Anda di halaman 1dari 75

Sintesis Protein

KRT-2011

PROTEIN SYNTHESIS

KRT-2011

Protein
Protein
tersusun atas
satuan yang
berupa asam
amino. Jumlah
asam amino
yang umum
terdapat pada
jasad hidup ada
20 macam.
KRT-2011

Protein
Satu asam amino terdiri
atas satu gugus amino,
satu gugus karboksil,
satu atom hidrogen,
dan satu rantai
samping yang terikat
pada atom karbon.
Susunan tetrahedral
keempat gugus
tersebut menentukan
aktivitas optik asam
amino sehingga ada
dua bentuk isomer yaitu
L-isomer dan D-isomer.
KRT-2011

Struktur protein
Dapat dibedakan dalam empat aras (level).
Struktur primer menyatakan susunan linear asam-asam
amino sepanjang rantai polipeptida.
Struktur sekunder menggambarkan pola pelipatan (folding)
bagian-bagian polipeptida ke dalam struktur yang teratur,
misalnya heliks dan lembaran terlipat- ( pleated sheet).
Struktur tersier menggambarkan pelipatan bagian-bagian
antara heliks- dan lembaran- serta semua interaksi
nonkovalen yang menyebabkan terjadinya pelipatan yang
sesuai pada suatu rantai polipeptida. lnteraksi nonkovalen
tersebut antara lain ikatan hidrogen, ikatan hidrofobik, dan
interaksi van der Waals.
Struktur kuaterner, menunjukkan interaksi nonkovalen yang
mengikat beberapa rantai polipeptida ke dalam satu molekul
tunggal protein, misalnya hemoglobin.

KRT-2011

KRT-2011

Protein
Molekul yg sangat vital untuk
organisme terdapt di semua
sel
Polimer disusun oleh 20 mcm
asam amino standar
Rantai asam amino dihubungkan
dg iktn kovalen yg spesifik
Struktur & fungsi ditentukan oleh
kombinasi, jumlah dan urutan
asam amino
Sifat fisik dan kimiawi
dipengaruhi oleh asam amino
penyusunnya
KRT-2011

Fungsi Protein

Reaksi kimia enzymes


Immune system antibodies
Mechanical structure tendons
Generation of force muscles
Nerve conduction ion channels
Vision eye lens
. . . and much more!
KRT-2011

Fungsi Protein
Sebagai enzim
Hampir semua reaksi biologis dipercepat atau
dibantu oleh suatu senyawa makromolekul
spesifik yang disebut enzim, dari reaksi yang
sangat sederhana seperti reaksi transportasi
karbon dioksida sampai yang sangat rumit
seperti replikasi kromosom. Protein besar
peranannya terhadap perubahan-perubahan
kimia dalam sistem biologis.
KRT-2011

Alat pengangkut dan penyimpan


Banyak molekul dengan MB kecil serta
beberapa ion dapat diangkut atau dipindahkan
oleh protein-protein tertentu. Misalnya
hemoglobin mengangkut oksigen dalam eritrosit,
sedangkan mioglobin mengangkut oksigen
dalam otot.
Pengatur pergerakan
Protein merupakan komponen utama daging,
gerakan otot terjadi karena adanya dua molekul
protein yang saling bergeseran.
KRT-2011

10

Penunjang mekanis
Kekuatan dan daya tahan robek kulit dan tulang
disebabkan adanya kolagen, suatu protein
berbentuk bulat panjang dan mudah membentuk
serabut.
Pertahanan tubuh atau imunisasi
Pertahanan tubuh biasanya dalam bentuk
antibodi, yaitu suatu protein khusus yang dapat
mengenal dan menempel atau mengikat bendabenda asing yang masuk ke dalam tubuh seperti
virus, bakteri, dan sel-sel asing lain.

