LAPORAN RESMI

PRATIKUM BIOLOGI SEL MOLEKULER

MERANCANG PROBE
I.

TUJUAN
1. Merancang dan menganalisis probe yang akan digunakan dalam Southern Blot
dengan menggunakan Biofarmatics data base ( NCBI )
2. Mengetahui dan memahami cara mendeteksi terjadinya ekspresi gen dengan teknik

II.

hibridasi metode Southern Blot.

DASAR TEORI
Cara untuk menyelidiki informasi yang terkandung dalam DNA sebelumnya
adalah melalui genetika,yang memungkinkan deduksi fungsi-fungsi gen dari fenotipfenotip organisme mutan serta keturunannya.Sekarang,telah disempurnakan dengan
seperangkat teknik yang umum dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan.
DNA merupakan polinukleotida yang terdapat dalam inti sel yang secara kimiawi
berupa asam nukleat yang tersusun secara double helix.Sedangkan kromosom DNA
adalah DNA yang tersusun secara kompak yang diikat oleh protein-protein.bagian dari
kromosom adalah gen.Gen adalah suatu unit DNA yang diturunkan.Setiap GEN terdiri
dari suatu rangkaian DNA yang membawa informasi dari suatu protein.
Studi mengenai eksistensi asam nukleat pertama kali dilakukan oleh Friwdrich
Miescher dari jerman yang megisolasi inti dari sel darah putih pada tahun 1869. Dia
menemukan bahwa di adalam inti sel tersebut terdapat senyawa yang mengandung fosfat
yang kemudian dinamakan nuklein. Selanjutnya pada akhir abad ke-19 telah berhasil
dilakukan pemisahan antara DNA (Deoxyribonucleicacid) dan RNA (ribonucleic acid)
dari proten-protein yang melekatkan molekul asam nukleat tersebut sel. Pada awal tahun
1930-an, P. Levene, W. Jacobs, dan kawan-kawan menunjukkan bahwa RNA tersusun
atas satu gugus gula yang berbeda yaitu deoksiribosa(Yuwono,2005).
Hasil-hasil eksperimen menunjukkan bahwa molekul yang merupakan bahan
genetik di daalam sel adalah DNA. DNA merupakan salah satu makromolekul yang
mempunyai peranan yang sangat penting pada jasad hidup. DNA adalah polimer asam
nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang
diturunkan kepada jasad keturunannya. Informasi genetik disusun dalam bentuk kodon
(codon) yang berupa tiga pasang basa nukleotida dan menentukan bentuk, struktur,
maupun fisiologi suatu jasad(Yuwono,2005).
Struktur molekul DNA pertama kali diungkapkan oleh James Watson dan Francis
Crick pada tahun 1953 berdasarkan atas foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind
Franklin dan Maurice Wilkins. Berdasarkan atas data kimia dan fisik, Watson dan Crick
membuat model struktur DNA yang disebut untai ganda (double helix). Untai-untai DNA
terusun oleh dua rantai polinukleotida yang berpilin. Kedua rantai mempunyai orientasi
yang berlawana (antiparalel): rantai yang satu mempunyai orientasi 5
rantai yang lain berorientasi 3

5(Yuwono,2005).

