Perspectiva de la microbiologia y bioquimica del suelo:

Definicion y ambito: La microbiologia del suelo es el estudio de los organismos

del suelo y sus procesos. De esta manera, esta muy emparentada con la
bioquimica del suelo. Hace hincapie en aquellas transformaciones que afectan a
la productividad primaria, el reciclado de los nutrientes, y la calidad del meio
ambienye. Dentro de las formas biologicas en el suelo encontramos junto a las
formas unicelulares de vida a los pequeos invertebrados que denominamos
mesofauna, que pueden ser macro o microscopicos. Algunas bacterias y
protozoos son macroscopicos y muchas algas y hongos son microscopicos y
forman estructuras comunales o filamentosas que se pueden medir.
La micro y mesofaune desempea un importante papel en las transformaciones
de la materia organica, pero carecen de la amplia capacidad enzimatica de la
microflora del suelo.Sin embargo, la inclusion de los invertebrados en el estudio
de la microbiologia del suelo todavia no esta del todo completa, y lo mismo
ocurre con la asociacion entre hongos y raices conocida como micorriza.
La microbiologia del suelo tambien incluye eel estudio del rol que juegan los
microorganismos en el suelo en la ingenieria genetica, en el control biologico de
pestes y enfermedades, degradacion de contaminantes y las interacciones entre
los organismos del suelo y su medio ambiente.
Contribuciones pioneras:
Como ciencia, la microbiologia del suelo tuvo origen con la bacteriologia y la
protozoologia. Ademas esta el aporte de Leeuwenhoek, que alcanzo a ver
pequeos animaliculos con sus potentes lentes.A Leeuwenhoekm junto con
Winogradsky se los conoce como los fundadores de la microbiologia del suelo.
Winogradky estudio la nitrificacion y la oxidacion sulfurosa, que condujo al
concepto de la autotrofia microbiana, donde sustratos oganicos son usados
como fuentes de crecimiento y energia por los microorganismos.
Otros cientificos descubrieron la formacion de las micorrizas por parte de la
asociacion de los hongos y las raices. Uno de los cientificos que mas trabajo en
este tema fue Pfeffer, quien descubrio la naturaleza simbiotica de la asociacion.
Frank, descubrio dos clases de micorrizas: endomicorrizas y ectomicorrizas. Las
investigaciones de Pasteur condujeron al metabolismo anaerobico, y muchos
precesores de Pasteur descubrieron que las levaduras participan en las
fermentaciones., sin embargo fue Pasteur quien demostro que la produccion de
alcohol y acidos organicos se debe a un metabolismo que permite la vida sin
aire. Pasteur tambien descarto la Teoria de la Generacion espontanea.
Recientemente se descubrio la relacion de los microorganismos con las
enfermedades en plantas y animales, y el proceso para aislar y estudiar a los
microorganismos en cultivos puros.
La microbiologia del suelo en el siglo XX:
La mayor enfasis de estudio de esta ciencia esta en la fijacion simbiotica de N2,
la descomposicion de la materia organica del suelo, y las transformaciones
minerales del Nitrogeno.Los exitos en la inoculacion de las leguminosas dieron

lugar a muchas tentativas para otras aplicaciones practicas. Actualmente se

pone mucho enfasis en hacer conteos de la poblacion de organismos en el
suelo, con el objeto de que esto sirva como un indice para determinar la fertilidad
de un suelo, sin embargo esto fracaso, porque hay muchos determinantes de la
fertilidad de un suelo. Hubieron tentativas que intentaron incrementar la fijacion
asimbiotica de N2 por medio del inoculado de organismos productores de
nitrogenasa en el suelo, lo cual fallo por la falta de conocimiento concerniente a
la ecologia microbiana. entre los ultimos objetivos figura la definicion de las
relaciones entre los microorganismos y las transformaciones del nitrogeno
organico.
Pogreso y diversificacion:
Con el tiempo el ambito de la microbiologia se expandio desde lo conserniente a
la materia organica del suelo y en la actualidad abarca areas como las enzimas
en el suelo, la microflora de la rizofera, la participacion de los microbios en la
formacion de la estructura del suelo, la degradacion de pesticidas y
recalcitrantes hechos por el hombre, ecologia microbiana, las transformaciones
de los metales y el impacto de los microbuos en el medio ambiente.
Actualmente los microbiologos que se dedican a esta area esta realizando
enfoques de la productividad de la agricultura y el manejo de los bosques y
praderas y otra tecnica que se esta utilizando en la actualidad es la de los
isotopos radiactivos.Tambien se hicieron grandes atribuciones en la genetica
incluida la genetica bacteriana, Griffith presento la primera evidenciade la
tranformacion bacteriana al mostrar que las celulas avirulentas no encapsuladas
de Streptoccocus pneumoniae se pueden transformar en celulas virulentas con
capsula, al inyectar animales huespedes con celulas virulentas muertas por calor
junto con celulas avirulentas vivas, y que esto se debia a que el ADN era el
material de la herencia.
Hoy en dia los intereses de mayor importancia de la microbiologia de suelo son
las transformaciones de la materia organica y el nitrogeno, que constan con el
respaldo de las tecnicas con isotopos del C 14 y N 15, por otra parte los estudios
en la estructura y calidad del suelo, degradacion de pesticidas y fijacion de N
tambien cobran una significativa importancia en esta area, al igual que el control
de la erosion.Otros objetos de estudio son los conteos poblacionales, biomasa,
rizosfera, antibioticos, fauna, los hongos, micorrizas, metodologia y
enzimas.Todos los factores mencionados ayudan a la agricultura a lograr un
desarrollo sustentable.
Entrando al siglo XXl :
Las demandas sociales actuales exigen informacion de un manejo sustentable
en las forestaciones, praderas y agricultura intensiva, y en el mantenimiento de
la biodiversidad biologica en esos ecosistemas.El publico espera que los
microorganismos puedan ser usados mas efectivamente en todo lo que es
abonos, biodegradacion de quimicos, el control biologico de malezas, pestes y
otras enfermedades de las plantas.
La microbiologia tiene problemas sin resolver que demandan mas investigacion,
como por ejemplo los bacidiomicetes blancos dde las raices, que se creeeria

pueden degradar la madera, PBC y lignina.

Debido a tecnicas de ADN se ha descubierto la presencia de bacterias
desconocidas en el suelo y se estima que el numero de ellas, entre conocidas y
desconocidas, alcanza las trece mil especies.
Para el estudio del suelo, la mayoria de los analisis son restringidos a bacterias y
no a hongos y demas fauna del suelo.
CAPITULO 2
EL SUELO COMO UN HABITAT PARA LOS ORGANISMOS Y SUS
REACCIONES
La Genesis del Suelo:
Los prganismos del suelo participan en la genesis del habitat en donde viven.
Ellos, juntos con otras formas bioticas constituyen uno de los cinco factores que
interactuan en la formacion del suelo, los otros cuatro sn el clima, topografia, el
material madre y el tiempo. La ruptura fisica y quimica de las rocas en finas
particulas con grandes areas superficiales y junto con la liberacion de nutrientes
por parte de las plantas inician el proceso de formacion del suelo. Dos nutrientes
principales que son deficientes en las etapas tempranas del proceso de
formacion del suelo son el C y el N, por lo tanto los colonizadores iniciales del
material madre del suelo son por lo general las cianobacterias, capaces de hacer
fotosintesis y fijar nitrogeno. Antes de que se establezca la vegetacion en el
suelo, se dan en el mismo continuos procesos dinamicos de mezcla de celulas
vivas y muertas , materia organica del suelo, y particulas minerales en tamaos
suficientemente pequeos que permitan las intimas interacciones coloidales
caracteristicas del suelo.
Una definicion mas moderna del suelo se refiere a la capa superficial de
la tierra que es explotada por las raices de las plantas. El crecimiento microbiano
ocurre a profundidades mucho mayores. La desnitrificacion activa ocurre en
subsuelos muy por debajo de la profundidad de las raices si una fuente de
carbono es percolada hacia abajo con el NO3-. Aparentemente no esxisten
areas en la superfici terrestre que no esten habitadas por microorganismos
(excepto en los volcanes). Se encuentran a los microorganismos en desiertos,
capas polares, oceanos,manatiales de agua caliente, etc.
Los microorganismos del suelo muestran una gran diversidad de especies
y poblaciones en suelos productivos y sin intervencion de la mano del hombre.
El tamao de la biomasa microbiana muestra una correlacion directa con la
cantidad de crecimiento vegetal, con los niveles de materia organica en el suelo,
y con el contenido de arcilla del suelo.
Aspectos estructurales del suelo:
El suelo consiste en varias particulas minerales de diversos tamaos,
formas, caracteristicas quimicas, junto con las raices de las plantas, la poblacion
viviente del suelo, y un componente de materia organica en varios estados de
descomposicion. Los gases del suelo, el agua del suelo y minerales disueltos
completan el habitat del suelo.

La agregacion de las perticulas del suelo es de gran importancia para

controlar la presencia de actividad microbiana y de la materia organica del
suelo. La foramcion de los agregados se inicia cuando cuando la microflora y las
raices producen fibrillas, filamentos, y polisacaridos que combiandos con la
arcilla forman complejos organicos-minerales. La estructura del suelo surge
cuando fuerzas fiscas ( sequias, cercimiento de las raice, el movimiento de los
animales, compactacion, etc ) moldean el suelo en agregados. Las arcillas son
elementos basicos para la formacion de agregados. Aquellas arcillas de regiones
templadas y articas tienen una carga neta negativa. Los microorganismos y
muchos de los constituyentes de la materia organica del suelo estan
negativamente cargados a valores neutros de Ph. Normalmente, dos unidades
cargadas negativamente se repelen entre si, sin embargo, las uniones entre
unidades cargadas negativamente son posibles por medio de enlaces ionicos a
traves de cationes multivalentes. Uno de los enlaces se realiza con la materia
organica o un microorganismo y el otro con una arcilla.
Las particulas que participan en la foramcion de agregados incluyen: finas
arcillas y moleculas organicas medibles en nanometros, microorganismos,
arcillas gruesas y sedimentos medibles en micrometros; y arenas, pequeos
metazoos, y pequeas raicecillas medibles en milimetros. Los agregados
muestran una gran variacion en tamao. Hat dos grandes categorias: Los
microagregados poseen diametros menores a 250 micrometros, y los
macroagregados con mas de 250 micrometros de diametro. Los diametros de
los poros en los microagregados varian entre 0.2-0.6micrometros, y en los
macroagregados desde 25 a 100 micrometros. Ademas, cave destacar que los
poros pueden ser abiertos o cerrados. En los ultimos, los microorganismos
pueden estar ausentes o presentes si es que fueron englobados durante la
formacion del agregado. Para los poros abiertos, el tamao del cuello de su
abertura es menor que el diametro del poro.
Los poros abiertos y el tamao de sus cuellos determinan la entrada y hospedaje
de los mismos por parte de los microorganismos. Los poros mas favorables para
las bacterias son aquellos que poseen un diametro que oscila entre 0.83micrometros. Ademas, hay una fuerte correlacion entre biomasa bacteriana y
diametros de los cuellos de los poros que oscilan entre 0.2-1.2micrometros. La
biomasa de nematodeos se encontro presente en poros con diametros de entre
30 y 90 micrometros. Los hongos por lo general no se encuentran en poros con
diametros inferiores a 30 micrometros. Los poros y los tamaos de sus cuellos,
al proveer proteccion a los pequeos organismos de los grandes carnivoros u
omnivoros, influyen las relaciones troficas y la mineralizacion de los nutrientes
en el suelo.
Analisis quimicos realizados en la materia organica de los
microagregados muestra que la mayoria de las azucares que contenidas aqui
son de arigen microbiano. Ademas, los agregados formados por la materia
organica del suelo muestran un mayor contenido de nutrientes ( C,N,S,P) que lo
que se encuentra en las otras partes del suelo.
Los agregados del suelo y sus arcillas constituyentes influyen en la
interaccion de las enzimas con sus sustratos. La particula de arcilla con su gran

area superficial externa e interna es capaz de adsorber enzimas como la ureasa

y la proteasa. Las enzimas adsorbidas a las arcillas o intercnectadas con
constituyentes del humus son protegidas de la hidrolisis que les pueden causar
otras enzimas. La adsorcion por lo general hace que el sitio activo este menos
disponible.
La atmosfera del suelo:
Ademas del vapor de agua, los gases que comunmente encontramos en
el suelo son el N2, O2 y CO2. Aparte, esta la presncia de gases variables y
transitorios como el NH3, H2, CO, las formas del NOx, SO2, SH2,CH4, C2H4, y
otras trazas de gases organicos volatiles. La concentracion de los gases
individuales en el suelo es una funcion tanto de los procesos bioticos y abioticos.
En la respiracion de los organismos del suelo y de las raices de las plantas, el
O2 es consumido y el CO2 es liberado, consecuentemente, el aire del suelo
tendera a poseer un porcentaje bajo de O2 y un porcentaje alto de CO2, en
comparacion con la atmosfera que se encuentra en capas mas profundas del
suelo. La difusion gaseosa tiende a mantener estas dos composiciones en
equilibrio. Asi, a medida que las constantes de difusion sean aproximadamente
iguales y el cociente de respiracion para sitios aerobicos se acercque a la
unidad, el decrecimiento de O2 en el aire del suelo por lo general iguala al
incremento de CO2, y la suma de los porcentajes de los dos gases en el suelo
es igual a la suma de sus respectivos porcentajes en la atmosfera.
Hay dos grandes impedimentos a la difusion gaseosa en el suelo: la falta
de aire en las porosidades y la presencia de peliculas o barreras de agua. A
mayor densidad de masa, menor porcentaje de aire en los poros. El estado de
aireacion del suelo puede inferirse a partir del contenido de agua del mismo. La
densidad de masa de la superficie de los suelos varia entre 0.9 a 1.3g/cm3. El
contenido de agua de un suelo a su capacidad de campo ( -0.01 a -0.03
megapascales ) varia entre 15 a 30% para las arenas y entre 40 a 45% para las
arcillas. La diferencia entre el espacio total ocupado por los poros y el contenido
de agua representa el espacio ocupado por el aire. Como minimo se considera
necesario un 10% en volumen de espacio llenado por el aire para una adecuada
aireacion.
Con el agregado de agua en la superficie del suelo ( por ejemplo al regar
o debido a una lluvia ), los movimientos de los gases hacia y desde el suelo se
detiene casi por completo. Esto no es sorprendente ya que el O2 se difunde
10000 veces mas rapido a traves de los espacios con aire que en los espacios
con agua. La actividad microbiana no se detiene por completo junto con la
saturacion de los poros con agua en la capa superficial del suelo. En primer
lugar el reservorio de O2 por debajo de la capa superficial del suelo es agotado
por los microorganismos. El tamao de este reservorio y el periodo de tiempo
que seria adecuado para las raices de las plantas y la respiracion microbiana
puede ser calculado en base a la porosidad del suelo, contenido de O2 en el aire
del suelo, profundidad del agua, y la razn de uso del O2 por parte de as raices
de las plantas y los microorganismos. Luego de que se acaba el reservorio de
O2, las formas oxidadas del N,Fe,y Mn son utilizadas como aceptores de

