LAPORAN KIMIA KOMPUTASI

Tugas Mata Kuliah Kimia Komputasi

Oleh:
Dika Pratiwi Budianto

1213023019

LABORATORIUM PEMBELAJARAN KIMIA

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
BANDAR LAMPUNG
2015

DAFTAR ISI

COVER....................................................................................................................i
DAFTAR ISI...........................................................................................................ii
BAB I DASAR TEORI
I.1
I.2
I.3
I.4

Metode Kimia Komputasi............................................................................1

Metode Pendekatan (Approximation Method)............................................2
Basis Fungsi dan Basis Set...........................................................................4
Metode Perhitungan pada Kimia Komputasi.............................................16

BAB II PEMBAHASAN
II.1 LKM-1

(Perbandingan

Metode

Perhitungan

Terhadap

Data

Eksperimen)........................................................................................26
II.2 LKM-2 (Analisis Kurva Energi Potensial Lennard-Jones)........................31
II.3 LKM-3 (Analisis Profil Energi Molekul Sikloheksana Pada Berbagai
Konformasi)................................................................................................34
II.4 LKM-4 (Penentuan Geometri yang Stabil Untuk Setiap Energi Minimum
dari Konformer 1,3-Butadiena).............................................................37
DAFTAR PUSTAKA

ii

BAB I
DASAR TEORI

I.1 Metode Kimia Komputasi

Istilah kimia teori didefinikan sebagai diskripsi secara matematika dari
ilmu

kimia.Istilah

kimia

komputasi

selalu

digunakan

jika

metoda

matematika disusun agar dapat dijalankan secara otomatis oleh komputer.

Perlu dicatat bahwa kata eksak dan sempurna tidak muncul dalam
definisi kimia komputasi.Sangat sedikit aspek kimia yang dapat diselesaikan
secara eksak.Hampir setiap aspek kimia dijelaskan secara kualitatif atau
kuantitatif melalui prosedur pendekatan komputasi.Pernyataan yang tidak
boleh dibuat oleh kimiawan komputasi adalah asumsi bahwa setiap angka
terhitung adalah eksak. Hal yang perlu dicatat adalah perhitungan kualitatif
atau pendekatan kuantitatif baru dapat memberikan pengetahuan yang
berguna dalam kimia kalau kita dapat menjabarkan suatu sifat fisika atau
kimia suatu senyawa dari data yang terhitung dari kimia komputasi,
(Pranowo, Harno Dwi. 2011. Pengantar Kimia Komputasi).

I.2 Metode Pendekatan (Approximation Method)

Metode (Approximation Method)pendekatan terdiri dari Pertubation Method
atau yang dikenal dengan Metode Pengganggu dan Variational Method atau
Metode Variasi.

Sebelumnya kita telah dapat menghitung energi pada atom Hidrogen. Lalu,
bagaimana menghitung suatu sistem yang memiliki elektron banyak?
Dapatkah kita menggunakan persamaan di bawah ini untuk menyelesaikan
persamaan pada Helium.

Ternyata, pada Helium tidak dapat diselesaikan dengan menggunakan

persamaan ini. Namun, kita membutuhkan suatu pendekatan.
Pendekatan yang pertama datang dari Teori Pengganggu (Pertubation)
Pada pendekatan ini, kita mulai dengan menggunakan persamaan:
Dimana,

adalah bagian yang tidak diganggu yang diselesaikan dengan

menggunakan persamaan Schrodinger (persamaan secara eksak). Sedangkan,

adalah bagian yang diganggu,
fungsi gelombang yang diganggu
Energinya diganggu
Sehingga, perubahan energinya adalah sebagai berikut:

Dan, jika disubstitusikan ke persamaan energinya, menjadi:

Berdasarkan ini, kita dapat memasukkan untuk menghitung energi pada

Helium menjadi:

Energi untuk He+

Bagian yang diganggu

Seperti yang kita ketahui, persamaan untuk energi Hidrogen dan atom yang
serupa dengan Hidrogen adalah

Sehingga, energi untuk He+ adalah

Namun, sayangnya energi atom Helium hanya -2,9033 Hartree

Yang pendekatan kedua adalah teori Variasi atau Variational Theory. Pada
pendekatan variasi ini berdasarkan persamaan Schrodinger postulat keempat
yaitu:

Namun, persamaan ini tidak dapat secara langsung diselesaikan untuk atom
yang memiliki elektron banyak. Jika kita menggunakan fungsi trial, , dan
disubstitusikan persamaan akan menjadi:

Sehingga,
Teori Variasi berbunyi: energi yang dihitung dengan menggunakan fungsi
trial maka
dasar

akan memiliki energi yang lebih besar dibandingkan energi

Lalu, bagaimanakah untuk mendapatkan/menghitung energi yang mendekati

dengan persamaan eksak?

Jawabannya adalah untuk membuat

.

mendekati

), maka

Pada fungsi trial, , harus mirip atau sesuai dengan fungsi

gelombang eksak, , dari sistem tersebut.

Ideinilah yang melatarbelakangi penggunaan eigenvalues pada metode variasi
yang diimplementasikan pada prosedur perhitungan secara komputasi,
(Saputra, Andrian. 2015. Powerpoint Approximation Method)

I.3 Basis Fungsi dan Basis Set

Terdapat dua tipe basis yang umum digunakan dalam perhitungan struktur
elektronik, yaitu : orbital tipe Sleter (STO) dan orbital tipe Gaussian (GTO)
Sleter Type Orbital memiliki persamaan
i ( , n, l , m; r , , ) Nr n 1e rYlm ( , )

Dimana STO adalah

Keuntungan menggunakan STO adalah dapat menggambarkan perilaku dari
suatu orbital, karena mirip dengan hidrogen, maka memberikan nilai relative
tinggi dari sesungguhnya, sedangkan kelemahan STO sulit diselesaikan
secara matematik, penggunannya terbatas, integral 3, 4,5 sulit diselesaikan.
Gaussian Type Orbital (GTO) memiliki fungsi
adalah parameter dari variasi

e r

keuntungam menggunakan basis fungsi dari GTO adalah dimana fungsi dapat
divariasikan

sehingga

dapat

mendekati

fungsi

eksak

sedangkan

kelemahannnya dari basis fungsi ini adalah bentuknya belum divariasi.

