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TEMA 8: PROTENAS.
1.-INTRODUCCIN.
El trmino protena deriva del griego "proteos" (lo primero, lo principal) y habla de su
gran importancia para los seres vivos. La importancia de las protenas es, en un primer anlisis,
cuantitativa: constituyen el 50% del peso seco de la clula (15% del peso total) por lo que
representan la categora de biomolculas ms abundante despus del agua.
Sin embargo su gran importancia biolgica reside, ms que en su abundancia en la
materia viva, en el elevado nmero de funciones biolgicas que desempean, en su gran
versatilidad funcional y sobre todo en la particular relacin que las une con los cidos nucleicos,
ya que constituyen el vehculo habitual de expresin de la informacin gentica contenida en
stos ltimos.

2.-COMPOSICIN DE LAS PROTENAS.


Desde el punto de vista de su composicin elemental todas las protenas contienen
carbono, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno, mientras que casi todas contienen adems azufre (Cabe
resaltar que en azcares y lpidos el nitrgeno slo aparece en algunos de ellos). Hay otros
elementos que aparecen solamente en algunas protenas (fsforo, cobre, zinc, hierro, etc.).
Las protenas son biomolculas de elevado peso molecular (macromolculas) y presentan
una estructura qumica compleja. Sin embargo, cuando se someten a hidrlisis cida, se
descomponen en una serie de compuestos orgnicos sencillos de bajo peso molecular: los aminocidos. Este rasgo lo comparten las protenas con otros tipos de macromolculas: todas
son polmeros complejos formados por la unin de unos pocos monmeros o sillares
estructurales de bajo peso molecular. Existen 20 -aminocidos diferentes que forman parte de
las protenas.
En las molculas proteicas los sucesivos restos aminocidos se hallan unidos
covalentemente entre s formando largos polmeros no ramificados. El tipo de enlace que los une
recibe el nombre de enlace peptdico. Las cadenas de aminocidos de las protenas no son
polmeros al azar, de longitud indefinida, cada una de ellas posee una determinada composicin
qumica, un peso molecular y una secuencia ordenada de aminocidos.

3.-CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS.


Las protenas se clasifican en dos clases principales atendiendo a su composicin. Las
protenas simples u holoprotenas son las que estn compuestas exclusivamente por
aminocidos. Las protenas conjugadas o heteroprotenas son las que estn compuestas por
aminocidos y otra sustancia de naturaleza no proteica que recibe el nombre de grupo prosttico.
Las protenas conjugadas pueden a su vez clasificarse en funcin de la naturaleza de su grupo
prosttico. As, se habla de glucoprotenas, cuando el grupo prosttico es un glcido,
lipoprotenas cuando es un lpido, metaloprotenas cuando es un ion metlico, fosfoprotenas
cuando es un grupo fosfato, etc.
Otro criterio de clasificacin de las protenas es la forma tridimensional de su molcula.
Las protenas fibrosas son de forma alargada, generalmente son insolubles en agua y suelen tener
una funcin estructural, mientras que las protenas globulares forman arrollamientos compactos

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de forma globular y suelen tener funciones de naturaleza dinmica (catalticas, de transporte, etc).

4.-TAMAO DE LAS MOLCULAS PROTEICAS.

Las protenas presentan tamaos moleculares muy variables (desde unos pocos miles de
daltons a ms de un milln) (ver Figura 8.1). Algunas protenas estn formadas por una sola
cadena de aminocidos, mientras que otras, llamadas protenas oligomricas, estn formadas por
varias cadenas individuales denominadas protmeros o subunidades. Se ha podido comprobar
que en la mayor parte de los casos las cadenas individuales de aminocidos presentan pesos
moleculares que oscilan entre los 12.000 y los 36.000 daltons, lo que se corresponde con una
longitud de entre 100 y 300 restos aminocidos. Sin embargo existen molculas proteicas ms
pequeas como la insulina (51 aminocidos y 5.700 daltons) y mucho ms grandes como la
apolipoprotena B, una protena transportadora de colesterol, con 4.536 aminocidos y 513.000
daltons, que representa la cadena individual de aminocidos ms grande conocida hasta la fecha.
Las protenas de mayor tamao estn formadas invariablemente por varias cadenas de
aminocidos.

5.-AMINOCIDOS: LOS SILLARES ESTRUCTURALES.


5.1.-CONCEPTO.

Los aminocidos son compuestos orgnicos que poseen un grupo carboxilo y un grupo
amino. Pueden ser , , , ....aminocidos, segn el grupo amino est unido respectivamente al
primero, segundo, tercero, cuarto... tomo de carbono contando a partir del tomo de carbono del
grupo carboxilo. En la naturaleza existen distintos tipos de aminocidos que desempean
diferentes funciones, sin embargo, los aminocidos que forman parte de las protenas son todos
ellos -aminocidos.
Existen 20 -aminocidos diferentes que forman parte de las protenas. Todos ellos tienen

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una parte de su molcula en comn (formada por el tomo de carbono unido a los grupos amino
y carboxilo) y difieren entre s en la naturaleza de la cadena lateral (habitualmente llamada grupo
R). En la Figura 8.2 aparece la frmula estructural de un -aminocido; en ella "R" representa la
cadena lateral que difiere entre los distintos aminocidos.
5.2.-ESTEREOISOMERA DE LOS AMINOCIDOS.