KRT-2011

11

Media perambatan impuls syaraf


Protein yang mempunyai fungsi ini biasanya
berbentuk reseptor, misalnya rodopsin, suatu
protein yang bertindak sebagai reseptor
penerima warna atau cahaya pada sel-sel mata.
Pengendalian pertumbuhan
Protein ini bekerja sebagai reseptor (dalam
bakteri) yang dapat mempengaruhi fungsi
bagian-bagian DNA yang mengatur sifat dan
karakter bahan

KRT-2011

12

Sifat-sifat fisikokimia protein


Sifat fisikokimia setiap protein tidak sama,
tergantung pada jumlah dan jenis asam
aminonya.
Berat molekul protein sangat besar
Ada protein yang larut dalam air, ada pula
yang tidak dapat larut dalam air, tetapi
semua protein tidak larut dalam pelarut
lemak.
KRT-2011

13

Bila dalam suatu larutan protein


ditambahkan garam, daya larut protein
akan berkurang, akibatnya protein akan
terisah sebagai endapan. Peristiwa
pemisahan protein ini disebut salting out.
Apabila protein dipanaskan atau
ditambahkan alkohol maka protein akan
menggumpal.
Protein dapat bereaksi dengan asam dan
basa
KRT-2011

14

Initiation of protein synthesis

Each ribosome has three binding sites for tRNAs;


an A site where the incoming aminoacyl-tRNA
binds, a P site where the tRNA linked to the
growing polypeptide chain is bound, and an E site
which binds tRNA prior to its release from the
ribosome.
Translation in prokaryotes begins by the formation
of a 30S initiation complex between the 30S
ribosomal subunit, mRNA, initiation factors and
fMet tRNAf Met
The 30S subunit binds to the ShineDalgarno
sequence which lies 5 to the AUG Start codon and
is complementary to the 16S rRNA of the small
ribosomal subunit. The ribosome then moves in a
3 direction along the mRNA until it encounters the
AUG codon.
The 50S ribosomal subunit now binds to the 30S
initiation complex to form the 70S initiation
complex. In this complex, the anticodon of the fMet
tRNAf Met is base paired to the AUG initiation
codon (start codon) in the P site.
KRT-2011

15

Elongation

The elongation cycle consists of three steps:


aminoacyl-tRNA binding, peptide bond
formation, and translocation.
In the first step, the aminoacyl-tRNA
corresponding to the second codon binds to the
A site on the ribosome as an aminoacyltRNA/EF-Tu/GTP complex.
After binding, the GTP is hydrolyzed and EFTu/GDP is released.
The EF-Tu is regenerated via the EF-TuEF-Ts
exchange cycle.
Peptide bond formation is catalyzed by peptidyl
transferase between the C-terminus of the
amino acyl moiety in the P site and the amino
group of the aminoacyl-tRNA in the A site.
In the final (translocation) step, EF-G/GTP
binds to the ribosome, the deacylated tRNA
moves from the P site to the E site, the
dipeptidyl-tRNA in the A site moves to the P
site, and the ribosome moves along the mRNA
to place the next codon in the A site.
The GTP is hydrolyzed to GDP and inorganic
phosphate.
When the next aminoacyl-tRNA binds to the A
site in the next round of elongation, the
deacylated tRNA is released from
the E site
KRT-2011

16

Termination
The appearance of a UAA or UAG
termination (stop) codon in the A
site causes release factor RF1 to
bind whereas RF2 recognizes UGA.
RF3 assists RF1 and RF2.
The release factors trigger peptidyl
transferase to transfer the
polypeptide to a water molecule
instead of to aminoacyl-tRNA.
The polypeptide, mRNA, and free
tRNA leave the ribosome and the
ribosome dissociates into its
subunits ready to begin a new
round of translation
KRT-2011

17

PROTEIN TARGETING
Both in prokaryotes and eukaryotes, newly
synthesized proteins must be delivered to
a specific subcellular location or exported
from the cell for correct activity.
This phenomenon is called protein
targeting.

KRT-2011

18

Secretory proteins

Secretory proteins have an N-terminal signal peptide which targets


the protein to be synthesized on the rough endoplasmic reticulum
(RER).
During synthesis it is translocated through the RER membrane into
the lumen.
Vesicles then bud off from the RER and carry the protein to the
Golgi complex, where it becomes glycosylated. Other vesicles then
carry it to the plasma membrane.
Fusion of these transport vesicles with the plasma membrane then
releases the protein to the cell exterior.

