MODULO IX.

4.0 INTRODUCCIN A LA GENTICA DE PROCARIOTES

4.1. cidos nucleicos.
4.1.1. Composicin, estructura y funcin gentica.
4.2. Biologa molecular de genes procariontes.
4.2.1. Replicacin del ADN.
4.2.2. Transcripcin de la informacin gentica.
4. 2.3. Traduccin de la informacin gentica.
4.3. Mutacin y reparacin del ADN.
4.3.1. Espontanea e inducida.
4.3.2. Mecanismos de reparacin.

4.1. cidos nucleicos. 4.1.1. Composicin, estructura y funcin gentica.

1893-1900. Miesher, Wohler: Qumica y Estructura de las bases nitrogenadas.

http://chemistry.tutorvista.com/biochemistry/nucleic-acids.html

Antecedentes histricos

Nuclesidos y nuclotidos de los cidos nuclicos

Abreviatura

Base

Nuclesido

5Nucletido

cido
nuclico

2 Desoxiadenosina

dAMP

ADN

Adenosina

AMP

ARN

2 Desoxiguanosina

dGMP

ADN

Guanosina

GMP

ARN

2 Desoxicitidina

dCMP

ADN

Citidina

CMP

ARN

Adenina

Guanina

Citosina

Timina

2Desoxitimidina (timidina)

dTMP

ADN

Uracilo

Uridina

TMP

ARN

2desoxi guanosina monofosfato dAMP

2 ribo guanosina monofosfato AMP
http://chemistry.tutorvista.com/biochemistry/nucleic-acids.html

Antecedentes histricos

LA MOLCULA ENCARGADA DE LA INFORMACIN GENTICA. ADN o PROTENAS?

1923. Griffith . Experimento de

Transformacin. Factor transformante?

1944. O. Avery.McLeod, La informacin gentica

esta en el ADN (transformante) y no en una
protena.

1952. Hershey y Chase. Experimento con

fagos marcados.

http://www.visionlearning.com/en/library/Biology/2/DNA-I/149

Antecedentes del modelo Watson-Crick

Chargaff Erwin. 1952. Relacin de bases pricas y pirimdicas. A-T/ G-C

Estas observaciones, conocidas como las leyes de Chargaff, se basaron en sus estudios del DNA utilizando tcnicas recientes como la
cromatografa de papel y el espectrmetro ultravioleta.
Primera regla: en la molcula natural de DNA las cantidades de guanina igualan las cantidades de citocina, mientras que las cantidades de
adenina igualan las cantidades de timina. Esto llev a pensar en la estructura doble y complementaria del DNA.
Segunda regla: las cantidades de DNA varan de una especie a otra. Esto llev a pensar que el DNA, y no las protenas como se presuma,
era el portador de la herencia

Experimentos de (cristalografa) de difraccin con rayos X.

Antecedentes del modelo Watson-Crick

Rosalind Franklin y Maurice Wilkins. 1952

Las sustancias regulares como los cristales difractan los rayos X con un patrn caracterstico de acuerdo con su estructura fsica.
El experimento coloca una fibra (cristal) de ADN en la trayectoria de un haz de rayos X.
El patrn de difraccin se obtiene en pelculas colocadas a pocos centimetros del cristal.
El patrn de difraccin es bidimensional que muestra la simetra helicoidal de una molcula en lugar de una tridimensional como si
fuera una cristalografa de rayos X.
the molecule had a "helical shape" with repeating distances of 0.34 nm 2nm and 3.4 nm.
Se encontr un patrn que corresponde
a una estructura de dos cadenas de
forma helicoidales

El patrn en cruz es caracterstica de

una molcula helicoidal con
estructuras repetidas regulares.

periodicidad de
los repetidos

4 cuadrantes simtricos, los ejes

alineados al meridiano y los ejes
perpendiculares a la fibra de ADN se
denominan ecuador:
Tambin observaron que los patrones
coinciden y que el diametro de la helice
debera ser constante

La fotografa muestra el patrn de

difraccin de una fibra de una molcula
cristalizada de ADN.

El esqueleto de fosfato de la pentosa se encuentra hacia el exterior de la

helice y no hacia el interior como se pensaba. Llegaron a esta conclusin
porque trabajaron con las formas hidratadas y deshidrtadas A y B de DNA y
mostraron que el agua se puede unir ms facilmente al DNA, lo cual puede
ocurrir si el fosfato esta hacia afuera.
http://en.wikibooks.org/wiki/Structural_Biochemistry/Nucleic_Acid/DNA/Franklin's_DNA_X-ray_Crystallography

J.D.Watson and F.H.C. Crick. Molecular Structure of Nucleic Acids. Nature 171 (4358) ; 1953 (Apr,25): 737-738.

