Anda di halaman 1dari 10

Laporan Praktikum

Struktur dan Fungsi Biomolekul

Hari,Tanggal : Jumat, 14 November 2014
PJP
: Inda Setyawati, S.TP, M.Si
Asisten
: Yuyun Hikmatul Uyun
Selvi Muliani
Gia Permasku, S.Si
Nur Hidayah HL

ASAM NUKLEAT I
Kelompok 9
Yanti Fajarwati
Siti Khodijah
Yahya Ramadhani
Melati Devina G

G84120054
G84120013
G84120050
G84120094

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

.

Sumber DNA yang biasanya digunakan untuk percobaan harus mengandung kadar DNA yang cukup dan kadar DNA-ase yang rendah. DNA berikatan dengan protein histon membentuk struktur yang disebut dengan kromosom. kedokteran (produksi insulin. Praktikum bertujuan menghitung kandungan asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukelat (RNA) dalam sampel. yang berperan mensintesis protein sesuai dengan informasi genetik yang dibawa oleh mRNA (Sinaga 2012). Hampir semua sel mengandung protein. . Larutan alkali menyebabkan dua untai DNA terpisah. DNA dan RNA dapat diisolasi dari sel melalui serangkaian tahap tertentu.2000). molekul RNA hanya disusun oleh satu untai polinukleotida. sehingga DNA harus dipecah menjadi fragmen yang lebih kecil. tanaman transgenik. DNA juga menyimpan dan mengekspresikan informasi genetik. dan RNA yang jumlahnya dalam jaringan tertentu sangat kecil. metode CTAB. sedangkan pada DNA adalah deoksiribosa (Sinaga 2012). dan rRNA (RNA ribosomal) yang memiliki fungsi berbeda-beda. sedangkan fungsi rRNA merupakan bagian struktur ribosom. Molekul DNA umumnya tersusun oleh dua untai polinukleotida yang terpilin secara anti-paralel membentuk struktur untai ganda (double helix) yang terikat oleh ikatan-ikatan hidrogen yang terbentuk antara basa nitrogen untai yang satu dengan untai lain yang saling berkomplementer. alkali tidak menyebabkan pemutusan ikatan fosfodiester DNA. Pemberian alkali digunakan untuk mengeluarkan RNA dari DNA dan memisahkan untai DNA sebelum atau sesudah elektroforesis pada gel poliakrilamid atau agarosa (Marks DB et al. interferon). RNA messenger (mRNA) berfungsi sebagai pembawa pesan atau informasi genetik yang diterjemahkan dari DNA. Tidak seperti molekul DNA. RNA transfer (tRNA) berperan dalam membawa asam amino tertentu yang dibutuhkan ke ribosom untuk dirangkai menjadi sebuah protein. Beberapa jaringan mengandung DNA-ase yang aktivitasnya cukup tinggi. tRNA (RNA transfer). Metode-metode isolasi ini telah banyak dikembangkan sehingga didapatkan hasil yang terbaik dari segi kualitas dan kuantitas. tetapi berbeda dengan efeknya pada RNA. DNA mudah mengalami denaturasi. agar hasil isolasinya sesuai dengan kadar sebenarnya dalam jaringan. DNA berperan dalam semua aktivitas sel. baik eukariot maupun prokariot yaitu mRNA (RNA messenger). sehingga berpengaruh besar pada bidang-bidang studi lain seperti imunologi. dan ilmu forensik (Bintang 2010). Gula penyusunnya adalah ribosa. sehingga percobaan yang menggunakan DNA harus dilakukan dengan hati-hati. dan memberitahukan sel tentang struktur molekul protein yang akan dibuat. kompleks protein-mRNA. DNA. mikrobiologi. Ada tiga macam jenis RNA dalam sel. Metode-metode tersebut di antaranya adalah metode Kit. dan metode lisis termal. mendorong pengembangan biologi molekular yang bertujuan untuk menerangkan prosesproses biologis dalam hal struktur dan interaksinya antara asam nukleat dan protein.3 PENDAHULUAN Asam deoksiribonukleat atau lebih dikenal dengan DNA merupakan material genetik yang tersimpan di dalam sel yang dikemas sedemikian rupa menjadi struktur superkoil yang kompak.

