Anda di halaman 1dari 4

ISOLASI DNA METODE KITCHEN PREPARATION

Tanggal Praktikum : 6 November 2014


Tujuan Praktikum:
1. Melakukan isolasi DNA malalui metode kitchen preparation
2. Mengetahui wujud / profil DNA
Permasalahan
1. Sebutkan fungsi garam dapur dan deterjen
2. Pada kegiatan ini saudara menggunakan buah strawberi sebagai sumber DNA,
dapatkah digunakan bahan lain sebagai sumber DNA?
3. Apa manfaat pengocokan dalam kegiatan isolasi DNA ini?
4. Coba cari prosedur isolasi DNA standar (yang umum digunakan), bandingkan
dengan metode kitchen preparation
Landasan Teori
Alat dan Bahan
1. Buah strawberi 1 buah
2. Sabun deterjen cair
3. Garam dapur
4. Etanol
5. Akuades
6. Kertas saring
7. Lumpang martil
8. Tabung reaksi, beker glass, corong
9. Timbangan digital
10. Inkubator / penangas air
Cara Kerja
1. Memasukkan buah strawberi ke dalam kantong plastik + 10 gram garam dapur +
50 ml akuades. Menghancurkan sampai lumat
2. Menyaring larutan tersebut dengan menggunakan kertas saring. Larutan hasil
penyaringan disebut larutan stok
3. Menuangkan 5 ml larutran stok pada tabung reaksi I, kemudian menambahkan 1
ml deterjen pada tabung tersebut
4. Menuangkan 5 ml larutran stok pada tabung reaksi II, kemudian menambahkan
0,5 ml deterjen pada tabung tersebut
5. Menggoyangkan atau mengocok kedua tabung tersebut membentuk angka 8
6. Menambahkan etanol 96% dingin
7. Mengamati benang-benang putih yang terbentuk
Hasil
Tabel 1. Data hasil pengamatan isolasi DNA metode kitchen preparation
Hasil Pengamatan
Tahapan
Kegiatan
Penghancuran
strawberry

0,5 ml deterjen
Diisi foto
Strawberry
menjadi lunak
dan halus

1 ml deterjen
Strawberry
Diisi foto
menjadi
lunak dan
halus

Penambahan
garam dan air

Larutan
menjadi lebih
encer

Penyaringan

Larutan
menjadi bersih
(lebih halus)
karena ampas
strawberry
tertinggal pada
saringan

Pengocokan

Larutan
menjadi
homogen
sehingga
berwarna
merah rata

Penambahan
etanol

Menjadi 2
lapian, lapisan
bawah
berwarna
merah dan
lapisan atas
putih. Lama
kelamaan
terjadi
presipitasi pitapita DNA yang
berwarna putih
di lapisan atas.

Larutan
menjadi lebih
encer
Larutan
menjadi
bersih (lebih
halus) karena
ampas
strawberry
tertinggal
pada
saringan
Larutan
menjadi
homogen
sehingga
berwarna
merah rata
Menjadi 2
lapian,
lapisan
bawah
berwarna
merah dan
lapisan atas
putih. Lama
kelamaan
terjadi
presipitasi
pita-pita DNA
yang
berwarna
putih di
lapisan atas.
Reaksi yang
terjadi lebih
cepat dan
lebih banyak
terbentuk
presipitat
DNA
daripada
larutan yang
diberi 0,5 ml
deterjen

Pembahasan
Praktikum Isolasi DNA metode kitchen preparation ini bertujuan untuk melakukan
isolasi DNA melalui metode kitchen preparation dan untuk mengetahui wujud atau profil
DNA. Tahap dalam pembuatan isolasi DNA ini yaitu penghancuran sel (lisis), penghilangan
RNA dan protein serta pemurnian DNA.

