Anda di halaman 1dari 69

MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

PROTEIN
KELOMPOK 7 (POLISAKARIDA)

Disusun oleh:

Aisyah Nur Ridha

1306481991

Charlie Hutajulu

1306482003

Dellonix Afendri

1306482016

Muhammad Syafaruddin

1306482035

Titen Pinasti

1306482054

Departemen Teknik Kimia


F a k u l t a s

T e k n i k

Universitas Indonesia
2014

DAFTAR ISI

Daftar Isi ...................................................................................................................................... i


Struktur Protein .............................................................................................................................1
Fungsi Protein............................................................................................................................... 11
Sintesis Protein ............................................................................................................................. 27
Analisis Protein ............................................................................................................................. 50
Aplikasi Protein ............................................................................................................................ 61
Daftar Pustaka ............................................................................................................................. 65

STRUKTUR PROTEIN
(CHARLIE O.P. HUTAJULU / 1306482003)
I.
ABSTRAKSI
Sudah sangat umum jika orang mengatakan bahwa sumber protein berasal dari daging, telur, susu
sapi maupun susu kedelai, dan lain sebagainya. Jelas bahwa protein adalah molekul yang sangat
vital untuk organism, terdapat di semua sel. Pada LTM ini akan dibahas mengenai hal-hal yang
menyangkut kepada struktur protein.
Key word: asam amino, penyusun asam amino, sifat kimi dan fisika asam amino, peptide, struktur
pimer-sekunder-tersier-kuertener, denaturasi dan renaturasi.
II.
ISI
A. Asam amino
Asam amino adalah Asam karboksilat yang mempunyai gugus amina yaitu H2N pada atom
karbon dari posisi gugus COOH sebagai komponen penyusun protein. Atom C pusat
tersebut dinamai atom C ("C-alfa") sesuai dengan penamaan senyawa bergugus karboksil,
yaitu atom C yang berikatan langsung dengan gugus karboksil. Oleh karena gugus amina juga
terikat pada atom C ini, senyawa tersebut merupakan asam -amino.
1.

Penyusun
Satu atom C sentral yang mengikat secara kovalen:

Gugus ammonia (NH2)

Gugus karbonil (COOH)

Satu atom H,

Gugus R (variant)
Gugus R rantai samping yang berbeda-beda pada setiap jenis asam amino. Gugus R
yang berbeda-beda tersebut menentukan:
Struktur
Ukuran
Muatan elektrik
Sifat kelarutan di dalam air

2.

Sifat-sifat
Sifat kimia

Polar(hidrofilik)
Merupakan salah satu rantai samping yang terdapat di struktur asam amino.
Memiliki gugus R yang tidak bermuatan
Serin , threonin, sistein, metionin, asparagin, glutamin
Bersifat hidrofilik mudah larut dalam air

Bermuatan positif

Bermuatan negative

Tidak Bermuatan

Non-polar(hidrofobik)
Memiliki gugus R alifatik
Glisin, alanin, prolin, valin, leusin, isoleusin dan metionin
Umum terdapat pada protein yang berinteraksi dengan lipid


Aromatic
Asam amino yang memgandung cincin aromatik di dalamnya.

Fenilalanin, tirosin dan triptofan

Bersifat relatif non polar hidrofobik

Asam amino aromatik mampu menyerap sinar UV 280 nm sering digunakan untuk
menentukan kadar protein

R+
Lisin, arginin, dan histidin
Mempunyai gugus yang bersifat basa pada rantai sampingnya
Bersifat polar terletak di permukaan protein dapat mengikat air

R
Aspartat dan glutamat
Mempunyai gugus karboksil pada rantai sampingnya bermuatan (-) / acid pada pH 7

Zwitter ion
Karena asam amino memiliki gugus aktif amina dan karboksil (berupa asam karboksilat) sekaligus, zat
ini dapat dianggap sebagai asam dan basa (walaupun pH alaminya biasanya dipengaruhi oleh gugusR yang dimiliki). Pada pH tertentu yang disebut titik isolistrik, gugus amina pada asam amino menjadi
bermuatan positif (terprotonasi, NH3+), sedangkan gugus karboksilnya menjadi bermuatan negatif
(terdeprotonasi, COO). Titik isolistrik ini spesifik bergantung pada jenis asam aminonya. Dalam
keadaan demikian, asam amino tersebut dikatakan berbentuk zwitter-ion.
Zwitter-ion dapat diekstrak dari larutan asam amino sebagai struktur kristal putih yang bertitik lebur
tinggi karena sifat dipolarnya. Kebanyakan asam amino bebas berada dalam bentuk zwitter-ion pada
pH netral maupun pH fisiologis yang dekat netral.

Reaksi
Dehidrasi
Reaksi terhadap basa
Reaksi terhadap asam
Reaksi terhadap air

(Contoh Reaksi Dehidrasi Asam Amino Membentuk Protein Dengan Ikatan Peptida)

Sifat fisika (strereochemistry)


Sifat fisis adalah sifat yang dapat diukur dan diteliti tanpa mengubah komposisi atau susunan dari zat
tersebut. Salah satu ciri dari perubahan fisika adalah bersifat reversibel artinya dapat kembali ke
bentuk semula. Sifat materi yang dapat dilihat secara langsung dengan indra manusia, antara lain:
wujud zat
titik leleh
daya hantar listrik
viskositas
diamagnetik

warna zat
titik didih
kelarutan
spektrum infra-merah
kepadatan

bau zat
massa jenis
ukuran
paramagnetik
Opacity

Isomer

Constitutional(structural)

Strereoisomer(spatial)
o
Diostereomers
Merupakan senyawa yang bukana merupakan mirror image terhadap teman isomernya. Mempunyai
prefixes yaitu threo dan erythro. Diastereomers merupakan achiral molecule.

Cis-trans isomer

Conformer - Rotamers
o
Enantiomer
Senyawa chiral carbon biasanya mempunyai dua non-superimpossable struktur. Enantimers sama
seperti cermin, tetapi bila dirotate maka tidak akan sama. Enantimers merupakan chiral molecule

(Gambar Bagan Isomer)

Semua asam amino kecuali glisin memiliki empat gugus yang berbeda membentuk tetrahedral di
seputar atom C. Atom C ini merupakan pusat chiral. Senyawa yang dapat berputar ke arah kanan
mempunyai prefix D dan ke arah kiri mempunyai prefix L.

A. Struktur ikatan peptida


Peptida merupakan molekul yang terbentuk dari dua atau lebih amino. Jika jumlah asam amino masih
di bawah 50 molekul disebut peptida, namun jika lebih dari 50 molekul disebut dengan protein.. Asam
amino saling berikatan dengan ikatan peptida.
Ikatan peptida terjadi jika atom nitrogen pada salah satu asam amino berikatan dengan gugus
karboksil dari asam amino lain .

A.

Struktur-struktur

1.
Struktur primer
Struktur primer protein ditentukan oleh ikatan kovalen antara residu asam amino yang berurutan yang
membentuk ikatan peptida. Urutan, macam dan jumlah asam amino yang membentuk rantai
polipeptida, adalah struktur polimer protein.
Struktur primer protein adalah urutan asam amino penyusun protein yang disebutkan dari kiri (Nterminal) ke kanan (C-terminal)

Struktur primer terbentuk karena ikatan peptida antar AA selama proses biosintesis protein atau
translasi. Urutan asam amino dapat ditentukan dengan metode Degradasi Edman atau Tandem Mass
Spectrophotometry. Atau bisa juga dari hasil translasi in silico gen pengkode protein tersebut.
Untuk mengetahui struktur primer suatu protein diperlukan cara penentuan bertingkat
7

2.
Struktur sekunder
Struktur ini terjadi karena ikatan hidrogen antara atom O dari gugus karbonil (C=O) dengan atom H
dari gugus amino (N-H) dalam satu rantai polipeptida. memungkinkan terbentuknya konformasi spiral
yang disebut struktur helix
Bila ikatan hidrogen tersebut terjadi antara dua rantai polipeptida, maka masing-masing rantai tidak
membentuk helix, melainkan rantai paralel dengan bentuk berkelok-kelok yang disebut konformasi-
Rantai polipeptida denagn konformasi- ini dihubung silangkan (cross-linked) oleh ikatan hidrogen
sehingga membentuk suatu struktur yang disebut lembaran berlipat-lipat (pleated sheets)

Pada gambar sebelah kiri, terlihat bahwa struktur alfa-helix terbentuk oleh backbone ikatan peptida
yang membentuk spiral
struktur ini terbentuk karena adanya ikatan hidrogen antara atom O pada gugus CO dengan atom H
pada gugus NH (ditandai dengan garis warna oranye)
Seperti halnya alfa-helix, struktur beta-sheet juga terbentuk karena adanya ikatan hidrogen, namun
seperti terlihat pada gambar sebelah kanan, ikatan hidrogen terjadi antara dua bagian rantai yang
pararel sehingga membentuk lembaran yang berlipat-lipat.
3.
Struktur tersier
Struktur ini terbentuk dari lipatan komponen struktur sekunder polipeptida yang membentuk
konfigurasi tiga dimensi (globular, fibrilar, lamelar). Struktur tersier terjadi karena pelipatan struktur
sekunder akibat adanya interaksi antar gugus alkil (R) satu sama lain, yaitu interaksi hidrofobik (ikatan
nonpolar menjauhi molekul air di bagian luar).Gaya dispersi van der waals (tarikan antara sesama non
polar/hidrofobik yang mendekat). Ionik (terjadi antara rantai samping yg bermuatan positif dan yg
negatif).Ikatan hidrogen (terjadi diantara ikatan-ikatan polar protein dengan air). Jembatan disulfida
(terjadi saat adanya ikatan antara sulfur pada dua sistein).

4.
Struktur kuartener
Struktur ini memiliki dua atau lebih dari sub-unit protein dengan struktur tersier yang akan membentuk
protein kompleks yang fungsional. Ikatan yang berperan dalam struktur ini adalah ikatan nonkovalen,
yakni interaksi elektrostatis, hidrogen, dan hidrofobik. Jenis-jenis pada stuktur ini dibekadakan menjadi
2:

Berdasarkan jenis subunit

Hetero
Homo
Berdasarkan banyaknya subunit

Monomer

Dimer

Trimer

Tetramer
Tidak semua protein memiliki bentuk struktur kuartener, hanya protein yang mempunyai fungsi
kompleks yang memiliki struktur ini termasuk beberapa protein yang terlibat dalam ekspresi gen
(misalnya protein oligomer).

B.

Reaksi

1.
Denaturasi protein
Untuk memecahkan struktur lipatan protein maka yg perlu dilakukan adalah dengan cara
mendenaturasikannya. Agen denaturasi diantaranya adalah suhu tinggi, pH ekstrim, konsentrasi tinggi
(urea, guanidin hidroklorida dan deterjen).
Ikatan yang dipengaruhi oleh proses denaturasi

Ikatan hidrogen

Ikatan hidrofobik

Ikatan ionik

Ikatan intramolekul

2.
Renaturasi protein
Dalam beberapa kasus, denaturasi bersifat reversibel, proses ini disebut renaturasi.

10

FUNGSI PROTEIN
MUHAMMAD SYAFARUDDIN 1306482035
Abstrak
Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari
monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul
protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein
berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Protein memiliki
beberapa fungsi umum yaitu sebagai fungsi structural, pertahanan (defense), reseptor, signaling,
katalis, transportasi, pergerakan (movement), hormon dan fungsi penyimpanan (storage).
Kata Kunci :Hormon, katalis, pergerakan, pertahanan, protein, reseptor, signaling, storage, structural,
transportasi
Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari
monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul
protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein
berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Fungsi dari protein
adalah sebagai berikut:
1. Struktural
Peranan protein structural atau protein pembangun adalah sebagai pembentuk struktur
bahan atau jaringan dan memberi kekuatan kepada jaringan. Sebagian besar protein ini adlaah
protein fibrosa dan tidak larut dalam air.protein yang termasuk dalam golongan ini adalah
a. Kolagen
Kolagen umumnya sebagai pembentuk jaringan penghubung pada tulang rawan, urat
daging dan pembuluh darah. Serat kolagen memiliki daya tahan yang kuat terhadap tekanan.
Kata kolagen sendiri berasal dari bahasa yunani yang bererti bersifat lekat atau menghasilkan
pelekat. Di dalam tubuh, kolagen berfungsi sebagai bantalan antar sel. Sejalan dengan
pertambahan usia, kolagen di dalam tubuh berkurang sehingga garis-garis dan kerutan
semakin jelas. Kolagen adalah protein alami yang ditemukan di tulang, tulang rawan, kulit dan
tendon. Di dalam tubuh manusia terdiri dari 27 jenis kolagen. Kolagen yang ditemukan di
daerah kulit adalah kolagen yang digunakan untuk kekencangan dan elastisitas kulit.
Kolagen merupakan komponen struktural utama dari
jaringan ikat putih (white connetive tissue) yang meliputi hampir 30
persen dari total protein pada jaringan dan organ tubuh vertebrata
dan invertebrata. Pada mamalia, kolagen terdapat di kulit, tendon,
tulang rawan dan jaringan ikat. Demikian juga pada burung dan
ikan, sedangkan pada avertebrata kolagen terdapat pada dinding
sel.
Molekul kolagen tersusun dari kira-kira dua puluh asam amino
yang memiliki bentuk agak berbeda bergantung pada sumber
bahan bakunya. Asam amino glisin,prolin dan hidroksiprolin
merupakan asam amino utama kolagen. Asam-asam amino
aromatik dan sulfur terdapat dalam jumlah yang sedikit. Molekul
dasar pembentuk kolagen disebut tropokolagen yang mempunyai
struktur batang dengan BM 300.000, dimana di dalamnya terdapat
tiga rantai polipeptida yang sama panjang, bersama sama
membentuk struktur heliks.
Gambar 1 Struktur kolagen
11

b. Keratin
Keratin adalah protein yang berserat khusus, tidak larut dalam air, terdiri dari rantai peptida
panjang atau gugus-gugus (gugus karboksil dan gugus amino) dirantai
peptida tersebut. Keratin ini kaya akan sistein dan sistin, dimana sistin
terdiri dari dua molekul sistein. Rantai peptida dapat terbelit dalam
bentuk pilin atau heliks dan saling berhubungan dengan ikatan -S-Sdan hidrogen. Sifat fisiko kimia dari jembatan -S-S- secara in vitro
sangat stabil, tidak larut dalam air, tahan terhadap asam atau basa
kuat dan tahan terhadap enzim proteiolitik.
Keratin merupakan protein pada kulit, rambut, sisik, bulu
domba, bulu unggas, kuku, taji, dan tanduk dari berbagai hewan. keratin kaya akan sisa-sisa sistin, dan terdapat pada kulit. Sedangkan
-karatin tidak mempunyai sistin namun kaya akan asam amino
dengan sedikit R-group seperti Gly, Ala, Ser, serta terdapat pada sisik.
Gambar 2 Struktur keratin
c. Elastin
Elastin merupakan polipeptida yang berukuran sekitar 70kDa, yang dikode oleh kopi suatu
gen tunggal yang didapatkan pada kromosom 7. Elastin dan protein mikrofibriler disintesis
terutama oleh fibroblast. Serabut elastin terlihat sebagai pita pipih atau benang silindris panjang
dan sangat elastis. Daya elastisitas ini disebabkan karena serabut elastin mengandung protein
elastin. Elastin merupakan material amorf yang kandungan utamanya adalah asam amino glysin
dan prolin. Serat elastin tidak terpengaruh oleh air panas atau dingin atau larutan asam dan alkali.
Tertapi dapat dicerna secara enzymatik oleh enzym elastase pankreas. Ukurannya antara 1-4
mikrometer. Lazimnya bercabang dan membentuk jalinan. Dalam keadaan segar, serabut elastin
berwarna kekuning-kuningan. Dengan pengecatan HE serabut elastin berwarna merah jambu.
Terdapat pada organ yang memerlukan daya elastisitas ,yaitu daun telinga, pita suara, trakea,
ligamentum nukhe, kulit dan pembuluh arteri.
Elastin memiliki komposisi asam amino yang berbeda dan sebagian besar mengandung
residu non-polar (hidrofobik). Elastin mengandung sepertiga Gly, lebih dari sepertiga Ala+Val, dan
kaya akan Pro. Akan tetapi, elastin hanya mengandung sedikit Hydroxyproline dan residu polar,
bukan Hydroxylysine. Molekul tropoelastin terdiri dari dua tipe domain yang disandikan oleh ekson
yang berbeda
d. Tubulin
Tubulin merupakan protein dinamis yang mempunyai peran penting dalam daur sel.
Gangguan pada integritas tubulin akan menyebabkan gangguan pembelahan sel (penghambatan
mitosis) dan kematian sel (apoptosis). Satuan unit penyusun tubulin yaitu mikrotubul merupakan
komponen utama dari sitoskleton yang terlibat dalam banyak fungsi seluler seperti mitosis,
motilitas sel, atau penempatan organel yang terikat membran.
Protein tubulin mempunyai binding site yang telah diidentifikasi yaitu binding site kolkisin,
vinblastin, dan taxol. Target seluler dari tubulin binding agent adalah subunit -tubulin dari /tubulin.
2. Pertahanan
Protein jenis ini merupakan protein spesifik yang umumnya terdapat dalam darah dan
berperan melindungu serangan zat asing yang masuk ke dalam tubuh. Salah satu protein
pertahanan yang dikenal dengan antibodi atau immunoglobulin, dibentuk oleh suatu jaringan
tubuh tertentu sebagai akibat masuknya antigen (kuman, toksin atau zat asing) ke dalam tubuh
yang bersangkutan. Antigen yang memicu terbentuknya antibody ini disebut imunogen
12

a. Spesifik
Antibodi. Antibodi merupakan protein. Antibodi berikatan dengan protein yang lainnya (antigen)
yang ditemukan di dalam tubuh. Molekul protein pada permukaan bakteri atau virus berperan
sebagai antigen. Antibodi merupakan bagian yang berperan di dalam pertahanan tubuh. Setiap
antibodi memiliki dua tempat yang dapat bereaksi dengan antigen. Fungsi antibodi, yaitu berikatan
dengan molekul antigen membentuk rangkaian seperti jaring. Antibodi dapat menghambat
partikel-partikel virus. Untuk menginfeksi saluran sel, virus pertama-tama harus bisa mengenali sel
inangnya. Protein dari virus mencocokkan bentuknya dengan molekul pada membran sel dari sel
inang. Antibodi dapat menutupi protein dari virus agar virus tersebut tidak bisa menginfeksi sel.
Protein yang disebut interferon juga bekerja melawan virus. Interferon diproduksi oleh sel yang
telah terinfeksi oleh virus. Interferon membuat sel-sel yang tidak terinfeksi menjadi resisten
terhadap serangan virus. Antibodi tersusun atas dua tipe rantai polipeptida yaitu rantai ringan (light
chain) dan rantai berat (heavy chain). Struktur gabungan kedua rantai tersebut membentuk huruf
Y. Di tengah-tengah ikatan rantai tersebut terdapat daerah Hinge (Hinge Region) yang
memungkinkan rantai-rantai polipeptida untuk bergerak. Setiap lengan dari antibodi memiliki
daerah pengikat antigen (antigen-binding site). Antibodi dapat dibedakan berdasarkan susunan
proteinnya menjadi lima kelas utama. Setiap antibodi berinteraksi dengan molekul dan sel yang
berbeda-beda dan memiliki karakteristik yang berbeda pula. Masing-masing antibodi memiliki
daerah variabel (variable region) yang dapat mengenali antigen khusus dan daerah konstan
(constant region) yang mengontrol bagaimana molekulnya berinteraksi dengan bagian lain dari
sistem kekebalan tubuh. Untuk lebih jelasnya mengenai tipe-tipe antibodi.