We wish to suggest a structure for the salt of deoxyribose nucleic acid (D.N.A.). This structure has novel features which are of considerable biological interest.
A structure for nucleic acid has already been proposed by Pauling and Corey (1). They kindly made their manuscript available to us in advance of publication. Their model consists of three intertwined chains, with the phosphates near the
fibre axis, and the bases on the outside. In our opinion, this structure is unsatisfactory for two reasons: (1) We believe that the material which gives the X-ray diagrams is the salt, not the free acid. Without the acidic hydrogen atoms it is
not clear what forces would hold the structure together, especially as the negatively charged phosphates near the axis will repel each other. (2) Some of the van der Waals distances appear to be too small.
Another three-chain structure has also been suggested by Fraser (in the press). In his model the phosphates are on the outside and the bases on the inside, linked together by hydrogen bonds. This structure as described is rather ill-defined,
and for this reason we shall not comment on it.
We wish to put forward a radically different structure for the salt of deoxyribose nucleic acid. This structure has two helical chains each coiled round the same axis (see diagram). We have made the usual chemical assumptions, namely,
that each chain consists of phosphate diester groups joining -D-deoxyribofuranose residues with 3',5' linkages. The two chains (but not their bases) are related by a dyad perpendicular to the fibre axis. Both chains follow right- handed
helices, but owing to the dyad the sequences of the atoms in the two chains run in opposite directions. Each chain loosely resembles Furberg's2 model No. 1; that is, the bases are on the inside of the helix and the phosphates on the outside.
The configuration of the sugar and the atoms near it is close to Furberg's 'standard configuration', the sugar being roughly perpendicular to the attached base. There is a residue on each every 3.4 A. in the z-direction. We have assumed an
angle of 36 between adjacent residues in the same chain, so that the structure repeats after 10 residues on each chain, that is, after 34 A. The distance of a phosphorus atom from the fibre axis is 10 A. As the phosphates are on the outside,
cations have easy access to them.
The structure is an open one, and its water content is rather high. At lower water contents we would expect the bases to tilt so that the structure could become more compact.
The novel feature of the structure is the manner in which the two chains are held together by the purine and pyrimidine bases. The planes of the bases are perpendicular to the fibre axis. The are joined together in pairs, a single base from
the other chain, so that the two lie side by side with identical z-co-ordinates. One of the pair must be a purine and the other a pyrimidine for bonding to occur. The hydrogen bonds are made as follows : purine position 1 to pyrimidine
position 1 ; purine position 6 to pyrimidine position 6.
If it is assumed that the bases only occur in the structure in the most plausible tautomeric forms (that is, with the keto rather than the enol configurations) it is found that only specific pairs of bases can bond together. These pairs are :
adenine (purine) with thymine (pyrimidine), and guanine (purine) with cytosine (pyrimidine).
In other words, if an adenine forms one member of a pair, on either chain, then on these assumptions the other member must be thymine ; similarly for guanine and cytosine. The sequence of bases on a single chain does not appear to be
restricted in any way. However, if only specific pairs of bases can be formed, it follows that if the sequence of bases on one chain is given, then the sequence on the other chain is automatically determined.

It has been found experimentally (3,4) that the ratio of the amounts of adenine to thymine, and the ration of guanine to cytosine, are always bery close to unity for deoxyribose nucleic acid.
It is probably impossible to build this structure with a ribose sugar in place of the deoxyribose, as the extra oxygen atom would make too close a van der Waals contact. The previously published X-ray data (5,6) on deoxyribose nucleic
acid are insufficient for a rigorous test of our structure. So far as we can tell, it is roughly compatible with the experimental data, but it must be regarded as unproved until it has been checked against more exact results. Some of these are
given in the following communications. We were not aware of the details of the results presented there when we devised our structure, which rests mainly though not entirely on published experimental data and stereochemical arguments.
It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.
Full details of the structure, including the conditions assumed in building it, together with a set of co-ordinates for the atoms, will be published elsewhere.
We are much indebted to Dr. Jerry Donohue for constant advice and criticism, especially on interatomic distances. We have also been stimulated by a knowledge of the general nature of the unpublished experimental results and ideas of
Dr. M. H. F. Wilkins, Dr. R. E. Franklin and their co-workers at King's College, London. One of us (J. D. W.) has been aided by a fellowship from the National Foundation for Infantile Paralysis.

J. D. WATSON F. H. C. CRICK
Medical Research Council Unit for the Study of Molecular Structure of Biological Systems, Cavendish Laboratory, Cambridge. April 2.
1. Pauling, L., and Corey, R. B., Nature, 171, 346 (1953); Proc. U.S. Nat. Acad. Sci., 39, 84 (1953).
2. Furberg, S., Acta Chem. Scand., 6, 634 (1952).
3. Chargaff, E., for references see Zamenhof, S., Brawerman, G., and Chargaff, E., Biochim. et Biophys. Acta, 9, 402 (1952).
4. Wyatt, G. R., J. Gen. Physiol., 36, 201 (1952).
5. Astbury, W. T., Symp. Soc. Exp. Biol. 1, Nucleic Acid, 66 (Camb. Univ. Press, 1947).
6. Wilkins, M. H. F., and Randall, J. T., Biochim. et Biophys. Acta, 10, 192 (1953).

EL MODELO DEL ADN DE WATSON Y CRICK.