Basis set dalam ilmu kimia adalah kumpulan fungsi matematika yang
digunakan untuk menyusun gugus orbit suatu molekul. Kumpulan fungsifungsi matematika yang ada disusun dalam kombinasi linier dengan
4

menyertakan nilai koefisien di dalamnya. Fungsi yang digunakan umumnya

adalah gugus-gugus orbit atom penyusun molekul tersebut. Perhitungan kimia
kuantum umunya dilakukan dalam satu set basis perhitungan yang terdiri atas
fungsi gelombang yang ada disusun secara linier. Proses perhitungan,
kumpulan orbital atomik akan disusun mengikuti kaidah Slater, yang
kemudian disebut orbital Slater. Secara garis besar, orbital Slater berbentuk
lengkungan eksponensial turun yang umumnya didekati dengan linier
kombinasi dari fungsi gaussian.
STO-nG adalah basis set terkecil dengan n sebagai nilai bilangan bulat. n
akan menyatakan berapa jumlah fungsi Gaussian yang akan digunakan.
Penggunaan basis set minimum ini sangat tidak dianjurkan mengingat
keakuratan data. STO-nG, kode basis set yang sering digunakan, (Pranowo,
Harno Dwi. 2011. Pengantar Kimia Komputasi)
Basis fungsi dan Basis set terdiri dari Slater-type Orbital (STO) dan
Gaussian-type Orbital, STO-3G, Split Valeance Basis Sets dan Extended
(Polarization-Diffuse) Basis Sets.
Apakah orbital yang digunakan pada atom berelektron banyak sama dengan
Hidrogen/atom yang serupa dengan Hidrogen? Pada atom yang memiliki
elektron banyak menggunakan orbital trial (hipotesis). Orbital trial inilah
yang akan dikenal lebih lanjut pada Slater-type Orbitals (STO) dan Gaussiantype Orbitals (GTO).
Mencocokkan suatu fungsi dengan polinomial

Slater-type Orbitals (STO)

Pada STO ini memiliki kemiripan dengan orbital atom pada atom hidrogen,
dimana fungsinya adalah

. Pada STO ini dilabeli dengan orbital atom

Hidrogen dan bentuk normalisasinya adalah:

STO memiliki beberapa kelebihan dan kekurangan:

Kelebihannya adalah menyediakan representasi yang masuk akal dari orbital
atom yang eksak, dan memberikan kemungkinan yang lebih besar untuk
menentukan eigenvalues yang eksak. Namun, kekurangannya yaitu pada STO
tidak cocok pada perhitungan secara numerik terutama pada integral duaelektron, penggunaan pada orbital molekular secara praktis dibatasi, dan tiga
bahkan empat integral utama tidak dapat dilakukan secara analitik.
Gaussian Tipe Orbital (GTO)
Diperkenalkan oleh Boys (1950). Pada GTO fungsi yang digunakan adalah e r
2

g ( , l , m, n; x, y , z ) Ne r x l y m z n

Dimana, N adalah konstan normalisasi

adalah parameter variasi
Catatan: l, m, n bukanlah bilangan kuantum
L= l+m+n digunakan sebagai analogi untuk momentum sudut dari bilangan
kuantum pada atom yang fungsinya sebagai tipe-s (L=0), tipe p (L=1), tipe d
(L=2), dan lainnya
Perhatikan gambar di bawah ini:
Perbandingan antara STO dan GTO

Kondisi puncak:
Untuk STO:
Untuk GTO:

[d/dr e-r]r 0
2

[d / dr e r ]r 0 0

STO =

GTO

Sehingga, fungsi gelombang dari STO adalah penjumlahan dari beberapa

fungsi gelombang dari GTO. Artinya, beberapa jumlah fungsi gelombang
GTO dapat mendekati dari nilai fungsi gelombang STO

10 pertama Gaussian primitif yang telah dinormalisasi:

Ada 6 kemungkinan tipe d Cartesian Gaussian, dimana hanya ada 5 yang

secara linier independen dan ada orbital d yang ortogonal. Gs, Gx, Gy dan Gz
memiliki sudut yang simetris dari empat yang sesuai dengan Orbital Atom.
6 d-tipe Gaussian primitif akan mungkin untuk dikombinasikan agar
menghasilkan suatu set dari 5 fungsi tipe d:
gxy dxy 1 2 g g g d
zz
xx
yy
z
gxz dxz 2
gyz dyz 3 g g d
xx
yy
x y
4

Yang keenam adalah kombinasi yang linier yang memberikan sebuah fungsi
pada tipe s:

g rr 51/ 2 ( g xx g yy g zz ) g s

Dengan

cara

yang

sama,

ke-10

tipe

gaussian

primitif

mungkin

dikombinasikan agar menghasilkan sebuah set dari 7 fungsi tipe f

Berdasarkan hal ini, maka GTO memiliki beberapa kelebihan dibandingkan
STO. Dan GTO lah yang kemudian digunakan pada kimia komputasi. Pada
kimia komputasi STO dan GTO lebih dikenal sebagai Basis Fungsi.
Lalu apakah basis fungsi itu?
Basis fungsi merupakan fungsi matematika yang didesain untuk memberikan
fleksibilitas secara maksimal pada orbital molekul, dimana harus secara fisik
signifikan serta koefisien dari basis fungsi didapatkan dengan cara
divariasikan.
Sebelum kita membahas lebih mendalam mengenai Basis Fungsi dan Basis
Sets, dapatkah kita menuliskan fungsi gelombang dari atom yang memiliki
elektron banyak, misalnya saja Helium?
Pada Helium memliki 2 elektron, sehingga fungsi gelombangnya adalah:

Karena 2 elektron dari Helium tidak dapat dibedakan maka, juga dapat
dituliskan sebagai berikut:

Dengan,
Sebagaimana kita ketahui spin orbital memiliki persamaan sebagai berikut:
i ( x j ) i (rj ) ( j )

Orbital 1 elektron yaitu

K

i ci
1

Dimana, adalah suatu set fungsi yang telah diketahui

Basis Set pada Orbital dengan 1 elektron adalah suatu set fungsi matematika
yang digunakan untuk memperluas orbital molekul dengan maksud to
membantu menyelesaikan persamaan Scrodinger. Pada basis set ini setiap
fungsi ada di pusatnya, di beberapa titik pada molekul (biasanya pada inti).
Serta di setiap fungsi dari basis set adalah fungsi dari kordinat x,y,z dari suatu
elektron
Telah kita ketahui sebelumnya bahwa persamaan gelombang pada Helium
yaitu

Namun, karena mengikuti larangan Pauli maka persamaan menjadi:

Dan jika ditransformasikan menjadi determinan dari matriks menjadi

Karena fungsi gelombang harus dinormalisasikan, maka: setiap dari fungsi

gelombang harus mengikuti persyaratan antisimetri.
Jadi, untuk atom yang memiliki banyak elektron, fungsi gelombangnya
dituliskan sebagai berikut:

( N !) 1/ 2

i ( x1 )
i ( x2 )

i ( xN )

j ( x1 )
j ( x2 )

j ( xN )

...
...