3, sedangkan

Di alam ada 20 macam asam amino yang umum terdapat di dalam struktur
polipeptida jasad hidup. Masing- mising asam amino mempunyai kodon yang spesifik
sedangkan nukleotida hanya ada 4 macam yaitu A, U, G, dan C. Jika suatu kodon hanya
terdiri atas dua nukleotida maka hanya akan ada 4(=16) asam amino, tetapi apabila
kodon disusun oleh nukleotida,maka akan diperoleh 4(=64) asam amino, sedangkan
jumlah asam amino yang umum diketahui ada pada jasad hidup hanya 20 macam.
Beberapa kodon diketahui mengkode asam amino yang sama. Fenomena ini dikenal
sebagai genetic code redundancy(degeneracy). Oleh karena ada beberapa kodon yang
berbeda umtuk satu asam amino yang sama, maka dikenal ada 64 macam kodon, tiga
diantaranya yaitu TAA(UAA pada mRNA), TAG (UAG pada RNA) dan TGA (UGA pada
RNA) tidak mengkode asam amino apapun karena ketiga kodon ini merupakan kodon
untuk mengakhiri (terminasi) proses translasi.Ada bebarapa aspek yang perlu diketahui
mengenai kode genetik, yaitu :
1. Kode genetik bersifat tidak saling tumpang tindih (non-overlapping), kecuali pada
kasus tertentu, misalnya pada bakteriofag OX174 yang mempunyai kodon tumpang
tindih.
2. Tidak ada sela (gap) diantara kodon satu dengan kodon yang lain.
3. Tidak ada koma diantara kodon.
4. Kodon bersifat degenerate, artinya ada bebeapa asam amino yang mempunyai lebih
dari satu kodon.
5. Secara umum kodon bersifat hampir universal karena pada beberapa organel jasad
tinggi ada beberapa kodon yang berbeda dari kodon yang digunakan pada
sitoplasma(Yuwono,2005).
Reaksi hibridisasi adalah proses dimana singgle stand asam nukleat yang
komplementer dapat dengan mudah membentuk double stand kembali. Pada reaksi
hibridisasi rangkaian asam nukleat yang komplamenter dengan konsentrasi rendah tetap
dapat terdetekksi asalkan digunakan DNA probe sebagai indikatornya. Teknik hibridisasi
ini juga dapat di gunakan untuk mencari gen yang tidak identik namun mempunyai suatu
hubungan. Selain itu,DNA probe dapat digunakan untuk menyelidiki ekspresi gen (dalam
reaksi hibridisasi dengan RNA). Hibridisasi DNA probe dengan RNA sel memungkinkan
aktif tidaknya suatu gen. Selain itu dapat menentukan terjadinya perubahan akibat
mekanisme kendali yang bekerja terhadap transkripsi DNA,splising RNA atau translasi
molekul-molekul mRNA-nya yang sudah matang ke dalam protein jika ekspresi sebuah
gen berubah.
Probe adalah sekuens nukleotida single strand pendek (kira-kira 15-32 bp) yang
komplemen dengan DNA target yang biasa digunakan untuk mendeteksi dan menganalisa
keberadaan penyakit yang menginfeksi tubuh kita. Probe adalah agen yang dimasukkan
kedalam sebuah medium untuk mendapatkan informasi tentang struktur maupun
substansi tertentu. Probe memungkinkan kita untuk memvisualisasikan struktur DNA dan
juga mendeteksi kelainan-kelainan yang ada pada suatu DNA. Probe dapat ditempeli zat
radioaktif ataupun zat-zat fluorescence yang digunakan untuk menandai DNA target yang
diinginkan. Penggunaan probe atau oligonukleotida pendek ber-radioaktif atau ber-

fluorescence berguna dalam teknik FISH, teknik pendeteksian DNA target dengan
menempelkan probe yang komplemen dan di deteksi langsung pada sampel tersebut.
Probe dilabel baik dengan radioaktif maupun dengan molekul tertentu yang dapat
dideteksi seperti biotin atau fluoresin. Untai DNA atau RNA dapat berhibridisasi dengan
sekuens yang berkomplemen atau besesuaian dengannya. Oleh karena itu, probe dapat
melabel plaques virus, koloni bakteri maupun pita pada gel yang mengandung gen yng
menjadi minat dalam pelacaka atau deteksi. Prosedur ini dinamakan DNA hibridisasi dan
bergantung pada pembentukan pasangan basa yang stabil antara probe dengan sekuens
target.
Untuk menganalisis RNA yang menyediakan suatu protein dengan DNA probe
terhadap RNA digunakan cara yang disebut northern Blotting.Mula-mula molekul RNA
yang masih utuh dari sel-sel suatu organ dipisah(fraksionasi)menjadi sederet pita pada gel
elektroforesis.Selanjutnya agar molekul-molekul RNA itu dapat dimasuki oleh DNA
probe perlu dibuat replika gel dengan cara memindahkan(blotting)molekul-molekul RNA
yang telah difraksionasi pada sehelai kertas nitroselulosa atau kertas kertas
nilon.Molekul-molekul RNA yang telah membentuk hybrid dengan DNA probe yang
radioaktif(karena memiliki sebagian dari rangkaian gen yang normal) kemudian
ditentukan lokasinya dengan menginkubasi kertas tersebut dengan larutan yang
mengandung