KRT-2011

19

Plasma membrane proteins


are also synthesized on the
RER but become inserted
into the RER membrane (and
hence ultimately the plasma
membrane) rather than being
released into the RER lumen.
The plasma membrane
protein may pass once
through the plasma
membrane (Type I and Type
II integral membrane
proteins) or may loop back
and forth, passing through
many times (Type III integral
membrane protein).
The orientation of the protein
in the membrane is
determined by topogenic
sequences within the
polypeptide chain.

Plasma membrane
proteins

KRT-2011

20

Type I proteins have a cleaved N-terminal signal sequence and a


hydrophobic stop-transfer sequence, Type II have an uncleaved Nterminal signal sequence that doubles as the membrane-anchoring
sequence, and Type III have multiple signal sequences and stoptransfer sequences.
Proteins destined to be anchored in the membrane by a glycosylphosphatidylinositol (GPI) structure have both a cleaved N-terminal
signal sequence and a C-terminal hydrophobic sequence that
directs addition of the preformed GPI anchor.

KRT-2011

21

Proteins of the endoplasmic


reticulum
Proteins destined for the

RER have an N-terminal


signal peptide, are
synthesized on the RER,
are translocated into the
RER lumen or inserted
into the RER membrane.
C-terminal amino acid
sequences (KDEL in
soluble RER lumen
proteins, KKXX in type I
integral membrane
proteins) are recognized
by specific receptor
proteins and retain the
KRT-2011
proteins in the ER

22

Lysosomal proteins
Lysosomal proteins are targeted to the lysosomes via
the addition of a mannose 6-phosphate signal that is
added in the cis-compartment of the Golgi and is
recognized by a receptor protein in the transcompartment of the Golgi.
The protein is then transported by specialized vesicles
to a late endosome that later matures into a lysosome.
The mannose 6-phosphate receptor recycles back to
the Golgi for re-use.

KRT-2011

23

Mitochondrial and chloroplast


proteins
Most mitochondria and
chloroplast proteins are made

on free cytosolic ribosomes,


released into the cytosol and
then taken up into the
organelle.
Uptake into the mitochondrial
matrix requires a matrixtargeting sequence and occurs
at sites where the outer and
inner mitochondrial
membranes come into contact.
The process is mediated by
hsp70 and hsp60 proteins and
requires both ATP hydrolysis
and an electrochemical
gradient across the inner
mitochondrial membrane.
Targeting of proteins to other
compartments of mitochondria
or chloroplasts requires two
signals.

KRT-2011

24

Nuclear proteins
Proteins destined for import into the
nucleus typically require a nuclear
localization signal, four to eight amino
acids long, located internally in the
protein.
Uptake occurs via nuclear pores and
requires ATP hydrolysis.

KRT-2011

25

Review : Replication

The DNA double helix acts as a template for its own


duplication. Because the nucleotide A will pair successfully only
with I and G only with C, each strand of DNA can serve as a
template to specify the sequence of nucleotides in its
complementary strand by DNA basepairing. In this way, a
double-helical DNA molecule can be copied precise
KRT-2011

26

Review :
Replication

The chemistry of DNA


synthesis. The addition of
a deoxyribonucleotide to
the 3' end of a
polynucleotide chain (the
primer strand) is the
fundamental reaction by
which DNA is
synthesized. As shown,
base-pairing between an
incoming
deoxyribonucleoside
triphosphate and an
existing strand of DNA
(the template strand)
guides the formation of
the new strand of DNA
and causes it to have a
complementary nucleotide
sequence.

