Filogentico relaciones entre insecto rdenes basado en tres nuc

lear codificacin de protenas gene secuencias

q

Keisuke Ishiwata
un

A, B,

Ir Sasaki

b, 1,

Jiro Ogawa

C,

b,

Takashi Miyata

Zhi-Hui Su

A, B,

Departamento de Biolgico Ciencias, Postgrado Escuela de Ciencia, Osaka Universidad, 1-1 Machikaneyama, Toyonaka, Osaka 560-0043, Japn
JT Biohistory Investigacin Hall, 1-1 Murasaki-cho, Takatsuki, Osaka 569-1125, Japn
c

Entomolgico

Laboratorio,

Facultad

de

Agricultura,

u n r t yo c l e

Ehime

Universidad,

3-5-7,

Tarumi,

Matsuyama,

Ehime

790-8566,

Japn

yo n F o

Artculo historia:
Recibido 8 Abril 2010
Revisado 20 Octubre 2010
Aceptado 6 Noviembre 2010
Disponible en lnea 12 Noviembre 2010
Palabras clave: Hexapoda Insectos
Molecular ADN filogenia polimerasa ARN gen polimerasa gene

u n b s t r un c t
Muchos intentos a resolver la phylogen

tic relaciones de mayor grupos de en

base en ambos morfolgico y molecular eviden

e; Sin

ects tener estado hecha

embargo, ms de la interordinal relaciones

de insectos permanecer claro o son controvertido. Como un nuevo enfoque, en este estudio nosotrossecuenciado tres
nuclear genes codificacin la subunidad

cataltica de ADN polimerasa delta y la dos grande subunidades de

ARN polimerasa II desde todo insecto rdenes. La previsto amino secuencias

de

cido (En totales, aprox.

amino cido sitios) de estos protenas eran sometido a

3.500

filogenticoanlisis basado en la mximo like-

verosimilitud y Bayesiano anlisis mtodos con vario modelos. La resultante rboles fuertemente apoyo la
Palaeoptera, Neoptera, Polyneoptera, y Holometabola, mientras dentro Polyneoptera, las

monofilia de

agrupaciones de Isoptera

/''''

Blattaria

antodea (SuperordenDictyopte r a), Dictyoptera / Zoraptera, Dermapter-a / Plecoptera, Mantophasmatodea / Gryl l oblattodea y Embioptera /
Phasmatodea son
a/Psocop-

apoyado.

Aunque Paraneoptera es no apoyado como un monofiltico grupo, la agrupamiento de Phthirapte

tera es robustamente apoyado. La interordinal relacionesdentro Holometabola son bien resuelto y

fuertemente Suppo

ted que la orden Hymenoptera es la hermana linaje a todo otro holometabolous insectos.
otros rdenes de Holometabola son apartado en dos grande grupos, y la interor

Los

inal relaciones

de

cada

uno grupo son (((Siphonaptera, Mecoptera),Diptera), (Trichoptera, Lepidoptera)) y ((Coleoptera,

Strepsiptera), (Neuroptera, Raphidioptera, Megal

ptera)). La hermana relacin entr

en Strepsiptera

y Diptera son tivamente

fi

signi rechazado por todo la pruebas estadsticas (AU, KH y WSH), mientras la dad fi af entre Hymenoptera y Mecopterida sontivamente
fi

signi rechazado slo por AU y KH pruebas. Nuestro los

resultados

muestran que la utilizar de amino cido secuencias de estos tres nuclear genes es un efi t ive ap cucaracha para
resolver la relaciones de mayor grupos de en s ECTS.
2010 Elsevier Inc. Todo derechos reservada.

1. Introduccin
Insectos son la ms diverso grupo de contemporneo animales en
l nichos y la nmero de especies,

la

trminos de ocupado biolgica

contabilidad para mayor que 70% de

todos animal especies y ms

que 60% de todo multicelular eucariotas (Grimaldi y Engel,

200 5). Hexapoda (Incluyendo todo con

alas y sin

alas insectos)

es de

Vided-

di en dos grande grupos, Entognatha y Ectognatha (Hennig,

195 3), basado en la estructura de mouthpa
alas rdenes, Protura, Collembola (colmbolos), y

ts. Entognatha comprende 3 sin

La nucletido secuencia datos reportado en este papel aparecer en la DDBJ

EMBL

GenBank nucletido secuencia las

bases

de

datos con la nmeros de acceso AB598692 - AB598734, AB596891 - AB596934, AB597582 - AB597625 como se muestra en la Tabla 1.

Correspondiente

autor

en:

JT

Biohistory

Investigacin

Hall,

1-1

Murasaki-cho,

Takatsuki, Osaka 569-1125, Japn.

E-mail direccin: su.zhihui @ brh.co.jp (Z.-H. Su).
1

Presente direccin: Departamento de Biofsica, Divisin de Ciencias

Biolgicas,

Graduados Escuela de Ciencia,

Kyoto Universidad, Kyoto 606-

8502, Japn.

Diplura, mientras Ectognatha (Hennig, 1953, 198 1) consiste de 2 ala-less rdenes, Archaeogn

un

tha (Colas

de

cerdas) y Zygentoma (Plata fi sh-es), y 28 con alas rdenes (Pterygota). Adems, Pterygota es morphologica l ly clasi fi
ed en dos mayor grupos,
reposo; palaeopter

Palaeoptera

y Neoptera, basado principalmente en la Con

unos

fi

guracin de la alas en

ns lata slo columpio la alas verticalmente, mientras

neopteran insectos son capaz a poner ambos pares de alas hacia

que

atrs horizontalmente encima laabdomen, con alas

anteriores cubriendo alas posteriores. Palaeoptera comprende slo dos rdenes, Odonata (Es fl dragn y damisela fl
ies) y Ephemeropte r un (Puede fl ies), mientras que Neoptera con-siste de tres grande grupos, Polyneoptera (Orthoptero i
d e assemblag:
11 rdenes), Paraneoptera (Hemipteroides e assemblag: 4 rdenes), y
Holometab o la (Endopterygota: 11 rdenes).
La megadiversidad

de insectos tiene tradicionalmente incitado considerable inters

en la evolutivo historia de este grupo, mientras lo tiene

particular, la

interrelat

1055-7903 /
$ - ver frente materia

2010 Elsevier I

nc. Todo derechos . reservada

doi: 10.1016/j.ympev.2010.11.001

onships de mayor taxa (La mayor linajes yrdenes)

gran desafiar, porque estos grupos parecer a tener originado

y tiempo marco. A fecha, muchos

tambin hecho la resolucin de su phyloge

dentro un relativamente corto evolutiona

y, en en
un
r

intentos tener ha

hecho a resolver la interordinal relaciones

de insectos basado en cualquiera

de

los

dos morfolgico evidencia (Boudreaux,

1979; Hennig, 1981; Kristensen, 1981, 1991, 1999; Kukalov-Pec k,
1991; Beutel

y Gorb, 2001, 200 6), molecular datos (Flook y

ller et al., 2002; Whiting, 2002; Kjer, 2004;

