Jelajahi eBook
Kategori
Jelajahi Buku audio
Kategori
Jelajahi Majalah
Kategori
Jelajahi Dokumen
Kategori
TUJUAN PERCOBAAN
II.
LANDASAN TEORI
Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang
diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul
dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar
(makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan,
padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia
nyata (Anonim, 2011).
Kimia komputasi dapat dikatakakan juga sebagai ilmu yang menjembatani antara
kimia teori dengan kimia eksperimen karena kimia komputasi ini memiliki
kelebihan tersendiri dibandingkan dengan kimia eksperimen. Kelebihan kimia
komputasi dibandingkan kima eksperimen tentunya adalah untuk menghemat
bahan kimia yang digunakan. Kimia komputasi juga dapat menghasilkan
informasi yang tidak dapat diterangkan secara eksperimen. Salah satu contohnya
adalah penentuan keadaan transisi (keadaan antara) suatu reaksi (Pranowo, 2002)).
Dalam perkembangannya, komputasi kimia dapat memecahkan masalah-masalah
yang tidak bisa diselesaikan dengan eksperimen. Kimia komputasi digunakan
1
untuk menjelaskan beragam sistem kimia dengan kompleksitas yang sangat luas
(Pranowo, 2002).
Metode kimia komputasi dapat dibedakan menjadi 2 bagian besar yaitu mekanika
molekuler dan metode struktur elektronik yang terdiri dari metode semiempiris,
metode ab initio dan metode yang sekarang berkembang pesat yaitu teori
kerapatan fungsional (density functional theory, DFT). Masing-masing metode ini
memiliki kelebihan dan kekurangannya. Berikut merupakan penjelasan dari
masing-masing metode di atas.
a.
Mekanika molekuler
Mekanika molekul merupakan sebuah metode empiris yang digunakan untuk
menyatakan energi potensial dari molekul sebagai fungsi dari variabel
geometri. Elektron tidak dipertimbangkan secara eksplisit dan fungsi energi
potensial bergantung pada posisi dari inti. Fungsi energi potensial ini
merupakan pendekatan tipe Born Oppenheimer yang menyatakan energi
potensial permukaan pada tingkat inti atom. Dalam hal ini gerakan elektron
dihitung sebagai rerata relatif terhadap pengaruh gerakan inti. Sistem
elektronik dimasukkan secara implisit dengan pemilihan parameter yang
didasarkan pada data eksperimen. Pada metode ini molekul digambarkan
sebagai kumpulan atom yang berinteraksi dengan atom yang lain dengan
fungsi analitik sederhana yang didasarkan pada persamaan mekanika klasik.
Parameter yang digunakan dalam perhitungan energi diturunkan dari data
base struktur yang diperoleh secara eksperimen dan atau metode mekanika
kuantum. Persamaan dan parameter yang digunakan untuk mendefinisikan
potensial energi permukaan sebuah molekul dalam mekanika molekular
merujuk pada sekumpulan angka yang dinamakan medan gaya (Force Field)
(Pranowo, 2001)
b. Metode ab initio
Istilah Ab initio adalah bahasa latin untuk dari awal. Nama ini diberikan
kepada perhitungan yang berasal langsung dari prinsip-prinsip teoritis, tanpa
masuknya data eksperimen. Sebagian besar saat ini adalah mengacu ke
perhitungan perkiraan kuantum mekanik. Perkiraan yang dibuat biasanya
perkiraan matematika, seperti menggunakan bentuk fungsional sederhana
untuk fungsi atau mendapatkan solusi perkiraan untuk sebuah persamaan
diferensialTipe yang paling terkenal dari metoda ab initio adalah perhitungan
Hartree-Fock (HF) dengan metoda pendekatan medan pusat (central field
approximation). Ini berarti bahwa tolakan Coulombik antar elektron tidak
secara spesifik dimasukkan dalam perhitungan, tetapi efek total interaksi
korelasinya dimasukkan dalam perhitungan sebagai suatu besaran konstant.
Metoda ini merupakan perhitungan variasional, yang berarti bahwa energi
pendekatan terhitung adalah sama atau lebih tinggi daripada energi eksaknya.
Dengan menggunakan pendekatan medan pusat ini, energi yang diperoleh
dengan perhitungan HF selalu lebih tinggi daripada energi eksak dan
cenderung pada harga limit tertentu yang dinamakan HF limit.