Los -aminocidos son compuestos quirales. En todos ellos, con la nica excepcin de la
glicocola, el tomo de carbono (el contiguo al grupo carboxilo) es un carbono asimtrico, es
decir, un tomo de carbono unido a cuatro sustituyentes distintos. Debido a esta circunstancia,
cada -aminocido puede existir en dos formas estereoismeras cada una de ellas con una
diferente ordenacin espacial de los cuatro sustituyentes que rodean, en disposicin tetradrica, al
carbono (Figura 8.3). Estas dos formas estereoismeras son adems enantimeros (imgenes
especulares no superponibles una de la otra). La nomenclatura de las formas estereoismeras de
los -aminocidos se establece por convenio relacionando sus frmulas en proyeccin de Fisher
con la de un compuesto de referencia que es el gliceraldehido. As, la forma D de un aminocido es la que, en la frmula en proyeccin de Fisher, tiene el grupo amino hacia la
derecha (por analoga con el grupo hidroxilo del D-gliceraldehido), mientras que la forma L es la
que lo tiene hacia la izquierda (ver Figura 8.3). Aunque existen en la naturaleza aminocidos con
configuracin D que desempean diferentes funciones en las clulas, todos los aminocidos
presentes en las protenas presentan configuracin L.
Los -aminocidos, como todos los compuestos quirales, presentan actividad ptica, es
decir, hacen girar en uno u otro sentido el plano de vibracin de la luz polarizada. As, algunos
-aminocidos en disolucin hacen girar dicho plano de vibracin hacia la derecha, y se dice que
son dextrgiros (+), mientras que otros lo hacen hacia la izquierda, y se dice que son levgiros (). El carcter dextrgiro o levgiro de un -aminocido es independiente de la configuracin D o
L que presente.
5.3.-COMPORTAMIENTO CIDO-BASE.
Los aminocidos son compuestos slidos, cristalinos, que presentan un punto de fusin y
una solubilidad en agua muy superiores a lo que cabra esperar dado su peso molecular. Ello se
debe a que los aminocidos existen en disolucin, y cristalizan a partir de las disoluciones, en

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forma de iones dipolares (Figura 8.4). A pH neutro el grupo carboxilo cede un protn y queda
cargado negativamente y el grupo amino capta un protn y queda cargado positivamente. As, los
aminocidos pueden comportarse como cidos o como bases segn el pH del medio; se dice que
son sustancias anfteras. Existe un valor de pH llamado punto isoelctrico (pI) para el cual el
aminocido est compensado elctricamente (carga neta = 0).
Las curvas de titulacin de los aminocidos son ms complejas que las de los pares
conjugados
cido-base
corrientes. Esto se debe a que
cada aminocido posee dos
grupos funcionales capaces
de aceptar o ceder protones
(amino y carboxilo), cada uno
de los cuales tiene su propio
pK y comportamiento cidobase caracterstico. Por otra
parte, algunos aminocidos
presentan cadenas laterales (R) con grupos funcionales que son potenciales dadores o aceptores
de protones, y que por lo tanto tambin influyen de manera determinante en sus propiedades
cido-base.
El comportamiento cido-base de los aminocidos reviste una gran importancia biolgica,
ya que influye a su vez en las propiedades de las protenas de las que forman parte. Adems, las
tcnicas para separar y analizar los aminocidos componentes de una protena se basan en gran
medida en su comportamiento cido-base.
5.4.-CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS.
Existen distintos criterios para clasificar los -aminocidos de las protenas. Sin embargo,
el ms utilizado, dada su relacin con la determinacin de la estructura tridimensional de las
mismas, es el que se basa en la naturaleza polar o no polar, con carga elctrica o sin ella de su
cadena lateral o grupo R. As se distinguen:
a)
Aminocidos con grupo R no polar (alifticos y aromticos).
b)
Aminocidos con grupo R polar sin carga .
c)
Aminocidos con grupo R con carga positiva.
d)
Aminocidos con grupo R con carga negativa.
En la Tabla 8.1 se representan las frmulas estructurales de los 20 -aminocidos
presentes en las protenas en las formas inicas en las que aparecen a pH fisiolgico. Todos los aminocidos tienen, adems de sus nombres sistemticos, nombres simplificados apropiados para
su uso comn, que, en algunos casos, provienen de la fuente biolgica de la cual fueron aislados
inicialmente; as, la asparagina se encontr por primera vez en el esprrago, el cido glutmico
se aisl del gluten de trigo, la tirosina fue identificada en el queso (del griego tyros = queso), y la
glicocola debe su nombre a su sabor dulce (del griego glycos = dulce).
Adems de los 20 -aminocidos que son comunes a todas las protenas existen en
algunas de ellas otros aminocidos, denominados aminocidos no estndar. Todos ellos derivan
de alguno de los 20 aminocidos estndar travs de transformaciones qumicas sencillas que se
operan una vez el aminocido de origen ha sido incorporado a la protena. Entre ellos cabe citar
la hidroxiprolina, la N-metil-lisina y la desmosina.
Por otra parte, se han encontrado en las clulas vivas alrededor de otros 300 aminocidos

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que desempean diferentes funciones pero que no forman parte de las protenas. Algunos de ellos
presentan configuracin D y no todos son -aminocidos.

