BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Kandungan informasi DNA, materi genetik, terdapat dalam bentuk urutan nukleotida yang
spesifik di sepanjang untai DNA. Tetapi bagaimana informasi tersebut dihubungkan dengan sifatsifat yang diwarisi suatu organisme? Atau dengan kata lain, apa yang sebenarnya diutarakan oleh
gen? Dan bagaimana pesan tersebut diterjemahkan oleh sel ke dalam sifat yang spesifik, seperti
rambut coklat atau tipe golongan darah A?
Ingat kembali kacang ercis Mendel. Salah satu karakter yang dipelajari pada kacang ercis
adalah panjang batang. Variasi dalam satu gen tunggal menentukan perbedaan antara varietas
(tanaman) kacang ercis yang tinggi dan yang kerdil. Mendel tidak mengetahui dasar fisiologis dari
perbedaan fenotipik tersebut, namun para ahli tumbuhan menjelaskan sebagai berikut: Kacang yang
kerdil kekurangan hormon pertumbuhan yang disebut geberrelin, yang merangsanga pertumbuhan
normal pada batang. Kacang yang kerdil jika diberi hormone giberelin akakn menunjukkan
perumbuhan yang normal. Apa yang menyebabkan kacang yang kerdil tidak dapat mensintesis
hormon giberelin sendiri? Tanaman tersebut ternyata tidak mempunyai suatu protein penting, yaitu
suatu enzim yang diperlukan untuk sintesis hormon giberelin.
Contoh di atas menggambarkan bahasan utama dari sintesis protein. Oleh karena pentingnya
sintesis protein bagi fungsi dan fisiologi tubuh, maka disusunlah makalah sederhana ini untuk
membantu memberikan informasi mengenai sintesis protein.

1.2 Rumusan masalah

Apakah yang dimaksud dengan sintesa atau sintesis protein

Bagaimanakah proses dari replikasi DNA

Bagaimanakah proses dari Transkripsi dan Translasi DNA

Bagaimanakah proses dari siklus urea

1.3 Tujuan

Dapat mengetahui apakah yang dimaksud sintesa atau sintesis protein

Dapat mengetahui bagaimanakah proses dari replikasi DNA

Dapat mengetahui bagaimanakah proses dari Transkripsi Translasi DNA

Dapat mengetahui bagaimanakah proses dari siklus urea

BAB III
PEMBAHASAN

3.1 Sintesis protein.

Protein mempunyai peranan penting dalam organisasi struktural dan fungsional dari sel. Protein
struktural menghasilkan beberapa komponen sel dan beberapa bagian diluar sel seperti
kutikula,serabut dan sebagainya. Protein fungsional (enzim dan hormon) mengawasi hamper semua
kegiatan metabolisme , biosintesis, pertumbuhan, pernapasan dan perkembangbiakan dari sel.
Namun demikian sebuah sel tidak mungkin membuat protein yang dibutuhkan oleh individu yang
bersel banyak. Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang
diatur susunannya oleh kode genetik. Sintesis protein dimulai dari anak inti sel, sitoplasma dan
ribosom.
Sintesis protein melibatkan DNA sebagai pembuat rantai polipeptida. Meskipun begitu, DNA
tidak dapat secara langsung menyusun rantai polipeptida karena harus melalui RNA. Seperti yang
telah kita ketahui bahwa DNA merupakan bahan informasi genetik yang dapat diwariskan dari
generasi ke generasi. Informasi yang dikode di dalam gen diterjemahkan menjadi urutan asam
amino selama sintesis protein. Informasi ditransfer secara akurat dari DNA melalui RNA untuk
menghasilkan polipeptida dari urutan asam amino yang spesifik. Menurut (Suryo, 2008:59-61)
DNA merupakan susunan kimia makromolekular yang komplek, yang terdiri dari tiga macam
molekul yaitu : Gula pentose yang dikenal sebagai deoksiribosa, Asam pospat, dan Basa nitrogen,
dibedakan atas dua tipe dasar yaitu : pirimidin {sitosin (S) dan timin (T)} dan purin {adenine (A)
dan guanine (G)}.
Suatu konsep dasar hereditas yang mampu menentukan ciri spesifik suatu jenis makhluk
menunjukkan adanya aliran informasi bahan genetik dari DNA ke asam amino (protein). Konsep
tersebut dikenal dengan dogma genetik. Tahap pertama dogma genetik dikenal sebagai proses
transkripsi DNA menjadi mRNA. Tahap kedua dogma genetik adalah proses translasi atau
penerjemahan kode genetik pada RNA menjadi urutan asam amino. Dogma genetik dapat
digambarkan secara skematis sebagai berikut.
DNA transkripsi RNA translasi Protein
3.2 Pengertian proses Replikasi DNA
Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. genom manusia pada satu sel terdiri
sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada yang
salah). Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel anak supaya informasi genetik yang
diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi hanya terjadi pada fase S (pada mamalia), Replikasi
terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum fase M.

