Mutaciones en el circuito regulador de lac

Resumiremos primero los componentes del sistema regulador que son esenciales para que la
regulacin pueda funcionar:
1. El represor se debe sintetizar correctamente y activo
2. El operador debe estar presente en el DNA y con la Secuencia correcta que se puede reconocer
por el represor
3. El represor debe ser capaz de unirse al operador
4. El Inductor debe ser capaz de unirse al represor.
Cualquier fallo en uno de estos supuestos conducir a un mutante que presentara distintos
fenotipos respecto a la induccin del operon lac. Es importante aqu tener en cuenta que
las mutaciones en trans producirn un producto difusible que est defectuoso. Ellos tienen la
habilidad de complementar a un gen que se encuentre cercano. Por otra parte las mutaciones en
cis son caractersticas de cualquier sitio que se encuentre fsicamente contiguo con la secuencias
que controla. Cuando dos sitios actan en cis, se encuentran cerca, por ejemplo un promotor y un
operador.
Mutaciones:

1. Mutante con un operador disfuncional. El operador est mutado (Oc). Pueden existir diferentes
cambios en el operador, algunos pueden ser severos y tener grandes efectos. En estos casos el
represor no se une al operador o su unin no es tan fuerte como en el tipo salvaje. La RNA
polimerasa ser capaz de expresar los genes del operon, por lo tanto se observara sntesis
constitutiva de la -galactosidasa. La cantidad de sntesis depender de la severidad de la
mutacin. Como estas mutaciones ocurren en el operador, se designan como O c la c significa
constitutivo (ver Fig. 10.7 Genes VII).
Consideremos lo que ocurre en un diploide parcial:

Si el inductor no est presente, entonces el represor se unir normalmente al O +, pero slo

parcialmente a Oc. La -galactosidasa se expresar desde el operon #1, pero no desde el operon
#2. Si el inductor est presente entonces el represor no se unir al operador y la -galactosidasa
se expresar desde ambos operones. Este mutante tiene un fenotipo lac+ constitutivo. Oc es
dominante a O+, pero solamente en cis.

2. Mutante con un promotor disfuncional. En este caso el promotor no reconoce la RNA

polimerasa y el opern no puede ser transcrito. Estas mutaciones actuarn en cis y el fenotipo
ser lac- constitutivo.

3. Mutaciones en el represor. El represor lac es codificado por el gen regulador i del opern,
mutaciones en diferentes partes de este gen i se traducen en diferentes funciones afectadas del
represor y por tanto en diferentes fenotipos resultantes. La figura 10.9 Genes VII evidencia como
mutantes conocidos del represor ayudan a mapear las regiones del gen implicadas en una u otra
funcin de la protena:

Algunos mutantes del represor:

Represor mutado con un sitio de unin al DNA disfuncional (I- lacId). En este caso el represor
es incapaz de unirse al operador, por eso se observar expresin constitutiva de la -galactosidasa.
Si se construye un diploide parcial con el gen lacI +, el salvaje, se observar un fenotipo inducible.
Por lo que se dice que lacI+, domina en trans sobre lacId. De aqu se deriva que la inducibilidad
salvaje domina sobre la constitutividad mutante. Es interesante analizar que la dominancia en
trans se origina porque el represor lac es un tetrmero y que las 4 subunidades deben estar
completamente activas para unirse al operador. Cuando se transcriben y traducen ambos genes en
un diploide parcial tendremos un pool de subunidades monomricas, que se asociarn al azar, para
dar un tetrmero funcional:

De los 5 posibles tetrmeros que se forman 4 son incapaces de unirse al DNA. Como los mutante
I- son dominantes al salvaje los designan muchas veces como lacI d, d = dominante.
Represor mutado que no puede unirse al inductor (Is). En este caso si el inductor no puede
unirse al represor, este se encontrar permanentemente enlazado al operador, ya que el represor
tiene un afinidad muy alta por el operador KA = 1013 M-1. Estos mutantes se comportan como superrepresores, se nombran como Is. Si se aade el inductor ellos no respondern. En un diploide
parcial, aunque al aadir el inductor el represor tipo salvaje se disociar del operador, este sitio
sera inmediatamente ocupado por un represor Is. Es decir el represor Is domina sobre el tipo
salvaje. Por lo que se puede decir que la constitutividad mutante domina sobre la inducibilidad
salvaje.

Sistemas reprimibles, el opern del triptfano

En la siguiente figura se resumen todos los casos posibles de induccin y represin:

El opern lac es un sistema inducible, al estar implicado en la degradacin de un azcar, slo se

induce en presencia de ese azcar. El sentido biolgico de esto es que los genes implicados en el
metabolismo de azcares estn normalmente reprimidos y en presencia del inductor se induce la
transcripcin de su opern. Hay operones en los que el problema biolgico es al contrario, como
por ejemplo los operones de biosntesis de aminocidos, que slo se expresan en ausencia del
aminocido. Cuando est el aminocido en el medio, el opern est reprimido.
Este es el caso del opern del triptfano (que es un aminocido esencial), cuando hay triptfano
en el medio, la clula lo coge y no necesita sintetizarlo, por lo tanto el opern del triptfano est
bloqueado cuando hay triptfano en el medio, cuando no hay triptfano en el medio, la clula ha de

sintetizarlo, con lo que deja de estar reprimida la expresin de las enzimas implicadas en el
metabolismo (sntesis) del triptfano. La estructura de este opern se representa a continuacin:

El represor del triptfano reprime tres operones. Uno de ellos, trp, es el de los genes que codifican
por las enzimas de sntesis del triptfano. Los otros dos son: el del gen del propio represor trpR y
el de genes implicados en la biosntesis de aminocidos aromticos aroH. Cuando hay triptfano
en el medio, ste se une con el represor interaccionando con el operador, por lo que no hay
expresin de genes de sntesis de triptfano; cuando no hay triptfano presente en el medio el
represor no puede unirse al operador y se expresan los genes del opern.
El represor se une a una secuencia repetida e invertida del operador, acta por tanto como dmero;
se conoce la estructura terciaria del represor del triptfano cada monmero interacciona con el
DNA mediante un motivo HTH, en el dmero la distancia entre los dos motivos es de 34
(aproximadamente 1 vuelta de hlice) lo que indica que el dmero de represor se une al DNA por
dos surcos mayores consecutivos. Es un fenmeno general para la mayor parte de los factores de
transcripcin procariticos el tener estructuras terciarias con 2 hlices lectoras de surcos mayores
consecutivos separadas a una distancia de 34 , que reconocen las secuencias del operador
localizadas en surcos adyacentes.
En el caso del represor del triptfano, se une a DNA cuando est presente el aminocido pero no
en su ausencia; sto es as por un cambio alostrico producido por la interaccin del triptfano. El
sitio de unin del triptfano con el represor est prximo a las cabezas lectoras de DNA (motivos
HTH). Cuando el triptfano est unido al represor, las cabezas lectoras se encuentran a la distancia
y orientacin adecuada para interaccionar con surcos mayores consecutivos, cosa que no ocurre
en ausencia de triptfano.

Control de la terminacin de la transcripcin

As como la iniciacin de la transcripcin est sometida a control, la regulacin de la transcripcin
tambin puede efectuarse a nivel de la terminacin. Hay dos casos bien conocidos: atenuacin y
antiterminacin.

Atenuacin
La atenuacin se da sobre todo en operones de biosntesis de aminocidos, por ejemplo, el
opern del triptfano, que est formado por una serie de genes estructurales que codifican por
enzimas implicados en la ruta de biosntesis del triptfano. En el opern lac, la expresin de galactosidasa en el nivel inducido con respecto al basal era de 10 3 veces. En el opern del
triptfano, cuando hay triptfano en el medio la expresin del opern se reprime 700 veces. Cmo
se explica esto si se tiene en cuenta que el represor solo reprime 70 veces? Ha de haber algn
mecanismo adicional que multiplica por 10 los niveles de represin. La explicacin est en que la
transcripcin de estos genes est sujeta a dos controles: represin y atenuacin. La atenuacin es
un mecanismo que controla la habilidad de la RNA polimersa para leer, a travs de un atenuador.
El atenuador es un terminador intrnseco (ver figura anterior), localizado al comienzo de la unidad
de transcripcin. La caracterstica que tiene es que algunos eventos externos (presencia de un
metabolito, como Trp para operon trp; o un evento como la traduccin) controlan la formacin de la
horquilla necesaria para la terminacin intrnseca (Figura 10.39 Genes VII). En la atenuacin al
aumentar los niveles de triptfano, la transcripcin se para antes: mRNA atenuado; al disminuir los
niveles de triptfano, la transcripcin no se para sino que contina.
La regin leader (trpL), regin anterior a los genes estructurales (ver Figura 10.40 Genes VII)
juega un papel fundamental en la atenuacin:

La RNA polimerasa comienza la transcripcin, el represor reprime poco y la RNA polimerasa

transcribe un RNA correspondiente a la secuencia leader. Dependiendo de la estructura secundaria
adoptada por este RNA se forma o no una seal de terminacin. La secuencia leader tiene un AUG
iniciador de traduccin con una fase de lectura abierta hasta un UGA, seal de terminacin de
traduccin, que da lugar a un pptido de 14 aminocidos que no sirve para nada. A mediada que se
va sintetizando el RNA leader, va adoptando una determinada estructura secundaria.
La regin del RNA inmediatamente antes del sitio de terminacin de la traduccin (regin 1), es
complementaria a la regin contigua (regin 2) y al aparear se forma la horquilla 1-2; contina la
transcripcin y se transcriben las regiones 3 y 4, que tambin son complementarias y forman la
horquilla 3-4. Como la regin 4 va seguida de una serie de Us, esto constituye una seal de
terminacin por lo que la transcripcin cesa. Adems, la regin 2 puede tambin hibridar con la
regin 3. Curiosamente, en el pptido leader, de los 14 aminocidos dos son triptfano, siendo el
triptfano el aminocido menos frecuente en las protenas. Otra cosa a tener en cuenta es que en
bacterias, a diferencia de eucariticos, la transcripcin est acoplada a traduccin. Los ribosomas
estn traduciendo el RNA que se est transcribiendo.
Teniendo esto en cuenta:

 En ausencia de triptfano en el medio: la RNA polimerasa va transcribiendo. Los ribosomas

reconocen el AUG y comienzan a sintetizar el pptido hasta que llegan a lostripletes del triptfano
en los que se detienen, debido a que no hay triptofanil tRNA en el medio.Como los ribosomas
quedan detenidos en el codon del triptfano, la regin 1 del RNA leader queda "bloqueada"y no
puede hibridar con la regin 2 y se impide la formacin del hbrido 1-2. Al sintetizarse la regin 3, la
2 hibrida con la 3, con lo que no puede formarse el hbrido 3-4 y no se da la seal de terminacin.
La RNA polimerasa contina la transcripcin del opern.
Cuando hay triptfano en el medio, los ribosomas continuamente traducen la regin
correspondiente al pptido leader de 14 aminocidos. En este caso los ribosomas quedan parados
en la seal de terminacin de traduccin (UGA) impidiendo la hibridacin de la regin 2 con la 3,
con lo que al transcribirse la regin 4 se forma el hbrido 3-4. Aparece la seal de terminacin de
transcripcin y no se transcribe el opern.
Generalidad del mecanismo de atenuacin. Es un mecanismo general de control de
transcripcin? Es slo una peculiaridad del opern del triptfano? Si observamos diferentes
pptidos leader de distintos operones de biosntesis de aminocidos:
Thr: 8 tripletes de Thr.
His: 7 tripletes de His seguidos (MTRVQFKHHHHHHHPD)
Ile, Val, Leu (opern Ilv): 14 tripletes de Leu, Val, Ile,
(MTALLRVISLVVISVVVIIIPPCGAALGRGLA)
Opern Leu: MSHIVRFTGLLLLNAFIVRGRPVGGIQH.
La caracterstica comn en los distintos operones, es la abundancia de tripletes para ese
aminocido en su regin leader. El control de atenuacin no se lleva a cabo slo por el
aminocido, sino por la biosntesis de protenas, ya que en ausencia de sta la atenuacin impide
la sntesis del aminocido.

Antiterminacin
Los genes de los fagos no se transcriben todos a la vez. Generalmente hay un programa temporal
de transcripcin. As, vimos que en SPO1 este programa se efectuaba a nivel de iniciacin
mediante una cascada de factores. A nivel de terminacin ocurre algo anlogo. Supongamos un
grupo de genes A tempranos seguido de una seal de terminacin TA, si un producto de uno de
estos genes A es un antiterminador que hace que la RNA polimerasa se salte el terminador A, la
RNA polimerasa transcribir lo que viene a continuacin (genes B) pudiendo reconocer el
terminador siguiente (TB). Si el producto de un gen B es un antiterminador, la RNA polimerasa
transcribe los genes siguientes a TB (genes C). Un ejemplo de este tipo de control se da el fago
lambda.

ntroduccin
Los eucariontes, en su mayora, son organismos complejos. Los organismos eucariotas superiores
estn constituidos por numerosos rganos diferenciados, estando cada rgano constituido por

diferentes tipos de clula. Sin embargo, los miles de millares de clulas que constituyen estos
organismos provienen de una sola clula diploide y para llegar a este resultado, se ponen en juego
dos procesos: la multiplicacin celular y la diferenciacin. La diferenciacin debera ser el
resultado de "encender" y "apagar" diferentes genes. Pero para obtener un organismo "funcional"
no es suficiente que sus clulas se diferencien. Tambin hace falta que stas respondan de
manera adecuada al ambiente. Para esto es necesario que la expresin de cada uno de los genes
autorizados a expresarse para la diferenciacin est perfectamente regulado.
En las bacterias, los sistemas de regulacin de expresin de los genes son relativamente sencillos,
porque la regulacin se limita casi exclusivamente a un control de la transcripcin, traducindose
todo mensaje transcrito inmediatamente en protenas. El objetivo de la regulacin de genes se
convierte en el ajuste de la maquinaria enzimtica de la clula al ambiente nutricional y fsico
inmediato con el fin de permitir el crecimiento y la divisin de la clula bacteriana. En eucariontes,
la cosa no es tan sencilla. En estos organismos, el objetivo de la regulacin de la expresin gnica
es garantizar la ejecucin de las decisiones precisas del desarrollo que llevan a la diferenciacin
celular. En otras palabras,garantizar que el gen correcto se active en la clula correcta en el
momento correcto.
Los organismos eucariotas tienen determinadas caractersticas que hacen que sus mecanismos de
regulacin gnica sean diferentes de los procariotas. As, vemos que del genoma eucariota, slo el
7% del DNA es codificador. El resto del genoma est constituido por secuencias, muchas de ellas
repetidas de 103 a 106 veces, a veces en tndem, cuyo rol an se desconoce en su gran mayora.
Por ejemplo, el DNA satlite representa el 15% del genoma. El gen y la protena eucariotas no son
colineales ya que el transcrito primario del mRNA posee intrones que se pierden durante la
maduracin de esta molcula. Los mRNA eucariotas son monocistrnicos a diferencia de los
procariotas y no poseen operones. El hecho de poseer un nmero diploide de cromosomas, hace
que se establezcan relaciones entre los alelos.
En eucariontes, los sistemas de regulacin y seleccin son multietapa y a menudo son
arborescentes. Esto disminuye considerablemente el esfuerzo de la seleccin estando ya
preseleccionados determinados genes en una clula dada (diferenciacin). Esta preseleccin y la
multiplicidad de niveles sucesivos de regulacin permiten un ajuste de la velocidad y de la
intensidad de la reaccin a los estmulos. La arborescencia permite la obtencin de respuestas
pleiotrpicas cuando los estmulos se dirigen a un nivel elevado, es decir a las primeras etapas de
la regulacin y de una respuesta fina, muy selectiva y muy rpida cuando se dirigen a un nivel bajo,
es decir, a las ltimas etapas de la regulacin. No existe, pues, un modelo general de regulacin
como es el caso de los procariontes sino toda una serie de posibilidades que se encadenan, desde
una estructura especial de la cromatina (nivel alto de regulacin) hasta una regulacin
postraduccional (ltima etapa posible de regulacin).

Niveles de la expresin gnica en eucariontes

Las diferentes posibilidades de regulacin de la expresin gnica en organismos eucariotas son:
I. Nivel de cromatina
II. Nivel transcripcional
III. Nivel postranscripcional

IV. Nivel traduccional

V. Nivel postraduccional

Regulacin de la expresin gnica a nivel de la cromatina

Existen cuatro subniveles de regulacin al nivel de la cromatina:
1. Condensacin de la cromatina: sitios sensibles e hipersensibles a la DNasa I
2. Zonas superenrolladas
3. Metilacin de las citosinas
4. Reordenamiento del genoma

Condensacin de la cromatina: sitios sensibles e hipersensibles a la DNasa I

La estructura cromatiniana descondensada representa, al parecer, el primer y ms elevado nivel de
regulacin. Es a este nivel que se llevar a cabo la seleccin entre los genes que la clula
est autorizada a transcribir y aquellos que ella no debe transcribir. La cromatina est
constituida por el DNA enrollado alrededor de una serie de nucleosomas, empaquetada ms
relajada en las regiones que contienen genes activos. Adems de los cambios generales que
ocurren en las regiones activas o potencialmente activas, ocurren cambios estructurales en sitios
especficos asociados con la iniciacin de la transcripcin o con determinadas caractersticas
estructurales del DNA. Estos cambios se detectaron por primera vez gracias a los efectos de la
digestin con concentraciones muy dbiles de la enzima DNAsa I.
Cuando la cromatina se digiere con DNAsa I, el primer efecto es la introduccin de cortes en la
doble cadena en sitios hipersensibles especficos. Ya que la susceptibilidad a la DNAsa I refleja
la disponibilidad del DNA en la cromatina, consideramos que estos sitios representan regiones de
la cromatina en las cuales el DNA est especficamente expuesto porque no est organizado en la
estructura nucleosmica usual. Un sitio hipersensible tpico en la cromatina es cien veces ms
sensible al ataque de las enzimas. Estos sitios tambin son hipersensibles a otras nucleasas y a
agentes qumicos. Ellos representan fragmentos de DNA desprovistos de nucleosomas.
Muchos de los sitios hipersensibles estn relacionados con la expresin gnica. Cada gen activo
tiene su sitio en la regin del promotor y a veces ms de un sitio. La mayora de los sitios
hipersensibles se encuentran solamente en la cromatina de las clulas en las cuales se est
expresando el gen asociado; no se encuentran cuando el gen est inactivo. Se asume que un
sitio hipersensible es el resultado de la unin de protenas reguladoras especficas que excluyen
los nucleosomas. Los factores de transcripcin pueden generar sitios hipersensibles asociados a la
transcripcin.