electrones.
La solubilidad de los gases en el agua depende del tipo de gas,
temperatura, concentracion salina, y la presion parcial de los gases en la
atmosfera. Los gases mas solubles son aquellos que se ionizan con el agua,
como el CO2,NH3, SH2. El oxigeno y el N2 son poco solubles. Por ello, el
nitrogeno puede volverse limitante en sistemas de fijacion del elemento debido a
su baja difusion acuosa, aun cuando el 80% de la atmosfera esta constituida por
nitrogeno. Algunas plantas, como el arroz y ciertas plantas del pantano, poseen
canales especiales en las raices que proveen caminos para la difusion del aire
en las capas sumergidas del suelo. El arroz provee difusiones del aire en
horizontes bajos 4 veces mayores que la cebada. Esto produce micrositios
aerobicos alrededor de sus raices.
Se ha determinado que el cambio desde un metabolismo aerobico a otro
anaerobico ocurre cuando las concentraciones de O2 son menores al 1%. Los
calculos muestran que porciones de un suelo saturadas con agua mayores de
3mm de radio no poseen O2 en el centro. El hecho de que procesos
anaerobicos tales como la desnitrificacion y la reduccion de sulfatos ocurran en
el suelo, es una seal de que en este suelo los micrositios anaerobicos son muy
comunes. Muchos estudios han demostrado que la poblacion de bacterias
anaerobicas en los primeros centimetros del suelo puede ser como mucho 10
veces mayor que su numero en profundidades mayores. Las bacterias
aerobicas juegan un rol de preparacion del ambiente en el suelo para los
microorganismos anaerobicos. Su crecimiento dentro de un micrositio consume
el O2 almacenado, permitiendo el desarrollo de los anaerobios.
Los microorganismos anaerobicos tienen la abilidad de generar energia y
crecer en ausencia de O2. Algunos organismos ( los anaerobios obligados ) son
perjudicados con la presencia del O2. Esta inhibicion es debida a la produccion
de intermediarios toxicos. Los organismos que no son sensibles al O2 contienen
enzimas para remover estos intermediarios toxicos del O2.Debido a que los
intermediarios toxicos son producidos durante el transporte de electrones, la
inhibicion se nota unicamente en la presencia de un donador de electrones. Los
anaerobios obligados pueden persistir por grandes periodos en un suelo con un
ambiente anaerobico aun si no tienen sustratos adecuados para crecer.
Algunos organismos del suelo se han adaptado al elevado contenido de
CO2 existente en la tamosfera del suelo. Algunas especies de hongos muestran
una preferencia en profundidades de 10 a 20 cm. Las bacterias nitrificantes
muestran preferencia de niveles de CO2 mayores que los encontrados en capas
mas superficiales del suelo. Experimentalmente, se demostro que en atmosferas
controladas, pequeas nitrificaciones ocurren en niveles atmosfericos de CO2 de
0.035%, en comparacion con aquella que ocurre a niveles de CO2 de 0.07 a
0.23% que es lo que por lo generla se encuentra en el suelo.
El agua del Suelo:
El agua del suelo no solo afecta la humedad disponible para los microrganismos,
sino tambien el estado de aireacion del suelo, la naturaleza y contidad de
materiales solubles, la presion osmotica, y el Ph de las soluciones en el suelo.

La forma de la molecula de agua con un angulo de 105 grados formado entre los
hidrogenos y el oxigeno, resulta en un lado elecropositivo formado por los
hidrogenos con un lado electronegativo constituido por el oxigeno. Esto explica
muchas de las propiedades del agua relativas a las reacciones fisicas y
quimicas. Esto explica porque el agua se une a los iones cargados. Los cationes
se hidratan debido a su atraccion hacia el oxigeno cargado negativamente de la
molecula del agua. La naturaleza polar del agua tambien explica la formacion de
puentes de hidrogeno por parte del agua. La formacion de enlaces con otras
moleculas de agua y a otros componenetes biologicos explican sus propiedades
disolutivas, viscosidad y alto calor especifico del agua. De especial interes para
las celulas microbianas es el hecho de que el agua se adsorbe fuertemente a
las superficies debido a la formacion de puentes de hidrogeno e interacciones
dipolares.
Las caracteristicas del agua del suelo estan dadas por los potenciales
matriciales y osmoticos. El potencial matricial se refiere a la atraccion del agua a
las superficies solidas. Como esto reduce la energia libre del agua, los
potenciales matriciales son negativos. Los solutos en el suelo, debido a las
propiedades disolventes del agua, tambien reducen la energia libre del agua y
asi se crea otro potencial negativo, el potencial osmotico. El concepto del
potencial del agua del suelo se refiere a definiciones basicas de la energia libre
involucrada, y se expresa en pascales.
Expresar la humedad del suelo en pascales, o unidades de energia por
masa, es un concepto util. En la literatura, se trata por lo general al agua del
suelo como agua gravitacional, capilar o higroscopica. Despues de que el agua
se haya drenado suelo abajo, lo que queda es el agua capilar. Esta agua llena
los poros capilares y esta disponible para el crecimiento de las lantas y los
microorganismos. Inmediatamente despues de la perdida del agua gravitacional,
se dice que la humedad del suelo se encuentra en la capacidad de campo. El
potencial matricial de este agua sera de -0.01 a -0.03 MPa. A medida que el
agua se pierde desde el suelo por causa de la evaporacion o la
evapotranspiracion, las plantas seran incapaces de obtener suficiente agua para
para permanecer turgentes y se marchitaran. El punto de marchitamiento por lo
general ocurre cerca de los -1.5MPa. Por debajo de este punto, el agua capilar
todavia esta presente y los microorganismos son capaces de utilizarla. El agua
que permanece en el suelo despues del drenado del aire, especificamente, el
agua que queda en el suelo al 98% de HR y 25gradosC se denomina agua
higroscopica.
La combinacion de los componentes matriciales y osmoticos del agua del
suelo determinan el estres bajo el cual un orgainismo debe trabajar para obtener
el agua. Generalmente, la actividad microbiana en el suelo es optima cerca de
los -0.01 MPa y decrece para potenciales mucho mas negativos o mayores que
-0.01MPa. Los hongos por lo general son mas tolerantes a potenciales hidricos
mucho mayores que las bacterias ( los hongos requieren un mayor estress
hidrico ). Los nitrificantes como Nitrosomonas sn menos tolerantes del estress
hidrico que los amonificadores, como Clostridium, Penicillium. Los
amonificadores se concentraran en suelos secos porque los nitrificantes no

pueden operar a potenciales hidricos en los que los amonificadores como

Penicillium estan activos. El aumento del contenido de NO3- que a veces se
observa en la capa superficial de un suelo seco probablemente no sea debido a
la nitrificacion, pero si al movimiento ascendente del agua capilar que acarrea el
NO3-.
El agua tiene influencia sobre los microorganismos y los vegetales
superiores a traves de los efectos de la difusion, flujo de masa, concentracion de
nutrientes, en niveles de estress hidrico altos pero no limitantes, la difusion de
los nutrientes puede ser suficientemente baja como para ser limitante. El flujo de
masa por lo general es adecuado para proveer nutrientes como el NO3- a las
raices de las plantas. El fosforo, sin embargo, no se mueve libremente con el
agua, y su obtencion requiere difusion y extension de las raices.
Potencial Redox:
Los organismos vivos obtienen su energia de la oxidacion de materiales
reducidos. Ellos remueven electrones desde sustratos organicos o inorganicos
para capturar la energia que esta disponible durante el proceso de oxidacion.
Esto se completa en una serie de pasos que involucran reacciones
intermediarias en las cuales los electrones de compuestos reducidos son
transportados a traves de cadenas de transporte de electrones. Los electrones
no pueden existir aislados de los atomos o moleculas. Para que ocurra una
oxidacion, una reduccion debe ocurrir. Estas reacciones en par se llaman
reaccion redox. Las sustancias difieren en sus posibilidades de ceder electrones
y oxidarse. El potencial de oxidacion-reduccion es la tendencia que tiene un
sustrato de ganar o perder electrones. Este potencial se mide en voltios.
Eh= Eo + RT/nF
En el suelo, el potencial redox representa la suma de numerosos pares de
oxidacion-reduccion. Los valores del potencial de estos pares difieren en
magnitud, lo cual es de importancia como determinante de los fenomenos
quimicos y biologicos del suelo. En suelos con provision de oxigeno, este
elemento es el receptor de electrones provenientes de la oxidacion de un
sustrato. En suelos sin provision de oxigeno, las formas inorganicas NO3-,
Fe3+,Mn+4,SO4-2, CO2, e intermediarios organicos pueden actuar como
aceptores de electrones, siempre y cuando el organismo tenga los sistemas
enzimaticos apropiados.
En lo que respecta a la fisiologia vegetal, las sustancias deben moverse a
traves de la membrana celular que rodea a la celula a traves de un gradiente de
concentracion, y para ello se requiere el gasto de energia. A medida que los
electrones fluyen a traves de la cadena de transporte de electrones, los protones
son expulsados fuera de la membrana. Los electrones eventualmente son
transferidos al O2 formando OH- en el interior. Debido a que la membrana no es
libremente permeable al H+ por fuera y al OH- por dentro, se establece un
gradiente de pH y un potencial electrico a lo largo de la cadena. El motivo de
esta fuerza protonica puede realizar trabajo como la activacion del transporte a

traves de la membrana o la rotacion flagelar, a puede utilizarse para generar

energia a traves del paso de estos protones por la ATPasa para formar el ATP.
pH del Suelo:
Se dice que la fijacion biologica del nitrogeno a veces puede incrementar
la acidez de un suelo. No lo hace en forma directa, pero esto ocurre luego de
que el nitrogeno fijado sea transformado por amonificacion y nitrificacion. Las
medidas de pH en el suelo son criterios de importancia para para predecir la
capacidad de los suelos para soportar las reacciones microbianas. El pH del
suelo se mide en una suspension acuosa del suelo. Esta medicion unicamente
indica los iones H+ libres en solucion, pero no indica la acidez intercambiable ( el
H+ libre y el H+ y Al3+ en sitios de intercambio cationicos ) ni las reservas de H+
que deben ser neutralizadas para aumentar el pH hasta 7. En muchos suelos, la
acidez intercambiable es como minimo un orden de magnitud mayor que la
acidez libre; y otro orden de magnitud mayor que la acidez tratable. La acidez
tratable esta compuesta de hidroxidos de Al y Fe, junto con cationes de Al3+
adsorbidos a la materia organica y acidos organicos debiles sin disociar. El ion
Al3+ es considerado un cation acido, porque causa que la molecula de agua se
disocie.
La transformacion biologica del NH4+ a NO3- (nitrificacion) es una de las
reacciones del suelo mas sensibles al pH. Los valores minimos y optimos de pH
para la nitrificacion difieren para el suelo al estado natural y para cultivos de
soluciones del suelo en el laboratorio. La nitrificacion en suelos forestales puede
ocurrir a valores de pH menores que 4, mientras que la nitrificacion no ocurre en
pH menores que 6 en un cultivo de una solucion de suelo. Los micrositios
pueden darse cuando hay descomposiciones de materiales ricos en N que
liberan NH4+ y eleva el pH dentro del micrositio. La falta de Al en suelos
organicos y en algunos suelos forestales pemite la nitrificacion a una acidez
mayor.
El concepto de los valores de pH en sitios especificos se debe relacionar
con el tamao de los organismos y la multiple cantidad de enzimas a nivel
microbiano. Una celula bacteriana contiene alrededor de 1000 enzimas, mucha
de las cuales son dependientes del pH y estan asociadas con componentes
celulares, como las membranas. El pH optimo de las enzimas se ve afectado por
el fenomeno de adsorcion. En la matriz del suelo, la adsorcion de las enzimas a
los componentes humicos del suelo desplaza su pH optimo hacia valores
mayores.
Muchas de las bacterias conocidas crecen dentro de rangos del pH de
entre 4 a 9. Los acidofilos crecen en rangos de pH que van del 1 al 6, los
acidofilos extremos crecen en rangos de pH que van del 1 al 3, un ejemplo de
esta categoria es Sulfolobus que oxida materiales sulfatados para formar acido
sulfurico. Los hongos como grupo son moderadamente acidofilos, creciendo en
rangos de pH que van desde 4.3 a 6.8. Ellos son utilizados para la preservacion
de silos y para hacer alimentos y leche fermentada. Como alcalofilos moderados
encontramos a Nitrosomonas spp. que se desarrolla en rangos de pH de entre
7.3 a 9.6. Algunas bacterias son alcalofilas extremas, capaces de crecer a

valores de pH de 13. Ellas por lo general son halofilas, encontrandose en

salinas.
Temperatura del Suelo:
La temperatura afecta no solo la tasa de las reacciones fisiologicas de las
celulas, sino tambien mucha de las caracteristicas fisicoquimicas del ambiente,
como el volumen del suelo, presion, potencial redox, difusion, movimiento
Browniano, viscosidad, tension superficial, y la estructura del agua. La actividad
de las celulas microbianas, estan givernadas por las leyes de la termodinamica.
La razon de las reacciones quimicas es una funcion directa de la
temperatura y por lo general obedece la relacion descrita por Arrhenius:
k=Ae-E/RT
k es la velocidad de reaccion, A la frecuencia con la cual las moleculas chocan, e
la base de los logaritmos naturales, E la energia de activacion de la reaccion, R
la constante de los gases y T la temperatura en Kelvins.
A temperatura moderadas, una representacion de la constante de la taza de
reaccion versus la reciproca de la temepratura nos dara una curva con un salto o
valor maximo para cierto valor de las absizas. Este salto representa el salto de
enrgia o energia de activacion que se necesita para que la reaccion sea posible.
No es sorprendente que las diferencias en la temperatura del suelo tienen
efectos notables en la actividad microbiana y en los tipos de microorganismos
que se pueden encontrar.
Los organismos del suelo difieren en sus tolerancias a la temperatura.
Algunos crecen a -12C y otros a 110C. Los ultimos son por lo general
barotermofilos. Las bacterias se clasifican en psicrofilos, mesofilos, termofilos o
termofilos extremos. Sin embargo, la mayoria de las especies tienen un rango de
tolerancia de 30C. Dentro de este rango, la tasa de crecimiento en funcion de la
temperatura nos queda:

Sin embargo, esta curva es aplicable para especies en cada una de las cuatro
categorias. Para los mesofilos Tmin y Tmax estan entre 15 y 45C, para los
psicrofilos entre -5 y 25C, y para los termofilos entre 40 y 70C. Hay diferencias
significativas entre cada grupo. La curva generalizada de la tasa de crecimiento
en funcion de la temperatura para los organismos creciendo en un laboratorio es
similar a aquella obtenida para las condiciones en el suelo.
Los organismos que crecen cerca de los 0C contienen lipidos especificos

que les permite a sus membranas celulares retener la fluidez. Los termofilos
contienen lipidos con puntos de ebullicion elevados. Otros factores aparte de los
lipidos estan implicados en las adaptaciones termicas. Algunos de ellos son por
ejemplo que las enzimas y los transportadores de electrones son capaces de
resistir la desnaturacion por parte del calor, ademas de que algunas proteinas
celulares pueden retener por lo menos una semifluidez en temperaturas bajas.
Los organismos que crecen a elevadas temperaturas son de interes
debido a los extensivos estudios hechos en pilas de compostage las cuales
estan relacionadas con altas temperaturas internas y la busqueda de
organismos y enzimas capaces de actuar como biocatalizadores en procesos
industriales. El termino hipertermofilos fue introducido para describir a aquellos
organismos que crecen entre 80 y 100C y por lo general no lo hacen debajo de
los 60C. Por lo general esta clase de microorganismos son arqueobacterias,
muchas de las cuales son anaerobicas.
Las simples sustituciones de aminoacidos en enzimas como por ejemplo
un cambio de arginina a lisina o serina por alanina le permite a la estructura
tridimensional de la enzima mantenerse estable a altas temperaturas. La
estabilidad de los ribosomas es de similar importancia. Las bacterias termofilas e
hipertermofilas tienen rRNA con grandes estabilidades en sus estructuras
secundarias. La estabilidad del DNA esta asociada a grandes contenidos de G y
C.
A los psicrofilos se los encuentra a grandes latitudes, a grandes alturas y
en los oceanos. Los mesofilos predominan en suelos arables y en ecosistemas
caracterizados por una alta productividad primaria. A los termofilos los
encontramos en manantiales calidos, en aguas cerca de respiraderos oceanicos,
en el compostage y en materiales vegetales (heno, granos) alamcenados en
condiciones que eprmitan la termogenesis microbiana.
En el suelo, la temepratura superficial esta cercana a los 70C al
mediodia y muestra una fluctuacion diurna de 50C. Este cambio diurno
desaparece con la profundidad de los perfiles. Debido al alto calor especifico del
agua, los suelos humedos poseen fluctuaciones diurnas menores en
camparacion con un suelo seco. Los factores que afectan la intensidad y
reflexion de la irradiacion solar son el aspecto del suelo, las pendientes, el grado
de sombras, y la cubierta vegetal.
Interacciones entre los factores del medio ambiente:
En la naturaleza, los factores estresantes rara vez actuan
independientemente. En algunas instancias los efectos son aditivos, en otras
multiplicativos. Las curvas se pueden dibujar para representar la interaccion
entre dos factores.
CAPITULO 3
METODOS PARA ESTUDIAR A LOS MICROORGANISMOS DEL SUELO
Los estudios de los microorganismos del suelo pueden identificar el organismo,

revelar sus relaciones, determinar su numero, y medir las tasas de los procesos
fisiologicos. Cualquier muestra tomada de la naturaleza es por lo generla una
composicion de muchos microhabitats que cambian con los efectos de los
vegetales, la profundidad del suelo, y caracteristicas temporales y espaciales.
Para considerar esta variabilidad se requieren numerosas muestras
correctamente tomadas. Los analisis de loa muestras puden ser a escala
quimica, molecular, del organismo, de toda la planta, etc. A la muestra se le
pueden hacer estudios microscopicos, quimicos, de acidos nucleicos, de cultivo,
y otros procesos de estudio para evaluar la actividad, biomasa y diversidad de
los microorganismos del suelo, sedimentos, aguas o muestras geologicas.
Las tecnicas se estan expndiendo rapidamente en numero, seguridad, y
sensibilidad
Recoleccion de las muestras de suelo:
La informacion analitica obtenida de las muestras de suelo se vuelven
mas informativas si se suplementan con la informacion concerniente al sitio de
muestreo. Los siguientes factores fiscos, quimicos y bioticos son de utilidad y
constituyen las caracteristicas basicas de lo que hoy en dia se entiende por
calidad del suelo:
Topografia
Tamao y tipo de particulas
Cubierta vegetal y productividad
Material madre
Contenido de CO2 y O2
Historial
vegetal
Tipo de suelo
Densidad de masa
Presencia
animal
Estado de humedad Temperatura: rango y variacion
Biomasa
microbiana
Infiltracion del agua Precipitaciones: cantidad y distribucion Materia
organica y presencia de raices
Es importante obtener una muestra representativa que pueda ser tratada
estadisticamente. La varianza depende del tipo de analisis y el area a ser
muestreada. Lugares bajos o altos, con diferentes caracteristicas de suelo y
probablemente diferente contenido de nutrientes, se deben muestrear por
separado. En areas uniformes, un minimo de 4 replicas, cada una hecha de por
lo menos dos recolecciones separadas, es necesario para reducir el error de la
medicion en un 10%. Las areas heterogeneas requieren un muestreo mas
intensivo.
Para que las muestras de suelo puedan ser utilizadas para analisis
quimicos, inmediatamente se las debe congelar o secar. Hay excepciones:
cuando se mide el nitrito del suelo, el secado no es aconsejable porque es un
factor destructivo del nitrito. Para los analisis de nitrato, estos no se hacen
inmediatamente, el suelo debe secarse dentro de 24 horas, si esto no se hace,
el nivel de nitrato puede incrementarse antes o durante el proces de secado. La
interferencia que se hace en el suelo durante el muestreo puede ocasionar
cambios en la poblacion del suelo durante el inetrvalo de almacenamiento. De

esta manera, las observaciones hechas en una muestra almacenada podrian no

ser representativas de el suelo sin interferencia.
Microscopia:
Los examenes hechos al microscopio son utiles para determinar la
morfologia, numero, y el arreglo de los microorganismos en el suelo. La
descripcion de Hooke observando mohos creciendo en cueros, y de una
herrumbe creciendo en una hoja de rosa fueron las primeras descripciones
detalladas de la microbiota. Las tecnicas de secciones finas utilizadas en en la
micromorfologia del suelo con el microscopio optico, permiten observaciones de
la estructura del suelo, penetracion de las raices y la fauna del suelo. Sin
embrago no son lo suficientemente finas para permitir observar la microbiota del
seulo. El microscopio de fluorescencia combiando con tinturas apropiadas
permite la separacion de de los organismos vivientes de las particulas de suelo.
El microscopio de escaneo laser confocal hace posible la eliminacion de muchas
fluorescencias extraas. Este microscopio tiene la capacidad de opticamente
poder seccionar el material y proveer imagenes derivadas de computadora en
varios planos del especimen. El microscopio confocal y de fluorescencia pueden
combinarse con analisis de imagenes para determinar el numero de microbios,
tamao, y porcentaje de celulas en division.
Las secciones delgadas y el uso del microscopio electronico de
transmision (MET) se han convertido en herramientas utiles para el estudio de
las interacciones microbianas en el suelo y para observar microorganismos en
segmentos de raices. Las complejas tecnicas de sombreo utilizadas en los MET
hacen dificultoso poder distinguir a los microorganismos de las particulas de
suelo. El microscopio electronico de escaneo (MEE), el cual brinda una imagen
tridimensional, se ha vuelto superior ya que es capaz de mostrar tanto la figura
como la estructura del habitat microbiano y a los microorganismos. Las
bacterias frecuentemente estan encerradas en el limo y son dificiles de observar,
pero las estructuras fungicas y de los actinomicetes son facilmente observadas.
El MEE utiliza un pequeo haz de elctrones que escanea la superficie del suelo.
La captura de los electrones que rebotan nos da efectos tridimensionales.
La tecnica del entierro del portaobjetos, supone enterrar portaobjetos de
vidrio en el suelo por un periodo extenso. Los microorganismos se adhieren a el
portaobjetos, y, posteriormente con el desentierro de el portaobjeto y
sometiendolo a una tintura , la naturaleza cualitativa de la poblacion del suelo
puede ser observada. Las interrelaciones entre varios grupos de organismos y
los tipos de formaciones coloniales se observan facilmente en portaobjetos sin
agregado de nutrientes. La adicion de una capa clara, como el celofan, permite
observar la secuencia de la colonizacion en un sustrato complejo. Se puede
obtener informacion acerca de el arreglo de los microorganismos al cubrir el
portaobjetos con una agente cementante, y tocando una porcion de suelo
expuesta con la superficie pegajosa del portaobjetos, y luego se examina esto al
microscopio.
Conteo de celulas al microscopio directo

La microscopia directa de las suspensiones de suelo es un procedimiento

comun para contar a los microorganismos del suelo. El suelo es dispersado con
agentes como resinas, pirofosfato de sodio, o detergentes en una licuadora para
disipar los agregados del suelo. Un adecuado volumen de la suspension es
luego colocado en un area conocida de un portaobjetos, mezclado con agar en
una camara de conteo microbiano de dimensiones conocidas, o a este volumen
se lo puede filtrar con una membrana inclora o una membrana negra de
policarbonato con hollos de dimensiones conocidas. El filtro con sus
microorganismos asociados son montados en un portaobjetos y luego esta
preparacion se tie. Los tradicionales colorantes rosa de bengala y fenilalanina
azul fueron remplazados por tinturas fluorescentes . El anaranjado de acridina,
tie el ADN, el cual queda de color verde fluorescente. El color de las celulas
depende de la naturaleza del tinte, la naturaleza de la pared celular, y la taza de
ARN y ADN dentro del citoplasma. El anaranjado de acridina se adsorbe a las
particulas de suelo y por ello no no da una buena tintura en suelos arcillosos,
pero es util en suelos arenosos. Actualmente hay kits de tinturas que permiten
diferenciar las celulas vivas de las muertas, lo cual se basa en la tintura del ADN.
Algunos tintes se adsorben a los grupos sulfhidrilos de las proteinas, y
son excelente para bacterias pero no tienen efectos sobre los hongos. Los
hongos pueden tambien dispersarse para poder observarse al igual que el
procedimiento utilizado para las bacterias, pero una excesiva dispersion
ocasiona excesivos daos hifales y por lo tanto se pierde el contenido
citoplasmatico. Para los hongos son muy recomendados los tintes fluorescentes.
El microscopio permite determinar un numero de caracteristicas celulares.
La frecuencia de celulas en division puede medirse observando celulas que
todavia siguen adheridas una a la otra luego de la division.
En la actualidad, tambien estan disonibles las tecnicas de Microautoradiografia
para determinar la actividad de las celulas al incorporar marcadores.
Actualmente las tinturas para hongos pueden distinguir los basidiomicetes de los
ascomicetes.
Las tecnicas de inmunofluorescencia pueden utilizarse para determinar el
numero y el biovolumen de determinados organismos del suelo. Los antigenos
especificos, que pueden ser celulas enteras o material aislado de ellas, son
inyectadas intravenalmente en conejos. El antisuero producido es recolectado y
marcado o etiquetado con un tinte fluorescente. Las reacciones de antisuero con
una mezcla de organismos desconocidos en un portaobjetos o un filtro, resulta
en la union del organismo especifico con su anticuerpo, y por ello al microscopio
el antigeno se ve fluorescente. Esta tecnica produce anticuerpos policlonales
que contienen una mezcla de anticuerpos con diferentes sitios de union. Los
anticuerpos monoclonales para las poblaciones de celulas clonadas, capaces de
unirse a un sitio especifico tambien se pueden desarrollar.
Al unir una enzima especifica como la fosfatasa, que puede ser
determnada por reacciones colorimetricas, al anticuerpo, amplia el ambito de la
tecnica y la hace mas facil de usar. Analisis con inmunoabsorcion con enzima
uinda (ELISA) son utiles para identificar variedades rhizobianas en el suelo.

Calculos de Biovolumen y Biomasa:

El biovolumen microbiano es determinado a partir del diametro y longitud
del organismo. Para organismos en forma de vara, los dos extremos se toman
como hemiesferas unidas a un cilindro. Los calculos de biomasa y biovolumen
son particularmente sensitivos a la medicion de diametros bacterianos y
fungicos. El conteo de microorganismos en fotografias y el uso de analisis de
imagenes computarizadas podrian hacer el conteo mas eficiente y mas facil en
lo que se refiere al biovolumen micrbiano.
Analisis quimicos: Moleculas marcadoras.
Constituyentes citoplasmaticos
La biomasa y/o la actividad de la microflora del suelo puede ser
determinada al analizar sus componentes celulares si ciertos criterios se
cumplen
1) El componente a medir debe ser cuantitativamente extraible.
2) El componente debe estar presente en organismos vivos y puede ser
especialmente evaluado si es restringido a un cierto grupo de organismos.
3) Para mediciones de biomasa, el componente debe estar presente en
concentraciones uniformes dentro de la celula
4) Para medicines de actividad, la molecula marcadora debria estar
emparentada con la actividad.
Las fracciones de celulas interesadas seran descritas en base a los
constituyentes citoplasmaticos, componentes de la membrana, y paredes
celulares. El ADN y el ARN tambien contienen muchos maracdores especificos.
La exposicion de los organismos al vapor de cloroformo, destruye sus
membranas celulares. Esto permite la filtracion de los constituyentes celulares
en el suelo. El C, N, S y P citoplasmaticos pueden determinarse directamente en
un extracto apropiado que se conoce como el metodo de extraccion con
fumigacion utilizando cloroformo. Esta tecnica es simple y rapida y no tiene las
incertezas involucradas con la sustraccion de un control o con la inmovilizacion
del N.
Esta tecnica consiste en la incubacion de suelos que contengan celulas
muertas por causa del cloroformo. La degradacion de la recien muerta poblacion
en un periodo de 10 dias produce CO2 y NH4+. Las relaciones entre la cantidad
de CO2 o NH4+ y la biomasa es determinada por separado con celulas
marcadas con C14 o N15 adicionadas al suelo y luego sometidas al cloroformo,
o por comparasion a los resultados obtenidos con microscopia directa.
ATP
Todas las reacciones catabolicas y biosinteticas dentro de las celulas
requieren la participacion de adenosina trifosfato (ATP). Este es muy sensitivo a
las fosfatasas y no persiste en el suelo a estado libre . Consecuentemente, es
ideal para determinar la cantidad de actividad de la vida dentro del suelo,

sedimentos, o sistemas acuaticos. El ATP es un reactante central en muchas

reacciones, mucha de las cuales teoricamente pueden utilizarse para su
medida. Una de estas reacciones es la reaccion de la luciferina. El sustrato
luciferina, un compuesto aromatico que contiene N y S, puede reaccionar con el
ATP, y con la presencia de Mg y luciferasa para dar un intermediario que es una
enzima de luciferina adenosina monofosfato. Este, en la presencia de O2 se
escinde produciendo adenosina de monofosfato libre, P inorganico, y luz. La luz
emitida se mide con un fotometro y a estos valores se los relaciona con el ATP
para confeccionar una curva.
Durante el crecimiento microbiano, la relacion C:ATP puede variar desde
1000:1 hasta 40:1. El contenido de carbono en la biomasa medido por el ATP, es
una medida tanto de la biomasa como de la actividad y es influenciada por el
contenido de P en el suelo. Esta tecnica puede utilizarse mas satisfactoriamente
para caracterizar suelos en donde la poblacion microbiana esta en mayor
medida en estado de reposo con contenidos constantes o en exceso de fosforo.
Componentes de la membrana microbiana y
acidos grasos
Los lipidos se encuentran en las membranas microbianas y en productos
de almacenamiento. Estos pueden extraerse de la microflora del suelo utilizando
la extraccion de cloroformo-metano. La seperacion de los lipidos extraidos en
columnas de acido silicico nos da lipidos neutros, glicolipidos, y lipidos polares.
La mezcla de polimeros puede ser analizada para determinar el status
nutricional de las bacterias como aquellas asociadas a las raices de las plantas.
El contenido de lipidos en el suelo aparte de el de los microorganismos es bajo,
y el contenido de lipidos en organismos de dierentes taxas es muy variable, por
ello es dificil relacionar las cantidades extraidas con la biomasa.
Los fosfolipidos se encuentran en las membranas de todas las celulas
vivas, pero no en productos de almacenamiento y son rapidamente degradados
cuando muere la celula. Por ello son excelentes moleculas marcadoras. Los
fosfolipidos se extraen con solventes y pueden ser analizados mediante:
1) Analisis colorimetrico de la fosfatasa despues de la hidrolisis.
2) Analisis colorimetrico o cromatografia gaseosa (CG) despues de la
esterificacion
3) CG capilar
4) CG-espectrometria de masa o triple o cuadruple espectrometria de masa.
El perfil de masa en la espectrometria de masa muestra informacion de
las clases de fosfolipidos presentes y sus intensidaes relativas.Los acidos
grasos encontrados en los fosfolipidos provee informacion sobre: las bacterias
poseen extraas cadenas con un metilo unido y ciclopropano como acidos
grasos.
La insaturacion esta asociada con los anaerobios, y se encuentra en
bacterias anaerobicas estrictas.
Los acidos grasos de los hongos de las micorrizas arbusculares ofrece
oportunidades para identificacion y cuantificacion.