Rowell, 1998; Hovm

Yoshizawa y Johnson, 2005; Castro y Dowton, 2005; Cameron

et al,

2006.; Eld fi Whit y Kjer, 2008), o conjunto anlisis de moleculardatos y morfolgico stics carcter i (Whiting et al.,
1997; Rodador et al., 2001; Terry y Whiting, 2005; Kjer et al.,
200 6). Aunque vario proposa
menudo estado contradi

s tener estado poner adelante a

toria entre

los

partir

de

estos

anlisis, la resultados tienen

estudios, o apoyado con bajo FIABILIDAD, y por

los filogentico relaciones de la mayor clasi

fi

cacin grupos

c estudios tener Con

lo

tanto ms de

permanecen claro o controversi

un

l (Por revisar, ver Klass (2009)).

Ms molecul

un

r phylogenet

fi

rmado la mono-phyly de

Pterygota (Alas insectos) (Wheeler et al., 2001; Terry y Whiting, 2005; Yoshizawa y Johnson, 2005; Kjer et al.,
2006; Mallatt y Giribet, 2006; Misof et al., 2007; von Reumont
que slo un pocos estudios han

et al., 2009; Regier et al., 201 0), mientras

sugerido que el

sin

Pterygota (Kjer, 200 4). Dentro Pterygota, aunque la monofilia

alas orden Zygentoma es anidado dentro

deambos Neoptera y

Holometab

la (Un clado de Neoptera) tiene contado con el apoyo por la resultados de casi todo molecular phylogenet i c analYses basado en un variedad de datos

moleculares y diferente mtodos

analticos (Kjer, 2004; Yoshizawa y Johnson,2005; Misof et al.,

200 7), no fuerte evidencia tiene estado obtenido a

partir

con- a fecha a apoyo la monofilia de cualquiera

de

de
los

estudios canalizado

dos Polyneo

tera

o Paraneoptera (Flook y Rowell, 1998; Ogden y Whiting,

2003; Kjer, 2004; Yoshizawa y Johnson, 2005; Misof et al.,
200 7). Para Palaeoptera, lo tiene estado discutido como ''

El

problema

Palaeoptera'' (Hovm ller et al., 200 2). La monofilia tiene estado bien
apoyado por algunos estudios (Hovm ller et al., 2002; Kjer et al.,
2006; Meusemann

et al., 201 0), mientras la rival hiptesis,

hermana

Ephemero

tera a

Neopter

una, tiene tambin recibido bueno apoyo (Kjer, 2004; Yoshizawa y Johnson, 2005; Kjer et al., 2006; Misof
et al., 2007; Meusemann et al., 2010). En Adems, laagrupamiento de
Odonata y Neoptera parece a ser la ms convincente desde un
morfolgica punto de vista (Kristensen, 1991; Beutel y Gorb,
200 6) y la comparativo embriolgico punto de vista (Tojo, 200 9).
En la otro parte, la interord i Nal relaciones dentro estos altos taxones, en particula r, dentro Polyneopte r a
y Paraneoptera,

son tambin sin

resolver. En estos dos grupos, slo la hermana relaciones de Phthirptera + Psocoptera (Yoshizawa y Johnson, 200 3) y
Grylloblatto d ea + Mantophasm un Todea (Terry y Whiting,
2005; Arillo y Engel, 200 6), y la monofilia de superor d er
Dictyoptera (Mantodea, '' Blattaria'', y Isoptera) (Inward et al.,
200 7), tener estado coinci n TLY apoyado por molecul un r y mor-morfolgica estudios (Wheeler et al., 2001; Kjer et
al., 2006). En pesar de los numerosos estudios sobre tal RELACIN i ps dentro Holometab o la, la phylogenet i
c posiciones de la dos rdenesStrep-siptera (Trenzado
hormigas, y avispas) tener tambin sido sujeto

a largo

s continuar a recibir atencin (Longhorn et al., 201 0).

ng parsitos) y Hymenopte
dispu

e, y la

un (Vi

ies

fl, abejas,

controversi

Molecular enfoques para

el

examen

de insecto phyloge

y tienen

tpicamente dependido en 18S y 28S rRNA gene secuencias (Wheeler et al., 2001; Hovm
ller et al., 2002; Whiting, 2002; Kjer, 2004;

Misof et al., 200 7), aunque varios estudios tener examinadomito-

mitocondrial gene secuencias (Cameron et al., 2006; Zhang et al.,

200 8), histona H3 (Ogden y Whiting, 200 3), y factor de elongacin (EF) 1 - una (Kjer et al., 200 6) para phylogenet i
c comparaciones. Resultados basado en rRNA genes son muy

de

la

fl

uenciados por taxn

de

muestreo, secuencia alineacin, y anlisis mtodos(Carmean

et al., 1992; Pashley et al., 1993; Chalwatzis et al., 1996; Whiting,
2002; Ogden y Whiting, 2003; Kjer, 2004), suggesti

g que ellos

son no muy apropiado para investigar la interordinal relaciones de insectos, y otro molecular marcadores son necesario
a
resolver este cuestin. Reciente estudios que hecho comparaciones basado
en mltiple nuclear gene secuencias representar un prometedor aproximacin
alternativa para resolver la filogenia entre insecto rdenes (Savard et al., 2006; Simon et al., 2009; Wiegmann
etal., 2009; Longhorn et al., 201 0).
En este estudio, nosotros usado un molecular conjunto

de

datos que

consiste

en tres

grandes nuclear genes codificacin la cataltico subunidad de

ADN polimerasa delta (DPD1) y la dos grande subunidades de ARN polimerasa II (RPB1 y RPB2) a dilucidar insecto
filogenia,

centrndose

especialmente en la ambigedad de monoph

tera y Paraneoptera, y en cualquiera

grupo para Holometab

de

los

dos Polyneo

la, como bien como

ly de Palaeoptera, Polyneop-

tera o Paraneoptera

debe ser considerado la hermana-

eninterordinal relaciones.

secuencia de estos genes desde 49 especies Represento

El previsto amino cido datos

i

de

la

ng todo Pterygota o-

dores y tres Apterygota rdenes eran sometido a anlisis

filogenticos basado en la mximo verosimilitud mtodos (ML) con diversos modelos y Anlisis bayesiano. Estadsticas a
l pruebas para es

la

hiptesis

s sobre la filogentico posiciones de

los rdenes

Strepsip

era y Hymeno

tera era tambin realizado utilizando la UA, KH y WSH pruebas.