Zonas superenrolladas
El superenrollamiento negativo del DNA hace que las bases estn ms accesibles a las
protenas. Algunos resultados experimentales demuestran que la variacin del grado de torsin del
DNA se utiliza como medio para modificar el acceso de las protenas al promotor, lo mismo en
eucariontes que en procariontes, regulando as la expresin de los genes correspondientes. Las
mutaciones en los genes de las topoisomerasas, que son las enzimas que crean o eliminan los

supergiros, disminuyen su actividad y tambin disminuyen importantemente la transcripcin de

numerosos genes. Este efecto tambin se obtiene por los inhibidores de las topoisomerasas. Sin
embargo, este resultado no es general, y slo algunos genes estn afectados.
Las topoisomerasas implicadas en esta regulacin parecen fijarse a determinadas secuencias
especficas del DNA situadas antes de los promotores.

La expresin gnica est asociada a la no-metilacin

La metilacin del DNA tiene lugar en sitios especficos. En bacterias est asociado a la
identificacin de una determinada cepa bacteriana y tambin con la diferencia entre el DNA
replicado y el no replicado. En eucariontes, su funcin primordial conocida est asociada al control
de la transcripcin. Entre el 2 y el 7% de las citosinas en el DNA de las clulas animales est
metilado (el valor vara con las especies). La mayora de los grupos metilo se encuentran en los
"dupletes" CG, y, de hecho, la mayora de las secuencias CG estn metiladas. Generalmente, los
residuos C en ambas cadenas de este tipo de secuencia palindrmica estn metiladas. Cuando un
duplete est metilado en una sola de las dos cadenas, se dice que est hemimetilado.
Muchos genes tienen un patrn de metilacin que es constante en la mayora de los sitios, pero
puede variar en otros. Una minora de sitios est metilado en tejidos en los cuales no se expresa el
gen, pero no estn metilados en los tejidos en los cuales el gen se encuentra activo. Por tanto, un
gen activo se puede describir como hipometilado. Un gen metilado es inactivo, pero el no
metilado es activo. Una regin hipometilada coincide con una regin de mxima sensibilidad a la
DNAsa I. La metilacin en el extremo 5 de un gen puede estar directamente relacionada con su
expresin. Muchos genes no estn metilados en el extremo 5 cuando se expresan, aunque
permanecen metilados en el extremo 3. Al igual que como sucede con otros cambios en la
cromatina, parece probable que la ausencia de grupos metilo est asociada con la posibilidad de
transcripcin y no con el propio acto de la transcripcin.

Reordenamiento del genoma

Entre los genes cuya expresin est condicionada por un reordenamiento genmico figuran los
genes de determinados antgenos de superficie en el tripanosoma, los genes de las protenas del
sistema inmune y los genes que intervienen en la esporulacin de la levadura (mating-type o
fenotipo sexual). Los reordenamientos del DNA generan diversidad, tanto en procariontes como en
eucariontes. Las consecuencias generales del reordenamiento pueden ser:
a) Crear nuevos genes como es el caso de las inmunoglobulinas, necesarias para la expresin en
determinadas circunstancias.
b) El reordenamiento puede ser responsable del cambio de la expresin de un gen ya existente
en otro. Esto ofrece un mecanismo para la regulacin gnica. Este es el caso del fenotipo sexual o
esporulacin de las levaduras.

INTRODUCCIN

REGULACIN DE LA TRANSCRIPCIN

2.1

REGULACIN DEL INICIO DE LA TRANSCRIPCIN

2.1.1

REGULACIN POR SUBUNIDADES ALTERNATIVAS

2.1.2 REGULACIN DEL INICIO DE TRANSCRIPCIN POR

PROTENAS REGULADORAS
2.1.2.1 EJEMPLO DE CONTROL NEGATIVO E INDUCIBLE:
REGULACIN DEL OPERN lac DE E. coli
2.1.2.2 EJEMPLO DE CONTROL NEGATIVO Y REPRIMIBLE: EL
CASO DEL OPERN trp DE E. coli
2.1.2.3
2.2

CONTROLES POSITIVOS
REGULACIN POR ATENUACIN DE LA TRANSCRIPCIN

3
SISTEMAS DE REGULACIN DE DOS COMPONENTES:
SENSORES Y REGULADORES DE RESPUESTA
4

MECANISMOS REGULADORES GLOBALES

4.1

RESPUESTA SOS ANTE GRANDES DAOS EN EL ADN

4.2

RESPUESTA AL CHOQUE TRMICO

4.3

QUORUM SENSING"

ENLACES

INTRODUCCIN

Con este tema comenzamos el estudio de la gentica bacteriana, que va a estar centrado
alrededor de las variaciones bacterianas. Entendemos por tales los cambios moleculares y
eventualmente fenotpicos que se producen en las bacterias por causas genticas. Dentro de
ellos podemos distinguir dos categoras principales:
Variaciones bacterianas por adaptacin al medio: son cambios moleculares y
fenotpicos que ocurren sin modificacin del material hereditario (sin variacin
del genotipo), siendo debidos a diversos mecanismos de regulacin de la

expresin de los genes. (Las trataremos en el presente tema)

Variaciones bacterianas asociadas a cambios genotpicos. Dentro de esta
categora podemos incluir:
Variaciones hereditarias no asociadas con transferencia de material gentico:
principalmente se trata de los diversos tipos de mutaciones. (Tema 16)
Variaciones hereditarias asociadas con transferencia de material gentico
entre una bacteria donante y otra receptora. Entre ellas se encuentran:
Variaciones debidas a transformacin (Tema 17)
Variaciones debidas a conjugacin (Tema 18)
Variaciones debidas a transduccin (Tema 19)
Comenzamos, pues, con el estudio de la regulacin gnica en procariotas. Desde el
punto de vista de la expresin gentica, los operones bacterianos se pueden dividir en dos
grandes tipos:
operones de expresin constitutiva (es decir, aquellos que se transcriben
permanentemente, independientemente de las condiciones ambientales). Por
ejemplo, operones para las ADN- y ARN-polimerasas; operones para las
protenas de las cadenas transportadoras de electrones; operones para las
protenas ribosmicas, etc.
operones cuya expresin est regulada en funcin de las condiciones
ambientales. Dentro de esta categora, se distinguen a su vez: operones de
expresin inducible y operones de expresin reprimible.
En principio, por su modo la regulacin puede ser de dos tipos :
Induccin: sntesis de ciertos enzimas (o aumento de su sntesis) debida a la

presencia en el medio de sustratos metabolizables adecuados, o en trminos

ms generales, por la existencia de determinados estmulos ambientales (no
necesariamente de tipo nutricional). Ejemplo tpico: la produccin de galactosidasa es inducible en determinadas bacterias cuando en el medio
aparece un azcar de tipo -galactsido (como la lactosa)
Represin: desconexin rpida de la ruta biosinttica de un determinado
compuesto, cuando ste aparece aportado en el medio de la bacteria. Ejemplo
tpico: si E. coli crece en ausencia de triptfano (Trp), la ruta para su biosntesis
est funcionando hasta que ese aa. aparezca en el medio. La represin no
siempre tiene que ver con estmulos nutricionales: se pueden desconectar
genes para evitar que su expresin interfiera con otros procesos que ya estn
en curso en la clula.
En resumen, y en relacin con el modo de expresin gentica que subyace a
sustancias relacionadas con el metabolismo, la norma general es que:
la induccin permite el ajuste rpido para el uso de sustratos metabolizables;
la represin permite el ajuste para la sntesis de una sustancia que interviene
como intermediario metablico.
TIPOS DE MECANISMOS DE REGULACIN GENTICA
Casi cada uno de los niveles de los que depende la expresin de informacin
gentica puede estar sometido en principio a algn tipo de regulacin, aunque el ms
frecuente es sobre la transcripcin.
1) Nivel transcripcional y sobre el ARNm
a) A nivel del inicio de la transcripcin
i)