6.-EL ENLACE PEPTDICO. LOS PPTIDOS.


Los aminocidos se enlazan para formar protenas mediante enlace peptdico. Los
pptidos son compuestos formados por la unin de aminocidos mediante enlace peptdico. El
enlace peptdico es una unin covalente tipo amida sustituida que se da al reaccionar el grupo
amino de un aminocido con el grupo carboxilo de otro aminocido con desprendimiento de una
molcula de agua (Figura 8.5)
Cuando dos aminocidos reaccionan para formar un enlace peptdico el compuesto
resultante recibe el nombre de dipptido. Por ser el enlace peptdico una unin "cabeza-cola"
(grupo amino con grupo carboxilo) un dipptido conserva siempre un grupo amino libre, que
puede reaccionar con el grupo carboxilo de otro aminocido, y un grupo carboxilo libre, que
puede reaccionar con el grupo amino de otro aminocido. Esta circunstancia permite que
mediante enlaces peptdicos se puedan enlazar un nmero elevado de aminocidos formando
largas cadenas que siempre tendrn en un extremo un grupo amino libre (extremo amino
terminal) y en el otro un grupo carboxilo libre (extremo carboxi-terminal).
Los pptidos se clasifican segn el nmero de restos de aminocidos que los forman. As
los pptidos formados por 2, 3, 4,.... aminocidos se denominan respectivamente dipptidos,
tripptidos, tetrapptidos... En general cuando el nmero de aminocidos implicados es menor o

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igual a 10 decimos que se trata de un oligopptido, cuando es mayor que 10 decimos que se trata
de un polipptido. Es tambin frecuente el uso del la expresin cadena polipeptdica en lugar
de polipptido. Cuando una cadena polipeptdica tiene ms de 100 restos de aminocidos (es un
lmite arbitrario y que no hay que tomar al pie de la letra) decimos que se trata de una protena.
Sin embargo hay que tener en cuenta que existen protenas, llamadas oligomricas, que estn
formadas por varias cadenas polipeptdicas, por lo que los trminos cadena polipeptdica y
protena
no
pueden
considerarse
sinnimos
en
todos
casos.

Aunque en los sucesivo nos ocuparemos fundamentalmente de protenas formadas por


centenares de residuos de aminocidos, es conveniente resaltar que algunos pptidos cortos
presentan actividades biolgicas importantes. Entre ellos cabe citar algunas hormonas como la
oxitocina (nueve residuos aminocidos), que estimula las contracciones del tero durante el
parto, o la bradiquinina (nueve residuos), que inhibe la inflamacin de los tejidos. Tambin son
dignas de mencin las encefalinas, pptidos cortos sintetizados en el sistema nervioso central que
actan sobre el cerebro produciendo analgesia (eliminacin del dolor). Los venenos
extremadamente txicos producidos por algunas setas como Amanita phaloides tambin son
pptidos, al igual que muchos antibiticos.

7.-PROTENAS: CONFORMACIN TRIDIMENSIONAL.


Las protenas, como ya se dijo anteriormente, no son polmeros al azar de longitud
indefinida, sino que cada una de ellas tiene una determinada composicin en aminocidos y estos

los

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estn ordenados en una determinada secuencia. Hay que aadir a ello que en las clulas vivas las
cadenas polipeptdicas de las protenas no se encuentran extendidas ni plegadas al azar adoptando
estructuras caprichosas o variables, sino que cada una de ellas se encuentra plegada de un modo
caracterstico, que es igual para todas las molculas de una misma protena, y que recibe el
nombre de estructura o conformacin tridimensional nativa de la protena. Una clara
evidencia en favor de esta idea la constituye el hecho de que las protenas puedan cristalizar, ya
que la disposicin ordenada de la materia cristalina slo es posible cuando las unidades
moleculares individuales que componen el cristal son idnticas. Desde que en 1926 James
Sumner consigui obtener cristales del enzima ureasa, centenares de protenas han sido obtenidas
en estado cristalino.

El plegamiento de una cadena polipeptdica se realiza mediante rotaciones de los enlaces


simples del esqueleto. En principio, los sustituyentes de los tomos que se encuentran a ambos
lados de un enlace simple pueden adoptar infinitas posiciones (conformaciones) mediante
simples rotaciones de dicho enlace. Dado que el esqueleto de una cadena polipeptdica consta de
centenares de enlaces simples, cabra esperar que dicha cadena pudiera adoptar un nmero
elevadsimo de conformaciones diferentes. Sin embargo, existen una serie de restricciones a la
libertad de giro de estos enlaces (la mayora de ellas derivadas de la interaccin de la cadena
polipeptdica con las molculas de agua que la rodean) las cuales determinan que slo sea posible
una conformacin tridimensional estable.
La conformacin tridimensional de una protena es un hecho biolgico de una gran
complejidad: existen distintos niveles de plegamiento que se superponen unos a otros. Debido a
ello, para sistematizar el conocimiento acerca de este fenmeno, se establecen una serie de
niveles dentro de la estructura de la protena que se conocen como estructuras primaria,
secundaria, terciaria y cuaternaria (Figura 8.6). Los continuos avances en la comprensin de la

