Materi Biokimia Lanjutan

Semester Akhir 2013-2014

METABOLISME ASAM NUKLEAT

Oleh
HASNAH NATSIR

A. PENDAHULUAN
Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme, termasuk
yang terjadi di tingkat selular. Secara umum, metabolisme memiliki dua arah lintasan
reaksi kimia organik, yaitu anabolisme dan katabolisme. Katabolisme adalah reaksi
yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi dan Anabolisme
merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-molekul tertentu, untuk
diserap oleh sel tubuh.
Berawal tahun 1868 Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali
pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium Hoppe-Syler
di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka,
kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh inti
sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim pemecah
protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel
diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam. Kemudian zat ini
dinamakan nuclein

sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya

dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan
jaringan normal.
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki
peranan yang sangat penting dalam biosintesis protein. Bila nukleotida mengandung
ribose, maka asam nukleat yang terjadi adalah RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat)
yang berguna dalam sintesis protein. Bila nukleotida mengandung deoksiribosa, maka
asam nukleat yang terjadi adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat)
yang merupakan bahan utama pementukan inti sel.
Dalam asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen yang berbeda yaitu 2 purin dan 2
primidin. Baik dalm RNA maupun DNA purin selalu adenine dan guanine. Dalam RNA
primidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA primidin selalu sitosin dan timin.
Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat pada protein yang
mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa
gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut nukleoprotein. Molekul asam
nukleat merupakan suatu polimer seperti protein, tetapi yang menjadi monomer bukan
asam amino, melainkan nukleotida.
Asam nukleat tersusun atas monomer-monomer berupa nukeotida, yang masingmasing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. dengan
demikian, setiap nukeotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida
monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida
dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosine trifosfat)
adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.

Jika gula pentosanya adalah ribose seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya
dapat berupa adenosine, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan
ada empat macam, yaitu adenosine monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat,
dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti
halnya DNA, maka nukleosidanya terdiri atas deoksiguanosin, deoksisitidin, dan
deoksitimin.
Gambar nulkleat

B. Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan molekul raksasa yang memiliki fungsi khusus yaitu,
menyimpan informasi genetik dan menerunkannya kepada keturunanya. Susunan asam
nukleat yang menentukan apakah mahluk itu menjadi hewan, tumbuhan, maupun
manusia. Begitu pula susunan dalam sel, apakah sel itu menjadi sel otot maupun sel
darah.

Beberapa fungsi penting asam nukleat

adalah menyimpan, menstransmisi,

danmentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary metabolism) dan

reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim pemindah asam
3

asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi
reduksi.
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) dan RNA
(ribonucleic acid ). Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat
oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa
gabungan antara protein dan asam nukleat disebut nucleoprotein. Molekul asam nukleat
merupakan polimer seperti protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu
contoh nukleutida asam nukleat bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai pembawa
energi.
B.1 DNA (deoxyribose nucleic acid)
DNA merupakan komponen penyusun kehidupan. Zat inilah yang membuat lebah
adalah seekor lebah dan kanguru adalah kanguru. DNA adalah apa yang membuat tiaptiap individual (apapun jenis dan spesiesnya) unik.
DNA terdapat pada semua organisme hidup dari mulai bakteri terkecil sampai ikan
paus raksasa. Molekul ini tidak hanya menentukan sifat fisik, seperti warna rambut dan
warna mata, tapi juga kemungkinan penyakit yang dimiliki. DNA adalah material
pembawa sifat yang dapat ditemukan pada sel. Ia menyediakan instruksi untuk membuat,
menjaga, dan mengatur kerja sel dan organisme.
Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul deoksi ribonukleotida
yang terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai polinukleotida yang panjang.
Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh ikatan antara atom C nomor 3 dengan
atom C nomor 5 pada molekul deoksiribosa dengan perantaraan gugus fosfat. Secara
kimia DNA mengandung karakteristik/sifat sebagai berikut:
1. Memiliki gugus gula deoksiribosa.
4

2.

Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin (A).

3. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel

4. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan

Pada tahun 1953, berdasarkan hasil penelitian dari Rosalind Franklin, James
Watson and Francis Crick, DNA diketahui berbentuk double helix. Terdiri dari dua pita
yang berpilin menjadi satu. Double helix terdiri dari dua rantai, satu berwarna biru, dan
satunya kuning. Contoh helix misalnya pada rajutan tali, seperti pada gambar sebelah
kanan.

Gambar 1. Contoh Double helix

5

Interaksi ikatan hidrogen antara masing-masing basa nitrogen menyebabkan

bentuk dari dua rantai DNA menjadi sedemikian rupa, bentuk ini disebut double helix.
Interaksi spesifik ini terjadi antara basa A dengan T, dan C dengan G. Sehingga jika
double helix dibayang kan sebagai sebuah tangga spiral, maka ikatan basa-basa ini
sebagai anak tangga-nya. Lebar dari anak tangga adalah sama, karena pasangan basa
selalu terdiri dari satu primidin dan satu purin.