Salah satu sumber kesalahan DNA adalah pada kesalahan replikasi yang dipengaruhi oleh
berbagai factor, diantaranya karena kondisi lingkungan dan kesalahan replikasi sendiri sehingga
menyebabkan terjadinya mutasi. Supaya replikasi sel dari generasi ke generasi tidak terjadi
kesalahan maka perlu ada repair DNA. Selain karena kesalahan replikasi, DNA juga sangat rentan
terhadap bahan kimia, radiasi maupun panas (hal yang dapat menyebabkan mutasi pada DNA pada
saat replikasi).
Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix. Hasil
replikasi DNA double strand. Kedua DNA parental strand bisa menjadi template yang berfungsi
sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative process. Primer strand : Pada 3 dia akan
melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk menempelkan, tetapi pada 5 P tidak bisa dilepas
karena ketiga P dibutuhkan sehigga tidak ada energy sehingga tidak pernah terjadi sintesis dari 35, tetapi dari 5-3, jadi yang menambah selalu ujung 3 .

Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA yaitu :

Enzim yang berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi,
enzim yang berperan RNA polymerase. transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi sintesis
protein (ekspresi gen); yang dipakai cetakan hanya salah satu untai DNA(3-5)
replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel; kedua untai induk dipakai sebagai
cetakan untuk di replikasi.

DNA polymerase

Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral, yaitu DNA polymerase. Pada proses
replikasi, DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil) dimana gugus OH
hanya ada pada ujung 3 sedangkan ujung 5 adalah ujung fosfat. (ciri utama DNA polymerase).
Ciri kedua: DNA polymerase tidak bisa mensintesis/ menempelkan DNA ke pasangan-nya kalau
tidak ada primer (lokomotif). Sifat dari DNA polymerase dia hanya bisa mensintesis DNA dari arah
5-3 sehingga pertumbuhan dari 5-3 karena penambahan pada ujung 3, dimana pada ujung 3
ada ujung hidroksil.
Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer, tidak bisa mensintesis DNA tanpa adanya
primer, primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). DNA yang
dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada tempatnya. DNA primase untuk
mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). Bila lokomotif sudah jadi maka akan di-take over
oleh DNA polymerase, dan yang ditambahkan adalah DNA.
Pada Proses replikasi di butuhkan titik awal (replication origin) biasa di singkat ORI. Contoh
pada plasmid (prokariot), terdapat proses replikasi yang dimulai pada replication origin dan