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estructura y el plegamiento de las protenas han hecho necesaria en los ltimos aos la definicin
de dos niveles estructurales adicionales: la estructura supersecundaria y el dominio.
7.1.-ESTRUCTURA PRIMARIA.
La estructura primaria de una protena es su secuencia de aminocidos, es decir, vendra
especificada por los aminocidos que la forman y el orden de colocacin de los mismos a lo largo
de la cadena polipeptdica. La secuencia de aminocidos de una protena se escribe empezando
por el extremo amino terminal y finalizando por el carboxi-terminal.

Si analizamos en detalle la estructura primaria de una protena (ver Figura 8.7)


observaremos, dado que el enlace peptdico implica a los grupos amino y carboxilo de cada
aminocido, y que stos estn unidos a su vez al mismo tomo de carbono (C ), el esqueleto de la
cadena polipeptdica es una sucesin montona de estos tres tipos de enlace:
C ------- C carboxlico
C carbox --- N amino(enlace peptdico)
N amino ---- C
Tambin observamos que las cadenas laterales o grupos R de los distintos restos
aminocidos, que no estn implicadas en el enlace peptdico, surgen lateralmente a uno y otro
lado de este esqueleto montono (ver Figura 8.7).
Los estudios realizados acerca de la estructura primaria de protenas procedentes de
diferentes especies de seres vivos revelan que aquellas protenas que desempean funciones
similares en diferentes especies tienen secuencias de aminocidos parecidas entre s. Por otra
parte, se ha comprobado que cuanto ms emparentadas evolutivamente estn dos especies mayor
es el grado de similitud entre las secuencias de aminocidos de sus protenas homlogas. Estos
datos sugieren que debe existir algn tipo de relacin entre la secuencia de aminocidos y la
funcin de las protenas.

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7.2.-ESTRUCTURA SECUNDARIA.
La estructura secundaria de una protena es el modo caracterstico de plegarse la misma a
lo largo de un eje. Es el primer nivel de plegamiento, en el que los distintos restos de
aminocidos se disponen de un modo ordenado y repetitivo siguiendo una determinada direccin.
En las protenas fibrosas (aqullas cuyas cadenas polipeptdicas estn ordenadas formando largos
filamentos u hojas planas) las estructuras primaria y secundaria especifican completamente la
conformacin tridimensional; estas protenas no presentan por lo tanto niveles superiores de
complejidad
Fue precisamente en las protenas fibrosas, dada su mayor simplicidad estructural, donde
fue estudiada inicialmente la estructura secundaria;
particularmente en dos tipos de protenas de origen animal
muy abundantes: las queratinas y los colgenos. Ambas
son protenas insolubles que desempean importantes
funciones de tipo estructural en los animales superiores.
Existen dos tipos de queratinas de diferente dureza y
consistencia, las -queratinas (por ejemplo las que abundan
en el pelo o en las uas) y las -queratinas (telas de araa,
seda, etc.).
El anlisis de la estructura secundaria de las
protenas fibrosas fue abordado inicialmente mediante la
tcnica de difraccin de rayos X (basada en la capacidad
de los tomos de difractar los RX en funcin de su tamao).
Esta tcnica es aplicable al anlisis de estructuras
cristalinas, sin embargo, la microscopa electrnica revel
que las protenas
fibrosas
presentaban
estructuras repetitivas que eran susceptibles de
anlisis mediante esta tcnica.
Los primeros anlisis de difraccin de rayos X
de las queratinas, realizados por Willian Atsbury
(Figura 8.8)en la dcada de los aos 30,
proporcionaron datos acerca de estructuras que se
repetan con una periodicidad fija a lo largo de sus
cadenas polipeptdicas, siendo estas periodicidades
diferentes segn se tratase de o de -queratinas.
Dado que las cadenas polipeptdicas extendidas no
presentan estructuras repetitivas que puedan dar lugar
a estas periodicidades, se concluy que dichas cadenas
deban encontrarse plegadas de un modo regular que
era diferente en cada tipo de queratinas. Pocos aos
ms tarde, L. Pauling y R. Corey (Figura 8.9), dos
investigadores norteamericanos, obtuvieron con gran precisin la longitud de estas periodicidades
(0,56 nm en las y 0,70 nm en las -queratinas).
Por otra parte, aplicando la tcnica DRX a pequeos pptidos (dos o tres residuos
aminocidos) en estado cristalino Pauling y Corey pudieron conocer la estructura ntima del
enlace peptdico. Observaron que este enlace era ligeramente ms corto de lo que sera un enlace