...

K ( x1 )
K ( x2 )

K ( xN )

Setelah mengkonstruksi fungsi gelombang dari molekul atau atom,

selanjutnya kita siap untuk menghitung eigenvalues
Penjelasan meengenai Basis Sets
Misalnya: STO-3G basis set pada molekul h2

10

Hidrogen memiliki 1s orbital dari STO-3G basis set, artinya ada satu fungsi
STO yang digantikan oleh 3 fungsi Gaussian
Pada perhitungan untuk suatu molekul, Orbital Molekul (H2) = Kombinasi
Linier Basis Fungsi
2

3G
1STO
N1c1e 1 r N 2 c2 e 2 r N 3c3e 3 r
s

Sehingga, secara eksplisit dituliskan:

1s (r ) 1 0.276934e 3.425250 r 0.267839e 0.623913r 0.083474e 0.168856 r

Inilah hasil dari orbital satu elektron dari atom Hidrogen. Lalu, untuk
menghitung molekul H2, orbital molekul dibentuk dari Kombinasi Linier
Orbital Atom (KLOA).
Contoh lainnya: pada STO-3G untuk Metana
Minimal Basis set untuk molekul metana terdiri dari orbital 1s untuk satu
atom Hydrogen, dan set atau serangkaian dari 1s, 2s dan 2p untuk
Karbon. Jadi, total basis set terdiri dari 9 basis fungsi.
H --> orbital 1s (4*1s)
C --> orbital 1s, 2s, 2px, 2py, 2pz
Telah kita ketahui, bahwa untuk 1 fungsi STO terdiri dari 3 fungsi GTO. Jadi,
9 fungsi STO pada metana terdapat 27 fungsi Gaussian.

11

Contoh basis set STO-3G STO-3G basis set example untuk Metana

Contoh lainnya: pada 1,2-Benzosemiquinona(C6H4O2)

Bilangan primitif dan basis fungsi dari 1,2-Benzosemiquinone bebas radikal

dengan basis set STO-3G
Primitif:
atom C:

nr.primitives = 15 x nr. atoms = 6 90

12

atom H: nr.primitives = 3 x nr. atoms = 4 12

atom O: nr.primitives = 15 x nr. atoms = 2 30
TOTAL: 132 GTO primitives
Basis Fungsi:
atom C:

nr. BF = 5 x nr.atoms = 6 30

atom H: nr. BF = 1 x nr.atoms = 4 4

atom O: nr. BF = 5 x nr.atoms = 2 10
TOTAL: 44BF
Split Valensi Basis Set
Orbital valensi diwakili oleh lebih dari satu basis fungsi, (setiap yang dapat
disusun oleh kombinasi linier yang tetap dari fungsi Gaussian primitif).
Pembelahan atau split sering hanya pada orbital valensi, yang secara kimia
merupakan bagian yang penting

13

Perluasan Basis Sets

Bagian penting sebagai tambahan dari basis sets adalah terjadinya fungsi
polarisasi dan diffuse basis fungsi
Polarisasi Basis Fungsi
Bagian

yang

yang

mempengaruhi

inti

tetangga

akan

mendistorsi

(mempolarisasi) kerapatan elektron yang dekat dengan inti. Dengan tujuan

untuk memperoleh secara perhitungan, orbital yang memiliki bentuk yang
lebih fleksibel dalam molekul dari s, p, d dan lainnya, bentuk dari atom bebas
yang digunakan.

6-31G(d) adalah suatu set atau se rangkaian dari 6 fungsi Gaussian untuk
orbital d yang digunakan sebagai fungsi polarisasi pada atom berat
6-31G(d,p) adalah suatu set atau serangkaian fungsi Gaussian untuk orbital d
yang digunakan sebagai fungsi polarisasi pada atom berat dan sebuah set atau
serangkaian yang terdiri dari 3 fungsi Gaussian untuk orbital d orbital p yang
digunakan sebagai fungsi polarisasi pada atom Hidrogen
Diffuse Basis Fungsi
Pada keadaan tereksitasi dan anion dimana kerapatan elektronik lebih tersebar
ke seluruh penjuru dalam molekul, beberapa basis fungsi sendiri yang
tersebar dibutuhkan.
Beberapa tambahan basis fungsi yang disebut sebagai fungsi diffuse. Secara
normal ditambahkan sebagai satu fungsi GTO.
6-31+Gmenambahkan sebuah set dari diffuse orbital sp untuk atom pada
bagian baris pertama dan kedua(Li - Cl).

14

6-31++G - menambahkan sebuah set dari diffuse orbital sp untuk atom pada
bagian baris pertama dan kedua(Li - Cl) dan sebuah set dari fungsi diffuse s
untuk Hidrogen.