KRT-2011

27

Review : Replication
The semiconservative
nature of DNA
replication. In a round
of replication, each of
the two strands of
DNA is used as a
template for the
formation of a
complementary DNA
strand. The original
strands therefore
remain intact through
many cell generations
KRT-2011

28

The structure of a DNA replication fork. Because both


daughter DNA strands are polymerized in the 5 to
3'direction, the DNA synthesized on the lagging
strand must be made initially as a series of short
DNA molecules, called Okazaki fragments. On the
lagging strand, the Okazaki fragments are synthesized
sequentially, with those nearest the fork being the
most recently made.
KRT-2011

29

The synthesis of one of


many DNA fragments on
the lagging strand. In
eucaryotes, RNA primers
are made at intervals
spaced by about 200
nucleotides on the lagging
strand, and each RNA
primer is approximately 10
nucleotides long.
This primer is erased by a
special DNA repair enzyme
(an RNAse H) that
recognizes an RNA strand
in an RNA/DNA helix and
fragments it; this leaves
gaps that are filled in by
DNA polymerase and DNA
liqase
KRT-2011

30

FROM DNA TO
RNA
Transcription and translation are
the means by which cells read out,
or express, the genetic instructions
in their genes.
Because many identical RNA
copies can be made from the same
gene, and each RNA molecule can
direct the synthesis of many
identical protein molecules, cells
can synthesize a large amount of
protein rapidly when necessary.
But each gene can also be
transcribed and translated with a
different efficiency, allowing the cell
to make vast quantities of some
proteins and tiny quantities of
others
KRT-2011

ThepathwayfromDNAtoprotein.
Theflowofgeneticinformationfrom
DNAtoRNA(transcription)andfrom
RNAtoprotein(translation)occursin
alllivingcells

31

How Cells Read the Genome:


From DNA to Protein
Genes can be
expressed
with different
efficiencies.
In this
example,
gene A is
transcribed
and
translated
much more
efficiently
than gene B.
This allows
the amount of
protein A in
the cell to be
much greater
than that of
protein B.

KRT-2011

32

Portions of DNA Sequence Are Transcribed


into RNA (transcription.)
The first step a cell takes
in reading out a needed
part of its genetic
instructions is to copy a
particular portion of its
DNA nucleotide
sequencea geneinto
an RNA nucleotide
sequence.
The information in RNA,
although copied into
another chemical form, is
still written in essentially
the same language as it is
in DNAthe language of
a nucleotide sequence
KRT-2011

33

Struktur
RNA

RNA can fold into specific structures. RNA is largely single-stranded, but it
often contains short stretches of nucleotides that can form conventional
base pairs with complementary sequences found elsewhere on the same
molecule. These interactions, along with additional nonconventional basepair interactions, allow an RNA molecule to fold into a three-dimensional
structure that is determined by its sequence of nucleotides. <AATC> (A)
Diagram of a folded RNA structure showing only conventional base-pair
interactions. (B) Structure with both conventional (red) and nonconventional
(green) base-pair interactions. (C) Structure of an actual RNA, a portion of a
group I intron. Each conventional base-pair interaction is indicated by a
rung in the double helix. Bases in other configurations are indicated by
broken rungs.
KRT-2011
34

Review : Transcription

KRT-2011

35

Before the synthesis of a particular protein can begin,


the corresponding mRNA molecule must be produced
by transcription. Bacteria contain a single type of RNA
polymerase (the enzyme that carries out the
transcription of DNA into RNA).
An mRNA molecule is produced when this enzyme
initiates transcription at a promoter, synthesizes the
RNA by chain elongation, stops transcription at a
terminator, and releases both the DNA template and
the completed mRNA molecule.
In eucaryotic cells, the process of transcription is much
more complex, and there are three RNA polymerases
polymerase I, II, and IIIthat are related evolutionarily
to one another and to the bacterial polymerase.
KRT-2011

36

FROM RNA TO PROTEIN


An mRNA Sequence Is Decoded in Sets of
Three Nucleotides
Once an mRNA has been produced by
transcription and processing, the information
present in its nucleotide sequence is used to
synthesize a protein.
Transcription is simple to understand as a
means of information transfer: since DNA and
RNA are chemically and structurally similar,
the DNA can act as a direct template for the
synthesis of RNA by complementary basepairing.
KRT-2011

