Jelajahi eBook
Kategori
Jelajahi Buku audio
Kategori
Jelajahi Majalah
Kategori
Jelajahi Dokumen
Kategori
II.
TUJUAN PERCOBAAN
1. Mahasiswa memahami prinsip pemisahan dengan metode elektroforesis.
2. Mahasiswa dapat melaksanakan pemisahan dengan metode elektroforesis.
DASAR TEORI
Elektroforesis merupakan teknik pemisahan suatu molekul dalam suatu
campuran di bawah pengaruh medan listrik. Molekul terlarut dalam medan
listrik bergerak atau migrasi dengan kecepatan yang ditentukan oleh rasio
muatan dan massa. Sebagai contoh, jika dua molekul mempunyai masa dan
bentuk yang sama, molekul dengan muatan lebih besar akan bergerak lebih
cepat ke elektrode. Elektroforesis melalui gel agarosa atau poliakrilamid
merupakan metode standar untuk pemisahan, identifikasi, dan pemurnian
fragmen DNA. Selain itu elektroforesis gel poliakrilamid dapat juga digunakan
untuk pemisahan, identifikasi dan pemurnian protein. Teknik ini merupakan
teknik sederhana, cepat dan dapat memisahkan molekul yang diinginkan dari
matriksnya yang tidak dapat dilakukan oleh prosedur lainnya, seperti
sentrifugasi gradien(Sudjadi,2008).
Elektroforesis DNA dilakukan misalnya untuk menganalisis fragmen
fragmen DNA hasil pemotongan dengan enzim restriksi. Fragmen molekul
DNA yang telah dipotong-potong dapat dintetukan ukurannya dengan cara
membuat gel agarosa, yaitu suatu bahan semi padat berupa polisakarida yang
diekstraksi dari rumput laut. Gel agarosa dibuat dengan melarutkannya dalam
suatu buffer. Agar dapat larut dengan baik, pelarutan dibantu dengan
pemanasan, misalnya menggunakan oven gelombang mikro. Dalam keadaan
panas gel akan berupa cairan sehingga mudah dituang ke atas suatu lempeng
(plate) yang biasanya terbuat dari Perspex. Sebelum mendingin dan mamadat,
pada ujung gel tersebut dibuat lubang lubang dengan menggunakan lembaran
Perspex tipis yang yang dibentuk menyerupai sisir. Sisir tersebut ditancapkan
pada salah satu ujung gel yang masih cair. Dengan demikian, pada waktu gel
memadat dan sisirnya diambil terbentuklah lubang lubang kecil.Ke dalam
lubang lubang kecil itulah sampel molekul DNA dimasukan. Gel agarosa
yang sudah terbentuk kemudian dimasukan ke dalam suatu tanki yang berisi
buffer yang sama dengan yang digunakan untuk membuat gel. Buffer dapat
Ut e Ut V
qk
L
Dimana V : tegangan
L : Panjang saluran
K : Konduktivitas
e : arus listrik
Ut : mobilitas ion pada saat t
q : luas penampang
d : lintasan yang ditempuh
(Widjaja, 2012)
suhunya 500 C.
Agarosa dituangkanpada cetakan yang digunakan, yang sebelumnya
V. HASIL
Berdasarkan hasil visualisasi gel agarosa pada UV transluminator
setelah dilakukan elektroforesis, terlihat band-band yang dihasilkan oleh DNA
marker dan sampel poduk PCR DNA bakteri asam laktat yang ditunjukan pada
gambar 5.1 berikut :
7
: Sumur (wells)
: Sampel 1
: Sampel 2
: Sampel 3
: Sampel 4
: Sampel 5
: Sampel 6
: Sampel 7
: DNA marker
VI. PEMBAHASAN
Pada praktikum elektroforesis ini, metode elektroforesis yang digunakan
adalah elektroforesis gel. Elektroforesis gel adalah suatu teknik yang
menggunakan medan listrik untuk memisahkan molekul berdasarkan ukuran.
Karena mengandung gugus fosfat yang bermuatan negatif, di dalam medan listrik
DNA akan bergerak menuju elektroda positif. Molekul yang lebih pendek
bermigrasi lebih cepat melalui pori-pori gel daripada molekul yang lebih panjang,
sehingga
pemisahan
didasarkan
pada
panjang.Gel
yang
tersusun
dari
Jika medan magnet diberikan antara kedua ujung gel, DNA yang bermuatan
negatif pada pH netral, akan bergerak ke katoda (+). Kecepatan migrasi ini
ditentukan oleh ukuran (panjang) DNA, konformasi DNA, konsentrasi agarosa,
dan besaran tegangan yang digunakan(Watson, 2007).Comb harus diberikan jarak
1 cm dari dasar cetakan agar sumur yang terbentuk baik. Caranya, kedua ujungnya
dipegang. Mediumnya diangkat dari cetakan dengan cara memegang kedua
sisinya, sambil bagian bawahnya dibersihkan dengan menggesekkan pada pinggir
tray agar sisa-sisa agar (pengotor) tidak terangkat yang akan dapat
merusak
Pada saat
ditempatkan pada sumur kedua, diikuti dengan sampel 2 dalam sumur 3, sampel 3
dalam sumur 4, dan seterusnya. Sedangkan marker dalam sumur 8. Pada sumur
paling pinggir baik kanan (sumur 1) maupun kiri (sumur 17) tidak diisi sampel.