Respons Kekebalan Tubuh. Respons kekebalan tubuh dan memori imunologis terhadap suatu
patogen atau antigen dapat dibedakan atas respons primer dan respons sekunder. Respons
primer merupakan respons kekebalan tubuh yang pertama kali terjadi ketika suatu antigen tertentu
memasuki tubuh. Respons sekunder merupakan respons kekebalan tubuh ketika antigen yang
sama menyerang tubuh kembali untuk kedua kalinya. Ketika antigen pertama kali memasuki
tubuh, respons sistem kekebalan tubuh tidak terjadi secara langsung. Diperlukan beberapa hari
bagi sel limfosit untuk dapat aktif. Selama keterlambatan ini, individu yang terinfeksi akan sakit
(contohnya demam). Konsentrasi antibodi mencapai puncak setelah sekitar 2 minggu dari awal
infeksi. Saat konsentrasi antibodi dalam darah dan sistem limfatik naik, gejala sakit akan
berkurang dan hilang. Setelah itu, pembentukan antibodi menurun dan individu tersebut
sembuh. Jika antigen yang sama menyerang tubuh kembali, antigen tersebut akan memicu
respons kekebalan tubuh sekunder. Respons kedua ini terjadi lebih cepat daripada respons
primer. Respons sekunder juga menghasilkan konsentrasi antibodi yang lebih besar dan lebih
lama. Selain imunitas humoral (pembentukan antibodi), imunitas seluler juga berperan dalam
respons kekebalan tubuh sekunder ini. Karena respons kekebalan tubuh sekunder yang cepat,
gejala sakit (demam) tidak terjadi. Oleh karena itu, individu tersebut dikatakan kebal terhadap
penyakit tersebut.

Imunitas Humoral. Imunitas humoral menghasilkan pembentukan antibodi yang disekresikan oleh
sel limfosit B. Antibodi ini berada dalam plasma darah dan cairan limfa (dahulu disebut cairan
humor) dalam bentuk protein. Pembentukan antibodi ini dipicu oleh kehadiran antigen. Antibodi
secara spesifik akan bereaksi dengan antigen. Spesifik, berarti antigen A hanya akan berekasi
dengan dengan antibodi A, tidak dengan antibodi B. Antibodi umumnya tidak secara langsung
menghancurkan antigen yang menyerang. Namun, pengikatan antara antigen dan antibodi
merupakan dasar dari kerja antibodi dalam kekebalan tubuh. Terdapat beberapa cara antibodi
menghancurkan patogen atau antigen, yaitu netralisasi, penggumpalan, pengendapan, dan
pengaktifan sistem komplemen (protein komplemen). Netralisasi terjadi jika antibodi memblokir
beberapa tempat antigen berikatan dan membuatnya tidak aktif. Antibodi menetralkan virus
13

dengan menempel pada tempat yang seharusnya berikatan dengan sel inang. Selain itu, antibodi
menetralkan bakteri dengan menyelimuti bagian beracun bakteri dengan antibodi. Hal tersebut
menetralkan racun bakteri sehingga sel fagosit dapat mencerna bakteri tersebut. Penggumpalan
(aglutinasi) bakteri, virus, atau sel patogen lain oleh antibodi merupakan salah satu cara yang
cukup efektif. Hal ini dapat dilakukan karena antibodi memiliki minimal dua daerah ikatan (binding
site). Cara ini memudahkan sel fagosit menangkap sel-sel patogen tersebut. Cara ketiga mirip
dengan penggumpalan. Pengendapan dilakukan pada antigen terlarut oleh antibodi. Hal ini untuk
membuat antigen terlarut tidak bergerak dan memudahkan ditangkap oleh sel fagosit. Cara
terakhir merupakan perpaduan antara antibodi dan sistem komplemen. Antibodi yang berikatan
dengan antigen akan mengaktifkan sistem komplemen (protein komplemen) untuk membentuk
luka atau pori pada sel mikroba patogen. Pembentukan luka atau pori ini menyebabkan luka atau
pori pada sel mikroba patogen. Pembentukan luka atau pori ini menyebabkan lisozim dapat masuk
dan sel patogen tersebut akan hancur (lisis).

Imunitas Seluler. Imunitas seluler bergantung pada peran langsung sel-sel (sel limfosit) dalam
menghancurkan patogen. Setelah kontak pertama dengan sebuah antigen melalui makrofag,
sekelompok limfosit T tertentu dalam jaringan limfatik akan membesar diameternya. Setelah itu,
berkembang biak dan berdiferensiasi menjadi beberapa sub populasi. Sub populasi tersebut,
antara lain sel T sitotoksik (cytotoxic T cell), sel T penolong (helper T cell), sel T supressor
(supressor T cell), dan sel T memori (memory T cell). Tugas utama imunitas seluler adalah untuk
menghancurkan sel tubuh yang telah terinfeksi patogen, misalnya oleh bakteri atau virus. Bakteri
atau virus yang telah menyerang sel tubuh akan memperbanyak diri dalam sel tubuh tersebut. Hal
ini tidak dapat dilakukan oleh antibodi tubuh. Sebenarnya hanya sel T sitotoksik saja yang dapat
menghancurkan sel yang terinfeksi. Sel yang terinfeksi memiliki antigen asing milik virus atau
bakteri yang menyerangnya. Sel T sitotoksik membawa reseptor yang dapat berikatan dengan
antigen sel terinfeksi. Setelah berikatan dengan sel yang terinfeksi, sel T sitotoksik menghasilkan
protein perforin yang dapat melubangi membran sel terinfeksi. Dengan adanya lubang, enzim sel
T dapat masuk dan menyebabkan kematian pada sel terinfeksi beserta patogen yang
menyerangnya.

b. Non-spesifik
Pertahanan tubuh tidak spesifik internal terdiri atas aksi fagositosis, respon peradangan,
dan senyawa antimikroba.
Fagositosis
Fagositosis merupakan mekanisme penelanan benda asing, terutama mikroba, oleh sel-sel
tertentu, khususnya sel-sel darah putih. Berbagai sel yang dapat melakukan fagositosis, antara
lain neutrofil, monosit, makrofag, dan eosinofil.

Respons Peradangan
Peradangan adalah tanggapan atau respons cepat setempat terhadap kerusakan jaringan
yang disebabkan oleh teriris, tergigit, tersengat, ataupun infeksi mikroorganisme. Tanda-tanda
suatu bagian tubuh mengalami peradangan, antara lain berwarna kemerahan, terasa nyeri, panas,
dan membengkak.
Terjadinya peristiwa peradangan, adanya daerah yang terluka dan terinfeksi mikroba akan
menyebabkan pembuluh darah arteriola prakapiler mengalami dilatasi (pelebaran serta
peningkatan permeabilitas) dan pembuluh venula pascakapiler menyempit. Hal itu akan
meningkatkan aliran darah pada daerah yang terluka sehingga bagian tersebut meningkat
14

suhunya dan berwarna kemerahan. Sementara itu, pembengkakan (edema) pada bagian yang
meradang disebabkan oleh meningkatnya cairan yang keluar dari jaringan akibat peningkatan
permeabilitas kapiler darah. Pelebaran dan peningkatan permeabilitas pembuluh darah itu dipicu
oleh senyawa kimia histamin. Sumber utama histamin adalah sel-sel mast (sel-sel besar pada
jaringan ikat) dan basofil dalam darah. Keduanya bersama-sama dengan keping darah. Keduanya
bersama-sama dengan keping-keping darah melekat pada pembuluh darah yang rusak.
Pelebaran diameter dan permeabilitas pembuluh darah akan meningkatkan laju aliran
darah dan unsur-unsur pembekuan darah (keping-keping darah) ke daerah yang mengalami luka
atau infeksi. Pembekuan darah tersebut berfungsi untuk mentolerir mikroba penginfeksi agar tidak
menyebar ke bagian tubuh yang lain. Kerusakan jaringan juga mengirimkan senyawa kemokin
yang berfungsi memanggil sel-sel fagosit untuk segera datang ke daerah yang terluka tersebut.
Pada respons peradangan, fagosit yang pertama kali berperan adalah neutrofil dan diikuti
monosit yang berubah menjadi makrofag. Neutrofil akan memangsa mikroba patogen. Neutrofil
dapat mendeteksi kehadiran mikroba karena mikroba itu telah diselubungi oleh opsonin. Opsonin
adalah antibodi lain yang dibentuk dalam aliran darah atau komplemen protein khusus yang
diaktifkan oleh kehadiran mikroba. Begitu opsonin melekat pada mikroba, mikroba tersebut ditelan
dan dicerna oleh neutrofil. Sementara itu, di samping memangsa mikroba patogen, makrofag juga
berfungsi membersihkan sisa-sisa jaringan yang rusak dan sisa-sisa neutrofil yang mati.
Senyawa Antimikroba
Protein antimikroba yang berperan dalam pertahanan tidak spesifik ini adalah protein
komplemen dan interferon. Cara kerja antimikroba ini terutama adalah untuk menghancurkan selsel mikroba yang masuk atau untuk menghambat agar mikroba asing tersebut tidak dapat
bereproduksi.
a) Protein Komplemen
Protein Komplemen merupakan agen antimikroba yang terdiri atas sekitar 20 protein serum. Di
dalam tubuh, senyawa ini berada dalam kondisi tidak aktif. Adanya infeksi mikroba akan
mengaktifkan protein pertama dan dan selanjutnya akan mengaktifkan protein kedua, demikian
seterusnya, melalui serangkaian reaksi yang berurutan. Protein komplemen yang telah aktif akan
bekerja secara sistematis untuk melisiskan berbagai mikroba pengifeksi.
b) Interferon
Interferon merupakan senyawa kimia yang dihasilkan oleh makrofag sebagai respon adanya
serangan virus yang masuk ke dalam tubuh. Interferon merupakan senyawa antivirus yang bekerja
menghancurkan virus dengan cara menghambat perbanyakan virus dengan cara menghambat
perbanyakan virus dalam sel-sel tubuh.

15

Gambar 3 Interferon menghambat virus


3. Reseptor
a. Protein G
G-protein itu sendiri merupakan protein heterotrimerik yang memiliki aktivitas enzim
intrinsik untuk degradasi guanosin trifosfat dan yang juga dapat memisahkan pada saat aktivasi
oleh reseptor. Subunit yang dipisahkan bermigrasi ke efektor seperti enzim adenilat siklase atau
berbagai kanal ion untuk menginduksi respon sel. Hal ini menjelaskan bahwa respon fisiologis
berasal dari aktivasi protein G-reseptor, bukan RaG atau A Ra G. A Ra G adalah kompleks terner
antara reseptor, obat, dan G-protein --- maka dinamakan model kompleks terner .
Reseptor yang terikat protein G merupakan family terbesar dari reseptor membran sel.
Reseptor ini menjadi mediator dari respon seluler berbagai molekul, seperti ; hormon,
neurotransmitter, mediator lokal, dan lain-lain. Reseptor terikat protein G merupakan suatu rantai
polipeptida tunggal, yang keluar masuk sel hingga 7 kali, sehingga dikatakan memiliki 7transmembran .

16

Gambar 4 Struktur Protein G


b. Tirosin-Kinase
Reseptor terhubung enzim merupakan protein transmembran dengan bagian
besarekstraseluler mengandung binding site untuk ligan (contoh : faktor pertumbuhan, sitokin)dan
bagian intraseluler mempunyai aktivitas enzim (biasanya aktivitas tirosin kinase).Aktivasi menginisiasi
jalur intraseluler yang melibatkan tranduser sitosolik dan nuklear,bahkan transkripsi gen. Reseptor
sitokin mengaktifkan Jak kinase, yang pada gilirannyamengaktifkan faktor transkripsi Stat, yang
kemudian mengaktifkan transkripsi gen

Gambar 5 Mekanisme kerja reseptor faktor pertumbuhan


Reseptor faktor pertumbuhan terdiri dari 2 reseptor, masing-masing dengan satu
sisipengikatan untuk ligan. Agonis berikatan pada 2 reseptor menghasilkan kopling(dimerisasi).
Tirosin kinase dalam masing-masing reseptor saling memposforilasi satusama lain. Protein penerima
(adapter) yang mengandung gugus SH berikatan pada residuterposforilasi dan mengaktifkan tiga
jalur kinase. Kinase 3 memposforilasi berbagai faktor transkripsi, kemudian mengaktifkan transkripsi
gen untuk proliferasi dan diferensiasi.
c. Saluran ion
Reseptor ini berada di membran sel, disebut juga reseptor ionotropik. Respon terjadi dalam
hitungan milidetik. Kanal merupakan bagian dari reseptor. Fungsi reseptor saluran ion mempengaruhi
17

aktivitas intrasel melalui pengaturan perpindahan molekul-molekul kecil seperti ion kalium dan natrium
melintasi membran sel. Reseptor ionotropik juga dikenal sebagai saluran ion ligan-gated yang
merupakan tempat pengikatan neurotransmiter. Ikatan antara molekul transmisi dengan reseptor
spesifiknya akan menyebabkan membukanya saluran yang memungkinkan masuknya ion yang akan
menyebabkan terjadinya perubahan gradien kimia dan listrik. Reseptor metabotropik adalah jenis
reseptor yang memicu kaskade biokimia intraseluler yang diawali dengan disosiasi GTP-binding
protein (protein G).
Reseptor Ionotropik umumnya terdapat di neuron postsinaptik. Reseptor ionotropik berperan
untuk mediasi proses depolarisasi atau hiperpolarisasi sinyal sinaptik yang aktif dalam hitungan
milidetik. Sinyal depolarisasi dimediasi oleh reseptor glutamat yang ditandai dengan masuknya ion
Na+ dan disertai dengan masuknya sejumlah Ca2+.
4. Signaling
a. Signaling cell
Terminologi transduksi signal (signal transduction) yang sering pula disebut sebagai signal sel
(cell signaling) merupakan suatu proses komunikasi yang meliputi konsep tentang
tanggapan sel terhadap rangsangan dari sekelilingnya yang disusul dengan timbulnya reaksi
didalam sel. Transduksi signal dalam sel mungkin akan melibatkan proses fisik seperti proses difusi,
perubahan kimiawi seperti peristiwa posforilasi dari berbagai signal antara (intermediate signaling),
atau keduanya. Pada sebagaian besar peristiwa hantaran signal, awal dan akhir dari peristiwa
hantaran pada umumnya telah diketahui secara baik. Namun proses diantara awal dan akhir peristiwa
hantaran, merupakan proses antara yang masih banyakbelum diketahui secara menyeluruh. Untuk
dapat memahami dengan baik proses antara awal danakhir suatu transduksi signal diperlukan
pemahaman tentang molekul yang berperan padaproses antara tersebut serta proses hantaran signal
dari satu tempat ketempat yang lainnya.
Transportasi berbagai macam protein dalam sel yang melibatkan sitoskeleton
merupakan salah satu bagian dari transduksi signal. Sitoskeleton yang terdapat dalam sel terdiri dari
tiga macam filamen, tersusun saling berkaitan satu dengan lainnya. Jalinan jaringan ini
memungkinkan adanya jalur hubungan antara dinding sel, inti ataupun berbagai organela yang ada
didalam sel. Beberapa penelitian menunjukkan adanya peran masing-masing jenis filament
sitoskeleton pada berbagai hantaran mekanik yang dipergunakan sebagai jalur pergerakan organela
maupun protein dalam sel. Jalur ini memungkinkan pergerakan organela, protein ataupun molekul
lemak bergerak menuju tempat yang dituju. Hal ini memungkinkan pula sitoskeleton terlibat pada
transduksi signal didalam sel.
b. Pathway signaling
cAMP dependent pathway pada manusia, cAMP bekerja dengan cara mengaktifkan protein
kinase A (PKA, cAMP-dependent protein kinase). MAPK/ERK pathway berikatan dengan growth
factors pada reseptor yang ada di permukaaan sel. Jalur ini sangat kompleks dan melibatkan banyak
komponen protein. Pada beberapa sel aktifasi dari jalur ini akan menyebabkan pembelahan sel.
IP3/DAG pathway: PLC memecah the phospholipidphosphatidylinositol 4,5 bisphosphate (PIP2)
yielding diacyl glycerol (DAG) and inositol 1,4,5-triphosphate (IP3). DAG tetap melekat pada membran
dan IP3 dilepaskan ke dalan sitosol.lP3 kemudian berdifusi melalui sitosol untuk mengikat IP3
receptors, saluran khusus kalsium pada endoplasmic reticulum (ER). Dan saluran ini hanya bisa
dilewati kalsium untuk meningkatkan jumlah kalsium di dalam sel pada akhirnya akan menyebabkan
kaskade di dalam sel berubah dan aktif.
MAPK/ERK pathway adalah rangkaian protein di dalam sel yang menghubungkan signal dari
reseptor pada permukaan sel dengan DNA di dalam inti sel. Signal dimulai ketika growth factor
berikatan dengan reseptor pada permukaan sel dan berakhir ketika DNA di dalam inti sel sudah
mengekspresikan suatu protein dan menghasilkan perubhan di dalam sel, seperti misalnya
18

pembelahan sel. Jalur tersebut melibatkan beberapa protein termasuk diantaranya MAPK/ERK yang
terhubung dengan menambahkan group phospat ke protein yang bersebelahan dan bertindak sebagai
saklar on and off. Pada awalnya Receptor-linked tyrosine kinases seperti epidermal growth factor
receptor (EGFR) diaktifkan oleh ligan ektra seluler, ikatan antara epidermal growth factor receptor
(EGF) dengan EGFR mengaktifkan tyrosine kinase yang merupakan Cytoplasmic domain dari
reseptor, selanjutnya EGFR menjadi terphoporilasi pada residu tyrosine. Kemudian protein GRB2
yang bertindak sebagai adaptor menghubungkan reseptor yang sudah aktif dengan SOS suatu
guanine nucleotide exchange factor yang kemudian mentransduksi suatu signal ke small GTP binding
protein (RAS, Rapi) yang pada akhirnya akan mengaktifasi inti dari kaskade yang terdiri dari MAPKKK
(Raf), MAPKK (MEK1/2) dan terakhir MAPK (Erk). MAPK yang telah aktif akan meregulasi target yang
ada di dalam sitosol dan melakukan translokasi ke dalam inti sel yang merupakan signal untuk
melakukan prolifarasi ataupun mempertahankan kehidupan sel, selain itu ERK1/2 pathway juga
memicu terjadinya diferensiasi dari embryonic stem sel. Penghambatan dari MAPK/ERK di dalam
embryonic stem sel akan memblokir diferensiasi dari bermacam-macam tipe sel yang dibuktikan
secara in vitro dan in vivo termasuk diantaranya sel neural, sel endotel adiposity serta sel kortek
visual.
5. Katalis
Protein ini berfungsi sebagai biokatalisator dan mempunyai bentuk globular. Enzim adalah suatu
biokatalisator yang aktif sebab hanya dengan jumlah yang sedikit pada kondisi yang tepat, telah dapat
mengatur jalannya reaksi kimia tertentu. Protein enzim mempunyai sifat yang khas karena hanya
bekerja pada substrat dan bentuk reaksi tertentu.
a. Tempat bekerja
i. Intraseluler
Endoenzim disebut juga enzim intraseluler, dihasilkan di dalam sel yaitu pada bagian membran
sitoplasma dan melakukan metabolisme di dalam sel
ii. Ekstraseluler
Eksoenzim (enzim ekstraseluler) merupakan enzim yang dihasilkan sel kemudian dikeluarkan
melalui dinding sel sehingga terdapat bebas dalam media yang mengelilingi sel dan bereaksi
memecah bahan organic tanpa tergantung pada sel yang melepaskannya
b. Golongan
no
Golongan
Jenis Reaksi yang dikatalisis
1
Oksidireduktase Pemindahan electron
2
Transferase
Reaksi pemindahan gugus fungsional
3
Hidrolase
Reaksi hidrolisis (pemindahan gugus fungsional ke air)
4
Liase
Penambahan gugus ke ikatan ganda atau sebaliknya
5
Isomerase
Pemindahan gugus di dalam molekul menghasilkan bentuk
isomer
6
Ligase
Pembentukan ikatan C-C, C-S, C-O, dan C-N oleh reaksi
kondensasi yang berkaitan dengan penguraian ATP
6. Transportasi
Protein transport adalah protein yang dapat mengikat dan
membawa molekul atau ion yang khas dari satu organ ke
organ lainnya.
a. Myoglobin
Myoglobin
berbeda
dari
hemoglobin
karena
hemoprotein sitoplasma ini hanya mengandung sebuah rantai
polipeptida globin dengan 154 asam amino. Hemoprotein ini
terutama terdapat pada sel myosit otot jantung dan serat otot
19

rangka oksidatif. Fungsi myoglobin adalah sebagai penyimpan O2 pada sel otot, kemudian
melepaskan O2 tersebut ke mitokondria untuk sintesis ATP pada saat latihan berat. Myoglobin juga
berfungsi sebagai buffer intrasellular konsentrasi O2, tujuannya agar konsentrasi O2 tetap konstan
meskipun aktifitas otot sangat meningkat. Fungsi lainnya ialah mengikat vasodilatorNO, karena NO
mempunyai kemampuanmenginhibisi sitokrom c oksidase yang berpotensi merusak system respirasi
mitokondria pada otot rangkadan jantung
Gambar 6 Struktur myoglobin
b. Hemoglobin
Hemoglobin juga merupakan protein transport yang terdapat dalam sel darah merah.
Hemoglobin dapat mengikat oksigen ketika darah melalui paru-paru. Oksigen dibawa dan dilepaskan
pada jaringan periferi yang dapat dipergunakan untuk mengoksidasi nutrient (makanan) menjadi
energi. Pada plasma darah terdapat lipoprotein yang berfungsi mengangkut lipida dari hati ke organ.
Protein transport lain yang terdapat dalam membran sel berperan untuk membawa beberapa molekul
seperti glukosa, asam amino dan nutrient lainnya melalui membran menuju sel

Gambar 7 Struktur Hemoglobin


7. Pergerakan (movement)
Protein ini berperan untuk bergerak. Protein ini memberikan kemampuan pada sel untuk
berkontraksi, bergerak ataupun mengubah bentuk
a. Myosin
Myosin merupakan protein thick filaments dari aparatus kontraktil intraseluler. Myosin otot
polos merupakan suatu protein hexamer yang terdiri dari 2 heavy chain subunits (200kD) dan 2
pasang protein, masing-masing 20 kD dan 17 kD light chain. Setiap heavy chain mempunyai suatu
kepala globuler yang berisi actin binding sites dan adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis activity
(ATP-ase). Myosin merupakan serabut yang stasioner (tetap/tidak berubah) dalam myofibril. Myosin
mempunyai bagian yang berbentuk globular dan sebagian yang berbentuk fibrosa serta menyusun
sekitar 55% berat protein otot. myosin merupakan protein motor yang bekerja dengan mikrofilamen
aktin pada kontraksi otot.