J.D.Watson and F.H.C. Crick. Molecular Structure of Nucleic Acids. Nature 171 (4358) ; 1953 (Apr,25): 737-738.

Melting Temperature (Tm)

Tm es el punto medio de la transicin entre el estado
nativo y desnaturalizado de la molcula del DNA.
Depende en mucho de la proporcin de pares AT/GC

4.2. Biologa molecular de genes procariontes.4.2.1. Replicacin del ADN.

It has not escaped our notice that the specific pairing that we have postulated immediately
suggests a possible copying mechanism for the genetic material".
-- Nobel Laureates James Watson and Francis Crick, after solving the structure of DNA in 1953.
La replicacin del DNA es de tipo semiconservativa.
Cada una de las cadenas se usa como molde para copiar su informacin.
Existe un sistema que lleva a cabo el proceso de duplicacin o replicacin

Conservativa: podra mantener intacta la molcula de ADN original y

generar una completamente nueva.
Dispersiva: podra producir dos molculas de ADN con secciones de
ADN viejo (molde) y nuevo.
Semiconservativa: podra producir molculas con ADN hbrido (viejo y
nuevo) pero, cada molcula hbrida podra estar formada por una
cadena vieja y una nueva.

Experimento de Messelson y Stahl

James Cairns. Autoradiogramas del ADN en replicacin

E.coli en crecimiento exponencial. Pulsos de

timina marcada.
Lisis celular y obtencin de ADN.
Autorradiograma
Horquillas de replicacin, en ambas
direcciones.

4.2. Biologa molecular de genes. Replicacin del ADN

Replicacin in vitro. Arthur Kornberg Sr.

La replicacin como un proceso mediado por enzimas. DNA polimerasa.
Extractos crudos celulares de cultivos de E.coli , purificacin de protenas.
Primer ensayo para la sntesis de ADN.: El ADN es insoluble en TCA, los
nucletidos s. El ADN liberado puede separarse por centrifugacin. Se
pueden usar nuclotidos radiactivos. si ocurri la sntesis de ADN alguna
etiqueta de radioactividad ser incorporado en el ADN insoluble en TCA. Esto
provee evidencia de que algunos de los nucletidos etiquetados fueron
polimerizados en una nueva molcula de ADN. Este ensayo de sntesis de
ADN es muy fcil de ejecutar y as mismo es cuantitativo, lo cual significa que
proporciona valores muy confiables y reproducibles que pueden ser utilizados
para calcular cuanto ADN fue hecho y que tan rpido fue la sntesis.
1. Polimerizacin in vitro DNA con extracto celular (polimerasa) y citosina no
radiactiva.
2. Adicin de C radiactiva por periodos cortos, incorporacin y detienen la
reaccin.
3. Digestin del DNA con fosfodiesterasas 3y 5 periodos cortos, detiene la
reaccin.
4. Unicamente la fosfodiesterasa 3libera fragmentos radiactivos.
5. Polimerasa actua 5a 3

http://www.discoveryandinnovation.com/BIOL202/notes/lecture10.html

La maquinaria de replicacin en eucariontes es en general similar a la de E. coli

Funcin

E. coli

Eucariontes

Unin al origen

DnaA

ORC

Helicasa

DnaB

Mcm2-7

Prot. de unin a monocadenas

SSB

RP-A

Primasa

DnaG

primasa (Unida a Pol a)

Polimerasa 5-3

Pol III (a)

Pol d (Cad. Retrasada),

Pol a (Cad adealantda)

Pinza

Pol III (b)

PCNA

Cargador de pinza

Pol III (complejo g)

RF-C

Transferencia primasa

Pol III ()

a Pol III

Excisin primer RNA

Pol I

RNasaH1, FEN1/RTH1

Ligasa

ligasa

DNA ligasa I

El replisoma es un complejo
protenico codificado en al
ADN y cuya funcin
especfica es la replicacin
exacta del ADN y mantiene la
informacin gentica con el
menor nmero de cambios.

DNA polimerasas de mamiferos

Asociacin con primasa

>>> sintesis de 100-150 nt en
ambas cadenas

Interaccin con PCNA (pinza)

>>> elongacion cadena conductora

Las DNA polimerasas de E. coli

exonuclease 5: excision primer RNA

exonuclease 3: proofreading

Holoenzima DNA pol III

Holoenzima DNA polimerasa III de E. coli

Ncleo cataltico
10
25

Switch primer
RNA/ DNA

exo 3-5
(proofreading)

pol 5-3

pinza

130

Dimerizacin

Complejo g
(cargador de pinza o clamp loader)
600 kDa
10 polipptidos

Mecanismo de accin del cargador de pinza (clamp loader)

cargador de pinza
(complejo g)

pinza

DNA

ETAPA 1
- Formacin del complejo de preiniciacin:

complejo g + dimero b + DNA

- Hidrlisis de ATP >> energa para la unin del
dimero b al DNA

ATP >>> ADP +P

ncleo cataltico

ETAPA 2
- Cambio de conformacion del dimero b >>

afinidad por el nucleo catalitico (a, e y ZZ) de la

DNA pol >> acercamiento al DNA

La funcin de las topo isomerasas en la replicacin del DNA en procariontes

Durante la replicacin, la desnaturalizacin del duplex de DNA y la progresin de la horquilla de replicacin, producen cambios en
la topologa de las molculas de DNA, tales como super enrollamientos positivos y negativos, los cuales deben de ser eliminados
para que pueda progresar la maquinaria de replicacin.
Las topoisomerasas son las enzimas responsables de la relajacin del DNA
las toposiomerasas del tipo I relajan el DNA por el corte y la ulterior reparacin de una cadena del DNA duplex
las topoisomeras del tipo II cambian la topologa del DNA mediante la rotura y reparacin del DNA bicatenario

Las toposiomerasas del tipo I relajan el DNA por el corte y la ulterior reparacin de una cadena del DNA duplex
La topoisomerasa I de E. coli elimina superenrollamientos negativos
Importante para eliminar el superenrollamiento negativo producido por otra toposiomerasa ( topoisomerasa II ) y mantener la
densidad superhelicoidal del cromosoma
Mutaciones no letales
Regulacin de la transcripcin y reparacin DNA daado

Las topoisomeras del tipo II cambian la topologia del DNA mediante la rotura y reparacion del DNA
bicatenario
1) La DNA girasa (topo II) de E. coli
- 2 subunidades que se activan por hidrlisis del ATP
- esencial para el inicio y la realizacin de la replicacin:
- produce superenrollamientos negativos cerca del oriC, lo que permite la unin de la DnaA
- elimina el superenrollamiento positivo que se forma por delante de la horquilla

2) la Topo IV de E. coli es esencial para la terminacin de la replicacin: proceso de decatenation

DNA pol I: exonucleasa 5-3y polimerasa 5-3

nick

Primer RNA Cadena retrasada

5-----A-C-A-A U-A-G-C-A-U-A-C-T-T-A-A-C-T----3
3-----T-G-T-T-A-T-C-G-T-A-T-G-A-A-T-T-G-A----5

Elongacin 5-3

Cadena parental
5

exo 5-3: eliminacin de un nucletido en 5

5-----A-C-A-A
A-G-C-A-U-A-C-T-T-A-A-C-T----3
3-----T-G-T-T-A-T-C-G-T-A-T-G-A-A-T-T-G-A----5

pol 5-3: adicin de dNTP en 3

5-----A-C-A-A-T A-G-C-A-U-A-C-Y-T-A-A-C-T----3
3-----T-G-T-T-A-T-C-G-T-A-T-G-AA-T-T-G-A----5

exonucleasa 5-3: eliminacin de rNMP en 5

5-----A-C-A-A-T
G-C-A-U-A-C-T-T-A-A-C-T----3
3-----T-G-T-T-A-T-C-G-T-A-T-G-A-A-T-T-G-A----5

polimerasa 5-3: adicin de dNTP en 3

5-----A-C-A-A-T-A-G-C-A T-A-C-T-T-A-A-C-T----3
3-----T-G-T-T-A-T-C-G-T-A-T-G-A-A-T-T-G-A----5

P.

DNA ligasa: Cierra de manera covalente los cortes (nicks ) por que sella la unin de los fragmentos de
Okasaki ( unin de los fragmentos de Okazaki) en 4 etapas.
Okazaki 1
3

cadena
molde

Okazaki 2

1. Adenilacin de la ligasa.
2. Interaccin ligasa con 5-P del Okasaki 2
3. Ataque del 3-OH del Okazaki 1 sobre el 5-P del Okazaki 2
4. Enlace fosfodiester entre 3-OH del Okasaki 1 y 5-P del Okasaki. 2
5. Liberacin AMP y ligasa

Etapas de la replicacin del ADN procariote.

A. Formacin de la horquilla de replicacin.
Relacin entre el tiempo de incio y el rango de crecimiento.
Las cadenas deben separarse para que acten como molde.

1. Complejo de preiniciacin
a.- Complejo Abierto: 45, pb, ATP y dos protenas de unin a ADN: HU (tipo histona) y DnaA se unen a OriC
Locus OriC: 5 cajas DnaA (AT) , se une un multmero de 20 DnaA a expensas de ATP por HU
Protenas de unin a DNA de una cadena: SSB recubren las cadenas separadas evitan reasociacin
b.- Unin al DNA de Helicasa (DnaB): es transportada de un complejo DnaB : DnaC : ATP
Helicasa (DnaB): helicasa de la horquilla de replicacin, rompe puentes de hidrogeno entre los pares de bases, es procesiva, se une a la
cadena rezagada, se mueve 5- 3, desplazando el molde lider. Usa ATP .

DnaB
Se sintetiza como monmero y acta como dmero.
Se une a DNA de cadena sencilla.
Dependiente de la hidrlisis del ATP.
Polaridad 5-3

Helicasas
Catalizan el desenrrollamiento de las molculas de nucleicos (DNA o
RNA) de doble cadenaFacilitan varios procesos biologicos: replicacin, transcripcin,
recombinacin, reparacin.