37

Genetic code
In contrast, the conversion of the information in RNA
into protein represents a translation of the information
into another language that uses quite different
symbols.
Moreover, since there are only 4 different nucleotides
in mRNA and 20 different types of amino acids in a
protein, this translation cannot be accounted for by a
direct one-to-one correspondence between a
nucleotide in RNA and an amino acid in protein.
The nucleotide sequence of a gene, through the
intermediary of mRNA, is translated into the amino
acid sequence of a protein by rules that are known as
the genetic code
KRT-2011

38

Genetic code

Any series of three bases (or nucleotides) in the DNAprescribes for


an amino acid in the protein chain, or gives a stop transcribing
signal. The bases are always read from left to right. The chain
usually starts with ATG or methionine (Met). Abbreviations used: A,
adenine; G, guanine; C, cytosine; T, thymine (or U, uracil in RNA).
Ala, alanine; Arg, arginine; Asn, asparagine; Asp, aspartic acid; Cys,
cysteine; Gln, glutamine; Glu, glutamic acid; Gly, glycine; His,
histidine; Ile, isoleucine; Leu, leucine; Lys, lysine; Met, methionine;
Phe, phenylalanine; Pro, proline; Ser, serine; Thr, threonine; Trp,
tryptophan; Tyr, tyrosine; Val, valine
KRT-2011

39

Kode genetik
Di alam ada 20 macam asam amino yang umum
terdapat di dalam struktur polipeptida jasad hidup.
Masing-masing asam amino mempunyai kodon yang
spesifik sedangkan nukleotida hanya ada 4 macam yaitu
A, U, G, dan C (Tabel1 2.2).
Jika suatu kodon hanya terdiri atas dua nukleotida maka
hanya akan ada 42 = 16 asam amino, tetapi apabila
kodon disusun oleh 3 nukleotida maka akan diperoleh
43 (= 64) asam amino. S
Sedangkan jumlah asam amino yang umum diketahui
ada pada jasad hidup hanya 20 macam.
Beberapa kodon diketahui mengkode asam amino yang
sama. Fenomena ini dikenal sebagai genetic code
redundancy (degeneracy)
KRT-2011

40

Tranlasi
Translasi adalah proses penerjemah urutan
nucleotida yang ada pada molekul mRNA menjadi
rangkaian asam-asam amino yang menyusun
suatu polipeptida atau protein.
Hanya molekul mRNA yang ditranslasi,
sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi.
Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan)
urutan DNA yang menyusun suatu gen dalam
bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca
terbuka)
Molekul rRNA adalah salah satu molekul
penyusun ribosom, yakni organel tempat
berlangsungnya sintesis protein,
tRNA adalah pembawa asam-asam amino yang
akan disambungkan menjadi rantai polipeptida
KRT-2011

41

The three possible


reading frames in
protein synthesis.
In the process of
translating a nucleotide
sequence (blue) into an
amino acid sequence
(red), the sequence of
nucleotides in an mRNA
molecule is read from
the 5 end to the 3 end
in consecutive sets of
three nucleotides.
In principle, therefore,
the same RNA
sequence can specify
three completely
different amino acid
sequences, depending
on the reading frame. In
reality, however, only
one of these reading
frames contains the
actual message.

Reading frames

Suatu ORF dicirikan oleh: (1) kodon inisiasi translasi, yaitu


urutan ORF ATG (pada DNA) atau AUG (pada mRNA), (2)
serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak
kodon, dan (3) kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA
pada mRNA). TAG (UAG pada mRNA) atau TGA (UGA
pada mRNA)

KRT-2011

42

Kodon (kode genetik)

Kodon (kode genetik) adalah urutan


nukleotida yangterdiri atas 3 nukleotida
yanq berurutan (sehingga sering
disebut sebagai triplet codon, yang
menyandi suatu kodon asam amino
tertentu, misalnya urutan ATG (AUG
pada mRNA) mengkode asam amino
metionin,
Kodon inisiasi translasi merupakan
kodon untuk asam amino metionin
yang mengawali struktur suatu
polipeptida (protein). Pada prokaryot,
asam amino awal tidak berupa metionin
tetapi formil metionin (fMet).
KRT-2011