20

Gambar 8 struktur miosin


b. Aktin
Aktin adalah salah satu jenis protein pada sel eukariot. Aktin merupakan komponen utama dari
sistem mikrofilamen, mengatur arsitektur sel dan terlibat dalam berbagai proses pergerakan sel.
Selain itu, aktin juga berfungsi untuk fagositosis, endositosis, sekresi, dan transport intraseluler. Aktin
terdiri dari rantai tunggal polipeptida yang besarnya 375 asam amino (43 kDA) dan mengikat kationkation divalen serta nukleotida adenine (ATP dan ADP). Aktin merupakan substrat spesifik untuk
toksin-toksin yang bersifat meribosilasi aktin ADP.
Aktin merupakan protein eukariotik yang umum, banyak jumlahnya, dan mudah didapati. Aktin
didapati dalam wujud monomer-monomer bilobal globular yang disebut G-aktin yang secara normal
mengikat satu molekul ATP untuk tiap-tiap monomer. G-aktin itu nantinya akan berpolimerisasi untuk
membentuk fiber-fiber yang disebut F-aktin. Polimerisasi ini merupakan suatu proses yang
menghidrolisis ATP menjadi ADP dengan ADP yang nantinya terikat pada unit monomer F-aktin.
Sebagai hasilnya, F-aktin akan membentuk sumbu rantai utama dari filamen tipis.

21

Gambar 9 Struktur aktin G


c. Dinein
Dinein memilki gugus yang berperan sebagai ATP ase, sehingga dapat dikatakan bahwa
dinein bertanggungjawab pada terjadinya hidrolisis ATP. Dinein adalah kompleks protein multi-subunit
yang memiliki gugus yang berperan sebagai ATPase sehingga bertanggung jawab terhadap
terjadinya hidrolisis ATP agar dapat memulai suatu gerakan. Dinein termasuk ke dalam kelompok
protein motor mikrotubulus yang bergerak ke arah ujung negatif (minus end) yang tersusun atas 2
atau 3 rantai tebal (yang termasuk motor domain) dan berhungan dengan beberapa macam rantai
tipis.
Berdasarkan struktur dan fungsinya, dinein terbagi dalam dua kelas yaitu: dinein sitoplasmik
(cytoplasmic dynein) dan dinein aksonemal (axonemal dynein). Dinein aksonemal memiliki rantai tebal
heterodimer dan homodimer dengan 2 atau 3 motor domain kepala dan bertanggung jawab untuk
pergerakan mikrotubulus (sliding movement) seperti pada silia dan flagella. Dinein sitoplasmik
memiliki rantai tebal homodimer dengan 2 motor domain sebagai kepala dan berperan penting pada
mitosis, polarisasi sel, transpor vesikel dan organel (transpor intraseluler) serta mengarahkan
perpindahan sel, seperti untuk lokalisasi apparatus golgi ke bagian tengah sel.
d. Kinetin
Kinetin mampu menimbulkan gerakan sepanjang mikrotubula. Kinetin merupakan turunan dari
hormon sitokinin. Adapun fungsi utama sitokinin adalah merangsang pembelahan sel. Beberapa dari
protein dapat berupa enzim yang diperlukan dalam mitosis. Proses penuaan kondisi yang menyertai
pertambahan umum, yang mengarah kematian organ atau organisme tersebut mengalami penuaan
(senescence).
Hormon kinetin termasuk turunan dari hormone sitokinin yang berfungsi untuk memacu
pembelahan sel. Terdapat bukti utama yang menyatakan keterlibatan sitokinin yaitu banyak jenis
sitokinin yang mampu menggantikan sebagian faktor yang dibutuhkan akar untuk menunda penuaan
dan kandungan sitokinin helai daun meningkat berlipat ganda ketika akar liar terbentuk pada tanaman
bunga matahari kandungan sitokinin pada cairan xylem meningkat selama masa pertumbuhan cepat,
kemudian sangat menurun saat pertumbuhan berhenti dan tanaman mulai berbunga, hal tersebut
menunjukan bahwa berkurangnya pengangkutan sitokinin dari akar ketajuk mengakibatkan penuaan
lebih cepat.
22

Kinetin menunda penuaan pada daun dengan cara mempertahankan keutuhan membran
tonoplas, kloroplas dan mitokondria. Kinetin juga berperan dalam perusakan membran melalui
oksidasi asam lemak tak jenuh pada membran. Proses ini disebabkan karena kinetin menghambat
pembentukan dan mempercepat penguraian radial bebas seperti superoksidatif dan radial hidroksi
karena kalau tidak dicegah akan mengoksidasi membran.
e. Troponin
Kompleks troponin adalah suatu kelompok yang terdiri dari 3 subunit proteinyang berlokasi
pada filamen tipis dari apparatus kontraktil, yaitu :
Troponin C ( TnC), mengikat kalsium dan bertanggung jawab dalam proses pengaturan aktifasi
filamen tipis selama kontraksi otot skelet dan jantung. Berat molekulnya adalah 18.000 Dalton.
Troponin I (TnI) dengan berat molekul 24.000 Dalton merupakan subunit penghambat yang mencegah
kontraksi otot tanpa adanya kalsium dan troponin.
Troponin T (TnT) berat molekulnya 37.000 Dalton bertanggung jawab dalam ikatan kompleks troponin
terhadap tropomiosin.
Troponin T kardiak, suatu polipeptida yang berlokasi pada filamen tipis merupakan protein
kontraktil regular, paa orang sehat TnT tidak dapat dideteksi atau terdeteksi dalam kadar yang sangat
rendah, tetapi terdapat dalam sitoplasma miosit jantung sebanyak 6% dan dalam bentuk ikatan
sebanyak 94%. Troponin T lokasinya intraseluler, terikat pada kompleks troponin dan untaian molekul
tropomision. Kompleks troponin merupakan suatu protein yang mengatur interaksi aktin dan miosin
bersama-sama dengan kadar kalsium intra seluler. Pada otot jantung manusia, diperkirakan 6% dari
total TnT miokardial ditemukan sebagai larutan pada sitoplasmik ( fraksi bebas), yang mungkin
berfungsi sebagai prekursor untuk sintesis kompleks troponin. TnT yang larut dalam cairan sitosol
akan mencapai sirkulasi darah dengan cepat bila terjadi kerusakan miokard, sedangkan TnT yang
terikat secara struktural sirkulasi darah lebih lambat karena harus memisahkan lebih dahulu (
degradasi proteolitik) dari jaringan kontraktil. Karena pelepasan TnT terjadi dalam 2 tahap, maka
perubahan kadar TnT serum pada IMA mempunyai 2 puncak (bifasik). Puncak pertama disebabkan
oleh pelepasan TnT dari cairan sitosol dan puncak kedua karena pelepasan TnT yang terikat secara
struktural. Sehingga pada kasus IMA, TnT kardiak akan masuk lebih dini kedalam sirkulasi darah dari
pada CK-MB sehingga dalam waktu singkat kadarnya dalam darah sudah dapat diukur,s edangkan
puncakkedua pelepasan TnT ini berlangsung lebih lama dibanding dengan CK-MB, sehinggadisebut
jendela diagnostik yang lebih besar dibanding dengan petanda jantunglainnya. Tampaknya pelepasan
troponin T beberapa jam setelah infark miokardadalah berasal dari sitoplasma, sehingga akan
mencapai sirkulasi darah dengan cepat. Sedangkan pelepasan yang berkepanjangan akibat dari
kerusakan struksturapparatus, sehingga untuk mencapai sirkulasi darah lebih lambat karena
harusmemisahkan lebih dahulu ( degradasi proteolitik) dari jaringan kontraktil . troponin T kardiak
terdeteksi setelah 3-4 jam sesudah kerusakan miokard dan masih tinggi dalam serum selama 1-2
minggu. Dilaporkan troponin T merupakan pemeriksaan yang sangat bermanfaat terutama bila
penderita IMA yang disertai dengan kerusakan otot skelet. Pelepasan troponin T sitolitik juga sensitif
terhadap perubahan perfusi arteri koroner dan dapat digunakan dalam menilai keberhasilan terapi
reperfusi.
TnT kardiak merupakan protein spesifik miokard dan dapat dibedakan dari isoformnya yang
terdapat pada otot lurik dengan teknik imunologi. Oleh karena itu TnT kardiak dapat digunakan untuk
mendeteksi adanya nekrosis miokard pada keadaan dimana terdapat peningkatan CK non kardiak
pada cedera lurik.

23

Gambar 10 Protein pergerakan


f.

8.
a.

b.

c.

Tropomyosin
Molekul tropomiosin adalah protein berbentuk seperti benang yang terletak disepanjang sisi
alur spiral aktin bersambungan ujung ke ujung. Dalam posisi ini molekul ini menutupi bagian-bagian
aktin yang akan berikatan dengan jembatan silang. Molekul-molekul tropomyosin merupakan filamenfilamen panjang yang terletak di sepanjang alur diantara dua rantai aktin. Tiap filamen tipis
mengandung 300-400 molekul aktin dan 40-60 molekul tropomyosin.
Hormon
Pertumbuhan
Growth hormon (GH) atau hormon pertumbuhan merupakan hormon esensial untuk
pertumbuhan anak dan remaja. Hormon tersebut dihasilkan oleh kelenjar hipofisis akibat
perangsangan dari hormon GH-releasing faktor yang dihasilkan oleh hipotalamus. GH dikeluarkan
secara episodik dan mencapai puncaknya pada malam hari selama tidur. GH berefek pada
pertumbuhan dengan cara stimulasi produksi insulin-like growth faktor 1 (IGF-1) dan IGF-3 yang
terutama dihasilkan oleh hepar dan kemudian akan menstimulasi produksi IGF-1 lokal dari kondrosit.
Growth hormon memiliki efek metabolik seperti merangsang remodeling tulang dengan merangsang
aktivitas osteoklas dan osteoblas, merangsang lipolisis dan pemakaian lemak untuk menghasilkan
energi, berperan dalam pertumbuhan dan membentuk jaringan serta fungsi otot serta memfasilitasi
metabolisme lemak. Hormone pertumbuhan merupakan pengatur utama pada pertumbuhan somatic
terutama pertumbuhan kerangka. Hormone pertumbuhan merangsang pembentukan somatedin yang
mempengaruhi tulang rawan sehingga terjadi pertambahan tinggi badan. Somatomedin atau IGF-1
sebagai perantara hormon pertumbuhan untuk pertumbuhan tulang
Insulin
Insulin merupakan hormone peptide yang disekresikan oleh sel dari Langerhans pancreas.
Fungsi insulin adalah untuk mengatur kadar normal glukosa darah. Insulin bekerja melalui
memperantarai uptake glukosa seluler, regulasi metabolism karbohidrat, lemak, dan protein, serta
mendorong pemisahan dan pertumbuhan sel melalui efek motigenik pada insulin.
Insulin memiliki struktur dipeptida, yang terdiri dari rantai A dan B. Kedua rantai ini
dihubungkan dengan jembatan sulfide yang menghubungkan struktur helix terminal N-C dari rantai A
dengan struktur central helix dari rantai B. Insulin mengandung 51 asam amino, dengan berat molekul
5802. Rantai A terdiri dari 21 asam amino dan rantai B terdiri dari 30 asam amino
Paratiroid
Hormon paratiroid merupakan suatu polipeptida asam amino, yang diproduksi oleh kelenjar
paratiroid. Kelenjar paratiroid terdiri 4 struktur kecil yang terletak di belakang kelenjar tiroid. Hormon
paratiroid merangsang resorpsi tulang sehingga terjadi peningkatan kadar kalsium darah. Hormon
paratiroid tidak dapat berikatan erat dengan reseptor pada osteoklas, sehingga tidak dapat
24

mempengaruhi secara langsung perilaku osteoklas. Tetapi hormon ini dapat berikatan dengan
reseptor pada sel osteoblas, yang dapat menstimulasi pembentukan tulang. Telah dipercaya bahwa
ikatan antara hormon paratiroid dengan sel osteoblas menghasilkan peningkatan ekspresi RANKL,
sehingga secara tidak langsung terjadi peningkatan aktivitas osteoklas.
RANKL merupakan reseptor yang berada pada permukaan sel prekursor osteoklas. RANKL
diekspresikan pada permukaan sel osteoblas dan berikatan dengan (merupakan suatu ligand)
RANKL.
9. Penyimpanan (storage)
Protein ini merupakan cadangan makanan yang dibutuhkan untuk pertumbuhan dan
perkembangan
a. Ferritin
Ferritin merupakan protein yang penting dalam metabolisme zat besi. Dalam keadaan normal,
ferritin menyimpan zat besi yang dapat dipergunakan jika diperlukan sewaktu-waktu. Ferritin tersusun
oleh 24 subunit yang terdiri dari 18.5 kDa, yang mengelilingi 3000-4500 atom ferric. Normalnya, hanya
sedikit ferritin yang terdapat di plasma. Jumlah ferritin di plasma dapat diukur dan merupakan indeks
cadangan zat besi dalam tubuh. Sintesis reseptor transferin (TfR) dan feritin secara resiprokal
berkaitan dengan kandungan zat besi selular. Ketika kadar zat besi tinggi, sel menggunakan mRNA
ferritin untuk mensintesis ferritin, dan mRNA TfR dihancurkan. Sebaliknya, jika kadar zat besi rendah,
mRNA TfR menjadi stabil dan terjadi peningkatan sintesis reseptor, dan mRNA tampaknya disimpan
dalam bentuk inaktif.

Gambar 11 Struktur Ferritin


b. Albumin
Albumin merupakan protein terbanyak dalam plasma yang berperan dalam proses
penyembuhan penyakit dan atau recovery/ pemulihan setelah tindakan pembedahan (operasi). Serum
albumin manusia adalah satu molekul unik yang merupakan protein utama dalam plasma manusia
(3.4 4,7 g/dl) dan membentuk kira-kira 60% dari protein plasma total. Kira-kira 40% albumin dapat
dijumpai didalam plasma dan 60% yang lain dijumpai di ruang ekstraseluler. Hati menghasilkan kirakira 12 g albumin per hari yang merupakan kira-kira 25% dari total sintesa protein hati. Albumin
mempertahankan tekanan osmotik koloid dalam pembuluh darah dan mempunyai sejumlah fungsi
penting lain. Albumin melarutkan dan menghantarkan banyak molekul-molekul kecil dalam darah
(contohnya bilirubin, kalsium, progesteron dan obat-obatan), merupakan tempat penyimpanan protein,
dan merupakan partikel utama yang menentukan tekanan onkotik plasma, supaya cairan tidak dapat
secara bebas melintas antara ruang intradan extravascular
Albumin merupakan protein utama pada manusia, meliputi 2/3 protein total dengan berat
molekul 65.000 dalton. Rendahnya kadar albumin dalam serum darah disebabkan karena gangguan
sintesa (malnutrisi, disfungsi hepar) atau kehilangan (asites, protein hilang karena nefropati atau
25

enteropati) sehingga menyebabkan gangguan yang serius pada tekanan onkotik intravaskuler,
kehilangan albumin dapat bermanifestasi edema

Gambar 12 Struktur albumin


c. Kasein
Kasein merupakan protein utama susu, suatu makromolekul yang tersusun atas subunit asam
amino yang dihubungkan dengan ikatan peptida. Kasein berfungsi sebagai substrat bagi enzim
protease. Kasein merupakan komponen protein yang terbesar dalam susu dan sisanya berupa
albumin. Kadar kasein pada protein susumencapai 80 persen. Kasein terdiri atas beberapa fraksi
seperti alphacasein,betha-casein, dan kappa-casein

Gambar 12 Rumus molekul kasein

26

SINTESIS PROTEIN
Aisyah Nur Ridha (1306481991)

ABSTRAK
Protein mempunyai peranan penting dalam organisasi struktural dan fungsional dari
sel.
Protein struktural menghasilkan beberapa komponen sel dan beberapa bagian diluar sel seperti
kutikula, serabut dan sebagainya. Protein fungsional (enzim dan hormon) terlibat hampir di semua
kegiatan metabolisme, biosintesis, pertumbuhan, pernapasan dan perkembangbiakan dari sel. Protein
terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon,
sebagai komponen penyimpanan dan juga dalam transportasi hara. Sintesis protein adalah proses
pembentukan protein dari monomer peptida yang diatur susunannya oleh kode genetik. Sintesis
protein dimulai dari anak inti sel, sitoplasma dan ribosom. Suatu konsep dasar hereditas yang mampu
menentukan ciri spesifik suatu jenis makhluk menunjukkan adanya aliran informasi bahan genetik dari
DNA ke asam amino (protein). Konsep tersebut dikenal dengan dogma genetik. Tahap pertama
dogma genetik dikenal sebagai proses transkripsi DNA menjadi mRNA. Tahap kedua dogma genetik
adalah proses translasi atau penerjemahan kode genetik pada RNA menjadi urutan asam amino.

Kata kunci: asam amino, protein, sintesis, transkripsi, translasi


Tahapan sintesa protein adalah:
1. Pencetakan m-RNA melalui proses transkripsi.
2. Penterjemahan informasi genetis berupa urutan asam amino melalui proses translasi.
prosesnya :
1. replikasi
: yang terjadi seperti pada sel membelah waktu mitosis
2. transkripsi : informasi genetik pada DNA, di salin oleh mRNA
3. translasi
: mRNA ke sitoplasma ke retikulum

1.

