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Biomoleculas organicas y inorgnicas

Los compuestos qumicos de la materia viva reciben el nombre


de biomolculas.
Antiguamente
se
les
llamaba
tambin principios inmediatos, pero esta denominacin ha
cado
en
desuso.
Las
biomolculas
se
clasifican
en orgnicas einorgnicas segn sean o no compuestos del
carbono. En el siguiente cuadro se muestran los distintos tipos de
biomolculas.

En la tabla 3.1 aparece la composicin molecular de Escherichia


coli, bacteria comn de la flora intestinal humana, con las
cantidades relativas de los distintos tipos de biomolculas. Se
puede constatar que el agua es la biomolcula ms abundante
(70%), le siguen las protenas, que constituyen un 50% del peso
seco de la clula, y a continuacin los cidos nucleicos seguidos
de los azcares y los lpidos.
% del peso
Biomolcula

celular total

N aprox. de especies moleculares

_________________________________________________________________
________
AGUA

70

PROTENAS

15

3000

DNA

RNA

> 3000

CIDOS NUCLEICOS

POLISACRIDOS

LPIDOS

5
20

SILLARES ESTRUCTURALES
E INTERMEDIARIOS
IONES INORGNICOS
Tabla 3.1.

500

20

En realidad, si dejamos de considerar las partes


relativamente inertes de los organismos vivos (exoesqueleto,
porcin mineral del hueso, depsitos de sustancias de reserva,
etc.), todas las clulas vivas contienen aproximadamente las
mismas proporciones de los principales tipos de biomolculas que
se muestran en la tabla 3.1. Podemos concluir que la composicin
molecular de la materia viva es universal, y este hecho debe
hacernos pensar una vez ms en un origen comn de todas las
formas de vida. Adems, los principales tipos de biomolculas
desempean idnticas funciones en todos los seres vivos. As, los
cidos nucleicos actan universalmente almacenando y
transmitiendo la informacin gentica; las protenas son en todas
las clulas los productos directos y efectores de la accin de los
genes, desempeando en ellas una gran variedad de funciones
entre las que destacan la catalticas y las estructurales; los
azcares y los lpidos suministran y almacenan energa qumica
para los procesos celulares, o bien actan como elementos
estructurales, en todas las formas de vida. Se puede decir, con
ciertas precauciones, que protenas y cidos nucleicos
son biomolculas informativas mientras que azcares y lpidos
sonbiomolculas energticas. Por otra parte, las biomolculas
son enormemente verstiles en cuanto a su funcin: la mayor
parte de ellas desempean diferentes cometidos celulares.

2.-

JERARQUA DE ORGANIZACIN MOLECULAR DE


LA MATERIA VIVA.

En la tabla 3.1. se muestran, adems de sus cantidades


relativas, el nmero aproximado de especies moleculares de cada
uno de los principales tipos de biomolculas presentes en la
bacteria Escherichia coli. Se puede comprobar que esta bacteria
posee alrededor de 6000 compuestos qumicos diferentes, entre
los que se encuentran unas 3000 protenas y otros tantos tipos de
cidos nucleicos. Un anlisis semejante para organismos vivos de