Ergosterol
Este esterol es predominante en muchos hongos pero no es asi en las
plantas , y por ello es utilizado para medir invasiones de hongos patogenicos en
las plantas. Puede absorer la radiacion UV a los 282 nm de longitud de onda y
esta absorcion puede ser medible.
Lipopolisacaridos y paredes celulares
La membrana celular de las bacterias gram - contiene polimeros unicos
de lipopolisacaridos.
El peptidoglucano de las paredes celulares de las bacterias contiene acido Nacetil muramico y acido diaminopimelico. La quitina es un polimero de Nacetilglucosamina que se encuentra en muchos hongos.
Tasa de crecimiento a partir de moleculas
marcadoras
Las tasas de crecimiento y de muerte se pueden determinar al incorporar
moleculas marcadoras en precursores constituyentes del citoplasma,
membranas o componentes de la pared celular. El incremento de la molecula
marcadora en periodos cortos de tiempo indica crecimiento. En el caso de las
asociaciones simbioticas de las plantas, siguiendo la fotosintesis del 14CO2, su
translocacion en la planta y su toma por parte de hongo micorrizico ha
proporcionado tasas de crecimiento y costo energetico en el hongo micorrizico.
Las medidas de el movimiento biologico de la molecula marcadora en un
componente especifico a lo largo de grandes periodos de tiempo indica tasas de
movimiento de las raices, organismos asociados, y constituyentes organicos del
suelo.
Las proteinas son uno de los principales constituyentes de las celulas y su
incremento en una celula es indicador de crecimiento.
Analisis con Acidos Nucleicos:
El ADN y el ARN, como componentes de importancia en las celulas vivas,
son excelentes moleculas marcadoras o indicadoras. El aislamiento y analisis de
el ADN o ARN es un poderoso enfoque de microbiologia del suelo y del medio
ambiente y de la ecologia microbiana. El ADN fue aislado por primera vez en
1869. La cadena basica consiste en un azucar ( desoxirribosa ), fosfatos, y las
bases asociadas que son adenina, citisina, guanina y timina. La cadena simple
del ARN tiene una estructura similara a la del ADN pero la ribosa reemplaza a la
desoxirribosa y el uracilo reemplaza a la timina. Excepto en algunos virus, el
RNA esta presente como una simple cadena. Ademas, esta presente en
concentraciones mayores al ADN.
El ADN es mas facil de aislar en el suelo que el ARN. La mayoria de los
horizontes superficiales del suelo contienen aproximadamente 10^9 bacterias.

Los hongos del suelo por lo general representan el 75% de la biomasa del
suelo. Para remover el DNA de los hongos se requieren tratamientos drasticos,
por ello la mayoria del DNA que se extrae del suelo proviene de las bacterias
principalmente. Esto es debido a que los hongos tienen 3 veces mas biomasa
pero solo tienen 1/10 de DNA, por lo tanto se concluye que mucho de las largas
porciones de hifas de estos organismos cenoiticos estan vacias, y el citoplasma
y los nucleotidos se concentran en los extremos de las hifas en los cuales se da
el crecimiento.
ADN y ARN en el suelo.
El ADN puede ser medido luego de la separacion de las bacterias y los
hongos de la matriz del suelo, seguido de la extraccion o por lisis directa y
extraccion del ADN en las bacterias que estaban en el suelo. La separacion de
los organismos tiene problemas asociados con interferencias por parte de las
arcillas y los acidos humicos. Las bacterias pueden extraerse por medio de una
centrifugacion fraccional repetida despues de la homogeinizacion del suelo en la
presencia de polivinilpirrolidina para remover los acidos humicos. Las celulas
son luego lisadas por medio de detergentes o con la enzima lisozima. El ADN de
las bacterias puede luego ser purificado por medio de una centrifugacion
equilibrada de densidad con CsCl, o en geles, y luego analizado por medio de
las tecnicas de biologia molecular. Aproximadamente un 30% de las bacterias
son removidas del suelo por este proceso. Las bacterias no extraidas tienden a
asociarse con particulas minerales.
Los procesos de lisis directa para obtener el ADN del suelo varian segun
la metodologia de homogeinizacion. Los suelos con diferentes contenidos de
arcillas y materia organica respeonden de diferente manera a estos tratamientos.
Se puede separar el ADN de los contaminantes por medio de electroforesis,
centrifugacion, gradientes seguidos de precipitacion, etc. La recuperacion de
DNA bacteriano es mucho mayor con la extraccion directa en comparacion con
la anterior tecnica de primero separar las bacterias y luego aislar el ADN.
El ARN es muy sensible a la presencia de ribonucleasas en el suelo, y por
ello es mas dificil de extraer que el ADN.
La reaccion de la polimerasa en cadena.
La ADN polimerasa es la enzima que copia nuevas cadenas de ADN
durane la division celular.
Kary Mullis descubrio que si mezclaba ADN polimerasa en un tubo de ensayos
junto con una cadena simple de ADN temperado, las 4 bases apropiadas, y un
primer adecuado, se producia la cadena complementaria de ADN. Los primers
son cortas secuencias de 10-30 bases complementarias a las bases del punto
de inicio de la replicacion en el extremo 3` de la cadena de ADN. ( copiar de
mis apuntes )
Aplicacion de los analisis de ADN al suelo.

Existen numerosas aplicaciones que se pueden aplicar al ADN o ARN

aislados del suelo o a cultivos de organismos del suelo, y en algunos casos
tambien se pueden aplicar a organismos intactos en los portaobjetos. Hay
pruebas geneticas basadas en la hibridazion de los acidos nucleicos, que sirven
para detectar poblaciones definidas geneticamente. La hibridazion consiste en la
formacion de puentes de hidrogeno entre cadenas complementarias de ADN o
ARN para asi producir cadenas dobles. Una de las cadenas de ADN es el
testigo, que consiste en una seccion conocida de ADN marcada
apropiadamente.
La otra cadena que se agrega representa el objetivo, el cual desconocemos y a
su vez lo inmovilizamos en una superficie sintetica. Asi, la cinetica de la
reasociacion de las cadenas se puede utilizar para estudiar la diversidad de las
comunidades bacterianas en el suelo. La tasa de reasocicion de las cadenas
depende de el numero de secuencias similares. En una comunidad con muchas
especies, la gran complejidad genetica resultara en una baja reasociacion de
secuencia de ADN. Se sabe que la cadena simple de ADN absorve la radiacion
mas fuertemente a los 260 nm que el ADN de doble cadena. De ahi en mas, que
un espectrometro puede ser un aparato ideal para medir el grado de
reasociacion.
Contenido de Guanina y Citosina
La cantidad relativa de los pares de bases de guanina y citosina en el
ADN bacteriano es caracteristico para cada especie. El tinte bisbenzimida, en
grandes concentraciones salina, preferentemente se une a las regiones ricas en
pares de basesde adenina y timina. Un contenido de G+C de 65% es
representativo de: Arthrobacter, Agrobacterium y Pseudomonas, en tanto que un
porcentaje de G+C del 69% es representativo de Streptomyces. Un 45% de
porcentaje de G+C es representativo de Bacillus y Streptococcus. El porcentaje
de G+C de organismos creciendo en placas puede determinarse por calorimetria
de escaneo diferencial. El punto de fusion de el ADN varia con el porcentaje de
G+C.
Incorporacion de timidina al ADN
El hecho de que el ADN pueda ser extraido de los suelos y purificado
hace posible poder analizar la tasa de incorporacion de timidina 3H en el ADN
como una medida de las tasas de crecimiento bacteriano en el suelo. La sintesis
del ADN ocurre en celulas en crecimiento y la timidina es unica en que su mayor
funcion es participar en la sintesis del ADN.
Analisis filogenetico del ADN y ARN del suelo.
La filogenia es el estudio de las relaciones evolucionarias entre los
organismos. Hoy en dia, esto se estudia gracias el analisis de la secuencia de

nucleotidos en el ARN ribosomal (rRNA) o su asociado ADN (rDNA). Esto es

muy util para estudiar la diversidad de organismos en el suelo porque el rRNA se
encuentra en todas las formas de vida y ciertos componentes de su estructura
evolucionan muy lentamente.
Algunas regiones del rARN tienen secuencias de nucleotidos casi
identicas o muy semejantes en diferentes especies, porque actuan en funciones
celulares fundamentales. Otras areas del rARN existen a niveles intermedios de
conservacion. Estas ultimas pueden usarse como secuencias para clonar o para
probar relaciones entre distintos grupos de especies. Otras regiones variables en
la secuencia primaria de nucleotidos pueden utilizarse para identificar grupos
muy especificos.
La filogenia y ecologia microbiana fueron realizadas utilizando rARN 16S
para los procariotas y 18S para los eucariotas e vex de utilizar la subunidad
pequea de 5S. Las subunidades mayores, 23S en procariotas y 25S en
eucariotas (de rARN) estan siendo analizadas. Estos analisis permiten evaluar
poblaciones especificas y determinar relaciones en cultivos puros. Tambien
permite el analisis de la composicion y estructura de la poblacion sin necesidad
de aislar y cultivar a los organismos.
Con este criterio del rARN fueron caracterizados los streptomyces del
suelo, asi como los hongos endomicorricicos, los pseudomonas del suelo,
Azotobacter, y los basidiomicetes del suelo.
Otras tecnicas extraen el ADN directamente de un sistema natural. Una
serie de primers construidos arbitrariamente se utilizan para amplificar
sagmentos al azar de ADN. Los fragmentos de ADN luego se hacen correr en un
gel que separa de acuerdo a la longitud de cada fragmento. Por lo general se
tienen desde 20 a 30 bandas, segun el numero de primers utilizados. Mientras
mayor sea la diferencia entre las longitudes de las bandas o fragmentos, mas
distanciada es la relacion entre los dos individuos.
Analisis fisiologicos:
Hay una amplia variedad de procesos fisiologicos que se dan en el suelo,
como la descomposicion, amonificacion, nitrificacion, desnitrificacion, fijacion de
N2, mineralizacion del P, y las transformaciones del S.
Estudios en cultivos
Cultivar un organismo del suelo significa transferir sus propagulos o
inoculos a un medio nutritivo que propicie el crecimiento. Todas las tecnicas de
cultivo son selectivas y diseadas para detectar microorganismos con formas de
crecimiento particulares o capacidades bioquimicas especificas. Muchas de
estas tecnicas dependen de el uso de suspensiones de suelo. El gardo de
dilucion requerido esta relacionado con el numero inicial de organismos en el
suelo. Las diluciones seriadas, por lo general 1/10, son hechas sobre un peso
conocido de suelo humedo. Los agregados son triturados en una licuadora, por
lo generla junto con la presencia de un agente dispersante como el Na4P2O7.

Porciones replicadas de 1 ml de las suspensiones adecuadas son transferidas a

un medio solido o liquido en el cual los propagulos o inoculos se desarrollan
dando un crecimiento visible. Luego de una incubacion apropiada, las colonias
individuales son contadas, y cada colonia es igualada a un propagulo o
organismo en la suspension de suelo, por ello se prefiere utilizar el termino UFC
(unidades formadoras de colonias). Una amplia variedad de medios y
condiciones de incubacion pueden utilizarse para los conteos bacterianos. El
agar extracto de suelo, preparado hirviendo 1 litro de agua mezclado con 1 Kg
de suelo, seguido de una centrifugacion o filtarcion de la nata y solidificacion del
extracto con 1.5% de agar, es el medio de cultivo estandar. Este medio contiene
el amplio rango de aminoacidos y factores de crecimiento requeridos por los
microorganismos del suelo, pero contiene una baja fuente de C. Por ello, las
colonias presentan un menor crecimiento y son pequeas. La situacion cambia
cuando al medio nutritivo le agregamos extracto de carne. De esta manera, la
gran cantidad de energia dispnible en el agar conduce a mayores colonias y a
la produccion de pigmentos. El agar triptico con soja es un medio de crecimiento
general que inhibe en cierto grado el crecimiento de hongos. El ajuste de los
medios nutritivos para los diferentes grupos de organismos incluye el uso de
antibioticos, como la streptomycina, para eliminar bacterias pero no hongos. La
actidiona se utiliza para eliminar los hongos pero no las bacterias. Otras
modficaciones incluyen acidificar el medio para favorecer a los hongos, algunas
tinturas para favorecer a las bacterias Gram-, y diversos medios selectivos para
grupos como los actinomycetes, fijadres de N2, oxidantes del S. En suelos,
aguas y sedimentos, el conteo en placas de las bacterias por lo general
representa del 1 al 5% de el numero determinado al microscopio directo, lo cual
esta dando lugar a muchas discusiones.
Los conteos de microorganismos utilizando el concepto de el numero mas
probable (NMP), en esencia son una determinacion de la dilucion de suelo mas
alta que proveera crecimiento en un medio apropiado. El empleo de inoculos
replicados ( por lo generla 10, 5 como minimo), para cada una de tres diluciones
seriales sucesivas al limite de extincion estimado para el crecimiento permite
que un crecimiento visual resultante sea convertido en numeros dentro de limites
estadisticos de confianza.
Aislamiento y caracterizacion de organismos especificos
Organismos especificos son aislados del suelo utilizando sustratos
liquidos o solidos. Estos pueden ser sustratos muy generales de los cuales las
colonias individuales son tomadas para una futura caracterizacion. Muy utiles
resultan los medios que contienen inhibidores. Algunos factores especificos de
crecimiento relacionados con el medio ambiente son el pH, anaerobiosis, o
salinidad. El crecimiento de leguminosas compatibles hace posible identificar a
los rizobios. Los patogenos de la raiz o la hoja y micorrizas pueden ser
nriquecidos en un medio de cultivo e identificados. El aislamiento puede ser
llevado a cabo sin medios de cultivo utilizando una examinacion microscopica
combinada con micromanipuladores o laseres opticos que permitan separa

celulas individuales, esporas o fragmentos de hifas.