Transkripsi

Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan arahan DNA. Transkripsi adalah bagian dari
rangkaian ekspresi genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada
salah satu untaian molekul DNA digunakan sebagai cetakan untuk sintesis molekul RNA yang
komplementer. Molekul RNA yang disintesis dalam proses transkripsi pada garis besarnya dapat
dibedakan menjadi 3 kelompok molekul RNA, yaitu: mRNA (messenger RNA), tRNA(transfer RNA),
dan rRNA (ribosomal RNA).
1.1

Mekanisme Transkripsi

Walaupun mekanisme dasar transkripsi dan translasi serupa untuk prokariota dan eukariota, terdapat
suatu perbedaan penting dalam aliran informasi genetik di dalam sel-sel tersebut. Karena prokariotik
tidak memiliki nukleus, DNA-nya tidak tersegregasi dari ribosom dan perlengkapan pensintesis-protein
lainnya. Transkripsi dan translasi dipasangkan, dengan ribosom menempel pada ujung depan molekul
mRNA sewaktu transkripsi masih terus berlangsung.
27

Sebaliknya, sel eukariotik, selubung nukleus memisahkan transkripsi dan translasi dalam ruang dan
waktu. Transkripsi terjadi di nukleus, dan mRNA dikirim ke sitoplasma, di mana translasi terjadi. Tetapi
sebelum mRNA itu meninggalkan nukleus, transkrip-transkrip RNA eukariotik dimodifikasi dengan
berbagai cara untuk menghasilkan mRNA akhir yang fungsional. Dengan demikian, dalam proses
dua-langkah ini, transkrip gen eukariotik menghasilkan pra-mRNA, dan pemrosesan RNA
menghasilkan mRNA akhir.
Baik transkripsi di eukariot maupun prokariot sama-sama melalui tahapan berikut:

Gambar 1: Tahapan transkripsi prokariot dan eukariot

1. Penempelan faktor-faktor pengendali transkripsi di promotor, misalnya RNA polimerase (inisiasi).


2. Pembentukan kompleks promotor terbuka (open promotor complex). Tidak seperti replikasi
dimana DNA benar - benar dibuka, pada transkripsi pilinan DNA dibuka namun masih tetap di
dalam RNA polimerase.
3. RNA polimerase membaca DNA template dan melakukan pengikatan nukleotida yang
komplementer (Elongasi).
4. Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti dengan terminasi yang ditandai dengan lepasnya RNA
polimerase dari DNA yang ditranskripsi.
1.2 Prinsip pada Transkripsi
Selain mekanisme dasar yang hampir sama, pada eukariot dan prokariot keduanya memiliki
prinsip sama pada proses transkripsinya:
1. Prekursor untuk sintesis RNA ada 4 macam: 5-trifosfat ATP, GTP, CTP, dan UTP (tidak ada
thymine pada RNA).
2. Reaksi polimerisasi atau pemanjangan RNA sama dengan replikasi DNA yaitu dengan arah 5 ->
3.
28

3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template.
4. Untai DNA yang berperan sebagai cetakan hanya salah satu untai.
5. Hasil transkripsi berupa RNA untai tunggal.
1.3 Triplet nukleotida dalam kode genetik
Triplet basa nukleotida merupakan unit terkecil dengan panjang seragam yang dapat mengkode
seluruh asam amino. Jika setiap susunan yang terdiri dari tiga basa berurutan menentukan satu asam
amino, akan ada 64 kemungkinan kata kode yang lebih dari cukup untuk menentukan semua asam
amino tersebut. Aliran informasi dari gen ke protein didasarkan pada kode triplet perintah genetik
untuk rantai poipeptida ditulis dalam DNA sebagai satu deret yang terdiri dari kata-kata tiga
nukleotida.
Sel tidak dapat secara langsung mentranslasi gen menjadi asam amino. Langkahnya adalah
transkripsi, dimana selama transkripsi gen tersebut menentukan ururtan triplet basa disepanjang
molekul mRNA. Untaian ini disebut untaian cetakan, karena untaian ini memberikan cetakan untuk
menata urutan nukleotida dalam transkrip RNA. DNA yang ada dapat menjadi untaian cetakan
dibeberapa daerah dalam suatu molekul DNA, sementara di daerah lain di sepanjang heliks ganda
untai komplementerlah yang berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis RNA.
Molekul mRNA lebih merupakan komplementer daripada identik dengan cetakan DNA nya karena
basa RNA disusun pada cetakan tersebut berdasarkan aturan pemasangan basa. Pasangan ini
serupa dengan pasangan yang terbentuk selama replikasi DNA, kecuali bahwa U, RNA untuk
mengganti T, berpasangan dengan A. Dengan demikian, apabiala untai DNA ditranskripsi, triplet basa
ACC dalam DNA menyediakan cetakan uintuk UGG dalam molekulmRNA terasebut. Triplet basa
mRNA ini disebut kodon.

Gambar 2. Kode triplet

Gambar 3. Kode genetik

1.4 Transkripsi pada Prokariot


Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah organisasi dari beberapa
gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misal operon lac, pada metabolisme laktosa
29

pada bakteri E.coli. Pada waktu ditranskripsi operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang
membawa kode - kode genetik untuk polipeptida berbeda yang disebut dengan mRNA polisistronik.

Gambar 4. Transkripsi pada prokariot


Sesuai gambar di atas, pada operon lac punya 3 gen struktural yaitu lac Z, lac Y dan lac A. Masingmasing dari gen itu punya start kodon dan stop kodon sendiri-sendiri. Namun ekspresinya tetep
dikendalikan dengan operon yang sama. Sewaktu ditranskripsi hasilnya 1 mRNA membawa kodonkodon untuk 3 macam polipeptida yg beda. Translasinya akan menjadi 3 polipeptida yang
independen.
Struktur Gen Prokariot
Pada prokariot gennya secara umum tersusun atas promotor, bagian struktural, dan terminator

Gambar 5. Struktur Gen Prokariot


Promotor
Promotor adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalaikan transkripsi gen struktural
dan terletak di daerah upstream (hulu) dari bagian struktural gen.
Fungsi promoter sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase yang nantinya
melakukan transkripsi pada bagian struktural
Pada prokariot bagian penting promotornya disebut sebagai Pribnow box pada urutan nukleotida -10
dan -35. Biasanya berupa TATA box.
Pribnow box merupakan daerah tempat pembukaan heliks DNA untuk membentuk kompleks
promotor terbuka. Jadi di TATA box itulah DNA dipisahkan dan di luar TATA box helix DNAnya
tetap berikatan.
30

Gambar 6. TATA BOX


Operator
Operator merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promotor dan bagian struktural dan
merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan atau penghambat ekspresi gen). Jika ada
represor yang melekat di operator maka RNA polimerase tidak bisa jalan dan ekspresi gen tidak bisa
berlangsung.

Gambar 7. Operator
Gambar di atas operator disimbolkan dengan warna ungu yg berada di antara promotor (merah) dan
gen struktural (hijau).
Selain adanya supresor ada juga enhancer. supresor untuk menghambat sedangkan enhancer
kebalikannya, yaitu meningkatkan transkripsi dengan meningkatkan jumlah RNA polimerase. Namun
letaknya tidak pada lokasi yg spesifik seperti operator, ada yang jauh di upstream atau
bahkan downstream dari titik awal transkripsi.
Coding Region
Gen struktural merupakan bagian yang mengkode urutan nukleotida RNA. Transkripsi dimulai dari
sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai kodon stop (TAA / TGA / TAG). Pada prokariot tidak ada
sekuens intron (yg tidak dapat diekspresikan) sehingga semuanya berupa ekson. Namun kadang
pada archaebacteria dan bakteriofag ada yg memiliki intron.
Terminator
Dicirikan dengan struktur jepit rambut / hairpin dan lengkungan yang kaya yang akan urutan GC yang
terbentuk pada molekul RNA hasil transkripsi
31

RNA Polimerase
RNA polimerase merupakan enzim yang mengkatalisis proses transkripsi. Apabila susunannya
lengkap 2 disebut holoenzim. Saat tidak ada cuma 2 disebut core-enzyme.
Fungsi subunit itu:

= diduga berfungsi dalam penyusunan enzim

= berfungsi dalam pengikatan nukleotida

= berfungsi dalam penempelan DNA

= berfungsi untuk mengarahkan agar RNA polimerase menempel pada promotor.


Mekanisme Transkripsi
Inisiasi
Pembentukan kompleks promoter tertutup
RNA polimerase menuju ke promoter atas bantuan faktor . Lalu diibaratkan pesawat, signal adalah
antenanya. Dan promotor itu bandaranya. Pesawat selalu mendarat di bandara, dibantu dengan
signal.
Pembentukan kompleks promoter terbuka
BagianDNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk struktur gelembung transkripsi
(transcription bubble) yang stabil.
Penggabungan beberapa nukleotida awal
Dalam transkripsi nukleotida RNA digabung hingga membentuk transkrip RNA. Pada awalnya basabasa RNA yang digabung membentuk ikatan hidrogen dengan basa DNA cetakan.
Pelepasan subunit dan perubahan konformasi holoenzim jadi core enzyme
Setelah inisiasi terjadi, subunit terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan oleh enzim inti RNA
polimerase lain.
Elongasi
Dalam elongasi, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang baru
terbentuk (RNA baru terbentuk dengan arah 5 -> 3) menggunakan ikatan fosfodiester. Nukleotida
RNA yang ditambahkan bersifat komplementer dengan nukleotida untai DNA cetakan.
Terminasi
Penghentian transkripsi atau terminator ada 2:
1. Rho-independent yaitu terminasi ditentukan urutan nukleotida. Dicirikan struktur jepit rambut
/ hairpin yang kaya akan basa GC. Mekanisme pemisahan, Akibat struktur itu, RNA polimerase
berhenti dan meruka bagian dari sambungan (hibrid) DNA-RNA. Lalu sisa hibridnya merupakan
urutan oligo U (rU) yg tidak cukup stabil berpasangan dengan A (dA) ikatan hidrogen hanya
2. Akibatnya Lepasnya ikatan lemah tersebut dan RNA hasil transkripsi lepas .
2. Rho-dependent yaitu terminasi memerlukan protein rho. Faktor rho terikat pada RNA transkrip
kemudian mengikuti RNA polimerase sampai ke daerah terminator. Lalu faktor rho membuat
destabilisasi ikatan RNA-DNA hingga RNA terlepas.
1.5 Transkripsi pada Eukariot
Struktur gen
Secara umum hampir sama dengan prokariot ada promotor, bagian struktural dan terminator. Yang
berbeda adalah pada bagian strukturalnya

32

Bagian struktural pada eukariot


Mengapa bagian struktural/coding region berbeda, karena kalau di eukariot ada bagian intron dan
ekson.
Intro (intervening sequences) merupakan sekuens yang tidak mengkode asam amino. Pada
gambar yang berwarna biru muda agak hijau. Nantinya bagian ini akan dibuang saat
pematangan RNA.
Ekson sekuens yang nantinya dikode jadi asam amino. Pada gambar berwarna merah.
Mekanisme Transkripsi
Pada eukariot RNA polimerasenya berbeda beda, ada RNA polimerase I, II dan III. Penggunaannya
dalam sintesis molekul berbeda. Sebelum RNA polimerase menempel di promotor, ada faktor
transkripsi yang membantu meng-guide RNA polimerase. RNA polimerase I guidenya SL1 dan UBF,
RNA polimerase II dibantu dengan TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH dan TFIIJ. RNA
polimerase III dipandu oleh TFIIIA, TFIIIB, TFIIIC dan protein TBP.
Proses pasca-transkripsi
Karena adanya intron pada eukariot, maka mRNA yg dihasilkan tidak bisa langsung dikeluarkan ke
sitosol untuk ditranslasi namun harus diolah terlebih dahulu. Caranya:
1. Splicing
Merupakan proses pembuangan intron dan penyambungan ekson. Awalnya RNA hasil transkripsi
pada eukariot disebut pre-mRNA karena masih ada intronnya. Kemudian intron akan dipotong dan
ekson-ekson disambung menjadi mRNA matang (mature mRNA). Untuk lebih jelasnya:
Intron dipotong dengan spliceosome, lalu penyambungan ekson-ekson menggunakan enzim ligase.
2. Poliadenilasi
Merupakan proses penambahan poli A (rantai AMP) pada ujung 3 nukleotida mRNA. Fungsinya untuk
meningkatkan stabilitas mRNA dan meningkatkan efisiensi translasinya.
3. Capping
Penambahan tudung mRNA berupa molekul 7-metilguanosin. Fungsinya ada 4:
Melindungi mRNA dari degradasi
Meningkatkan efisiensi translasi mRNA
Meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukelus ke sitoplasma
Meningkatkan efisiensi proses splicing
2. TRANSLASI
Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida atau kodon yang ada pada molekul
mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein.
Transkripsi dan translasi merupakan dua proses utama yang menghubungkan gen ke protein.
Translasi hanya terjadi pada molekul mRNA, sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul
mRNA yang merupakan salinan urutan DNA menyusun suatu gen dalam bentuk kerangka baca
terbuka.
mRNA
membawa
informasi
urutan
asam
amino.
Proses translasi berlangsung di ribosom. Asam amino yang akan dirangkaikan dengan asam amino
lainnya dibawa oleh tRNA. Setiap asam amino akan dibawa oleh tRNA yang spesifik ke dalam
kompleks mRNA ribosom.
Proses translasi berupa penerjemahan kodon atau urutan nukleotida yang terdiri atas tiga
nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertentu. Kodon pada mRNA akan
berpasangan dengan antikodon yang ada pada tRNA. Setiap tRNA mempunyai antikodon yang
spesifik. Tiga nukleotida di anti kodon tRNA saling berpasangan dengan tiga nukleotida dalam kodon
mRNA menyandi asam amino tertentu. Proses translasi dirangkum dalam tiga tahap, yaitu inisiasi,
elongasi (pemanjangan) dan terminasi (penyelesaian). Translasi pada mRNA dimulai pada kodon
33

pertama atau kodon inisiasi translasi berupa ATG pada DNA atau AUG pada RNA. Penerjemahan
terjadi dari urutan basa molekul (yang juga menyusun kodon-kodon setiap tiga urutan basa) mRNA ke
dalam urutan asam amino polipeptida. Banyak asam amino yang dapat disandikan oleh lebih dari satu
kodon. Tempat-tempat translsasi ini ialah ribosom, partikel kompleks yang memfasilitasi perangkaian
secara teratur asam amino menjadi rantai polipeptida. Asam amino yang akan dirangkaikan dengan
asam amino lainnya dibawa oleh tRNA. Setiap asam amino akan dibawa oleh tRNA yang spesifik ke
dalam kompleks mRNA-ribosom. Pada proses pemanjangan ribosom akan bergerak terus dari arah
5'3P ke arah 3'OH sepanjang mRNA sambil merangkaikan asam-asam amino. Proses penyelesaian
ditandai dengan bertemunya ribosom dengan kodon akhir pada mRNA. Proses translasi dibagi
menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.

Gambar 8. Inisiasi, elongasi, terminasi

Perbedaan antara translasi yang terjadi pada sel eukariot dan sel prokariot
Sel Eukariota
1. Translasi terjadi pada ruangan terpisah yaitu nukleus dan sitoplasma
2. RNAm berpindah dari nukleus ke sitoplasma melalui pori2 diselubung nukleus
Sel Prokariot
1. Translasi terjadi dalam satu ruangan
2. DNA tidak dipisahkan dari ribosom dan pensintesa protein lainnya
3. RNAm segera ditranslasi tanpa proses tambahan
2.1 Inisiasi
Pada prokariot maupun eukariot, proses translasi selalu dimulai pada kode genetika AUG, oleh
karena itu kode tersebut disebut sebagai kode genetika inisiasi. Dalam hubungan ini protein yang baru
terbentuk pertama kali pada eukariot maupun prokariot selalu diawali dengan methionin.
Tahap inisiasi terjadi karena adanya tiga komponen yaitu mRNA, sebuah tRNA yang memuat asam
amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom. Dalam kompleks inisisasi, ribosom
membaca kodon pada mRNA. Pembacaan dilakukan untuk setiap 3 urutan basa hingga selesai
seluruhnya. Sebagai catatan ribosom yang datang untuk membaca kodon biasanya tidak hanya satu,
melainkan beberapa ribosom yang dikenal sebagai polisom membentuk rangkaian mirip tusuk sate, di
mana tusuknya adalah mRNA dan daging adalah ribosomnya. Dengan demikian, proses
pembacaan kodon dapat berlangsung secara berurutan. Ketika kodon I terbaca ribosom (misal
34

kodonnya AUG), tRNA yang membawa antikodon UAC dan asam amino metionin datang. tRNA
masuk ke celah. Ribosom di sini berfungsi untuk memudahkan perlekatan yang spesifik antara
antikodon tRNA dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Sub unit ribosom dibangun oleh
protein-protein dan molekul-molekul RNA ribosomal. Inisiasi translasi di kalangan eukariot
dibandingkan dengan yang terjadi di kalangan prokariot adalah pada macam serta jumlah protein
faktor inisiasi serta methionin sebagai asam amino pertama. Macam faktor inisiasi translasi pada
eukariot disebut eIF, jumlahnya lebih banyak pada eukariot dibanding pada prokariot. Asam amino
pertama translasi pada eukariot adalah methionin sedangkan pada prokariot berupa formyl
methionin.
Tahap inisiasi prokariot
1. Tahap pertama meliputi pembentukan kompleks preinisiasi (preinitiation complex). Struktur ini
terdiri dari subunit 40S ribosom, ternary complex' yang tersusun dari faktor inisiasi eIF2 yang
terikat tRNAMet inisiator, molekul GTP, dan tiga faktor eIF1, eIF1A, eIF3.
2. Kompleks preinisiasi selanjutnya bergabung dengan ujung 5 the mRNA. Tahap ini memerlukan
kompleks pengikatan tudung (cap binding complex), kadangkadang disebut eIF4F, yang terdiri
dari faktor inisiasi eIF4A, eIF4E dan eIF4G. Faktor inisiasi eIF4G berfungsi sebagai jembatan
antara eIF4E (yang terikat pada tudung) dan eIF3 (yang terikat pada kompleks preinisiasi).
3. Setelah kompleks preinisiasi mengikat ujung mRNA, kompleks ini sekarang disebut kompleks
inisiasi (initiation complex), harus menggeserkan posisinya (scanning) sepanjang mRNA sampai
mencapai kodon inisiasi. Kodon inisiasi, yang biasanya 5AUG3 pada eukariot, dapat dikenali
sebab urutan ini terdapat dalam urutan konsensus pendek, 5ACCAUGG3, yang dikenal sebagai
konsensus Koza (Kozak consensus).
4. Ketika kompleks inisiasi telah menduduki kodon inisiasi, subunit besar ribosom akan mengikat
kompleks inisiasi ini. Tahap ini memerlukan hidrolisis GTP dan pelepasan faktorfaktor inisiasi.
Faktor inisiasi terakhir yang terlibat pada tahap ini adalah eIF5 (yang membantu pelepasan
faktorfaktor inisiasi lain) dan eIF6 (yang bergabung dengan subunit besar yang tidak terikat dan
mencegah untuk menempel pada subunit kecil di dalam sitoplasma).

35

Gambar 9. Proses inisiasi translasi pada prokariot

Tahap inisiasi eukariot


1. Proses inisiasi diawali ketika subunit kecil ribosom, bersamaan dengan faktor inisiasi IF3 mengikat
pada situs pengikatan ribosom (ribosome binding site).
2. tRNAiMet inisiator dibawa ke subunit kecil ribosom oleh faktor inisiasi kedua, IF2, bersama
molekul GTP (molekul sebagai sumber energi pada tahap akhir inisiasi). Perlu diingat bahwa
tRNAiMet hanya dapat mengenali kodon inisiasi, tRNAiMet tidak dapat mengenali kodon
5AUG3 internal pada mRNA.

36

3.
Tahap inisiasi translasi diakhiri setelah faktor inisiasi, IF1, mengikat kompleks inisiasi ini.
Peran faktor inisiasi IF1 tidak jelas, tetapi diduga memicu perubahan konformasi kompleks inisiasi
sehingga memungkinkan subunit besar ribosom menempel pada kompleks ini. Penempelan subunit
besar, membutuhkan energi yang diperoleh dari hidrolisis GTP, menyebabkan pelepasan faktor-faktor
inisiasi translasi.
2.2 Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino ditambahkan satu per satu diawali dari
asam amino pertama (metionin). Ribosom akan terus bergerak dan membaca kodon-kodon di
sepanjang mRNA. Masing-masing kodon akan diterjemahkan oleh tRNA yang membawa asam amino
yang dikode oleh pasangan komplemen antikodon tRNA tersebut. Di dalam ribosom, metionin yang
pertama kali masuk dirangkaikan dengan asam amino yang di sampingnya membentuk dipeptida.
Ribosom terus bergeser, membaca kodon berikutnya. Asam amino berikutnya dirangkaikan dengan
dipeptida yang telah terbentuk sehingga membentuk tripeptida. Demikian seterusnya proses
pembacaan kode genetika itu berlangsung di dalam ribosom, yang diterjemahkan ke dalam bentuk
asam amino guna dirangkai menjadi polipeptida. Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan
hidrogen dengan antikodon molekul tRNA yang baru masuk yang membawa asam amino yang tepat.
Molekul mRNA yang telah melepaskan asam amino akan kembali ke sitoplasma untuk mengulangi
kembali pengangkutan asam amino. Molekul rRNA dari sub unit ribosom besar berfungsi sebagai
enzim, yaitu mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang menggabungkan polipeptida yang
memanjang ke asam amino yang baru tiba.

