Calendario
Objetivos docentes
Gua para discusiones grupales
Seminarios
Departamento de Bioqumica
Facultad de Medicina
2007
Da 1
Da 2
Da 3
Da 4
Biofsica Bioqumica Bioqumica Bioqumica
Lu 1/10
Ma 2/10
Mie 3/10
Jue 4/10
Vie 5/10
Lun 8/10
Mar 9/10 Mie 10/10
Jue 11/10
Vie 12/10
Ma 16/10 Mie 17/10
Jue 18/10
Vie 19/10
Lu 22/10
Ma 23/10
Mie 24/10
Jue 25/10
Vie 26/10
Lu 29/10
Ma 30/10
Lu 5/11
Ma 6/11
Mie 7/11
Jue 8/11
Vie 9/11
Lu 12/11
Ma 13/11
Mie 14/11
Jue 15/11
Vie 16/11
Lu 19/11
Da 1
Da 2
Da 3
Da 4
Biofsica Bioqumica Bioqumica Bioqumica
Lu 1/10
Ma 2/10
Mie 3/10
Jue 4/10
Vie 5/10
Lun 8/10
Mar 9/10 Mie 10/10
Jue 11/10
Vie 12/10
Ma 16/10 Mie 17/10
Jue 18/10
Vie 19/10
Lu 22/10
Ma 23/10
Mie 24/10
Jue 25/10
Vie 26/10
Lu 29/10
Ma 30/10
Lu 5/11
Ma 6/11
Mie 7/11
Jue 8/11
Vie 9/11
Lu 12/11
Ma 13/11
Mie 14/11
Jue 15/11
Vie 16/11
Lu 19/11
Da 1
Da 2
Da 3
Da 4
Biofsica Bioqumica Bioqumica Bioqumica
Lu 1/10
Ma 2/10
Mie 3/10
Jue 4/10
Vie 5/10
Lun 8/10
Mar 9/10 Mie 10/10
Jue 11/10
Vie 12/10
Ma 16/10 Mie 17/10
Jue 18/10
Vie 19/10
Lu 22/10
Ma 23/10
Mie 24/10
Jue 25/10
Vie 26/10
Lu 29/10
Ma 30/10
Lu 5/11
Ma 6/11
Mie 7/11
Jue 8/11
Vie 9/11
Lu 12/11
Ma 13/11
Mie 14/11
Jue 15/11
Vie 16/11
Lu 19/11
Bioenergtica y Enzimas
(Martes 18/09/07 al jueves 20/09/07)
Objetivos de aprendizaje
1- La clula como un sistema termodinmico: Sistema, entorno y universo. Primera y segunda ley de
la termodinmica. La energa libre como energa capaz de efectuar trabajo (G =H - TS). Relacin
entre el equilibrio y la energa libre estndar (Go = -RTlnKeq).
2- Termodinmica de las reacciones catalizadas por enzimas. Energa libre de activacin y efecto de
catalizadores, G de activacin. Ley de accin de masas, orden de una reaccin. Teora del estado de
transicin.
3- Cintica enzimtica. Cintica qumica. Definicin de enzima. Formacin del complejo enzimasustrato. Ecuacin de Michaelis-Menten. Significado de Vm, Km, Ks y constante cataltica. Efecto del
pH y la temperatura sobre la actividad enzimtica. Grfico de doble recprocas: determinacin de V m y
Km. Inhibidores.
4- Control de la Actividad Enzimtica: Modulacin alostrica, covalente y mediada por protelisis.
Enzimas alostricas: velocidad en funcin de concentracin de sustrato, efecto homotrpico y
heterotrpico.
.
2Etanol + 2CO
Go = - 47 kcal/mol
b) Qu cosas necesita la levadura del entorno y cules son eliminadas hacia el entorno?
c) En qu se utiliza la energa libre de la fermentacin alcohlica?
d) Cuntos moles de ATP se forman por mol de glucosa oxidado a etanol y CO2 en condiciones
estndar?
e) En estado estacionario las levaduras tiene una concentracin de glucosa de 5 mM y de etanol y
dixido de carbono de 50 y 5 M, respectivamente. Las concentraciones de ATP, ADP y Pi son
mantenidas en 1.0 mM, 0.1 mM y 10 mM, respectivamente.