Los marcadores geneticos que son incorporados en organismos aislados
antes de la reinoculacion del suelo incluyen resistencia a antibioticos, el operon
lux para la emision de luz, y genes de la actividad
enzimatica. La resistencia a la mayoria de los antibioticos utilizados actualmente
es llevada en un plasmido. El uso de un vector apropiado hace posible transferir
este plasmido a aislamientos de suelos. Estos aislamientos pueden luego ser
reintroducidos en el suelo y recuperados por crecimiento en el medio apropiado
que contenia ese antibiotico. Solo los organismos que posean la resistencia al
antibiotico son capaces de persistir en este medio.
Medicion de la respiracion
Las celulas microbianas, oxidan materiales reducidos como carbohidratos
de acuerdo a la siguiente ecuacion:
CH2O+O2 ______/ CO2+H2O+intermediarios+material celular+energia
Bajo condiciones anaerobicas, la reaccion heterotrofa mas comun es la
fermentacion
C6H12O6_______/ 2CH3CH2OH +2CO2+intermediarios+material
celular+energia
Las mediciones de la actividad microbiana bajo condiciones anaerobicas
son mas complejas que en condiciones aerobicas.Los productos de la
fermentacion y el CH4 producido dentro de los micrositios anaerobicos pueden
difundirse a areas aerobicas donde la oxidacion a CO2 y H2O puede ocurrir. La
actividad microbiana es determinada midiendo el CO2 o el O2. Pero debido a
que la concentracion atmosferica de CO2 es solo de 0.036%, versus 20% para
el O2, las medidas del CO2 son mas sensibles que aquellas hechas para el O2.
Las mediciones del CO2 permiten un balance del C usado en el crecimiento
relativo a la descomposicion de los sustratos y subproductos microbianos. Los
metodos de medicion del CO2 incluyen trenes de aireacion, en los cuales el
NaOH es utilizado para capturar el CO2 liberado por la actividad microbiana, en
un recipiente en el cual el CO2 es removido antes de que el aire sea expuesto a
la muestra de suelo. La reaccion ocurre como sigue:
2NaOH+CO2_______/ Na2CO3+H2O
Despues de la titulacion, se agrega BaCl2 o SrCl para hacer precipitar el
CO3-2 como BaCO3, y el exceso de NaOH es retrotitulado con acido. En el
laboratorio, los contenedores de NaOH colocados en jarros sellados son
convenientes y efectivos para la absorcion de CO2. El jarro debe abrirse a
determinados intervalos para que asi la concentracion de O2 no sea menor del
10%.

Las canopias, ya sea en el tope del suelo o rodeando un area de suelo, o

tubos hundidos en el suelo a varias profundidades son comunmente empleados
para medir el CO2 en el campo. Cuando se usan canopias, se debe tener
precaucion acerca de la posibilidad del flujo del CO2 por las rajaduras. Los
absorvedores estaticos de NaOH necesitan emplear un area superficial
suficiente ( 1/3 de el area expuesta del suelo) para asegurar la toma cuantitativa
de CO2. Tambien deben contener NaOH suficiente para que asi solo 1/2 de la
base sea neutralizada. Con tubos instalados a varias profundidades, el
conocimiento de las concentraciones de CO2 a las diferentes profundidades
puede utilizarse junto con las ecuaciones de difusion del CO2 para calcular el
flujo de CO2 desde la superficie del suelo. La posibilidad de que haya CO2
disuelto en el agua y la produccion de CO2 o su utilizacion por parte de las
raices de las plantas debe tenerse en cuenta cunado se mida la evolucion del
CO2 como un indice de la actividad microbiana. El concepto de Qco2, significa la
cantidad de CO2 liberado por unidad de biomasa, es particularmente util para
diferenciar el rol de los organismos del suelo en tecnicas de manejo sustentable.
Para hallar este indice hay que medir la biomasa microbiana y del CO2 y
expresar el CO2 por unidad de biomasa.
Enzimas y sus mediciones
La vida esta compuesta por una serie de reacciones enzimaticas que son
responsables de muchas de las reacciones en el ciclo de los nutrientes.
Algunas enzimas, como la ureasa, son constitutivas y son rutinariamente
producidas por parte de las celulas, mientras que otras como la celulasa son
adaptativas o inducidas, siendo producidas solo en la presencia de un sustrato
susceptible o algun otro iniciador o la ausencia de un inhibidor. Las
deshidrogenasas son a menudo medidas porque no son solo constitutivas sino
que ademas se las encuentra solo en sistemas vivientes. Muchas tinturas, como
el cloruro trifeniltetrazolio, el cual es incoloro en el estado oxidado pero rojo en
su estado reducido, puede ser adherido al suelo y extraido en su forma reducida
como un indicador de la actividad de la deshidrogenasa en el suelo. Las enzimas
asociadas a celulas en proliferacion se encuentran en el citoplasma, la
membrana periplasmatica, y la membrana celular.
El suelo tiene un gran arsenal de enzimas que no estan directamente
asociadas con la fauna microbiana. Hay enzimas en semillas de plantas,
esporas fungicas, endosporas bacterianas, quistes de protozoarios, y en las
raices de las plantas. ALgunas enzimas libres pueden ser inmovilizadas por las
particulas organicas o inorganicas del suelo.

CAPITULO 5: OCURRENCIA Y DISTRIBUCION DE LOS ORGANISMOS DEL

SUELO.

Diferencias geograficas y geologicas en los organismos

A lo largo del tiempo, los microorganismos han tenido la oportunidad de
distribuirse en toda clase de suelos en el mundo. El viento, agua, y el transporte
animal fomenta esta distribucion. Los microbios tambien son susceptibles a el
transporte por parte de el aire a lo largo de grandes distancias, ya sea
independientemente o asociados a particulas de polvo o aerosoles. De este
modo, muchas de las especies microbianas tiene los medios para poder
dispersarse.
Mucho de los organismos del suelo son organotrofos. La mayor fuente de
carbono para los organismos del suelo son las raices de las plantas y los
residuos organicos derivados durante y despues de el crecimiento de la raiz.
Estos compuestos son en esencia similares quimicamente en lo que respecta a
sus constituyentes en todos los suelos asi como tambien lo es la composicion
general del humus del suelo.
La proporcion de N, el contenido de lignina, y los polifenoles cambian
segun el tipo de planta y su posicion geografica. Estos factores hacen que se
altere el tamae de la biomasa, actividad y diversidad.
Las diferencias regionales reflejan la habilidad de los microorganismos
para responder a controles especificos del medio ambiente y a los sustratos. Las
diferencias intraespecificas en los optimos de temperatura, pH, y concentarcion
del sustrato NH4+ para el crecimiento para los nitrificadores tambien es
conocida. El Penicillum es abundante en climas frios y templados. Aspergillus se
encuentra preferentemente en zonas calidas. Las cianobacterias son
encontradas en suelos neutros o alcalinos, y solo raramente se las observa en
condiciones acidas.
El hombre tambien tiene una gran influencia en la diversidad microbiana.
Por ejemplo, la transformacion de una tierra con actividad forestal a un uso de
esta tierra para la agricultura cambia la microflora y fauna del suelo. Otros
factores relacionados con la actividad del hombre es la contaminacion, la cual es
responsable de reducir o impedir el desarrollo de los microorganismos.
El concepto de ecosistema es una unidad de area de la superficie
terrestre, incluyendo todos los organismos que habitan en esa unidad
interactuando con el medio ambiente abiotico de tal manera que el flujo de
energia de lugar a una estructura trofica claramente definida, una diversidad
biotica, y un intercambio de materiales entre los componentes bioticos y
abioticos.
Los organismos endoliticos crecen debajo o entre rocas transparentes y
porosas en las altas latitudes, como en el desierto Antartico, en donde pueden
crecer en temepraturas que van desde los -15 a los 0C en verano, a los -60C
en invierno. El productor primario bajo estas condiciones puede ser una
cianobacteria o un alga verde unicelular en una asociacion con un hongo
formando un liquen.
Gracias a las tecnicas moleculares, fue posible demostrar la ocurrencia
de un simple organismo a lo largo de un area extensa.

Microorganismos debajo de la zona radicular

Los microorganismos se encuentran extensivamente debajo de la zona
radicular. Las capas subsuperficiales con agua percolando desde la superficie
estan bako extensivos estudios debido a su posible contaminacion potencial por
parte de vertederos, sitios de desechos industriales, y practicas agronomicas.
Otra area de investigacion son los profundos depositos geologicos que son
aislados a grandes profundidades y capas impermeables. Estos depositos estan
siendo investigados con dispositivos de taladro especiales para asegurar
muestras sin contaminar. Los organismos que se encuentran a cientos o miles
de metros de profundidad son en su mayoria bacterias ( los eucariotas solo
representan 1-2%). Se ha observado un gran porcentaje de los individuos
extraidos de muestras subsuperficiales observados al microscopio directo son
capaces de formar colonias en el agar, a diferencia de los organsimos
observados en la superficie.
Los metanogenos estan presentes, pero rara vez se los encuentra en
abundancia. Los bacilos gram negativos estan asociados a depositos arenosos,
mientras que los materiales arcillosos contienen bacterias anaerobicas y
bacterias gram positivas. El esculpimiento de los depositos subsuperficiales a lo
largo de tiempos geologicos se cree que ocurrio por la disolucion de carbonatos
y de los cementos de piedra arenisca, asi como tambien por el etching del
cuarzo. Esto pudo haber ayudado a el desarrollo de la porosidad, que es tan
importante en los depositos de petroleo y gases subsuperficiales. Las bacterias
que se encuentran en los profundos pozos petroleros pudieron ser las
responsables de la reduccion de algunos depositos petroleros a lo largo del
tiempo.
Distribucioon de los organismos dentro del perfil del suelo.
Tipicamente, los microorganismos decrecen en numero con la
profundidad del perfil del suelo, asi como tambien lo hacen las raices de las
plantas y la materia organica del suelo. Algunos factores como el cultivo, el
microclima, y la cobertura vegetal tienen un impacto muy variable sobre la
distribucion de los microorganismos dentro del perfil. Un analisis de el C y N del
suelo, raices de plantas, biomasa microbiana, y la cinetica de las tasas de
descomposicion para una plantacion de alamo de dos aos fue elegida para
eplicar este tema.
Se puede ver que la biomasa de las raices decrece con la profundidad
proporcionalmente al C y N total.
Muchos estudios microbiologicos del suelo se realizan en base a la capa
superior del suelo, y no toman en cuenta el mayor espesor de las capas
inferiores ni la densidad de masa. Hay mayor cantidad de materia organica del
suelo debajo de los 25 cm que encima de los 25 cm, mientras que las raices
demuestran ligeramente mayor C dentro de los primeros 25 cm que en
comparacion a las capas inferiores. Los hongos determinados por microscopia
directa representan 73 microgramos de carbono por gramo de suelo en la

superficie y 25 microgramos en la subsuperficie, coincidiendo con la disminucion

de las raices con la profundidad. Las bacterias fueron menos numerosas en la
superficie, para la situcion de los alamos.
La biomasa microbiana calculada a partir de conteos al microscopio fue
del 70% de aquella determinada a partir de la incubacion con cloroformo, y esto
no deberia ser inesperado, ya que los conteos al microscopio no incluyen a toda
la microflora que seria sensible a la lisis por el tratamineto de la incubacion con
cloroformo. El cambio de la tasa de hongos a la tasa de bacterias con la
profundidad es confirmada por medio de el cambio en el C:N de la biomasa. Los
hongos por lo general contienen menores contenidos de N que las bacterias. La
ampliacion de la tasa de C mineralizado en relacion a la tasa de N mineralizado
con la profundidad es notable, esto indica que una gran porcion de la fertilidad
en N esta concentrada en la superficie.
Las fluctuaciones en las poblaciones de la microflora comunmente ocurre
a horizontes inferiores. En los suelos aluvilales, las poblaciones fluctuan con los
cambios en la textura; los organismos son mas numerosos en los horizontes
sedimentosos o sedimentosos-arcillosos que en comparacion a aquellos
horizontes en los cuales hay presencia de arenas o cuarzo. En los perfiles del
suelo que se encuentran por encima de una perca tabla de agua, los organismos
son mas numerosos en la zona que se encuentra inmediatamente por encima de
la tabla de agua que en comparacion en zonas intermedias a mayor altura.
El genero Bacillus por lo general constituye el mayor porcentaje de la
cantidad de microorganismos que se encuentran en una placa de conteo en los
perfiles superiores en comparacion a los perfiles inferiores.
En cuanto a los hongos, el genero Chrysosporium ha sido encontrado
proporcionalmente en mayor numero a los 30 cm, que en comparacion a los 10
cm de profundidad. Los miembros de la fauna del suelo que son capaces de
migrar selecticvamente dentro del perfil del suelo, buscan regimenes favorables
de humedad y temeperatura y pueden ser encontrados a diferentes
profundidades en diferentes estaciones.
Asociacion de los microorganismos con las raices de las plantas.
La suma total de los fenomenos que ocurren en o cerca de la interfase
raiz-suelo tiene un gran impacto tanto en el bienestar de las plantas como en el
de la microflora del suelo.
Hiltner, en 1904, utilizo el termino rizosfera para referirse al area de
crecimiento bacteriano alrededor de las raices de leguminosas. Mas tarde, la
rizosfera fue conocida como la region del suelopor debajo de la inmediata
influencia de las raices de las plantas y en la cual hay proliferacion de los
microorganismos debido a las raices de las plantas. El reconocimiento de que la
superficie de las raices por si misma es un sitio critico para las interacciones
entre los microbios y las plantas da paso a su designacion como el rizoplano. Se
sabe que el area externa a la endodermis, llamada tejidos epidermicos y
corticales de las raices y el capuchon de la raiz, da abrigo a la microflora
ademas de simbiontes y patogenos.

