La guerra de cerco y de desgaste econmico aprovech las disidencias internas de los granadinos.
Entre 1485 y 1489 caen en poder de los castellanos las principales plazas del reino; Ronda,
Marbella y Loja en 1485 y 1486; en 1487 se rinde Mlaga, al ao siguiente Almera, luego Baza y
por fin Granada.
Las sucesivas rendiciones y el final de la guerra originaron un conjunto de capitulaciones en las
que se muestra la voluntad tolerante de los Reyes; desde los primeros momentos, los vencidos slo
fueron obligados a entregar las fortalezas y las armas de fuego, permitindoseles fijar su residencia
y conservar su bienes, posibilitando la salida voluntaria de los que marcharon al norte de Africa.
Esta actitud respetuosa de los Reyes Catlicos se hizo ms notoria en la concesin de derechos y en
una generosa amnista; el reconocimiento de una cultura diferente se signific en la aceptacin por
parte de los castellanos de las costumbres, ritos y prcticas religiosas; de las autoridades judiciales,
administrativas y religiosas musulmanas, y en el respeto a su organizacin social, rgimen
hacendstico y, en general, a las formas de vida musulmanas, inviolabilidad del domicilio, respeto a
la propiedad privada, libertad en el ejercicio del comercio con Castilla y con el norte de Africa, etc.
Estas concesiones, que slo exigan de los vencidos el reconocimiento de la soberana de los Reyes,
la entrega de cautivos previa compensacin econmica y la reserva para los castellanos de las
administraciones militar y fiscal, tambin favorecieron a los dirigentes granadinos entregndoles
jurisdicciones seoriales y dinero. Tan slo en las capitulaciones de Granada los Reyes exigieron
que en la administracin de justicia actuase junto a un juez musulmn otro cristiano, y que se
separasen los mercados y las carniceras.
La tolerancia de las capitulaciones fue acompaada de una actuacin poltica en numerosos
frentes y decidida a impedir que estallasen problemas derivados del proceso de normalizacin; la
adscripcin de Granada a la Corona de Castilla, la concesin del privilegio del voto en Cortes, la
organizacin de la vida municipal, la ereccin de la archidicesis de Granada por la bula In
eminenti specula concedida por Alejandro VI en octubre de 1492 y, ms adelante, la de sus dicesis
sufragneas con sedes en Guadix y en Almera, el traslado de la Chancillera de Ciudad Real a
Granada en 1505, la concesin de exenciones fiscales a los repobladores, la entrega de seoros a la
nobleza castellana que haba participado en la guerra y una serie de afortunados nombramientos
componen las medidas ms importantes de una etapa difcil en las relaciones entre vencedores y
vencidos. El nombramiento de un virrey y capitn general en la persona de don Iigo Lpez de
Mendoza, conde de Tendilla, efectuado el 4 de junio de 1492; de fray Hernando de Talavera, obispo
de Avila y confesor de la Reina, como arzobispo de Granada; de Fernando de Zafra, un eficaz
secretario de procedencia humilde, a quien se encarg del proceso de reconstruccin y de
repoblacin del nuevo reino; y de Andrs Calders, como corregidor de un ayuntamiento mixto
formado por cristianos y musulmanes, completan el esfuerzo inicial por no dejar ningn cabo
suelto, justo en unos momentos en los que ya haba comenzado a manifestarse el descontento
castellano por las contribuciones excesivas requeridas por la monarqua para el pago de la guerra.