mayor tamao y complejidad, como los animales o las plantas


superiores, arrojara cifras ms espectaculares: se calcula que el
organismo humano puede contener unas 30.000 protenas
diferentes y una cantidad similar de cidos nucleicos. Aunque
existen protenas de Escherichia coli con funciones anlogas a las
de algunas protenas humanas, no hay protenas que sean
idnticas en una y otra especie. Es ms, cada especie de
organismos vivos posee un conjunto de protenas y cidos
nucleicos que difiere completamente del de las dems especies.
Si tenemos en cuenta ahora que, segn estimaciones, en la
biosfera puede haber entre 1,5 y 2 millones de especies de seres
vivos puede calcularse que deben existir en ella entre 1010 y
1012 protenas diferentes y una cantidad equivalente de cidos
nucleicos. Despus de muchos aos de intenso trabajo los
qumicos orgnicos "slo" han conseguido identificar y conocer la
estructura de algo ms de un milln de compuestos orgnicos,
una fraccin trivialmente pequea del total que se cree existe en
la biosfera. Por otra parte, no slo las protenas y los cidos
nucleicos, sino tambin algunos polisacridos como el almidn y
la celulosa son en realidad macromolculas, con pesos
moleculares muy elevados y estructuras qumicas muy complejas.
El panorama que acabamos de dibujar es, a primera
vista, desolador. Se nos antoja tarea de titanes el que los
bioqumicos traten de aislar, caracterizar y averiguar la estructura
de tal inmensidad de compuestos qumicos; parece fuera del
alcance humano el llegar a comprender, siquiera en parte, la
organizacin molecular de la materia viva. Sin embargo, a poco
que se profundiza en el estudio de dicha organizacin, se percibe
que bajo esta aparente complejidad subyace una simplicidad casi
pasmosa: las clulas pueden construir toda la inmensa variedad
de macromolculas que estamos considerando mediante el
ensamblaje de un nmero discreto de unidades estructurales
ligadas entre s para formar largas cadenas. Estas unidades son
biomolculas de peso molecular relativamente bajo y estructura
relativamente simple que reciben el nombre de sillares

estructurales. As, los aminocidos son los sillares estructurales


de las protenas, los nucletidos son los sillares estructurales de
los cidos nucleicos, los monosacridos lo son de los polisacridos
y los cidos grasos de la mayor parte de los lpidos. Los sillares
estructurales de los diferentes tipos de macromolculas que se
encuentran en las clulas se cuentan, como mucho, por decenas:
hay slo 20 aminocidos que forman parte de las protenas, ocho
son los nucletidos con los que se construyen los cidos
nucleicos, los polisacridos ms importantes se forman a partir de
un slo monosacrido (la glucosa) repetido miles de veces,
alrededor de una docena de cidos grasos junto con la glicerina
dan lugar a multitud de lpidos diferentes.
En definitiva, la organizacin molecular de la materia viva
parece seguir una estrategia de "construccin modular" en la que
el ensamblaje de unos pocos "mdulos prefabricados" (los sillares
estructurales) da lugar a una gran variedad de "edificios"
moleculares diferentes. Podemos afirmar que los sillares
estructurales son los "ladrillos" de construccin de la
"arquitectura" molecular de las clulas.
La relacin entre macromolculas y sillares estructurales
que acabamos de tratar forma parte de una ms ampliajerarqua
de organizacin molecular con varios niveles de complejidad.
Todas
las
biomolculas
derivan
en
ltimo
trmino
deprecursores muy sencillos y de bajo peso molecular obtenidos
del entorno (CO2, agua, nitrgeno, etc.). Estos precursores se
transforman, a travs de intermediarios metablicos de tamao
molecular creciente, en biomolculas sillares estructuralesde
peso molecular intermedio. La unin covalente de estos sillares
en largas cadenas da lugar, como vimos, a macromolculasde
peso molecular elevado. Todava existen niveles de complejidad
superiores dentro de esta jerarqua: distintos tipos de
macromolculas se asocian mediante interacciones dbiles (no
covalentes) para formar a complejos supramoleculares, como
las membranas o los ribosomas. Estos complejos a su vez pueden

asociarse
de
modo
no
covalente
constituyendo orgnuloscelulares (mitocondrias, cloroplastos,
etc.). La integracin de los distintos orgnulos da lugar a
la clula, que ya no pertenece al nivel molecular sino al celular.

3.-

ENLACES QUMICOS E INTERACCIONES DBILES


EN LAS BIOMOLCULAS.