2. Necesidad de la DNA girasa (topoisomerasa II)

A medida que avanza la helicasa DnaB, se introducen fuerzas de tensin
a la molcula de ADN.
S DNA E.coli replica 1000 nucleotidos / seg y hay 10.5 pb por vuelta, se
introduciran 95 super enrrollamientos por segundo
La girasa cambia los superenrrollamientos positivos a negativos a
expensas de ATP para liberar el estrs tensional
Tambin se requiere para formar la horquilla de replicacin

Protenas de unin a monocadenas (SSB): mantenimiento

de la conformacin optima del molde, impiden reasociacin.

- Unin de un monmero
a la cadena sencilla de
DNA
- Estabilizacin de la
cadena previamente
desenrollada por la DnaB
(helicasa)
- Prevencin de la
reformacin de los
enlaces hidrgenos entre
ambas cadenas

- Unin
cooperativa de
varias SSB
potencializacion
del efecto

CUERPO DE REPLICACIN
REPLISOMA
Burbuja de replicacin
(2 horquillas)
Proteina DnaG (= Primasa)
RNA polimerasa dep de DNA
sintetiza iniciador de RNA
parte del primosoma con DnaB

Prot. de unin a monocadenas (SSB)

- impiden reasociacin de las cadenas

B. REPLICACIN DEL DNA. FORMACIN DEL REPLISOMA.

Como se usan las dos cadenas como moldes para ser copiadas en la horquilla durante
la replicacin.?

Para el funcionamiento de las DNA polimerasas se requiere la participacin de una RNA

polimerasa o Primasa (DnaG).

Sintetiza un iniciador (primer) de RNA corto 5- 60 nucleotidos.

Las DNA polimerasas III, II y I, requieren 3 H libre, dNTPs, y la sntesis es de 5 a 3

S la horquilla de replicacin es un complejo cerrado y las cadenas son antiparalelas,

como puede moverse el replisoma en el mismo sentido?

Fragmentos de Okasaki. Sntesis discontinua del DNA

DNA pol III no solo alarga ambas cadenas sino que permanece en la horquilla de
replicacin.
Sintetiza el extremo 3que quedara ms alejado en fragmentos cortos de 1000
nucletidos
La cadena copiada en fragmentos cortos se llama retardada (lagging)
La cadena copiada en fragmentos largos se llama lider (leading)

C. TERMINACIN.
Regin de terminacin: locus con secuencias especficas Ter en seis
grupos Ter A,B,C,D,E y F.
Dos grupos A,D,E y C,B y F. Evitan la rotacin de la horquilla de replicacin
Proteina TUS (terminator utilization sustance) se une a grupos TER y desvia
la horquilla en un solo sentido
Se sugiere que inhibe a la helicasa

D. PARTICIN CROMOSMICA: Separacin y segregacin de los

cromosomas hijos.

Genmica, Transcriptmica y Protemica

Genmica

Protemica

Transcriptmica
en una ciencia como la Gentica no debera emplearse la palabra "dogma" ya que como acabamos de ver en muy
poco tiempo el fundamento central de la Biologa Molecular propuesto por Crick tuvo que ser modificado

http://pendientedemigracion.ucm.es/info/genetica/grupod/Transcripcion/Transcripcion.htm

Genmica, Transcriptmica y Protemica

Tres niveles bsicos de informacin biolgica:
Genoma: la informacin gentica comn a todas las clulas del organismo.
Transcriptoma: la parte del genoma que se expresa en una clula en una etapa especfica de su desarrollo.
Proteoma: las protenas que interactuan para dar a la clula su carcter individual.
Del GENOMA esttico, nico

al PROTEOMA dinmico, mltiple.

http://www.unavarra.es/genmic/docbiomica/transcriptomica.pdf

Un gen es la unidad bsica de la herencia, y porta la

informacin gentica necesaria para la sntesis de una
protena (genes codificantes) o de un ARN no
codificante (genes de ARN). Est formado por una
secuencia promotora, que regula su expresin, y una
secuencia que se transcribe, compuesta a su vez por:
secuencias UTR (regiones flanqueantes no
traducidas), necesarias para la traduccin y la
estabilidad del ARNm, exones (codificantes) e
intrones, que son secuencias de ADN no traducidas
situadas entre dos exones que sern eliminadas en el
procesamiento del ARNm.

http://www.revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/19283/27971

Estructura gnica eucariote

Los genes de las bacterias y de los organismos superiores se diferencian en su organizacin. El genoma bacteriano es muy pequeo y debe reducir la
informacin al mnimo posible. El genoma humano es tan amplio que se dice que solo el 10% posee genes, as que muchas regiones no codificantes
rodean a los genes e incluso estan dentro de ellos INTRONES) o sea son genes discontinuos poseen intrones y EXONES (regiones codificantes) que
luego se arreglan en el splicing.
https://genmolecular.files.wordpress.com/2007/12/geneucaconproteinaovoalbc3baminaefnuncoredu.jpg

