Jurnal BioKimia Lengkap

Just another Blogetery.com weblog

Perkembangan Biokimia
November 19th, 2009
15

0
15
15

Kebangkitan biokimia diawali dengan penemuan pertama molekul enzim, diastase, pada tahun
1833 oleh Anselme Payen. Tahun 1828, Friedrich Whler menerbitkan sebuah buku tentang
sintesis urea, yang membuktikan bahwa senyawa organik dapat dibuat secara mandiri. Penemuan
ini bertolak belakang dengan pemahaman umum pada waktu itu yang meyakini bahwa senyawa
organik hanya bisa dibuat oleh organisme. Istilah biokimia pertama kali dikemukakan pada tahun
1903 oleh Karl Neuber, seorang kimiawan Jerman. Sejak saat itu, biokimia semakin
berkembang, terutama sejak pertengahan abad ke-20, dengan ditemukannya teknik-teknik baru
seperti kromatografi, difraksi sinar X, elektroforesis, RMI (nuclear magnetic resonance, NMR),
pelabelan radioisotop, mikroskop elektron, dan simulasi dinamika molekular. Teknik-teknik ini
memungkinkan penemuan dan analisis yang lebih mendalam berbagai molekul dan jalur
metabolik sel, seperti glikolisis dan siklus Krebs. Perkembangan ilmu baru seperti
bioinformatika juga banyak membantu dalam peramalan dan pemodelan struktur molekul
raksasa.
Saat ini, penemuan-penemuan biokimia digunakan di berbagai bidang, mulai dari genetika
hingga biologi molekular dan dari pertanian hingga kedokteran. Penerapan biokimia yang
pertama kali barangkali adalah dalam pembuatan roti menggunakan khamir, sekitar 5000 tahun
yang lalu.
Posted in Uncategorized | No Comments

Proses Fotosintesis
November 19th, 2009
11

0
11
11

Fotosintesis adalah suatu proses biokimia yang dilakukan tumbuhan, alga, dan beberapa jenis
bakteri untuk memproduksi energi terpakai (nutrisi) dengan memanfaatkan energi cahaya.
Hampir semua makhluk hidup bergantung dari energi yang dihasilkan dalam fotosintesis.

Akibatnya fotosintesis menjadi sangat penting bagi kehidupan di bumi. Fotosintesis juga berjasa
menghasilkan sebagian besar oksigen yang terdapat di atmosfer bumi. Organisme yang
menghasilkan energi melalui fotosintesis (photos berarti cahaya) disebut sebagai fototrof.
Fotosintesis merupakan salah satu cara asimilasi karbon karena dalam fotosintesis karbon bebas
dari CO2 diikat (difiksasi) menjadi gula sebagai molekul penyimpan energi. Cara lain yang
ditempuh organisme untuk mengasimilasi karbon adalah melalui kemosintesis, yang dilakukan
oleh sejumlah bakteri belerang.
Posted in Uncategorized | No Comments

Biokimia Protein
November 19th, 2009
8

2
8
8

Protein merupakan zat yang sangat dibutuhkan manusia. Selama ini, protein terkadang
dipandang sebelah mata. Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti yang paling
utama) adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer
dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida.
Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadang kala sulfur serta
fosfor. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan dalam
fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang dan sendi
sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem kendali
dalam bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi
hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi
organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida, lipid, dan
polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu, protein merupakan
salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein ditemukan oleh Jns
Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa DNA
ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang dilakukan
ribosom. Sampai tahap ini, protein masih mentah, hanya tersusun dari asam amino
proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki fungsi
penuh secara biologi.
B.Struktur

Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat satu),
sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat). Struktur primer
protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan melalui ikatan
peptida (amida). Sementara itu, struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari
berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai
bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut:
alpha helix (-helix, puntiran-alfa), berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk seperti
spiral;
beta-sheet (-sheet, lempeng-beta), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari
sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H);
beta-turn, (-turn, lekukan-beta); dan
gamma-turn, (-turn, lekukan-gamma).
Gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder akan menghasilkan struktur tiga dimensi yang
dinamakan struktur tersier. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein
dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya
dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener. Contoh struktur kuartener
yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.
Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis protein dengan
asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino ditentukan dengan
instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan
degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan (4)
penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular dichroism (CD)
dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari puntiran-alfa menunjukkan dua
absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta menunjukkan satu puncak negatif
sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari
spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran-alfa berbeda dibandingkan
dengan pita amida-I dari lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari protein juga bisa
diestimasi dari spektrum inframerah.
Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari 40-350 asam
amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein yang lebih
kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida yang
berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen
penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis
masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan struktur
domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya
berpisah, protein tersebut tidak fungsional.
C. Sumber Protein

Daging,Ikan,Telur,Susu, dan produk sejenis Quark,Tumbuhan berbji,Suku polongpolongan,Kentang