2. Materiales y mtodos
2.1. Muestreo
En totales, 49 especies que representa todo Pterygota rdenes y tres Apterygota rdenes (Zygent o ma, Archaeogn un
tha, y Diplura)

se

utilizaron en este estudio (Tabla 1). Tres nuclear genes, la cataltico subunidad de ADN polimerasa delta (DPD1)
y la dosgrande subunidades

de ARN polimerasa II (RPB1 y RPB2, respectivel

y) eran

ed

fi

amplificador

de 44

especies por reversa transcriptasa r iption (RT)-PCR y secuenciacin e d, mientras que la secuencia datos de la restantes ci
nco especies (Pediculus

humanus, Nasonia

vitripenni

s, Tribolium Castaeu

m, Anofeles -gam

bia

e, y Drosophila melanogaste R) eran recuperado desde secuencia publicada bases de datos.

2.2. ARN extraccin, marcha atrs i transcripcin en, PCR, y secuenciacin
Vida especmenes eran usado para ARN extracti

la cuerpo tamao de la muestra espcimen, total ARN era extrado

n. Dependiente en
de cualquiera

de

los

dos un parte de la espcimen, tal como la piernas y antenas,

o la todo cuerpo, uso ISOGEN (NipponGene). La total ARN

fue reversa

transcriptasa

ibed a cDNA

utilizando la INTELIGENTE RACE cDNA Ampli fi c acin Equipo (Clontec h) con SuperSc r ipt III Reverse Transcri p tase (Invitrogen) o PrimeScript

inversa Transcriptasa (Takarabio).

La ADNc eranentonces

se

utiliza como plantillas para PCR cacin fi ampli con LA-Taq (Takarabio). La sentido y antisentido degenerado cebadores
para la tres genes eran diseado desde conservado amino cido res-idues de cada gene desde cualquiera

de

los

dos animales o animalesy plantas combinado- (Figs. S1 - S3 y Tabla S1, Complementarias t ary materiales). La rst fi,
mltiples

conjuntos de sentido y antisentido degenerado primers para cada

gen eran usado a amplificar fragmentos de la gene uso ADNc como templat e s. La PCRcondiciones eran como de la
siguiente manera: rst fi paso: 94 C /
1 min para desnaturalizacin; segundo paso (5 ciclos): 94 C/20 s para desnaturalizacin, 42 - 55 C/20 s para cartilla de
recocido, y 68 C / 2 - 6 min para extensin; tercera paso (30 ciclos): 94 C/20 s para desnaturalizacin,
50 - 60 C/20 s para cartilla de recocido, y 68 C / 2 - 6 min para exten-sin; ltimo paso: 68 C / 5 min para un fi
nal extensio

n. La hibridacin

del

cebador temperatura y extensin tiempo depender

lor de la cartilla conjunto usado y la longitud de laesperado PCR pro-ductos (Acerca 1 min

e
/

d en la

va-

Tm

1 kb), respectivel

y. Anidado PCR era realizado a cabo utilizando primario PCR producto como un templat E, si es necesario, bajo lo
mismo condiciones como la rst

fi PCR o uso diferente cartilla conjuntos Para

pequeos fragmentos de mejor ceder. La PCR productos

d directamente uso un ABI 3130xl

con longitud

esperada eran puri

los
fi

ms

ed y secuenciacin

Tabla 1
La lista de taxa coleccionado y examinado para este estudio.
Orden Especies Muestra nmero Localidad

DDBJ / EMBL / GenBank nmero de

acceso Datos conjunto

Diplura

Metriocampa sp.
Lepidocampa weberi

Archaeognatha

Pedetontus UNIM un culatus

Petrobiellus takunagae

Zygentoma

Nipponatelura sp.
Thermobia domestica
Isolepisma japonica

Odonata

Epiophlebia superstes
Mnais pruinosa pruinosa

Ephemeroptera

Efmera japonica
Isonychia japonica

Phasmatodea
Embioptera
Grylloblattodea
Mantophasmatodea
Orthoptera

Phraortes illepidus
Aposthonia japonica
Galloisiana yuasai
Karoophasma biedouwensis
Patanga japonica
Euconocephalus varius
Teleogryllus emma

Plecoptera
Dermaptera

Oyamia lugubris
Euborellia plebeja
Para cula fi hiromas una i

Zoraptera
Mantodea
'''' Blattaria
Isoptera
Thysanoptera

Zorotypus sp.
Tenodera aridifolia
Blattella nipponica
Reticulitermes speratus
Los trips palmi
Gynaikothrips corum fi

Hemiptera

Cryptotympana facialis
Anacanthocoris striicornis

Bemisia tabaci
Uroleucon nigrotuberculatum
Psocoptera

Metylophorus sp.