Wobblebasepairingbetweencodonsand
anticodons.Ifthenucleotidelistedinthefirst
columnispresentatthethird,orwobble,
positionofthecodon,itcanbasepairwithany
ofthenucleotideslistedinthesecondcolumn.
Thus,forexample,wheninosine(I)ispresentin
thewobblepositionofthetRNAanticodon,the
tRNAcanrecognizeanyoneofthreedifferent
codonsinbacteriaandeitheroftwocodonsin
eucaryotes.TheinosineintRNAsisformedfrom
thedeaminationofguanine(seeFigure655),a
chemicalmodificationthattakesplaceafterthe
tRNAhasbeensynthesized

43

Dalam proses
translasi, rangkaian
nukleotida pada
mRNA akan dibaca
tiap tiga nukleotida
sebagai satu kodon
untuk satu asam
amino, dan
pembacaan dimulai
dari urutan kodon
metionin (ATG pada
DNA atau AUG pada
RNA)

KRT-2011

44

Ada beberapa aspek yang perlu diketahui mengenai


kode genetik, yaitu:
Kode genetik bersifat tidak saling tumpang-tindih (nonoverlappind kecuali pada kasus tertentu, misalnya pada
bakteriofag
Tidak ada sela (gap) di antara kodon satu dengan kodon
yang lain.
Tidak ada koma di antara kodon.
Kodon bersifat degenerotea, buktinya ada beberapa
asam amino yang mempunyai lebih dari satu kodon.
Secara umum, kodon bersifat hampir universal karena
pada beberapa organel jasad tinggi ada beberapa kodon
yang berbeda dari kodon yang digunakan pada
sitoplasm
KRT-2011

45

Dalam proses translasi, setiap kodon


berpasangan dengan antikodon yang sesuai
yang terdapat pada molekul tRNA.
Sebagai contoh, kodon metionin (AUG)
mempunyai komplemennya dalam bentuk
antikodon UAC yang terdapat pada tRNAMet
Pada waktu tRNA yang membawa asam amino
diikat ke dalam sisi A pada ribosom, maka
bagian antikodonnya berpasangan dengan
kodon yang sesuai yang ada pada sisi A
tersebut.
Oleh karena itu, suatu kodon akan menentukan
asam amino yang disambungkan ke dalam
polipeptida yang sedang disintesis di dalam
ribosom
KRT-2011

46

Translasi berlangsung di Ribosom


Translasi
berlangsung
di dalam
ribosom.
Ribosom
disusun oleh
molekul
rRNA dan
beberapa
macam
protein.
Ribosom
tersusun atas
dua yaitu
subunit kecil
dan subunit
besar.

TheRNAbindingsitesin
theribosome.Each
ribosomehasonebinding
siteformRNAandthree
bindingsitesfortRNA:the
A,P,andEsites(shortfor
aminoacyltRNA,peptidyl
tRNA,andexit,
respectively).

KRT-2011

47

Transkripsi - Tranlasi
Pada jasad prokaryot, translasi sudah dimulai
sebelum proses transkripsi (sintesis mRNA)
selesai dilakukan.
Dengan demikian, proses transkripsi dan
translasi pada prokaryot berlangsung secara
hampir serentak.
Sebaliknya pada eukoryot, proses translasi baru
dapat berlangsung jika proses transkripsi
(sintesis mRNA yang matang) sudah selesai
dilakukan.
Hal ini disebabkan oleh perbedaan dalam hal
struktur sel antara prokaryot dengan eukaryot
KRT-2011

48

Proses Translasi
Proses translasi berlangsung melalui
tiga tahapan utama, yaitu: (1 ) inisiasi
(initiation), (2) pemanjangan (elongation)
poli-asam amino, dan (3) pengakhiran
(termination) translasi.
Oleh karena itu, ada sekitar 20 macam
tRNA yang masing-masing membawa
asam amino spesifik, karena di alam
ada sekitar 20 asam amino yang
menyusun protein alami.
Masing-masing asam amino diikatkan
pada tRNA yang spesifik melalui proses
yang disebut sebagaiI RNA charging
(penambahan muatan berupa asam
amino)
KRT-2011