mengembang sampai dihasilkan 2 plasmid yang sama persis. Tetapi pada eukariot (mamalia) lebih
kompleks tetapi tetap membutuhkan replication origin.
Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang akan bergabung satu
sama lain. DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan. Origin replication disebut sebagai
unique sequence yang merupakan pertanda sebagai tempat proses/titik mulai terjadinya replikasi,
dimana ada protein tertentu yang akan mengenali sequence. Pada bakteri (prokariot) hanya butuh
satu titik ORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia (eukariot) butuh beberapa ORI karena
kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk mereplikasi 3 milyard DNA. Sehingga pada
mamalia ada 30.000 titik ORI yang bekerja secara bersamaan sehingga fase S untuk replikasi hanya
butuh beberapa jam saja.
Untuk replikasi perlu sequence tertentu yaitu yang disingkat (ACS) merupakan urutan basa
yang sangat terjaga karena urutan basa tersebut dikenali oleh protein Origin Recognition Complex
(ORC) sehingga bila ORC mengenali sequence maka replikasi dapat dimulai. ORI lebih global
sedangkan ACS sudah pada sequence (pada urutan basa tertentu). Replikasi terjadi pada fase S
sedangkan transkripsi bisa terjadi pada fase S atau G1 dimana terjadi sintesis protein maka bisa
terjadi transkripsi.
Saat awal akan di mulainya repliaksi, pada G1 akhir ORC mengenali sequence ACS,
kemudian ada molekul lain, juga helikase yang membentuk pre-replicative complex (pre-RC).
selanjutnya pada fase S degradasi fosporilasi ORC, degradasi fosforilasi Cdc6 maka terbentuk
bubble replication. Helikase membuka pilinan, topoisomerase yang memotong pada titik tertentu.
secara singkat dalam siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. Pada fase G1 persiapan,
S proses replikasi, G2/M sudah selesai

Proses replikasi DNA

Pertama adanya replication origin, kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA
primer synthesis. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka
dengan bantuan helikase. Helikase akan menempel untuk membuka pilinan (helix). DNA double
helix (bentuk terpilin). Untuk mereplikasi bila bentuknya terpilin tidak akan pernah bisa sehingga
perlu dibuka pilinannya. Bila membuka pilinan pada salah satu ujung maka ujung yang lain akan
semakin kuat pilinannya sehingga perlu daerah tertentu yang dipotong untuk membuka pilinan

tesebut yang dilakukan oleh helikase. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer sintesis,
karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer.
Kemudian terjadi proses replikasi. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand
dan lagging strand. Dari ORI didapatkan 2 replication fork.Ada ORI dan helikase yang membuka
pilinan terus sampai terbentuk replication bubble.

Proses replikasi yang di perlukan utama:

1. ORI
2. Helikase
3. Replication bubble

Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Merah RNA, Biru DNA. Bubble semakin
besar, replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork.

Replication fork pada plasmid

Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5-3 dan 3-5.
DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5-3. Satu strain bisa secara
kontinyu disintesis yaitu yang 5-3 (leading strain). Sementara yang 3-5 tidak bisa dibentuk, tetapi
tetap harus dibentuk dengan 5-3, sehingga perlu satu strain yang terbentuk dari small discontinue
peaces yang disebut sebagai lagging strain. Small peaces disebut okazaki fragmen.
Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5-3 maka tinggal menambah saja. Sedangkan
pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3-5 maka hanya diam, tetapi pada titik tertentu akan
ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5-3 (okazaki fragmen: fragmen2
potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging strand arahnya
dari 3-5.
Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging
strand template. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di OF
ada RNA-DNA hybrid. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Setelah itu untuk menggantikan
RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi juga bisa bersifat
endonuclease, yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. Pada saat RNA dibuang maka akan
digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama sekali. Tetapi masih
belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk menempelkan. Akhirnya
diperoleh 2 strain yang sama persis.

Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu:

- Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA

- Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding, untuk mencegah DNA
yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi).
- Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu.

DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang bertugas
untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa membentuk
hairpins.
Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga terbentuk
hairpins. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding protein supaya
tetap lurus dan tidak berbelok-belok.Topoisomerase, cirinya memotong DNA pada tempat tertentu
sehingga mudah untuk memutar karena sudah dipotong. Tugasnya adalah memasangkan kembali
DNA yang terpotong.

Protein aksesori:
Brace protein, : Replication factor C (RFC), supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil
(tidak mudah terlepas dari DNA template).
Sliding-clamps protein, supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2.
Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan, tetapi proses pada
lagging bertahap. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Sintesis terjadi pada leading strand
terlebih dahulu. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-nya datang
lagi. Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan dengan DNA yang
baru.
Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi, brace, clamp, DNA helicase, single-strand
binding protein, primase, topoisomerase.Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung
DNA). Bila tidak ada telomere maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak
46 tetapi dalam bentuk gandeng2 (tidak diketahui).