Contohnya:

15

Jumlah dari primitif dan basis fungsi untuk 1,2-Benzosemiquinone bebas

radical dengan basis setnya yaitu 6-31+G(d)
Primitif:
atom C:

nr.primitives = 32 x nr. atoms = 6 192

atom H: nr.primitives = 4 x nr. atoms = 4 16

atom O: nr.primitives = 32 x nr. atoms = 2 64
TOTAL: 272 GTO primitives
Basis Fungsi:
atom C:

nr. BF = 19 x nr.atoms = 6 114

atom H: nr. BF = 2 x nr.atoms = 4 8

atom O: nr. BF = 19 x nr.atoms = 2 38
TOTAL: 160BF
(Saputra, Andrian. 2015. Powerpoint Basis Function and Basis Set)

I.4 Metode Perhitungan pada Kimia Komputasi

Kimia komputasi diawali oleh para peneliti bidang fisiki dan kimai yang
melakukan kajian mekanika kuantum untuk sistem kimia yang memiliki
jumalah

elektron

terbatas.Pauling

(1954))

dan

Mulliken

(1996)

mengembangkan teori ikatan valensi dan teori orbital molekul.Sedangkan

pada tahun 1998, Pople dan Kohn mengembangkan metode kimia komputasi
dan teori fungsional kerapatan.
Teknik komputasi telah berkembang secara signifikan pada dua dekade sesuai
dengan kemajuan yang revolusioner dari kemampuan perangkat keras
komputasi. Metode komputasi digunakan dalam menyelesaikan permasalahn
dalam bidan teknik dan desain dalam proses kimia. Teknik komputasi juga
dapat digunakan sebagai pengganti perhitungan eksperimen, sehingga mampu
mengurangi jumlah waktu dan biaya dalam penelitian.
Komputasi molekul juga digunakan dalam pemodelan kimia atmosfer,
pemodelan yang akurat ini memungkinkan peneliti dapat leih cepat
16

memprediksikan sifat dan spesies kimia yang terlibat dalam suatau proses
kimia.
Metode perhitungan kimia komputasi memiliki dua bagian yaitu metode
mekanika molekul dan metode struktur elektronik yang terdiri dari ab initio
dan semiempirik. Metode yang sekarang berkembang pesat adalah teori
kerapatan fungsional dan post SCF.
Dalam kimia kuantum, sistem digambarkan sebagai fungsi gelombang yang
padap diperoleh dengan menyelesaikan pesamaan Schrdinger.Persamaan ini
berkaitan dengan sistem dalam keadaan stasioner dan energi mereka yang
dinyatakan dalam Hamiltonian.Dalam prakteknya, persamaan Schrdinger
tidak dapat diselesaikan secara eksak sehingga beberapa pendekatan harus
dibuat.
Sepertinya yang telah dikatakan diawal, bahwa mekanika kunatum dalam
prakteknya terbagi atas dua metode, yaitu ab initio dan semi empirik. Kedua
medote ini memiliki perbedaan prinsip dimana pada ab initio menyelesaikan
semua persamaan eksak dan semua elektron yang ada diperhitungkan
sehingga memerlukan waktu yang lama.Pada perhitungan semiempirik dapat
dijalankan lebih cepat karena tidak semua persamaan diselesaikan secara
eksak dan elektron yang diperhitungkan hanyalah elektron valensi saja. Hasil
perhitungan ab intio lebih akurat dibanding dengan hasil perhitungan semi
empirik, walaupun dalam pengerjaanya ab intio memerlukan waktu yang
lebih lama, (Pranowo, Harno Dwi. 2011. Pengantar Kimia Komputasi).
Metode perhitungan secara kimia komputasi ini terbagi menjadi tiga,
diantaranya: Ab Initio, Semi-empiric dan Molecular Mechanics. Perbedaan di
antara ketiganya yaitu pada Ab Initio menggunakan persamaan Schrodinger,
tetapi dengan menggunakan beberapa pendekatan; pada Semi-empiric
didasarkan pada experimental dan penyerdehanaan secara luas dari
persamaan Schrodinger; sedangkan, pada Molecular Mechanics tidak
menggunakan persamaan Schrodinger.
17

Ab Initio
Pendekatan disebut ab initio apabila metode tersebut dibuat tanpa
menggunakan data empiris, kecuali untuk tetapan seperti massa elektron dan
tetapan Planck. ab initio adalah sebuah konsep perhitungan yang bersifat
umum dan penyelesaian persamaan Schrdinger yang secara praktis dapat
diprediksi tentang keakuratannya. Kelemahan metode ini adalah kebutuhan
besar terhadap kemamupan dan kecepatan komputer. Oleh karena itu,
penyederhanaan perhitungan dapat diasukkan kedalam metode ab intio
dengan menggunakan beberapa parameter empiris sehingga dihasilkan
metode kimia komputa baru yang dikenala dengan semiempiris. Metode
semiempiris ini dapat diterapkana dalam sistem yang besar dan menghasilkan
fungsi gelombang elektronik yang baik sehingga sifat elektronik dapat
diprediksi, (Pranowo, Harno Dwi. 2011. Pengantar Kimia Komputasi).
Ab Initio diterjemahkan dari bahasa Latin yang artinya berdasarkan prnsip
yang pertama. Pada Ab Initio tidak berdasarkan data experimental dan secara
komputasi didasarkan pada quantum mechanics.
Perbedaan level dari perhitungan Ab Initio:
Yang pertama hubungan elektron tidak dimasukkan sebagai pertimbangan
per, di antaranya adalah Hatree-Fock (HF). Hatree-Fock merupakan
perhitungan Ab Initio yang paling sederhana dan pusatnya. Sedangkan, yang
kedua adalah hubungan elektron dimasukkan sebagai pertimbangan misalnya
Moller-Plesset Pertubation Theory (MP), Density Functional Theory (DFT),
Configuration Interaction (CI), Multi-Configurational SCF (MCSCF), MultiReference Configuration Interaction (MRCI), dan Couple Cluster Methods
(CC).
The Hatree-Fock method (HF)
Pada metode ini dimulai dari persamaan Schrodinger

H elec elec ( r , R ) E eff ( R ) elec ( r , R )
18

Mendefinisikan fungsi gelombang (untuk atom atau molekul): Untuk atom,

adalah kombinasi dari satu-elektron orbital atom; untuk molekul, adalah
kombinasi dari satu-elektron orbital molekul. Sehingga pada molekul
merupakan satu-elektron orbital molekul yang dihasilkan oleh kombinasi
linier orbita atom. Untuk mengkonstruksi antisimetri dari fungsi gelombang
dengan menggunakan Determinant Slater yang memegang prinsip larangan
Pauli.
Orbital Molekul iyang dituliskan sebagai kombinasi linier dari yang telah
ditentukan basis fungsi satu-elektron atau orbital atom.

LCAO: Linear Combination of Atomic

Orbitals
MO

i ci
1

AO atau basis fungsi

Koefisien yang mengalami
perkembangan

Bentuk eksak dari fungsi gelombang bergantung kepada koefisien cmi. Lalu,
bagaimana cara mendapatkan koefisien cmisecaraoptimal?
Yaitu dengan menggunakan kombinasi pendekatan Hatree dan pendekatan
Fock untuk perhitungan elektronik.
Pendekatan Hatree
H (r1 , r2 ,..., rN ) i (r1 ) j (r2 )... n (rN )

Dimana, iadalahorbital spin

Bentuk dari Hmenyarankan penggunaan isecaramandiri atau independen.
Kerapatan probabilitas yang diberikan oleh Hadalah sama dengan hasil dari
kerapatan probabilitas monoelektronik.