Cuntos moles de ATP se pueden formar por mol de glucosa oxidado en estas condiciones?
4- Representamos la energa libre de la isomerizacin de la glucosa 6 fosfato (G-6-P) en fructosa 6
fosfato (F-6-P) catalizada por la glucosa-fosfato isomerasa:
G-6-P
F-6-P
G
(kCal)
F-6-P:
0,34
0,5
G-6-P:
0,66
0,5
6El costo energtico de transportar iones a travs de una membrana depende en parte de la
diferencia de potencial elctrico entre ambas caras de la membrana. Calcule la variacin de energa
libre de la salida de Ca2+ desde el interior de la clula hacia el medio extracelular, considerando los
siguientes datos: [Ca2+] intracelular: 0.1 M, [Ca2+] extracelular: 3 mM, el potencial de membrana de la
membrana plasmtica de -50 mV, a 37C. Explique como ocurre y como se denomina este proceso.
7- Dada la siguiente reaccin:
k1
k2
E + S ES E + P
k-1
Siendo k1 = 1 x 107 M-1s-1, k-1 = 1 x 102 s-1 y k2 = 3 x 102 s-1
Calcular:
a) Ks
b) Km
c) Cundo Ks se aproxima al valor de Km?
8- Considerando una enzima con cintica Michaeliana, qu fraccin de Vmax se observa cuando [S] = 2
Km, [S] = 6 Km, y [S] = 10 Km ?
9- Los siguientes resultados fueron obtenidos a partir de una reaccin catalizada enzimticamente:
[S] (mM)
v (mol/l/min)
0.50
8.0
0.75
10.0
1.00
11.4
1.50
13.0
2.00
15.0
a) Estimar grficamente Vmax y Km
b) Estimar k2 (kcat) si la concentracin de enzima fue de 8 nM
c)Cul sera la velocidad de reaccin a [S] = 600 M y a [S] 1200 M?
d) Estas velocidades de reaccin fueron obtenidas en presencia de una concentracin 8 x 10 -9 M de la
enzima. Cul sera la velocidad de reaccin para [S] = 10 mM si la concentracin de enzima hubiese
sido 1 x 10-8 M ?. Justifique su respuesta.
10- El sustrato de una enzima es el anin de un cido dbil A- (pKa=4.5). El sitio activo de la enzima
contiene un residuo de histidina (pKa=6.5) que tiene que estar protonado para la catlisis enzimtica.
Cul es la zona de pH ptimo de la reaccin? Justifique su respuesta.
11- Un microgramo de una enzima pura (PM = 92.000) cataliz una reaccin a una velocidad mxima
de 0.50 moles/min bajo determinadas condiciones de pH y temperatura.
Calcular:
a) Constante cataltica de la enzima (kcat)
b) Cunto dura un ciclo cataltico?.
12- Muchas reacciones enzimticas se inhiben por el producto de la reaccin. Utilizando los siguientes
datos de la inhibicin causada por el acetaldehdo sobre la oxidacin del etanol catalizada por la
alcohol deshidrogenasa, determinar:
a) el tipo de inhibicin que se produce
b) los valores de Km, Vmax y Ki.
Etanol (mM)
Acetaldehdo (mM)
v ( mol/min)
20.0
19.5
30.0
21.3
50.0
23.3
100.0
24.9
20.0
4.0
11.6
30.0
4.0
14.3
50.0
4.0
17.6
100.0
4.0
21.2
Enzima
Hexoquinasa
Fosfoglucosa isomerasa
Fosfofuctoquinasa
Aldolasa
Trisoa fosfato isomerasa
Gliceraldehdo-3-P DH + Fosfogliceratoquinasa
Fosfoglicerto mutasa
Enolasa
Piruvato quinasa
Go (kJ/mol)
-20.9
+2.2
-17.2
+22.8
+7.9
-16.7
+4.7
-3.2
-23.0
G (kJ/mol)
-27.2
-1.4
-25.9
-5.9
+4.4
-1.1
-0.6
-2.4
-13.9
Piruvato
+ ATP
a) Qu nombre recibe esta reaccin de sntesis de ATP? Qu otro mecanismo de sntesis de ATP
posee la clula?
b) El fosfoenolpiruvato tiene un Go de hidrlisis de 61.9 kJ/mol mientras que su precursor el 2fosfoglicerato tiene un Go de hidrlisis de 17.6 kJ/mol. Tomando en cuenta estos datos discuta
sobre el rol de la reaccin catalizada por la enolasa.