49

Aminoasil tRNA
Sebelum inisiasi
translasi di lakukan,
diperlukan molekul
tRNA (aminoasil
tRNA) yang berfungsi
membawa asam
amino spesifik.
ThestructureoftheaminoacyltRNAlinkage.Thecarboxylendoftheaminoacidformsan
esterbondtoribose.Becausethehydrolysisofthisesterbondisassociatedwithalarge
favorablechangeinfreeenergy,anaminoacidheldinthiswayissaidtobeactivated.(A)
Schematicdrawingofthestructure.Theaminoacidislinkedtothenucleotideatthe3endof
thetRNA(B)Actualstructurecorrespondingtotheboxedregionin(A).Therearetwomajor
classesofsynthetaseenzymes:onelinkstheaminoaciddirectlytothe3OHgroupofthe
ribose,andtheotherlinksitinitiallytothe2OHgroup.Inthelattercase,asubsequent
transesterificationreactionshiftstheaminoacidtothe3position.AsinFigure656,theR
groupindicatesthesidechainoftheaminoacid

KRT-2011

50

Inisiasi translasi (eukariyot)


Kodon inisiasi adalah
metionin
Molekul tRNA inisiator
disebut sebagai tRNAiMet.
Ribosom bersama-sama
dengan tRNAiMet dapat
menemukan kodon awal
dengan cara berikatan
dengan ujung 5' (tudung),
kemudian melakukan
pelarikan (scanning)
transkrip ke arah hilir
(dengan arah 5' 3')
sampai menemukankodon
awal (AUG).
Menurut model scanning
tersebut, ribosom memulai
translasi pada waktu
menjumpai sekuens AUG
yang pertama kali
KRT-2011

51

Meskipun demikian, penelitian


pada 699 mRNA eukaryot
menunjukkan bahwa sekitar 5-1
0% AUG yang pertama bukanlah
kodon inisiasi.
Pada kasus semacam ini,
ribosom akan melewati satu
atau dua AUG sebelum
melakukan inisiasi translasi.
Sekuens AUG yang dikenali
sebagai kodon inisiasi adalah
sekuens yang terletak pada
sekuens konsensus
CCRCCAUGG (R adalah purin:
A atau G).
Pengenalan sekuens AUG
sebagai kodon inisiasi banyak
ditentukan oleh tRNAiMet.
Perubahan antikodon pada
tRNAiMet menyebabkan
dikenalinya kodon lain sebagai
kodon inisiasi
KRT-2011

52

Pemanjangan polipeptida

Proses pemanjangan polipeptida


disebut sebagai proses elongation
yang secara umum mempunyai
mekanisme yang serupa pada
prokaryot dan eukaryot.
Proses pemanjangan terjadi dalam
tiga tahapan, yaitu: (1) pengikatan
aminoasil-tRNA pada sisi A yang ada
di ribosom,( 2) pemindahan rantai
polipeptida yang tumbuh dari tRNA
yang ada pada sisi P ke arah sisi A
dengan membentuk ikatan peptida,
dan (3) translokasi ribosom sepanjang
mRNA ke posisi kodon selanjutnya
yang ada di sisi A.
Di dalam kompleks ribosom, molekul
fMet- tRNAiMet menempati sisi P
(peptidil)
KRT-2011

53

Sisi yang lain pada ribosom, yaitu sisi A


(aminoasil), masih kosong pada saat
awal sintesis protein.
Molekul tRNA pertama tersebut (fMettRNAiMet ) berikatan dengan kodon AUG
(atau GUG) pada mRNA melalui
antikodon-nya.
Tahap selanjutnya adalah penyisipan
aminoasil-tRNA pada sisi A. Macam
tRNA (serta asam amino yang dibawa)
yang masuk pada sisi A tersebut
tergantung pada kodon yang terletak
pada sisi A.
Penyisipan aminoasil-tRNA yang masuk
ke posisi A tersebut dilakukan oleh suatu
protein yang disebut faktor pemanjangan
Tu (elongotion factor Tu, EF-Tu).
KRT-2011