19

Pada pendekatan Hatree ini interaksi elektron tidak dimasukkan sebagai

pertimbangan. Secara eksplisit tidak dengan yang lainnya, tetapi setiap
elektron yang berinteraksi dengan medium potensial lokal yang diberikan
oleh elektron lainnya.

Mewakili medium potensial lokal yang dirasakan oleh elektron 1 yang

disebabkan oleh elektron 2 dituliskan sebagai j. Pada pendekatan Hatree ini
tidak menggunakan prinsip larangan Pauli. Sebagai konsekuensinya:
memberikan probabilitas yang non zero untuk dua elektron yang berada
tepat pada titik yang sama dalam suatu ruang.
Pendekatan Fock
Pada pendekatan Fock mempertimbangkan prinsip larangan Pauli yaitu
menggunakan determinant Slater (yang di dalamnya menggunakan prinsip
larangan Pauli). Pada pendekatan Fock, menggunakan operator Fock untuk
menggantikan operator Hamilton.
N/2

f i H i (2J ij K ij )
j 1

Dimana, H adalah energi konetik + operator potensial inti-elektron

J adalah operator potensial elektron-elektron
K adalah operator intergral exchange (pertukaran elektron)
Sehingga, dapat dikatakan pendekatan Hartree-Fock:
Memberikan alternatif dari persamaan Schrodinger yang mana operator
Hamilton yang digantikan dengan pendekatan operator Fock.
Coulomb dari potensial elektron-elektron telah digantikan dengan suatu
operator yang menggambarkan interaksi dari setiap elektron dengan merataratakan bidang yang disebabkan oleh elektron lainnya.
20

Yaitu,

adalah orbital
Fiadalah operator Fock

h(1) adalah operator satuelektron (operator energikinetik + potensialintielektron)

h(1) =
Jjadalahoperator potensialelektron-elektron

Kijadalah operator exchange (pertukaran)

Berdasarkan hal-hal di atas, maka bagian terpenting yang merupakan

kelemahan dari Hartree Fock adalah mengabaikan korelasi antar elektron.
Pada teori Hartree Fock: setiap elektron yang berpindah dalam suatu rata-rata
bidang dari seluruh elektron lainnya. Secara seketika, tolakan-tolakan yang
ada di antara elektron diabaikan. Hubungan elektron didefinisikan sebagai
hubungan antara posisi elektron yang mengenai suatu ruang disebabkan oleh
keengganan antara elektron-elektron (tolakan) tersebut.
Prosedur Self Consistent Field (SCF)

21

Penggunaan Hartree Fock:

a.
b.
c.
d.

Moller-Plesset Pertubation Theory (MP2. MP3, MP4)

Configuration Interaction (CI)
Coupled Cluster (CCSD, CCSDT)
Multiconfigurational SCF (MCSCF)

Semi Empiric
Dibandingkan dengan metode ab initio, metode semiempiris memiliki
rabilitas yang agak renda dan penerapan metode semiempiris bergantung pada
ketersediaan parameter empiris seperti halnya pada mekanika molekul.
Energi dan fungsi gelombang dalam keadaan stasioner dapat dihasilkan
dengan persaman Schrdinger :
=E
Dalam persamaan tersebut adalah operator hamilton yang menyatakan
energi kimia dan ptensial dari sistem yang mengandung elektron dan inti
atom, adlah fungsi gelombang yang bergantung pada posisi elektron dan
inti atom.

22

Pada persamaan Schrdinger elektron mengandung dua suku yang bekerja

pada satu elektron dalam waktu t, yaitu menyatakan energi kinetik dan tarikan
elektron-inti, dan sebuah suku yang menggambarkan tolakan pasangan
elektron, suku yang kedua bergantung pada koordinat dari kedua elektron,
penentuan suku ini meneyebabkan kesulitan dalam perhitungan dan hanya
dapat diselesaikan secara baik hanya dalam sistem yang kecil. Untuk
mengatasi masalah pendekatan ini partikel independen diperkenalkan bahwa
interaksi setiap elektron dengan semua elektron yang lain dalam sistem di
perlakukan dengan nilai rata-rata.
Masalah berikutnya adalah dimana untuk setiap elektron, energi potensial
yang disebabkan oleh pengaruh semua elektron yang lain dalam sistem harus
diketahui, namun harga awalnya tidak. Dalam prakteknya, orbital awal
ditetapkan dan nilai ini dimodifikasi secara iteratif sampai didapatkan
penyelasian medan konsisten-diri (Self-Consistet Field, SCF), (Pranowo,
Harno Dwi. 2011. Pengantar Kimia Komputasi).
Metode semi-empirik menggunakan data eksperimen sebagai patokan dalam
persamaan. Seperti pada metode Ab Initio, Operator Hamilton dan fungsi
gelombang

digunakan:

banyak

dari

persamaan

yang

menggunakan

pendekatan atau bahkan dieleminasi. Pada Semi Empiric ini kurang akurat
jika dibandingkan dengan metode Ab Initio namun perhitungan dengan semiempirik lebih cepat perhitungannya. Persamaannya diparamteri untuk
menghasilkan kembali hasil yang spesifik, biasanya bentuk geometri dan
pana ketika pembentukan, namun metode ini dapat digunakan untuk
menemukan data yang lainnya.
Konsep DFT (Teori Fungsi Kerapatan)
Pada konsep DFT ini Teori DFT dimulai dari teorema Hohenberg-Kohn yang
terdiri dari 2 teorema
Teorema 1 : Densitas elektron menggambarkan energi potensial inti-elektron
(Vn,e)

23

Didukung oleh pengamatan E.B. Wilson, kerapatan elektron secara unik

menentukan posisi dan muatan inti
Teorema 2 :
Perhitungan energi total sebagai fungsi densitas elektron. T = energi kinetik,
Eext = potensial inti-elektron, Ecoul=potensial elektron-elektron
Permasalahan : energi kinetik dan potensial elektron-elektron sebagai fungsi
densitas tidak dapat ditentukan jika sistem yang digunakan adalah sistem riil
yang masih terdapat interaksi antar elektron
Solusi : Teorema Kohn-Sham (sistem fiktif non-interacting particle)