B.2 RNA
Asam ribonukleat adalah salah satu polimer yang terdiri atas molekul-molekul
ribonukleotida. Seperti DNA, asam ribonukleat ini terbentuk oleh adanya ikatan antara
atom C nomer 3 dengan atom C nomer 5 pada molekul ribosa dengan perantaraan gugus
fosfat. Dibawah ini adalah gambar struktur sebagian dari molekul RNA :

Meskipun banyak persamaannya dengan DNA , RNA mempunyai beberapa

perbedaan dengan DNA yaitu :
1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah
deoksiribosa.
2. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda. Bentuk molekul RNA bukan heliks
ganda, tetapi berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga menyerupai rantai ganda.
3. RNA mengandung basa Adenin, Guanin dan Sitosin seperti DNA , tetapi tidak
mengandung Timin. Sebagai gantinya, RNA mengandung Urasil. Dengan demikian
bagian basa pirimidin RNA berbeda dengan bagian basa pirimidin DNA.
4. Jumlah Guanin adalah molekul RNA tidak perlu sama dengan Sitosin, demikian pula
jumlah adenin tidak harus sama dengan Urasil.
Ada 3 macam RNA, yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA (messenger RNA) dan
rRNA (ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi yang berbeda-beda,
tetapi ketiganya secara bersama-sama mempunyai peranan penting dalam sintesis protein.
C. Sintesis RNA dan DNA
Asam nukleat tersusun atas monomer-monomer berupa nukeotida, yang masingmasing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. dengan
demikian, setiap nukeotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida
monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida
dengan sebuah atau ebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosine trifosfat)
adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Nukleosida terdiri atas nukleosida purin dan nukleosida purimidin. Nukleosida
purin merupakan kelompok nukleosida yang mengandung basa purin, sedangkan
7

nukleosida pirimidin merupakan kelompok nukleosida yang mengandung basa

piimidin.
Jika gula pentosanya adalah ribose yaitu halnya pada RNA, maka nukleosidanya
dapat berupa adenosine, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan
ada empat macam, yaitu adenosine monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin
monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah
deoksiribosa seperti halnya DNA, maka nukleosidanya terdiri atas deoksiguanosin,
deoksisitidin, dan deoksitimin.

C.1 Sintesis Nukleotida Purin

Nukleosida purin terdiri atas AMP (Adenosin Monofosfat) dan GMP (Guanosin
Monofosfat). AMP adalah ester dari asam fosfat dan nukleosida yang disebut adenosin.
AMP terdiri dari gugus fosfat, gula ribose dan adenin nucleobase. Adapun GMP adalah
ester dari asam fosfat dengan nukleosida guanosin. GMP terdiri dari gugus fosfat, yaitu
gula pentose ribosa dan guanin nucleobase, karena itulah disebut monofosfat
ribonucleosida.AMP dan ADP disintesis dari IMP (Inosin Monofosfat).
a. Pembentukan IMP
Inosin monofosfat disintesis melalui jalur de Novo dengan menggunakan ribose-5-fosfat
dan enzim PRPP-sintetase menghasilkan phosphoribose-1- pyrophosphate (PRPP).

->

b. Konversi IMP menjadi AMP dan GMP

IMP dikonversi menjadi baik AMP atau GMP oleh jalur berbeda. IMP dikonversikan
menjadi AMP dengan mereaksikan IMP dengan asam amino aspartat dan fumarat.
Adapun IMP dikonvesikan menjadi GMP dengan menggunakan asam amino glutamine
dan glutamate.

pembentukan AMP dari IMP

Pembentukan GMP dari IMP

C.2 Sintesis Nukleotida Pirimidin

Nukleotida pirimidin terdiri atas UMP (Uridin Monofosfat), CTP (Sitidin
Monofosfat), dan TMP (Timidin Monofosfat). Sintesis nukleotida pirimidin dimulai dari
pembentuan carbamoyl phosphate dan glutamate dari glutamine. Selanjutnya carbamoyl
9

phosphate ini yang akan diubah menjadi UMP, CTP, dan TMP. Carbamoyl phosphate
bereaksi dengan aspartat membentuk senyawa Orotate. Senyawa orotate sellanjutnya
bergabung dengan PPRP menghasilkan Oritidin Monofosfat dan reaksi lebih lanjut akan
menghasilkan Uridin Monofosfat (UMP). Untuk menghasilkan CTP, UMP diubah terlebih
dahulu menjadi UTP dan kemudian diraksikan dengan glutamine hingga menghasilkan
CTP dan glutamate.
Adapun pembentukan TMP dilakukan oleh enzim timidilate sintetase sehingga UMP
terkonversi menjadi TMP. Berikut adalah reaksi-reaksinya.