Langkah pertama yang dilakukan adalah penghancuran strawberry. Proses ini


merupakan perlakuan untuk mensederhanakan tekstur dan merusak dinding sel secara
mekanis. Di dalam buah strowberry mengandung enzim proteinase (enzim pengurai protein)
untuk menyingkirkan protein yang mungkin akan mengotori bahan yang kita inginkan.
Selanjutnya ditambahkan air 50 ml dan garam dapur 10 gram. Garam dapur ini digunakan
sebagai pengganti NaCl analitik fungsinya yaitu untuk memurnikan DNA. Hal ini bisa terjadi
karena garam dapat melarutkan DNA karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu
memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bis
menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ion
Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard,
1994 dalam Jamilah 2005:21).
Setelah itu, larutan disaring dengan menggunakan kertas saring. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan ampas strawberry dengan larutan ekstrak strawberry. Selanjutnya
mengisi dua buah tabung reaksi dengan deterjen 5 ml untuk masing-masing tabung. Pada
tabung I ditambah dengan 1 ml deterjen, dan pada tabung II ditambahkan 0,5 ml deterjen,
kemudian dikocok membentuk angka 8 selama 5 menit. Deterjen digunakan sebagai
pengganti EDTA (Etilen Diamin Tetra Asetat) yang berfungsi sebagai perusak sel dengan
cara mengikat ion Mg yang berfungsi mempertahankan integritas sel, selain itu deterjen juga
sebagai pengganti SDS (Sodium Dodesil Sulfat) yang dapat melarutkan membran sel dan
mendenaturasi protein. Deterjen bisa menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran
sel, sehingga bisa merusak struktur membran sel. Selain itu, deterjen bisa menyebabkan
kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi
polar yang menyatukan membran sel karena deterjen mengandung disodium EDTA dan
lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat (Dollart 2005 dalam
Jamilah, 2005). Apabila dinding sel terdegradasi maka semua isi sel dapat keluar termasuk
DNA dan dilepaskan ke dalam buffer ekstraksi. Pengocokan berfungsi untuk
menghomogenkan larutan strowberry, garam, dan deterjen serta mempercepat terjadinya
reaksi pengrusakan dinding dan membran sel oleh deterjen.
Selanjutnya yaitu menambahkan etanol 96% dingin. Sebelum menambahkan etanol
dingin, larutan berwarna merah tua agak keruh dan belum terjadi presipitasi DNA. Setelah
ditambah etanol dingin secara perlahan-lahan terbentuk 2 lapisan. Lapisan bawah berwarna
merah yaitu larutan strowberi dan larutan sabun, sedangkan lapisan atas berwarna bening
yaitu etanol dingin.
Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan
lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air.
Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika
molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut mereka akan berkumpul/
menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih
yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada
masa jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari
pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang
digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna.
Tahap tersebut juga disebut sebagai tahap presipitasi. Presipitasi bertujuan untuk
mengendapkan protein histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan
berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi terlihat.
Selain strawberry dapat pula menggunakan bahan lain sebagai sumber DNA,
karena setiap tanaman pasti memiliki DNA yang sangat berperan penting sebagai pembawa
informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain.
Perbandingan antara prosedur isolasi DNA standar (yang umum digunakan) dengan
metode kitchen preparation adalah jika menggunakan metode kitchen preparation alat dan
bahan yang digunakan lebih mudah di dapatkan dan harganya lebih murah dari pada

prosedur isolasi standar. Metode kitchen memanfaatkan atau menggunakan bahan-bahan


yang biasa digunakan ibu-ibu rumah tangga, seperti deterjen dan garam dapur.
Jawaban Pertanyaan
1. Garam dapur sebagai pengganti NaCl analitik fungsinya yaitu untuk memurnikan DNA.
Sedangkan deterjen sebagai pengganti EDTA (Etilen Diamin Tetra Asetat) yang
berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion Mg yang berfungsi
mempertahankan integritas sel dan SDS (Sodium Dodesil Sulfat) yang dapat melarutkan
membran sel dan mendenaturasi protein
2. Dapat, karena setiap tanaman pasti memiliki DNA yang sangat berperan penting
sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses
metabolisme lain.
3. Manfaat pengocokan dalam kegiatan isolasi DNA adalah untuk menghomogenkan
larutan strowberry, garam, dan deterjen.
4. Perbandingan antara prosedur isolasi DNA standar (yang umum digunakan) dengan
metode kitchen preparation adalah jika menggunakan metode kitchen preparation alat
dan bahan yang digunakan lebih mudah di dapatkan dan harganya lebih murah dari
pada prosedur isolasi standar. Metode kitchen memanfaatkan atau menggunakan
bahan-bahan yang biasa digunakan ibu-ibu rumah tangga, seperti deterjen dan garam
dapur. Sedangkan jika menggunakan prosedur isolasi standar alat dan bahan yang
digunakan cenderung mahal dan jarang ditemui karena alat dan bahan memang benarbenar alat dan bahan yang hanya ditemukan di laboratorium.

Kesimpulan
1. Isolasi DNA melalui metode kitchen dapat dilakukan dengan tahap menghancurkan
strawberry secara mekanik kemudian menambahkan 10 gram garam dan 50 ml air,
selanjutnya larutan disaring, kemudian mengambil 5 ml larutan tersebut dan
menambahkannya dengan 1 ml deterjen, kemudian menggoyang-goyangkan
membentuk angka 8, selanjutnya ditambah etanol 96% dingin dan diamati benangbenang putih.
2. DNA yang masih berada di dalam nukleus dalam keadaan normal, berwujud DNA yang
menggulung dengan protein histon, dan ketika dilakukan isolasi gulungan tersebut
terlepas karena protein histon terdenaturasi oleh deterjen sehingga pada tahap akhir
DNA dapat diamati dengan mata telanjang dalam bentuk presipitat atau benang-benang
putih yang berada di lapisan atas larutan.
Daftar Pustaka
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak Nanas (Ananas
Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah sebagai Topik Praktikum Mata
Kuliah Genetika. Skripsi. Malang: Program Sarjana Biologi.