11- El arsnico pentavalente o arsenato (HAsO42-) puede sustituir al fosfato (HPO42-) y formar steres
de arsenato que se hidrolizan espontneamente. Su efecto se puede ilustrar en la reaccin catalizada por
la gliceraldehdo-3-P deshidrogenasa:
O
NAD+
HC
NADH
OAsOC
OH
OH
OPO2HC
HAsO
3OPO2HC
24
H2O
gliceraldehdo-3-P
HAsO42O
-
OC
OH
OPO2HC
3-fosfoglicerato
13- A continuacin se muestran las concentraciones intracelulares de los sustratos que intervienen en la
fosforilacin de la fructosa-6-fosfato por la fosfofructoquinasa 1 (PFK-1) del tejido cardaco de rata,
medidas por tcnicas de criocompresin:
Metabolito
Fructosa-6-P
Fructosa-1,6-diP
ATP
ADP
Concentracin (mM)
0.087
0.022
11.4
1.32
14- Durante la actividad intensa el tejido muscular demanda altas cantidades de ATP comparado con el
tejido en reposo. Este proceso se produce casi exclusivamente por fermentacin lctica y el ATP es
producido por las reacciones catalizadas por las enzimas fosfogliceratoquinasa y piruvato quinasa. Si
el msculo esqueltico fuera desprovisto de la enzima lactato deshidrogenasa podra llevar a cabo
actividad fsica intensa, es decir, generar ATP a alta velocidad por la gluclisis? Explique.
ATP
F-1,6-P
ADP
La PFK cataliza una reaccin clave en la gluclisis. Se presentan a continuacin datos experimentales
que ilustran su rol en la regulacin de la va glucoltica.
1- Cintica de la PFK en funcin de la concentracin de ATP y F-6-P.
El ensayo cintico consisti en medir la desaparicin de NADH (0.2 mM) a 340 nm en funcin del
tiempo en presencia de fructosa 6-fosfato, ATP, MgCl2, NADH y Pi, as como de las siguientes enzimas
acopladas: aldolasa, triosafosfato isomerasa y glicerol-3-fosfato deshidrogenasa. El ensayo fue
realizado a pH 7.0 con una concentracin fija de F-6-P 2 mM o a una concentracin fija de ATP 3
mM. En ambos casos se inici el ensayo con el agregado de 0.1 g/ml de PFK.
10
1- Cual es la secuencia de reacciones en el ensayo acoplado para medir la velocidad de la PFK? Por
qu se agrega MgCl2 en el ensayo enzimtico?
2- Analice el diferente comportamiento de los sustratos ATP y GTP.
3- Cual es la concentracin intracelular de ATP en estado estacionario? Cmo ser la actividad de la
enzima en estas condiciones?
4- Si la concentracin de ATP baja en la clula desde 2.5 mM a 1 mM, qu sucede con la actividad de
la PFK?
b) Velocidad de la PFK en funcin de la concentracin de F-6-P a una concentracin fija de ATP (3
mM).
v (U/mg)
1.5
2
4.5
8.5
F-6-P (mM)
1
2
3
4
v (U/mg)
15
30
48
60
F-6-P (mM)
5
6
8
10
v (U/mg)
63
68
69
70
F-6-P (mM)
12
14
15
20
1unidad (U) es la cantidad de enzima que cataliza la transformacin de 1mol de sustrato por minuto.