larutan didinginkan dalam wadah berisi es. H2SO4. pukul 08.6M dingin. HClO4 60%.2 mL (supernatan). Disiapkan empat tabung reaksi yang masing-masing diisi oleh pereaksi orsinol sebanyak 3 mL. spektrofotometer. tabung sentrifus.5 mL HClO4 1.2M dingin dan dipindahkan ke dalam sebuah tabung reaksi dingin. penangas air. wadah berisi es. kemudian ditambahkan 2. larutan standar DNA. Prosedur Penentuan Konsentrasi RNA dalam homogenate hati tikus.00 WIB. Selanjutnya. akuades.8 mL dan larutan RNA 0. dan ditambahkan 2. Supernatan kemudian dibuang. Konsentrasi RNA dalam tabung 2 dan 3 kemudian dihitung.3 M. Pelet disuspensikan kembali dalam 10 mL HClO4 0. Sebelumnya. Tabung 1 kemudian ditambahkan air suling (akuades) sebanyak 4 mL. HCl.5 mL air suling dan 0. tanggal 14 November 2014. KOH. Selesai disentrifugasi. Homogenat dipipet sebanyak 2.5 larutan standar RNA. pipet tetes.0 mL KOH 0. asam asetat. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. larutan standar RNA. Campuran lalu disentrifugasi pada kecepatan 5000 rpm selama 10 menit.00-11. Setelah itu.5 mL air suling dan 0. tabung 2 ditambahkan air suling sebanyak 3. dan pereaski orsinol ditambahkan terakhir. pipet Mohr.2 M. IPB.4 METODE Waktu dan Tempat Praktikum Praktikum Struktur dan Fungsi Biomolekul dilakukan di Laboratorium Pendidikan Departemen Biokimia. larutan asam trikloroasetat (TCA) 100%.5 mL ke dalam sebuah tabung sentrifus yang telah didinginkan. larutan dipindahkan ke dalam sebuah tabung sentrifus dingin dan disentrifugasi kembali seperti pada tahap sebelumnya. FeCl3. nol-kan dengan tabung 1 (blanko). tabung 3 ditambahkan 3. dan ditempatkan dalam penangas air bersuhu 40oC selama 40 menit. Bahan yang digunakan adalah homogenat hati tikus. Larutan dipindahkan dalam sebuah tabung reaksi yang bersih. Bulp. kemudian larutan dikocok. Larutan lalu dikocok dan disimpan dalam es selama 10 menit. Larutan kemudian dikocok dan disimpan dalam es selama 10 menit. dan dibaca absorbansinya (A) pada spektrofotometer dengan panjang gelombang 660 nm. air. sedangkan tabung 4 ditambahkan 3. Tabung didinginkan dalam es selama 5 menit. larutan asetaldehida.5 mL larutan RNA (supernatan).6H2O. Waktu praktikum yaitu hari Jumat. orsinol. Standar RNA menggunakan RNA terhidrolisis sebanyak 500 µg/mL dalam asam trikloroasetat 10%. dan pelet disuspensikan kembali dalam 4. difenilamin. Alat dan Bahan Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini yaitu tabung reaksi.5 mL HClO4 0. kemudian ditempatkan dalam tempat pembekuan (-20oC) dalam sebuah lemari es untuk penentuan kadar DNAnya. larutan supernatan dikumpulkan dan dituangkan ke dalam sebuah tabung reaksi bersih dan diberi label sebagai ekstrak RNA. .

316 125.567 25.009x + 0. Reaksi positif hanya untuk nukleotida purin (adenin dan guanin).5 1.143 1.0 1.669 0. Proses isolasi diawali dengan penambahan larutan HClO4 dingin yang berfungsi untuk mengendapkan makromolekul seperti protein.399 R² = 0.25 0. RNA stabil pada suhu 90oC.334 Absorbansi Kurva Standar RNA 2 y = 0.318 12.0 1.436 1.420 0. sedangkan protein-protein lain pada suhu ini sudah mengalami denaturasi (Bintang 2010). Orsinol akan bereaksi dengan furfural jika ada katalisator berupa FeCl3 dan membentuk kompleks berwarna hijau.102 0. Prinsipnya reaksi orsinol merupakan reaksi umum untuk pentosa.041 62.000 6. Penentuan RNA dapat menggunakan cara reaksi orsinol. Penambahan larutan alkali dan proses pemanasan pada suhu 40o C dapat mendepolimerasi RNA.5 HASIL DAN PEMBAHASAN Prinsip isolasi DNA dan RNA adalah pemecahan dinding sel dan yang diikuti dengan pemisahan DNA dan RNA dari komponen-komponen lain sehingga diperoleh DNA dan RNA murni. Kemudian campuran disentrifugasi sehingga diperoleh pelet yang kemudian disuspensikan dengan larutan basa KOH.664 1 0 0 50 100 [RNA] μg/mL Gambar 1 Grafik kurva standar RNA 150 .5 0. dibantu dengan larutan HClO4 dingin. Berikut data absorban kurva standar RNA setelah dilakukan pemisahan dari DNA. dan bergantung pada pembentukan furfuralnya apabila pentosa dipanaskan dengan HCl pekat. Tabel 1 Absorban kurva standar RNA [RNA] µg/mL Absorbansi terukur Absorban terkoreksi Blanko 0. yang bertindak sebagai alkali. sehingga RNA akan mengendap. Proses sentrifus selanjutnya dilakukan untuk memisahkan DNA dan RNA (Faatih 2009).418 1. Pelet yang terbentuk kemudian disentrifus kembali sebanyak tiga kali untuk mengendapkan makromolekul yang masih tersisa.