Persamaan DFT untuk energi total menjadi :

T = energi kinetik, Eext = potensial inti-elektron, Ecoul=potensial elektronelektron, Exc = energi korelasi-pertukaran
Potensial korelasi-pertukaran secara sederhana merupakan error yang
terjadi akibat menggunakan sistem fiktif non-interacting particle
potensial korelasi-pertukaran sangat menentukan akurasi perhitungan DFT

(Saputra, Andrian. 2015. Powerpoint Electronic Structure Methods)

Mekanika Molekular

24

Jika

molekul

sangat

besar

untuk

dapat

ditinjau

dengan

metoda

semiempiris, masih ada kemungkinan untuk memodelkan kelakuan mereka

dengan mengabaikan mekanika kuantum secara penuh.Metoda yang
dikenal dengan mekanika molekular menyediakan pernyataan aljabar yang
sederhana untuk energi total senyawa, tanpa harus menghitung fungsi
gelombang atau kerapatan elektron total. Pernyataan energi mengandung
persamaan klasik sederhana, seperti persamaan osilator harmonis untuk
menggambarkan energi yang tercakup pada terjadinya uluran, bengkokan
dan torsi ikatan, gaya antarmolekul, seperti interaksi van der Waals dan
ikatan hidrogen. Semua tetapan dalam persamaan ini harus diperoleh dari
data

eksperimen

Dalam

metoda

atau

mekanika

perhitungan

molekukar,

data

ab

base

initio.

senyawa

yang

digunakan dalam metoda parameterisasi merupakan hal yang krusial

berkaitan dengan kesuksesan perhitungan. Himpunan parameter dan fungsi
matematika dinamakan medan gaya (Force-Field). Seperti halnya pada
metoda semiempiris yang diparameterisasi terhadap satu himpunan molekul
organik, metoda mekanika molekular diparameterisasi terhadap golongan
yang khas dari molekul seperti kelompok hidrokarbon, alkohol atau protein.
Suatu medan gaya tertentu, misalnya protein, hanya akan berjalan baik
untuk

mendeskripsikan

kelompok

senyawa

protein,

tetapi

akan

menghasilkan data yang jelek jika digunakan untuk menghitung golongan

senyawa

yang

lain.Sisi

baik

dari

mekanika

molekular

adalah

dimungkinkannya melakukanmodeling terhadap molekul yang besar seperti

halnya protein dan segmendari DNA, sehingga metoda ini merupakan alat
utama perhitungan bagi parabiokimiawan.
Sisi buruk dari mekanika molekular adalah banyak sifat kimia yang
tidak dapat didefinisikan dengan metoda ini, seperti halnya keadaan eksitasi
elektronik.Dalam upaya untuk bekerja dengan sistem yang besar dan
komplek,

sering

perangkat

lunak

mekanika

molekular

mempunyai

kemampuan dan kemudahan untuk menggunakan perangkat lunak grafik.

Mekanika molekular terkadang digunakan karena kemudahannya dalam

25

menggambarkan sistem, tetapi tidak perlu merupakan cara terbaik untuk

menerangkan sebuah sistem molekul, (Pranowo, Harno Dwi. 2011. Pengantar
Kimia Komputasi).

26

BAB II
PEMBAHASAN

II.1 LKM-1

(Perbandingan

Metode

Perhitungan

Terhadap

Data

Eksperimen)
Tujuan: membandingkan akurasi metode-metode perhitungan terhadap data
eksperimen
Berikut adalah data hasil percobaan dengan menggunakan beberapa metode
untuk perhitungan energi ikat molekul F2 dan panjang ikatan dari molekul F2

27

semiempirik

Energi ikat (kJ/mol)

teoritik
eksperimen
-252,2688469
158,8

Panjang ikatan ()
teoritik
Eksperimen
1,42693
1,4119

AM1
semiempirik

-248,9114892

1,35019

PM3
semiempirik

-1410,3054

1,11905

CNDO
HF 6-31G
HF 6-31G(d,p)
DFT B3LYP

198,5456
136,9383
-176,4887

1,41243
1,34488
1,40334

6-31G(d,p)
DFT B3LYP

-157,9917

1,40986

cc-pVDZ
DFT B3LYP

-117,0369

1,46039

LanL2DZ
MP2 6-

-158,4466

1,42060

31G(d,p)
CCSD 6-

-121,6407

1,42523

31G(d,p)
CASSCF 6-

-521633,9506

1,34550

molekul

Metode

F2

31G(d,p)

Berdasarkan hasil pengamatan ini, digunakan untuk menjawab beberapa

pertanyaan di bawah ini:
a. Berdasarkan data hasil pengamatan, metode perhitungan apakah yang
paling akurat terhadap data eksperimen ?
Berdasarkan data hasil pengamatan di atas, metode perhitungan yang
paling akurat adalah MP2 karena hasil perhitungannya paling mendekati
dengan data eksperimen.
b. Urutkan metode tersebut berdasarkan lama waktu perhitungan (dari yang
paling cepat ke paling lambat) dan Jelaskan mengapa demikian?
Urutan metode dari yang paling cepat ke yang paling lambat:

Metode
semiempirik AM1
semiempirik PM3
semiempirik CNDO
HF 6-31G
HF 6-31G(d,p)
DFT B3LYP 6-31G(d,p)
DFT B3LYP cc-pVDZ
DFT B3LYP LanL2DZ

Waktu
506
588
862
708
1143
1243
1403
1174

28

MP2 6-31G(d,p)
CCSD 6-31G(d,p)
CASSCF 6-31G(d,p)

2245
1954
2108

Semiempirik>Hatree-Fock > DFT > CCSD > CASSCF

Metode kimia kuantum ab initio* mempuanyai keterbatasan dalam
penerapan secara praktis karena keperluan yang besar tehadap waktuCPU dan ruang simpan dalam cakram (dsik) atau memori dari komputer.
Ab Initio meneylesaikan semua persamaan secara eksak dans emua
elektron yang ada diperhitungkan, sehingga memerlukan waktu
perhitungan yang lebih lama. Dibandingkan dengan ab initio, perhitungan
dengan metode dapat dijalankan lebih cepat karena tidak semua
persamaan diselesaikan secara eksak dan elektron yang diperhitungkan
hanyalah elektron valensi saja. Namun, di sisi lain Ab Initio lebih akurat
dibandingkan

hasil

perhitungan

semiempirik,

walaupun

dalam

pengerjaannya ab initio memerlukan waktu yang lebih lama. Kenyataan

keakuratan ab initio dibanding semiempirik terlihat jelas saat melakukan
perhitungan pada atom atau molekul yang bermuatan.
*Perlu diketahui: Ab Initio terbagi menajadi