Phthirptera

Pediculus hu m Ano

44
54
39
41
66-1
2
46
29
31
E-4
68-1
E-37
85-1
153-1
157a
11
7
E-57
E-67
10
O-52
154-1
E-65
14
E-75
E-63
O-26
49
6
109-2
73
E-43
E-35

Hokiya Monte, UED a, Nagano, Japn

Shimoda, Shizuoka, Japn
Shiroyama, Shimoda, Shizuoka, Japn
Shiroyama, Shimoda, Shizuoka, Japn
Shimoda, Shizuoka, Japn
previsto por Dr. Teruyuki Niimi
Shirahama, Wa k ayama, Japn
Kibune River, Sakyo-ku, Kyoto, Japn
Kibune River, Sakyo-ku, Kyoto, Japn
Oino-machi, Matsuyama, Ehime, Japn
Ro Akuta, Onoharaizuriha-cho, Nishikyo-ku, Kyoto, Japn
Kamihayashi, Toon, Ehime, Japn
Korimoto, Kagoshima, Japn
Norikura Highlands, Adum i, Matsumoto, Nagan o, Japn
Namaqualand, Sur frica
Yodo River, Torikaishimo, Settsu, Osaka, Japn
Yodo River, Torikaishimo, Settsu, Osaka, Japn
Kamo River, Furukawaotsu, Saijyo, Ehime, Japn
Higashigawa-machi, Matsu y ama, Ehime, Japn
Yodo River, Torikaishimo, Settsu, Osaka, Japn
Oppa Monte, Nakij i n, Okinawa, Japn
Lata Iskan d ar, Cameron Highlands, Malasia
Mizonobe-machi, Matsu y ama, Ehime, Japn
Kanmakiyamate-cho, Takatsuki, Osaka, Japn
Tarumi, Matsuyama, Ehime, Japn
Shimoidai-machi, Matsuyama, Ehime, Japn
Miyagi-jima, Yonashirouehara, U ruma, Okinawa, Japn
Murasaki-cho, Takatsuki, Osaka, Japn
Misawa-cho, Ibaraki, Osaka, Japn
Syakudo, Habikino, Osaka, Japn
Hagitani, Takatsuki, Osaka, Japn
Kamihayashi, Toon, Ehime, Japn
Kamihayashi, Toon, Ehime, Japn

DPD1

RPB1

AB598692

AB596 8 9

AB598693

AB596 8 9

AB598694

AB596 8 9

AB598695

AB596 8 9

AB598696

AB596 8 9

AB598697

AB596 8 9

AB598698

AB596 8 9

AB598699

AB596 8 9

AB598700

AB596 8 9

AB598701

AB596 9 0

AB598702

AB596 9 0

AB598703

AB596 9 0

AB598704

AB596 9 0

AB598705

AB596 9 0

AB598706

AB596 9 0

AB598707

AB596 9 0

AB598708

AB596 9 0

AB598709

AB596 9 0

AB598710

AB596 9 0

AB598711

AB596 9 1

AB598712

AB596 9 1

AB598713

AB596 9 1

AB598714

AB596 9 1

AB598715

AB596 9 1

AB598716

AB596 9 1

AB598717

AB596 9 1

AB598718

AB596 9 1

AB598719

AB596 9 1

AB598720

AB596 9 1

AB598721

AB596 9 2

AB598722

AB596 9 2

AB598723http://phumanus.AB598724 AB596 9

22vectorbase

Hymenoptera

Neocolochelyna Itoi

AB596 9 2
Vespa analis insularis

E-76

Tarumi, Matsuyama, Ehime, Japn

Nasonia vitripennis
Megaloptera
Raphidioptera
Neuroptera
Strepsiptera
Coleoptera

Protohermes grandis
Inocellia japonica
Chrysoperla nipponensis
Stichotrema asahinai
ERETES sticticus
Lucidina biplagiata

E-74
115
87
91-2
E-53
E-19

Higashigawa-machi, Matsu y ama, Ehime, Japn

Hatadera, Matsu y ama, Ehime, Japn
Sakae-machi, Takatsuki, Osaka, Japn
Syurisueyoshi-cho, Naha, Okinawa, Japn
Saijyo, Ehime, Japn
Higashino, Matsuyama, Ehime, Japn

Tribolium castaneum
Lepidoptera
Trichoptera
Diptera

Papilio polytes
Stenopsyche marmorata

5
E-68

Okinawa-jima, Okinawa, Japn

Higashigawa-machi, Matsu y ama, Ehime, Japn

Anofeles gambiae
Drosophila melanogaster

Mecoptera
Siphonaptera

Panorpa takenouchii
Ctenocephalides felis

s, Muestras usado para cada anlisis.

E-34
53

Kamihayashi, Toon, Ehime, Japn

Shimogamo, Sakyo-ku, Kyoto, Japn

AB598725

AB596 9 2

XM_001606307

AAZX010

AB598726

AB596 9 2

AB598727

AB596 9 2

AB598728

AB596 9 2

AB598729

AB596 9 2

AB598730

AB596 9 2

AB598731

AB596 9 3

XM_962197

XM_9683

AB598731

AB596 9 3

AB598732

AB596 9 3

XM_320778

X M_3176

X88928

NM_0 7 8

AB598733

AB596 9 3

AB598734

AB596 9 3

Gentico Analizador (Aplicada Biosystems). La en segundo lugar, a amplificar la

3

y 5

extremos de ADNc, sentido y antisentido genes

especfi

ca cebadores

(GSP) eran diseado basado en la secuencias obtenido desde la

PCR productos descrito ms

arriba, y estos primers eran usado para

3

y 5

Rpido Ampli cati fi n o de cDNA Extremos (RACE) uso un INTELIGENTE

RACE cDNA Cacin

fi

Ampli Equipo (Clontech). La PCR productos se

secuenciaron uso la idntico mtodo descrito anteriormente. La pasado, el de larga duracin codificacin secuenciacin e
s (CDS) eran fi nalmente ed fi ampli usando ADNc como templat e s porGSP cartilla conjuntos que eran diseado -ing
acuerdo a la secuencias de 3

y 5

extremos de ADNc, y secuenciado. La completa o casi completo secuenciacin e

s de ADNc de los tres genes eran obtenido desde todo la especies usado en este estudio (Figs. S1 - S 3).
2.3. Secuencia alineacin, filogentico rbol inferencia, y pruebas estadsticas
La previsto amino cido secuencias de la tres nuclear genes
i (Katoh et al., 200 5) y entonces de

forma

eran alineado por MAFFT L-INS-

manual inspeccionado. Brechas y regiones

ambiguas

alineados

eran excluyeron- desde cada alineado conjunto de datos. Elphyloge n etic rboles se infiere por la mximo likeliho o
d (ML) mtodo y Anlisis bayesiano. El ML anlisis fueron realizado en la GAMT programa (K a t o h e t un l., 2
0 01) w i t h L G - C-F (L e a n d G a s c u l e, 2 0 08), W A G - C-F (Whelan y Goldman, 2001) y JTT - CF (Jones et al., 199 2) mo-delos, y tambin en RAxML programa (Ver. 7.0.4) (Stamatakis, 200 6) con WAG-CAT-F y
WAG-C-F modelos.
Para la anlisis en la GAMT, la condiciones de la bsqueda fueron
manera. Inicial rboles eran generado por la Nueva
ped alineaciones de cada conjunto

de

los de

la

siguiente

Jersey mtodo (Saitou y Nei, 198 7) desde 1000 bootstra

datos; tamao de poblacin:100000; tamao de rboles que eran sometido

a la TBR modi fi cacin: 100. La alignme combinado n t conjunto de datos y independe n t alineacin conjuntos de
datos de la tres protenas

secuencias eran usado para la anlisis con cada modelo, respectivamente.

