre varias cadenas de protenas con conformacin-. El resultado de estas
interacciones es la hoja plegada , que puede presentar un plegamiento paralelo, (en
el que las cadenas vecinas se desarrollan en la misma direccin), o bien un plegamiento
antiparalelo con cadenas vecinas en direcciones opuestas (Fig. 8b)

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c) ESTRUCTURA TERCIARIA : hace referencia al modo en que se curvan o pliegan
en el espacio los segmentos de hlice- y/o conformacin-, que presenta una cadena
polipeptdica de los protenas globulares. La conformacin espacial de las protenas
depende lgicamente de su estructura primaria, as las cadenas laterales de los
aminocidos en las protenas globulares se hallan distribuidas espacialmente de acuerdo
con sus polaridades, de tal forma que:
Los restos no polares aparecen, casi siempre, en el interior de la protena,
para no entrar en contacto con el disolvente acuoso que la envuelve, creando
un ambiente hidrofbico.
Los residuos polares con carga se hallan situados, normalmente en la zona
externa, interaccionando con el medio acuoso. A veces, se requiere de estos
centros en la parte interna de la protena y en estos casos tambin ocurre que
estn directamente implicados en alguna funcionalidad de la protena, bien a
nivel estructural o bien a nivel cataltico.
Los grupos polares sin carga, aparecen distribuidos por la totalidad de la
cadena, si bien mayoritariamente, tambin aparecen en las partes externas,
en contacto con la disolucin acuosa.
Como consecuencia de esta distribucin de restos, las protenas globulares son
muy compactas, hay poco espacio en el interior, de modo que el agua difcilmente acede
a dicho espacio.

d) ESTRUCTURA CUATERNARIA: Muchas protenas globulares son oligomricas,
es decir estn formadas por ms de una subunidad polipeptdica. La posicin espacial
que ocupa cada una de estas subunidades respecto a las otras queda determinada por la
estructura cuaternaria. La figura 14a muestra la estructura cuaternaria de la
hemoglobina, que como se aprecia estara formada por cuatro subunidades (iguales dos
a dos) cada una con su grupo hemo, necesario para el transporte de oxgeno. La figura
14b muestra a modo de resumen los cuatro niveles estructurales presentes en la
hemoglobina.