probe

dan

probe

telah

membentuk

hybrida

dideteksi

dengan

otoradiografi.Karena molekul-molekul asam nukleat yang kecil bergerak melintasi gel

lebih cepat bila dibanding molekul-molekul yang besar,ukuransetiap RNA yang mengikat
probe dapat ditentukan dari laju migrasi molekul-molekul RNA dengan ukuran yang
diketahui(RNA standar).
. Terjadinya ekspresi gen dapat diketahui dengan melacak keberadaan mRNA atau
protein dari gen tersebut. Hibridisasi bisa terjadi antara :
1. DNA target dengan pelacak cDNA / mRNA ( disebut Southern Blot Technique )
2. RNA target dengan pelacak RNA / DNA ( disebut Northern Blot Technique )
3. Protein target dengan pelacak anti bodi ( disebut Westhern Blot Technique )
Probe yang spesifik akan melacak sekuens basa yang spesifik pula. Probe dengan
spesifikasi tinggi ini diperlukan agar tidak terjadi kesalahan dalam pendeteksian, karena
dalam prakteknya isolasi DNA/ RNA yang dilakukan akan mengisolasi semua DNA/
RNA. Probe yang tidak spesifik juga dapat berkomplemen dengan DNA / RNA lain yang
tidak menjadi target pelacakan ( competitor ). Salah satu yang mempengaruhi
kespesifikan suatu robe adalah panjang probe. Pada umumnya panjang probe adaah 1001000 bp ( base pair ). Dengan adanya bioinformatics database dapat dilakukan
perancangan suatu prrobe yang spesifik.

III.

ALAT DAN BAHAN

a. Alat
1. Laptop
2. Carger
3. Stop kontak

4.
Modem
b. Bahan
1. Situs NCBI
2. Kode genetik
-latihan:
-tugas :
IV.

( NM_000125)
( NM_198253.2)

CARA KERJA
A. Latihan (kode gen: NM_000125)
Di buka situs NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov)
Kotak pilihan all database diganti nucleotide
kotak search nucleotide fordiisi dengan nama gen (NM_000125)
dicari CDS (Coding sequens)
Dengan mengacu pada sekuens cDNA
Dibuat probe dengan memblok sekuens pada origin yang masuk dalam region CDS
sepanjang yang diinginkan
Dicopy
Dibuka lagi situs yang sama , klik menu BLAST
Diklik nucleotide blast ( blasn ).

Di paste-kan rancangan probe tersebut pada kotak QYUER untuk mencari komplemennya
Diisi kotak JOB TITLE dengan nama praktikan
Pada kotak database diklik Human genomic + transcript
Ditekan BLAST. Akan muncul halaman baru yang berisi hasil format pada new window

Dilakukan analisis lanjut probe spesifik atau tidak dengan memperhatikan banyaknya kompetitor
dan presentase komplemennya dibandingkan dengan gen target (hanya pada human bukan
organisme lain)
Dirancang 3 buah probe dan bandingkan mana yang paling baik beserta alasannya
Probe pendek: 200 bp
Probe sedang : 500 bp
Probe panjang : 900
bp

Ditentukan promotor / TATA box dari gen tersebut

V. HASIL PENGAMATAN

1. LATIHAN 1 (Probe Pendek)

Kode Gen
: NM_000125
Nama Gen

: Homo sapiens estrogen receptor 1

CDS

: 235......2022

Probe

: 241-480 ( panjang probe 240 bp)