Los genes de las bacterias y de los organismos superiores se diferencian en su organizacin. El genoma bacteriano es
muy pequeo y debe reducir la informacin al mnimo posible

2. Transcriptoma. Transcripcin de la informacin gentica en procariotes

Mecanismo mediante el cual una cadena de DNA es
utilizada como molde por RNA polimerasas especficas

para generar los tres tipos de RNA conocidos:

1. RNA Mensajero (mRNAs): Es una copia de la informacin
contenida en el DNA y a su vez es usada por la maquinaria de
traduccin para transformarla en una protena.
2. RNA de Transferencia (tRNAs): forma enlaces covalentes entre

aminocidos y reconoce las secuencias codificadas en los mRNAs y

permite la insercin correcta del aminocido permitiendo el
alargamiento del pptido.
3.RNA Ribosomal (rRNAs): molculas pequeas que se ensamblan
con numerosas protenas para dar lugar a los ribosomas. Reconocen el
mRNA forman los sitios de sntesis de protenas. Las protenas poseen

Genes de ARN. Adems de los genes codificantes de

protenas, el genoma contiene varios miles de genes ARN,
cuya transcripcin reproduce ARN de transferencia (ARNt),
ARN ribosmico (ARNr), microARN (miARN), u otros genes
ARN no codificantes. Los ARN ribosmico y de transferencia
son esenciales en la constitucin de los ribosomas y en la
traduccin de las protenas. Por su parte, los microARN tienen
gran importancia en la regulacin de la expresin gnica,
estimndose que hasta un 20-30% de los genes del genoma
humano puede estar regulado por el mecanismo de
interferencia por miARN. Hasta el momento se han
identificado ms de 300 genes de miARN y se estima que
pueden existir unos 500

actividad cataltica.

http://www.unavarra.es/genmic/docbiomica/transcriptomica.pdf

Transcripcin de la informacin gentica en procariotes

RNA.
Compuesto por nucletidos: gpo fosfato, ribosa y base nitrogenada.

Guanina (G), Citosina (C),Uracilo (U) y Adenina (A).

Existe complementaridad: U:T, G:C
Pueden presentarse estructuras secundarias.

BIOSNTESIS DE RNA: Se puede usar CUALQUIERA de las dos cadenas del DNA para
COPIAR SU INFORMACIN en una molcula de RNA mensajero.

La CADENA QUE SE COPIA se ha denominado de diversas maneras: CADENA MOLDE

(TEMPLATE), CADENA MENOS (-), SU SECUENCIA DE NUCLEOTIDOS ES

COMPLEMENTARIA AL RNAm.

La cadena que NO SE COPIA se conoce como: CODIFICANTE, NO MOLDE, POSITIVA

(+). Su secuencia es idntica a la del RNAm

El RNAm que se sintetiza y su secuencia de nucletidos es ANTIPARALELA a la cadena

MOLDE.

El extremo 3OH del RNAm es antiparalelo con el 5OH de la cadena molde.

LA RNA POLIMERASA Y EL PROMOTOR

Sintetiza los tres tipos de RNA en bacterias, los eucariotes tienen tres nucleares y una
mitocondrial.
GEN (CISTRON): Secuencia del DNA involucrada en la sntesis de una cadena
polipeptdica (regin codificante), incluye las regiones que preceden (promotores) a la regin
codificante y las posteriores (terminadores) (lider y atrasada; leader and trailer), as como que
las secuencias que separan (intrones) las secuencias codificantes (exones)
REGIONES PROMOTORAS DE LA TRANSCRIPCIN (SEALES PARA EL INICIO):
Secuencias de nucletidos cortas similares rio arriba (upstream), indican el inicio de la regin
codificante (downstream), -10 Pribnow box

Transcripcin de la informacin gentica en procariotes

Todas son dependientes de DNA
Procariotes: la sntesis de RNA depende de la actividad de una sola RNA polimerasa.
Eucariotes existen tres diferentes RNA polimerasas: RNA polimerasa (pol) I, II y III.

Cada polimerasa es responsable de la sntesis de tipo de RNA.

RNA pol I sintetiza rRNA synthesis (excluyendo 5S rRNA). 28S, 5S 5.8S.
RNA pol II sintetiza mRNAs y algunos RNAs nucleares (snRNAs) invoucrados en el
proceso de RNA splicing.
RNA pol III sintetiza tRNAs, the 5S rRNA y algunos snRNAs.

RNA polimerasas de Eubacterias

Subunidad

Gen

rpoA

Masa
(daltons)
40,000

rpoB

Nmero Localizacin
2

Ncleo

150,000

Ncleo

rpoC

160,000

Ncleo

rpoD

32
92,000

Holoenzima

Posibles
funciones
Ensamble del
complejo
Unin de
nucletidos
Unin DNA
molde
Unin al
promotor

E.coli posee varios factores sigma que reconocen promotores con diferentes secuencias consenso

Gen

Masa

Uso

Secuencia -35

Separacin

Secuencia -10

rpoD

70,000

General

TTGACA

16-18 pb

TATAAT

rpoH

32,000

Choque Trmico

CCCTTGAA

13-15 pb

CCCGATNT

rpoN

54,000

Met. Nitrgeno

CTGGNA

6 pb

TTGCA

fliA

28,000

Flagelar

CTAAA

15 pb

GCCGATAA

El factor sigma reconoce las secuencias de nucletidos en la regin promotora.