Lalog-likel

cap valores eran calculado para todo topologas de la

resultante poblacin. Para adems anlisis, la candidato topologas
fueron seleccionado desde resultante poblaciones basado en la independiente alineacin conjunto

de

datos de cada gene solo, y tambinla 'Combinado' alignme n t conjunto de datos como de la siguiente manera. Si
un topologa yo tenido un
verosimilitud valor (Dln L

relativamente alto logi

<R

donde Dln L

i,

representa la diferencia de log-verosimilitud valores entre ML rbol y

el rbol i; r representa la estndar error), la topologa era seleccionado

i

como un candidato. Additio n al topolgica e s con r

<3 r

6 Dln L
i

<2 r

6 Dln L
i

o
i

eran tambin seleccionado desde la conjunto alineacin

i

conjunto de datos. Candidato topologas excluyendo duplicado topologas fueron sometido a adems anlisis. La log-likel i
cap valor de cada
datos de cada

candidato topologa era independe

gen

TLY computarizada uso la la

solos y entoncestotalizado. Este procedimiento

este papel. Otro tipo de

alineacin conjunto

de

es referido a como 'Independiente' anlisis, en

log-verosimilitud valor para cada candida

e topologa se

calcula

utilizando la conjunto alineacin, que es de aqu en adelante referido a como

'Concatenado alineacin

" anlisis. En la GAMT programa, 'Fiabili-dad ndices

' son usado como apoyo valores para nodos en la ML rbol.

La 'Fiabilidad index

diferencial

verosimilitud valor (Ln L

e D
M L)

[=

(ln L

ML

ln L / r donde r
i)

i,

' en cada nodo representa el

representa la estndar error]en-tre la log-

de la ML rbol y que

(Ln L

i)

de rbol yo dando la ms

pequeo D valor entre rboles que no apoyo la clustering de la dos linajes en la nodo. Cuando
un nodo tiene un 'Fiabilidad index

' que es mayor que 1, a

saber que

el c

diferencial

e (Dln L) de la log-

verosimilitud valor es lager que la estndar error (R), lo es pensamiento que la nodo tiene un bueno apoyo.

Para la anlisis en RAxML 7.0.4 (Stamatakis, 200 6), concatenacin

nado alineacin conjunto

de

datos de la tres protena secuencia era acostumbrados a construir ML rboles con la WAG-C A-TF y WAG

- C-

F modelos, y no paramtrico 1000 bootstrap carreraseran realizado para cada ML anlisis a evaluar la nodo apoya.
Bayesiano inferencia anlisis

fue realizado uso MrBayes

v3.1.2. (Huelsenbe c

k y Ronquist, 2001; Ronquist y

Huelsenbe c k, 2003; Altekar et al., 200 4) con WAG - C modelo. Cada anlisis era ejecutar de 2000.000 generacin de
s, la rbol era muestreado cada1000 generacin (Burn-in = 500000 generaciones). Bayesiana posterior probabiliti e s
eran obtenido desde la mayora regla del consenso rbol muestreado despus la inicial burn-in perodo.
La

aproximacin t

ely imparcial (UA), la Kishino

asegawa (WSH) pruebas eran utilizado

Hasega w

un (KH)

y la ponderado Shimodaira

para pruebas la posible hiptesis relativa

la posicin

filogentica

de la insecto rdenes Strepsiptera y Hymenoptera usando el CONSEL paquete (Shimod una ira y Hasegawa, 200 1).
3. Resultados
3.1. Secuencias y propiedades de la molecular marcadores
Para seleccin de molecul un r marcadores, tres conditio n s eran con-considerado como primario criterios: (1) protena
grande de bacalao i ng los genes; (2) ningn gen duplicacin en el genoma; (3) un mucho de variable sitios distribucin t
ed

sobre la todo genesecuencia. Primero de todo, nosotros escogido ms de

diez genes como la candida

es de molecular marcadores, y comparaciones e d la amino cido secuencias de estos genes desde la animales cuyos
datos son disponible en

bases

de

datos. Entonces, varios

genes eranusado en

prelimina

y experimento

s,

y tres genes (DPD1, RPB1 y RPB2) eran fi nalmente seleccionado como la molecul un r marcadores en este estudio.
Nos con xito obtenido la secuencias de la tres genes desde todos los taxa usado en este estudio (Figs. S1 - S 3;la fi
ve taxa cuyo secuencia datos son disponible en las

bases

de

datos eran no incluido en estas

fi

guras). Para DPD1, la completo secuencia era obtenido desde 28 taxones, y acerca de 45-79 aa eran perdido en 5

Terminal de

los secuencias de la restante 16 taxa

debido de la experimental fracaso en 5

RACE PCR (Fig. S1). Para RPB1, la secuencias de 33 taxa

fueron 5

-Completo, y restante 11 taxa perdido acerca

de 1-14 aa
5

-Terminal de los amino cido secuencias. La 3

-Terminal regin

(Aprox. 400 aa) de este gene incluye gran repeticin secuenciacin e s, y es no apropiado a usado para phylogenet i
c anlisis. Por

lo

tanto, hizo no complet

ly secuencia la 3

para ms taxones (Fig. S2). Para RPB2, 7 taxa perdidoacerca

-Terminal regin de este gen

de 19 aa 5

-Ter-minus de

los amino cido secuencia, y restante taxa todo fueron complet e ly secuenciado (Fig. S3).
Conocer la bsico informacin de la molecular marcadores para

phyloge

anlisis

etic, la dimensiones de variante amino cido en sitios DPD1, RPB1 y RPB2 genes eran calculado desde tres conjuntos
de datos, que eran alineado basado en tres grupos de insectos,Ectognatha, Polyneo p tera y Holometabola (Tabla 2). La por
parejas p-distancia

de la amino cido secuencias

dores eran calculado, y la mximo y mnimo las

la Tabla 2. La evolutivo distancias de treslinajes

de la tres genes entre insecto o-

distancias
(Epheme

Optera

mayor que otro linajes, as la mximo por

son se
R,

muestra

en

Dermaptera y Strepsiptera) eran notablemente

parejas distancias

con

exclusin estos linajes eran tambin muestra en Tabla 2. Estos

resultados

mostraron que DPD1 es ms variable que otro dosgenes, y RPB2

es la ms conservador uno entre la tres genes. Adems, todo de

estos genes mostr ms variante amino cido en

sitios holometab o - Lous insectos que en polyneopte r ans.