Chromosome end:
Pada lagging strand, di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan, RNA juga akan
dihilangkan, sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Hal ini terjadi karena menggunakan
primer RNA untuk proses replikasi, dan RNA primer setelah replikasi harus dibuang dan tidak bisa
digantikan. Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang dibuat berkali-kali. (slide 76:
TTGGGGTTGGGTTGGGG). Telomer dibuat oleh enzim telomerase. Telomer: ujung yang
merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena tidak
mengkode apapun. Telomer diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan
memendek. EXTENDS 3 PRIMARY GENE --> TELOMERE, dan enzim yang membuatnya :
telomerase. Semua sel selain stem sel tidak punya telomere.
Pada saat sel replikasi maka akan selalu memendek. Sampai pada suatu titik tertentu yang
merupakan signal bagi sel untuk berhenti membelah. Karena kemampuan sel untuk membelah
dibatasi oleh panjangnya telomerase. Pada saat telomere memendek sampai batas tertentu maka
akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti membelah. Sedangkan pada stem sel yang memiliki
telomerase, maka kemampuan membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka
telomerase akan membentuk telomere baru. Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel

kanker memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Manusia memiliki
kemampuan replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere, shg bila telomere habis sel
akan berhenti membelah.

3.3 Pengertian Transkripsi dan Translasi

Gen memberi perintah untuk membuat protein tertentu. Tetapi gen tidak membangun protein
secara langsung. Jembatan antara DNA dan sintesis protein adalah RNA. RNA secara kimiawi
serupa dengan DNA, terkecuali bahwa RNA mengandung ribose, bukan deoksiribosa, sebagai
gulanya dan memiliki basa nitrogen urasil, dan bukan timin.
Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan arahan DNA. Kedua asam nukleat
menggunakan bahasa yang sama, dan informasinya tinggal ditranskripsikan atau disalin, dari satu
molekul ke molekul lain. Molekul RNA yang dihasilkan merupakan transkrip penuh dari instruksiinstruksi pembangun-protein dari gen itu. Jenis molekul RNA ini disebut RNA mesenjer (mRNA),
karena molekul ini membawa pesan dari DNA ke peralatan pensintesis-protein dari sel tersebut.
Translasi merupakan sintesis polipeptida yang sesungguhnya, yang trejadi berdasarkan arahan
mRNA. Selama tahapan ini terdapat perubahan bahasa: Sel tersebut harus menerjemahkan
(mentranslasi) urutan basa molekul mRNAke dalam urutan asam amino polipeptida. Tempat-tempat
translasi ini ialah ribosom, partikel kompleks yang memfasilitasi perangkaian secara teratur asam
amino menjadi rantai polipeprtida.
Walaupun mekanisme dasar transkripsi dan translasi serupa untuk prokariota dan eukariota,
terdapat suatu perbedaan penting dalam aliran informasi genetik di dalam sel-sel tersebut. Karena
bakteri tidak memiliki nukleus, DNA-nya tidak tersegregasi dari ribosom dan perlengkapan
pensintasis-protein lainnya. Transkripsi dan translasi dikopel (dipasangkan), dengan ribosom
menempel pada ujung depan molekul mRNA sewaktu transkripsi masih terus berlangsung.
Sebaliknya, sel eukariotik, selubung nukleus memisahkan transkripsi dan translasi dalam
ruang dan waktu. Transkripsi terjadi di nukleus, dan mRNA dikirim ke sitoplasma, di mana
translasi terjadi. Tetapi sebelum mRNA itu meninggalkan nukleus, transkrip-transkrip RNA
eukariotik dimodifikasi dengan berbagai cara untuk menghasilkan mRNA akhir yang fungsional.
Dengan demikian, dalam proses dua-langkah ini, transkrip gen eukariotik menghasilkan pramRNA, dan pemrosesan RNA menghasilkan mRNA akhir.