Pronto acab la tolerancia inicial; primero las diferencias de opinin entre el conde de Tendilla y
el arzobispo de Granada, a propsito del mtodo ms adecuado para evangelizar a los musulmanes;
luego la corrupcin en la administracin de la justicia y en la concesin de tierras a los
repobladores, tambin el mal entendimiento del virrey con el corregidor, los desacuerdos de la
representacin musulmana en el municipio granadino, y las diferencias de opinin de Hernando de
Talavera con Cisneros, que enfrentaba las posiciones blanda y dura a propsito de la lentitud en la
conversin de los moros, contribuyeron a que en 1500 estallase la primera gran protesta por la
violacin de las capitulaciones. Lo que se debata era si continuar con los mtodos misionales y
pacficos de la conversin, o si sustituirlos por decretos que forzasen a los moros a convertirse a la
fe cristiana y, de no hacerlo, a salir de los reinos. Una carta de Jimnez de Cisneros a su cabildo de
Toledo, fechada el 23 de diciembre de 1499, seala el fin de la tolerancia: "Ya vos escrevimos
como avamos quedado aqu entre tanto que Sus Altezas llegaban a Sevilla, entendiendo e
trabajando en convertir de estos moros a nuestra santa fe catholica, y convertianse tantos que no
nos dabamos a manos, y el da de Nuestra Seora de la O, antes de comer, se vinieron a bautiar
trecientas personas. Pero como Satans siempre procura de estovar todas las cosas buenas,
mayormente obra tan santa como esta, el da mismo de Nuestra Seora, y fiesta especial de esa
nuestra santa yglesia, a ora de medio da, conmovi a estos infieles para que se alborotasen, de
manera que, yendo un alguacil del corregidor encima de una mula, sin facer ni decir le mataron los
moros del Albaizin et se levantaron todos et se barrearon e comentaron a quemar las casas que
estavan junto con la cerca et tirar con hondas".
La rebelin del Albaicn se extendi muy pronto a otras comunidades mudjares. Durante todo el
ao 1500 se produjeron revueltas en la Alpujarra, Almera y Ronda, haciendo necesaria la
intervencin militar del mismo rey. El triunfo castellano no resolvi ninguno de los problemas que
la provocaron; desde enero de 1500 comenzaron las conversiones en masa, pero no fue el hecho de
la diferenciacin religiosa el nico que influy en la rebelin y en los sucesos posteriores. En 1495
y 1499 la Corona exigi a los mudjares nuevas contribuciones fiscales que no recayeron sobre los
pobladores cristianos.
Durante los aos 1501 y 1502 se desarrollaron nuevas manifestaciones intolerantes; la Inquisicin
haba comenzado a funcionar haca tiempo: en 1499 se haba nombrado inquisidor de Granada a
Diego Rodrguez Lucero, y aunque la instalacin definitiva de un tribunal en Granada no se llev a
cabo hasta 1526, desde 1500-1501 desarroll sus actividades desde Crdoba. En octubre de 1501 se
orden quemar todos los libros relacionados con la religin musulmana y en febrero de 1502 se
obligaba a los mudjares granadinos a decidir entre la conversin al cristianismo y la expulsin. La
mayora de ellos se bautiz a lo largo de un perodo de tiempo que lleg hasta bien entrado el ao
1506.
Nuevas capitulaciones que la monarqua suscribi con diferentes comunidades moriscas marcan
el cambio de actitud en relacin con los problemas derivados de una conversin forzada que hizo
fracasar estrepitosamente el viejo ideal evangelizador de fray Hernando de Talavera. La
intolerancia comenz a concretarse en un conjunto de prohibiciones que, pretendiendo acelerar la
integracin, provocaron el efecto contrario: desde la anulacin del rgimen fiscal granadino hasta la
reglamentacin de cmo deberan sacrificarse las reses, un conjunto de medidas afectaron al
sustrato cultural y seas de identidad de los granadinos. La limitacin del uso de armas, la
prohibicin de la vestimenta morisca, la elaboracin de un catlogo de profesiones y actividades
reservadas a los cristianos, vinieron acompaadas de disposiciones que intentaban evitar la relacin
de los moriscos con los musulmanes del norte de Africa. El 7 de diciembre de 1526 una junta
celebrada en Granada decida radicalizar las prohibiciones y aumentar el grado de intolerancia: la
prohibicin de la circuncisin, de la lengua rabe hablada o escrita, de la tenencia de esclavos, de
los rituales en el sacrificio del ganado, de los vestidos, amuletos, joyas, etc. que tuviesen relacin
con la religin islmica.
El mismo da, el inquisidor de Jan, el licenciado Juan Yez, era trasladado a Granada con el
encargo de poner en marcha un tribunal cuya jurisdiccin abarcara todo el territorio del antiguo
reino de Granada, el "ganado por los Reyes Catlicos".
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