3.2. Phyloge n etic anlisis entre insecto rdenes
Nosotros realizado la phylogenet

s de la tres genes desde todo muestras usado en este estudiar

F modelos), RAxML (WAG-C-F y WAG-C

anlisis basado en la aminocidos secuenciacin

con GAMT (LG

C-F, WAG

C-F y JTT-C-

A-TF modelos) y MrBayes(WAG-C modelo), y

dos especies de Diplura eran usado como un outgroup en estos anlisis. La amino cido secuencia alineacin conjuntos
de datos de la tres genes,

Tabla 2
Dimensiones de variante amino cido sitios en DPD1, RPB1, y RPB2 desde tres insecto grupos y pairwise p-des t
miento

una

de amino cido secuenciales c es de la tres genes entre rdenes de insectos.

Datos conjunto

Gene

Total

Variante

Variante / total de p-distancia

612

0.682

MAX
Ectognatha (47OTU)

DPD1

897

MIN

0.3668

0.0948

(Isoptera /'''' Blattaria)

0.0182

(Isoptera /'''' Blattaria)

0.0105

(Isoptera / Mantodea)

0.0986

(Isoptera /'''' Blattaria)

0.0182

(Isoptera /'''' Blattaria)

0.0113

(Isoptera / Mantodea)

0.1737

(Siphonaptera / Mecoptera)

0.0364

(Neuroptera / Raphidioptera)

0.0193

(Siphonaptera / Mecoptera)

(Strepsiptera / Ephemeroptera)

0,342 3

(Megaloptera / Hemiptera)
RPB1

1425

450

0.316

0.1330

(Diptera / Strepsiptera)

0.117 2
RPB2

1140

293

0.257

(Diptera / Phthirptera, Diptera / Thysanoptera)

0.1208
0,0645

(Strepsiptera / Hymenoptera)
b

(Diptera / Archaeognatha)
Polyneoptera (14OTU)

DPD1

943

439

0.458

0.2688
(Dermaptera / Phasmatodea)

0.223 8

(Zoraptera / Phasmatodea)
RPB1

1430

218

0.150

0.0734
0.0615

(Dermaptera / Plecoptera)
b

(Embioptera / Plecoptera)

Holometabola (16OTU)

RPB2

1148

120

0.104

0.0375

DPD1

927

583

0.629

0.3614
0.3506

(Zoraptera / Phasmatodea)
(Strepsiptera / Neuroptera)
b

(Trichoptera / Megaloptera)
RPB1

1429

335

0.234

0.1330
0.100 4

(Diptera / Strepsiptera)
b

(Diptera / Raphidioptera)
RPB2

1141

233

0.204

0.1201
0.064 0

(Strepsiptera / Hymenoptera)
b

(Diptera / Neuroptera)
un

Promedio p-distancia era calculado, cuando ms que uno especies eran examinado en uno orden.
Calculado con excluyendo la extraordinariamente largo ramas (Strepsiptera, Dermaptera, y Ephemeroptera), remitir a La figura. 1.

que eran sometido a la phylogenet i c anlisis, incluido 897 aa

de DPD1, 1425 aa de RPB1 y 1140 aa de RPB2, respectivamente. La
resultados de la filogentico anlisis son muestra en La figura. 1 y Tabla 3. La rbol topologa muestra en La
figura. 1 era la ML rbol inferido desde la

}
1

Ctenocephalides felis

P anorpa ta k enou c hii

2

D r osophila melan o gster

Siphonaptera
Mecoptera
Diptera
Mecopterida

12

7
8
11

Anofeles gambiae
C Stenopsy l marmo r ata
P apilio polytes

T ribolium castaneum
Lucidina BIPL un giata
E r etes sticticus
T richoptera
Lepidoptera
Coleoptera
Strepsiptera
Sti

c caliente r ema

asahinai

15

Chrysoperla ni pponensis Neuroptera

17

13

14
10

Nasonia vitripennis
V espa analis
Inocellia japonica
Otohermes P r g r Andis
Raphidioptera Neuropterida
M e galoptera
Hymenoptera
23

16
18
20

Neocolo c helyna Itoi

P ediculus humanus
Metylophorus sp.
Bemisia tabaci
U r oleucon nig r r otube culatum
Phthirptera
Psocoptera
Hemiptera

P araneoptera

19
22

21
24

37

26

25

29
27
34

28

Cryptotympana facialis
Gynai k othrips f icorum

Los trips palmi

Reticulitermes spe r ratos Blattella nipponica T eNodo r un aridifolia
Zo r otypus sp. T ele o gryllus emma Euconocephalus varius
P atanga

japonica

Anacanthocoris striicornis
Isoptera
"Blattaria"
Mantodea

Dictyoptera

Zoraptera
Orthoptera
Thysanoptera
41

31
36

30
Oyamia lugubris
Icula F o f hi r omasai
EUBO r Ellia plebeja
Dermaptera
Plecoptera
Polyneoptera
32
33
44

35

Ka r oophasma biedouwensis
Galloisiana yuasai
Aposthonia japonica
Aortes Ph r illepidus
Mantophasmatodea Grylloblattodea Embioptera Phasmatodea
38
40
39

Mnais pruinosa

Isony c hia japonica

Epheme r un japonica
Ephemeroptera
Odonata

P alaeoptera
Epiophlebia stes supe r
42
43

Thermobia

Isolepisma

japonica

domestica

Nipponatelu r a sp.
45 P et r obiellus Takun un gae
P edetontus unimaculatus
Zygentoma
Archaeognatha
0.05
46

Lepidocampa weberi
Metriocampa sp.

Diplura
La

figura. 1. La ML rbol que

RPB2 genes. La topologa era ob

muestra la relaciones

entre

mantenida

los insecto rdenes, deducida

de la amino cido secuencias de la DPD1, RPB1

desde la 'Independiente' anlisis con LG

F modelo implementado en GAMT programa. ML anlisis con otro modelos y Bayesiano inferencia eran tambinrealizado fuera como descrito en
seccin 2. La nodos

del

y
Cla

rbol son numerada, y la apoyo valores para cada nodo son muestra en Tabla 3. La nodos con nmeros

circulados son no apoyada por algunos mtodos analticos (Consulte a Tabla 3).

