Estructura secundaria

de las protenas

Niveles de estructuracin en las

protenas

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Se refiere a cualquier segmento de una cadena polipeptdica y
describe el arreglo espacial local de los tomos de la cadena
principal sin tomar en cuenta la conformacin de su cadena
lateral o su interrelacin con otros segmentos.
Hlices
Conformaciones
Giros
Los puentes de hidrgeno son la
principal fuerza estabilizadora de
esta estructura.

Hlice a
La cadena se enrolla en espiral sobre s misma. Esta estructura se mantiene
gracias a los enlaces de hidrgeno intracatenarios formados entre el grupo
NH de un enlace peptdico (n) y el grupo C=O del cuarto aminocido que
le sigue (n+4).

Tendencia de los aminocidos a formar hlices a

A mayor DD
G0 (relativo a la alanina) es menos propenso a
formar hlices a

Factores que desestabilizan las hlices a

Los aminocidos disruptores de la hlice
desestabilizan la estructura helicoidal, como la
prolina cuyo N de su enlace peptdico no tiene
ningn H para formar un puente de hidrgeno.

Restricciones en la hlice-
Presencia de Pro y/o Gli:
Pro: El tomo de N, es parte de un anillo rgido, lo
que no permite la rotacin del C-N; adems de
que el mismo N no tiene H para participar en los
puentes de H con otros residuos.
Gli: Tiene mayor flexibilidad conformacional que
otros residuos. Los polmeros de Gli tienden a
formar estructuras enroscadas muy diferentes a la
hlice-.

Conformaciones b
Hojas plisadas b:el esqueleto de la cadena polipeptdica se
extiende en forma de zig-zag.
Las cadenas de los polipptidos adyacentes pueden ser
paralelas o antiparalelas.

Giros b
Giros b:Muy abundantes en las protenas globulares, las cuales
tienen una estructura plegada de forma compacta.
Los giros b conectan las terminaciones de dos segmentos
adyacentes de una lmina bantiparalela.
La estructura es un giro de 180o que involucra cuatro residuos
de aminocidos.
Los aminocidos Gli y Pro, son los que frecuentemente forman
los giros b, debido a su tamao pequeo (Gli) y a su
flexibilidad (Pro).

Giros b

Ejercicio 1. Estructura alfa-hlice

Cul de los siguientes pptidos es ms
probable que adopte una estructura de alfahlice? Por qu?
L K A E N D E A A R A M S E A.
Leu-Lis-Ala-Glu-Ans-Asp-Glu-Ala-Ala-Arg-Ala-Met-Ser-Glu-Ala

C R A G G F P W D Q P G T S N.
Cis-Arg-Ala-Gli-Gli-Phe-Pro-Trp-Asp-Gln-Pro-Gli-Thr-Ser-Asn

Ejercicio 2. Secuencia de aminocidos (estructura

primaria) de una protena
Nuestra creciente comprensin de los pliegues de las protenas
permite a los investigadores realizar predicciones sobre la
estructura de las protenas tomando en cuenta los datos de su
estructura primaria (secuencia de aminocidos).

a) En que residuos de estas secuencia de aminocidos pueden

presentarse los giros ?
b) Qu residuos podran participar en la formacin de los enlaces
disulfuro intracadena?

Protenas fibrosas
Son molculas muy alargadas.
Las estructuras secundarias son los motivos
predominantes.

Sus funciones son fundamentalmente estructurales o

motrices.

Son resistentes e insolubles.

Ejemplos: colgeno, queratina, fibrona de la seda

a-keratina
Est formada por dos cadenas de hlice- que
van girando a la derecha, orientadas en
paralelo y envueltas entre ellas mismas,
formando una espiral superenrollada lo que le
confiere una mayor fuerza.
La estructura superenrollada gira hacia la izq.
La -keratina est enriquecida en residuos de
Ala, Val, Ile, Met, Phe.

Protenas fibrosas
Sus cadenas polipeptdicas estn organizadas en hebras o
lminas largas. Ej. -queratina, colgeno.

El colgeno como protena fibrosa

Se encuentra en tejido conectivo (tendones, cartlago, matriz orgnica de los
huesos y crnea).

Red fibrosa de tropocolgeno (unidad estructural).

Formada por tres cadenas que se unen entre s por puentes de hidrgeno.
Abundante en glicina e hidroxiprolina (Gli-X-Y). X=Pro, Y=4OHPro).
Forma una hlice triple que solo se rompe en los extremos.