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simple C-N, lo que les
permiti deducir que posea
un carcter parcial de doble
enlace. Ello es debido a que
el nitrgeno del grupo
peptdico posee un orbital
vacante que le permite
compartir en resonancia un
par de electrones del doble
enlace C-O. El carcter
parcial de doble enlace
impide que el enlace
peptdico pueda girar sobre s
mismo; los cuatro tomos del
grupo
peptdico
son
coplanares,
estando
el
oxgeno y el hidrgeno en
posicin trans (Figura 8.10).
Esta falta de libertad de giro
supone
una
primera
restriccin en el nmero de conformaciones posibles de la cadena polipeptdica, que estara
entonces constituida por una serie de planos rgidos formados por los diferentes grupos
peptdicos, los cuales podran adoptar diferentes posiciones unos con respecto a otros mediante
giros de los enlaces sencillos que flanquean cada uno de estos planos (ver Figura 8.11).
Pauling y Corey construyeron modelos moleculares de gran precisin (con bolas y
varillas) hasta que encontraron unos que encajaban con los datos experimentales, es decir, hasta
que encontraron modelos que, respetando las restricciones de giro del enlace peptdico,
explicaban las periodicidades obtenidas. A la vista de estos modelos pudieron observar
(suponemos que con gran regocijo) que no slo eran posibles, sino que, de ser reales, presentaran
una gran estabilidad, ya que todos los grupos peptdicos del esqueleto quedaban colocados en la
relacin geomtrica adecuada para poder establecer puentes de hidrgeno entre ellos,
circunstancia esta que proporcionara una gran estabilidad a la estructura.

Los modelos encontrados fueron denominados respectivamente hlice (que es la


estructura secundaria de las -queratinas) y conformacin (que es la estructura secundaria de
las -queratinas). Con posterioridad se descubri la estructura secundaria del colgeno, la cual se

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denomin hlice del colgeno.
En la hlice- (ver
Figura 8.12) el esqueleto de
la cadena polipeptdica se
encuentra
arrollado
de
manera compacta alrededor
del eje longitudinal de la
molcula, y los grupos R de
los
distintos
restos
aminocidos sobresalen de
esta estructura helicoidal, que
tiene forma de escalera de
caracol. Cada giro de la
hlice abarca 3,6 residuos
aminocidos, ocupando unos
0,56 nm del eje longitudinal,
lo que se corresponde con la
periodicidad observada por
DRX.
El
rasgo ms
sobresaliente
de
esta
estructura es que todos los
grupos peptdicos de los
diferentes restos aminocidos
quedan enfrentados en la
relacin geomtrica adecuada
para formar puentes de hidrgeno entre s; estos puentes se establecen entre el oxgeno del grupo
carboxilo de cada residuo aminocido y el hidrgeno del grupo amino que se encuentra cuatro
residuos ms all en direccin carboxi-terminal (algo ms de una vuelta completa de hlice). As,
cada vuelta sucesiva de la hlice se mantiene unida a las vueltas adyacentes mediante varios
puentes de hidrgeno intracatenarios que, actuando cooperativamente, proporcionan a la
estructura una considerable estabilidad.

En la conformacin , tambin llamada hoja plegada, el esqueleto de la cadena


polipeptdica se dispone en zig-zag con los grupos R de los distintos aminocidos proyectndose

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alternativamente a uno y otro lado de dicho esqueleto (ver Figura 8.13). Cada zig-zag representa
0,70 nm de longitud de la cadena, coincidiendo con la periodicidad observada por DRX. Muchas
de estas cadenas colocadas paralelamente unas a otras forman una estructura que recuerda a una
hoja de papel plegada, en la que los grupos R de los aminocidos se encuentran sobresaliendo por
ambas caras de dicha hoja. En este caso, los grupos peptdicos de los diferentes restos
aminocidos establecen puentes de hidrgeno con los de las cadenas vecinas (puentes de
hidrgeno intercatenarios).

La hlice del colgeno es un tipo de estructura secundaria que slo aparece en esta
protena. Se trata de un arrollamiento helicoidal con tres residuos aminocidos por vuelta en el
que la cadena polipeptdica se encuentra ms extendida que en la hlice (Figura 8.13). Tres de
estas hlices se encuentran a su vez arrolladas en una estructura superhelicoidal que da lugar a la
molcula de tropocolgeno, que es la unidad que se repite a lo largo de las fibras de colgeno.
La hlice- y la conformacin son las estructuras secundarias ms frecuentes no slo en
la protenas fibrosas sino en todo tipo de protenas. Existen otros tipos de estructura secundaria
cuya presencia se encuentra
limitada a algunas protenas
especializadas. Recientemente
se ha descubierto una
estructura
secundaria,
denominada giro o codo
(Figura 8.15), que est
presente en muchas protenas
diferentes all donde la cadena
polipeptdica
cambia
abruptamente de direccin. El
codo consta de cuatro
residuos aminocidos que
forman un bucle cerrado con
los grupos peptdicos que lo
flanquean unidos por puente
de hidrgeno.
Ahora bien, )qu es lo
que determina que una cadena
polipeptdica adopte una u otra de estas posibles estructuras secundarias conocidas? Los estudios
realizados acerca de la estructura de cadenas polipeptdicas formadas por un solo tipo aminocido
(poliaminocidos), as como diversas consideraciones tericas (basadas en el tamao o carga
elctrica de los grupos R de los distintos aminocidos de una cadena), llevaron a la conclusin de
que es la secuencia de aminocidos, es decir, la estructura primaria, lo que determina el modo
en que una cadena polipeptdica ha de plegarse a lo largo de un eje, es decir, su estructura
secundaria. Es la naturaleza y posicin de los grupos R a lo largo de la cadena, es decir, su
secuencia, lo que propicia o impide el plegamiento segn uno u otro modelo.