Los conteos microbianos por lo general se incrementan significativamente

en la rizosfera. Los calculos y la microscopia directa demuestran que la
cobertura de la superficie de las raices por parte de las bacterias es de entre un
5 a 10%. Las bacterias individuales estan frecuentemente asociadas con los
poros en las paredes celulares de las celulas de la raiz y se encuentran grupos
de bacterias en las uniones entre celulas. Dentro de la capa mucilaginosa, las
bacterias por lo general se encuentran como celulas simples. Las bacterias
muestran una distribucion longitudinal en la corteza intima y a lo largo de las
ranuras entre celulas epidermicas adyacentes. La colonizacion de los tejidos
epidermicos y corticales por parte de los no patogenos es escasa en las raices
jovenes, pero se vuelve amplia a medida que la raiz crece. La invasion de la
corteza intima ocurre sin degeneracion de los tejidos perifericos. A medida que
las celulas de la raiz mueren, se forman lagunas o espacios de aire que son
colonizados por micelios de hongos.
Se sabe que la rizosfera aloja una gran diversidad de formas con una
mayor proporcion de bacterias gram negativas ( Pseudomonas, Achromobacter )
y desnitrificadores y una poca cantidad de formas de bacterias gram positivas y
otras formas gram variables ( Bacillus, Arthrobacter ). Los incrementos en la
microflora de la rizosfera estan acompaados por una elevada actividad por
parte de la fauna, en especial aquellas de los animales de pastoreo. Se sabe
que la planta es capaz de afectar a la poblacion de la rizosfera asi como la
incidencia de enfermedades fungicas.
Sustratos aportados por las raices.
Los analisis de los materiales organicos encontrados sobre, en, o cerca
de las raices revelan un gran surtido de compuestos alifaticos, aminos, acidos
aromaticos y amidas, azucares y amino azucares. Ademas de estos compuestos
solubles y difundibles esta la gran gama de compuestos insolubles que se
encuentran en la raiz ( celulosa, lignina, proteina ) y se liberan de ella debido a la
exfoliacion celular y la poda de la raiz. Ademas, en algunas especies de plantas
hay produccion de ciertas sustancias que son atractivos o repelentes para los
microorganismos. Se sabe que muchas plantas producen compuestos no
difusibles que pueden ser biostaticos o biosidas a los saprofitos y a los
patogenos que invaden a la raiz.
El camino que utilizan las plantas para liberar los asimilados desde las
raices incluye el escape o la difusion de moleculas a traves de las membranas
celulares ( exudados ), secreciones de las raices y extrusiones, y perdida de
celulas y fragmentos de tejidos durante el crecimiento de la raiz. Las capsulas de
las raices y las puntas son sitios de activa exudacion, aqui se liberan materiales
mucilaginosos. El mucilago de las raices consiste de polisacaridos sintetizados
intracelularmente y que se extrudan a traves de la membrana celular. Los
mucilagos son altamente hidratados, contienen grupos carboxilo que se unen a
las arcillas. El mucilago es el componente que en mayoria es exudado por las
raices.
Los analisis de la dsitribucion del 14C como un porcentaje de la fijacion

neta de CO2 hechos para un numero de especies demuestra que los tallos
obtienen la mayor fraccion de la fijacion neta.
Los datos demuestran que excepto para las jovenes plantas de grano,
como el trigo o la cebada, la contribucion directa de el carbono de las raices a
los microorganismos representa el 5% del carbono fotosintetizado.
Otros efectos de la rizosfera aparte de la adicion de sustratos.
Las raices de las plantas tienen numerosos efectos en la microflora del
suelo aparte de aquel de proveerles carbono. Uno de los mas importantes es la
toma de agua. En muchos suelos el crecimiento de plantas tan pequeas como
de 15 cm de altura detiene la desnitrificacion y la perdida de nitrato por
escurrimiento. Esto no se atribuye a la toma de los nitratos, pero si a el bajo
contenido de humedad del suelo.
A medida que la planta madura y utiliza grandes cantidades de agua, es posible
que el movimiento del agua transportando compuestos solubles desde el suelo
en general a la superficie de las raices contribuya en parte al efecto rizosfera. El
carbono de las plantas aportado por las raices puede aumentar la
desnitrificacion.
Las raices tambien pueden afectar a la mineralizacion de la materia
organica. El efecto de remocion de la humedad podria hacer decrecer la
mineralizacion de la materia organica del suelo bajo condiciones de sequia. La
teoria primaria de la descomposicion de la materia organica del suelo sugiere
que la adicion de sustratos que esten disponibles a la rizosfera deberia
incrementar la descomposicion de la materia organica del suelo. Tambien se
cree que las plantas, al remover los nutrientes, estimulan la descomposicion de
los compuestos recalcitrantes.
Existen muchas interacciones entre el suelo y el tipo de plantas y las
condiciones abioticas.
El cianuro de hidrogeno (CNH) es producido por causa de la
descomposicion de residuos vegetales por parte de los microorganismos o por
los microorganismos en si mismos, por ejemplo el hongo Trichoderma que se
utiliza para control biologico produce y tolera el HCN. Un organismo de la
rizosfera, Pseudomonas fluorescens tambien produce HCN. Este es toxico para
el agente que causa la podredumbre negra de la raiz en la alfalfa.
Tambien son bien conocidos los problemas que causan los excesos de
SH2 en campos humedos y acidos de arroz. El SH2 inhibe la respiracion y
envenena el sistema de la citocromo oxidasa causando un desorden en el arroz
conocido como akiochi, una enfermedad de amarroneo de las plantas. Una
interaccion entre la cianobacteria ( Oscillatoria o Nostoc ) con la bacteria
reductora del sulfato Desulfovibrio desulfuricans forma una capa negra de S
unos centimetros debajo de la superficie.
Las cianobacterias tienden a iniciar el proceso al segregar polisacaridos
que impiden el movimiento del agua y asi proveen las condiciones para el
crecimiento y desarrollo de la bacteria reductora del sulfato en lo que
normalmente seria un medio ambiente aerobico.

El gas etileno y un numero de acidos alquilicos de bajos pesos

moleculares como el acido acetico se producen en suelos humedos y a veces
acidicos. El etileno causa la maduracion temprana de los frutos. Tambien causa
que las plantas de arroz desarrolle mas espacios aeriferos dentro de la corteza y
de este modo incrementa la aireacion para las raices. Los reguladores del
crecimiento de las plantas, no volatiles, como las auxinas y el acido gliberelico, y
el acido absicico fueron estudiados desde 1926 cuando Gibberella fujkuroi mato
plantas de arroz despues de acerlas crecer anormalmente altas.
Tambien forman parte del grupo los Hidroxiamates, que son quelatos con
Fe.
La tricina, extraida del graznido de las raices de pasto, impide la
elongacion de nuevas raices emergentes de alfalfa.
Los compuestos aromaticos volatiles, suprimen a las plantas anuales en
una area de 10 a 30 cm alrededor de los arbustos.
La actividad antifungica de los actinomicetes puede suprimir el
crecimiento de los hongs ectomicorrizicos, que son necesarios para el desarrollo
inicial del arbol.
Asociacion de los organismos con las hojas de las plantas y las semillas.
Las plantas soportan a una gran microflora en la superficie de las hojas,
esta asociacion de los organismos con la parte aerea de las plantas se conoce
como filosfera. La intensidad de la colonizacion esta influenciada por los factores
climaticos y vegetales. Una alta humedad es favorable, la insolacion es
desfavorable a los heterotrofos, pero ambos factores son favorables a los
fototrofos. Los tallos y corteza de las plantas son por lo generla colonizados por
las algas y los liquenes. Por lo general en la filosfera encontramos bacterias
gram negativas y bacterias amarillas, y levaduras.
La medida de la respiracion de CO2 atribuible a los organismos de las
hojas es dificil debido a que en las hojas al mismo tiempo hay respiracion y
fotosintesis por parte de la planta. Los calculos basados en la biomasa
microbiana demuestran que menos de 1% de los asimilados de la hoja son
metabolizados por parte de los microorganismos de la filosfera. Los organismos
no patogenos se encuentran entre los tejidos de los frutos, tallos y hojas. Las
cubiertas de las semillas, antes de formar estructuras fructificantes, son
colonizadas. Con la puesta en marcha de la germinacion y el establecimiento de
un activo metabolismo en la semilla, los azucares y otras sustancias organicas
son exudadas, y largas cantidades de acidos aromaticos polimericos, como el
acido vanilico, estan presentes en los exudados de las semillas. Algunos
organismos asociados a las semillas producen auxinas, vitaminas, y gliberlinas
que benefician a las semillas en germinacion. Se sabe que otros organismos
producen sustancias que demoran la germinacion de las semillas, y otros
producen sustancias que repelen a los patogenos de las plantas.
La basura o los residuos de las plantas.

En los ecosistemas naturales y en muchos bosques y tierras de pastoreo

manejadas, la mayor porcion de la produccion neta primaria se va a la basura.
En las tierras de pastoreo, el consumo por parte de los grandes hervivoros rara
vez excede al 50% de la produccion neta, y en los bosques, la toma por parte de
la fauna de la hierba verde es mucho menor. Los descomponedores iniciales de
los residuos de arriba del suelo son primariamente organismos inicialmente
presentes en la filosfera. En la senescencia de las hojas, antes de que caigan
son atacadas tanto por la microflora y la fauna, y en los bosques, la madera
muerta y ramas por lo general pierden la mitad de su carbono debido al ataque
por parte de la mesofauna y de los hongos lignoceluloliticos antes de convertirse
en basura o residuo de la superficie del suelo. A mediada que las hojas y las
pequeas ramitas de los tallos caen a el suelo, el numero de bacterias se
incrementa de ahi en mas. Las poblaciones de bacterias de los residuos
humedos excede a aquella que se encuentra en la filosfera por dos ordenes de
magnitud. Los microorganismos de los residuos varian con la profundidad y con
el estado de decaimiento.
La fauna del suelo es mas activa en las forestaciones que en los residuos
de las tierras de cultivo. La comparacion de los valores de la respiracion y de la
biomasa no toman en cuenta el rol de los invertebrados que mezclan y
fragmentan los residuos, y de este modo exponen mayor area superficial para el
ataque microbiano. La biomasa de la fauna se concentra en los residuos de la
superficie de decrece rapidamente en los primeros centimetros por debajo del
suelo.
Las influencias de las practicas de manejo en los organismos del suelo.
Las practicas de manejo que cambian las propiedades de el suelo o la
cobertura vegetal afecta a la microflora del suelo. Hay innumerables practicas,
cada una de las cuales afectaran en distinta medida a los diferentes tipos de
plantas y a las caracteristicas de sus sistemas radiculares, contenido de agua
del suelo, temperatura, aireacion, regimenes de pH, y los niveles de C y N
organico.
Los suelos destinados al cultivo.
Los tres procedimientos comunmente empleados son el cultivo
convencional, reducido o minimo, o cultivo con rastrojo o suelo sin cultivar. El
primero por lo generla utiliza a los arados, seguido de el uso de discos. En los
cultivos reducidos, se hace un control de malezas con maquinaria qur causa
leves incorparaciones de residuos de la superficie y una interrupcion en el suelo.
En el suelo en el caul no se usan maquinas para prepararlo, las malezas se
controlan con herbicidas, y la unica interrupcion en el suelo es cuando se
colocan las semillas al sembrar. Hay una estimulacion de la actividad microbiana
despues de la labranza convencional, asi lo demuestran los grandes conteos
encontardos y la mayor tasa de respiracion en el suelo. Esta estimulacion resulta
de la disrupcion de los agregados del suelo y la exposicion y aireacion de sus

materiales degradables. La inversion y fragmentacion de los residuos de la

superficie fomenta una zona de intensa actividad microbiana en la profundidad
de trabajo del arado. En contraste, la labranza reducida o la no utilizacion de
laboreos fomentan la actividad microbiana en o cerca de la superficie del suelo.
El carbono organico del suelo, el N mineralizable, y el carbono de la
biomasa microbiana fueron mayores entre los 0 y 7,5 com de profundidad en el
suelo en los sitios cultivados, sin diferencias a mayores profundidades. Los
conteos en placa para los hongos y las bacterias aerobicas, y las diluciones
exponenciales para el conteo de nitrificadores mostro un alto nivel de
concentracion de los individuos en los primeros 7,5 cm de profundidad. Los
anaerobios obligados y los desnitrificadores se vieron aumentados en ambas
profundidades en suelos sin laboreo, reflejando la alta energia disponible, mayor
contenido de humedad, y tendencia a una mayor densidad de masa en los
tratamientos sin laboreo. Los cambios en las poblaciones de la microfauna
despues de los laboreos demostraron cambios que se reflejaron en el conteo
total de bacterias. Los laboreos y los monocultivos son desfavorables para la
mesofauna, macrofauna, y para los hongos micorrizicos. Los laboreos rompen a
los macroagregados. Estos tienen las mayores tasas de mineralizacion. Y por
ello se considera que la fraccion altamente mineralizable esta concentrada en
los macroagregados.
Biocidas y otros agentes quimicos.
Los herbicidas e insectisidas foliares aplicados en las tasas estandard en
el campo rara vez alcanzan el suelo en la concentracion suficiente como para
causar una lesion directa a los organismos del suelo. Las bacterias nitrificantes
son unas de las mas susceptibles, y una inhibicion de la nitrificacion se observa
por lo general luego de aplicar un biosida foliar. Las lesiones o puestas en
peligro de los huespedes simbioticos de las plantas como las leguminosas afecta
al numero de nodulos y a la fijacion de N2. Las poblaciones de organismos no
patogenos y asimbioticos en la rizosfera pueden incrementarse o decrecer,
dependiendo del pesticida empleado y de su taso de aplicacion. La respuesta es
determinada por cambios en la fisiologia de la planta y particularmente en el tipo
y cantidad de exudados de las raices producido.
Una mayor molestia a la microflora del suelo se produce con el uso de
fungicidas y fumigantes. Despues de un tiempo de la aplicacion, se observa una
gran acumulacion de CO2. A medida que es mayor la muerte de los
microorganismos, mas pronunciado es el efecto de esterilizacion parcial en la
respiracion del suelo. Casi cualquier fertilizante, si se aplica en una area
pequea como una banda, pueden causar inhibiciones locales de la actividad
microbiana al imponer estress osmotico.
Podas de limpieza y fuego incineraciones
controladas.
Las podas de limpieza, ampliamente utilizadas en la cosecha de la

madera, tienen un impacto sobre la microflora del suelo por muchos aos luego
de la cosecha. Las diferencias en la calidad de los sitios, el clima, y las especies
de plantas involucradas en la revegetacion determinan tanto la duracion como la
severidad del impacto. Muchos estudios muestran un incremento en la biomasa
de la microflora y la fauna durante los primeros aos, por lo general teniendo un
pico en el segundo ao y a veces persistiendo por entre 5 y 10 aos.
Muchos factores estan involucrados en la duplicacion o triplicacion de la
biomasa microbiana despues de la poda de limpieza. Los residuos son en parte
responsables. La disponibilidad de raices muertas para la descomposicion , una
mayor susceptibilidad a la descomposicion de los residuos debido a la
temperatura y humedad mas favorable, y mas residuos descomponibles que se
atribuyen al rebrote de las hierbas y arbustos estan todos involucrados. En
paralelo a la mayor proliferacion microbiana estan los incrementos en la
respiracion del suelo y la mineralizacion del N. Tambien hay perdidas medibles
de N y otros nutrientes luego de la poda de limpieza, tambien difiere la
dominancia numerica de los individuos en cada especies.
Las incineraciones controladas son un proceso utilizado para el
rejuvenecimiento de las forestaciones y para la limpieza de la tierra en
conjuncion con la agricultura cambiante. Durante e inmediatamente despues del
fuego, en contraste a las podas de limpieza, tanto la microflora como la fauna
disminuyen. Ambos grupos se recuperan rapidamente a medida que crecen
nuevas plantas y hay una acumulacion de residuos.

CAPITULO 6: CICLO DEL CARBONO Y MATERIA ORGANICA DEL SUELO.

El carbono es el elemento predominantemente constitutivo de todas las formas
de vida. Sus capacidades de combinacion lo hacen central para la mayoria de
las reacciones biogeoquimicas. Durante la fotosintesis, los rayos del sol son
utilizados para reducir el CO2 a un grupo esencial de compuestos alquilicos que
son luego transformados en los compuestos celulares de mayor peso molecular.
La descomposicion, definida como el proceso de separacion de de los
materiales en sus partes constitutivas, representan la biodegradacion de los
materiales organicos, de esta manera completando el ciclo de la vida. Las
transforamciones del carbono tanto al nivel del suelo como al nivel celular,
directa o indirectamente delinean el destino de la mayoria de los otros nutrientes
como el nitrogeno, azufre y fosforo.
La descomposicion estuvo en el pasado estrechamente vinculada con los
procesos de los ecosistemas y la fertilidad del suelo. La disposicion de desechos
organicos, la descomposicion de quimicos antropogenicos y el posible cambio
global debido a el incremento de CO2 y CH4 en la atmosfera esta
estrechamente vinculado con la descomposicion y con la utilizacion de la
materia organica del suelo.