El colgeno es un componente
abundante en piel, tendones, sistema
vascular y otros materiales de
desecho, de donde se puede obtener
la gelatina comercial, que es un
producto de degradacin parcial del
colgeno, extrada por calentamiento
tras un tratamiento en medio cido o
alcalino.

Colgeno
Su PM es 300,000 y tiene forma de varilla, de
3,000 de largo y 15 de ancho.
Su estructura secundaria gira a la izquierda
(left-handed).
Cuenta con tres cadenas- superenrolladas
entre ellas mismas que cuentan con aprox.
1,000 residuos de a.a (cadenas- hlices-).
Su estructura superenrollada va girando hacia
la derecha.

Colgeno
El contenido usual de aminocidos en el
colgeno es una tripptido que se repite:
Gli-X-Y, donde
X es frecuentemente Pro y
Y 4-OH-Pro

Y su contenido es comnmente: 35% Gli, 11%

Ala, 21% Pro y 4-OHPro.

Colgeno
Las fibrillas de colgeno estn formadas de
molculas de colgeno alineadas y
entrecruzadas, lo que le permite formar
estras cruzadas y que a su vez le confiere gran
fuerza.

Ejercicio 3. Accin patgena de la bacteria

que causa gangrena gaseosa.
La bacteria anaerobia Clostridium perfringens es altamente
patgena y es responsable de gangrena gaseosa, una
condicin en la cual la estructura del tejido animal se
destruye. Esta bacteria secreta una enzima que cataliza la
hidrlisis del enlace peptdico indicado en rojo

en donde X y Y son cualquiera de los 20 aminocidos.

Cmo contribuye la secrecin de esta enzima a la
invasividad de esta bacteria al tejido humano? Por qu
esta enzima no afecta a la bacteria?

Estructura terciaria de las protenas

Estructura terciaria: Es el arreglo tridimensional
de todos los tomos de una protena. Los
aminocidos polares se sitan en el exterior y
los apolares se internalizan.

La estabilizan:
Puentes de H
Puentes disulfuro
Interacciones de Van der Waals
Efecto hidrofbico
Estructura terciaria de la mioglobina

Protenas globulares
Las cadenas polipeptdicas se pliegan de forma esfrica
o globular. Mioglobina

Caracterssticas de las protenas

globulares
Forma mas o menos esfrica.
Ricas en estructuras secundarias.
Mltiples funciones.
Son solubles, flexibles y dinmicas.
Ejemplo: hemoglobina, anticuerpos, enzimas

La funcionalidad de las protenas globulares depende

de sus propiedades dinmicas

Flexibilidad
No son estructuras rgidas.
Su flexibilidad depende de un gran nmero de interacciones dbiles.

Cambios conformacionales
Son pequeas variaciones de su estructura terciaria.
Sirven para regular su actividad.

Interacciones
Unin reversible de ligandos.
Interacciones reversibles protena-protena.
Se llevan a cabo mediante enlaces dbiles.

Ejemplos de protenas globulares:

mioglobina y hemoglobina
Mioglobina
Hemoprotena monomrica.
Funcin: Almacenamiento de O2 en el msculo.

Hemoglobina
Hemoprotena tetramrica: cada cadena es muy
similar a la mioglobina.
Funcin: transporte de oxgeno y CO2 entre los
pulmones y los tejidos.

Estructura cuaternaria de las protenas

Estructura cuaternaria: Es la disposicin espacial de las distintas
cadenas polipeptdicas de una protena multimrica.
Protenas oligomricas: se componen de ms de una cadena
polipeptdica, ejemplo, la hemoglobina.
Protenas monomricas: compuestas de una sola cadena
polipeptdica, ejemplo, la mioglobina.

Estructura de la
hemoglobina

Estructura cuaternaria de las protenas

Los monmeros se asocian entre s mediante interacciones no
covalentes:
Puentes de hidrgeno
Interacciones hidrofbicas
Tambin pueden existir interacciones covalentes entre las
diferentes cadenas polipeptdicas: Puentes disulfuro.
Son homodmeros cuando los monmeros que constituyen a las
protenas son iguales.
Son heterodmeros cuando los monmeros son diferentes.