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7.3.-ESTRUCTURA TERCIARIA.
Existen
protenas
cuya
conformacin tridimensional no puede
especificarse totalmente considerando
slo sus estructuras primaria y
secundaria. Son las llamadas protenas
globulares
cuyas
cadenas
polipeptdicas se hallan plegadas de un
modo
complejo
formando
arrollamientos globulares compactos
que tienden a adoptar una forma
aproximadamente
esfrica.
La
protenas globulares son generalmente
solubles en agua y desempean un
gran nmero de funciones biolgicas
(por ejemplo los enzimas son protenas
globulares). Se conoce como
estructura terciaria el modo
caracterstico de plegarse una cadena
polipeptdica para formar un
arrollamiento globular compacto.
El estudio de la estructura terciaria de las protenas globulares se abord tambin
mediante la aplicacin de la tcnica de difraccin de rayos X. Un paso previo necesario fue la
obtencin de protenas globulares en estado cristalino muy puro a partir de disoluciones, ya que
la tcnica DRX slo se puede aplicar a estructuras cristalinas o "paracristalinas" (como las
protenas fibrosas). Una vez
solventado este problema
pudo conocerse la estructura
terciaria
de
algunas
protenas globulares (tras
aos de trabajo para
conseguir interpretar los
complejos difractogramas de
RX que estas protenas
producan. Vase la Figura
8.16). Los cristalgrafos
ingleses John Kendrew y
Max Perutz (Figura 8.16b)
obtuvieron grandes xitos en
la elucidacin de la
estructura tridimensional de
protenas globulares. La
primera protena cuya
estructura terciaria fue conocida fue la mioglobina (una protena que transporta oxgeno en el
msculo), concretamente la del cachalote (ver Figura 8.17). En ella se pueden apreciar ocho
segmentos rectilneos con estructura secundaria en hlice separados por curvaturas sin
estructura secundaria aparente. Alrededor del 70% de la cadena polipeptdica se encuentra en las

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regiones plegadas en hlice . La molcula es muy compacta, sin apenas espacio para molculas
de agua en su interior. Los
grupos R de residuos
aminocidos con carcter
polar o inico se proyectan
hacia la periferia de la
molcula, mientras que los
de carcter no polar se
encuentran enterrados en el
interior de la misma,
aislados del contacto con el
agua. La estructura se
encuentra estabilizada por
diferentes
tipos
de
interacciones dbiles entre
los grupos R de diferentes
aminocidos;
estas
interacciones son de largo
alcance, afectando a grupos
R de residuos aminocidos
que
pueden
ocupar
posiciones muy alejadas en
la cadena polipeptdica.
En los ltimos aos se ha podido descifrar la estructura terciaria de centenares de
protenas globulares. De estos estudios se deduce que el caso de la mioglobina representa slo
una de las mltiples posibilidades de plegamiento de una protena globular. La variedad de
estructuras terciarias posibles es inmensa. Sin embargo se pueden hacer algunas generalizaciones
interesantes. En todas ellas...
a)
La cadena polipeptdica est plegada de un modo muy compacto, sin
apenas espacio para molculas de agua en el interior del plegamiento.
b)
Existen tramos rectilneos que presentan estructura secundaria en hlice-
o en conformacin ; en la mayora de las protenas estudiadas coexisten
zonas con uno y otro tipo de estructura (Figura 8.18) Estos tramos estn
separados por curvaturas sin estructura secundaria aparente en unos casos
o por codos en otros. Las cantidades relativas que representan los

c)

d)

e)

diferentes tipos de estructura secundaria varan considerablemente de


unas protenas a otras.
Se han detectado agrupamientos estables de estructuras secundarias que
dan lugar a motivos estructurales que se repiten en multitud de protenas
diferentes. Entre estos agrupamientos, denominados estructuras
supersecundarias, cabe citar el "barril /", la "silla ", el "haz de
cuatro hlices", el "lazo " o el "sandwich ".
En algunas protenas se han detectado dos o ms regiones globulares
densamente empaquetadas que se hallan conectadas entre s por un corto
tramo de cadena polipeptdica extendida o plegada en hlice . Estas
regiones globulares, denominadas dominios, presentan una gran
estabilidad, y aparecen repetidas en muchas protenas diferentes.
Los restos de aminocidos con grupos R polares o con carga se proyectan

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f)

hacia el exterior de la estructura, expuestos al contacto con las molculas


de agua.
Los restos de aminocidos con grupos R no polares (hidrfobos) se
encuentran en el interior de la estructura, aislados del contacto con el
agua y ejerciendo interacciones hidrofbicas entre s.