2 -0.6 Konsentrasi RNA diukur dengan spektrofotometer pada panjang gelombang 660 nm. Semakin besar absorbansi.009x + 0. . Pembuatan kurva standar sangat diperlukan dalam penentuan kadar sampel yang menggunakan metode spektrofotometri.22 0.0.44 R =0.2 mL ke 0.0 sehingga dapat disimpulkan kurva standar yang dibuat tidak diperoleh dengan baik karena kurva yang didapat belum linier.664. Hasil perhitungan kurva standar akan mempengaruhi nilai konsentrasi sampel.44 Contoh perhitungan [RNA]: Y = a+ bx Y = 0. Data yang diperoleh menunjukkan bahwa nilai absorbansi berbanding lurus dengan konsentrasi. maka semakin besar juga konsentrasi RNA yang terukur.2 sampai dengan 1.22 sedangkan pada volume 0.5 mL.664 Menurut Ratnayani et al (2009). Berikut data konsentrasi RNA yang terukur. Nilai absorbansi ini belum memenuhi hukum Lambert Beer.5 mL sebesar -29.009x [RNA] = -29. Konsentrasi RNA yang diperoleh pada volume 0.2 mL sebesar -45. Kurva standar dibuat melalui hubungan konsentrasi DNA dan absorbansinya (Paramita dan Sukesi 2009).134 = 0.399+0. Hasil kurva standar didapatkan persamaan garis y=0.008 -45.5 0. nilai absorbansi yang memenuhi hukum Lambert Beer berada pada rentang 0.008 sampai 0. Nilai r yang didapat tidak begitu baik. Nilai absorbansi yang diperoleh kemudian disubstitusi pada persamaan untuk menghitung konsentrasi RNA terukur. karena belum mendekati 1.134 -29.399 dengan R2=0. nilai r harus terletak pada interval 0. Menurut Paramita dan Sukesi (2009). Hasil ini menunjukkan adanya kenaikan konsentrasi dari volume 0. Hasil percobaan yang didapat nilai absorbansinya hanya berkisar dari -0.44.399+0. Kurva standar digunakan sebagai standar eksternal. Tujuan pembuatan kurva standar adalah untuk menentukan konsentrasi RNA berdasarkan absorbansi serta untuk menentukan ketepatan hasil analisa yang sesuai dengan hukum Lambert-Beer. Tabel 2 Konsentrasi RNA V larutan RNA (mL) Absorban [RNA] µg/mL 0.134.0 yang menunjukkan bahwa antara absorbansi dan konsentrasi memiliki korelasi yang linier.9 – 1.009x 0.

2009. Kemudian dengan memasukkan nilai absorbansi yang diperoleh pada persamaan tersebut.664.399 dengan R2=0. . Ratnayani K. Jakarta(ID): Penerbit Buku Kedokteran EGC. didapatkan konsentrasi RNA pada volume 0. Marks DB.22 sedangkan pada volume 0. Weil PA. maka nilai konsentrasi yang diperoleh juga meningkat. Jakarta(ID): PT. 2009. sehingga apabila absorbansinya meningkat. Smith CM. Faatih M. Sukesi. SC Yowani. 2014. Nilai absorbansi yang terukur akan setara dengan konsentrasinya. Nilai absorbansi berbanding lurus dengan konsentrasi. Isolasi dan digesti DNA kromosom. 2012. Sinaga E. 10(1): 61-67. ISFI Penerbitan. DAFTAR PUSTAKA Bintang M. Bender DA. Rodwell VW. Biokimia Teknik Penelitian. Botham KM. 2009.5 mL sebesar -29. Marks AD. Kennelly PJ. Biokimia Kedokteran Dasar : Sebuah Pendekatan Klinis. Akan tetapi sebelumnya harus dilakukan isolasi DNA dan RNA terlebih dahulu dengan teknik sentrifugasi. Hasil pengukuran kurva standar RNA diperoleh persamaan garis y=0. 4 kb daerah dloop DNA mitokondria lima individu suku Bali tanpa hubungan kekerabatan dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Jakarta(ID): Erlangga. Prosiding Skripsi. Biokimia Dasar. Hasil ini menunjukkan adanya hubungan antara nilai absorbansi dengan konsentrasi yang terukur. Amplifikasi fragmen 0.009x + 0. Surabaya(ID): Institut Teknologi Sepuluh November.2 mL sebesar -45. 2010. 3(1): 14-20.7 SIMPULAN Molekul DNA dan RNA dapat dihitung konsentrasinya menggunakan metode spektrofotometri. SL Syane. Jurnal Penelitian Sains dan Teknologi. Murray RK. Jakarta(ID): Penerbit Buku Kedokteran EGC. Journal of Chemistry. Paramita GA. 2000. Biokimia Harper Edisi 29. Produksi abon daging ikan pari (rayfish): karakterisasi kimia daging ikan pari.44.

.

1 .

2 .