2,

yang

tidak

mempertimbangkan korelasi antar elektron misalnya Hartree-Fock, dan

level Ab Initio yang mempertimbangkan korelasi antara elektron (electron
repulsion) misalnya MP (Moller-Plesset), CC (Couple Cluster), MC SCF
(Multi Configurational), DFT (Density Functional Theory). Sehingga,
dalam penjelasan ini cukup dengan membaginya ke dalam 2 pembagian
yaitu metode Ab Initio dan Semiempiric
c. Mengapa perhitungan energi ikat dihitung dengan rumus sesuai prosedur
nomor (12) ?dan bagaimana nilai energi molekul dibandingkan dengan
energi atom ? Jelaskan !
Perhitungan energi ikat dihitung menggunakan rumus seperti dibawah
ini:

Berikut ini adalah reaksi yang terjadi :

F + F F2
Sesuai dengan reaksi berikut maka dapat dihitung perubahan energi yang
terjadi yaitu dengan cara :

29

E = E produk E reaktan
=

=
Energi molekul memiliki energi yang lebih rendah dibanding energi
atomnya, hal ini disebabkan untuk dapat membentuk molekul setiap atom
harus melepaskan energi. Sedangkan untuk membentuk molekul, setiap
atom penyusun harus melepaskan energi agar dapat membentuk molekul
yang stabil
d. Jelaskan apa yang dimaksud metode semiempirik, Hartree-Fock, DFT,
dan MP2 ?
Metode semiempirik adalah metode yang dalam perhitungannya
menggunakan

data

eksperimen

serta

menggunakan

persamaan

schrondinger untuk menyelesaikan persamaannnya. Pada Metode

semiempirik, perhitungannya tidak semua persamaan diselesaikan secara
eksak, dan elektron yang diperhitungkan hanya elektron valensi.
Sehingga pada semiempirik perhitungannya cenderung lebih cepat
dibanding ab initio
Metode Hartree-Fockadalahsalah satu metode dari ab initio yang tidak
mempertimbangkan korelasi elektron, namun hanya mempertimbangkan
rata-rata pengaruh lokal medium potensial elektron yang dipengaruhi
oleh elektron lainnya.
DFT

(Teori

fungsi

kerapatan)merupakan

metode

yang

memperhitungkan kerapatan elektron secara unik, dimana kerapatan

eletron menetukan posisi dan muatan inti. Pada metode DFT juga
didasarkan pada adanya hubungan antara energi elketronik total dan
kerapatan elektron sehingga DFT hanya menghitung secara global energi
elektronik total dan kerapatan elektron.
MP2 (Teori Pertubasi Moller-Plessetorde 2) merupakan metode yang
didasarkan pada perbedaan antara hamiltonian referensi dan hamiltonian
eksak yang dapat dipandang sebagai pertubasi.

30

e. Jelaskan apa yang dimaksud dengan basis set, 6-31G, dan 6-31G(d,p)?
Basis set 6-31G adalah basis set yang menyatakan adanya inti orbital
dengan 6 fungsi Gaussian, 3-1 memiliki arti bahwa orabital valensi yang
terbelah menjadi 3 fungsi Gaussian dan 1 fungsi Gaussian.
Sedangkan, pada 6-31G (d,p) yaitu basis set yang menyatakan adanya inti
orbital dengan 6 fungsi Gaussian, 3-1 memiliki arti bahwa orabital valensi
yang terbelah menjadi 3 fungsi Gaussian dan 1 fungsi Gaussian. (d,p)
artinya serangkaian 6 fungsi Gaussian pada orbital d yang digunakan
sebagai fungsi polarisasi pada atom berat dan serangkaian dari 3 fungsi
Gaussian pada orbital p yang digunakan sebagai fungsi pada atom
hidrogen

31

II.2 LKM- 2 (Analisis Kurva Energi Potensial Lennard-Jones)

Tujuan: menganalisis kurva energi potensial Lennard-Jones
Berikut ini tabel hasil pengamatan untuk hasil perhitungan energi interaksi
pada molekul Cl2 pada jarak tertentu.
molekul

jarak ()

Energi molekul (kJ/mol)

Cl2

4
3.7
3.5
3
2.8
2.6
2.4
2.2
2
1.9
1.6
1.3
1

144.9047371774
120.7850073084
98.6975979300
13.6952098828
-34.7360951125
-90.8935891146
-150.9399468989
-204.1076532086
-225.0408141889
-208.7918858457
110.1447500182
1645.4232436608
7827.2494493230

a.

Jelaskan dan gambarkan bentuk kurva energi potensial terhadap jarak

interaksi antar kedua atom?
Pada gambar tersebut menunjukkan pada jarak tertentu yaitu pada jarak 4
ikatan Cl-Cl belum terbentuk, namun ketika jarak anatar atom Cl
semakin didekatkan yaitu pada jarak tertentu Cl-Cl dapat terjadi ikatan
dengan energi yang rendah dan ketika semakin didekat lagi jarak anatar
Cl-Cl tidak dimungkinkan terjadinya ikatan antara Cl-Cl karena energi
yang besar. Karena faktanya ikatan yang terbentuk antara Cl dan Cl
adalah ikatan rangkap satu. Jika Cl-Cl memiliki energi yang cukup, maka
Cl-Cl dapat juga membentuk ikatan rangkap tiga seperti pada N2

32

a.