Por otra parte se observ


que en todas las protenas
estudiadas existe una serie de
fuerzas intramoleculares que
tienden a estabilizar la estructura
terciaria (Figura 8.19). Estas
fuerzas son de dos tipos: a)
enlaces covalentes (puentes
disulfuro entre los grupos -SH de
los restos de cistena); b)
interacciones dbiles entre los
grupos
R
de
distintos
aminocidos
que
ocupan
posiciones muy distantes a lo
largo de la cadena polipeptdica
(puentes
de
hidrgeno,
interacciones inicas, fuerzas de Van der Waals)

A la vista de estos datos se lleg a la conclusin de que es la naturaleza (polar o no polar)


de los distintos grupos R, las posibilidades de formacin de interacciones dbiles o covalentes
entre los mismos, y su posicin en la cadena polipeptdica, es decir, la secuencia de
aminocidos lo que determina el hecho de que sta adopte una u otra disposicin en el espacio, o
lo que es lo mismo, una determinada estructura terciaria. Hay que tener en cuenta que en su
estado nativo las molculas proteicas se encuentran en el seno del agua y que, por lo tanto, el
plegamiento de la cadena polipeptdica ser una respuesta a la interaccin de los distintos grupos
R (polares o no polares) con las molculas de agua; adems, la posibilidad de que se establezcan
interacciones que estabilicen la estructura entre los distintos grupos R a lo largo de la cadena
polipeptdica tambin depender de la naturaleza y posicin de los mismos en la cadena. En la
actualidad todo parece indicar que las interacciones hidrofbicas entre los grupos R no polares

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enterrados en el interior de la estructura constituyen la verdadera fuerza directriz del plegamiento
de una cadena polipeptdica, contribuyendo los dems tipos de interacciones dbiles y covalentes
a su mayor estabilidad.
Vemos, pues, que, al igual que sucede con la estructura secundaria, la estructura
primaria determina la estructura terciaria de las protenas globulares.
7.4.-ESTRUCTURA CUATERNARIA.
Existen protenas que
estn formadas por varias
cadenas polipeptdicas: son las
llamadas
protenas
oligomricas. En ellas, la
protena completa (oligmero)
est formada por un nmero
variable de subunidades o
protmeros. Los oligmeros
pueden ser dmeros, trmeros,
tetrmeros,
pentmeros,
hexmeros...., segn estn
formados por 2, 3, 4, 5, 6....
protmeros. Los oligmeros ms
frecuentes estn formados por
un nmero par de cadenas
polipeptdicas.
En estas protenas las
distintas subunidades estn
asociadas
de
un
modo
caracterstico al que llamamos estructura cuaternaria.
El estudio de la estructura cuaternaria de las protenas oligomricas tambin fue abordado
mediante la aplicacin de la tcnica DRX tras la obtencin de las mismas en estado cristalino
puro. En este caso la interpretacin de los difractogramas de RX result tan compleja que algunos
cristalgrafos de protenas emplearon en este esfuerzo hasta 25 aos de trabajo antes de poder
publicar resultados.
La primera protena cuya estructura cuaternaria fue conocida (Figura 8.20) fue la
hemoglobina humana (la protena encargada de transportar el oxgeno en la sangre).
Tambin se pueden hacer algunas generalizaciones acerca de la estructura cuaternaria de
algunas protenas oligomricas conocidas. En todas ellas.....
a)
Cada una de las subunidades o protmeros presenta una estructura
terciaria determinada con rasgos similares a los de las protenas
globulares formadas por una sola cadena polipeptdica.
b)
La estructura terciaria de las diferentes subunidades de una protena
oligomrica es muy semejante a la de protenas globulares que
desempean la misma o parecida funcin (la estructura terciaria de cada
una de las subunidades de la hemoglobina es casi idntica a la estructura
terciaria de la mioglobina. Ambas protenas desempean la funcin de
transportar oxgeno, una en la sangre, la otra en el msculo). Se percibe
pues una clara relacin entre estructura y funcin.

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c)

Las distintas subunidades se encuentran asociadas de un modo


caracterstico, establecindose entre ellas puntos de contacto que son los
mismos para todas las molculas de una misma protena. Estos puntos de
contacto se ven estabilizados por interacciones dbiles (puentes de
hidrgeno, fuerzas de Van der Waals, interacciones inicas) entre los
grupos R de determinados aminocidos.
A la vista de estos resultados se dedujo que tambin en este caso es la naturaleza y
posicin de los grupos R de los distintos aminocidos en las diferentes subunidades la que
determina cules han de ser los puntos de contacto entre las mismas, y, por lo tanto, el modo
caracterstico de asociarse unas con otras, es decir, la estructura cuaternaria; los puntos de
contacto vendrn dados por las posibilidades de formacin de interacciones dbiles del tipo de
las citadas y stas a su vez de la naturaleza y posicin de los distintos grupos R.
Deducimos, pues, que es la estructura primaria de las distintas subunidades la que
determina la estructura cuaternaria de una protena oligomrica.
Como conclusin podemos afirmar que la secuencia de aminocidos (estructura
primaria) contiene la informacin necesaria y suficiente para determinar la conformacin
tridimensional de una protena a sus diferentes niveles de complejidad (estructuras
secundaria, terciaria y cuaternaria).

8.-PROTENAS. RELACIN ESTRUCTURA-FUNCIN.