sustitucin del factor de la ARN-polimerasa

ii)

por interaccin de protenas regulatorias sobre secuencias de ADN cercanas al

promotor:
(1) fenmenos de induccin gnica
(2) fenmenos de represin gnica

A su vez, estos fenmenos pueden realizarse por:

mecanismos de control positivo
mecanismos de control negativo
b) Terminacin prematura de la transcripcin: fenmenos de atenuacin de la
transcripcin.
c) Procesamiento de ARN (casos muy raros en procariotas)
2) Nivel traduccional. Ejemplos:
a) regulacin de la sntesis de las protenas ribosmicas.
b) regulacin por ARN antisentido, que interfiere con la traduccin del ARNm
3) Nivel postraduccional. Aqu ya no estamos ante mecanismos puramente de regulacin
gentica. Algunos ejemplos: degradacin de protenas y modificacin covalente de
protenas (p. ej., fosforilacin). Regulacin alostrica por retroalimentacin (feed-back)
de la actividad de las protenas enzimticas.
4) Sistemas globales de regulacin
Cuando varios operones estn regulados coordinadamente por un mismo tipo de
estmulos, constituyen una red de regulacin que se suele denominar con el nombre
de reguln(p. ej., el reguln de los operones spo de la esporulacin en las especies del
gnero Bacillus).
Casi todos los productos de genes bacterianos estn regulados en al menos uno de
estos niveles, y a menudo lo estn en varios niveles al mismo tiempo.
Como veremos enseguida, muchos de estos mecanismos se disparan en el interior
celular debido a pequeas molculas que informan a la bacteria de un determinado cambio
ambiental.

2 REGULACIN DE LA
TRANSCRIPCIN

2.1 REGULACIN DEL INICIO DE LA

TRANSCRIPCIN
2.1.1

REGULACIN POR SUBUNIDADES ALTERNATIVAS

Se trata de una estrategia muy directa y sencilla, en la que la subunidad estndar

de la clula vegetativa normal se ve desplazada y sustituida por otro(s) tipo(s)
de diferentes (codificadas por genes distintos). La holoenzima de la ARN polimerasa con
la nueva reconoce ahora e inicia la transcripcin a partir de un tipo distinto de promotor.
Esto hace que se transcriban operones que hasta entonces permanecan silenciosos (sin
expresin).
Veamos algunos ejemplos:
Uno de los casos mejor estudiados se da en las especies del gn. Bacillus,
durante el proceso de la esporulacin: Durante el crecimiento vegetativo, B.
subtilis posee una holoenzima tpica 2'+ 43 (= A), que reconoce los
promotores estndar de los operones vegetativos. Al iniciarse la esporulacin,
se sintetiza en la preespora una nueva , llamada F, que desplaza
parcialmente a la A (vegetativa). Ahora, la holoenzima reconoce los promotores
de algunos operones spo (que estaban inactivos durante el crecimiento
vegetativo), que codifican funciones requeridas durante las primeras fases de la
esporulacin. Uno de los genes que ahora se expresa corresponden a otra
subunidades (G) distinta de las dos citadas, y que permite a la polimerasa
transcribir en la preespora una nueva oleada de operones spo, ms tardos. En
una fase ms avanzada de la esporulacin, se expresan en la clula madre
otros genes spo debido a la activacin de una nueva (K). Cada nueva
holoenzima reconoce un tipo distinto y caracterstico de promotor (con
secuencias de nucletidos peculiares), que no puede ser reconocido por las
otras versiones de la ARN polimerasa dotadas de subunidades diferentes.
En Escherichia coli existe una subunidad estndar, que es la 70, implicada
en el inicio de la transcripcin de la mayora de los genes relacionados con el
crecimiento en condiciones normales. Sin embargo, para ciertas condiciones y
procesos especiales, la expresin de ciertos genes requiere el uso de
subunidades especiales:
La respuesta al choque por calor (heat-shock): si E. coli se somete a una
agresin de altas temperaturas, se produce la induccin de ms de 30 genes
(genes de la respuesta al calor, o de respuesta al estrs), cuyos productos
tienden a evitar ciertos daos ocasionados por este agente. Esta respuesta

est mediada por una nueva subunidad (llamada H o 32) que desplaza a
la 70 de la clula normal. La nueva holoenzima reconoce los genes de la
respuesta al calor, todos los cuales poseen un promotor con una regin -10
totalmente diferente a la estndar.
Cuando las enterobacterias sufren hambre de N (por ejemplo, no existe
amonio), una nueva subunidad (llamada 54 o N) desplaza a la 70, y
entonces la holoenzima reconoce promotores distintos, correspondientes a
operones cuyos productos permiten utilizar otras fuentes de N ms raras.
El factor 38 se usa cuando la bacteria est en la fase estacionaria, as como
cuando tiene que hacer frente a estrs oxidativo u osmtico.
Muchos genes implicados en la sntesis del flagelo bacteriano y de la
quimiotaxis (ver tema 8) se transcriben con un ARN-polimerasa que emplea
una subunidad especial (Fo 28).

2.1.2 REGULACIN DEL INICIO DE TRANSCRIPCIN POR

PROTENAS REGULADORAS
Como ya apuntamos, podemos encontrar dos tipos de fenmenos:
induccin: el desencadenante del ajuste se denomina inductor;
represin: el desencadenante del ajuste se denomina correpresor.
En general, los desencadenantes de la respuesta se llaman efectores, y suelen ser
molculas de pequeo tamao. Si estamos tratando con respuestas adaptativas metablicas,
podemos hacer la siguiente generalizacin:
El inductor suele ser el sustrato de una ruta catablica, o una molcula muy
semejante al sustrato natural.
El correpresor suele ser el producto de una ruta biosinttica, o una molcula

parecida.
El funcionamiento de estas molculas en su papel de efectores no depende de su
interaccin metablica en la ruta correspondiente. Lo que hacen los efectores es interactuar
conprotenas reguladoras especficas para cada sistema (de cada opern o de cada grupo
de operones). Y, a su vez, las protenas reguladoras interactan con una zona del opern
cercana al promotor. Es frecuente que muchas protenas reguladoras bacterianas compartan
un dominio tridimensional caracterstico denominado hlice-giro-hlice, que las capacita
para reconocer determinadas secuencias del ADN al comienzo del opern, cerca del
promotor (o incluso superspuesto al promotor).
Tanto la induccin como la represin gnicas de funciones pueden deberse a su vez a:
controles positivos;
controles negativos.
As pues, en la regulacin del sistema tenemos varios tipos de elementos:
a) efectores: pequeas molculas que informan del ambiente exterior;
b) un elemento regulatorio que acta en trans (a distancia): un gen regulador que
codifica una protena cuya nica funcin consiste en controlar la expresin (a nivel
de inicio de transcripcin) de un opern de genes estructurales.
c) genes estructurales (normalmente agrupados en operones, donde los genes se cotranscriben en forma de ARNm policistrnico). Estos genes pueden codificar
protenas estructurales, o protenas enzimticas o simplemente transcribirse a ARNr
o ARNt.
La funcin controladora de la protena reguladora se ejerce por su interaccin con
secuencias especficas al comienzo del opern, cerca del promotor. Estas secuencias son,
pues, elementos que actan en cis dentro del circuito regulatorio: esto significa que su
efecto depende de que estn ligadas genticamente con los genes estructurales que van a ser
sometidos a control gentico. Son secuencias que no codifican productos difusibles que
pudieran actuar a distancia.
Cmo se puede distinguir y discriminar entre las funciones de un regulador que acta en trans (a
distancia) de una secuencia en cis? Esto se puede lograr a partir de la observacin de los efectos
fenotpicos de sus respectivas mutaciones y de los tests de complementacin (aunque las bacterias son
haploides, se pueden realizar ensayos de complementacin gnica en diploides parciales por medio de

algn sistema de transferencia gentica, como por ejemplo el uso de conjugacin con factores F-primas
(F'): vase tema 18):
1)

La mutacin inactivante de un gen regulador tiene efectos recesivos en trans y pleiotrpicos, que
varan segn que el control sea de tipo positivo o negativo:
a)

en el caso de control negativo, la mutacin tiene efectos constitutivos;

b)

en el caso de control positivo, la mutacin tiene efectos ininducibles.

2)

La mutacin de un operador tiene efectos dominantes en cis.

3)

Por otro lado, la inactivacin mutacional de un gen estructural simplemente priva a la clula de la
funcin correspondiente.