No Kode gen

Deskripsi

Max

% Query

Score
1

NM
001291241.1

NM
001291230.1

NM
001122742.1

NM
001122741.1

NM
001122740.1

NM 000125.3

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 6, mRNA

444

100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 5, mRNA

444

100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 4, mRNA

444

100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 3, mRNA

444

100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 2, mRNA

444

100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 1, mRNA

444

100 %

Kompetitor:
1

NC 000006.12

Homosapiens chromosome 6, GRCh

38.p2 Primary Assembly

444

100 %

NC 018917.2

Homosapiens
chromosome
alternate assembly CHM1 1.1

438

100 %

6,

2. LATIHAN 2 (Probe Sedang)

Kode Gen

: NM_000125

Nama Gen

: Homo sapiens estrogen receptor 1

CDS

: 235......2022

Probe

: 241-840 ( panjang probe 600 bp)

No

Kode gen

Deskripsi

Max

% Query

Scor
e
1

NM 000125.3

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 1, mRNA

1109 100 %

NM

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 2, mRNA

1109 100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 3, mRNA

1109 100 %

Homosapiens

1109 100 %

001122740.1
3

NM
001122741.1

NM

estrogen

receptor

001122742.1

(ESR1), transcript variant 4, mRNA

NM

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 5, mRNA

1109 100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 6, mRNA

1109 100 %

001291230.1
6

NM
001291241.1
Kompetitor:

NC 000006.12

Homosapiens chromosome
38.p2 Primary Assembly

6,

GRCh

826

100 %

NC 018917.2

Homosapiens chromosome 6, alternate

assembly CHM1 1.1

815

100 %

Max

% Query

2. LATIHAN 3 (Probe Panjang)

Kode Gen

: NM_000125

Nama Gen

: Homo sapiens estrogen receptor 1

CDS

: 235......2022

Probe

: 1081-1980 ( panjang probe 900 bp)

No

Kode gen

Deskripsi

Scor
e
1

NM 000125.3

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 1, mRNA

1663 100 %

NM

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 2, mRNA

1663 100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 3, mRNA

1663 100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 4, mRNA

1663 100 %

001122740.1
3

NM
001122741.1

NM
001122742.1

NM
001291230.1

NM
001291241.1

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 5, mRNA

1663 100 %

Homosapiens estrogen receptor

(ESR1), transcript variant 6, mRNA

1663 100 %

Kompetitor:

NC 000006.12

Homosapiens chromosome
38.p2 Primary Assembly

6,

GRCh

464

100 %

NC 018917.2

Homosapiens chromosome 6, alternate

assembly CHM1 1.1

459

100 %

Kesimpulan:
Semakin panjang probe yang digunakan semakin spesifik.

1. TUGAS 1 (Probe Pendek)

Kode Gen : NM_198253.2
Nama Gen : Homo sapiens telomerase transcriptase (TERT)
CDS
Probe

: 59.....3457
: 241-480 ( 240 bp)

Kode Gen

Deskripsi

o
1

NM

Homosapiens telomerase reverse

198253.2

transcriptase (TERT), transcript variant1,

Max

Score

Query

444

100%

reverse 444

100%

mRNA
2

NM

Homo

sapiens

telomerase

001193376.

transcriptase (TERT), transcript variant2,

mRNA

Kompetitor:
1

NC

Homosapiens chromosome 5, alternate 381

018916.2

assembly CHM 1 1.1

NC

Homosapiens chromosome 5, GRCh38.p2 381

000005.10

Primary Assembly

2. TUGAS 2 (Probe Sedang)

Kode Gen : NM_198253.2
Nama Gen : Homo sapiens telomerase transcriptase (TERT)
CDS

: 59.....3457

87%

87%

Probe

: 1021-1620 ( 600 bp)

Kode Gen

Deskripsi

o
1

NM

Homosapiens telomerase reverse

198253.2

transcriptase (TERT), transcript variant1,

Max

Score

Query

1109

100%

reverse 1109

100%

mRNA
2

NM

Homo

sapiens

telomerase

001193376.

transcriptase (TERT), transcript variant2,

mRNA

Kompetitor:
1

NC

Homosapiens chromosome 5, alternate 1109

018916.2

assembly CHM 1 1.1

NC

Homosapiens chromosome 5, GRCh38.p2 1109

000005.10

Primary Assembly

100%

100%

3. TUGAS 3 (Probe Panjang)

Kode Gen : NM_198253.2
Nama Gen : Homo sapiens telomerase transcriptase (TERT)
CDS
Probe