Las protenas son las
macromolculas ms verstiles de
cuantas existen en la materia viva:
desempean un elevado nmero de
funciones biolgicas diferentes. Cada
protena est especializada en llevar a
cabo una determinada funcin.
Entre las funciones de las
protenas cabe destacar las siguientes:
catalticas,
estructurales,
de
transporte, nutrientes y de reserva,
contrctiles o mtiles, de defensa,
reguladoras del metabolismo, y otras
muchas que determinadas protenas
desempean en organismos concretos.
La funcin de una protena
depende de la interaccin de la misma
con una molcula a la que llamamos
ligando (en el caso particular de los
enzimas el ligando recibe el nombre
de sustrato). El ligando es especfico
de cada protena. A su vez, la
interaccin entre protena y ligando reside en un principio de complementariedad estructural:
el ligando debe encajar en un hueco existente en la superficie de la protena (el centro activo) tal
y como lo hara una llave en una cerradura (ver Figura 8.21). Slo aquel o aquellos ligandos
capaces de acoplarse en el centro activo de la protena sern susceptibles de interactuar con ella.

18
19
Hay que tener en de
cuenta
distintos
que este
grupos
acoplamiento
funcionalesno
(carboxilo,
es meramente
amino,
espacial,
hidroxilo,
sinoetc.)
que implicados
la protena en
"ve" en su ligando,
interacciones
adems de la
dbiles
forma,que
la distribucin
estabilizan ladeconformacin.
cargas elctricas,
Estassus
variaciones
distintos grupos
provocan
funcionales, y, enlageneral,
rotura de
lasdichas
posibilidades
interacciones
de establecer
(sobre todo
interacciones
enlaces inicos
dbilesycon
tambin
l a travs
puentes
de de
los grupos R de los
hidrgeno)
aminocidos
y porque
lo tanto
rodean
la el
desnaturalizacin
centro activo (el(debido
ligando a"atraca"
ello sonen
tanelimportantes
centro
activo como lo hara
los tampones
un barco en
queunmantienen
muelle, seestable
establecen
el pHentre
de los
ambos
fluidos
"amarras"
biolgicos).
en forma de
interacciones
El proceso
dbilesdeque
desnaturalizacin,
hacen ms estable
si se
la lleva
asociacin).
a cabo en condiciones suaves (variaciones
moderadas
Deylograduales
anteriormente
de temperatura
expuesto es
o pH),
fcil es
deducir
reversible:
que para
la protena
que unapuede
protena
recuperar
desempee
su su
funcin biolgica
conformacin
tridimensional
debe permanecer
nativa intacta
si se restituyen
su conformacin
las condiciones
tridimensional
iniciales.nativa.
Este proceso
Si se pierde
recibe
dicha
conformacin,
y por lo tanto
altera 8.22
la estructura
ya no habr
el
nombre
de renaturalizacin.
En laseFigura
se ilustradel
el centro
procesoactivo,
de desnaturalizacin
acoplamiento
protena
y ligando (no
la interaccin
entre ambos,que
de el
la
reversible
del entre
una cadena
polipeptdica.
Seseha"reconocern")
comprobado eny multitud
de experimentos
que depende
la funcin, ya no
tendr una
lugar.
Como corolario
este razonamiento
podemos
proceso
de renaturalizacin
conlleva
recuperacin
de la de
funcin
biolgica de la
protena (que
afirmar
se
habaque
perdido
la funcin
durante
biolgica
la desnaturalizacin),
de una protenalodepende
cual constituye
de su conformacin
una prueba irrefutable de la
tridimensional.
singular
relacin existente entre la secuencia de aminocidos, la conformacin tridimensional,
y la funcin
En resumen,
biolgicaladesecuencia
una protena:
de aminocidos
la secuenciadedeuna
aminocidos,
protena determina
que es losunico
conformacin
que
permanece
al final
del aproceso
tridimensional,
y sta,
su vez,de
sudesnaturalizacin,
funcin biolgica.contiene la informacin suficiente para que
se recupere la conformacin tridimensional, y con ella la funcin biolgica, en el proceso de
renaturalizacin.

9.-DESNATURALIZACIN DE LAS PROTENAS.


Se entiende por desnaturalizacin de una protena la prdida de la conformacin
tridimensional nativa de la misma, prdida que suele ir acompaada de un descenso en la
solubilidad (las cadenas polipeptdicas de la protena desnaturalizada se agregan unas a otras y
forman un precipitado que se separa de la disolucin). Durante el proceso de desnaturalizacin se
rompen las interacciones dbiles que mantienen estable la conformacin pero se mantienen los
enlaces covalentes del esqueleto polipeptdico, es decir, se pierden las estructuras secundaria,
terciaria y, en su caso, cuaternaria, pero permanece intacta la secuencia de aminocidos.

La desnaturalizacin puede ser provocada por diferentes causas o agentes


desnaturalizantes de tipo fsico o qumico. Destacaremos dos de ellos: uno fsico (aumento de
temperatura) y otro qumico (alteracin del pH).
a)
Aumento de temperatura.- Los aumentos de temperatura provocan una mayor
agitacin molecular que hace que las interacciones dbiles que mantienen estable
la conformacin de la protena terminen por ceder con la consiguiente
desnaturalizacin.
b)
Alteracin del pH.- Estas alteraciones causan variacin en el grado de ionizacin

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