Pendekatan kedua dari perhitungan HF adalah fungsi gelombang harus
digambarkan dengan beberapa bentuk fungsi, yang sebenarnya hanya dapat
dihitung secara pasti untuk beberapa sistem yang mengandung satu elektron.
Fungsi yang digunakan sering sekali merupakan kombinasi x) atau orbital
tipe Gaussianalinear dari orbital tipe Slater exp(- x2), yang sering disingkat
STO atau GTO. Fungsi gelombangaexp(- tersusun atas kombinasi linear dari
orbital atom, atau yang lebih sering terjadi adalah merupakan kombinasi
linear dari himpunan fungsi (basis functions). Dengan pendekatan ini, banyak
perhitungan HF memberikan hasil energi terhitung lebih besar dari HF limit.
Himpunan basis (basis set) yang digunakan sering dinyatakan dengan
singkatan, seperti STO-3G atau 6-31++G*.
Sejumlah tipe perhitungan dimulai dengan perhitungan HF kemudian
dikoreksi dengan memasukkan term tolakan antar elektron, yang diistilahkan
3
dengan efek korelasi (correlation effect). Beberapa contoh dari metoda ini
adalah teori perturbasi Moeler-Plesset (MPn, n menyatakan tingkat koreksi),
Ikatan Valensi Tergeneralisasi (Generalized Valence Bond, GVB), Medan
Keajekan Diri Multi-Konfigurasi (Multi-Configurations Self Consisten Field,
MC-SCF), Interaksi Konfigurasi (Configuration Interaction, CI), dan Coupled
Cluster Theory, CC. Sebagai suatu kelompok, metoda tersebut dikenal dengan
perhitungan terkorelasi atau Post-SCF. Metoda yang dapat mengatasi
terjadinya kesalahan perhitungan HF dalam suatu molekul dinamakan Monte
Carlo Kuantum (Quantum Monte Carlo, QMC). Ada beberapa macam QMC,
misalnya fungsi variasional, diffusi dan Green. Metoda ini bekerja dengan
fungsi gelombang terkorelasi secara ekplisit dan evaluasi integral numerik
menggunakan integrasi Monte Carlo. Perhitungan ini memerlukan waktu
yang panjang, tetapi perlu diingat bahwa metoda ini merupakan metoda yang
paling akurat yang diketahui sekarang.Metoda ab initio alternatif yang
berkembang pesat pada dekade ini adalah teori fungsional kerapatan (Density
Functional Theory, DFT). Dalam DFT, total energi dinyatakan dalam term
kerapatan elektron total, bukan sebagai fungsi gelombang. Dalam jenis
perhitungan ini, terdapat pendekatan hamiltonian dan pendekatan pernyataan
untuk kerapatan elektron total.
Sisi baik dari metoda ab initio adalah metoda ini menghasilkan perhitungan
yang pada umumnya mendekati penyelesaian eksak karena semua jenis
pendekatan yang telah dibuat dapat dianggap cukup kecil secara numerik
relatif terhadap penyelesaian eksaknya. Sisi buruk dari metoda ab initio
adalah mereka merupakan metoda yang mahal. Metoda ini memerlukan
kapasitas yang besar pada waktu operasi CPU komputer, memori dan ruang
penyimpanan (disk). Metoda HF memerlukan waktu berbanding lurus dengan
N pangkat 4, N adalah fungsi basis, sehingga perhitungan akan berlipat 16
kali jika fungsi basis yang digunakan dua kali lebih besar. Dalam prakteknya,
penyelesaian yang akurat sekali hanya akan diperoleh jika molekul
mengandung hanya beberapa puluh elektron. Secara umum, perhitungan ab
4
initio memberikan hasil kualitatif yang sangat baik dan dapat memberikan
kenaikan keakuratan hasil kuantitatif jika molekul yang dikaji semakin kecil.
(Anonim, 2011).
Teori kerapatan fungsional (density functional theory, DFT).
Merupakan salah satu dari beberapa pendekatan populer untuk perhitungan
struktur elektron banyak-partikel secara mekanika kuantum untuk sistem
molekul dan bahan rapat. Teori Fungsi Kerapatan (DFT) adalah teori
mekanika kuantum yang digunakan dalam fisika dan kimia untuk mengamati
keadaan dasar dari sistem banyak partikel. Sasaran utama dari teori fungsi
kerapatan adalah menggantikan fungsi gelombang elektron banyak-partikel
dengan kerapatan elektron sebagai besaran dasarnya
c.