Cuatro regiones conservadas en todos.
Regiones 2 y 4 reconocen las cajas 10 y 35 del promotor.
Otra parte de la regin 2 tiene actividad desnaturalizante de DNA.
Regiones 361-390 necesarios para unirse a las otras subunidades.
El extremo N terminal evita que se una a DNA en ausencia del ncleo de la enzima.

Aminoacidos especficos en la
alfa helice del factor sigma
interactan en las regiones
promotoras.

ETAPAS DE LA TRANSCRIPCIN.

I. INICIACIN.
a. Formacin del Complejo Cerrado:
(DNA duplex/RNA pol)
b. Formacin del Complejo Abierto. No
requiere helicasa o una nucleotido
trifosfatasa. Superenrrolamiento
negativo lo favorece
c. Unin de los ribonucletidos de
iniciacin: En +1, con ATP o GTP
cuyo 3OH ribosa libre, lo usa el
nucletido siguiente.
El nuevo RNA sintetizado tiene un
trifosfatoen suextremo 5. Se
libera sigma

II. ALARGAMIENTO
Despus de aprox 12 nucleotidos.
La polimerasa se mueve hacia delante formando la burbuja de replicacin de 18 pb.
Se forma un hibrido transitorio RNA / DNA que favorece la unin de la enzima al DNA.
Rango de alargamiento en E.coli 40-.50 nucleotidos / seg.
Corresponde con el rango de sntesis de protenas. El rango de aminocidos adicionados
es 16 / seg.
El mensajero debe moverse en los ribosomas: 48 nucleotidos (16 codones) / seg
La posicin de la Polimerasa determina cual cadena acta como molde.

II. ALARGAMIENTO

RNA polimerasa adiciona 50 bases / seg

no tiene actividad de nucleasa, si
presenta errores no los corrige.
1/ 10000-100000, no heredables

1.

II. TERMINACIN.

Terminacin dependiente de secuencias terminadoras.

Aprox 40 pb en el molde, segmento rico en G-C seguido por 6 mas As.
Las secuencias correspondientes en RNA son capaces de formar una estructura
secundaria consigo mismas.
Origina una seccin tipo rizo o bucle. Hairpin loop. Seguido de un poli Us
Esta estructura sirve como terminador y disocia RNApol-DNA.

2. Terminacin dependiente de rho.

RNA sin seales de terminacin

Actividad de ATPasa, hexmero

Se une a RNA naciente en sitio

especfico rut . Rio arriba (5) del

sitio de pausa de la polimerasa

Hacia la burbuja de transcripcin.

Disocia el complejo RNA
polimerasa-DNA.

Los mRNA policistrnicos presentan varias secuencias Shine-Dalgarno

Una secuencia en el rRNA 16S es complementario a la secuencia Shine-Dalgarno.

IV. PROCESAMIENTO DEL RNA DE TRANSFERENCIA Y RIBOSOMAL.

RNA RIBOSMICO.
E. coli 7 genes 30S: RNAr 16S, 23S, 5S y uno o ms RNAt.
5 16S-tRNAIle-tRNAAla-23S-5S-tRNAAsp-tRNATrp 3
Despus de metilarse, se rompe en transcritos rRNAs 17S,25S, y 5S y tRNAs correspondientes.
RNA DE TRANSFERENCIA.
El transcrito primario es procesado removiendo los extremos 3y 5por actividad de RNasaP y una
endonucleasa.
Rnasa: ribonucleoprotena donde el RNA presenta ACTIVIDAD CATALITICA.
RIBOZIMA otro ejemplo: peptidil transferasa.
3 una pieza es removida por una endonucleasa y despus una RNAasa D que genera un extremo 3maduro

Metilacin

Hidrlisis

17S

tRNA17
S

Nucleasa
16S

25S

5S

Nucleasa
23S

V. FACTORES (EFECTORES) DE TRANSCRIPCIN.

INICIO : PROTENAS DE UNIN A SECUENCIAS ESPECFICAS EN EL ADN. Ejemplos.
POSITIVOS. FAVORECEN O PROMUEVEN; NEGATIVOS: EVITAN LA TRANSCRIPCIN
PRESENTAN MOTIVOS HELICE-VUELTA HELICE

ALARGAMIENTO: ATENUACIN POR SECUENCIAS EN EL TRANSCRITO 1. OPERON

TRIPTOFANO

Traduccin de la Informacin Gentica. Cdigo gentico y Sntesis de Protenas

La informacin ordenada en genes, contenida en el DNA como una secuencia de

desoxinucleotidos se transcribe a una molcula de RNA mensajero que tambin es una

secuencia de nucletidos.
Si las protenas son, en su estructura primaria, una secuencia de aminocidos y se sintetizan a
partir de la expresin de la informacin gentica.