Studi dari Biokimiawan USA Thomas Osborne Lafayete Mendel, Profesor untuk biokimia di
Yale, 1914, mengujicobakan protein konsumsi dari daging dan tumbuhan kepada kelinci. Satu
grup kelinci-kelinci tersebut diberikan makanan protein hewani, sedangkan grup yang lain
diberikan protein nabati.
Dari eksperimennya didapati bahwa kelinci yang memperoleh protein hewani lebih cepat
bertambah beratnya dari kelinci yang memperoleh protein nabati. Kemudian studi selanjutnya,
oleh McCay dari Universitas Berkeley menunjukkan bahwa kelinci yang memperoleh protein
nabati, lebih sehat dan hidup dua kali lebih lama.
D. Sintesis
Protein digabungkan dari asam amino menggunakan informasi dalam gen. Setiap protein
memiliki urutan asam amino unik yang ditetapkan oleh nukleotida. Dengan kode genetika maka
kumpulan tiga set nukleotida yang disebut kodon dan setiap kombinasi tiga nukleotida
membentuk asam amino, misalnya Aug (adenine urasil guanin) adalah kode untuk
methionine.
Karena DNA berisi empat nukleotida, total jumlah kemungkinan kodon adalah 64.Oleh karena
itu, ada beberapa kelebihan dalam kode genetik, dan beberapa asam amino dapat ditentukan oleh
lebih dari satu codon. Kode gen DNA yang pertama di transkripsi menjadi pra messenger RNA
(mRNA) oleh enzim seperti RNA polymerase. Sebagian besar organisme maka proses pramRNA (juga dikenal sebagai dasar transkrip) menggunakan berbagai bentuk pasca
transcriptional modifikasi untuk membentuk mRNA matang, yang kemudian digunakan sebagai
template untuk sintesis protein oleh ribosome. Dalam prokariotik mRNA yang dibuat bisa
digunakan segera, atau diikat oleh ribosome setelah dipindahkan dari inti sel. Sebaliknya,
eukariotik membuat mRNA di inti sel dan kemudian memindahkan ke sitoplasma, dimana
sintesis protein yang kemudian terjadi. Laju sintesis protein yang lebih tinggi dapat terjadi di
prokaryotes maupun eukariotik yang dapat mencapai hingga 20 asam amino per detik.
Proses yang sintesis protein dari mRNA template dikenal sebagai translasi/terjemahan. MRNA
yang diambil ke ribosome kemudian membaca tiga nukleotida dan mencocokan kodon dengan
pasangan antikodonnya yang terletak pada RNA transfer yang membawa asam amino sesuai
dengan kode kodon. Enzim aminoacyl tRNA synthetase menyusun molekul tRNA dengan asam
amino yang benar. Polipeptida berkembang yang sering disebut rantai peptida. Protein selalu
dibiosintesiskan dari N-terminal ke C-terminal.
Ukuran panjang sintesis protein dapat diukur dengan melihat jumlah asam amino yang berisi
dengan total massa molekul, yang biasanya dilaporkan dalam unit daltons (identik dengan unit
massa atom), atau turunan unit kilodalton (kDa). Yeast protein rata-rata panjangnya adalah 466
asam amino dan 53 kDa di massa. Protein terbesar adalah titins, komponen dari otot sarkomer,
dengan massa molekular hampir 3.000 kDa, dan total panjang hampir 27.000 asam amino.

E. Manfaat Protein
Sumber energi, Pembetukan dan perbaikan sel dan jaringan, Sebagai sintesis, hormon, enzim,
antibodi, dan Pengatur keseimbangan kadar asam basa dalam sel.
F. Akibat Kekurangan Protein
Protein sendiri mempunyai banyak sekali fungsi di tubuh kita. Pada dasarnya protein menunjang
keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan tubuh. Setiap orang dewasa harus sedikitnya
mengkonsumsi 1 g protein pro kg berat tubuhnya. Kebutuhan akan protein bertambah pada
perempuan yang mengandung dan atlet-atlet.
Kekurangan Protein bisa berakibat fatal:
1. Kerontokan rambut (Rambut terdiri dari 97-100% dari Protein -Keratin)
Yang paling buruk ada yang disebut dengan Kwasiorkor, penyakit kekurangan protein. Biasanya
pada anak-anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari yang namanya busung lapar, yang
disebabkan oleh filtrasi air di dalam pembuluh darah sehingga menimbulkan odem.
2. hipotonus (lemah otot)
3. gangguan pertumbuhan
4. hati lemak
5. Kekurangan yang terus menerus menyebabkan marasmus dan berkibat kematian.
Posted in Uncategorized | No Comments

Pengantar Biokimia FKUI

November 19th, 2009
5

0
5
5

FKUI adalah sebuah jurusan kedokteran tertua yang ada di Indonesia. Saat ini, mata kuliah yang
ada di FKUI juga telah mencakup proses pembelajaran biokimia.Berikut pengantar biokimia
FKUI.
Proses belajar di tingkat II FKUI dilakukan menggunakan cara pembelajaran terintegrasi, yang
menggabungkan cabang ilmu Anatomi, Histologi, Ilmu Faal, Biokimia, Ilmu Gizi dan Ilmu
Kedokteran Komunitas dalam waktu 2 semester (3 dan 4). Untuk mempermudah para mahasiswa
memahami dan mengintegrasikan pengetahuan ilmu ybs mahasiswa dibekali pengetahuan dasar
Ilmu Biokimia.