54

Penyisipan ini dibantu dengan proses hidrolisis


GTP menjadi GDP
Setelah sisi P dan A terisi, maka tahap
selanjutnya adalah pembentulan ikatan peptidil
yang dikatalisis oleh enzim peptidil transferase.
Molekul fMet- tRNAiMet yang ada pada sisi P
dipindahkan ke sisi A sehingga terbentuk
dipeptidil tRNA.
Setelah tahap ini sisi P hanya berisi tRNA yang
kosong, sedangkan sisi-A berisi dipeptidiltRNA.
Selanjutnya terjadi proses translokasi yaitu
pemindahan dipeptidil-tRNA dari sisi A ke sisi
P, sedangkan molekul tRNA kosong yang
tadinya menempati sisi P ditranslokasi ke sisi E
(exrt).
Pada proses translokasi ini mRNA bergerak
sepanjang tiga nukleotida sehingga kodon
berikutnya terletak pada posisi A untuk
menunggu masuknya aminoasil-tRNA
berikutnya. Proses translokasi memerlukan
GTP dan faktor pemanjangan G (elongotion
factor G, EF-G).
KRT-2011

55

Skema proses pemanjangan po


lipeptida
Proses pemanjangan polipeptida berlangsung sangat
cepat
Ribosom membaca kodon-kodon pada mRNA dari ujung
53'. Hasil proses translasi adalah molekul polipeptida
yang mempunyai ujung amino dan ujung karboksil.
Ujung amino adalahu jungy angp ertamak ali disintesisd
an merupakan hasil penerjemahan kodon yang terletak
pada ujung 5 pada mRNA, sedangkan ujung yang
terakhir disintesis adalah gugus karboksil.
Ujung karboksil merupakan hasil penerjemahan kodon
yang terletak pada ujung 3' pada mRNA.
Oleh karena itu, sintesis protein berlangsung dari ujung
amino ke ujung karboksil
KRT-2011

56

Translasi akan
berakhir pada
waktu salah satu
dari ketiga kodon
terminasi (UAA,
UGA, UAG) yang
ada pada mRNA
mencapai posisi A
pada ribosom.
Dalam keadaan
normal tidak ada
aminoasil-tRNA
yang membawa
asam amino sesuai
dengan ketiga
kodon tersebut.
Oleh karena itu,
jika ribosom
mencapai salah
satu dari ketiga kodon
terminasi tersebut,
maka proses translasi
berakhir
KRT-2011

Terminasi

57

Protein Metabolism

KRT-2011

58

Protein Metabolism

KRT-2011

59

Nitrogen Pool

KRT-2011

60

Transamination

KRT-2011

61

Transamination

KRT-2011

62

Transamination

KRT-2011

63

Oxidative Deamination

KRT-2011

64

Oxidative Deamination

KRT-2011

65

Oxidative Deamination

KRT-2011

66

Urea Cycle

KRT-2011

67

PKU - Phenylketonurea

KRT-2011

68

Other errors of metabolism


B. Goitrous Cretinism
C. Albinism

D. Tyrosinosis
E. Alkaptonuria

KRT-2011

69

Heme Catabolism
Heme to Bilirubin in liver to gall bladder to small intestine
Converted to urobilinogen reabsorbed to blood, liver,
kidney

KRT-2011

70

Bilirubin
Heme to bilirubin to bilirubin diglucuronide (soluble)

KRT-2011

71

Jaundice Lab Test


LAB TEST

Normal
Hemolytic
Diseases
Bilirubin
Neg.
Urobilinogen Pos.
Pos. high

Biliary

Hepatic
Obstruction Diseases

Pos.

Pos.
Neg.

KRT-2011

Neg.
Pos. or low

72

Summary of Metabolism

KRT-2011

73

Diagnostic Serum Enzymes

KRT-2011

74

Alcohol Metabolism Effects

KRT-2011

75