Gambar 10. Elongasi


37

2.3Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga ribosom mencapai kodon stop.
Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino
melainkan bertindak sebagai sinyal untuk menghentikan translasi. Polipeptida yang dibentuk
kemudian diproses menjadi protein.
3.POST TRANSLASI
Translasi bukan akhir dari ekspresi genom. Polipeptida muncul dari ribosom non-aktif, dan sebelum
menerima perannya yang fungsional di dalam sel itu harus mengalami sedikitnya satu dari empat tipe
proses post-translational.
1. Protein folding.
Polipeptida adalah non-aktif, sampai dilipat ke dalam struktur tersiernya yang benar. Protein folding
menguji empat tingkat struktur protein (primer, sekunder, tersier, dan kuartener) dan semua informasi
suatu polipeptida memerlukan struktur tiga dimensional yang di dalamnya berisi sekuen asam amino.
Denaturasi dan naturasi kembali secara spontan dari suatu protein kecil. Ketika urea itu dipindahkan
dengan cara dialisis, protein kecil ini mengambil kembali konformasi yang terlipat. Aktivitas protein
meningkat kembali ketingkat asli dan viskositas larutannya berkurang.
Pelipatan spontan ribonuklease dan protein meliputi dua proses:
1. Motif struktural sekunder rantai polipeptida membentuk beberapa mili detik selama denaturasi.
Langkah ini disertai protein roboh ke dalam suatu kompak, tetapi tidak terlipat, organisasi, dengan
gugus hidrofob disampingnya, yang dilindungi dari air.
2. Motif struktural sekunder saling berhubungan satu dengan yang lain dan struktur tersier secara
berangsur-angsur terbentuk. Dengan kata lain, protein mengikuti suatu tahapan pelipatan. Lebih dari
satu tahapan yang mungkin diikuti suatu protein dapat untuk terhubung secara benar pada struktur
lipatan. Jika satu struktur yang salah tidak stabil menyebabkan struktur terbuka, menyebabkan protein
kedua meneruskan rute yang produktif ke arah konformasi yang benar.
2. Cleavage proteolitik.
Pembelahan Proteolitik mempunyai dua fungsi dalam proses translasi sebelumnya dari
protein. Yang pertama untuk memindahkan potongan pendek dari daerah terminal N dan C
polipeptida, menyisakan molekul tunggal dipendekkan yang terlipat dalam protein aktif. Kedua
digunakan untuk memotong poliprotein ke dalam segmen-segmen, sebagian atau seluruhnya
merupakan protein aktif. Peristiwa ini biasa terjadi pada eukariotik tetapi jarang terjadi pada bakteri.
Pengolahan protein dengan pembelahan proteolitik. Pada sisi kiri, protein diproses dengan
memindahkan segmen terminal N. Pada beberapa protein juga terjadi pada terminal C. Pada sisi
kanan, poliprotein diproses untuk menghasilkan tiga protein berbeda. Tidak semua protein mengalami
pembelahan proteolitik.
Poses proteolitik protein berupa protein matur tunggal. Hal ini tidak selalu terjadi. Beberapa
protein pada awalnya disintesis sebagai poliprotein, polipeptida panjang yang terdiri dari rangkaian
protein matur. Pembelahan poliprotein menghasilkan protein tunggal yang memiliki fungsi yang
berbeda satu sama lain.
3. Modifikasi kimia.
Modifikasi kimia sederhana melibatkan penambahan kelompok kimia kecil (asetil, metil atau
pospat) pada satu rantai asam amino atau gugus karboksil dari asam amino terminal di polipeptida.
Tipe lain modifikasi kimia mempunyai peran regulator penting, sebagai contoh terjadinya posporilasi
untuk mengaktifkan beberapa protein yang terlibat dalam sinyal tranduksi.
38

TABEL 1. MODIFIKASI KIMIA PROTEIN


Modification

Acetylation
Methylation
Phosphorylation
Hydroxylation
N-formylation
O-linked
glycosylation
N-linked
glycosylation
Acylation
N-myristoylation
Addition of
Biotinylation

Amino acids that


Examples of proteins
are modified
Addition of small chemical groups
Lysine
Histones
Lysine
Histones
Serine, threonine,
Some proteins involved in signal
tyrosine
transduction
Proline, lysine
Collagen
N-terminal glycine
Melittin
Addition of sugar side chains
Serine, threonine
Many membrane proteins and
secreted proteins
Asparagine
Many membrane proteins and
secreted proteins
Addition of lipid side chains
Serine, threonine,
Many membrane proteins
cysteine
N-terminal glycine
Some protein kinases involved in
signal transduction
biotin
Lysine
Various carboxylase enzymes

4. Intein penyambung.
Jenis terakhir dari proses post-translational yaitu intein penyambung, protein versi dari penyambung
intron yang lebih luas terjadi dengan pre-RNAs. Inteins adalah segmen internal dari protein yang
dipindahkan setelah translasi, kedua segmen eksternal atau exteins terhubung.
Dua fitur inteins :
1. Pertama : struktur dari dua inteins ditentukan oleh kristalografi X-ray. Struktur ini bersifat sama
dengan protein Drosophila disebut Hedgehog (satu protein autoprocessing yang memotong diri
menjadi dua).
2. Kedua : inteins memotong segmen spesifik sequen endonuklease di urutan sesuai dengan lokasi
penyisipannya di gen yang disandi untuk satu versi intein bebas dari protein dan derivatnya. Jika
sel juga berisi gen penyandi untuk intein yang berisi protein, urutan DNA untuk intein mampu
menuju ke lokasi yang akan potong, mengubah intein-minus ke dalam intein-plus proses ini
disebut intein homing (Pietrokovski, 2001).
TRANSLOKASI PROTEIN
Setelah mengalami proses translasi, sebagian besar polipeptida mengalami suatu proses lebih
lanjut sebelum menjadi protein fungsional. Hal pertama kali adalah polipeptida akan diarahkan ke
berbagai macam komponen selular. Kedua, sebagian besar polipeptida akan mengalami substitusi
melalui reaksi kimiawi tertentu sebelum membentuk protein aktif. Dan ketiga, protein akan mengalami
mekanisme degradasi yang terprogram. Langkah-langkah tersebut membutuhkan mekanisme regulasi
yang mana regulator tersebut tersusun dari urutan asam amino yang disebut dengan signal sequence.
Signal sequence tersebut berada bersamaan dengan polipeptida yang bersangkutan dan berfungsi
39

untuk mampu mengenali daerah target dari ribosom menuju ke organel yang lain. Pada organisme
eukariotik signal sequence bekerja dengan ribonukloprotein, yakni SRP signal recognition particle.
Jalur target Protein Didalam sitoplasma, ribosom yang berfungsi sebagai translator mRNA dan
menghasilkan polipetida, maka polipeptida tersebut akan ditranspor ke berbagai macam tempat.
Adapun jalur target polipeptida disajikan dalam gambar

Gambar 11. Peta konsep jalur polipetida yang dimulai dari ribosom menuju ke berbagai
tempat target.

Garis warna merah menunjukkan bahwa daerah target membutuhkan signal sequence,
sementara garis warna hitam tidak membutuhkan signal sequence.
Sinyal Target Polipeptida
Setelah terjadi sintesis polipeptida, maka polipeptida akan dikirim ke daerah target. Namun
terkadang ukuran polipeptida yang terlalu besar, maka ada mekanisme tersendiri yakni polipeptida
yang akan dikirim menuju daerah target belum mengalami pelipatan. Pada daerah polipeptida yang
belum mengalami pelipatan tersebut memiliki signal sequence yang terletak di bagian N-terminal yang
terdiri dari 13-36 residu yang pertama kali dipostulatkan oleh Blobel and Sabatini. Signal sequence
banyak ditemukan asam amino hidrofobik yang berfungsi untuk memudahkan polipeptida yang akan
dibawa masuk menuju daerah target yang memiliki membran hidrofobik. Kemudian satu atau lebih
dari signal sequence tersebut memiliki residu asam amino yang bermuatan positif sebelum urutan
residu hidrofobik serta memiliki residu asam amino polar pada C-terminal yang berdekatan dengan
daerah cleavege site atau tempat pemutusan antara signal sequence dengan polipeptida. Signal
sequence bukan dari protein fungsional, melainkan sebuah urutan asam amino yang jika setelah
selesai mengenali reseptor target, maka signal sequence akan di putus ikatannya dengan enzim
signal peptidase. Pada gambar 2 disajikan macam-macam polipeptida beserta signal sequence-nya
pada polipeptida yang akan menuju ke RE. Sementara pada tabel 1 dikelompokkan sinyal yang tidak
hanya berupa signal sequence, namun ada juga yang berupa molekul non-peptida.
40

Tabel 2. Beberapa sekuens dan molekul yang


membawa langsung suatu protein ke organel target.

Transpor Protein Menuju RE


Translokasi protein ke retikulum endoplasma (RE) dengan menggunakan signal sequence
pertama kali didemonstrasikan oleh George Palade yang diilustrasikan pada gambar 12. Adapun
tahapan mekanisme pada gambar tersebut adalah (1) ribosom memulai mentranslasi mRNA dan (2)
urutan polipeptida yang pertama disintesis adalah signal sequence. (3) selanjutnya signal recognition
particle (SRP) mendekati dan mengikat signal sequence beserta ribosom (4) kemudian SRP berikatan
dengan GTP dan menuju ke reseptor SRP. (5) Tahap selanjutnya ribosom akan menempel pada
transkolon (pori-pori pada RE) yang diikuti dengan lepasnya SRP melalui hidrolisis GTP menjadi
GDP+Pi. (6) Ribosom masih melakukan elongasi ke arah lumen RE dan (7) pada saat itu signal
sequence akan dilepaskan dari polipeptida oleh signal peptidase. (8) Usai melakukan translasi,
ribosom akan memisahkan diri dari RE dan didaur ulang untuk proses tranlasi berikutnya.

Gambar 12. Mekanisme kerja translokasi protein menuju ke retikulum endoplasma


41

Transpor Protein Menuju Mitokondria


Seperti halnya retikulum endoplasma yang membutuhkan sinyal untuk masuk ke dalam lumen,
maka organel mitokondria juga mengalami proses yang sama. Protein melewati membran mitokondria
dalam bentuk belum terlipat yang mana strukturnya distabilkan oleh suatu protein sinyal yang
dinamakan chaperon. Protein ini memfasilitasi rantai polipeptida menuju ke dalam mitokondria.
Tabel 3. Macam-macam chaperon.

Gambar 13. Mekanisme kerja translokasi protein menuju ke mitokondria


Protein chaperon banyak diidentifikasi sebagai heat-shock protein (Hsp) karena mampu
meningkatkan temperatur atau berubah bentuk ketika terjadi perubahan pada lingkungannya serta
mampu mengikat protein yang belum terlipat. Pada jenis tertentu seperti famili dari Hsp60 akan
membentuk seperti dobel donat yang tersusun dari 14 subunit protein yang disebut chaperonin.
Sementara dalam rangkaian polipeptida yang belum terlipat yang akan ditransfer ke mitokondria juga
memiliki sinyal yang dinamakan matrix-targeting sequence (MTS) atau presequence dengan ciri
berupa N-terminal amphipathic helix (N- Met- Leu- Arg- Tre- Ser- Ser- Leu- Phe-Tre- Arg- Arg- ValGlut- Pro- Ser- Leu-Phe- Arg- Asp- Iso- Leu- Arg- Leu- Glut- Ser- Treo). MTS tersebut digunakan
42

untuk mengenali dua reseptor yakni translocase of the outer membrane (TOM) dan translocaseof-the-inner membrane (TIM) yang berada di membran luar dan dalam di mitokondria.
Adapun mekanisme translokasi polipeptida menuju mitokondria dapat diilustrasikan pada
gambar 13. Tahapan-tahapan pada gambar tersebut dimulai dari sintesis polipeptida oleh ribosom di
sitosol yang sudah mengandung MTS dan berinteraksi dengan protein chaperon (Hsp70). Selanjutnya
MTS berinteraksi dengan reseptor TOM 20/22 yang berada di membran luar (OMM/outer membrane
mitocondria) dan selanjutnya ditransfer ke reseptor sebelahnya, yakni TOM 40. Kemudian polipeptida
ditranslokasi menuju ruang antar membran melalui kanal TOM 40 dan berinteraksi dengan reseptor
TIM 23/17 yang berada di membran dalam (IMM/ inner membrane mitocondria). Sementara protein
chaperon Hsp70 berinteraksi dengan TIM44. Kemudian hidrolisis ATP oleh Hsp70 (Gambar 14) akan
membantu translokasi polipeptida menuju ke matriks mitokondria. MTS atau targetting sequence yang
berada di polipeptida akan diputus ikatannya oleh enzim matriks protease.

Gambar 14. Hidrolisis Hsp70 menyebabkan lepasnya polipeptida ke dalam matriks


mitokondria
Transpor Protein Menuju Nukleus
Salah satu ciri dari organisme eukariotik adalah adanya membran inti. Membran tersebut
memiliki dua lapis membran yang kompleks. Jalur keluar masuknya material antara di dalam nukleus
dan di sitosol melalui suatu pori yang dinamakan nuclear pore complexes NPCs

43

Gambar 15. Bentuk dari nuclear pore complexes (NPCs) yang berada di selubung nukleus
suatu sel eukariotik
Melalui membran inilah protein ditransfer dari sitoplasma. Untuk bisa masuk melalui NPCs,
maka dibutuhkan signal sequence yang disebut dengan nuclear localization signals (NLS) yang kaya
akan asam amino lisin dan arginin, yakni Lys-Lys-Lys-Arg-Lys.
Mekanisme translokasi polipeptida menuju nukleoplasma melibatkan berbagai macam protein.
Pada tahap tersebut, molekul cargo (polipeptida yang akan ditransfer ke nukleoplasma) bersamaan
dengan NLS akan berinteraksi dengan importin (karyopherin) yang merupakan molekul protein yang
terlibat dalam transpor polipeptida dan RNP (ribonukleoprotein) menuju ke nukleo-plasma. Molekul
cargo yang bersamaan dengan NLS setelah berinteraksi akan membentuk suatu kompleks. Kompleks
dari cargo, NLS, dan importin akan berinteraksi dengan RanGDP (Ras-related nuclear GDP).
RanGDP membantu kompleks cargo, NLS, dan importin menuju ke nukloplasma. Setelah menuju ke
nukleoplasma, maka RanGDP dikonversi menjadi RanGTP oleh GAP. Pengkonversian tersebut
menyebabkan perubahan konformasi yang mengakibatkan importin dan RanGTP membentuk sebuah
kompleks. Sementara cargo dan NLS masih bersamaan di dalam nukleoplasma yang selanjutnya
NLS akan dipecah dengan enzim. Kompleks importin-RanGTP akan meninggalkan nukleoplasma
menuju sitosol melalui NPCs. Ketika kompleks importin-RanGTP sudah berada di sitosol, maka
kompleks tersebut dipecah menjadi importin dan RanGDP oleh GAP yang akan digunakan untuk
mekanisme seperti sebelumnya.

44

Gambar 16. Mekanisme kerja translokasi protein menuju ke nukleus melalui NPCs
Transpor Protein Menuju Peroksisom
Organel ini hampir dijumpai di sel eukariotik karena memiliki enzim oksidatif seperti katalase
dan juga terlibat dalam berbagai metabolisme seperti asam lemak. Organel ini memiliki membran
tunggal yang mampu menampung lebih dari 50 enzim yang mana katalase dan urat oksidase sebagai
marker untuk organel ini.
Polipeptida yang disintesis di poliribosom sitosolik akan ditransfer ke dalam peroksisom.
Polipeptida yang akan ditransfer memiliki signal sequence tersendiri dan ditemukan ada dua macam,
yakni peroxisomal matrix targeting sequences (PTS), yang terdiri PTS1 dan PTS2. Kebanyakan
signal sequence-nya berupa Ser-Lys-Leu-COO-. Selain itu juga melibatkan reseptor sitosolik, yakni
Pex5 dan reseptor kompleks yang ada di membran peroksisom, yakni Pex2/10/12 dan Pex14 yang
keseluruhannya terlibat dalam mekanisme translokasi polipeptida dari sitosol menuju ke peroksisom.
Mekanisme transpor polipeptida menuju ke peroksisom diilustrasikan di gambar 8. Di sini dicontohkan
adalah enzim katalase yang akan ditranslokasi menuju peroksisom. Katalase yang akan ditransfer
memiliki signal sequence berupa PTS akan berinteraksi dengan Pex5 dan selanjutnya akan
berinteraksi dengan Pex14. Selanjutnya kompleks katalase-Pex14 akan ditransfer menuju membran
kompleks Pex2/10/12 dan katalase masuk ke dalam peroksisom. Sementara itu Pex5 akan
dikembalikan ke sitosol.

45

Gambar 17. Mekanisme kerja translokasi protein menuju ke peroksisom


Transpor Protein Menuju Badan Golgi
Untuk mentransfer protein yang sudah terlipat dari retikulum endoplasma menuju badan golgi,
maka diperlukan perantara berupa vesikel yang akan menjembatani antar orgenel tersebut. Adapun
RE akan menghasilkan vesikel yang berbeda-beda sesuai dengan target yang diharapkan. Sehingga
diperlukan suatu sinyal yang akan direspon oleh organel target tertentu.
Sebelum RE mentranslokasi protein menuju ke badan golgi, maka RE akan mengemas protein
dalam vesikel. Adapun proses terbentuknya vesikel diilustrasikan pada gambar 9. Pada gambar
tersebut, cargo (protein) akan berikatan baik secara langsung maupun secara tidak langsung dengan
mantel (coat) dari COPII, membran, dan adanya exit signal. Setelah terkonsentrasi dalam suatu
membran RE, maka terbentuklah kuncup (budding) dan selanjutnya terbentuklah vesikel.

Gambar 18. Pengeluaran protein dari RE melalui vesikel

46

Setelah terbentuk vesikel yang di dalamnya berisi protein, maka vesikel tersebut akan
ditransfer menuju badan golgi. Seperti halnya translokasi protein yang lain, di dalam protein tersebut
juga terdapat signal sequence yang secara umum tersusun dari urutan asam amino dengan ciri khas
berupa adanya dua asam amino asidisik (Asp-X-Glu) Mekanisme sekresi protein dari RE menuju
badan golgi dapat dijelaskan melalui gambar 19. Pada gambar 19 A. menjelaskan vesikel dari badan
golgi yang akan dikembalikan lagi menuju RE dengan membawa resident protein (warna merah) yang
mana vesikelnya akan dibungkus dengan sinyal pembawa vesikel berupa COPI (warna biru). Agar
resident protein tersebut dapat di terima oleh RE, maka resident protein memiliki signal sequence
berupa Lys-Asp-Glu-Le (KDEL). Sementara pada gambar 19 B. Menjelaskan dua jalur, yakni sekresi
dari RE ke badan golgi dan pengembalian resident protein dari badan golgi ke RE. Pada saat
secretory protein yang memiliki sinyal Asp-X-Glu (warna kuning) akan disekresikan, RE akan
membentuk vesikel dengan dibungkus oleh COPII. Selanjutnya vesikel tersebut ditransfer menuju
badan golgi. Disisi lain resident protein dari badan golgi akan ditransfer menuju ke RE dengan
dibungkus oleh COPI.

Gambar 19. Mekanisme kerja translokasi protein dari RE menuju ke badan golgi
Transpor Protein Menuju Lisosom
Lisosom merupakan organel yang memiliki enzim hidrolitik yang hanya ditemukan pada hewan
dengan fungsi sebagai pencerna makromolekul, baik material intraselular maupun ekstraselular. Di
dalam lisosom banyak mengandung ditemukan enzim protease yang sering disebut cathepsin yang
mana jika protease yang aktivasinya membutuhkan ion Ca2+ disebut calpain dan protease yang
aktivasinya membutuhkan ATP disebut proteasom.
Protein-protein yang berasal dari badan golgi tersebut yang akan di transpor menuju lisosom
tidak memiliki signal sequence seperti yang ada pada protein-protein yang lain. Sinyal yang digunakan
pada mekanisme transpor protein dari badan golgi ke lisosom berupa mannose-6 phosphate.
Mannose-6-phosphate (M6P) merupakan karbohidrat yang digunakan sebagai marker protein dari
badan golgi menuju ke lisosom. Proses pembentukan M6P dengan cara penambahan gugus phospho
N acetylglucosamine pada residu manosa dengan bantuan enzim phosphotransferase,
selanjutnya phospho-diesterase membentuk manosa-6-fosfat yang akan digunakan sebagai sinyal.