N
o

Kode Gen

: 59.....3457
: 618-1517 ( 900 bp)

Deskripsi

Max

Score

Query

NM

Homosapiens telomerase reverse

1663

100%

198253.2

transcriptase (TERT), transcript variant1,

reverse 1242

100%

mRNA
2

NM

Homo

sapiens

telomerase

001193376.

transcriptase (TERT), transcript variant2,

mRNA

Kompetitor:
1

NC

Homosapiens chromosome 5, alternate 355

018916.2

assembly CHM 1 1.1

NC

Homosapiens chromosome 5, GRCh38.p2 355

000005.10

Primary Assembly

100%

100%

VI. PEMBAHASAN

Praktikum kali ini melakukan perancangan dan menganalisa probe. Probe merupakan
suatu indikator untuk mendeteksi ekspresi dari suatu gen pada reseptor yang dilakukan secara
komputerisasi.perancangan probe sangat bermanfaat untuk mengetahui desain probe sebelum
mensintesisnya. Desain probe yang ideal di antaranya dapat membedakan dengan baik antara
target yang diinginkan dan non target, selain itu juga dapat mendeteksi perbedaan konsentrasi
gen di bawah kondisi hibridisasi. Penerapan DNA Probe itu sendiri meliputi pemilihan
rekombinan cDNA tentang kloning.Dan Microarray DNA, dapat digunakan untuk mendeteksi
perbedaan dalam ekspresi gen tingkatan dalam populasi yang berbeda dari sel-sel pada tingkat
genome.
Pada praktikum ini kita merancang,menganalisis

probe secara komputerisasi

menggunakan biofarmasetics database (NCBI), dilakukan dua percobaan pada gen Homo sapiens
estrogen receptor 1, transcript variant 1, mRNA dengan kode gen NM_000125 dan Homo
sapiens telomerase transcriptase (TERT) dengan kode gen NM_198253.2
Dari data NCBI diketahui kode gen NM_000125 (Homo sapiens estrogen receptor 1,
transcript variant 1, mRNA) memiliki panjang probe 6330 bp. Versi update terakhir pada tanggal
15 Maret 2015 dengan versi kode gen NM_000125.3. Gen ini merupakan gen pada manusia yang
diketahui dengan melihat organism= Homo sapiens. Dari data NCBI juga diketahui adanya
jurnal-jurnal terkait dengan gen ini. Referensi no.1 merupakan jurnal yang paling baru. CDS atau
coding sequens menunjukkan sekuens yang ditranslasi menjadi protein. Potongan DNA
merupakan gen panjang gen ini diketahui dari 1-6330 bp. Sedangkan yang menjadi protein
diketahui dari nilai yang ditunjukkan oleh CDS. Dari data NCBI kode gen memiliki CDS dari
basa 235....2022. Percobaan dilakukan dengan memblok sebagian dari CDS sebagian probe. Ada
tiga probe yang dibandingkan dengan range sebagai berikut:
Probe pendek yang diambil antara 241.....480 (240 bp)
Probe sedang yang diambil antara 241....840 (600 bp)
Probe panjang yang diambil antara1081......1980 (900 bp)

