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43/2015

Nombre del artculo: From genes to the protein structure and function: novel
applications of computational approaches in the genomic era

Genmica:
Es el conjunto de ciencias y tcnicas dedicadas al estudio integral del
funcionamiento, el contenido, la evolucin y el origen de los genomas. Es una de
las reas ms vanguardistas de la biologa. La genmica usa conocimientos
derivados de distintas ciencias como la biologa molecular, la bioqumica, la
informtica, la estadstica, las matemticas, la fsica, etc.
Muchas veces, la palabra genmica se usa como sinnimo de otras reas de
estudio relacionadas con las ciencias micas, como la protemica y la
transcriptmica, por ejemplo.

Cofactor:
Un cofactor es un componente no proteico, termoestable y de baja masa
molecular, necesaria para la accin de una enzima. El cofactor se une a una
estructura proteica, denominada apoenzima, y el complejo apoenzima-cofactor
recibe el nombre de holoenzima.
Aquellos cofactores que estn covalentemente unidos a la apoenzima son
denominados grupos prostticos, ya sean orgnicos (coenzimas) o inorgnicos.
Los cofactores son bsicamente de dos tipos, iones metlicos y molculas
orgnicas, denominadas coenzimas.

Subtilisina:

A subtilisina (serina endopeptidasa) es una proteasa (una enzima que realiza la


digestin de las protenas que inicialmente se obtuvo de la bacteria Bacillus
subtilis.
Pertenece al grupo de las Sern proteasas que inician el ataque nucleoflico en el
enlace peptdico (amida) mediante un residuo de serina en su centro activo. Son
enzimas bien caracterizadas tanto fsica como qumicamente. Tpicamente tienen
un peso molecular entre 20-45 K.. Se puede obtener a partir de bacterias del
suelo, por ejemplo de Bacillus amyloliquefaciens. Las subtilisinas son secretadas
en grandes cantidades por muchas especies del gnero Bacillus

Discusin

En la comprensin de las funciones de las protenas de un organismo a nivel


celular es una tarea complicada y al entrar en el campo de los genes en la
estructura de las protenas se acompleja ms.
Sin en cambio la clave para la comprensin de la secuenciacin genmica de la
vida, se basa en la lista de funciones de cada gen y protena en cada nivel.
Es importante denotar que los mtodos a base de secuenciacin para la
prediccin de funcin son inadecuados debido a la naturaleza multifuncional de
protenas, considerando que tambin conocer solo la estructura de la protena es
insuficiente para la prediccin de mltiples sitios funcionales.
Apuntando, la protena tiene muchas funciones en el organismo como enzimtica,
globular, hormonal, estructural y centrndose ms la protena interacta de
distintas formas con una gran cantidad de macromolculas, entonces para poder

realizar una completa caracterizacin de la funcin de la protena se ha utilizado la


secuencia de enfoques basados en la prediccin, funcin a funcin; de este
enfoque existen dos principales variaciones; la alineacin de secuencias y la
secuencia de mtodos. Ambas son muy importantes pero con el paso de la ciencia
se ha demostrado su limitacin. La extensin de dichos enfoques combina la
secuencia de la protena con la informacin de su estructura, se han reportado
exitosos algunos experimentos, sin embargo el mtodo aplica la informacin
estructural en un solo plano de una dimensin y como las protenas tienen una
compleja estructura tridimensional en algunos casos como las complejidades
especficas de las funciones que ganan y pierden las protenas con la evolucin,
simplemente no se pueden identificar con este mtodo.
Una de las alternativas para dicho problema es el identificar primeramente la
estructura de la protena de inters y despus denotar los residuos funcionales
con su estructura, con esto qumicamente se puede saber cmo la protena
funciona realmente; esto es conocido como uno de los objetivos de la genmica
estructural. Implcitamente, se supone con la investigacin que la estructura de la
protena proporciona detalles sobre su funcin, favoreciendo entonces los
objetivos de los proyectos de secuenciacin genmica. Sin embargo lo que se
necesita es analizar y predecir los aspectos multifuncionales que las protenas
presentan en un medio especfico para as reconocer los sitios activos y regiones
de las estructuras de las protenas.
Las molculas de enzimas contienen hendiduras o cavidades denominadas sitio
activo. El sitio activo est formado por las cadenas laterales de residuos
especficos, lo que ocasiona que tenga un arreglo tridimensional particular,
diferente al resto de la protena. Este sitio es afn por la estructura tridimensional
del sustrato
Si se identifican los principales residuos responsables de la actividad bioqumica
de la protena, se complementa la caracterizacin del sitio activo; Residuos
altamente detallados en la cadena lateral de los descriptores de los sitios activos

de serina proteasas y de protenas relacionadas se han utilizado para


determinarlos.
Otro problema presentado en la caracterizacin de los descriptores de los sitios
activos fue que requera la colocacin exacta de los atamos en la cavidad proteica
y las cadenas laterales, con esto se ha desarrollado diversos mtodos como la
FFF.
La FFF (disulfuro oxireductasa) se encarga de la identificacin precisa de las
protenas con el sitio activo. Hasta el momento el uso de la estructura para
identificar la funcin se ha centrado en las estructuras de alta resolucin que
revelan gran detalle de los descriptores de protenas en los sitios funcinales, lo
cual proporciona gran informacin para las investigaciones genmicas.

Conclusiones:

Es posible concluir que a pesar de la secuencia funcional de las protenas los


enfoques que se han basado en la prediccin han demostrado ser muy tiles; se
puede decir que un nuevo enfoque implica la secuencia estructural en funcin a un
paradigma, dichas estructuras pueden ser proporcionadas por los proyectos
acerca de la genmica estructural o estructura de algoritmos de prediccin.
Para la asignacin funcional se debe realizar mediante un examen de la estructura
resultante contra la informacin de los descriptores estructurales para la
identificacin de los sitios activos.
El mtodo detallado de los descriptores solo funcionaria en la determinacin
experimental de alta calidad estructural, sin embargo realmente los descriptores se
deben trabajar tanto en las estructuras experimentales como en los algoritmos de
prediccin. La importancia de toda la investigacin reside en la aplicacin de los
nuevos mtodos para la determinacin de las funciones que llevan a cabo las

protenas tomando como base su mismo genoma dado que el conocimiento de


este

tipo de cosas permitir el desarrollo y ampliacin de este campo en distintas reas


del conocimiento y an ms si la computacin permite un mejor entendimiento y
mejora estos mtodos para la comprensin de las funciones de las protenas
dentro de los organismos, ya que estas

pertenecen a mltiples deberes

importantes dentro del mismo como la participacin en reacciones bioqumicas,


estructura, comunicacin etc.