Comparemos ahora las regulaciones genticas de tipo positivo y negativo:

1) Control negativo: el sistema se expresa a menos que sea desconectado por la accin de
una protena reguladora, a la que se denomina represor. Dentro de este control podemos
distinguir, a su vez:
a) Control negativo con efectos inductores (ej: en el opern lac): el represor, per
se es activo, pero se inactiva en presencia del inductor.
b) Control negativo con efectos represores (ej: en el opern trp): el represor, per
se es inactivo (aporrepresor), pero en presencia del correpresor se activa (adquiere
su capacidad funcional), y es entonces cuando reprime al opern estructural.
2) Control positivo: los genes estructurales no se transcriben (o en todo caso lo hacen a
un nivel basal bajo) a no ser que exista una protena reguladora activa llamada
apoinductor o activador. Tambin aqu puede haber dos categoras:
a) Control positivo por induccin: la protena activadora, por s misma es inactiva,
pero queda activada cuando se le une el inductor.
b) Control positivo por represin: la protena activadora, per se, es activa, pero se
inactiva cuando se le une el correpresor.

Control negativo con induccin

Control negativo con represin

Obsrvese, pues, que el estado activo del opern vara segn que se trate de un sistema
inducible o reprimible:
en los sistemas inducibles, el estado activo es el inducido;
en los sistemas reprimibles, el estado activo es el desreprimido.
2.1.2.1 EJEMPLO DE CONTROL NEGATIVO E INDUCIBLE: REGULACIN
DEL OPERN lac DE E. coli
Iniciamos ahora el estudio de los controles genticos en un sistema paradigmtico:
el opern lac (metabolismo de la lactosa) del colibacilo (Escherichia coli), que
histricamente fue el primero en investigarse (por Jacob y Monod, aos 50, y que les hizo
ganar el premio Nobel en 1965). En este epgrafe abordaremos el comportamiento de este
opern bajo regulacin negativa (incorporando detalles ulteriores al trabajo de Jacob y
Monod). Ms adelante (2.1.2.3), veremos que el opern lac tambin posee un control
positivo.
El opern lac, est constituido por:
tres genes estructurales:

Gen lacZ: codifica la -galactosidasa (tetrmero de un polipptido de 116

kDa), la enzima que hidroliza la lactosa en galactosa y glucosa;
Gen lacY: determina la -galactsido permeasa (46 kDa); protena de
membrana que realiza el simporte de H+ y lactosa.
Gen lacA: determina -galactsido acetilasa, prescindible y de papel
desconocido.
un promotor para la unin de la holoenzima de la ARN polimerasa
un elemento regulador en cis: el operador, parcialmente superpuesto con el
promotor
Este opern est controlado por el producto de un gen situado cerca del opern (pero que
no forma parte de l; este es el elemento regulatorio en trans): el gen lacI, que codifica un
represor que por s mismo es activo como tal. El polipptido de 38 kDa producido por este
gen se agrega espontneamente formando tetrmeros, que son la forma funcional del
represor.

Veamos el funcionamiento del sistema:

Mientras en el medio no exista lactosa, el tetrmero del represor presenta
una alta afinidad de unin hacia las secuencias del operador, y as impide que la
ARN polimerasa reconozca y se una al promotor; por lo tanto, no existe apenas
transcripcin del opern de la lactosa. La actividad de unin al operador reside
en el extremo N-terminal, que presenta un diseo caracterstico en hlice-buclehlice. El operador al que se une presenta una secuencia palindrmica
imperfecta.
Si en el medio existe lactosa (u otro azcar de tipo -galactsido) como nica
fuente de C, dicho azcar acta como inductor del opern: se une a una zona
de las subunidades del tetrmero del represor (codificado por lacI), con lo que
se produce un cambio conformacional alostrico del represor; con ello
disminuye la afinidad del tetrmero hacia la secuencia del operador, por lo que
ahora la ARN polimerasa puede iniciar la transcripcin. El represor inactivo

emigra a zonas inespecficas y aleatorias del ADN, distintas del operador.

Algunas ideas adicionales

En realidad el inductor natural no es exactamente la lactosa, sino el ismero alolactosa, que

se origina nada ms entrar aquella a la clula.

En el laboratorio se suelen emplear los llamados inductores gratuitos: se trata de

molculas artificiales (aunque -galactsidos) que si bien pueden interaccionar con el
represor, no pueden ser metabolizadas (a diferencia de la lactosa). Un ejemplo es el
llamado IPTG (isopropil--D-tiogalactsido).

Se ha visto que el opern lac tiene de hecho tres secuencias de tipo operador. La
denominada O1 es la clsica, parcialmente superpuesta con el promotor, pero tambin hay
que contar con la O2, centrada hacia la coordenada +440 del ARNm, y la O3, bastante aguas
arriba respecto del promotor (centrada hacia -82). Se ha propuesto que los tetrmeros del
represor reconocen simultneamente dos de estas secuencias, obligando al ADN a curvarse
de modo pronunciado, evitando as que pueda actuar la ARN-polimerasa.

En Ingeniera gentica se suele usar a menudo algn componente del opern lac. Por
ejemplo, se puede recurrir al promotor lac (bien sea en su versin silvestre o en algn
mutante) para lograr la expresin de ciertos genes. Uno de los usos ms extendidos es el
del gen lacZ, determinante de la -galactosidasa. Cuando las clulas de Escherichia
coli silvestres respecto de lacZ crecen en presencia del X-gal (un galactsido artificial), las
colonias tiene un aspecto azul, debido a que la -galactosidasa transforma dicho X-gal en
una sustancia de color azul. Pero si el gen lacZ est inactivado (p. ej., porque tenga una
deleccin o una insercin), las colonias son de color blanco.

Este tipo de dispositivo regulador es propio de rutas catablicas, donde el principio

de economa debe garantizar que las enzimas de la ruta slo se induzcan en presencia del
sustrato adecuado.
2.1.2.2 EJEMPLO DE CONTROL NEGATIVO Y REPRIMIBLE: EL CASO DEL
OPERN trp DE E. coli
La regulacin negativa y reprimible es muy apropiada y econmica para
desconectar la transcripcin de los genes de rutas biosintticas de intermediarios
metablicos (como aminocidos, bases nitrogenadas y vitaminas) cuando los productos
finales de estas rutas estn disponibles a la bacteria a partir del medio de crecimiento. En
estos sistemas, a diferencia de la regulacin de operones catablicos, la protena reguladora
es inactiva en s misma, por lo que recibe el nombre de aporrepresor. El efector que
desencadena la represin se denomina correpresor, y suele ser la sustancia del medio

equivalente al producto final de la ruta biosinttica. La unin del correpresor con el

aporrepresor genera un complejo denominado represor activo.
El opern trp de Escherichia coli est compuesto por:
Cinco genes estructurales en la secuencia trpEDCBA. Codifican cinco
polipptidos que a su vez constituyen tres enzimas implicadas en el paso de
corsmico a triptfano.
Promotor
Operador (superpuesto al promotor).
A la zona del operador se pueden unir dmeros del elemento regulatorio en trans: un
represor codificado por el gen trpR (que est lejos del opern estructural). Entre el
promotor y el inicio del primer gen estructural existe una zona regulatoria compleja (lder
ms atenuador) que interviene en un tipo de regulacin distinta que estudiaremos ms
adelante (atenuacin). (Como ya dijimos, son muy frecuentes los sistemas genticos
sometidos a varios niveles de regulacin).
As pues, en esta apartado consideraremos slo el funcionamiento del sistema trp en cuanto
al mecanismo de represin-desrepresin:
En un medio pobre en aminocido triptfano: el gen trpR se expresa: se
sintetiza el aporrepresor inactivo, por lo que la ARN polimerasa puede transcribir
el opern de genes estructurales (trpEDCBA). Hay sntesis de las enzimas del
opern a sus niveles desreprimidos.
En un medio rico en triptfano: el gen trpR se expresa igualmente, es decir,
se sintetiza aporrepresor inactivo, pero al unirse a dos molculas de triptfano
que la bacteria ha captado del medio se produce un cambio de conformacin
que genera el represor activo (aporrepresor + correpresor): ahora reconoce y se
une a la secuencia del operador (que est solapado con el promotor). As se
impide la transcripcin del opern, aunque no totalmente. Esto da lugar al nivel
de expresin basal o reprimido (que en el caso de este opern representa 1/60
del nivel desreprimido).

