En el ao 2000, despus de haberse destapado los escndalos de corrupcin y
de saqueo del gobierno del Ing. Alberto Fujimori Fujimori, quien a su vez buscando una tercera candidatura incumpliendo lo estipulado por la constitucin poltica del Per y bajo la mirada desaprobatoria de los organismos internacionales. Despus de una series de situaciones presentadas en el ao 2000 y las apariciones de los famosos vladivideos, el ex presidente Alberto Fujimori usando como pretexto la cumbre APEC realizada en Brunei, sali del pas para despus dirigirse a Tokio-Japn y presentar su renuncia va facsmil; dejando al pero sin direccin, y en una fase de incertidumbre total en donde era necesario estar unidos ms que nunca para sacar adelante nuestro pas a pesar de todos los obstculos y problemas existentes. En el 2000, Paniagua fue electo Congresista con una votacin modesta y en octubre de ese ao fue elegido Presidente del Congreso, Tras conocerse la renuncia del presidente Alberto Fujimori seguido por sus vicepresidentes, El congreso no acept su renuncia y lo destituy, como ambos vicepresidentes tambin renunciaron, el tercero en sucesin legal era Paniagua
Al inicio de la gestin del Gobierno de Transicin presidido por el Dr. Valentn
Paniagua Corazao (22 de noviembre de 2000) y la de su Gabinete Ministerial (25 de noviembre de 2000), la situacin socioeconmica era uno de los temas sobre los cuales se centraba la atencin y las expectativas al interior de la poblacin. Al tiempo que el recompuesto Poder Ejecutivo iniciaba su gestin, la economa peruana ya se encontraba exhausta por una prolongada recesin y la situacin financiera de los agentes privados mostraba un deterioro significativo. En este escenario, durante la presentacin al Congreso del Sr. Primer Ministro Dr. Javier Prez de Cullar, el 11 de diciembre de 2000, el Gobierno de Transicin anunci los objetivos de su gestin:
Garantizar un proceso electoral limpio y transparente
Asegurar un contexto de estabilidad econmica para el desarrollo de dicho proceso.
De esta manera, quedaba claro el compromiso del Gobierno de Transicin con
dejar a la nueva administracin, una economa saneada y con el financiamiento y margen de maniobra necesarios para que pueda iniciar sugestin en condiciones favorables. En tiempos como los actuales, en las cuales el pas atravesaba por un proceso de definicin poltica, resultaba indispensable que la poblacin y la clase poltica estn adecuadamente informadas sobre la situacin poltica y econmica del pas. Durante su gobierno Paniagua se encarg de restituirle al pas la credibilidad internacional perdida. Liber a presos polticos como el lder izquierdista Yehude Simon.
Retom el nexo con la Corte Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), y
cre la Comisin de la Verdad y Reconciliacin (CVR) para la investigacin de crmenes durante la poca del terrorismo. Reconstituy a las Fuerzas Armadas y a la Polica Nacional. Devolvi a los municipios las atribuciones que les fueron arrebatadas, y sent las bases en el Parlamento para la reforma de la Constitucin. En abril de 2001, realiz un proceso electoral libre y transparente en el cual result electo el ex presidente Alejandro Toledo (2001-2006). Con la figura de Antonio Ketn Vidal en la cartera del Interior, logr la captura de Vladimiro Montesinos Torres, el 23 de junio de 2001. Con estas palabras culmino su mandato transitorio realizado del 22 de noviembre del 2000 al 28 de julio del 2001. Dejndonos estas palabras:
"Declaro haber cumplido y hecho cumplir la Constitucin y la
ley y que me he esforzado en todos los instantes de mi gestin por ser digno del encargo de presidente del Congreso, primero; y de presidente de la Repblica, despus" "Me voy con muchsima alegra y optimismo, porque creo que culmina una etapa en la vida poltica del pas, que se abre una nueva poca, un nuevo tiempo