Metode semiempiris
Pendekatan semiempiris biasanya dirumuskan dalam kerangka konseptual
yang sama seperti metode ab initio, tetapi mereka mengabaikan banyak
integral kecil untuk mempercepat perhitungan. Agar mengimbangi kesalahan
yang disebabkan oleh perkiraan, parameter empiris dimasukkan ke dalam
integral yang tersisa dan dikalibrasi terhadap eksperimental dapat diandalkan
atau data referensi teoritis. Strategi ini hanya dapat berhasil jika Model
semiempiris mempertahankan fisika esensial untuk menggambarkan sifatsifat penting. Dengan ketentuan bahwa hal ini terjadi, parameterisasi tersebut
dapat menjelaskan semua efek lainnya dalam pengertian rata-rata, dan itu
kemudian hitungan validasi untuk menetapkan akurasi numerik pendekatan
yang diberikan.
Dalam prakteknya saat ini, metode semiempiris berfungsi sebagai alat
komputasi efisien yang dapat menghasilkan perkiraan kuantitatif cepat untuk
sejumlah sifat. Hal ini mungkin sangat berguna untuk menghubungkan
banyak set data eksperimental dan teoritis, untuk menetapkan tren di kelas
III.
A. Hasil Pengamatan
Adapun berdasarkan percobaan yang telah dilakukan, diperoleh hasil pengamatan
sebagai berikut:
1. Akurasi metode-metode perhitungan terhadap data eksperimen
Moleku
l
F2
metode
semiempirik AM1
semiempirik PM3
semiempirik CNDO
HF 6-31G
HF 6-31G(d,p)
DFT B3LYP 631G(d,p)
DFT B3LYP ccpVDZ
DFT B3LYP
LanL2DZ
MP2 6-31G(d,p)
CCSD 6-31G(d,p)
CASSCF 631G(d,p)
Panjang ikatan ()
-157.991751
1.40986
-117.036976
1.46039
-158.367827
-121.640667
-2600.794299
1.42060
1.42523
1.34550
teoritik
eksperimen
1.42693
1.35019
1.11905
1.41243
1.34488
1.40334
1,4119
jarak ()
Cl2
4,0
3,7
3,5
3,0
2,8
2,6
2,4
2,2
2,0
1,9
1,6
1,3
1,0
Energi interaksi
(kJ/mol)
144.9047372
-2416256.03
-2416278.117
-2416363.12
-2416411.551
-2416467.709
-2416527.755
-2416580.923
-2416601.856
-2416585.607
-2416266.67
-2414731.392
-2408549.565
Sikloheksana
Kursi
Haksial atas
C12 ke C16 yaitu 2,62922 A
Haksial bawah
C9 ke C7 yaitu 2,62922 A
setengah
kursi
perahu
terpilin
Perahu
sudut dihedral
180o
150o
120o
90o
60o
45o
30o
15o
0o
Energi (kkal/mol)
-13687.75488
-13687.30469
-13686.29688
-13685.79297
-13686.27441
-13686.66504
-13686.9209
-13686.98828
-13686.98145
B. Pembahasan
Percobaan menggunakan beberapa aplikasi pada kimia komputasi ini telah
dilakukan. Percobaan pertama dilakukan perbandingan akurasi metodemetode perhitungan terhadap data eksperimen. Dalam percobaan ini kita
dapat menganalisis data perhitungan untuk membandingkan kekuatan ikatan
antara molekul F2. Selain itu, kita dapat mengetahui metode perhitungan yang
cocok/akurat terhadap data eksperimen menggunakan program GaussView.
Metode yang digunakan adalah Semiempirik AM1, Semiempirik PM3,
Semiempirik CNDO, HF 6-31G, HF 6-31G(d,p), DFT B3LYP 6-31G(d,p),
DFT B3LYP cc-pVDZ, DFT B3LYP LanL2DZ, MP2 6-31G(d,p), CCSD 631G(d,p), CASSCF 6-31G(d,p). Setelah melakukan percobaan pertama
diperoleh hasil berupa energi ikat (bonding energy) pada ikatan F-F dan
9
panjang ikatan F-F yang sebelumnya telah dihitung energi untuk satu atom F.