Adems, en medio rico en triptfano, el gen regulador trpR se ve reprimido por su

propio producto (aporrepresor + triptfano). Estamos ante un ejemplo de regulacin
autgena: el nivel de represor est autocontrolado:
Si existe demasiado represor, se impide la sntesis de ms represor;
Si existe poco represor se posibilita la transcripcin del gen trpR.
2.1.2.3

CONTROLES POSITIVOS

Algunos operones bacterianos poseen promotores tales que no pueden ser usados
eficientemente por la ARN polimerasa de forma directa para el inicio de la transcripcin,
sino que adems, requieren protenas auxiliares activadoras. Es decir, la transcripcin de
estos operones no ocurre (o en todo caso ocurre a un nivel basal bajo), a no ser que la
protena activadora se una a zonas del ADN cercanas al promotor (normalmente al lado 5'
respecto del promotor). Este tipo de promotores carecen de las secuencias tpicas -35 y -10
a las que ya hemos aludido anteriormente.
Como ejemplo de regulacin positiva del inicio de transcripcin estudiaremos la
que existe en el opern lac de E. coli:
Para comenzar, veamos el
comportamiento de una poblacin de
esta bacteria cuando en su medio de
cultivo existen dos fuentes de carbono:
glucosa y lactosa: se da un crecimiento
en dos fases llamado crecimiento
diuxico: durante una primera fase, las
bacterias aprovechan solamente la
fuente ms rica de carbono (la glucosa),
creciendo de modo exponencial durante
unas cuantas generaciones, hasta que
agotan esta glucosa. A continuacin se
entra en una corta fase de tipo
estacionario, que conduce a una nueva
fase de crecimiento exponencial (aunque
con un coeficiente menor que el de la
fase exponencial anterior) debido a que
en sta las bacterias han pasado a
metabolizar la lactosa. Mientras exista
glucosa en el medio de cultivo, no se
degrada la lactosa, debido al fenmeno
conocido como represin catablica o

efecto glucosa: el catabolismo de la

glucosa impide de alguna manera que
se expresen los genes del opern de la
lactosa. Pero una vez que la glucosa se
agota, el opern lac se activa y se
expresa: se sintetizan las enzimas que
permiten metabolizar la lactosa. La corta
fase estacionaria representa entre las
dos exponenciales representa el tiempo
que tardan las bacterias en conectar y
expresar los genes del catabolismo de la
lactosa una vez agotada la glucosa.
El nombre de represin catablica se puso en un momento en el que se
desconoca la base molecular de su funcionamiento. A pesar de que sigamos usando este
nombre por motivos histricos, hoy sabemos que este fenmeno es la manifestacin de un
proceso de regulacin gentica positiva. A continuacin pasamos a describirlo a nivel
molecular:
En breves palabras, lo que ocurre es que en presencia de una fuente preferencial de
carbono (como es la glucosa) el mecanismo de regulacin positiva del opern lac se
inactiva. Por contra, en ausencia de glucosa y en presencia de la lactosa, este mecanismo
positivo es funcional, lo que permite la estimulacin del inicio de la transcripcin del
opern.
Elementos del circuito regulatorio:
gen crp: codifica la protena regulatoria, un polipptido que forma
espontneamente dmeros, constituyendo la denominada protena relacionada
con la represin catablica (CRP), tambin conocida como protena que une
AMPc (CAP). Tal como es sintetizada por el gen crp, la protena CAP es inactiva
(apoinductor inactivo). Pero cuando la bacteria posee niveles adecuados de
AMPc (que acta como inductor endgeno), ste se une a la CAP, lo que
conduce a que el dmero cambie de conformacin: en esta nueva configuracin
el complejo CAP-AMPc reconoce una secuencia palindrmica cercana al
promotor del opern lac (hacia su lado 5'), y acta como activador del inicio de
transcripcin de este opern.
gen cya: codifica la adenilato-ciclasa, enzima que convierte el ATP en AMPc.
opern lac: a la descripcin que ya dimos, solamente aadir que a la izquierda
(o sea, al lado 5' o aguas arriba) del promotor existe una secuencia
palindrmica caracterstica, que como acabamos de ver es el lugar de

reconocimiento del complejo activador CAP-AMPc.

Veamos, pues, el funcionamiento del circuito regulatorio:
Ante todo, hay que tener presente que el nivel intracelular de AMPc est en
relacin inversa con la velocidad de crecimiento de la bacteria. A su vez, la
velocidad de crecimiento est en relacin directa con la riqueza de la fuente de
C.
En presencia de glucosa (fuente rica de C): como se recordar (tema 6), en
Enterobacterias la glucosa es transportada por el sistema de fosfotransferasa
(sistema PTSGLC, un ejemplo tpico de transporte activo acoplado a
translocacin de grupos). Como es sabido, en este sistema hay dos enzimas
especficas del azcar a nivel de membrana, que reciben secuencialmente el
fosfato (P), que a su vez ser transferido a la glucosa, que de esta forma entra
al citoplasma. Mientras exista glucosa, el sistema PTSGLC estar funcionando,
de modo que apenas habr nivel de E-IIAGLC fosforilada, porque rpidamente el
fosfato es transferido a la glucosa en su trnsito por la membrana (bajo EIIGLC~P). Ello supone una seal que inhibe a la enzima adenilato-ciclasa. En
resumen, en presencia de glucosa los niveles de AMPc son bajos. Por lo tanto,
el apoinductor CAP, aunque se est sintetizando, permanece inactivo, ya que al
no haber apenas AMPc no puede cambiar de conformacin. Esta es la base
molecular del fenmeno de represin catablica: observa que en realidad no
es una autntica represin, sino que se trata de la no activacin de la protena
activadora, debida en ltima instancia al catabolismo de la glucosa.
En ausencia de glucosa: el sistema PTSGLC no est transportando glucosa, por
lo que ahora s hay altos niveles de E-IIA GLC ~P (y bajos de la versin no
fosforilada). El sistema ahora no enva la seal inhibidora de la actividad adenilciclasa : se sintetizan niveles elevados de AMPc. ste se une a los dmeros de
CAP (=CRP); el concomitante cambio de conformacin permite al complejo
CAP-AMPc reconocer su secuencia-diana palindrmica cerca del promotor
de lac. En esta interaccin con su secuencia-diana, la CAP obliga al ADN a
curvarse unos 90o. Ahora la CAP interacciona con las subunidades de la ARN
polimerasa, de modo que ahora s puede efectuar el inicio de la transcripcin
con gran eficiencia.

As pues, hemos completado el estudio de la regulacin del opern lac. En resumidas

cuentas, cabe resaltar que se trata de un opern sometido a dos tipos de controles del inicio
de la transcripcin:
regulacin negativa, (represin en ausencia de lactosa, pero induccin en
presencia de lactosa)
regulacin positiva, por activacin (en ausencia de glucosa y con lactosa
presente)
Por lo tanto, el opern lac, para que pueda transcribirse a pleno rendimiento requiere que se
cumplan dos condiciones simultneamente:
1. No debe haber en el medio una fuente ms rica de azcar (como la glucosa), lo que
libera la represin catablica por el mecanismo de regulacin positiva a travs de
CAP
2. Debe existir el inductor exgeno (la lactosa), que inactiva el mecanismo de regulacin
negativa.
En Enterobacterias, lo que acabamos de describir para el opern lac lo podemos
hacer extensivo a otros muchos operones (que comprenden ms de 300 genes)
correspondientes al catabolismo de otras fuentes de C ms pobres que la glucosa. Es decir,
mientras exista glucosa en el ambiente de la bacteria, sta ser usada en primer lugar, de
modo que mientras se metaboliza est operando el fenmeno de represin catablica.
Pero una vez agotada, y suponiendo que exista una fuente alternativa de C, sta pasar a ser
usada, merced a la activacin gentica mediada por el complejo CAP-AMPc.

Ejemplos de otros operones controlados positivamente por CAP-AMPc:

opern ara (del catabolismo de la arabinosa);
opern gal (del catabolismo de la galactosa);
opern mal (del catabolismos de la maltosa).
Este conjunto de operones diferentes que estn regulados por la protena CAP se
denomina reguln CAP.
En otras bacterias el fenmeno de represin catablica no depende de AMPc-CAP,
sino que la regulacin positiva de operones catablicos de azcares distintos de la glucosa
est mediada por protenas activadoras diferentes.
No podemos olvidar aqu un tipo de operones transcribibles por holoenzimas de la ARN-polimerasa
con subunidades alternativas a la estndar 70 que requieren para su transcripcin eficiente la
colaboracin de protenas activadoras especiales que reconocen secuencias de ADN situadas a
bastante distancia aguas arriba respecto del respectivo promotor. Por ejemplo, en muchas bacterias
Gram-negativas hay operones con un tipo de promotor especial (cuyas secuencias conservadas,
centradas en -24 y -12 son diferentes a las citadas hasta ahora) reconocido slo por la versin de la
ARN-polimerasa provista de la subunidad 54. Pues bien, para la transcripcin de este tipo de
operones (llamados ntr) se requiere la concurrencia de la protena reguladora NtrC fosforilada, que
reconoce una secuencia palindrmica a unas 100 pb aguas arriba del promotor. Al parecer, la unin
de oligmeros de NtrC~P a sus secuencias de reconocimiento hace que el ADN se curve, de modo
que esas NtrC~P hacen contacto con la ARN-polimerasa, y tras gastar ATP ayudan en el inicio de la
transcripcin.