Pada sekitar jarak dan energi berapakah akan terbentuk ikatan ClCl
yang stabil ? Kemukakan alasan Anda !
Pada jarak 2 dan energi -225.0408141889 kJ/mol dapat terbentuk Cl2
yang stabil karena pada jarak tersebut merupakan energi terendah ketika
Cl-Cl berinteraksi, atau dengan kata lain pada jarak 2 ini interaksi
tarikannya lebih besar daripada interaksi tolakannya sehingga energinya
minimum (terendah). Pada Cl-Cl terdapat interaksi antara elektron dan
inti pada atom Cl, elektron dan elektron atom Cl, elektron dan inti dari Cl
tetangga dan elektron dan elektron dari Cl tetangga. Interaksi tolakan
terjadi antara elektron dengan elektron, dan inti dengan inti. Ketika pada
jarak tertentu, energi Cl2 drastis menjadi sangat yang besar hal ini dapat
disebabkan adanya tolakan yang besar elektron-elektron dari kedua atom
Cl. Terlebih atom Cl memiliki elektron yang cukup banyak yaitu
sebanyak 17 elektron. Hal inilah pada jarak di bawah 2 adanya
repulsion (gaya tolak menolak antar elektron-elektron dari Cl-Cl) sangat
besar yang menyebabkan energi interaksinya juga besar/ maksimal.

33

b.

Apakah yang dimaksud dengan Lennard-Jones Potential ?

Kurva Lennar-Jones merupakan suatu kruva yang menggambarkan
perubahan energi potensial yang ditimbulkan oleh interaksi antara dua
atom terisolasi yang saling mendekat, sehingga terbentuk ikatan yang
berlaku untuk semua kasus.

34

II.3 LKM- 3 (Analisis Profil Energi Molekul Sikloheksana Pada Berbagai

Konformasi)
Tujuan: menganalisis profil energi molekul sikloheksana pada berbagai
konformasi
Berikut ini tabel hasil pengamatan Energi Molekul Sikloheksana pada
Berbagai Konformasi:
No
Sikloheksana

jarak antar atom

Haksial atas

jarak antar
atom Haksial

Energi
(kkal/mol)

bawah

Kursi

H16 dengan H7 =

H17 dengan

2,62922

H9 = 2,62922

-21559,8125

setengah kursi

H17 dengan H13

H14 dengan

= 2,81384

H7 = 3,85097

-21553,31055

perahu terpilin

H9 dengan H13 =

H12 dengan

2,87305

H18 = 2,58499

-21556,63086

Perahu

H12 dengan H13

H16 dengan

= 2,26059

H9 = 2,31253

-21556,2832

35

Berdasarkan data hasil pengamatan di atas, dapat dibuat grafik hubungan

antara beberapa jenis konformasi sikloheksana dengan energi. Grafik
digambarkan seperti gambar di bawah ini:

1.

Berdasarkan data hasil perhitungan, urutkan konformasi molekul

sikloheksana dari yang paling stabil ke yang paling tidak stabil !
kemukakan alasan Anda !
Berdasarkan hasil perhitungan energi pada molekul sikloheksana diatas
dan dapat dilihat melalui grafik, diperoleh hasil bahwa urutan konformasi
molekul sikloheksana yang paling stabil ke tidak stabil kursi > perahu
terpilin > perahu > setengah kursi.
Penentuan konformasi yang lebih stabil ini dilihat dari konformasi yang
memiliki energi yang paling rendah, sedangkan konformasi dengan
energi yang besar menunjukkan konformasi yang kurang stabil. Hal ini
disebabkan adanya adanya interaksi antara atom H pada konformasi
tersebut. Jika kita lihat berdasarkan data, jarak antara atom H aksial atas
dengan atom H aksial atas, serta jarak antara atom H aksial bawah

36

dengan atom H aksial bawah dapat memberikan informasi kepada kita,

bahwa semakin besar jarak antara atom H mengakibatkan interaksi yang
besar sehingga tolakannya pun juga semakin besar, hal inilah yang
menyebabkan energinya yang besar dan kurang stabil. Semakin jauh
jarak antar atom H maka interaksinya berupa tolakannya pun juga
semakin kecil maka energinya pun rendah, hal inilah yang menyebabkan
konfromasi tersebut stabil.
2.

Apakah perbedaan antara basis set dengan basis fungsi ?

Basis fungsi adalah fungsi matematika yang didesain untuk memberikan
fleksibilitas yang maksimal pada orbital molekul, basis fungsi ini yang
kita kenal misalnya GTO dan STO, sedangkan basis set adalah
serangkaian fungsi matematika yang digunakan untuk menyusun gugus
orbit suatu molekul mislanya basis set STO-3G pada molekul H 2, basis set

3.

6-31G danlain sebagainya

Berapakah jumlah fungsi Gaussian yang digunakan untuk perhitungan
molekul air H2O jika menggunakan basis set STO-3G ?
Minimal Basis set untuk molekul H2O terdiri dari orbital 1s untuk satu
atom Hydrogen, dan set atau serangkaian dari 1s, 2s dan 2p untuk
Oksigen. Jadi, total basis set terdiri dari 7 basis fungsi.
H --> orbital 1s (4*1s)
O --> orbital 1s, 2s, 2px, 2py, 2pz
Telah kita ketahui, bahwa untuk 1 fungsi STO terdiri dari 3 fungsi GTO.
Jadi, 7 fungsi STO pada air terdapat 21 fungsi Gaussian.

37

II.4 LKM-4 (Penentuan Geometri yang Stabil Untuk Setiap Energi Minimum
dari Konformer 1,3-Butadiena)
Tujuan : Penentuan Geometri Yang Stabil Untuk Setiap Energi Minimum
Dari Konformer 1,3-Butadiena
Berikut ini tabel hasil pengamatan berbagai energi dari konformer 1,3butadiena:
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9

Sudut Dihedral
180
150
120
90
60
45
30
15
0

Energi (Kkal/Mol)
-13687.75488
-13687.30469
-13686.29688
-13685.79297
-13686.27441
-13686.66504
-13686.92090
-13686.98828
-13686.98145

1. Buatlah kurva energi versus sudut torsi !

2. Tunjukkan energi aktivasi dan entalpi reaksi sesuai grafik yang diperoleh!
Energi aktivasi adalah energi minimum yang harus ada pada sistem kimia
untuk melangsungkan reaksi kimia. Sedangkan, entalpi reaksi adalah
entalpi yang tidak dapat ditentukan nilainya, namun hanya bisa ditentukan
perubahannya.

38

Energi Aktivasi

Entalpi Reaksi

39

DAFTAR PUSTAKA

Pranowo, Harno Dwi. 2011. Pengantar Kimia Komputasi. Penerbit Lubuk Agung:
Bandung