Dimensiones aproximadas de la albmina srica bovina (PM 64,500 y 585

residuos de aa) en una sola cadena polpptidica si todos los residuos
adoptaran las siguientes conformaciones.

Plegamiento y
desnaturalizacin de las
protenas

El plegamiento de una protena es el proceso por el que una

protena alcanza su estructura tridimensional. Su funcin
biolgica depende de su correcto plegamiento

Estructura primaria

Estructura terciaria

El plegamiento de una protena es la transicin

reversible entre dos estados: El estado N (nativo) y D
(desnaturalizado).
El estado nativo es la forma funcional de una protena
El estado desnaturalizado se define como el resultante
del deterioro cooperativo y generalizado de la
estructura nativa, sin cambios en los enlaces covalentes
(a excepcin de los puentes disulfuro).

Estado desnaturalizado

Estado nativo

Durante la desnaturalizacin tiene lugar la solvatacin

generalizada de la mayor parte de la molcula,
mientras que durante el plegamiento, algunas
interacciones disolvente-protena son reemplazadas
por interacciones intramoleculares.
Durante el plegamiento hay una disminucin en la
entropa configuracional (S) (medida del desorden) de
la cadena polipeptdica.

Sconfiguracional nativa < Sconfiguracional desnaturalizada

DSconfiguracional < 0

En condiciones fisiolgicas, el plegamiento es una

reaccin espontnea.

Gnativa< Gdesnaturalizada
DG < 0

Una protena pequea como la RNAsa A,

que tiene 124 residuos de aminocidos
tiene 1050 conformaciones posibles. Si la
molcula
pudiese
probar
una
configuracin cada 10-13 segundos, seran
necesarios 1030 aos para probarlas todas.
Sin embargo, se ha comprobado in vitro
que
la
RNAsa
se
pliega
en
aproximadamente
1
minuto!!!

Agentes desnaturalizantes
Son aquellos que provocan la prdida de la
estructura nativa de una protena

Agentes fsicos: temperatura.

Agentes qumicos: detergentes
caotrpicos.

Cambios en el pH.

agentes

Efecto de la temperatura sobre la estructura

de las protenas
Aumento de la energa cintica de las molculas.
Desorganizacin de la envoltura acuosa de las protenas.
Asimismo, el aumento de la temperatura destruye las
interacciones dbiles y desorganiza la estructura de la
protena, de forma que el interior hidrfobo interacciona
con el medio acuoso y se produce la agregacin y
precipitacin de la protena desnaturalizada.

Agentes qumicos: detergentes y agentes

caotrpicos

Los detergentes y los agentes caotrpicos

(promotores del caos) originan la desnaturalizacin
de la protena bajo condiciones menos agresivas, ya
que estas sustancias:

No rompen los enlaces covalentes.

Desorganizan la estructura secundaria, terciaria y
cuaternaria, pero

No desorganizan la estructura primaria.

Los agentes caotrpicos como las sales

de guanidinio y la urea permiten que las
molculas de agua penetren en las
protenas,
desorganizando
as
las
interacciones hidrofbicas que estabilizan la
conformacin nativa.

Efecto del pH sobre la estructura de las

protenas.
Los H+ y los OH- del agua provocan efectos
parecidos, pero adems de afectar a la envoltura
acuosa de las protenas tambin afectan a la carga
elctrica de los grupos cidos y bsicos de las
cadenas laterales de los aminocidos. Esta
alteracin de la carga superficial de las protenas
elimina las interacciones electrostticas que
estabilizan la estructura terciaria y a menudo
provoca su precipitacin.

El nmero de conformaciones que una cadena polipeptdica puede

adoptar es astronmico, por lo que la adquisicin de la estructura nativa
por un mecanismo al azar tomara un tiempo mayor que la edad del
universo. A pesar de esto, las protenas se pliegan en segundos. Esta
observacin conocida como la paradoja de Levinthal sugiere que
existen rutas de plegamiento preferenciales que son termodinmicamente
favorables.
Termodinmica del plegado proteico

Restricciones en la hlice-a
Otro factor que afecta la estabilidad de una
hlice-, es la identidad de los residuos de
aminocidos:
Regularmente, al final de la hlice-, se
encuentran aminocidos cargados negativamente,
los cuales estabilizan la carga neta positiva de la
hlice- (debida a los puentes de H).
Por lo que aminocidos finales, cargados
positivamente desestabilizan la hlice-.