Macromoléculas: estructura, forma e informacién Al considerar la transicién desde las pequefias moléculas de la célula hasta k cromoléculas gigantes, asistimos a mucho mas que a.un simple aumento de tama- fio, Aunque las proteinas, los decidos nucleicas y los polisacéridos estén construidos a partir de una coleccién restringida de aminosicidos, nuclestidos y azsicares re pectivamente, pueden presentar propiedades tinicas y realmente sorprendentes, que les confieren unas caracteristicas muy lejanas a sus precursores quifmicos. Las macromoléculas biol6gicas estan compuestas de varios cientos ~a veces de millo- nes- de dtomos unidos entre ellos formando disposiciones espaciales definidas de forma muy precisa. Cada una de estas macromoléculas contiene t ‘muy espeeffica. Incorporadas a su estructura, existen series de que pueden ser leidos cuando estas macromoléculas interaccionan con otras molé= cculas, permitiéndoles desarrollar una funcién determinada. En este capitulo examinaremos las estructuras de las macromoléculas, dedi: cando un interés especial a las proteinas y alos deidos nucleicos y explicando cémo, alo largo de la evolucién, se han adaptado para desarvollar funciones determina: das, Consideraremos los prineipios por los cuales estas macromoléculas catalizan ‘transformaciones quimicas, construyen complejas estructuras multimoleculares, generan movimiento y -mucho mas fundamental que todo esto- almacenan y ‘transmiten informacion heredita Procesos de reconocimiento molecular! as macromoléculas tienen un peso molecular que normalmente oscila entre 10000 y 1 millén, y un tamafo intermedio entre las moléculas orgdnicas de la célula, tratadas en el Capitulo 2, y los grandes agregados macromoleculares y or- génulos, que serdn objeto de estudio de capitulos posteriores (Figura 3-1). Una Pequefia molécula, la del agua, constituye el 70% de la masa total de la célula; casi todo el resto de la masa son macromoléculas (Tabla 3-1), como se ha descrito en el Capitulo 2, una macromoléeula se ensambla a partir de subunidades de peso molecular menor, que se afiaden una tra formando un largo polimero a modo de cadena (véase mente, en la construccién de cada cadena participa tinicamente una familia de protel subunidades: los aminoacidos se unen a otros aminodcidos formando la nas, los nuclestidos se unen a otros nucledtidos formando los ‘cidos nuc y los azticares se unen a otros azticares formando los polisacaridos, Puesto que la secuencia exacta de las subunidades es crucial para la funcién de una molécu sudcares, aminodcidos Yovelestigos “05-1 am o @ bosoms -90 nm vee] Figura 3-1 Comparacién entre el tamano de las moléculas proteicas y lde otros componentes celulares, Los ibosomas son importantes agregadas macromoleculares compuestos por unas 60 protefnas y moléculas de RNA, 93‘Tabla 3-1 Composicién quimica aproximada de una bacteria tipica y de una celiila ‘de mamifero tipica Componente HO Tones inorgainicos (Na, K", Mg", Ca, Cr, ete.) Algunos metabolitos pequenios Proteinas RNA DNA 1 Fosfolipidos yo ; Otros lipidos Vi Polisaedridos TED Volumen celular total 7 10% emt Pen Volumen celular relative ue i {as proteins, los pasacérdos, el DNA y el RNA son macromoléuls. Las ipidosgeneralmen: fel grupo acetl de acetil Cad) y se autoensamblan formando grandes estructuras (membranas). 3s comprenden la mayor parte de la masa tanto de las eélas de NNotese que ol agua ylas prot ‘mamifere como de las bacterias teno se clasifican como macromoléculas, a pesar de que tienen algunas de sus ceractersticas; por ejemplo, la mayoria de ellos se sintetizan como polimeroslineales de una molécula menor Ja, su biosintesis requiere mecanismos que aseguren que cada subunidad ade- ccuada se coloque en el polimero en la posicién exacta de la cadena, Las interacciones especificas de una macromolécula dependen de enlaces débiles no covalentes* Una cadena macromolecular se mantiene unida por medio de enlaces covalentes, que son suficientemente fuertes como para preservar la secuencia de subunidades durante largos perfados de tiempo. A pesar de que la secuencia de subunidades de- termina la informacién contenida en una macromolécula, la utilizacién de esta in- formacién depende en gran medida de otros enlaces mucho mas débiles, los enlaces no covalentes, Fstos enlaces débiles se forman entre diferentes regiones de la misma macromolécula, y también entre diferentes macromoléculas. Por ello, estos determinan en gran medida tanto la estructura tridimensional de las cadenas ma- cromoleculares como la manera en que estas estructuras interaccionan entre st. Los enlaces no covalentes que se presentan en las moléculas bioldgicas, sue- len clasificarse en tres tipos: enlaces inicos, enlaces de hidrégeno y atraccio- nes de van der Waals, Otra importante fuerza débil se genera por la estructura tridimensional del agua, la cual tiende a unir los grupos hidrof6bicos con el fin de minimizar su efecto destructor de la red de moléculas de agua unidas por en: laces de hidrdgeno (véase Panel 2-1, pags. 50-51). Esta expulsién de la solucion acuosa genera lo que algunas veces se considera como un cu rio tipo