Gambar 1. Perbedaan sintesis protein (a) prokariotk dan (b) eukariotik

3.4 Proses siklus urea

Siklus nitrogen adalah suatu proses konversi senyawa yang mengandung unsur nitrogen
menjadi berbagai macam bentuk kimiawi yang lain. Transformasi ini dapat terjadi secara biologis
maupun non-biologis. Beberapa proses penting pada siklus nitrogen, antara lain fiksasi nitrogen,
mineralisasi, nitrifikasi, denitrifikasi.Walaupun terdapat sangat banyak molekul nitrogen di dalam
atmosfer, nitrogen dalam bentuk gas tidaklah reaktif. Hanya beberapa organisme yang mampu
untuk mengkonversinya menjadi senyawa organik dengan proses yang disebut fiksasi nitrogen.
Fiksasi nitrogen yang lain terjadi karena proses geofisika, seperti terjadinya kilat. Kilat
memiliki peran yang sangat penting dalam kehidupan, tanpanya tidak akan ada bentuk kehidupan di
bumi. Walaupun demikian, sedikit sekali makhluk hidup yang dapat menyerap senyawa nitrogen
yang terbentuk dari alam tersebut. Hampir seluruh makhluk hidup mendapatkan senyawa nitrogen
dari makhluk hidup yang lain. Oleh sebab itu, reaksi fiksasi nitrogen sering disebut proses toppingup atau fungsi penambahan pada tersedianya cadangan senyawa nitrogen.
Vertebrata secara tidak langsung telah mengonsumsi nitrogen melalui asupan nutrisi dalam
bentuk protein maupun asam nukleat. Di dalam tubuh, makromolekul ini dicerna menjadi bentuk
yang lebih kecil yaitu asam amino dan komponen dari nukleotida, dan dipergunakan untuk sintesis
protein dan asam nukleat yang baru, atau senyawa lainnya.Sekitar setengah dari 20 jenis asam
amino yang ditemukan pada protein merupakan asam amino esensial bagi vertebrata, artinya asam
amino tersebut tidak dapat dihasilkan dari asupan nutrisi senyawa lain, sedang sisanya dapat
disintesis dengan menggunakan beberapa bahan dasar nutrisi, termasuk senyawa intermediat dari
siklus asam sitrat.
Asam amino esensial disintesis oleh organisme invertebrata, biasanya organisme yang
mempunyai lintasan metabolisme yang panjang dan membutuhkan energi aktivasi lebih tinggi, yang
telah punah dalam perjalanan evolusi makhluk vertebrata.Nukleotida yang diperlukan dalam
sintesis RNA maupun DNA dapat dihasilkan melalui lintasan metabolisme, sehingga istilah
"nukleotida esensial" kurang tepat. Kandungan nitrogen pada purina dan pirimidina yang didapat

dari asam amino glutamina, asam aspartat dan glisina, layaknya kandungan karbon dalam ribosa
dan deoksiribosa yang didapat dari glukosa.

Kelebihan asam amino yang tidak digunakan dalam proses metabolisme akan dioksidasi guna
memperoleh energi. Biasanya kandungan atom karbon dan hidrogen lambat laun akan membentuk
CO2 atau H2O, dan kandungan atom nitrogen akan mengalami berbagai proses hingga menjadi urea
untuk kemudian diekskresi.
Setiap asam amino memiliki lintasan metabolismenya masing-masing, lengkap dengan
perangkat enzimatiknya.

Siklus urea
Pada eukariota, siklus urea (bahasa Inggris: urea cycle, ornithine cycle) merupakan bagian
dari siklus nitrogen, yang meliputi reaksi konversi amonia menjadi urea. Siklus ini ditemukan
pertama kali oleh Hans Krebs dan Kurt Henseleit pada tahun 1932.
Pada mamalia, siklus urea terjadi di dalam hati, produk urea kemudian dikirimkan ke organ
ginjal untuk diekskresi. Dua jenjang reaksi pada siklus urea terjadi di dalam mitokondria.
Ringkasan reaksi siklus urea adalah:

Amonia
Amonia merupakan produk dari reaksi deaminasi oksidatif yang bersifat toksik. Pada
manusia, kegagalan salah satu jenjang pada siklus urea dapat berakibat fatal, karena tidak terdapat
lintasan alternatif untuk menghilangkan sifat toksik tersebut selain mengubahnya menjadi urea.
Defisiensi enzimatik pada siklus ini dapat mengakibatkan simtoma hiperamonemia yang dapat
berujung pada kelainan mental, kerusakan hati dan kematian. Sirosis pada hati yang diakibatkan
oleh konsumsi alkohol berlebih terjadi akibat defisiensi enzim yang menghasilkan Sarbamil fosfat
pada jenjang reaksi pertama pada siklus ini.
Ikan mempunyai rasio amonia yang rendah di dalam darah, karena amonia diekskresi sebagai
gugus amida dalam senyawa glutamina. Reaksi hidrolisis pada glutamina akan menkonversinya
menjadi asam glutamat dan melepaskan gugus amonia.Sedangkan manusia hanya mengekskresi
sedikit sekali amonia, yang dikonversi oleh asam di dalam urin menjadi ion NH4+, sebagai respon
terhadap asidosis karena amonia memiliki kapasitas seperti larutan penyangga yang menjaga pH
darah dengan menetralkan kadar asam yang berlebih.

Urea

Urea merupakan zat diuretik higroskopik dengan menyerap air dari plasma darah menjadi
urin. Kadar urea dalam darah manusia disebut BUN (bahasa Inggris: Blood Urea Nitrogen).
Peningkatan nilai BUN terjadi pada simtoma uremia dalam kondisi gagal ginjal akut dan kronis atau
kondisi gagal jantung dengan konsekuensi tekanan darah menjadi rendah dan penurunan laju filtrasi
pada ginjal. Pada kasus yang lebih buruk, hemodialisis ditempuh untuk menghilangkan larutan urea
dan produk akhir metabolisme dari dalam darah.
Pada hewan seperti burung dan reptil yang harus mencadangkan air di dalam tubuhnya,
nitrogen diekskresi sebagai asam urat yang bersenyawa dengan sedikit kandungan air. Sedang pada
manusia, asam urat tidak disintesis dari amonia, melainkan dari adenina dan guanina yang terdapat
pada berbagai nukleotida. Asam urat biasanya diekskresi dalam jumlah sedikit, melalui urin. Kadar
asam urat dalam darah dapat meningkat pada penderita gangguan ginjal dan leukimia. Bentuk
garam dari asam urat dapat mengendap menjadi batu ginjal maupun batu kemih. Pada artritis,
endapan garam dari asam urat terjadi pada tulang rawan yang terdapat pada persendian.

Jenjang reaksi
Sarbamil fosfat sintetase, sebuah enzim, merupakan katalis pada reaksi dengan substrat NH3,
CO2 dan ATP menjadi sarbamil fosfat,

yang kemudian diaktivasi oleh asam N-asetilglutamat yang terbentuk dari asam glutamat dan asetilKoA dengan enzim N-asetilglutamat sintetase. N-asetilglutamat merupakan regulator yang penting
dalam ureagenesis selain arginina, kortikosteroid dan protein yang lain.
Reaksi kondensasi yang terjadi pada ornitina lantas memicu konversi sarbamil fosfat menjadi
sitrulina dengan bantuan enzim ornitina transarbamilase.Kemudian sitrulina dilepaskan dari dalam
matriks menuju sitoplasma, dan kondensasi terjadi dengan asam aspartat dan enzim
argininosuksinat sintetase, membentuk asam argininosuksinat, yang kemudian diiris oleh
argininasuksinat liase menjadi asam fumarat dan arginina. Asam fumarat akan dioksidasi dalam
siklus sitrat di dalam mitokondria, sedangkan arginina akan teriris menjadi urea dan ornitina dengan
enzim arginase hepatik. Baik argininosuksinat liase maupun arginase diinduksi oleh rasa lapar,
dibutiril cAMP dan kortikosteroid.