Gen ini mengkode reseptor estrogen, ligan yang aktif dari faktor transkripsi terdiri dari
beberapa domain yang penting untuk mengikat hormon, mengikat DNA, dan aktivasi transkripsi.
Protein melokalisasi ke nukleus sehingga dapat membentuk homodimer dengan reseptor estrogen
2. Estrogen dan reseptornya sangat penting untuk perkembangan seksual dan fungsi reproduksi,
akan tetapi memiliki peran dalam jaringan lain seperti tulang. Reseptor estrogen juga terlibat
dalam proses patologis seperti pada kanker payudara, kanker endometrium, dan osteoporosis.
Promotor alternatif penggunaan dan hasil splicing alternatif dalam puluhan transkrip varian,
tetapi sifat yang lengkap dari banyak varian belum dapat ditentukan.
Dalam merancang probe harus diantara region CDS yang telah ditetapkan sesuai dengan
kode gen untuk memperoleh gen yang baik. Apabila rancangan probe diambil diluar region CDS
akan menghasilkan kompetitor yang banyak, serta dapat memungkinkan basa yang bersesuaian
dengan DNA yang jumlahnya sedikit. Penentuan probe yang spesifik dilakukan dengan
membuat dan membandingkan tiga kombinasi probe yakni probe panjang, sedang, dan pendek
yang diambil dari sekuen origin yang termasuk dalam range CDS. Probe panjang ialah probe
yang mempunyai 900 pasang basa, probe sedang mempunyai 500 pasang basa, dan probe pendek
mempunyai 200 pasang basa.
Tiga parameter yang digunakan untuk menentukan suatu probe spesifik atau tidak yaitu
skor makin tinggi maka makin bagus, jumlah kompetitor semakin banyak maka semakin tidak
spesifik, persen coverage harus 100%, dan kompetitor nilainya harus berbeda dengan probenya,
jika nilai kompetitornya sama dengan probe maka tidak spesifik.
Pada probe I sepanjang 240 bp dihasilkan skor maksimal 444 dengan 2 kompetitor yang
satu bernilai 444 yang lain bernilai 438. Hal ini menunjukkan bahwa probe tidak spesifik karena
memiliki skor yang sama yaitu 444 dan walaupun berbeda hanya memiliki selisih 6 poin. Probe
II sepanjang 600 bp dihasilkan skor maksimal 1109 dengan 2 kompetitor yang memiliki
maksimal skor yaitu, 826 dan 815 . Hal ini menunjukkan bahwa probe spesifik karena memiliki
skor yang lebih tinggi dan selisih yang ditunjukkan lebih besar. Probe III sepanjang 900 bp
dihasilkan skor maksimal 1663 dengan 2 kompetitor masing-masing skor yaitu 464 dan 459. Hal
ini menunjukkan bahwa probe sangat spesifik karena mempunyai skor yang tinggi dan selisih
yang ditunjukkan semakin besar. Probe ke III ini merupakan probe yang hasilnya terbaik.
Percobaan kedua adalah gen Homo sapiens telomerase transcriptase
(TERT) dengan kode gen NM_198253.2 . Gen ini memiliki panjang probe 4018
bp. Kode gen NM_198253.2 merupakan versi update terakhir yaitu pada
tanggal 15 Maret 2015. Gen ini merupakan gen pada manusia yang diketahui
dengan melihat organism= Homo sapiens. Dari data NCBI juga diketahui
adanya jurnal-jurnal terkait dengan gen ini. Referensi no.1 merupakan jurnal
yang paling baru. Dari data NCBI kode gen memiliki CDS dari basa
59....3457. Percobaan dilakukan dengan memblok sebagian dari CDS
sebagian probe, ada 3 yang dibandingkan dengan range sebagai berikut:
Probe pendek yang diambil antara 241.....480 (240 bp)
Probe sedang yang diambil antara 1021......1620 (600 bp)
Probe panjang yang diambil antara 618...... 1517 (900bp)
Pada probe I sepanjang 240 bp dihasilkan skor maksimal 444 dengan 2 kompetitor
masing-masing skornya yaitu 381. Hal ini menunjukkan bahwa probe spesifik karena memiliki
skor maksimal yang berbeda dengan kompetitor. Probe II sepanjang 600 bp dihasilkan skor
maksimal 1109 dengan 2 kompetitor yang memiliki skor maksimal yang sama, hal tersebut
berarti probe tidak spesifik karena skor maksimal tidak berbeda. Probe III sepanjang 900 bp

dihasilkan skor maksimal 1663 dan 1242 dengan 2 kompetitor dengan skor maksimalnya yaitu
355. Hal ini menunjukkan bahwa probe III paling spesifik karena mempunyai skor maksimal
yang paling tinggi dan selisih antara gen target dan kompetitor sangat besar. Probe ke III ini
merupakan probe yang hasilnya terbaik.
.