El ensamblaje de los distintos sillares estructurales para


dar lugar a los diferentes tipos de macromolculas se lleva a cabo
mediante enlaces covalentes de gran estabilidad. Aunque como
resultado de reacciones qumicas entre diferentes grupos
funcionales existe en la naturaleza una gran variedad de este tipo
de enlaces, un reducido nmero de ellos es el responsable de la
construccin de la inmensa mayora de las biomolculas. As, los
monosacridos se ensamblan mediante enlaces glucosdicospara
dar lugar a los polisacridos, los aminocidos mediante enlaces
peptdicos para dar lugar a las protenas, los enlaces
ster predominan entre los componentes de los lpidos y de los
cidos nucleicos. La utilizacin de slo unos pocos tipos de enlace
qumico para construir sus biomolculas resulta muy ventajosa
para los seres vivos, ya que ello les permite llevar a cabo un
control muy eficaz y econmico de las reacciones qumicas
celulares.
En la formacin o rotura de enlaces covalentes entre
tomos vecinos se ve implicada una cantidad importante de
energa. Existe un tipo adicional de interacciones interatmicas,
denominadas interacciones dbiles, que son mucho menos
energticas y que por lo tanto pueden romperse o establecerse
con extraordinaria facilidad. Muchos de los acontecimientos que a
nivel molecular tienen lugar en las clulas vivas, entre los que
destacan la determinacin de la estructura tridimensional de las
macromolculas o la relacin estereoespecfica entre el enzima y
su sustrato, responden a este tipo de interacciones.

Lasinteracciones dbiles de importancia biolgica pueden ser de


varios tipos: puentes de hidrgeno, interacciones inicas,
interacciones hidrofbicas y fuerzas de Van der Waals. La
base fsico-qumica de estas interacciones se comprender mejor
en relacin con las propiedades de las disoluciones acuosas, por
lo que su estudio se pospondr para un captulo posterior.

4.-ORIGEN DE LAS BIOMOLCULAS.


Los compuestos orgnicos, tan abundantes en la materia
viva, se encuentran en la corteza terrestre, en el agua del mar y
en la atmsfera en cantidades muy pequeas (incluso las
llamadas rocas organgenas, como el carbn y el petrleo,
proceden de la actividad de seres vivos de pocas pretritas).
Cabe preguntarse, pues, cmo adquirieron los primeros
organismos vivos sus biomolculas constituyentes en un entorno
tan pobre en este tipo de sustancias. En 1922, el bioqumico ruso
Aleksandr I. Oparin formul una hiptesis acerca del origen de la
vida sobre la Tierra, que inclua una explicacin sobre el origen de
las primeras biomolculas. Segn esta hiptesis, la primitiva
atmsfera de la Tierra era rica en gases como el metano, el
amonaco y el vapor de agua, y estaba prcticamente exenta de
oxgeno; era, pues, una atmsfera netamente reductora, muy
diferente al entorno oxidante que hoy conocemos. La energa
liberada por las descargas elctricas de las frecuentes tormentas
y por la intensa actividad volcnica, habra propiciado que estos
gases atmosfricos reaccionasen entre s para formar compuestos
orgnicos sencillos, que a continuacin se disolvan en los
primitivos ocanos. Este proceso dur millones de aos, durante
los cuales los ocanos se fueron enriqueciendo paulatinamente en
una gran variedad de compuestos orgnicos; el resultado fue una
disolucin caliente y concentrada de molculas orgnicas: la
"sopa primigenia". En esta "sopa" algunos de estos compuestos
simples reaccionaban con otros para dar lugar a estructuras ms

complejas, y as fueron apareciendo las distintas biomolculas. La


tendencia de algunas biomolculas concretas a asociarse en
estructuras cada vez ms complejas culmin con el paso del
tiempo con la aparicin de alguna forma primitiva de organizacin

celular, que sera el antepasado comn de todos los seres vivos.


Los puntos de vista de Oparin fueron considerados durante
mucho tiempo como una mera especulacin, hasta que un
experimento, ya clsico, realizado por Stanley Miller en 1953 vino
a corroborarlos. Miller someti mezclas gaseosas de CH4, NH3,
vapor de agua y H2(los gases de la atmsfera primitiva) a