Besarnya energy ikat yang hampir mendekati nilai energi ikat molekul F2
secara eksperimen (-158,8 kJ/mol) adalah perhitungan dengan menggunakan
metode perhitungan MP2 6-31G(d,p) yang diperoleh energy sebesar
-158.367827 kJ/mol. Artinya bahwa metode MP2 6-31G(d,p) pada percobaan
ini merupakan metode yang paling cocok digunakan untuk menghitung
energy ikat pada molekul F2. Secara teoritis, untuk mendapatkan Energi ikat
menggunakan rumus:
F2(g)
EF-F - 2EF
Basis Set
Basis set adalah kumpulan fungsi matematika yang dikombinasi pada
kombinasi linear fungsi gugus-gugus orbit atom penyusun molekul dengan
menyertakan koefisien didalamnya pada komputasi kimia. Perhitungan kimia
kuantum umunya dilakukan dalam satu set basis perhitungan yang terdiri atas
fungsi gelombang yang ada disusun secara linier. Proses perhitungan,
kumpulan orbital atomik akan disusun mengikuti kaidah Slater, yang
kemudian disebut orbital Slater. Secara garis besar, orbital Slater berbentuk
lengkungan eksponensial turun yang umumnya didekati dengan linier
kombinasi dari fungsi gaussian. Terdapat ratusan basis set yang ada namun
terdapat dua tipe fungsi basis yang umum digunakan dalam perhitungan
struktur elektronik yaitu: orbital tipe Slater (STO) dan orbital tipe Gaussian
(GTO).
13
Adapun jenis himpunan basis seperti yang tergambar dalam gambar berikut
ini:
(r) =
e-.r
Slater-type 1s orbital
(r) =
Gaussian-type 1s orbital
14
Adapun kelebihan dan kelemahan dari STO dan GTO adalah sebagai berikut:
STO (Orbital tipe slatter)
GTO (Orbital tipe Gaussian)
Keunggulan:
Keunggulan:
Orbital ini merupakan fungsi
Orbital ini merupakan fungsi
eks(-r).
eks(-r2).
Orbital ini dibuat dengan cara
Menggunakan prinsip variasi
hampir sama seperti fitting baju
sehingga fungsinya dapat
(mencocokkan).
divariasi sedemikian sehingga
mendekati bentuk orbital eksak
Dikenal lebih mirip dengan
hidrogen.
orbital eksak hidrogen
Fungsinya dapat diselesaikan
dibandingan GTO.
secara matematis.
Dapat merepresentasikan hampir
Keunggulan-keunggulan ini
mirip dengan orbital atom
Hidrogen.
dapat menutup kelemahannya.
Kelemahan:
Kelemahan
Walaupun mempunyai
Fungsinya tidak mirip dengan
kemiripan dengan orbital atom
hidrogen, namun dalam STO ini
fungsi eksak atom hydrogen
susah menyelesaikan persamaan
sehingga hanya
STO secara matematik.
dapat.memvariasi fungsinya
melalui pendektan metode
Kekurangan-kekurangan dari
fungsi slater tipe orbital (STO).
STO ini lebih dominan sehingga
orang lain membuat metode lain.
15
Dalam basis set ini kita juga mengenal STO-3G. Yang dimaksud dengan ini
adalah fungsi slatter yang digantikan dengan 3 fungsi Gaussian. Sebagai
contoh adalah menghitung jumlah orbital dalam molekul H2O dengan basis
set STO-3G, cara menyelesaikannya adalah sebagai berikut:
Membuat konfigurasi seluruh atom dalam molekul H2O
H= 1s1
O = 1s2
2p4
Ada 5 orbital dalam 1 atom O
Px Py pz
Mengihutung seluruh orital yang ada dalam molekul H2O tersebut (Dalam
cotoh, ada 7 orbital). Orbital ini merupakan fungus gaussian
Kemudain karena STO-3G, maka 7 orbital tadi menggantikan nilai G pada
STO-3G, sehingga 3 x 7 orbital dan menghasilkan 21 orbital dengan basis
set STO-3G.
3-
3-21G
Orbital valensi (orbital yang bisa ditarik
untuk berikatan). Dan mempunyai nilai 2
GTO dan 1 GTO
Sebagai contoh adalah mencari fungsi gelombang pada atom karbon (6C)
dengan split valence basis set ialah 3-21G. Penyelesaiannya adalah sebagai
berikut:
Membuat konfigurasi atom carbon.