Ciclo Global del Carbono

Antes de 1860, la atmosfera contenia cerca de 260 microlitros por litro de
CO2. En 1995 contenia 360 microlitros por litro de CO2. Un 75% de el carbono
terrestre almacenado en las plantas esta representado por los componentes de
la microflora del suelo. A las plantas terrestres les lleva aproximadamente 10
aos reciclar su C. Esto representa, en promedio, una rapida tasa de
descomposicion para residuos facilmente descomponibles, en comparacion a las
decimos, cientos y aveces miles de aos necesarios para descomponer los
materiales leosos y el material humificado. Se cree que la fotosintesis terrestre
y la descomposicion estan muy estrechamente balanceados. En una escala de
tiempo geologico, la fotosintesis fue un poco mayor que la descomposicion, y de
este modo se construyeron las reservas de combustibles fosiles que representa
un almacenamiento de C aproximadamente 4 veces mas grande que el C
almacenado en el suelo. La fotosintesis en el oceano y la descomposicion son
aproximadamente iguales a las terrestres, pero por lo general se observa una
mas rapida tasa de descomposicion que en comparacion a los componenetes
terrestres. Los oceanos tienen grandes reservas de C disuelto, tanto inorganico
como organico, especialmente en el termoclima y en la profundidad del mar.
Esto representa un sitio de almacenaje de C mucho mayor que aquel del suelo.
El uso de combustibles fosiles, la tala de los bosques, y la violacion de
extensivas areas de tierras virgenes a dado lugar a la transferencia neta de
carbono terrestre a la atmosfera. Esto ha sido parcialmente compensado por la
toma neta de C en los oceanos. La alta concentracion de CO2 en la atmosfera
deberia permitir grandes tasas de fotosintesis y una mejor eficiencia del uso del
agua. Los altos niveles de CO2 en la atmosfera tambien deberian permitir un
mejor funcionamiento de las asociaciones planta-microbios como en la fijacion
simbiotica de N2 y las micorrizas. La actual entrada elevada de nutrientes desde
la atmosfera esta causando un incrementado crecimiento vegetal y una
alteracion del tipo de vegetacion en muchos ecosistemas maduros.
Componentes de los residuos organicos
La mayor fraccion de C organico que entra al suelo se debe a los residuos
vegetales. Las plantas contienen concentraciones variables de proteinas,
hemicelulosas, celulosa y lignina. EL contenido proteico puede ir desde el 1% en
la madera hasta un 22% en las hojas de rapido crecimiento de los pastos y en
las semillas. Las hemicelulosas contienen proteinas desde extremos como el
2.2% en la acioa hasta un maximo de 40% de proteinas en la beachwood. La
celulosa constituye entre un 13 a un 51% del peso seco de las plantas. La
lignina, el material mas resistente de las plantas, puede ser encontrado en
pequeas cantidades en las leguminosas y en los pastos, pero puede constituir
cerca del 50% de plantas tropicales como la acioa. Las sustancias solubles tales
como los azucares, amino azucares, acidos organicos, y aminoacidos pueden
representar el 10% del peso seco de las plantas. Estos ultimos son facilmente
tomados de los residuos vegetales, y son rapidamente utilizados por los

microorganismos del suelo, y son particularmente importantes en la actividad

microbiana que se lleva a cabo en la canopia de las hojas y en la rizosfera. Las
sustancias polifenolicas pueden tener mayores efectos en las tasas de
descomposicion y estabilizacion del N.
Carbohidratos.
Los monomeros de los azucares de 5 y 6 atomos de C se combinan en un
numero de configuraciones en las plantas, microorganismos y en el suelo. El
almidon, la mayor reserva alimenticia de las plantas, contiene dos polimeros de
la glucosa: la amilosa y la amilopectina. La amilosa consiste en una cadena no
ramificada de unidades de glucosa unidas por enlaces glicosidicos alfa 1-4. La
amilopectina tiene la misma estructura general, pero tiene ramificaciones que se
unen a la cadena principal por enlaces alfa 1-6. Muchas bacterias y hongos
hidrolizan el almidon al producir enzimas extracelulares conocidas como
amilasas. La alfa amilasa degrada tanto la amilosa como la amilopectina a
unidades constituidas por varias moleculas de glucosa , y la beta amilosa reduce
la amilosa a maltosa. La amilopectina se degrada a una mezcla de maltosas y
dextrinas.
La celulosa, el mas abundante de los componentes de los residuos
vegetales, esta por lo general asocaida a las hemicelulosas y a la lignina. Esta
compuesta por unidades de glucosa con enlaces beta 1-4. La celulosa de la
madera esta mucho mas estrechamente asociada con la lignina y tiene un
menor peso molecular. Las moleculas de celulosa se agregan en microfibrillas,
para formar las fibrillas cristalinas. La descomposicion ocurre a traves de la
interaccion de tres grupos enzimaticos: endogluconasas, exogluconasas
( celobiohidrolasas ) y beta glucosidasas, tambien conocidas como celobiosas.
El primer paso consiste en la disrupcion de la cristalinidad. Luego las
endogluconasas cleave los enlaces internos beta 1-4. Luego de esto, las
exogluconasas liberan a las unidades de disacaridos de los extremos expuestos
de la cadena. Mucha de las enzimas son glicoproteinas ( azucares mas
proteinas ). Cave destacar que hay una gran diversidad de celulasas. Su
actividad depende de la presenia de el ion Ca+2. Tanto la induccion enzimatica
como la represion catabolica estan involucradas en controlar el ataque a la
celulosa. De este modo, la presencia de celulosa puede iniciar o incrementar la
actividad de la celulasa. El producto final o las altas concentraciones de celulosa
pueden inhibir la actividad enzimatica.
Una amplia gama de microorganismos pueden atacar a la celulosa. El
hongo Trichoderma probablemente tiene el sistema de actividad de la celulasa
mas estudiado. Este hongo excreta grandes cantidades de celulasa a el medio,
donde el ataque puede ocurrir fuera y lejos de las celulas. Otro hongo,
Chaetomium, produce celulasa con atractivos comerciales, capacidaes
termotolerantes , dando esperanzas de que estas enzimas pueden brindar la
solubilizacion con fines comerciales de las largas cantidades de la celulosa sin
uso de las maderas y de otros residuos vegetales.
Penicillum, Fusarium y el hongo cultivado comercialmente Agaricus

( champignon ) tambien poseen sitstemas de funcionamiento de la celulasa

extensivamente estudiados. Estos ultimos hongos por lo general restringen su
ataque, y atacan solo a la celulosa.
Las bacterias no poseen los extensos complejos de celulasas
encontrados en los hongos. Sus celulasas estan organizadas en particulas
globulares llamadas celulosomas, que estan unidas a las paredes celulares
bacterianas, lo que incrementa la eficiencia del ataque. Algunas de las bacterias
aerobicas celuloliticas involucradas son: Cellulosomas, Cellovibrio,
Thermomonospora, Cytophaga. Las bacterias anaerobicas celuloliticas estan
representadas por Acetovibrio, Bacteroides, Clostridium, Ruminococcus.
El heterogeneo grupo de sustancias conocido como hemicelulosas
comprende polimeros de hexosas, pentosas, y a veces acidos uronicos. Los
monomeros que por lo general se encuentran en este grupo incluyen a la xilosa
y la manosa. En su estado puro, las hemicelulosas son facilmente
descomponibles. En la naturaleza, estan acomplejadas a otras sustancias que
hacen que su descomposicion sea dificil. El ataque microbiano a la pectina de
hemicelulosa ( en mayor parte acido poligalacturonico ) fue estudiado debido a la
importancia de esta sustancia en la laminilla media de las paredes celulares de
los vegetales para evitar la entrada de patogenos. El proceso de
descomposicion involucra varias enzimas colectivamente conocidas como
pectinasas, las cuales se ven reprimidas con altos niveles de azucares. En la
degradacion de los tejidos vegetales, aparentemente los hongos inician la
actividad pero los actinomicetes pueden mantener el ataque por un periodo de
tiempo mas prolongado.
Lignina
La estructura de la lignina esta basada en la unidad fenil propanoica, que
consite de un anillo aromatico y una cadena de 3 carbonos. Existen tres
precursores, synapyl, coniferyl, y el alcohol coumaryl, que se forman a partir del
alcohol cinnamyl. La lignina no es formada a partir de una enzima especifica,
sino a partir de una reaccion quimica que involucra fenoles y radicales libres. Por
lo tanto, los materiales no muestran un ordenamiento especifico. Se puede decir
que la lignina se forma a partir del encrustamiento de el material antes
mencionado en la matriz de celulosas y hemicelulosas. La descomposicion de la
lignina se atribuye en primer lugar a los hongos. El color del sustrato decaido es
indicativo del modo de ataque. El hongo causante de la podredumbre blanca es
el microorganismo mas activo en la degradacion de la lignina, la cual da como
resultado la degradacion de la madera en CO2 y H2O. Los hongos involucrados
en la podredumbre blanca comprenden especies correspondientes a las
divisiones Basidiomicetes y unos pocos Ascomicetes. El basidiomicete mas
estudiado es Phanerochaete chrysosporium. Pleurotus ostreatus y Lintinula
edodes son hongos que actuan sobre la madera caida y se cultivan
comercialmente para consumo humano. Coriolus versicolor es otro hongo de la
podredumbre blanca capaz de descomponer los compnentes de las cadenas
laterales, grupos metoxi y anillos aromaticos de la lignina. Los Ascomycetes

incluyen a los generos Xylaria, Libertella, Hypoxylon. Estos hongos pueden

degradar la lignina solo en la presencia de otros sustratos degradables que
actuan como las fuentes primarias de energia. Una muy pequea cantidad de el
C contenido en la lignina es incorporado como constituyentes celulares por parte
de los hongos lignoliticos.
Los hongos de la podredumbre marron degradan los polisacaridos
asociados con la lignina y remueven los grupos subgrupos CH3 de las cadenas
laterales de R-O-CH3. Esto deja a los fenoles detras, que se tornan marrones
por la oxidacion. Algunos organismos representativos son Poria y Gloeophyllum.
Otro grupo de hongos, los de la podredumbre leve, son importantes en las
situaciones humedas y aparentemente degradan las ligninas de las maderas
duras mas efectivamente que las ligninas de las maderas blandas, organismos
representativos de este grupo son Chaetomium y Preussia. Los actinomicetes,
como Streptomyces y Nocardia, y bacterias aerobicas gram negativas, como
Azotobacter y Pseudomonas, despolimerizan la estructura de la lignina y asi
disminuyen su tamao molecular. Posiblemente, ellos atacan a la lignina para
remover la barrera de celulosas y hemicelulosas de los residuos vegetales. La
lignina es solubilizada en las termitas gracias a streptomyces que viven
simbioticamente en su interior que degradan tambien la celulosa y hemicelulosa
asociada. La despolimerizacion de la lignina produce un producto soluble en
agua y precipitable con acidos que es distinto del humus del suelo.
El hongo lignolitico mas estudiado es Phanerochaete chrysosporium, que
libera dos tipos de enzimas extracelulares. El primer grupo, la lignina peroxidasa,
es detectable en cultivos bajo grabdes cantidades de O2 y baja disponibilidad de
niveles de C,N o S. En cultivos se encontro que la transcripcion genetica del
ARN para la peroxidasa de la lignina alcanza un maximo entre los dias 4 y 6.
Despues del dia 6, el hongo produce una proteasa capaz de degradar a la
peroxidasa de la lignina. El otro grupo de enzimas, las peroxidasas del
manganeso ( Mn ), es producido en una gran variedad de sustratos pero no se
encuentra activo. Las Lacasas, el tercer grupo de enzimas involucrado en la
descomposicion de la lignina, no se encuentran en Phanerochaete
chrysosporium , pero puede predominar en suelos agricolas. Estas enzimas,
como las peroxidasas del manganeso, oxidan las unidades fenolicas de la
lignina. La produccion de peroxido de hidrogeno ( H2O2 ) esta asociada con la
actividad de la lignasa. La oxidacion de la glucosa es la principal fuente de
produccion de H2O2 en estos organismos.
Los hongos de la podredumbre blanca como Phanerochaete
chrysosporium, no compiten bien con los organismos del suelo, y por ello
pueden estar restringidos a los escombros de la madera. El hongo responsable
de la descomposicion de la lignina en el suelo todavia no ha sido estudiado en
detalle. En el suelo, el hongo Myrothecium fue asociado con la descomposicion
temprana de la lignina, y los hongos Aspergillus y Trichoderma predominan
durante los ultimos estados de descomposicion de la lignina.
Cave destacar que aun los materiales que estan estrechamente
asociados estructuralmente se descomponen a diferentes tasas de velocidad.

Componentes nitrogenados
Ya se sabe que las plantas contienen proteinas. Estas pueden estar
compuestas en combianciones de 20 aminoacidos diferentes, unidos entre ellos
por enlaces peptidicos. El gran potencial de las diferentes estructuras proteicas
que se pueden encontrar depende de la capacidad de los 20 aminoacidos
constitutivos de las proteinas de unirse en diferentes configuraciones. Una celula
bacteriana puede sintetizar cerca de mil tipos diferentes de proteinas. La
estructura de estas proteinas esta controlada por las secuencias de los
aminoacidos. Los puentes de hidrogeno entre los aminoacidos, y los puentes
disulfuro controlan los multiples pliegues que forman la estructura tridimensional
tan importante para la actividad enzimatica.
Las proteinas constituyen los componentes con mas abundancia de N en
los organismos, y son facilmente atacadas por muchos organismos del suelo
mediante enzimas proteoliticas que hidrolizan los enlaces peptidicos. Las
enzimas microbianas, como la pronasa y la subtilisina, llevan a cabo la remocion
de los aminoacidos terminales de la cadena y son mas poderosas en la
naturaleza que las proteasas animales y vegetales, como la tripsina y la papaina.
Las proteasas han sido utilizadas para hidrolizar los constituyentes proteinicos
de la materia organica del suelo bajo condiciones de laboratorio. Las proteinas
fibrosas con muchos enlazes cruzados, como la queratina, son resistentes al
ataque microbiano, aunque muchos actinomycetes, como Streptomyces , y
algunos hongos como Penicillum pueden eventualmente degradarla. La
resistencia al desmoronamiento se atribuye a la presencia de puentes disulfuro
entre las moleculas de cisteina presentes en la queratina. Los microorganismos
son la mayor fuente para la mineralizacion del N en el suelo debido a las
menores relaciones C:N de las bacterias y hongos relativas a los residuos
vegetales. Las bacterias tienen relaciones C:N tan bajas como 3,5:1 y los
hongos desde 10 hasta 15:1. La poblacion del suelo en promedio tiene una
relacion C:N de 4 a 7:1.
El nitrogeno asociado con con los elementos geneticos, como la guanina,
adenina, citosina y timina, y a veces el uracilo, en las bacterias, tiene una
significancia del 24% del potencial de las fuentes de N mineralizable.
Lipidos.
Los lipidos, una compleja serie de 500 acidos grasos diferentes, son
importantes componentes de almacenamiento en los tejidos animales, y entran
en el suelo tanto a partir de la macro y mesofauna asi como de las plantas. Los
lipidos tambien son de importancia en los microorganismos. Tambien se sabe
que los lipidos estan presentes en las esporas fungicas y en las hifas. Por lo
general, en promedio, los lipidos representan el 17% del peso del micelio
fungico, pero puede variar entre el 1 al 55% en las diferentes especies. Un 9%
de la celula bacteriana esta constituida por lipidos. Estos, debid a sus altos
contenidos energeticos, tienen un gran impacto proporcional en el crecimiento
microbiano. La composicion de los lipidos y fosfolipidos de las membranas