Tabla 3
Confiabilidad ndice de
Nodo No.

un

(GAMT), bootstrap valor (RAxML), y posterior probabilidad (MrBayes) apoyo no d es en la rbol de La figura. 1.

GAMT

RAxML

LG-C-F
Un

WAG - C-F

concatenados

WAG-CAT-F

WAG-C-F

WAG - C

Una

Concatenados

Independiente

Concatenados

Independiente

Concatenados

Concatenados

Concatenados

separada

JTT - C-F

MrBayes

1.5

1.6

1.4

1.5

1.3

1.5

100

100

1.00

2.2

2.1

2.1

2.5

1.9

2.5

100

100

1.00

1.7

1.5

1.5

1.5

1.6

1.5

100

100

1.00

1.6

1.7

1.5

1.6

1.4

1.5

100

100

1.00

2.7

>3

2.6

>3

2.5

>3

100

100

1.00

1.5

1.5

1.3

1.3

1.3

1.3

100

100

1.00

0.74

0.72

0.56

0.49

0.41

0.46

94

94

1.00

2.1

2.0

2.0

2.4

2.0

2.6

100

100

1.00

0.32

0.13

0.36

0.18

0.25

0.13

66

66

1.00

10

>3

>3

2.9

>3

2.8

>3

100

100

1.00

11

>3

>3

>3

>3

>3

>3

100

100

1.00

12

0.74

0.88

0.62

0.84

0.61

0.94

77

77

1.00

13

1.9

1.8

1.6

1.6

1.7

1.7

100

100

1.00

14

>3

>3

>3

>3

>3

>3

100

100

1.00

15

1.0

0.92

0.80

0.72

0.76

0.71

75

75

1.00

16

>3

>3

>3

>3

>3

>3

100

100

1.00

17

0.040

0.065

0.054

18

0.82

0.73

0.69

0.60

0.52

0.53

96

96

1.00

19

1.1

0.80

1.0

0.81

1.0

0.79

99

99

1.00

20

2.5

>3

2.5

>3

2.4

>3

100

100

1.00

21

>3

>3

>3

>3

>3

>3

100

100

1.00

22

0.23

0.11

0.22

0.16

0.13

0.19

0.93

23

0.052

0.11

0.011

0.14

26

26

0.52

24

0.70

0.56

0.61

0.54

0.56

0.51

84

84

1.00

25

2.1

1.9

1.9

1.5

2.0

1.5

100

100

1.00

26

0.32

0.11

0.16

0.10

32

32

1.00

27

0.50

0.26

0.39

0.36

0.40

0.38

46

46

0.99

28

0.50

0.26

0.39

0.33

0.41

0.38

38

38

1.00

29

0.32

0.11

0.16

0.10

18

18

0.99

30

>3

>3

>3

>3

>3

>3

100

100

1.00

31

0.78

0.49

0.65

0.40

0.62

0.46

36

36

1.00

32

1.3

1.3

1.3

1.0

1.1

1.1

100

100

1.00

33

0.001

34

0.001

0.056

0.054

35

0.82

0.55

0.76

0.60

0.65

0.55

83

83

1.00

36

1.0

1.0

0.80

0.79

0.97

0.87

65

65

1.00

37

2.3

2.1

2.3

2.6

2.0

2.6

100

100

1.00

38

>3

>3

>3

>3

>3

>3

100

100

1.00

39

2.7

>3

2.6

>3

2.4

>3

100

100

1.00

40

0.38

0.47

0.42

0.38

0.33

0.38

82

82

1.00

41

0.22

0.21

0.16

0.15

0.053

0.13

35

35

42

>3

>3

>3

>3

>3

>3

100

100

1.00

43

0.75

0.50

0.63

0.48

0.51

0.38

86

86

1.00

44

1.2

1.2

1.1

1.2

1.0

1.1

100

100

1.00

45

>3

>3

>3

>3

>3

>3

100

100

1.00

46

>3

>3

>3

>3

>3

>3

100

100

1.00

-, No apoyado.
un

Para explicacin, remitir a Seccin 2.

'Independiente' anlisis con la LG

C-F modelo en GAMT. Este topologa

fue esencialmente la mismo a la resultados obtenido desde la otro anal-Yses con

excepcin

de

ocho ramificacin

nodos (Nodo Nos. 17, 22, 23, 26, 29,

33, 34 y 41; llamado inestable nodos abajo), que eran no sup
portado- por algunos anlisis (Tabla 3). Aunque la alterativa topologas involucrado en estos inestable ramificacin
nodos eran obtenido

partir

de la anlisis con otro modelos, la apoyo valores eran

muestra). Como visto en Tabla 3, la nodo No. 41 (fig. 1) fue no apoyado slo por Anlisis
una topologa
relaciones

alterativa con un reemplazo de phylogenet

[(Neoptera,Zygentoma), Palaeopte

c posicin
r

muybajo (Datos no se
bayesiano, que dio

entre Zygentoma y Palaeoptera, a

saber las

a] eran apoyado (La probabilidad

posterior era 0,58). Este resultado fuerza ser la efecto de la rama

larga atraccin (LBA) PHENOMEN

n. En la conjunto, la resultados obtenidos a partir de estos anlisis fuertemente apoyo la monofilia de Palaeoptera, Neopter
una, Polyneo p tera, y Holometabola, y que Archaeogn un THA es la hermana linaje a todo otro ectognatha n s. Ms
an, la interord i Nal RELACIN i ps dentro Holometab o la fueron bien resueltas con fuerte soportes (Fig. 1, Tabla 3).
Como visto en La

figura. 1, la especies de tres rdenes, Strepsiptera, Der-maptera

un mostr extraordinariamente largo ramas

y Ephemeropte

en la rbol. A ver la efecto de LBA, nosotros realizado fuera la phyloge-

ntico anlisis con excluyendo la secuenciadatos de estos especies utilizando GAMT (LG-C-F modelo) y RAxML (WAGCAT-F modelo).