11
Cul es el efecto de AMP sobre la cintica de la PFK? Cul es la concentracin de AMP intracelular
en estado estacionario?
b) Efecto del citrato
Citrato (mM)
0
F6P (mM)
2
4
6
8
10
12
14
16
20
25
30
0.2
0.5
1
8
18
30
45
58
62
65
66
-
0.2
0.45
2
3
8
10
18
28
45
55
60
v (U/mg)
2
8
25
50
65
69
70
72
-
1.8
7.5
20
42
60
65
69
70
-
a) Cul ser el estado redox de la NADH deshidrogenasa, succinato deshidrogenasa, CoQ, Cit b y a?
b) Consume O2? Justifique su respuesta.
8- -Cmo entran a la cadena respiratoria los equivalentes de reduccin provenientes de: gluclisis, oxidacin y Ciclo de Krebs?
9- En 1961 Mitchell desarroll la denominada hiptesis quimiosmtica para explicar la gnesis
mitocondrial de ATP. Postul que la energa libre del transporte mitocondrial de electrones es
conservada bombeando H+ desde la matriz mitocondrial al espacio intermembranoso, crendose as
un gradiente electroqumico de protones a travs de la membrana mitocondrial interna. El retorno
exergnico de los protones a la matriz mitocondrial impulsa la sntesis de ATP, es decir que el potencial
electroqumico de dicho gradiente es utilizado para sintetizar ATP.
15
ADP
Succinato
ADP
1 mol
de O2
1 min
16
a) Qu conclusiones pueden sacar con respecto a la funcionalidad mitocondrial del tejido cardaco de
este nio?
b) Disee un esquema que presente las principales vas metablicas mitocondriales y contenga a los
principales complejos enzimticos. A partir de los datos obtenidos con las mitocondrias plantee a
que nivel podramos encontrar un defecto en el metabolismo mitocondrial.
c) A partir de los datos de EPR plantee que cofactor o grupo prosttico se encuentra afectado.
d) Estas mitocondrias se encuentran desacopladas? Son capaces de sintetizar ATP?
e) Cul es la relacin P/O con succinato? Es la esperada? Se puede calcular la relacin P/O con
piruvato/malato?
f) Cmo puede explicar la debilidad muscular y los problemas neurolgicos del nio tomando en
cuenta los datos aportados?
g) La enfermedad de este nio se encuentra dentro del grupo de las acidosis lcticas congnitas.
Porqu? A que se debe el aumento del cido lctico en sangre?
h) Las enfermedades que involucran a componentes de la cadena respiratoria y la fosforilacin
oxidativa se conocen como enfermedades OXPHOS, y se encuentran entre las enfermedades
degenerativas ms comunes. Algunos de los componentes de la cadena respiratoria y la
fosforilacin oxidativa son codificados por el ADN mitocondrial: 7 subunidades del complejo I, 1
subunidad del Complejo III, 3 subunidades del complejo IV y 2 subunidades del complejo ATP
sintasa. El resto son codificados por el ADN nuclear.
Plantee una hiptesis sobre la causa de la enfermedad de este nio y que experimentos
realizara para probarla.
La mayora de los casos reportados hasta el momento se deben a fallas en los componentes
codificados por el ADN mitocondrial. A qu puede deberse esto?
17
18
19
2- Plantee la ecuacin de la sntesis de cido palmtico en el hgado de la rata a partir de acetil CoA
mitocondrial, NADPH citoslico, ATP y CO2.
3- Cul sera el efecto sobre la sntesis de cidos grasos de un aumento de la concentracin
intramitocondrial de oxalacetato?
4- Franz Knoop en 1904 propuso el nombre de -oxidacin para el proceso biolgico de oxidacin de
cidos grasos, mucho antes que se conociera la CoA y las enzimas involucradas (descubrimiento que
ocurre por 1950). Knoop aliment perros con cidos grasos modificados en el ltimo carbono, llamado
carbono , con un anillo de benceno. Utiliz dos tipos de cidos grasos: con nmero par de carbonos y
con nmero impar. Aisl de la orina de los perros los productos que posean un grupo fenilo. Los perros
alimentados con cidos grasos de nmero impar originaron cido benzoico. Los perros alimentados con
cidos grasos de nmero par produjeron en su orina cido fenilactico:
COOH
COOH
cido fenilactico
COOH
COOH
cido benzoico
a) Por qu ambos grupos de perros no originaron el mismo producto final, cido benzoico o
fenilactico?
b) Por qu Knoop utiliz el nombre de -oxidacin?
c) Cmo son la mayora de los cidos grasos de la dieta, de nmero par o impar de tomos de
carbono? Cules son los productos finales de oxidacin para ambos casos?