Hal ini dikarenakan apabila sumur mengalami kebocoran pada saat penempatan
sampel maka sampel dapat tertampung kepinggir sehingga mengurangi
kemungkinan sampel menyebar pada larutan buffer. Sedangkan DNA marker
ditempatkan pada sumur nomor 8 agar saat proses analisis bands yang terbentuk
pada UV atau transluminator mempermudah praktikan menentukan ukuran
potongan sampel DNA secara visual. Selain itu, tujuan penempatan marker di
tengah sampel DNA adalah untuk memudahkan praktikan dalam pengamatan
sampel yang telah di run.
Tahap terakhir adalah elektroforesis. Setelah seluruh sampel dan DNAmarker di masukan kedalam sumur maka elekroforesis dapat dijalankan dengan
mengaliri listrik pada sistem elektroforesis. Pada praktikum ini digunakan listrik
sebesar 110 volt dalam 25 menit. Pada saat inilah sampel akan bergerak melalui
matriks gel pada kecepatan yang berbanding terbalik dengan log jumlah basa.
Molekul yang lebih besar akan bergerak lebih lama karena terjadi gesekan lebih
besar. (Watson, 2007). Hal ini disebabkan DNA harus melewati pori-pori gel
sehingga kurang efisien lajunya daripada molekul yang lebih kecil. Dalam proses
elektroforesis akan terjadi pergerakan sampel dan DNA marker akan bergerak dari
kutub negatif ke kutub positif. Arah pergerakan menuju kutub positif karena
sampel dan DNA-marker yang digunakan memiliki muatan negatif. Selama listrik
dijalankan maka sampel dan DNA marker akan terus bergerak dengan jarak
tempuh yang berbeda-beda pada setiap fragmennya. fragmen yang lebih besar
akan bergerak lebih lambat karena terjadi gesekan yang lebih besar dengan
medium penyangga (Watson, 2007). Setelah 25 menit elektroforesis dihentikan
lalu agarosa dikeluarkan dari chamber elektroforesis. Setelah proses elektroforesis
selesai, medium agarosa dikeluarkan dari chamber. Selanjutnya dilakukan staining
(pewarnaan) dengan EtBr (ethidium bromida) yang bertujuan untuk visualisasi
asam nukleat, yaitu dapat berikatan dengan asam nukleat dengan cara masuk
diantara basa nukleotida dan berfluoresensi pada sinar UV saat berikatan dengan
DNA. EtBr bersifat karsinogen maka harus diperlakukan dengan hati-hati
(Sudjadi, 2008). Untuk mewarnai fragmen DNA dengan EtBr, gel agarosa yang
telah dielektroforesis direndam selama 2 kali dalam 10 menit, dimana perendaman
pertama dilakukan selama 10 menit hasilnya belum terlalu kelihatan sehingga
dilakukan perendaman yang kedua selama 10 menit sehingga hasil terlihat jelas.
Selanjutnya
sampel
divisualisasi
dengan
UV
transluminator.
Sebelum
10
11
membuat hasil sedikit berbeda dengan literatur adalah gel agarose yang
digunakan. Pada literature gel agarose yang digunakan konsentrasinya yaitu 2%
sedangkan pada pratikum digunakan agarose 1,2% sehingga pita yang dihasilkan
jaraknya berdekatan.
VII.
KESIMPULAN
Berdasarkan pembahasan elektroforesis di atas, didapat beberapa
12
1. Prinsip
kerja
elektroforesis
adalah
memisahkan
molekul-molekul
DAFTAR PUSTAKA
13
Marks, Dawn B., Marks, Allan D., Smith, Colleen M. 1996. Biokimia Kedokteran
Dasar. Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran. hal: 239
Sudarmadji,S. 1996. Teknik Analisa Biokimiawi, Edisi Pertama. Yogyakarta:
Liberty
Sudjadi. 2008. Bioteknologi Kesehatan. Yogyakarta: Penerbit Kanisius
Watson, David G. 2007. Analisis Farmasi Edisi 2. Jakarta: Penerbit Buku
Kedokteran. hal: 388
Widjaja, dkk. 2012. Petunjuk Praktikum Metode Pemisahan. Denpasar: Udayana
University Press
Yuwono, Triwibowo. 2008. Biologi Molekular. Jakarta : Penerbit Erlangga
-
14