descargas elctricas producidas entre un par de electrodos


durante perodos de una semana o superiores; todo ello en un
dispositivo como el que se muestra en la Figura 3.1. Las
descargas elctricas tenan la finalidad de simular las frecuentes
tormentas de la atmsfera primitiva. A continuacin analiz el
contenido del recipiente de reaccin, encontrando que en la fase
gaseosa, adems de los gases que haba introducido inicialmente,
se haban formado CO y CO2, mientras que en la fase acuosa
obtenida por enfriamiento haba aparecido una gran variedad de
compuestos orgnicos, entre los que se contaban algunos
aminocidos, aldehdos y cidos orgnicos. Miller lleg incluso a
deducir la secuencia de reacciones que haba tenido lugar en el
recipiente.
Experimentos posteriores al de Miller, realizados con
dispositivos ms avanzados, han corroborado que la sntesis
abitica de biomolculas es posible en condiciones muy diversas.
No slo las descargas elctricas, sino tambin otras fuentes de
energa que pudieron estar presentes en la Tierra primitiva, como
los rayos X, la radiacin UV, la luz visible, la radiacin gamma, el
calor o los ultrasonidos, pueden inducir el proceso. Adems se
demostr que no es imprescindible partir de gases tan reducidos
como el metano y el amonaco: mezclas convenientemente
irradiadas de CO, CO2, N2 y O2 tambin dan lugar a gran variedad
de compuestos orgnicos.
En resumen, los experimentos sobre la formacin
espontnea de biomolculas en condiciones similares a las de la
Tierra primitiva indican que muchos de los componentes qumicos
de las clulas vivas pudieron haberse formado en esas
condiciones.

5.-IDONEIDAD DE LAS BIOMOLCULAS.

Es probable que la "sopa primigenia" contuviese


centenares de compuestos orgnicos diferentes. Sin embargo slo
un nmero reducido de ellos, alrededor de tres docenas, fueron
seleccionados para dar lugar a las actuales biomolculas. Son las
llamadas biomolculas primordiales. Se cree que este proceso
selectivo de debi a que este conjunto de biomolculas
presentaba unas propiedades que lo hacan idneo para conferir a
las clulas que lo posean una mayor capacidad de supervivencia
y reproduccin frente a las que no lo posean.

6.-

DIMENSIONES
Y
FORMAS
BIOMOLCULAS: UNIDADES.

DE

LAS

UNIDADES DE MASA
1 Dalton = masa de un tomode H. = 1,68x10-24 g
1 picogramo(pg) = 1x10-12 g.

UNIDADES DE LONGITUD
1 nanmetro (nm) = 10-9 m. = 10 ngstrom
1 micrmetro (m )= 10-6 m. = 1000 nm = 10.000 angstroms.

Tabla 3.2

Es interesante familiarizarse con las dimensiones y


formas de las biomolculas ya que estos dos atributos tienen una
gran importancia bioqumica. Hay que recordar que las
interacciones entre las biomolculas, de las cuales depende el

mantenimiento
del
estado
vital,
se
basan
complementariedad estructural entre unas y otras.

en

una

En la Tabla 3.2 se muestran algunas unidades de masa y


longitud de uso corriente en bioqumica. Antiguamente se
utilizaba mucho la unidad ngstrom para expresar las
dimensiones moleculares, sin embargo en la actualidad se
recomienda utilizar el Sistema Internacional de unidades. As, en
lo sucesivo, expresaremos las dimensiones moleculares
en nanometros(nm),
las
dimensiones
celulares
en micrmetros (m o micras), las masas moleculares
en daltons, y las masas de las clulas en picogramos (pg).
Las frmulas estructurales con las que habitualmente
se representa sobre el papel la estructura de las biomolculas son
proyecciones planas en dos dimensiones que poco nos dicen
acerca de su forma tridimensional, siendo sta de gran
importancia en bioqumica. Por ello, los bioqumicos construyen a
menudo modelos moleculares a escala que les proporcionan
mayor informacin acerca de dicha forma tridimensional. Los
llamados modelos de bolas y varillas se usan para estudiar los
ngulos y distancias de enlace y las posiciones relativas de los
tomos.
Por
otro
lado,
los modelos
espaciales
compactosrepresentan el contorno de van der Waals o superficie
de la molcula, proporcionando una idea ms certera de la forma
tridimensional de la molcula tal y como es "vista" por otras
molculas con las que interacta.
En los ltimos aos, la posibilidad de generar imgenes
tridimensionales de las biomolculas mediante aplicaciones
informticas ha abierto nuevos campos a la investigacin
bioqumica.