5- Explique el rol de la carnitina acil transferasa en la compartimentalizacin de la -oxidacin de los
cidos grasos.
6- Los cidos grasos son convertidos a sus steres de coenzima A por una reaccin reversible catalizada
por la acil:coenzima A sintetasa:
R-COO- + ATP + CoA
Si bien esta reaccin posee una constante de equilibrio cercana a 1, la clula posee un mecanismo
que favorece la formacin de acil-CoA. Explique.
7- En los ltimos kilmetros de una maratn, los corredores obtienen la energa casi exclusivamente
por oxidacin de los cidos grasos y de algunos aminocidos. Describa el mecanismo por el que se
detiene la oxidacin de los cidos grasos cuando los corredores descansan e ingieren una comida rica
en carbohidratos despus de la maratn.
8- Durante el ayuno se hidrolizan triglicridos presentes en el tejido adiposo. Los cidos grasos viajan
por la sangre a los tejidos donde son oxidados en la mitocondria, produciendo grandes cantidades de
acetil CoA
20
a) Qu ocurre en estas condiciones con la velocidad del flujo de metabolitos por el Ciclo del cido
Ctrico?
b) Qu enzimas son responsables de esta variacin en el flujo?
c)
Cules son los mecanismos de regulacin de estas enzimas?
9- Es bien conocido que las dietas ricas en carbohidratos se asocian con aumento de peso debido
principalmente a un aumento del tejido adiposo.
a) Explique esquemticamente el mecanismo por el cual la glucosa se transforma en cidos grasos.
b) En qu rgano se produce principalmente dicha reaccin?
c) Es posible sustituir totalmente los carbohidratos de una dieta por lpidos?
10- El consumo de glucosa por el msculo cardaco puede ser medido haciendo circular artificialmente
sangre a travs de un corazn intacto aislado y midiendo la concentracin de glucosa antes y despus
de que la sangre pase por el corazn. Si la sangre es desoxigenada, el msculo cardaco consume
glucosa a un nivel estacionario. Cuando se adiciona oxgeno a la sangre, la velocidad de consumo de
glucosa cae dramticamente y luego contina a una velocidad menor. Por qu?
11- Analice las similitudes y diferencias, estructurales y funcionales, del NADH y NADPH.
12- Plantee cules pueden ser los diferentes destinos metablicos de la glucosa 6-fosfato, el piruvato y
la acetil CoA en un hepatocito, en condiciones de ayuno y despus de una comida abundante.
ADH
AcDH
Los efectos metablicos de la intoxicacin con alcohol surgen de las acciones de estas dos enzimas que
llevan a un desbalance de la relacin NADH/NAD+ en la clula. A continuacin presentamos algunos
datos de la historia clnica de un paciente alcohlico, Alberto Martini, a fin de que sean analizados
desde una perspectiva molecular.
Alberto Martini es alcoholista, lleg a la emergencia del hospital confuso y tembloroso. Su vecina le
dijo al mdico que haba estado tomando mucho durante la ltima semana. En este tiempo su apetito
haba disminuido y casi no haba comido en los ltimos tres das. Su nivel de glucosa en sangre era de
28 mg/dl (niveles normales luego del ayuno nocturno 80-100 mg/dl), y el de alcohol en sangre de 295
mg/dl (niveles de intoxicacin 150-300 mg/dl). Los exmenes de laboratorio revelaron que tena una
acidemia, acompaada de niveles altos del cuerpo cetnico -hidroxibutirato (40 veces mayores a los
normales) y de cidos grasos en sangre. El anlisis de acetona en orina dio negativo.
A que se deben los niveles bajos de glucosa en sangre del Sr Martini?
21
2- Supongamos que la densidad de un DNA de doble hebra normal (con 14N) es de 1,670 y la de uno
marcado por completo con 15N es de 1,685. Un cultivo de clulas se cambia de medio normal a medio
con 15N. Cul ser la densidad del DNA en la 3 generacin (tras 3 divisiones)?