16
Px Py pz
C = 1s2 2s2
2p2
3 GTO
2s2
2 GTO 1 GTO
2px1
2py1
2pz0
2 GTO 1 GTO
Pada kasus lain semisal atom Hidrogen yang mempunyai konfigurasi elektron
1s1 saja. Apakah tidak ada orbital valensi sebagai orbital yang dapat ditarik,
sedangkan faktanya di alam ada molekul H2. Pertanyaan ini akan dijawab.
Konfigurasi elektron memang hanya 1s1 saja, namun orbital 1s ini bertindak
sebagai orbital valensi dan core orbital dalam atom hidrogen itu tidak ada.
Oleh sebab itu konfigurasi 1s pada atom hidrogen ini yang dapat ditarik oleh
atom lain untuk membentuk suatu ikatan. Oleh karena itu, fungsi gelombang
yang ada dalam atom hidrogen ialah:
contoh: 6-31G+(d), basis set 6-31G(d) yang ditambahkan fungsi difusi. 631G++(d) berarti pada hidrogen juga ditambahkan satu fungsi difusi.
6-31G+(d)
Fungsi Polarisasi
Fungsi Difusi
Fungsi Split Valence
Fungsi Gaussian
disebabkan oleh terjadinya interaksi yang lebih dominan yaitu interaksi tolak
menolak (interaksi tolak menolak elektron dengan electron dan inti dengan
inti). Hal ini dapat dilihat pada persamaan sebagai berikut:
=-
(Tarik menarik)
Interaksi ini
sangat besar
(tolak-menolak)
19
Jarak 1,0
Jarak 1,3
20
Dari data energi yang didapatkan dari berbagai konformasi dari sikloheksana
ini, dapat dibuat plot grafik energi molekul versus konformasi dengan
menggunakan Microsoft excel sebagai berikut:
atom hidrogen aksial pada cincin itu akan dirubah menjadi hidrogen
ekuaorial. Namun, dalam konformasi perahu, ikatan 1-2 ini bayangan dengan
ikatan 3-4, 1-6 dan ikatan yang bayangan dengan ikatan 5-4. Ini berarti bahwa
konformasi perahu kurang stabil daripada konformasi kursi dan sebagian
besar molekul sikloheksana ada dalam konformasi kursi. Namun, hambatan
energi kecil cukup untuk molekul sikloheksana melewati konformasi perahu
dalam proses yang disebut membalik cincin. Hal ini tergambar sebagai
berikut:
sudut
Gambar
dihedral
22
180
150
120
90
23
60
45
30
15
24
Energy aktivasi
H reaksi
25
ikatan rangkap jadi masih punya sifat ikatan sigma atau tunggal. Karena
adanya sifat semi tunggal dan semi rangkap ini maka ikatan terkonjugasi ini
mengakibatkan adanya profil perubahan energy yang cukup unik. Posisi
puncak energy tertinggi ada pada sudut dihedral 90o. hal ini terjadi karena
pada sudut 90o konformasinya bukan cis dan bukan trans yaitu konformasi
peralihan atau intermediet sehingga tidak stabil/eksis di alam. Oleh sebab itu,
energinya paling tinggi.
KESIMPULAN
(electron-electron dan inti-inti) daripada interaksi tari menarik intielektron sehingga potensial bernilai positif (energy besar). Pada jarak
yang besar, interaksi tolak menolak dan tarik menarik hamper sama
sehingga potensial akan mendekati nol seiring bertambahnya jarak.
Tetapi, pada jarak tertentu, energy potensial bernilai negative karena
interaksi tarik menarik yang lebih dominan sehingga mudah membentuk
ikatan, jarak ini merupakan jarak yang stabil.
3. konformasi bentuk kursi dinyatakan sebagai konformasi yang paling
stabil dan bentuk perahu/ biduk dinyatakan sebagai konformasi yang
kurang stabil.
4. Profil hubungan antara energi interaksi terhadap sudut dihedral pada 1,3butadiena dipengaruhi oleh ikatan terkonjugasi. Adapun konformer yang
lebih stabil pada molekul 1,3-butadiena adalah trans dan yang kurang
stabil adalah cis.
DAFTAR PUSTAKA
27
28