celulares estan siendo utiles para determinar los tipos de bacterias presentes en
el suelo. Otros lipidos como las ceras, son faciles de degradar y no forman una
porcion de la columna vertebral de los materiales humicos del suelo. Por lo
general no se acumulan en el suelo, excepto en suelos acidicos donde pueden
llegar a constituir cerca de un 30% del C.
Paredes Celulares de los
microorganismos.
Las paredes celulares microbianas se acumulan en el suelo como
subproductos del crecimiento microbiano y de la descomposicion. Estas
constituyen una porcion significativa de las reservas de nutrientes del suelo mas
resistentes pero todavia facilmente descomponible, y son importantes
precursores en la formacion de mas cantidad de materia organica del suelo
estable. La descomposicion de las paredes celulares fungicas es llevada a cabo
por bacterias como Streptomyces, Pseudomonas, Bacillus y Clostridium. Los
hongos como Mortierella son importantes bajo condiciones mas acidas. La
quitina, uno de los mayores contribuyentes de amino azucares en el suelo, es
uno de los mas importantes (pero no dominante) de los componentes de las
paredes celulares fungicas. La estructura de acetilglucosaminas de la quitina
contiene N, y su degradacion no esta limitada por la deficiencia de N. A menos
que las hifas que contengan tanto quitina como glucanos sean expuestas tanto a
la quitinasa y a la glucanasa ellas no se degradaran. Los pigmentos oscuros,
como las melaninas, formadas a partir de azucares y compuestos fenolicos,
proveen mayor proteccion, y de esta manera se explica porque los
constituyentes de las paredes celulares fungicas tienen bajas tasas de
descomposicion.
Las paredes celulares de las bacterias tienen una rigida capa compuesta
de cadenas de dos derivados de azucares: N-acetilglucosamina y acido Nacetilmuramico. Estas cadenas estan unidas unas a otras por un numero
limitado de aminoacidos unidos por enlaces peptidicos. Estos puentes peptidicos
estan compuestos por L-alanina, acido D-glutamico, acido meso-diaminopimelico
y D-alanina.
La espesa pared de las bacterias gram positivas contienen
peptidoglicanos unidos a otros constituyentes de la pared que incluyen una
variedad de polisacaridos y moleculas de polifosfatos unidos a traves de enlaces
fosfo-ester. Estos materiales, que constituyen los antigenos de la superficie,
afectan el pasaje de iones a traves de las capas superficiales externas y son de
importancia para la absorcion de la bacteria a las arcillas.
Las bacterias Gram - tienen paredes celulares mas complejas. Poseen
una membrana exterior compuesta por lipopolisacaridos, lipoproteinas, y lipidos.
Inmediatamente fuera de la membrana citoplasmatica se encuentra una
pequea capa de peptidoglucanos. El espacio entre la membrana y la pared
celular ( el espacio periplasmatico ) es un sitio importante en lo que respecta a la
actividad enzimatica.

Materiales solubles de las plantas, Raices y exudados de las raices.

La superficie de las hojas, que forman la filosfera, pueden soportar
importantes poblaciones de organismos, especialmente bajo condiciones de
humedad.
El goteo de las hojas de arboles forestales debe tenerse en cuenta
cuando consideramos las entradas de C en un sistema de suelo forestal.
Las raices juegan un papel importante en los ecosistemas naturales y en
sistemas que continuamente son cultivados, donde la mayoria del material de
abajo de la tierra es removido.
Otras contribuciones de las raices son aquellas debidas a los mucilagos
de estas en las puntas de crecimiento y exudados. Los estudios con 14C
demostraron que 50% de los fotosintatos de las plantas por lo general se
traslocan por debajo del suelo. La mayoria de estos fotosintatos son respirados
entre las dos semanas siguientes por parte de las raices y de la microflora
asociada. Todavia no se entiende bien el rol de los materiales solubles exudados
en el suelo. Los exudados demostraron constituir hasta un 7% del C total fijado
en experimentos a largo plazo del 14C en macetas. Los exudados son
importantes en los procesos de la rizosfera, ellos no juegan un gran rol en el
ciclo total del C.
El peso de las raices es mayor durante los periodos de activo crecimiento
que durante la senescencia vegetal. Los experimentos con indicadores indican
que la calidad total del 14C marcado de el material radicular en el suelo en las
semillas es desde un 20 a un 50% mayor que aquel separdo como raiz luego
de la cosecha. Esto es atribuible a el cambio de la raiz, los sloughed pelos de las
raices, los mucilagos, y otros escombros de las raices.
En las tierras de pasturas perennes, cuando se marcan con 14CO2 bajo
condiciones de campo, retienen 52% de el C asimilado debajo de la tierra y un
36% en la base de los tallos y raices.
Foramcion de la materia organica del suelo.
La descomposicion ocurre en las canopias de las plantas, en la superficie,
y entre el perfil del suelo, asi como en lagos, arroyos, sedimentos y sustratos
enterrados como el petroleo y el gas natural. Los microorganismos que llevan a
cabo la descomposicion no son facilmente separados de los materiales
vegetales decaidos o del suelo y de los sedimentos donde la mayoria de los
procesos de descomposicion ocurren. La materia organica, por definicion,
consiste en los residuos vegetales parcialmente decaidos que a lo largo no son
reconocidos como material vegetal, los microorganismos, la pequea fauna
involucrada en la descomposicion y los productos secundarios de la
descomposicion. Luego, estos subproductos pasan por un proceso llamado
humificacion, para foramr el material conocido como humus. Los componentes
del humus consisten en materiales organicos oscuros que tienen un alto
contenido de C y un bajo contenido de O que la mayoria de los residuos

animales y vegetales. Estos materiales se componen de: 50-55% de C, 4,5% de

N y 1% de S, con cantidades variables de P y metales. Estos materiales,
estrechamente asociados con los constituyentes inorganicos del suelo y
frecuentemente con los agregados, se descomponen muy lentamente,
acumulandose en la naturaleza como materia organica del suelo, turba,
carbones, petroleo y sedimentos organicos.
El proceso de humificacion es en primer lugar quimico, en el cual las
enzimas forman los subproductos iniciales, pero el proceso de humificacion no
esta controlado por enzimas. La mayor cantidad de los materiales humicos en la
mayoria de las partes del mundo, con respecto a sus formas, son similares.
Cave destacar que todavia hay suficiente C original proveniente de las plantas
que queda como remanente en la mayoria de los materiales humicos. Las
mediciones de 18O demostraron que la mayoria del oxigeno en las sustancias
humicas del suelo proviene de la celulosa y otros carbohidratos vegetales en vez
de provenir de la lignina.
Una de las teorias de la formacion de la materia organica del suelo nos
muestra lo siguiente: Un aminoacido ( como la glicina ) , reacciona con un fenol,
el cual puede haberse derivado de la degradacion parcial de la lignina o de los
pigmentos de los microorganismos, como aquellos producidos por el hongo
Epicoccum . Esto forma intermediarios de aminoquinona, los cuales se oxidan a
quinonas, y pueden condensarse para formar materiales humicos nitrogenados
marrones y de alto peso molecular. La reaccion de los polifenoles es
considerada importante en la formacion de la materia organica del suelo a partir
de la lignina o desde los productos de degradacion de la melanina.
La reaccion de amarronamiento involucra azucares, como la glucosa, que
reacciona con un compuesto aminado como la glicina. Los compuestos que se
van agregando se arreglan nuevamente y se fragmentan para formar tres
intermediarios: 1) aldehidos y cetonas de 3 C. 2) reductonas y 3) furfurales.
Todos ellos reaccionan facilmente con compuestos aminados para formar los
productos finales de color oscuro. El color es conferido por la serie de dobles
enlaces.
La nitrosation, es un mecanismo por el cual las formas oxidadas de N
reaccionan con los fenoles, y esto esta asociado con perdidas del N desde el
suelo.
Componentes de la materia organica.
La materia organica del suelo tradicionalmente fue separada de la matriz
mineral coloidal de arcillas y sesquioxidos y fue dispersada en un liquido antes
de ser estudiada. La tecnica clasica de fraccionamiento consiste en la dispersion
con NaOH o con Na4P2O7. La fraccion que no es dispersada por la accion del
Na+, la accion quelante del ion polifosfato, y por la actividad de romper los
puentes de hidrogeno a valores alcalinos de pH es conocida como fraccion
humica. El material que se puede dispersar y que precipita a valores acidos de
pH es conocido como acidos humicos. El material que permanece en solucion se

conoce como acidos fulvicos. La proporcion extraida varia con el tipo de suelo.
Gran parte de la fraccion humica insoluble puede ser llevada a solucion con un
pretratamiento con acidos para remover los complejos de Ca+2, Fe+2, y Al3+
antes de la dispersion con NaOH o con Na4P2O7.
Acidos fulvicos.
El material extraido con NaOH y que todavia es soluble a un valor de pH
de 2 son los acidos fulvicos, que poseen bajos pesos moleculares. Los acidos
fulvicos estan compuestos por una serie de anillos aromaticos oxidados con
extensas cadenas laterales. Sus materiales constitutivos son acidos carboxilicos
bencenicos y acidos fenolicos. Estos estan unidos principalmente por puentes de
hidrogeno o por fuerzas de van der Walls. Los analisis con rayos X, microscopia
electronica, y las medidas de viscosidad de los acidos fulvicos apuntan a una
estructura abierta, flexible y perforada por huecos de dimensiones variadas que
pueden atrapar o fijar compuestos organicos o inorganicos que calzan en esos
huecos, debido tambien a la complementarieidad de las cargas.
Los componentes de los acidos fulvicos son coloides lineales y flexibles a
bajas concentraciones y son coloides esfericos a altas concentraciones en
solucion y bajos valores de pH. Su forma actual en la naturalez esta determinada
por sus asociaciones con otro acido fulvico y con constituyentes inorganicos del
suelo.
La fraccion humica y los acidos
humicos.
Los materiales organicos que son extraidos del suelo por medio de
dilusion con alcalis y que precipitan con valores de pH de 2 se llaman acidos
humicos. Estos estan compuestos por materiales de elevados pesos
moleculares que contienen anillos aromaticos y N en forma ciclica y en cadenas
peptidicas. Los acidos humicos purificados contiene algunos residuos de
carbohidratos. Los acidos humicos contienen 56% de C y 4% de N. Se descubrio
que los componentes alifaticos tienen una mayor importancia de lo que se
pensaba. Los grupos funcionales principalmente son los grupos COOH, grupos
OH fenolicos, y una pequea cantidad de oxigeno ketonico. Los componentes
humicos son adsorbidos a las arcillas minerales por medio de cationes
polivalentes como el Ca+2 y el Fe3+ y por asociacion con oxidos de hidruros,
tambien a traves de una coordinacion ( intercambio de ligandos ) o a traves de
un intercambio anionico a traves de sitios positivos, que existen en los oxidos de
Fe o de Al a valores de pH inferiores a 8.
Los materiales humicos del suelo tienen mas C que los carbohidratos y
los aminoacidos, los cuales por lo generla estan compuestos por 45-48% de C.
Estos, sin embargo, no estan tan reducidos como muchos lipidos que tienen
hasta un 70% de C. El mayor contenido de oxigeno de los acidos fulvicos en
relacion a los acidos humicos se debe a la mayor concentracion de grupos
COOH y OH fenolicos.
El C de los carbohidratos esta representado por los amino azucares y la

porcion alifatica podria contener algunos residuos de aminoacidos. La forma del

resto de el C alifatico todavia no se conoce, pero podria hallarse en algunas de
las ceras y suberinas que se encuentran en las plantas. Estos podrian
encontrarse preferencialmente en los materiales no extraibles conocidos como
humus.
La determinacion de la forma del N en el suelo o en sus fracciones es
llevada a cabo luego de la hidrolisis con acidos. El contenido de N de una gran
variedad de suelos puede variar desde 0,02 a 1,06%. El material insoluble en el
acido varia desde 11 a 16% del total. El NH3 producido por hidrolisis varia desde
18 a 32%. Este NH3 es derivado de aquellos NH3 que se fijaron a las arcillas y
tambien por degradacion de algunos NH3 quimicamente unidos por enlaces
covalentes. Debido a que son ricos en N, los aminoacidos constituyen cerca del
20% del C del suelo y de un 33 a 43% del N del suelo. Cabe destacar que los
aminoacidos son grandes contribuyentes del porcentaje de N organico que es
mineralizado anualmente, debido a que es mas facilmente degradado que los
amino azucares. Tanto la cantidad total como la relativa del N de los
aminoacidos tiende a decrecer con el cultivo, mientras que la cantidad relativa
del N de los aminoazucares tiende a permanecer constante aun cuando la
cantidad total de N en el suelo se decline.
Esto indica que los aminoazucares no contribuyen a la mineralizacion del
N del suelo como lo hacen los aminoacidos. Los aminoacidos en su estado libre
son facilmente degradables. Su acumulacion en el suelo puede atribuirse a que
son componentes de una biomasa microbiana relativamente estable, a su
interaccion con la materia organica del suelo y con las arcillas del suelo, y a su
incorporacion en agregados.
Cantidad y distribucion de la materia organica en los suelos.
La materia organica del suelo juega un importante papel en la estructura
del suelo y de este modo tiene un gran impacto en la penetracion del agua, el
desarrollo de las raices y la resistencia a la erosion. Ademas es una fuente de
almacenamiento de algunos nutrientes como el N,S,P y otros elementos de
menor importancia, ademas le da color al suelo y le provee de capacidad de
adsorber cationes. Por todo esto, no es inesperado que el gran factor del suelo
que controla la productividad de suelos cultivados y no cultivados es la cantidad
y profundidad de la materia organica del suelo en el perfil. La cantidad de
materia organica del suelo depende del balance entre la productividad primaria y
la tasa de descomposicion. La presencia de sedimentos y arcillas por lo general
decrese las tasas de descomposicion e incrementa la materia organica del suelo
para un set particular de inetracciones del medio ambiente. Los residuos
vegetales y los microorganismos asociados son importantes focos de C en las
dinamicas de la materia organica del suelo.
El crecimiento microbiano en un sustrato con 14C facilmente disponible
en el suelo demostro conducir a la construccion de materiales residuales de la
pared celular con 14C ademas de la biomasa en si misma. Estos materiales son
uno de los principales componentes de la fraccion facilmente descomponible del

suelo. La acumulacion de las formas mineralizadas de los nutrientes ( NH4,

NO3,PO4,SO4) durante incubaciones prolongadas en el laboratorio es una
manera de determinar el tamao de esta fraccion. Una tecnica alternativa
requiere el uso de experimentos con dilusiones de isotopos para medir ese foco
de materia organica del suelo que es tan facilmente descomponible como los
compuestos con 14C y 15N formados por los microorganismos durante la
incubacion de residuos marcados en el suelo.
Las mayores acumulaciones de C se encuentran en pantanos y
marismas, donde la descomposicion es inhibida por una falta de O2, lo que se
observa debido a una baja actividad respiratoria. La descomposicion tambien es
inhibida por el frio en los suelos con tundra. Estos suelos acumulan C. La
materia organica del suelo comprende un numero de fracciones con diferentes
tasas de descomposicion, en vez existir un unico valor de tasa de
descomposicion para la materia organica del suelo.