7 nt/s
DNApol-III
DNApol eucaritica
250-1000 nt/s
100 nt/s
7- Dado el siguiente sector de ADN, discuta que partes se replicarn en forma continua y cuales en
forma discontinua:
5AGGTGCTGCTTAAGCCTGATAGCCTG3
5TCCACGTACGAATTCGGACTATCGGAC3
23
8- En qu etapa de la replicacin intervienen las siguientes protenas? Hay alguna de ellas que no
participa en la duplicacin?
iniciacin elongacin
maduracin de los
terminacin
fragmentos de Okazaki
Topoisomerasas
TF II D
DNA polimerasa
RNA polimerasa
Helicasa
protena ro
protenas de unin a hebra sencilla
Primasa
eIF3
ribonucleasa FEN1 y RNasa H1
Telomerasa
polinucletido fosforilasa
Ligasa
Amanitina
9- Cules son las principales similitudes y diferencias entre la ADN-polimerasa y la ARN polimerasa,
desde un punto de vista enzimtico?
13- Indique cul es el nmero mnimo de reacciones de trans esterificacin necesarios para cortar un
intrn y unir los exones adyacentes.
24
25
Da 1
Da 2
Da 3
Da 4
Biofsica Bioqumica Bioqumica Bioqumica
Lu 1/10
Ma 2/10
Mie 3/10
Jue 4/10
Vie 5/10
Lun 8/10
Mar 9/10 Mie 10/10
Jue 11/10
Vie 12/10
Ma 16/10 Mie 17/10
Jue 18/10
Vie 19/10
Lu 22/10
Ma 23/10
Mie 24/10
Jue 25/10
Vie 26/10
Lu 29/10
Ma 30/10
Lu 5/11
Ma 6/11
Mie 7/11
Jue 8/11
Vie 9/11
Lu 12/11
Ma 13/11
Mie 14/11
Jue 15/11
Vie 16/11
Lu 19/11
Da 1
Da 2
Da 3
Da 4
Biofsica Bioqumica Bioqumica Bioqumica
Lu 1/10
Ma 2/10
Mie 3/10
Jue 4/10
Vie 5/10
Lun 8/10
Mar 9/10 Mie 10/10
Jue 11/10
Vie 12/10
Ma 16/10 Mie 17/10
Jue 18/10
Vie 19/10
Lu 22/10
Ma 23/10
Mie 24/10
Jue 25/10
Vie 26/10
Lu 29/10
Ma 30/10
Lu 5/11
Ma 6/11
Mie 7/11
Jue 8/11
Vie 9/11
Lu 12/11
Ma 13/11
Mie 14/11
Jue 15/11
Vie 16/11
Lu 19/11
Da 1
Da 2
Da 3
Da 4
Biofsica Bioqumica Bioqumica Bioqumica
Lu 1/10
Ma 2/10
Mie 3/10
Jue 4/10
Vie 5/10
Lun 8/10
Mar 9/10 Mie 10/10
Jue 11/10
Vie 12/10
Ma 16/10 Mie 17/10
Jue 18/10
Vie 19/10
Lu 22/10
Ma 23/10
Mie 24/10
Jue 25/10
Vie 26/10
Lu 29/10
Ma 30/10
Lu 5/11
Ma 6/11
Mie 7/11
Jue 8/11
Vie 9/11
Lu 12/11
Ma 13/11
Mie 14/11
Jue 15/11
Vie 16/11
Lu 19/11
26
Bibliografa:
Bioqumica. Mathews van Holde. ed. McGraw-Hill Interamericana, 1998.
Principios de Bioqumica. Lehninger, tercera edicin, ed. Omega, 2001. (y ediciones anteriores) .
Bioqumica. Stryer L., quinta edicin, ed. Revert, 2003. (y ediciones anteriores) .
Bioqumica. Voet D, Voet JG. ed.Omega. 1992.
Sitio web: http://www.cecalc.ula.ve/bioinformatica/BIOTUTOR/ (parte de las preguntas de esta pgina
estn includas en este cuestionario).
27