2.2 REGULACIN POR ATENUACIN DE LA

TRANSCRIPCIN
La atenuacin es un mecanismo de control que se da en ciertos operones de rutas
biosintticas (sobre todo de aminocidos), por el cual una onda de transcripcin recin
iniciada puede terminar prematuramente en una zona denominada atenuador, antes de
alcanzar al primer gen estructural de ese opern. A nivel de ADN, el atenuador est situado
entre el promotor y el inicio del primer gen estructural, dentro de la porcin que a nivel de
ARN representa al lder. A diferencia de los mecanismos de regulacin que hemos visto
en la seccin anterior, la atenuacin no depende de protenas reguladoras.
La atenuacin se produce por un control ejercido por la traduccin, que a su vez
responde al nivel intracelular del ARNt cargado con el aminocido de la ruta biosinttica en
cuestin:

si existe suficiente nivel de ese aa-ARNt, habr atenuacin de la transcripcin;

si no existe suficiente de ese aa-ARNt, no habr atenuacin, y por lo tanto la
transcripcin continuar hasta el final.
La presencia o ausencia del aa-ARNt concreto determina si el ribosoma puede
traducir, o no, una zona temprana del ARNm (dentro de la porcin del lder): si el ribosoma
puede traducir esa zona (porque existe nivel de ese aa-ARNt), el avance del ribosoma
detrs de la ARN polimerasa impide ciertos emparejamientos intracatenarios dentro del
ARNm naciente, pero permite otros emparejamientos alternativos de modo que se forma
una estructura secundaria de tipo terminador simple (independiente de ). Por lo tanto la
ARN- polimerasa se atranca en esta horquilla y finalmente se separa, detenindose as la
transcripcin antes de que la onda de transcripcin haya alcanzado al primer gen
estructural.
Mecanismo molecular de la atenuacin: lo estudiaremos con el caso del opern de la
biosntesis del triptfano (trp), el primero en investigarse (por Yanofsky).
Descripcin del opern trp (consultar figura): observa la zona del promotor-operador
(sobre la que ya vimos en un apartado anterior que se ejerce un mecanismo de control
negativo por represin); observa la secuencia lder, al comienzo del ARNm, antes de la
porcin codificadora del primer gen (trpE). Este lder consta de 162 bases, y en su interior
alberga una corta regin con capacidad potencial de ser traducida por ribosomas (es decir,
un marco abierto de lectura u ORF segn sus iniciales inglesas): ntese que el pptido que
se sintetizara a partir de esta porcin es rico en trp, es decir, tiene una alta proporcin del
mismo aminocido objeto de la sntesis dependiente del opern trp.
Como ya dijimos antes, la clave de la regulacin estriba precisamente en el lder
(incluyendo la porcin del pptido rico en triptfano). La porcin de ARNm
correspondiente al lder forma parte de una zona que puede adoptar estructuras
secundarias distintas y alternativas, debido a la posibilidad de establecer
emparejamientos intracatenarios:
bien se emparejan la zona 1:2 y la 3:4;
o bien se empareja la 2:3, quedando la 1 y la 4 sin emparejar.
Pues bien, la estructura en horquilla formada por el emparejamiento de 3:4
constituye un tpico terminador de la transcripcin independiente de .

Pasemos, pues, al funcionamiento del mecanismo de atenuacin:

Si existe suficiente
triptfano en el medio: la
bacteria capta triptfano, y
sintetiza el triptofanil-ARNt
(ARNttrp); habr reserva
suficiente de este
ARNttrp como para poder ser
usado normalmente en la
sntesis de protenas. La ARN
polimerasa va transcribiendo
el opern trp, y detrs de ella
los ribosomas comienzan a
cubrir la zona del pptido
dentro de lder del ARNm.
Tras traducir la porcin 1 del
lder, el ribosoma cubre
enseguida y traduce la
porcin 2. Mientras tanto, la
ARN-polimerasa acaba de
transcribir las porciones 3 y 4.
La porcin 3 se empareja
espontneamente con la 4.
(Observa que a la porcin 3
no le queda ms remedio, ya
que la porcin 2, con la que
tericamente tambin puede
emparejarse no est
disponible, ya que est
oculta -cubierta- por el
ribosoma). Consecuencia: al
formarse la horquilla 3:4,
seguida por la ristra de
uracilos (U), se constituye un
tpico terminador de
transcripcin independiente
de : se termina
prematuramente la
transcripcin (antes de que la
onda de transcripcin haya
alcanzado al primer gen
estructural, trpE): este es
precisamente el fenmeno de
atenuacin.

Si el triptfano es limitante
en el medio: la bacteria
dispondr de pocos ARNt
cargados on el aminocido
triptfano (o sea, el pool
intracelular de ARNttrp estar a
bajos niveles). El ribosoma, al
llegar a los codones de
triptfano dentro de la porcin
codificadora del lder, se
quedar atrancado, debido a
que no encuentra el
ARNttrp que introduzca el
triptfano frente a dos
codones seguidos para ese
aminocido. El ribosoma se
queda, pues, detenido en la
porcin 1. Mientras tanto, la
ARN polimerasa le va
sacando ventaja al ribosoma,
de modo que transcribe la
porcin 2, luego la porcin 3...
pero antes de terminar con la
porcin 4, la 2 y la 3 se
emparejan entre s (de modo
que es ahora la 4 la que se
queda sin emparejarse). Esto
implica que ya no se puede
formar la estructura
secundaria 3:4 seguida de
varios U: por lo tanto, no hay
terminacin de la
transcripcin, sino que sta
contina y abarca a todo el
opern trp, y finalmente se
sintetizan las enzimas
biosintticas que conducirn a
la sntesis del aminocido
triptfano.
Otros casos de atenuacin:
La atenuacin es un sistema de control gentico de una amplia variedad de operones biosintticos,
especialmente de aminocidos. Otros ejemplos descubiertos despus del sistema trp:

opern his: sntesis de histidina

opern phe: sntesis de fenilalanina;

opern leu: sntesis de leucina;

opern thr: sntesis de treonina;

opern ilv: sntesis de isoleucina y de valina.

Algunos de estos operones (como el his) slo poseen atenuacin como mecanismo de control,
mientras que otros gozan, adems de regulacin por represin.
Los ARNm de cada uno de estos operones posee en su inicio una porcin lder ms o menos larga,
pero con las caractersticas que ya hemos visto:

contiene un marco de lectura abierta

(ORF=open reading frame) con capacidad
potencial de codificar un pptido rico en el
aminocido que la ruta correspondiente debe
sintetizar. Por ejemplo: La ORF del lder del
opern his codifica un pptido de 17 aa., de
los cuales 7 son histidina. La ORF del lder
del opern leucodifica un pptido de 28 aa.,
de los cuales 4 son leucinas.

el lder del ARNm puede formar estructuras secundarias alternativas, incluyendo un

atenuador (es decir, una estructura en horquilla seguida de ristra de uracilos, que acta
como un poderoso terminador prematuro de la transcripcin).

En resumen: La atenuacin es un mecanismo que permite detectar los bajos niveles

intracelulares del aminocido en cuestin (bajo la forma de aminoacil-ARNt), los cuales
dependen a su vez de bajos niveles del aminocido en el medio, de modo que la bacteria
responde a las necesidades inmediatas de ese aminocido (que se requiere para la sntesis
proteica). El mecanismo estriba en la capacidad o incapacidad del ribosoma para atravesar

la regin lder, lo que a su vez determina la formacin de estructuras secundarias

alternativas en el lder. Como se puede constatar, la atenuacin es un mecanismo que
depende totalmente del estrecho acoplamiento que existe en bacterias entre transcripcin y
traduccin.

3 SISTEMAS DE REGULACIN DE
DOS COMPONENTES: SENSORES Y
REGULADORES DE RESPUESTA
Los sistemas de regulacin que hemos estudiado hasta ahora se ponen en marcha
cuando un estmulo ambiental qumico, normalmente una pequea molcula relacionada
con el metabolismo (el efector), entra en la clula e interacciona con una protena
reguladora, que a su vez se une (o deja de unirse) con una secuencia de ADN al comienzo
del opern. Pero hace relativamente pocos aos se descubri que las bacterias poseen
tambin numerosos sistemas en los que la seal ambiental no entra a la clula, sino que es
detectada por un sensor a nivel de membrana, el cual reemite (transduce) el estmulo
hacia una protena citoplsmica, la cual a su vez interacciona con secuencias determinadas
al comienzo del opern, para regularlo, generando as la respuesta adaptativa
correspondiente a la seal ambiental. Como en la mayor parte de los casos el sistema
funciona con dos protenas (la sensora y la reguladora), a este tipo de sistemas se los
conoce con el nombre de sistemas de regulacin de dos componentes.
Los distintos sensores, a pesar de que cada uno detecta un estmulo diferente, se
parecen entre s en al menos parte de su secuencia, y lo mismo ocurre con los reguladores
de respuesta, por lo que se habla de dos familias de protenas (cada una con un probable
origen evolutivo comn):
1. Familia de histidn-proten-quinasas (HPK): Este tipo de protenas son
las sensoras de algn tipo de estmulo ambiental. Muchas de ellas son
autofosforilables, pero su funcin esencial es la de fosforilar al correspondiente segundo
miembro de la pareja (el regulador). Los distintos sensores suelen tener en comn su
porcin carboxiterminal, denominadadominio transmisor (que incluye la histidina
fosforilable). Los sensores suelen ser protenas integrales de membrana citoplsmica.
Cada sensor tiene un dominio aminoterminal caracterstico, inmerso en el espacio
periplsmico, y de este modo detectan algn estmulo procedente del ambiente. Al
hacerlo, parece que cambian de conformacin, de modo que el dominio transmisor
intracitoplsmico se autofosforila y luego fosforila al correspondiente regulador de
respuesta.
2. Familia de reguladores de respuesta (RR): cada regulador de respuesta, tras ser
fosforilado en cierto asprtico por su correspondiente HPK, ejerce algn efecto
regulatorio. Normalmente, los RR fosforilados actan como activadores de la
transcripcin de ciertos operones. Los distintos reguladores comparten un mismo tipo
de dominio aminoterminal, denominado dominio receptor, que incluye el asprtico que