Reaksi pembentukan carbamoyl phosphate

Reaksi pembentukan senyawa Orotate

Reaksi pembentukan UMP

10

Reaksi pembentukan CTP

UMP + ATP <--> UDP + ADP
(nucleoside monophosphate kinase)

UDP + ATP <--> UTP + ADP

(nucleoside diphosphate kinase)

Reaksi pembentukan TMP

11

Nukleotida-nuleotida yang terbentuk inikemudian akan disintesis menjadi DNA atau

RNA. Dalam RNA primidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA primidin selalu sitosin
dan timin. Selanjutnya DNA dan RNA yang terbentuk akan mengalami elongasi
(pemanjangan/polimerisasi) dan berhenti pada tahap terminasi.

D. Katabolisme Asam Nuleat

Katabolisme adalah reaksi penguraian senyawa kompleks menjadi senyawa yang
lebih sederhana dengan bantuan enzim. Tahapan katabolisme asam nukleat yaitu berturutturut menjadi nukleotida, nuleosida, purin, pirimidin, dan asam urat.
D.1 Katabolisme Asam Nukleat Menjadi Nukleotida
Asam-asam

nukleat

terdapat

pada

jaringan

tubuh

sebagai

nukleoprotein.Nukleoprotein dalam pencernaaan akan dipecah jadi molekul yang lebih

kecil yaitu asam nukleat dan protein. Asam nukleat dan protein selanjutnya terpisah ke
jalur metabolism masing-masing. Asam nukleat yang tersusun atas monomer-monomer
berupa nukleotida dipecah sehingga menghasilkan nukleotida.

12

D.1.1 Katabolisme Nukleotida Menjadi Nukleosida

Nukleosida merupakan sebutan dari nukleotida tanpa gugus fosfat. Dengan
demikian, nukleosida tersusun dari gula ribosa/deoksiribosa dan basa nitrogen. Tahapan
penguraian nukleotida menjadi nukleosida adalah sebagai berikut.

Di dalam usus halus terjadi pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease

(pankreas) menghasilkan oligonukleotida.

Oligonukleotida dipecah lebih lanjut oleh fosfodiesterase menghasilkan

monofosfat.

Kemudian dipecah lebih lanjut oleh nukleotidase menghasilkan nukleosida and

orthophosphate. Nukleosida yang terbentuk adalah Sitidin, Uridin, Adenosin, dan
Guanosin

13

D.2. Katabolisme Purin Menjadi Asam Urat

Nukleosida purin yang dihasilkan dari degradasi nukleotida akan terdegradasi lebih
lanjut menghasilkan asam urat yang selanjutnya diekskresikan dalam urin. Proses
pembentukan asam urat dapat melalui dua jalur.
Pertama, Tahap penguraian nukleosida purin menjadi asam urat dimulai dari proses
deaminasi adenosine menjadi inosin, kemudian membelah membentuk hipoxantin.
Hipoxantin dioksidasi menjadi xantin dan selanjutnya xantin diubah menjadi asam urat.
Kedua, tahap yang dimulai dari guanosin. Guanosin diubah menjadi guanine yang
selanjutnya dideaminasi menghasilkan xantin. Langkah selanjutnya, xantin dioksidasi
menjadi asam urat. Berikut adalah reaksi penguraian nukleosida menjadi asam urat.

14

D. 3 Katabolisme Pirimidin
Pada katabolisme pirimidin terjadi reaksi-reaksi sebagai berikut.
1. Konversi sitidin menjadi uridin oleh enzim sitidin deaminase

2. Fosforilasi deoksitimidin menjadi timin dan deoksiribosa-1-fosfat

Rangkuman Materi
1. Asam nukleat tersusun atas monomer-monomer berupa nukleotida, yang masingmasing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa
nitrogen
15

2. Nukleotida Purin terdiri atas AMP (Adenosin Monofosfat) dan GMP (Guanosin
Monofosfat).
3. Nukleotida Pirimidin terdiri atas UMP (Uridin Monofosfat), CTP (Cytosin
Triphospat), dan TMP (Tymidine Monofosfat).
4. Tahapan sintesis Asam Nukleat berturut-turut dimulai dari nukleosida, nukleotida,
dan kemudian asam nukleat DNA atau RNA.
5. Tahapan degradasi asam nukleat dalam tubuh berturut-turut menghasilkan
nukleotida, nukleosida, basa purin dan pirimidin, serta asam urat.

DAFTAR PUSTAKA
Freeman, W.H. 2000. Nucleic Acid Synthesis. National Center for Biotechnology
Information, U.S. National Library of Medicine.
King, M.1996. Nucleic Acid Metabolism.http://themedicalbiochemistrypage.org. info @
themedicalbiochemistrypage.org.
Lyons, R. 2008. Nucleotide Metabolism. http://seqcore.brcf.med.umich.edu. December
12-17, 2008.
Rahmadestiassani, A. 2010. Transkripsi, Translasi Dan Replikasi Universitas Nasional,
Jakarta

16

17