El resultados mostr que no topologa diferencias

estos anlisis como comparado con la resultados

en la inestable nodos

vistos en La

fueron fundar en

de la original anal-Yses, exceptuando la relationshi

figura. 1 y Tabla

3 (Datos no se

muestra). La RELACIN

sinvolucrado
i

ps sin

resolver- en la original anlisis todava eran no resuelto en estos anal-Yses. Estos resultados sugerir que la largo ramas
hizo no afectar los resultados en laoriginal anlisis.
3.3. Phyloge n anlisis etic de Polyneoptera y Paraneoptera
En la anlisis uso la completo conjunto de taxones, la RELACIN

ps al basal linajes de Paraneoptera y Polyneoptera eran no resolvieron

bien, excepto que la monofilia de Polyneoptera WAS
general, la utilizar deapropiado

estafa

fi

rmado con bueno apoyo. En en

grupos

externos y seleccionado taxones, que tener derivacin longitudes cerca

de cada otro, a

menudo mejorar la resultados de filogentico anlisis.

As nosotros realizado adems anlisis con un seleccionado conjunto de

taxones;

(1) Zygentoma era usado como unoutgroup como lo es cerca a Pterigomandibular-ta; (2) Cuatro especies eran seleccion
ado como la en representantes e s de Holo-metabola como su derivacin longitudes (Consulte a La figura. 1) eran
bastante

ms

cerca a que de

Polyneoptera y Paraneoptera especies.En

consecuencia, 33 especies (Tabla 1) desde 22 rdenes incluyendo todo rdenes

un y Paraneoptera eran usado en
alineados

los

anlisis. El

33

de Polyneopte

amino cido secuenciacin

s de la tres genes desde la Fueron

especies, y la resultante alineacin conjuntos

de

datos, que incluyeron 943 aa de DPD1, 1430 aa de RPB1, y 1148 aa de RPB2

era sometido a filogentico anlisis. La

figura. 2 espectculos la ML rbol

inferido desde la 'Independiente' anlisis con LG-C-F modelo

de otroanlisis son muestra en la

Tabla

ramificacin nodos tener mejorado en

S2 (Supplementa

sobre
r

GAMT programa. La resultados

y materiales). La fiabilidades de ms

comparacin a la resultados

de

mostrados en Tabla 3, para ejemplo, la

fiabilidad ndices (GAMT) el apoyo la monoph y ly de Polyneopte r un todo eran mayor que
1, y la bootstrap valores (RAxML) eran 94% (Nodo No. 24 en la
figura. 2 y Tabla S2). As nuestro resultados fuertemente apoyado que

Polyneopte

un es monofiltico. Dentro Polyneopte Ra, la agrupacin de los la tres rdenes Mantodea, '' Blattaria'', y Isoptera,que
son a

veces taxonmicamente tratados como la superorder Dictyop-tera, y la hermana relacin entre Mantophasm

Todea y

Grylloblatto

un

ea, que son ahora unido como la solo orden Notop-

tera (Arillo y Engel, 200 6) eran apoyado con alto fiabilidad

(NodoNos. 13 y 21 en La

figura. 2 y Tabla S 2). La agrupaciones de mbioptera Phasmatodea / E, Plecopte r a / Dermaptera, y Zorapter-a / Dictyopt e
ra eran tambin apoyado con bueno confiabilidad en Bayes-ian anlisis, aunque no muy fuertemente en ML
anlisis (nodo

Nos. 14, 16 y 23 en La

figura. 2 y Tabla S2). En Por

el

contrario, Paraneop-

tera era no apoyado como un monofiltico grupo, como lo pareca ser apartado en dos clados, Thysanoptera

miptera y
Psocopte R A / Phthiraptera. La hermana RELACIN i p entre Psocop-tera y Phthirapte r un era fuertemente supporte
d. Aunque la relaciones entre la

basal linajes de Neoptera todava eran no

se

resuelve bien en

estos anlisis, (Polyneoptera, (Thysanoptera / Hemipt e ra, (Psocoptera / P h thiraptera, Holometab o la))) era apoyada
por todo la resultados (Nodo Nos. 3, 4, 10, 11 y 24 en la figura. 2 y Tabla S2).
3.4. Phyloge n anlisis etic de Holometab o la
Para la mismo razn, la phyloge n etic RELACIN i ps de Holo-metabola eran adems analizado uso cuatro paraneo p
teran rdenes

como grupos

externos. Filogentico anlisis eran realizado basado en secuencia alineacin conjuntos

datos que incluido 927 aade DPD1, 1429

figura. 3 espectculos la ML rbol deducida

de

aa de RPB1, y 1141 aa de RPB2. La

de la 'Independiente' anlisis con LG-C-F modelo en GAMT,

la

topologa es idntico a la resultados obtenido desde todo la otro anal-Yses (Tabla S3, Suplementariomateria l). La inter
ordinal relaciones dentro Holometab

la son bien resuelto con alto confiabilidad,

excepto la clustering de Neuroptera y Raphidi o ptera, que cont con el apoyo con bajo fiabilidades en ML anlisis
(Nodo No. 9 en La

figura. 3 y Tabla S3). La ordenHymenoptera ocupa

hermana a todo otros (Nodo No. 12 en La

figura. 3 y Tabla S3). Las

otras

una rama que es

rdenes de Holometab

la eran apartado en dos grande grupos, y la interordinal relationshi p s de cada grupo eran decidido a ser (((Siphonapte
Ra,Mecoptera), Diptera), (Trichopter una, Lepidop-tera)), y ((Coleopte Ra, Strepsiptera), (Neuropter una, Raphidioptera,
Megaloptera)).
3.5. Estadsticas a l pruebas de hiptesis sobre la posicin filogentica de Strepsipt e ra y Hymenoptera

Como mencionado en la Seccin 1, la phylogenet i c posicin de el orden Strepsiptera es muy controversi a l. Con fl
igir resultados tener
1
2

P anorpa

Ctenocephalides

felis

ta k enou c hii
3

C Stenopsy l marmo r ata

Neocolo c helyna Itoi

4 P ediculus humanus
Metylophorus

sp.

Siphonaptera Mecoptera T richoptera Hymenoptera Phthirptera Psocoptera

11

6
8

Bemisia tabaci
U r oleucon nig r r otube culatum
Hemiptera

7
Cryptotympana

facialis

Anacanthocoris striicornis
10

9
12

13
25

14

Gynai k othrips f icorum

Los trips palmi

Reticulitermes spe r ratos Blattella nipponica T eNodo r un aridifolia