47

Gambar 20. Formasi pembentukan manosa-6-fosfat

Gambar 21. Struktur M6P yang berikatan dengan enzim hidrolitik pada lisosom
Selanjutnya di dalam badan golgi bagian TGN (Trans Golgi Network) M6P akan berikatan
dengan protein untuk lisosom, misalnya enzim hidrolitik. Ikatan antara M6P dengan enzim hidrolitik
dihubungkan oleh senyawa oligosakarida Kompleks M6P-enzim hidrolitik akan berikatan dengan
reseptor yang ada di TGN. Selanjutnya mekanisme translokasi enzim hidrolitik menuju ke endosom
sebelum menjadi lisosom dijelaskan melalui gambar 22. Setelah enzim hidrolitik membentuk kompleks
dengan M6P, maka terbentuklah vesikel yang dibungkus dengan reseptor clathrin. Kemudian vesikel
tersebut ditransfer menuju ke endosom. Enzim hidrolitik akan dilepaskan ke dalam endosom.
Rendahnya pH dalam endosom menyebabkan disosiasi atau lepasnya reseptor M6P dari enzim
hidrolitik. Dan di dalam endosom tersebut reseptor akan dikembalikan ke TGN melalui vesikel yang
dibungkus dengan retromer dalam keadaan tanpa protein. Sementara itu di dalam endosom, gugus
fosfat dari M6P akan dilepaskan.
48

Gambar 22. Mekanisme kerja translokasi protein dari TGN menuju ke endosom

49

ANALISIS PROTEIN
TITEN PINASTI 1306482054
ABSTRAK
Protein merupakan senyawa organik kompleks yang terdiri dari monomer asam amino yang
dihubungkan dengan ikatan peptida. Analisis protein terdiri dari analisis kualitatif dan analisis
kuantitatif. Analisis protein secara kualitatif merupakan analisis yang bertujuan untuk mengetahui ada
atau tidaknya protein didalam suatu sampel. Analisis kualitatif protein terdiri dari penentuan berat
molekul dengan metode elektroforesis, penentuan struktur protein dengan kristalografi sinar-X,
spektroskopi NMR dan CD-Spektrofotometri, metode penentuan urutan asam amino dengan
sequencing, dsb. Analisis secara kuantitatif merupakan suatu analisis yang bertujuan untuk
mengetahui kandungan atau kadar protein didalam suatu sampe. Analisis kuantitatif protein ini terdiri
dari analisis protein langsung dengan spektrofotometri, metode pewarnaan dengan metode lowry,
metode biuret, uji BCA dan uji Bradford serta metode titrasi kjehdahl dan titrasi formol.
Kata Kunci: Protein, Analisis, Deteksi, Kualitatif, Kuantitatif
Analisis Kualitatif Protein
Analisis kualitatif protein merupakan analisis yang bertujuan untuk mengetahui ada
tidaknya protein didalam suatu sampel yang akan dianalisis. Berbagai macam metode analisis
kualitatif protein diantaranya metode untuk penentuan berat molekul protein dengan menggunakan
eletroforesis protein. Metode penentuan struktur protein dengan menggunakan kristalografi sinar-x,
spektroskopi NMR dan CD-Spektroskopi. Metode penentuan urutan asam amino dengan
menggunakan sequensing. Metode pengujian asam amino dengan reaksi xantoprotein untuk asam
amino tirosin, fenilalanin, dan triptopan, reaksi Hopkins-Cole untuk asam amino triptopan, reaksi
natriumnitroprusida untuk asam amino sistein dan reaksi sakaguchi untuk asam amino arginin. Dan
analisis kualitatif dapat digunakan untuk menentukan keberadaan protein tersebut dalam suatu
sampel dengan menggunakan uji biuret untuk menguji keberadaan gugus amida pada protein, uji
ninhidrin serta reaksi Millon.
Metode Penentuan Berat Molekul Protein
Elektroforesis Protein
Elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan molekul berdasarkan atas ukurannya, dengan
menggunakan medan listrik yang dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan
dipisahkan Teknik elektroforesis digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada
makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif. Jika molekul bermuatan negatif dilewatkan
melalui medium misalnya gel agarosa, kemudian dialiri arus listrik dari satu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya, maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif.
Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada rasio muatan terhadap massanya, serta
tergantung pula pada bentuk molekulnya. Teknik elektroforesis dapat digunakan untuk analisis DNA,
RNA maupun protein.
Prinsip elektroforesis protein pada dasarnya dilakukan hal yang serupa dengan proses
elektroprotein DNA namun gel yang digunakan adalah gel poliakrilamid. Seringkali dalam pembuatan
gel poliakrilamid ditambahkan sodium dodecyl sulphate (SDS) yang merupakan senyawa yang dapat
mendisosiasi protein menjadi subunit nya. Metode elektroforesis protein sering yang demikian dikenal
dengan nama Sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel (SDS PAGE). Berbeda dengan DNA,
protein yang dielektroforesis dapat dianalisis dengan melakukan pengecatan dengan menggunakan
Coomasie Blue.
50

Gambar 1. (a) elektroferogram hasil elektroforesis protein


(b) peralatan elektroforesis SDS PAGE
Sumber: (Brian McCauley, 2012)
Metode Penentuan Struktur Protein
Kristalografi Sinar-X
Metode penentuan struktur tiga dimensi protein yang luas digunakan saat ini adalah
kristalografi sinar-X (X-ray crystallography). Kristalografi sinar-X menggunakan pancaran sinar-X yang
ditembakkan mengenai suatu protein yang telah dimurnikan atau memiliki kemurnian tinggi sehingga
berbentuk kristal. Pancaran gelombang sinar-X yang mengenai struktur kristal protein kemudian akan
terhambur. Hamburan sinar-X yang muncul kemudian dibaca dan struktur kristal protein dapat
diketahui.Teknik kristalografi sinar-X ini hanya dapat digunakan untuk menganalisis struktur protein
dalam bentuk padatan.
Spektroskopi NMR
Nuclear Magnetic Resonance (NMR) adalah salah satu metode analisis yang paling mudah
digunakan pada kimia modern. NMR digunakan untuk menentukan struktur dari komponen alami dan
sintetik salah satunya struktur protein. Spektroskopi NMR digunakan untuk menganalisis struktur
protein yang tidak dapat dikristalisasi, seperti pada protein membran yang memiliki banyak asam
amino hidrofobik.
Prinsip kerja NMR berdasarkan nukleus dari beberapa elemen atom seperti hidrogen,
beresonasi ketika molekul seperti protein ditempatkan pada sebuah medan magnet. NMR mengukur
pergeseran kimia dari nukleus atom-atom penyusun protein yang bergantung pada atom terdekatnya
yang terpisah satu sama lain. Sinyal yang dihasilkan NMR diatur berdasarkan jarak antara atom
terdekat yang spesifik. Data NMR menghasilkan struktur yang nyata daripada sebuah struktur single.
Untuk bagian sebagian kecil protein, NMR dapat menmprediksi struktur 3D yang akurat.

51

Gambar 2. Spektroskopi NMR dan penentuan struktur protein


Sumber: (Pietzsch, 2002)

CD-Spektroskopi
Struktur sekunder protein bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular
dichroism (CD). Spektrum CD dari puntiran-alfa menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan
220 nm dan lempeng-beta menunjukkan satu puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari
komposisi struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari spektrum CD.
Metode Penentuan Urutan Asam Amino
Sekuensing
Sekuensing protein atau sekuensing peptida adalah penentuan urutan asam amino pada suatu
protein atau peptida (oligopeptida maupun polipeptida). Metode untuk sekuensing protein umumnya
melibatkan pemutusan ikatan yang diikuti dengan identifikasi asam amino.
Pada metode degradasi Edman, residu pada ujung-N (ujung amino) protein dipotong satu per
satu dengan reaksi kimia. Setelah setiap pemotongan, residu asam amino yang telah dipotong
tersebut dapat diidentifikasi menggunakan kromatografi. Prosedur tersebut diulangi untuk setiap
residu asam amino. Kelemahan metode ini adalah bahwa polipeptida yang di-sekuensing tidak dapat
lebih panjang dari 5060 residu (dapat disiasati dengan memotong-motong polipeptida berukuran
besar menjadi peptida-peptida berukuran lebih kecil sebelum dilakukan reaksi).
Metode sekuensing protein yang lain memanfaatkan spektrometri massa yang mampu
mengukur massa peptida dengan tepat. Protein yang hendak di-sekuensing dipotong-potong secara
enzimatik maupun kimia menjadi peptida-peptida yang kemudian dianalisis menggunakan
spektrometri massa. Dalam proses spektrometri massa, peptida-peptida tersebut dipecah secara
ionisasi, misalnya dengan bantuan laser pada metode matrix-assisted laser desorption ionizationtime-of-flight spectrometry, kemudian ion-ion residu yang dihasilkan ditentukan massanya. Pada
metode peptide mass fingerprinting, data massa fragmen-fragmen peptida tersebut dianalisis secara
bioinformatika dengan rujukan basis data besar asam nukleat untuk menentukan sekuens protein
asalnya (secara statistika berdasarkan data asam nukleat pada basis data tersebut). Selain itu,
sekuens protein juga dapat ditentukan langsung dengan spektrometri massa pada metode tandem
mass spectrometry.
Jika gen penyandi suatu protein dapat diidentifikasi, saat ini jauh lebih mudah melakukan
sekuensing DNA dari gen tersebut dan menentukan sekuens proteinnya dari sekuens DNA itu
dibandingkan dengan harus melakukan sekuensing terhadap protein itu sendiri. Sebaliknya,
penentuan sebagian sekuens asam amino suatu protein (biasanya dari salah satu ujung rantai
proteinnya) dapat memungkinkan identifikasi klon pembawa gen tersebut.

52

Gambar 3. Protein sequencing Beckman-Coulter Porton LF3000G


Sumber: (Pereckas, 2005)
Metode Pengujian Asam Amino
Uji Xantoprotein
Uji xantoprotein adalah uji kualitatif protein yang positif untuk protein yang mengandung
asam amino dengan inti benzena. Contoh asam amino yang mengandung inti benzena adalah tirosin,
fenilalanin dan triptopan. Pereaksi xantoprotein adalah asam nitrat (HNO3) pekat atau larutan asam
cuka pekat dengan asam sulfat pekat. Penambahan pereaksi yang mengandung asam nitrat pekat
kedalam suatu sampel yang mengandung inti benzena akan menghasilkan warna putih kemudian
dengan adanya pemanasan warna putih perlahan berubah menjadi kuning. Hal tersebut disebabkan
akibat nitrasi pada inti benzena yang terkandung didalam protein.
Reaksi Hopkins-Cole
Reaksi Hopkins-Cole merupakan uji kualitatif protein yang mengandung asam amino
dengan gugus samping indol, seperti pada asam amino triptopan. Pereaksi Hopkins-Cole terdiri dari
asam oksalat. Dalam reaksi nya asam oksalat akan direduksi menjadi asam glioksilat dengan bantuan
katalis serbuk magnesium.
Mg
HOOC

COOH

HOOC

COH
Asam oksalat

Asam
glioksilat

Asam glioksilat yang terbentuk berkondensasi dengan asam amino yang mengandung gugus
samping indol membentuk senyawa berwarna. Dengan adanya penambahan asam sulfat pekat
(H2SO4) akan terbentuk dua lapisan dengan cincin berwarna ungu dibatas kedua lapisan
tersebut.Penambahan asam sulfat dalam reaksi ini berfungsi sebagai oksidator dan juga sebagai
dehidrator bagi asan glioksilat.
Contoh dari reaksi Hopkins-Cole pada pengujian protein didalam albumin. Pada pengujian
asam amino dengan uji Hopkins-Cole, larutan albumin ditambahkan dengan reagen Hopkins-Cole dan
asam sulfat. Penambahan tersebut menyebabkan terbentuknya dua lapisan dan terbentuk cincin ungu
pada bidang batas antara kedua lapisan tersebut. Hal ini menunjukkan bahwa di dalam larutan
albumin positif mengandung triptofan, karena triptofan merupakan satu-satunya asam amino yang
53

mengandung gugus indol. Cincin ungu yang terbentuk merupakan hasil kondensasi triptofan dengan
gugus aldehida dari asam glioksilat dalam suasana asam sulfat. Adapun persamaan reaksinya adalah
sebagai berikut:

Reaksi Natrium nitroprusida


Pada asam amino sistein, selain terdapat gugus COOH ,gugus NH2 dan gugus R pada
asam amino sistein juga terdapat SH bebas (gugus sulfidril) bila bereaksi dengan natrium
nitroprusida dalam amonia berlebih menghasilkan kompleks berwarna merah. Beberapa protein yang
memberikan hasil negatif terhadap uji ini, ternyata menjadi positif setelah dipanaskan sampai
mengalami koagulasi atau denaturasi. Hal ini menunjukkan proses tersebut menghasilkan gugus SH
bebas.
Reaksi:
[Fe3+(CN)3NC]2- + NH3 + RSH NH4+ + [Fe2+ (CN)5NOSR]2Kompleks berwarna merah
Gugus sulfidril dalam larutan sistein akan bereaksi dengan natriumprusida dalam amonia
berlebih membentuk kompleks berwarna merah. Pada pengujian ini penambahan natriumprusida dan
amonia ke dalam larutan sistein menimbulkan warna merah. Warna merah ini dihasilkan dari reaksi
antara gugus SH dari sistein dengan natriumprusida dalam larutan amoniak. Hal ini menunjukkan uji
positif terhadap reaksi nitroprusida.Penambahan amonia pada pengujian ini berfungsi sebagai kation
kompleks yang nantinya menggantikan posisi Na+ sebagai kation.
Reaksi Sakaguchi
Uji Sakaguchi adalah uji kimia yang digunakan untuk mendeteksi asam amino arginin. Arginin
memiliki kelompok-Rpropil (3-metil) dengan gugus guanidin di ujungnya. Gugus guanidin merupakan
atom C yang mengikat N2 dengan ikatan tunggal dan mengikat N dengan ikatan ganda. Gugus
guanidin akan bereaksi dalam uji sakaguchi. Dalam kondisi basa, alpha naphtol akan bereaksi dengan
gugus guanidin dalam arginin yang telah teroksidasi sodium hipoklorit, menghasilkan senyawa
berwarna merah. Apabila protein yang diuji dengan tes sakaguchi menunjukkan perubahan warna
merah berarti dalam protein tersebut terdapat arginin.
Metode Pengujian Protein
Uji Biuret
Uji biuret merupakan salah satu metode analisis kualitatif dalam penentuan protein. Ion Cu2+
dari pereaksi Biuret dalam suasana basa akan bereaksi dengan polipeptida atau ikatan-ikatan peptide
yang menyusun protein, dan membentuk senyawa kompleks berwarna ungu atau violet. Reaksi ini
positif terhadap dua buah ikatan peptida atau lebih, tetapi negatif untuk asam amino bebas atau ikatan
peptida. Protein melarutkan hidroksida tembaga untuk membentuk kompleks warna. Reaksi
54

pembentukan warna ini dapat terjadi pada senyawa yang mengandung dua gugus karbonil yang
berikatan dengan nitrogen atau atom karbon.
Reagen Biuret berperan sebagai indicator pengujian protein yang memberikan hasil positif
pada senyawa-senyawa yang memiliki dua buah ikatan peptide. Metode Biuret sering digunakan
karena bahan yang digunakan relative murah. Akan tetapi, metode ini juga memmiliki kelemahan,
yaitu sensitivitas yang rendah terhadap bahan yang diidentifikasi. Aktifitas spesifik enzim pada fraksi
yang diisolasi menggambarkan keefektifan prosedur yang telah dilakukan.
Reagen Biuret mengandung tembaga (II) sulfat (CuSO4). Biuret dibentuk dengan pemanasan
urea dan mempunyai struktur mirip dengan struktur pepetida dari protein. Prinsip reaksi Biuret adalah
reaksi antara tembaga sulfat dalam alkali dengan senyawayang berisi dua atau lebih ikatan pepetida
seperti protein yang memberikan warna ungu biru yang khas. Fungsi reagen biuret adalah untuk
memebentuk kompleks sehingga yang dikandung dapat diidentifikasi. Reaksi biuret ini bersifat
spesifik, artinya hanya senyawa-senyawa yang mengandung ikatan pepetida saja yang akan bereaksi
dengan pereaksi Biuret.
Uji Ninhidrin
Uji Ninhidrin Adalah uji umum untuk protein dan asam amino. Ninhidrin dapat mengubah asam
amino menjadi suatu aldehida. Uji ninhidrin dilakukan dengan menambahkan beberapa tetes larutan
ninhidrin yang tidak bewarna ke dalam sampel, kemudian dipanaskan beberapa menit. Adanya
protein ditunjukkan oleh terbentuknya warna biru atau ungu.
Apabila ninhidrin (triketohidrin) dipanaskan bersama asam amino, maka akan terbentuk
kompleks berwarna biru. Kompleks berwarna biru dihasilkan dari reaksi ninhdrin dengan hasil
reduksinya, yaitu hidrindantin dan amonia. Asam amino dapat ditentukan secara kuantitatif dengan
jalan mengamati intensitas warna yang terbentuk sebanding dengan konsentrasi asam amino
tersebut. Pada reaksi ini, dilepaskan CO2 dan NH4 sehingga asam amino asam amino dapat
ditentukan secara kuantitatif dengan mengukur jumlah CO 2 dan NH3 yang dilepaskan. Prolin dan
hidroksi prolin menghasilkan kompleks yang berbeda warnanya dengan asam amino lainya. Kompleks
berwarna yang terbentuk mengandung dua molekul ninhidrin yang bereaksi dengan amonia yang
dilepaskan pada oksidasi asam amino.
Keseluruhan reaksi asam amino dengan ninhidrin adalah sebagai berikut:
a. dekarboksilasi oksidatif dari asam amino dan produksi ninhidrin tereduksi, amoniak dan dioksida,
b. reaksi ninhidrin tereduksi dengan molekul ninhidrin yang lain dengan molekul amoniak yang
dihasilkan,
c. pembentukan kompleks berwarna biru.
Uji ninhidrin dipergunakan untuk identifikasi asam -amino dan peptida yang memiliki gugus amino bebas. Ninhidrin jika ditambahkan dengan asam amino dan dipanaskan akan membentuk
kompleks berwarna biru, kecuali pada prolin dan hidroksi prolin yang gugus aminanya tersubstitusi,
memberikan hasil berwarna kuning. Adapun persamaan reaksinya adalah sebagai berikut:

Reaksi Millon
55

Pereaksi Millon adalah larutan merkuro dan merkuri nitrat dalam asam nitrat, bila direaksikan
dengan senyawa yang mengandung gugus fenol akan membentuk endapan merah dengan
pemanasan. Contoh pada pengujian asam amino dengan uji Millon, larutan protein albumin dalam
telur ditambahkan dengan reagen Millon. Penambahan reagen Millon ini menyebabkan terbentuknya
endapan putih yang kemudian berubah menjadi endapan merah. Hal ini membuktikan dalam larutan
albumin tersebut positif mengandung tirosin.
Endapan putih yang terbentuk setelah penambahan reagen Millon pada larutan protein
tersebut berasal dari endapan merkuri, dimana pada awalnya Hg yang terlarut di dalam HNO 3
teroksidasi menjadi Hg+. Ion Hg + ini selanjutnya membentuk garam dengan gugus karboksil dari
tirosin.
Ketika dipanaskan endapan putih tersebut berubah menjadi endapan merah. Hal ini terjadi
karena asam nitrat yang semula berfungsi sebagai pelarut mengoksidasi Hg + menjadi Hg2+.
Bersamaan dengan hal tersebut, asam amino tirosin ternitrasi. Kemudian terjadi reaksi pembentukan
HgO yang berwarna merah.
Uji Millon tidak spesifik untuk protein (uji ini sebenarnya mendeteksi senyawa-senyawa fenol),
dan begitu banyak yang dikonfirmasikan oleh uji-uji lain untuk protein seperti uji biuret dan reaksi
ninhidrin.
Analisis Kuantitatif Protein
Analisis kuantitatif protein merupakan analisis yang digunakan untuk mengetahui kadar atau
kandungan protein didalam suatu sampel yang dianalisis. Analisis kuantitatif ini terdiri dari metode
penentuan langsung protein dengan menggunakan spektrofotometri uv. Metode pewarnaan yang
terdiri dari metode lowry, biuret, uji BCA dan metode Bradford. Serta metode titrasi dengan
menggunakan titrasi kjehdahl dan titrasi formol.
Metode Penentuan Langsung
Spektrofotometri uv
Asam amino penyusun protein diantaranya adalah triptofan, tirosin dan fenilalanin yang
mempunyai gugus aromatik. Triptofan mempunyai absorbsi maksimum pada 280 nm, sedang untuk
tirosin mempunyai absorbsi maksimum pada 278 nm. Fenilalanin menyerap sinar kurang kuat dan
pada panjang gelombang lebih pendek. Absorpsi sinar pada 280 nm dapat digunakan untuk estimasi
konsentrasi protein dalam larutan. Supaya hasilnya lebih teliti perlu dikoreksi kemungkinan adanya
asam nukleat dengan pengukuran absorpsi pada 260 nm. Pengukuran pada 260 nm untuk melihat
kemungkinan kontaminasi oleh asam nukleat. Rasio absorpsi 280/260 menentukan faktor koreksi
yang ada dalam suatu tabel.
Kadar protein mg/ml = A280 x faktor koreksi x pengenceran
Metode Pewarnaan
Metode Lowry
Metode Lowry mengkombinasikan pereaksi biuret dengan pereaksi lain (FolinCiocalteauphenol) yang bereaksi dengan residu tyrosine dan tryptophan dalam protein. Reaksi ini
menghasilkan warna kebiruan yang bisa dibaca di antara 500 - 750 nm, tergantung sensitivitas yang
dibutuhkan. Akan muncul puncak kecil di sekitar 500 nm yang dapat digunakan untuk menentukan
protein dengan konsentrasi tinggi dan sebuah puncak besar disekitar 750 nm yang dapat digunakan
untuk menentukan kadar protein dengan konsentrasi rendah. Metode ini lebih sensitif untuk protein
konsentrasi rendah dibanding metode biuret.
Protein dengan asam fosfotungsat-fosfomolibdad pada suasana alkalis akan memberikan
warna biru yang intensitasnya bergantung pada konsentrasi protein yang ditera. Untuk mengetahui
banyaknya protein dalam larutan, terlebih dahulu dibuat kurva standar yang melukiskan hubungan
antara konsentrasi dan optical dencity (OD).
56