VII. KESIMPULAN
1. Probe adalah indikator untuk mendeteksi ekspresi gen secara komputerisasi dengan
beberapa metode, seperti northern blot (untuk RNA), southern blot (untuk DNA), dan
western blot (untuk protein).
2. Semakin panjang probe maka semakin akurat dan spesifik data yang didapat terhadap gen
target.
3. Probe dengan kode gen NM_000125.3 probe yang paling spesifik adalah probe yang ke 3
(panjang) daripada probe ke 2 (sedang) dan probe ke 1 (pendek) , dan probe ke 2 (sedang)
lebih spesifik dari probe ke 1 (pendek).
4. probe dengan kode gen NM_198253.2 yang spesifik adalah probe yang ke 3 (panjang)
daripada probe ke 2 (sedang) dan probe ke 1 (pendek) , dan probe ke 1 (pendek) lebih
spesifik dari probe ke 2 (sedang).

VIII. DAFTAR PUSTAKA

Anonim 2015.Buku Petunjuk Praktikum Biologi Sel Molekular.Universitas Wahid Hayim
Semarang
Fatchiyah. 2000. Polymerase chain reaction. Brawijaya University. Malang
http://www.ncbi.hlm.nih.gov (diakses tanggal 28 Maret 2015)
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Erlangga: Jakarta.

LAMPIRAN
Homo sapiens estrogen receptor 1 (ESR1), transcript
variant 1, mRNA
NCBI Reference Sequence: NM_000125.3
LOCUS
2015
DEFINITION

NM_000125

6330 bp

mRNA

linear

PRI 15-MAR-

CDS

Homo sapiens estrogen receptor 1 (ESR1), transcript variant 1,

mRNA.
NM_000125
NM_000125.3 GI:170295798
RefSeq.
Homo sapiens (human)
Homo sapiens
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
Catarrhini; Hominidae; Homo.
235..2022

Summary:

This gene encodes an estrogen receptor, a ligand-activated

ACCESSION
VERSION
KEYWORDS
SOURCE
ORGANISM

transcription factor composed of several domains important for

hormone binding, DNA binding, and activation of transcription. The
protein localizes to the nucleus where it may form a homodimer or
a heterodimer with estrogen receptor 2. Estrogen and its receptors
are essential for sexual development and reproductive function,
but also play a role in other tissues such as bone. Estrogen
receptors are also involved in pathological processes including
breast cancer, endometrial cancer, and osteoporosis. Alternative
promoter

usage

and

alternative

splicing

result

in

dozens

of

transcript variants, but the full-length nature of many of these

variants has not been determined. [provided by RefSeq, Mar 2014].

Homo sapiens telomerase reverse transcriptase (TERT), transcript

variant 1, mRNA
NCBI Reference Sequence: NM_198253.2
FASTA Graphics
LOCUS
2015
DEFINITION
ACCESSION
VERSION
KEYWORDS
SOURCE
ORGANISM

CDS
Summary:

NM_198253

4018 bp

mRNA

linear

PRI 15-MAR-

Homo sapiens telomerase reverse transcriptase (TERT), transcript

variant 1, mRNA.
NM_198253 NM_003219
NM_198253.2 GI:109633030
RefSeq.
Homo sapiens (human)
Homo sapiens
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
Catarrhini; Hominidae; Homo.
59..3457
Telomerase is a ribonucleoprotein polymerase that maintains
telomere ends by addition of the telomere repeat TTAGGG.The enzyme
consists of a protein component with reverse transcriptase
activity, encoded by this gene, and an RNA component which serves
as a template for the telomere repeat. Telomerase expression plays
a role in cellular senescence, as it is normally repressed in
postnatal
somatic
cells
resulting
in
progressive
shortening of telomeres. Deregulation of telomerase expression in
somatic cells may be involved in oncogenesis. Studies in mouse
suggest that telomerase also participates in chromosomal repair,
since de novo synthesis of telomere repeats may occur at
double-stranded breaks. Alternatively spliced variants encoding
different isoforms of telomerase reverse transcriptase have been
identified; the full-length sequence of some variants has not been
determined. Alternative splicing at this locus is thought to be
one mechanism of regulation of telomerase activity. [provided by
RefSeq, Jul 2008].