Ilmu Biokimia adalah ilmu yang mempelajari tentang peranan berbagai molekul dalam reaksi
kimia dan proses yang berlangsung dalam makhluk hidup. Jangkauan ilmu Biokimia sangat luas
sesuai dengan kehidupan itu sendiri. Tidak hanya mempelajari proses yang berlangsung dalam
tubuh manusia, ilmu Biokimia juga mempelajari berbagai proses pada organisme mulai dari yang
sederhana sampai yang kompleks.
Untuk memberikan pemahaman mengenai konsep-konsep dasar yang terjadi dalam berbagai
proses dalam kehidupan, maka diberikanlah Modul pengantar Biokimia ini yang dibagi menjadi
empat mata ajaran utama yaitu
1. PROTEIN.
Protein merupakan makromolekul terbanyak dalam makhluk hidup dan mempunyai berbagai
peranan penting. Protein terpenting adalah enzim yang merupakan biokatalisator dalam sel.
Selain itu protein juga berfungsi sebagai alat transport (hemoglobin), alat pertahanan tubuh
(antibodi), hormon, dan lain-lain.
2. DNA & EKSPRESI GENETIK.
DNA mengandung informasi genetik yang kemudian disalin dan diterjemahkan sehingga
dibentuk asam amino yang kemudian menjadi protein. Juga dibahas mengenai DNA rekombinan,
rekayasa genetik dan proyek human genome.
3. MEMBRAN & KOMUNIKASI ANTAR SEL.
Setiap sel makhluk hidup dibungkus oleh membran yang menyebabkan isi sel tidak bercampur
dengan luar sel. Walaupun dilapisi oleh membran, tetap terjadi interaksi antara sel yang satu
dengan sel yang lain karena adanya komunikasi antar sel yang diperantarai oleh berbagai caraka
kimia dan reseptornya pada membran dan diteruskan dengan berbagai proses dalam sel.
4. TRANSDUKSI ENERGI & METABOLISME.
Metabolisme membahas bagaimana caranya terbentuk energi (ATP) dalam bioenergetika. Juga
dibahas mengenai bagaimana caranya makromolekul yang diperoleh dari makanan dapat diolah
menjadi mikromolekul sehingga dapat digunakan tubuh untuk menghasilkan energi. Juga
dibicarakan bagaimana makromolekul dapat dibentuk di dalam tubuh dari prekursornya beserta
proses pengaturannya dan enzim-enzim yang berperan. Selain itu, dibahas juga mengenai
metabolisme non-nutrien, seperti nukleotida, porfirin dan xenobiotik.
Pemahaman mengenai Ilmu Biokimia bermanfaat bagi mahasiswa untuk memahami berbagai
fenomena dalam mempelajari penyakit dan perkembangan ilmu kedokteran yang sangat pesat.
Pada akhir modul pengantar biokimia mahasiswa diharapkan dapat menjelaskan konsep dasar
ilmu Biokimia dalam kaitannya dengan mekanisme serta pengendalian kerja berbagai sistem
dalam tubuh

Posted in Uncategorized | No Comments

Definisi Biokimia
November 19th, 2009
3

0
3
3

Bio dan Kimia, dua buah kata yang ternyata bisa disinergikan menjadi satu. Hal ini juga akan
berubah pada pendefinisiannya. Biokimia adalah kimia mahluk hidup. Biokimiawan mempelajari
molekul dan reaksi kimia terkatalisis oleh enzim yang berlangsung dalam semua organisme.
Lihat artikel biologi molekular untuk diagram dan deskripsi hubungan antara biokimia, biologi
molekular, dan genetika.
Biokimia merupakan ilmu yang mempelajari struktur dan fungsi komponen selular, seperti
protein, karbohidrat, lipid, asam nukleat, dan biomolekul lainnya. Saat ini biokimia lebih
terfokus secara khusus pada kimia reaksi termediasi enzim dan sifat-sifat protein.
Saat ini, biokimia metabolisme sel telah banyak dipelajari. Bidang lain dalam biokimia di
antaranya sandi genetik (DNA, RNA), sintesis protein, angkutan membran sel, dan transduksi
sinyal.
October 12th, 2009
1