Biasanya digunakan serum albumin. Larutan Lowry ada dua macam yaitu larutan A yang
terdiri dari fosfotungstat-fosfomolibdad (1:1) dan larutan Lowry B yang terdiri dari Na-carbonat 2%
dalam NaOH 0,1 N, kupri sulfat dan Na-K-tartat 2%. .
Metode Lowry merupakan pengembangan dari metode Biuret. Dalam metode ini terlibat 2
reaksi. Awalnya, kompleks Cu(II)-protein akan terbentuk sebagaimana metode biuret, yang dalam
suasana alkalis Cu(II) akan tereduksi menjadi Cu(I). Ion Cu+ kemudian akan mereduksi reagen FolinCiocalteu, kompleks phosphomolibdat phosphotungstat (phosphomolybdotungstate), akan
menghasilkan heteropoly molybdenum blue akibat reaksi oksidasi gugus aromatik (rantai samping
asam amino) terkatalis Cu, yang memberikan warna biru intensif yang dapat dideteksi secara
kolorimetri.
Keuntungan metode Lowry adalah lebih sensitif (100 kali) daripada metode Biuret. Beberapa
zat yang bisa mengganggu penetapan kadar protein dengan metode Lowry ini, diantaranya buffer,
asam nuklet, gula atau karbohidrat, deterjen, gliserol, Tricine, EDTA, Tris, senyawa-senyawa kalium,
sulfhidril, disulfida, fenolat, asam urat, guanin, xanthine, magnesium, dan kalsium. Interferensi agenagen ini dapat diminimalkan dengan menghilangkan interferens tersebut. Sangat dianjurkan untuk
menggunakan blanko untuk mengkoreksi absorbansi. Interferensi yang disebabkan oleh deterjen,
sukrosa dan EDTA dapat dieliminasi dengan penambahan SDS atau melakukan preparasi sampel
dengan pengendapan protein.
Metode Biuret
Metode Biuret merupakan salah satu cara yang terbaik untuk menentukan kadar protein suatu
larutan. Dalam larutan basa, Cu2+ akan membentuk kompleks dengan ikatan peptida suatu protein,
sehingga menghasilkan warna ungu yang dapat didentifikasi dengan spektrofotometer pada panjang
gelombang 520 NM. Absorbansi ini berbanding langsung dengan kosentrasi protein dan tidak
tergantung jenis protein karena seluruh protein pada dasarnya mempunyai jumlah ikatan peptida yang
sama persatuan berat. Hal-hal yang mengganggu percobaan ini adalahadanya urea (mengandung
gugus -CO-NH-) dan gula preduksi yang bereaksi dengan Cu2+
Protein dapat ditetapkan kadarnya dengan metode biuret. Prinsip dari metode biuret ini adalah
ikatan peptida dapat membentuk senyawa kompleks berwarna ungu dengan penambahan garam
kupri dalam suasana basa. Pereaksi biuret terdiri dari campuran protein dengan sodium hidroksida
(berupa larutan) dan tembaga sulfat. Warna violet adalah hasil dari reaksi ini. Reaksi ini positif untuk 2
atau lebih ikatan peptida.
Kerugian dari metode ini adalah hasil penetapannya tidak murni menunjukkan kadar protein,
melainkan bisa saja kadar senyawa yang mengandung benzena, gugus fenol, gugus sulfhidrin, ikut
terbaca kadarnya. Selain itu, waktu penetapan yang dipergunakan juga lama, sehingga sering kali
kurang effektif.
Reagen Biuret ialah suatu uji yang digunakan untuk membuktikan keberadaan gugus kimia
ikatan peptida dalam protein. Uji ini memberikan warna ungu dengan adanya zat kimia ini. Reagen ini
adalah campuran senyawa anorganik yang disebut kalium hidroksida, kalium natrium tartrat, dan
tembaga sulfat.
Pada dasarnya uji Biuret ialah uji kimia yang digunakan untuk melacak adanya ikatan peptida.
Dengan adanya peptida, ion tembaga(II) membentuk kompleks koordinasi berwarna-ungu dalam
larutan alkalis atau basa. Beberapa varian tentang uji ini telah dikembangkan, seperti uji BCA dan uji
Lowry yang dimodifikasi.
Reaksi Biuret dapat di-gunakan untuk menentukan konsentrasi protein karena ikatan peptida
terjadi dengan frekuensi yang sama per asan amino dalam peptida. Inten-sitas warna, dan karena itu
absorpsi pada panjang gelom-bang 540 nm, berbanding langsung dengan konsentrasi, sesuai dengan
hukum Beer-Lambert.Terlepas dari namanya, reagen ini pada kenyataannya tidak mengandung biuret
((H2N-CO-)2NH). Uji ini dinamakan demikian karena juga memberikan reaksi positif terhadap ikatan
peptida-seperti dalam molekul biuret.
57

Reagen Biuret dibuat dari KOH atau NaOH dan tembaga(II) sulfat hidrat, bersama dengan
kalium natrium tartrat. Kalium natrium tartrat ditambahkan untuk kompleks dan menyetabilkan ion
kupri. Reagen berubah dari biru ke ungu dengan adanya protein, biru ke merah jambu (pink) ketika
bergabung dengan polipeptida rantai-pendek.
Tidak semua uji Biuret memerlukan reagen biuret. Reagen ini umumnya digunakan dalam
penentuan protein biuret, penentuan kolorimetrik yang digunakan untuk menentukan konsentrasi
protein seperti UV-VIS pada panjang gelombang 540 nm (untuk melacak ion Cu2+).
Uji BCA
Dua jenis utama uji biuret yang umum diterapkan dalam analisis peptida kolorimetrik modern:
Uji Bicinchoninic Acid (BCA) dan uji Lowry Modifikasi bergantung pada pembentukan kompleks kelat
berwarna ikatan peptida dan ion tembaga.
Pada uji BCA ini, Cu+ membentuk kompleks ungu gelap dengan BCA, yang memungkinkan
protein ditentukan dalam kisaran 0,0005 2 mg/mL. Uji ini sering disebut uji Pierce sesuai dengan
produsen kit reagen. Ion kupri berkoordinasi dengan 4 ikatan peptida, yang mereduksinya menjadi ion
kupro dan memungkinkan ia membentuk kompleks dengan BCA yang menyerap sekitar 540 nm,
menghasilkan menghasilkan warna. Uji protein dengan BCA meningkatkan kepekaan uji biuret
dengan faktor sekitar 100, dan memberikan manfaat penting kompatibi-litas dengan sampel yang
mengandung sampai 5% surfaktan. Hal ini dicapai dengan kelasi asam bisinkoninat (bicinchoninic
acid) dengan ion tembaga yang dibentuk oleh reaksi biuret. Hal ini meningkatkan sensitivitas karena
BCA atau kompleks tembaga larut air menyerap jauh lebih kuat daripada peptida atau kompleks
tembaga.
Uji Bradford
Metode Bradford ialah suatu metode yang dapat digunakan untuk menganalisis kandungan
protein yang mengandung residu asam amino dengan rantai samping aromatik (Tirosin, Triptofan dan
Fenilalanin) atau bersifat basa (Arginin, Histidin, dan Leusin) di dalam suatu larutan dengan
menggunakan zat warna Coomassie Blue G-250 sebagai pengikat protein. Zat warna tersebut akan
mengikat protein dan mengubah warna pada larutan yang mengandung protein tersebut dari warna
kemerahan menjadi warna kebiruan. Ikatan yang terjadi antara zat warna Coomassie Blue G-250 dan
protein dapat terjadi dikarenakan adanya gaya van der walls antara keduanya. Gaya van der walls
dapat terjadi karena adanya bagian protein yang bersifat hidrofobik mengikat bagian dari zat warna
Coomassie Blue G-250 (penyusun reagen Bradford) yang bersifat non polar sehingga mengakibatkan
zat warna tersebut melepaskan elektronnya ke bagian hidrofobik protein. Selain itu, antara zat warna
dan protein juga terdapat kekuatan ionik yang memperkuat ikatan antara keduanya dan membuat zat
warna tersebut menjadi stabil. Hal ini lah yang digunakan pada metode Bradford untuk menentukan
kadar protein di dalam suatu larutan. Kandungan protein yang berikatan dengan zat warna tersebut
dapat diukur dengan menggunakan instrument spectronic 20 D untuk mengukur nilai absorbansnya
pada panjang gelombang kisaran 465-595 nm. Selanjutnya, nilai absorbans tersebut dapat digunakan
untuk membuat kurva standar yang menjadi dasar penentuan konsentrasi dan kadar protein di dalam
larutan.
Panjang gelombang yang digunakan untuk mengukur nilai absorbans larutan yang mengandung
protein berkisar antara 470-650. Hal itu dikarenakan metode Bradford bergantung pada kerja zat
warna Coomassie Blue G-250 yang memiliki empat formasi ion yang berbeda-beda dengan nilai pKa
1,15 ; 1,82 ; dan 12,4. Zat warna yang digunakan pada metode Bradford ini dapat dalam bentuk anion
dan kation.Bentuk kation zat warna ini ialah dye commassie yang berwarna merah dan hijau dengan
nilai absorbansi maksimum berada pada panjang gelombang kisaran 470 nm hingga 650 nm.Bentuk
anion zat warna ini ialah commasie yang berwarna biru dengan nilai absorbansi maksimum berada
pada panjang gelombang maksimum 595 nm. Penentuan kadar protein pada suatu larutan dilakukan
58

dengan menentukan jumlah zat warna dalam bentuk anion (commasie blue G-250) yang diukur
dengan panjang gelombang 595 nm.
Tingkat ketelitian metode Bradford dlam menentukan kadar protein cukup tinggi karena koefisien
penghentian dari kompleks albumin larutan standar BSA adalah konstan selama rentang konsentrasi
flip-10. Nilai presisi dan akurasi data dari metode Bradford cukup tinggi dalam hal penentuan kadar
protein ataupun sampel lain. Metode Bradford sangat sederhana, cepat dan teliti serta dapat
dilakukan pengujian ulang untuk sampel lain yang berada di luar jangkauan. Oleh karena itu metode
Bradford sangat dianjurkan untuk mendeteksi suatu molekul selular seperti protein. Metode ini
menentukan kadar protein bukan dari ikatan peptidanya namun metode ini mendeteksi suatu asam
amino spesifik yang berada di dalam protein tersebut dan berikatan dengan zat warnanya.
Metode Bradford memiliki beberapa keuntungan, antara lain keakuratan dalam menentukan
konsentrasi protein yang cukup akurat, mudah diaplikasikan, sederhana, dan dapat digunakan untuk
jumlah sampel yang banyak. Meskipun akurat, metode Bradford juga memiliki beberapa kelemahan,
antara lain senyawa deterjen ataupun noda yang dapat membuat hasil pengamatan kurang akurat.
Selain deterjen terdapat juga beberapa senyawa kimia yang dapat merusak hasil pengamatan dengan
metode Bradford. Untuk mencegah hal-hal tersebut, peralatan yang digunakan mesti dibilas beberapa
kali hingga dapat dipastikan bahwa tidak ada bekas yang tersisa.
Metode Titrasi
Titrasi Kjehdahl
Metode Kjeldahl merupakan metode penetapan kadar protein kasar. Untuk menentukan
kandungan protein dalam bahan pangan (analisis proksimat). Metode ini didasarkan pada pengukuran
kadar nitrogen total dalam contoh atau sampel. Kandungan protein dapat dihitung dengan
mengasumsikan rasio tertentu antara protein terhadap nitrogen untuk contoh yang dianalisis.
Penentuan protein pada metode Kjeldahl didasarkan pada asumsi bahwa kandungan nitrogen
dalam protein sekitar 16% karena unsur nitrogen bukan hanya berasal dari protein. Nitrogen yang
dijumpai pada komponen non protein seperti asam amino bebas, peptida berukuran kecil, asam
nukleat, fosfolipid, gula amin, porfirin, beberapa vitamin, alkaloid, asam urat, urea, ion amonium.
Unsur nitrogen yang terukur pada analisis protein metode Kjeldahl tidak hanya pada protein pada
bahan, sebagian kecil dari komponen-komponen non protein yang mengandung nitrogen. Untuk
mengubah dari kadar nitrogen ke dalam kadar protein digunakan angka faktor konversi 100/16 atau
6,25. Sedangkan beberapa jenis bahan pangan faktor konversi yang digunakan berbeda.
Metode Kjeldahl dapat digunakan untuk analisis protein semua jenis bahan pangan. Prosedur
penetapan tidak membutuhkan biaya mahal dan hasilnya cukup akurat. Metode resmi yang diakui
AOAC (The Association of Official Analytical Chemists) international. Kelemahan metode ini adalah
metode ini mengukur bukan hanya nitrogen pada protein, tetapi juga nitrogen dari non protein.
Penetapan kadar protein kasar dengan metode Kjeldahl dibagi tiga tahap, diantaranya adalah
sebagai berikut:
1. Tahap penghancuran (Digestion)
Pada tahap ini dilakukan dengan penambahan asam kuat (asam sulfat) dan dilakukan proses
pemanasan. Tahap penghancuran ini membebaskan nitrogen dari contoh. Pada tahap ini
ditambahkan katalis untuk mempercepat proses penghancuran hingga sempurna. Katalis tersebut
dapat berupa merkuri oksida (HgO) atau campuran tembaga (Cu) dan titanium (Ti) dioksida. Selain itu
ditambahkan pula pottasium sulfat untuk meningkatkan titik didih asam sulfat agar proses digesti lebih
cepat.
Pada proses penghancuran ini nitrogen bereaksi dengan asam sulfat membentuk
amonium sulfat. Reaksi yang terjadi selama proses penghancuran ini adalah:
N (contoh) + H2SO4 (NH4)2SO4

59

2. Tahap Netralisasi dan Distilasi


Setelah proses penghancuran selanjutnya adalah tahap neutralisasi. Larutan yang
mengandung amonium sulfat diperlakukan dengan penamahan alkali (NaOH) pekat untuk
menetralkan asam sulfat. Adanya larutan NaOH pekat mengakibatkan amonium sulfat dipecah
menjadi gas amoniak.
Pada proses distilasi, gas amoniak diuapkan dan ditangkap oleh asam borat (H3BO3)
membentuk NH4H2BO3. Berikut adalah persamaan reaksinya.
(NH4)2SO4 + 2NaOH Na2SO4 + 2H2O + 2NH3
2NH3 + 2H3BO3 2NH4H2BO3
3. Tahap Titrasi
Senyawa NH4H2BO3 dititrasi menggunakan asam klorida (HCl) encer (0,02 N) sehingga asam
borat terlepas kembali dan terbentuk amonium klorida. Reaksi yang terjadi selama proses titrasi
adalah sebagai berikut.
2 NH4H2BO3 + 2HCl 2NH4Cl + 2H3BO3
Jumlah asam klorida yang digunakan untuk titrasi setara dengan jumlah gas NH3 yang
dibebaskan dari proses distilasi. Prinsip stoikiometri diperoleh kesetaraan:
1 mol HCl = 1 mol N = 14 gram N
Titrasi Formol
Titrasi formol merupakan salah satu metode analisis kuantitatif protein dengan
menggunakan metode titrasi. Prinsip dari metode ini adalah larutan protein dalam air dipecah dengan
kalium oksalat jenuh. Kemudian dititrasi dengan NaOH atau KOH dengan menggunakan indikator
fenolftalein. Warna yang terbentuk dibandingkan dengan warna standar. Apabila warna yang
terbentuk belum sama dengan warna pada standar pada larutan hasil titrasi dilakukan penambahan
larutan formaldehid, kemudian dititrasi kembali hingga menghasilkan warna seperti standar.
Metode analisis titrasi formol ini kurang begitu akurat karena pengamatan hanya
dilakukan melalui pengamatan warna yang terbentuk, serta penentuan ini kurang praktis untuk
penentuan kadar protein secara absolut karena setiap protein harus dicari faktor konversinya.
Kesimpulan
Analisis protein dapat berupa analisis kualitatif dan analisis kuantitatif. Analisis kualitatif
protein merupakan analisis pendahuluan yang dilakukan untuk mengetahui keberadaan protein, ada
berbagai macam analisis kualitatif yang dapat dilakukan untuk menentukan protein dan membedakan
protein berdasarkan berat molekul, struktur protein, asam amino yang terkandung didalam protein dan
menentukan urutan asam amino didalam protein. Untuk analisis kuantitatif pengujian yang dilakukan
merupakan pengujian terhadap jumlah kandungan atau kadar protein didalam suatu sampel yang
dianalisis. Analisis kuantitatif dapat dilakukan secara langsung dengan menggunakan metode
spektrofotometri uv karena setiap asam amino memiliki serapan yang berbeda pada panjang
gelombang yang berbeda. Analisis kuantitatif dapat pula dilakukan dengan menggunakan metode
pewarnaan atau kolorimetri, dengan metode ini protein direaksikan dengan pereaksi agar memberikan
warna yang serapannya dapat ditentukan dengan menggunakan spektrofotometri sinar tampak.
Metode analisis kuantitatif yang terakhir adalah metode titrasi yang merupakan metode konvensional
yang masih banyak dilakukan dalam pengukuran protein dalam suatu sampel. Pemilihan analisis
protein tersebut dilakukan berdasarkan keberadaan protein dalam sampel yang akan dianalisis
dengan memperhatikan bentuk apakah sampel yang akan dianalisis berupa padatan atau cairan
karena metode yang digunakan akan berbeda.