recibe el fosfato del sensor correspondiente. Los reguladores que actan como
activadores de transcripcin suelen incluir un dominio carboxiterminal a base del tpico
motivo hlice-giro-hlice, capaz de interactuar con ciertas secuencias de ADN.

Los sistemas de dos componentes son muy abundantes en bacterias. Por ejemplo, en E.
coli se han descubierto unos 50, entre los cuales podemos citar:
Sistema Ntr de utilizacin de fuentes de nitrgeno, que responde ante los
niveles de amonio, y que permite el uso de fuentes alternativas de nitrgeno.
Sistema de respuesta ante osmolaridad: el aumento de presin osmtica es
detectado por la HPK sensora llamada EnvZ, que fosforila al regulador OmpR. A
su vez, este regulador controla las proporciones relativas de dos porinas, OmpC
y OmpF, haciendo que predomine la porina de poro ms pequeo (OmpC).

4 MECANISMOS REGULADORES
GLOBALES
Para finalizar este recorrido por los principales tipos de mecanismos de regulacin
de la expresin gnica en bacterias, vamos a referirnos brevemente a algunos ejemplos de
grandes sistemas de operones que se ven sometidos a una regulacin coordinadada comn,
encaminada a la superviviencia de la bacteria en determinadas circunstancias ambientales

extremas o a realizar grandes ajustes metablicos para adaptarse a cambios bruscos en las
condiciones nutricionales.

4.1 RESPUESTA SOS ANTE GRANDES DAOS

EN EL ADN
Repasemos algo que ya vimos en el captulo 13 (Influencia de los agentes fsicos
sobre las bacterias): en determinados procariotas existe un sistema inducible de reparacin
a los daos severos al ADN ocasionados por agentes como la luz UV o las sustancias
alquilantes. Los genes SOS se desreprimen segn el siguiente esquema:
Cuando el ADN de la bacteria est seriamente daado, existen zonas de ADN de
cadena sencilla sin reparar. Esto constituye una seal por la que la protena RecA (que est
en este momento a una concentracin basal relativamente baja) se modifica y se convierte
en una proteasa muy especfica (RecA*): la RecA* rompe a la protena LexA, que estaba
reprimiendo una serie de operones, incluyendo a recA, uvrABC, umuDC, etc. Por lo tanto,
estos genes se expresan ahora a alto nivel:
la expresin de uvrABC induce una mejora de la reparacin por escisin
resntesis;
la expresin de recA mejora la reparacin por recombinacin;
la expresin de umuDC favorece una sntesis de emergencia de ADN, por la
que se introducen frecuentes errores: hay aumento de la mutagnesis;
se altera la regulacin del crecimiento y divisin celular: las clulas se hacen
filamentosas, muy largas, con formas anmalas.
Todos estos cambios, a pesar de las alteraciones que provocan en las clulas,
suponen la salvaguardia, en ltima instancia de su viabilidad. Cuando las circunstancias
agresivas (UV) desaparezcan, el mismo circuito regulador se encarga de que las clulas
vuelvan rpidamente a su metabolismo normal.

4.2

RESPUESTA AL CHOQUE TRMICO

La llamada respuesta al choque trmico es un mecanismo adaptativo compartido por

prcticamente todos los seres vivos, consistente en el aumento rpido de la sntesis de una
serie de protenas (denonimadas protenas Hsp, iniciales del ingls heat shock proteins) ante
la elevacin brusca de la temperatura por encima de la ptima, con un ulterior descenso

lento a sus niveles basales. A pesar de que esta respuesta se descubri precisamente ante
aumentos de temperatura, se sabe ahora que en realidad se induce ante otros tipos de
agresiones o estrs ambientales (como por ejemplo, presencia de etanol u otros solventes
orgnicos en el medio, o dao al ADN). Las protenas Hsp protegen a las clulas del dao
que les causara una posterior elevacin adicional de la temperatura. Obviamente, este
sistema parece que constituye un mecanismo adaptativo de proteccin que, una vez que
detecta incrementos anmalos de temperatura, prepara a la bacteria para soportar perodos
relativamente largos a temperaturas por encima de la ptima de crecimiento.
En Escherichia coli la mayor parte de los 36 genes codificadores de protenas Hsp
forman un reguln, y los correspondientes operones son transcritos por la versin de la
ARN-polimerasa provista de la subunidad 32.
La mayor parte de las protenas Hsp se expresan a niveles basales durante el
crecimiento normal, pero tras la agresin ambiental, aumentan abruptamente y luego
vuelven lentamente al nivel normal (aun cuando p. ej., la temperatura siga alta). Algunas de
las Hsp son protenas celadoras (chaperonas; vase tema 7) que intervienen en el
plegamiento adecuado de otras protenas. Entre estas celadoras se encuentran GroE, DnaK,
DnaJ y GrpE. Otras Hsp son proteasas (como la Lon) que degradan protenas demasiado
anmalas. Estos papeles de las protenas Hsp explican por qu la respuesta al choque por
calor es transitoria:
Inmediatamente despus de la agresin ambiental, las protenas, al no tener las
concentraciones de sales y otros componentes adecuados a su estabilidad,
tienden a desnaturalizarse. La respuesta adaptativa viene enseguida,
aumentando los niveles de protenas celadoras (que ayudan a replegarse a las
protenas defectuosas, parcialmente desnaturalizadas) y de proteasas (que
eliminan protenas intiles desnaturalizadas).
Pero una vez que ha pasado un tiempo, el medio interno de la clula ya se ha
adaptado a las nuevas condiciones, por lo que ya no hace falta un nivel tan alto
de Hsp, por lo que la respuesta va remitiendo.
Los operones del reguln del choque por calor se transcriben a partir de promotores
especiales (con su propia secuencia consenso) cuando son reconocidos por la holoenzima
de la ARN-polimerasa con la subunidad 32. Durante el crecimiento en condiciones
normales, hay muy pocas molculas de 32 en la clula, debido a que se degrada
rpidamente (en uno o dos minutos), pero cuando sube la temperatura de 30 a 42 C, los
niveles suben 15 veces, de modo que aumenta la transcripcin de los genes del choque
trmico. Al parecer, esos niveles de32 vienen regulados postraduccionalmente por alguna
de las propias chaperonas.
El modelo actual dice lo siguiente:

en condiciones normales las protenas celadoras (chaperonas) DnaK, DnaJ y

GrpE se unen a polipptidos nacientes ayudndoles a plegarse
adecuadamente. Pero por otro lado, la DnaK se une tambin a la poca 32, de
modo que sta no slo no puede ayudar al inicio de transcripcin de los
operones Hsp, sino que adems queda inestabilizada y es ms susceptible de
ataque por proteasas.
Cuando hay un choque por calor, al cambiar bruscamente las condiciones del
medio celular, las protenas en general tienden a desnaturalizarse, por lo que en
un primer momento las chaperonas se dedican a intentar replegar
correctamente el mayor nmero de protenas. Esto significa que ahora la DnaK
tiende preferentemente a unirse a protenas diferentes del factor 32. Por lo
tanto, la 32 intacta se va acumulando en la clula e incrementa su actividad, y
se puede producir el aumento de expresin de los operones Hsp, incluyendo el
mismo dnaK. Esto explica igualmente el fenmeno ya comentado de que la
expresin de las Hsp va volviendo poco a poco a su nivel basal: cuando se ha
acumulado una buena cantidad de DnaK suficiente para ayudar a replegarse a
las protenas celulares, y cuando ha dado tiempo a que las condiciones internas
se ajusten a las condiciones del estrs ambiental, vuelve a haber DnaK libre
como para volver a unirse a la 32, de modo que lentamente se vuelve al nivel
normal de transcripcin de los genes de las protenas del choque trmico.