Cual es el mecanismo mediante el cual se lleva a cabo la traduccin de un tipo de

informacin molecular en otra?
Bsqueda de un cdigo en el cual se encontraran las letras que se traduciran en
palabras

S. Ochoa, Khorana, M.Nirenberg: UUU= fenilalanina

Preparacin de mRNA sintticos de secuencia conocida.

La informacin contenida en el mRNA consta de letras en forma de un codn que equivale
a un triplete de nucletidos.

Porqu tres y no dos o uno?: VR4,3= 43 = 64 codones, s son 20 aminoacidos?

El Cdigo Gentico
Esta compuesto de tripletes de nucletidos que forman un codn en el mRNA y
especifican un aminocido.
No esta traslapado. Los codones se leen de manera sucesiva, cada nucletido es parte
solo de un codn.
No es ambiguo. Cada codn especifica para un aminoacido y solo para uno: ACG=
treonina y solo treonina.
Es degenerado: en contraste cada aminoacido puede estar codificado por ms de un
codn.
Es universal: Casi todos los organismos (bacterias a humanos) usamn el mismo cdigo
gentico, excepciones DNA mitocondrial y algunos protozoarios.

theredfoxatethehotdog
the red fox ate the hot dog

t her edf oxa tet heh otd og

th ere dfo xat eth eho tdo g

El Cdigo Gentico

TRADUCCIN DE LA INFORMACIN GENTICA. SNTESIS DE PROTENAS.

LA MAQUINARIA DE LA TRADUCCIN GENTICA. LOS RIBOSOMAS y tRNAs

TRADUCCIN DE LA INFORMACIN GENTICA. SNTESIS DE PROTENAS.

LA MAQUINARIA DE LA TRADUCCIN GENTICA. LOS RIBOSOMAS y tRNAs

Cargando el tRNA. Formacin del aminoacil-tRNA

20 aminoacil tRNA sintetasas, el nmero de tRNAs pueden ser ms de 20.
Reconocen aminocidos y tRNAs (anticodn)
En dos etapas: aa / ATP= aminoacil AMP, ataque al OH de la ribosa 3tRNA, tambin 2OH
Dos tipos de sintetasas: I /2H, II /3H
Clase I requiere una reaccin de transesterificacin.

Formacin de fMet-tRNA fMet iniciador.en procariotes es formil metionina.

Met + un iniciador especial tRNAfMet con la misma sintetasa que carga Met para secuencias internas.
tRNA metionil transformilasa transfiere un grupo formilo del N10 tetrahidrofolato
La transformilasa es capaz de distinguir ente tRNAfMet y tRNAMet

ETAPAS DE LA SNTESIS DE
PROTENAS
1.INICIO: Complejo de
preiniciacin.
Unin de IF1, IF2, e IF3 a la
subunidad 30S Junto con fMet-tRNAMet
(anticodon)
Se unen al mRNA guiados por la
regin Shine-Dalgarno. Se localiza el
codn AUG
Se agrega 50S por la hidrlisis de
GTP-IF2 y se libera IF-1, IF-3.
El iniciador fMet-tRNAMet se coloca
en el sitio P y queda libre el sitio A para
el siguiente aminoacil-tRNA.
Los largos mRNAs de los operones
bacterianos presentan multiples
secuencias Shine-Dalgarno internas
cerca de cada del codn de inicio para
cada protena
Ya que una subunidad ribosmica
puede unirse a cada regin ShineDalgarno, puede ocurrir la sntesis de
diferentes protenas independiente y
simultaneamente de los multiples stios
de unin en los mRNAs policistrnicos.
Shine, J. and Dalgarno, L. (1974) The 3'-terminal sequence of Escherichia coli 16S ribosomal RNA:
Complementarity to nonsense triplets and ribosome binding sites. Proc. Natl. Acad. Sci. US

2.- ALARGAMIENTO Y TERMINACIN.

Codn de iniciacin.
Unin del aminoacil tRNA al sitio A: complejo EF-Tu-GTP . Hidrlisis GTP libera EF Tu de A.

Ts desplaza a Tu, libera GDP, GTP desplaza Ts e incorpora Tu.

b.- Formacin del enlace peptdico.

Ribozima: Peptidil transferasa = RNA 23 S en 50S catalza el desplazamiento del tRNA al
sitio P va grupo amino del aminocido entrante.
La cadena polipeptdica se desplaza de P a A

c. Translocacin.
El ribosoma se mueve un codn hacia 3cuando tRNA se libera del sitio P y deja libre A para el
prximo a.a.
SE requiere EF-G y GTP.

d. Terminacin

Un codn de terminacin en sitio A.

Factor de liberacin RF se une al codn de

terminacin.
RF Estimula a la peptidil transferasa que
hidroliza la unin entre el pptido y el tRNA
en sitio P.
Se disocin los ribosomas, se libera el
pptido.
Unin de IF-3 para evitar reasociacin.