60

Aplikasi Protein
Dellonix Afendri (1306482016)
1. protein untuk kulit dan kecantikan
Kacang kedelai dianggap sebagai salah satu bahan makanan sumber protein nabati yang
paling baik. Selain kandungan proteinnya yang cukup tinggi (35%), mutu protein kedelai juga cukup
baik karena mengandung semua jenis asam amino esensial yang diperlukan tubuh. Selain itu, kacang
kedelai terkenal dengan niali gizinya yang kaya. Kacang kedelai juga merupakan protein lengkap
dan sebagai salah satu makanan yang mengandung 8 asam amino yang penting dan diperlukan oleh
tubuh manusia.
Merupakan salah satu yang mengandung protein tinggi, makanan berkalsium tinggi di pasaran
, kacang kedelai juga unik karena bebas dari racun kimia. Protein kedelai berkhasiat menyehatkan
tubuh dan meningkatkan stamina serta perkembangan sel tubuh. Selain itu, lemak kedelai yang
mengandung asam lemak essensial diperlukan tubuh sebagai sumber energi karena bebas kolestrol,
dan terutama bagi perkembangan sel otak (bagi anak - anak / balita).
Dan untuk ekstrak protein dalam kedelai mengandung estrogen dalam bentuk zat isoflavon
atau disebut dengan phytoestrogen. Dampak mengonsumsi phytestrogen, kerutan di kulit akan
berkurang. Sama dampaknya seperti hasil terapi hormon untuk mengurangi penuaan kulit. Selain
berperan mengganti estrogen, kedelai juga berfungsi sebagai antioksidan yang mampu melindungi
tubuh terhadap timbulnya kanker sebab menetralkan radikal bebas, yang berasal dari lingkungan
terpolusi.
2. Protein dalam militer
Protein juga dapat mendebarkan dengan aplikasinya untuk militer. Satu dari jenis senjata
biologis yang mematikan, racun botulinum dari bakteri Clostridium botulinium, adalah protein. Zat-zat
racun dalam bakteri Bacillus anthracis juga berbentuk protein. Dari jenis senjata kimia, gas kimia
misalnya Sarin, VX, OP, bekerja dengan mematikan kerja enzim-enzim dalam sistem saraf seperti
enzim acetylcholinesterase.
Pada tahun 1995, para peneliti dari lembaga penelitian medis Angkatan Darat AS berhasil
memutasi enzim ini sehingga sama sekali kebal terhadap gas-gas saraf beracun itu. Di LIPI, rekayasa
protein digunakan untuk mengembangkan enzim-enzim sebagai alat diagnosa penyakit seperti DM
dan kanker.
3. Protein Dalam Bisa Ular
Bisa ular (Snake venom) adalah senyawa protein (highly modified) yang dihasilkan oleh ular
dengan spesifikasi yang berbeda-beda sesuai dengan jenisnya.Bisa ular itu itu merupakan racun dan
zat yang bersifat racun itu baru bersifat racun pada jumlah tertentu. Itulah yang disebut ambang batas,
bila lebih dari itu tubuh kita tidak dapat menetralisirnya. Bagian tubuh yang menetralisir racun itu
adalah hati (hepar) dan antibody yang ada dalam darah putih (leukosit), bila lebih dari ambang batas
akan terjadi malfungsi hati, dan bisa menyebabkan pada akhirnya. Bisa ular yang akan dicari
penawarnya, dalam jumlah yang tidak mematikan disuntikkan ke hewan yang mempunyai kekebalan
tinggi, biasanya kuda. Tubuh kuda akan membentuk antibody dalam darahnya. Kemudian kita ambil
protein dari darah Kuda tersebut, inilah yang menjadi apa yang kita sebut serum. serum inilah
penawar dari racun bisa ular tersebut.Sebenarnya, kita pun memiliki kekebalan tubuh(anti body), akan
tetapi mempunyai keterbatasan, sehingga untuk membantu antibody tersebut dibutuhkan serum.
Antibody tersebut ada dalam darah putih(leukosit) yang disebut daya imun aktif, sedangkan serum
disebut daya imun pasif.
4. Protein whey
Adalah suatu istilah kolektif yang menunjukkan suatu jajaran pecahan protein yang ditemukan
dalam susu. Produk-produk protein whey diklasifikasi menjadi beberapa kategori yang berdasar pada
61

rasio makronutriennya yang memenuhi beragam tujuan pabrik makanan (lihat deskripsi produk whey
di Reference Manual for U.S. Whey and Lactose Products). Namun, jumlah penelitian yang terus
meningkat menyarankan bahwa konsentrat (WPC 80) dan isolat (WPI) protein whey secara ideal
cocok bagi orang-orang yang berpartisipasi dalam latihan yang rutin. WPC80 dan WPI tidak hanya
memberikan sumber murni protein berkualitas tinggi dengan lemak yang minim, karbohidrat dan
laktosa, mereka secara biokimia dibentuk untuk mempromosikan kekebalan yang kuat, penyembuhan
otot secara efisien dan memperpanjang manfaat kesehatan secara menyeluruh dari aktifitas fisik.
Monografi ini menerangkan fungsi dan potensi mekanisme terkini yang mana protein whey dapat
meningkatkan status fisik dari orang-orang yang terlibat dalam olahraga dan latihan atletis.
5. Protein dalam rambut
Rambut merupakan protein fibrous,yang memiliki lapisan luar yang non polar,sehingga tidak
larut dalam air.Pada rambut, sepasang rantai heliks -keratin saling melilit, kemudian 2 pasang lilitan
(protofilament) bergabung membentuk 4 molekul protofibril. Selanjutnya 8 protofibril bergabung
membentuk susunan mikrofibril. Susunan seperti ini elastis dan fleksibel. Namun pada jaringan yang
berbeda-beda -keratin mengeras dengan tingkat kekerasan yang berbeda beda, tergantung
banyaknya ikatan silang disulfida yang terbentuk.Rambut merupakan protein dengan susunan asam
amino cystein, di mana asam amino tersebut memiliki gugus hidroksil dan sulfida pada rantai
sampingnya.Ikatan kovalen yang ada pada tiap2 rantai samping merupakan jembatan disulfida (-S-S)
pada molekul protein.Jembatan ini adalah penyangga utama struktur tersier protein.Ikatan ini sangat
kuat namun dapat direduksi menjadi residu sistein dengan ikatan sulfohidril (-S-H).
didapatkan bahwa uap panas merusak ikatan hidrogen yang mempertahankan struktur heliks
bersama-sama.Jika -keratin yang telah diuapkan dibiarkan mendingin dan gaya regang dilepaskan,
protein ini secara spontan akan kembali pada konformasi -heliks semula.Senyawa pereduksi dari
beta merkaptoethanol memecah jembatan disulfida (-S-S) menjadi residu sistein-sistein (ikatan
sulfohidril), satu pada masing-masing rantai. Uap panas memecah ikatan hidrogen dan menyebabkan
struktur -heliks pada rantai polipeptida keratin rambut menjadi terbuka dan meregang. Setelah
beberapa lama, larutan pereduksi diangkat, dan suatu pengoksidasi (dalam hal ini digunakan cairan
peroksida H2O2) ditambahkan untuk memantapkan ikatan disulfida yang baru di antara pasangan
residu sistein pada rantai polipeptida yang berdampingan (namun bukan pasangan yang sama seperti
sebelumnya). Dengan pencucian dan pendinginan rambut menggunakan aquades, rantai polipeptida
berubah menjadi konformasi -heliks. Serat rambut menjadi keriting sesuai model yang diinginkan,
karena jembatan disulfida yang baru terbentuk menimbulkan belokan/keriting pada untaian lilitan heliks pada serat rambut.
6. Protein dalam kuku untuk mendiagnosa kesehatan
Jika mata adalah jendela hati, maka kuku merupakan jendela kondisi kesehatan Anda. Warna dan
tekstur kuku dapat menunjukkan kondisi kesehatan seseorang. Kuku yang sehat berwarna bening,
bertekstur halus dan kuat. Coba perhatikan lagi kuku Anda, lihatlah, apakah ada garis-garis halus
berwarna putih, sedikit kemerahan, atau barangkali tekstur kuku Anda sedikit bergelombang di
permukaan. Bagi Anda, mungkin ini tidak berarti apa-apa. Namun bagi mata yang terlatih,
ketidakberesan ini bisa berarti banyak, petunjuk berharga mengenai kondisi kesehatan Anda secara
keseluruhan. Garis-garis putih horizontal di kuku menunjukkan pemiliknya kekurangan protein dalam
Tanda-tanda lainnya, jika kuku Anda berwarna keputihan, bisa jadi itu tanda penyakit liver atau
hepatitis. Kuku berwarna kekuningan, menebal, dan pertumbuhan kuku lambat, mengindikasikan
penyakit paru-paru. Kuku kekuningan dan bergelombang mengindikasikan diabetes. Kuku berwarna
keputihan dan sedikit kemerahan, menandakan gejala ginjal. Dasar kuku berwarna merah,
menunjukkan penyakit jantung. Kuku putih pucat, menandakan anemia.Jika terjadi perubahan pada
kuku Anda, segera konsultasikan dengan dokter. Dokter akan membantu mendiagnosis penyakit yang
Anda derita, atau memastikan Anda tidak apa-apa, hanya penyakit kuku biasa yang disebabkan
62

infeksi atau jamur. Sementara perubahan warna bergaris horizontal dapat mengeindikasikan
keracunan arsenik, malaria, efek kemoterapi, atau keracunan karbon monoksida.
7. Kloning ekspresi
Salah satu teknik dasar biologi molekular adalah kloning ekspresi, yang digunakan misalnya
untuk mempelajari fungsi protein. Pada teknik ini, potongan DNA penyandi protein yang diinginkan
ditransplantasikan ke suatu plasmid (DNA sirkular yang biasanya ditemukan pada bakteri; dalam
teknik ini, plasmid disebut sebagai vektor ekspresi).
Plasmid yang telah mengandung potongan DNA yang diinginkan tersebut kemudian dapat
disisipkan ke dalam sel bakteri atau sel hewan. Penyisipan DNA ke dalam sel bakteri disebut
transformasi, dan dapat dilakukan dengan berbagai metode, termasuk elektroporasi, mikroinjeksi dan
secara kimia. Penyisipan DNA ke dalam sel eukaryota, misalnya sel hewan, disebut sebagai
transfeksi, dan teknik transfeksi yang dapat dilakukan termasuk transfeksi kalsium fosfat, transfeksi
liposom, dan dengan reagen komersial. DNA dapat pula dimasukkan ke dalam sel dengan
menggunakan virus (disebut transduksi viral).
Setelah penyisipan ke dalam sel, protein yang disandi oleh potongan DNA tadi dapat
diekspresikan oleh sel bersangkutan. Berbagai jenis cara dapat digunakan untuk membantu ekspresi
tersebut agar protein bersangkutan didapatkan dalam jumlah besar, misalnya inducible promoter dan
specific cell-signaling factor. Protein dalam jumlah besar tersebut kemudian dapat diekstrak dari sel
bakteri atau eukaryota tadi.
8. Rahasia Kekuatan Jaring Laba-laba
Dari penelitian bertahun-tahun, David Kaplan, profesor teknik biomedis Universitas Tufts dan
rekannya, Hyoung-Joon Jin, berhasil mengetahui protein-protein inti yang digunakan laba-laba dan
ulat sutra dalam menghasilkan rajutannya. Merekapun berusaha meniru karya hewan-hewan itu,
namun sejauh ini jaring buatan mereka masih kalah kuat dibanding jaring laba-laba. Ia menemukan
bahwa laba-laba dan ulat sutra selalu mengontrol kecepatan larut, kekentalan dan struktur protein
dalam kelenjar pembuat jaringnya. Ketika kekentalan itu mencapai tingkat yang tepat, saat itu pula
mereka mulai memintal jaring.
Menurut Kaplan, protein untuk membuat jaring itu disimpan dalam struktur seperti sabun --disebut
pseudo-micelle-- yang membuatnya berbentuk seperti agar-agar selama berada dalam kelenjar.
Struktur yang setengah stabil tersebut menjaga agar protein tidak mengkristal terlalu cepat, hingga
waktunya ia dipintal.
Bila waktu dan kekentalannya tepat, struktur yang terbentuk dalam kelenjar laba-laba dapat
dengan mudah berubah menjadi serat yang kuat saat dikeluarkan sebagai jaring. Kandungan air
dalam proses ini merupakan sesuatu yang amat penting karena pengkristalan yang terlalu dini bisa
menyebabkan penyumbatan pada sistem pembuatan jaring pada tubuh laba-laba, dan akibatnya bisa
fatal.
9. Protein anti kanker dari tembakau
Anti-kanker dari tembakau ini diungkapkan oleh peneliti dari Pusat Penelitian Bioteknologi
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Dr. Arief Budi Witarto M.Eng. yang baru beberapa
pekan lalu (Rabu, 13 Juni) terpilih sebagai penerima penghargaan Fraunhofer-DAAD-Award 2007 dari
Jerman untuk riset tentang tembakau molecular farming. Daun tembakau yang biasanya untuk roduksi
rokok, kini ia manfaatkan sebagai reaktor penghasil protein GCSF, suatu hormon yang sangat
penting dalam menstimulasi produksi darah. Arief mengatakan bahwa protein dibuat oleh DNA dalam
tubuh kita. Nah, jika DNA dalam tubuh kita ini dipindahkan ke tembakau melalui bakteri, begitu masuk,
tumbuhan ini akan mampu membuat protein sesuai DNA yang telah dimasukkan tersebut. Kemudian,
jika tumbuhan itu dipanen, maka kita dapatkan protein-nya. Nah, protein inilah yang bisa dipakai
63

sebagai protein anti-kanker. Selain untuk protein anti-kanker, GSCF, ujarnya, bisa juga untuk
menstimulasi perbanyakan sel tunas (stem cell) yang bisa dikembangkan untuk memulihkan jaringan
fungsi tubuh yang sudah rusak.
10. Manfaat Air Liur
Air liur atau saliva sebagian besar diproduksi oleh tiga kelenjar utama yakni kelenjar parotis,
kelenjar sublingual dan kelenjar submandibula. Volume air liur yang diproduksi bervariasi yaitu 0,5
1,5 liter setiap hari tergantung pada tingkat perangsangannya. Mengutip Guyton & Hall dalam
Textbook of Medical Physiology, air liur atau saliva mengandung dua tipe pengeluaran atau sekresi
cairan yang utama yakni sekresi serus yang mengandung ptyalin (suatu alfa amylase) yang
merupakan enzim untuk mencernakan karbohidrat dan sekresi mucus yang mengandung musin untuk
tujuan pelumasan atau perlindungan permukaan yang sebagian besar dihasilkan oleh kelenjar parotis.
Cairan tipe mucus itu disekresikan atau dikeluarkan setiap detik sepanjang waktu kecuali saat tidur
yang produksinya lebih sedikit. Dalam hal pencernaan, air liur berperan dalam membantu pencernaan
karbohidrat. Karbohidrat atau tepung sudah mulai dipecah sebaagian kecil dalam mulut oleh enzim
ptyalin. Enzim dalam air liur itu memecah tepung (amylum) menjadi disakarida maltosa dan polimer
glukosa kecil lainnya.
Sementara itu, berdasarkan penelitian yang pernah dilakukan di Jepang pada tahun 2001,
seperti yang dikutip dari cbn.com, air ludah mengandung 40 sampai 50 protein. Tiap protein
punya fungsi yang berbeda-beda. Satu protein untuk menangkal debu, sinar, dan bahan kimia.
Dari 50 protein itu di dalamnya ada 3 protein yang khusus untuk mikroorganisme.

64

DAFTAR PUSTAKA
Anonim, ASAM AMINO, www.wikipedia.com, diakses 18 Maret 2014.
Anonim,2000, DASAR-DASAR BIOKIMIA, UI-PRESS, Jakarta.
Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. (1999). Introduction to Bioinformatics. Harlow: Pearson
Education.
Benjamin, B., Rossum, B.J.V., & Michael, N. 2012. Efficient Modeling of Symmetric Protein
Aggregates from NMR Data. Journal Published by Willey.
Bradford, M. M. 1976. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of
protein utilizing the principle of protein-dye binding. Anal Biochem 72.
Brian Mc Cauley. 2012. SDS PAGE Method. http://brianmccauley.net/Bio6B/index.php/proteinelectrophoresis-lab/sds-page-method. Diakses pada 17 Maret 2014.
Campbell, NA. 2002. Biologi. Rahayu L, penerjemah. Jakarta: Erlangga. Terjemahan dari: Biology
D. W. Martin, Jr. and P. A. Mayes and V . W. Rodwell. BIOKIMIA (Review of Biochemistry).
Terjemahan Penerbit Buku Kedokteran E.G
Fatchiyah, dkk. (2012). Buku Praktikum Teknik Analisis Biologi Molekuler. Malang: Universitas
Brawijaya
Fitriani, dkk. 2012. Eksplorasi Mikroba Penghasil Enzim Protease Dari Sumber Air Panas Lejja
Kabupaten Soppeng Sulawesi Selatan. Makassar: Universitas Hasanuddin
Handoyo Darmo dan Ari Rudiretna. (2001). Prinsip Umum Dan Pelaksanaan Polymerase Chain
Reaction (PCR). Unitas: 9(1)
Harrison. (1994). Prinsip-Prinsip Ilmu Penyakit Dalam. Ahmad H, penerjemah. Jakarta: Penerbit Buku
Kedokteran EGC. Terjemahan dari: Principles of Internal Medicine.
http://sciencebiotech.net/struktur-molekul-protein/ , diakses 18 Maret 2014.
http://repository.ipb.ac.id/bitstream/handle/123456789/46940/BAB%20II%20Tinjauan%20Pustaka_%2
02011tha.pdf?sequence=5 , diakses 18 Maret 2014.
http://www.esaunggul.ac.id/article/perbedaan-pengaruh-pemberian-latihan-metode-de-lormedenganlatihan-metode-oxford-terhadap-peningkatan-kekuatan-otot-quadriceps-3/
JF, Waring; R, Ciurlionis; RA, Jolly; M, Heindel; RG, Ulrich. (2001, March 31). Fingerprint DNA.
Toxicol Lett.
Kadri, H. 2012. Hemoprotein dalam Tubuh Manusia. Jurnal Kesehatan Andalas. 2012; 1(1)
Krane, D.E., dan M.L. Raymer. (2003). Fundamental Concepts of Bioinformatics. San Francisco:
Benjamin Cummings.
65

Lehninger, A.L. 1998. Dasar-Dasar Biokimia. Terjemahan, M. Thenawidjaja. Jakarta: Pustaka


Sinar Harapan.
Mardeni, KW. 2014. Kadar Seng Serum Rendah Sebagai Faktor Risiko Perawakan Pendek Pada
Anak [tesis]. Denpasar: Program Pascasarjana Universitas Udayana
Mark DB, Mark AD, Smith CM. (2000). Biokimia Kedokteran Dasar: Sebuah Pendekatan Klinis.
Jakarta : EGC
Mount, D.W. (2001). Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor: Cold
Spring Harbor Laboratory Press.
Nelson, D.L & Michael, M.C. (2004). Lehninger: Principles of Biochemistry, 4th edition. Worth
Publishers. Inc, New York
Pietzsch, J. 2002. Protein Folding Technology.
http://www.nature.com/horizon/proteinfolding/background/figs/technology_f3.html. Diakses pada 17
Maret 2014
Poppy Kumala, 1998, KAMUS KEDOKTERAN DORLAND, ECG, Jakarta.
Pratami, Dienar Fitri. (2011). Analisis Cemaran Daging Babi Pada Produk Burger Sapi Yang Beredar
Di Wilayah Ciputat Melalui Amplifikasi DNA Menggunakan Real-Time PCR [skripsi]. Jakarta:
Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah
Robert K. Murray, et all., 2002, BIOKIMIA HARPER, ECG, Jakarta.
Rudijanto A dan Handono K. 2006. Pengaruh Hiperglemi Terhadap Peran Sitoskeleton
(Cytoskeleton) Sebagai Jalur Transduksi Signal (Signal Transduction). J Peny Dalam: 7(3)
Sembiring, L. (2009). Biologi Kelas XII untuk SMA/MA. Pusat Perbukuan Depdiknas,Jakarta.
Sriati, Nur. (2011). Analisis Cemaran Dna Mitokondria Babi Pada Produk Sosis Sapi Yang Beredar Di
Wilayah Ciputat Menggunakan Metode Real-Time PCR [skripsi]. Jakarta: Fakultas Kedokteran
dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah
Sridianti. (2013). Tahap Proses Replikasi DNA 7 langkah. http://www.sridianti.com/tahap-prosesreplikasi-dna-7-langkah.html Diakses pada 15 Februari 2014.
Stryer, Lubert. 2000. Biokimia. Jakarta : EGC
Sudjadi. (2008). Bioteknologi Kesehatan. Yogyakarta: Kanisius.
Sudarmadji, S., Haryono, B. & Suhardi. 1989.Prosedur Analisa Bahan Makanan dan Pertanian. Edisi
Ke Empat. Yogyakarta: Liberty.
Suharsono. 1988. Biokimia Jilid 1.UGM PRESS : Jogjakarta
Sumardjo, D. (2008). Pengantar Kimia: Buku Panduan Kuliah Mahasiswa Kedokteran dan Program
Strata 1 Fakultas Bioeksakta.Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC.
66

Sumirat. Tes Narkotika Melalui Rambut. Detik News, Kamis, 13/10/2011 07:25 WIB
Suryo. 2008. Genetika Manusia. Yogyakarta. Fakultas Biologi: UGM.
Sutresna,N. 2007. Kimia. Bandung: Grafindo
Suwandito, Tri Martini, METABOLISME PROTEIN DAN ASAM AMINO, www.google.com, diakses 18
Maret 2014.
Tarigan, E. 2003. Hubungan Kadar Troponin-T Dengan Gambaran Klinis Penderita Sindroma Koroner
Akut. Medan: Universitas Sumatra Utara
Tri Rini Nuringtyas, ASAM AMINO DAN PROTEIN, www.google.com, diakses 18 Maret 2014.
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta : Erlangga

67