de enlace “ti | ce (x _ termico medio ante cétuia cc CONTENIDO “g £ Maia oF " i ro luz ici data? eid ghia compote 94 Capftulo3 ‘Macromoléculas: estructura, forma e informacién, igura’-2 Energias comparativas de algunos acontecimientos moleculares importantes de la eélula. Nétese que Jos valores de energia se muestran en una escala logarftmicaTabla 3-2 Enlaces quimicos covalentes y no covalentes Fuerza (keal/mol)* Tipo deenlace Longitud (nm) En el vacio Covalente 90 onico 80 Hidrégeno 4 Atracciones de yan der Waals (por dtomo) 0,35 oa “La fuerza de un enlace se puede medir como la energia necesaria para romperlo, que aqui se presenta en kalorias por mol (keal/mol) (Una kilocalorfa es la cantidad de energia necesaria incrementar en 1° C la temperatura de 1000 g de agua. Una unidad altemnativa de uso co- mun es el kilojoule Kj, igual a 0,24 keal) La fuerza de cada enlace son los dtomos que estén im. plicados en su formacidn, y del ambiente preciso en el que se halla el enlace; los valores de la {abla solamente son, por lo tanto, una guia aproximada. Nétese que el ambiente acoso de una élula disminuye enormemente la fuerza de los enlaces idnicos y de hide6geno entre moléculas dlferentes las de agua (Panel 3-1, pags. 96-97). La longitud de enlace es la distancia entre los {entros de los étomos diferentes al hdr geno que participan en et enlace, debil no covalente. En el Panel 3-1, paginas 96-97, se exponen las caracteristicas principales de estos cuatro tipos de en En un medio acuoso, los enlaces no covalentes son de 30 a 300 veces mas débiles que los enlaces covalentes (Tabla 3-2) y sdlo ligeramente mas fuertes que Ja energia media de las colisiones térmicas a 37°C (Figura 3-2). Por consiguiente, un tinico enlace no covalente a diferencia de lo que ocurre con un enlace cova. Iente- resulta demasiado débil para resistir los movimientos térmicos que tien- den a separar las moléculas, por lo que son necesarios numerosos enlaces no covalentes para mantener unidas dos superficies moleculares, Entre dos super cies s6lo se pueden formar un elevado mimero de enlaces no covalentes si exis ten un elevado numero de étomos de estas superficies que estén adaptados unos a Jos otros (Figura 3-3), lo cual determina la especificidad de reconocimiento biol6gico, como ocurre entre una enzima y su su ‘Como se explica en la parte superior del Panel 3-1, los atomos se comportan casi como si fueran pesadas esferas de un radio determinado (su der Waals”), El requerimiento de que dos étomos no pueden solaparse limita los, ngulos de enlace posibles de una cadena polipeptidica (Figura Etsy placa’ S| Entereeun eovalenes otras interacciones estéricas reducen substancialmente el ntimero de disposi- — Manera en que los enlaces debiles ciones tridimensionales (0 conformaciones) que son posibles, A pesar de ello, median los procesos de una larga cadena flexible como por ejemplo la de una proteina, puede plegarse _reconocimiento entre las en un ntimero enorme de diferentes posibilidades, teniendo cada conformacién _macromoléculas, radio de van YByAy Cee adaotanmaly _ & ta molécula A encuentra a azar otras moldesle (8, CO) Zs los superticis de las moldcuiae A YD vo adaptan ban, porto que eden formar un nner Eufclente de enlaces Gables que Procesos dle reconocimiento molecular 95FUERZAS DE VAN DER WAALS ‘A una distancia corta, 2 étomos cualesquiera muestran una débil interaceién de oniaoo debido a sus eargas oléctricasfluctuantes. Esta fuerza recibe el nombre de atraccién de van der Waals. Sin fembargo dos étomos se repalen muy energéticamente si se los ‘cerca demasiado, Esta repulsion de van der Waals desempena ‘un papel importante limitando las posibles conformaciones de tuna molécula ewengla — repulsion a 4 ‘suit de van der Wale éptimo on este punto ENLACES DE HIDROGENO Un tomo de hidrdgeno es compartido por dos étomos {ambos eleetronegativos, como el O y el N} formandose unenlace de hidSgeno, == 111 = enlace cavelonte enlace de Rieropeno ‘tm dolarge ~O2nm de largo, Los enlaces dle hidrégeno son mas fuertes ‘cuando los tres atomos se hallan on linea recta HHH ca = Hi HHH ‘y i Ejomplos en macromoléculas: os cadenas polipeptidicas de aminoscidos unidas por enlaces de hidrogeno. ROC-H RCH HEC I 1 gm a I oii #— os bases, G y C, unidas por enlaces de hidrégeno. en el DNA 0 on el RNA. 4 SN Ho, a aa dims OT ae ins — ni een ae ae. 7 x, ane Soomiti— ni H Cada tipo de étomo tiene un radio, conocido como radio {do van der Waals, en el que les fuerzas de van dar Waals ‘estan equilbradas. © @ee ah 204 15A wi 020m) (Gz2nm) (0.8mm) (0.44 os atomos so atraen entre st por fuerzas de van der Waals hasta ‘que la distancia entre ellos iquale la suma de sus radios de van der ‘Waals. A pesar de que estas atracciones de van dor Waals son. individualmente muy débiles, pueden ser importantes euando dos superficies macromoleculares se adaptan muy bien una a otra, ENLACES QUIMICOS DEBILES Les moléeulas orgéinicas pueden intoraceionar con otras moléculas a través de fuerzas no covalentes de aleance reducido. soy ‘Tipicamente, los enlaces quimicos débiles tienen una fuerza 20 veces inferiar a Ia do un enlace covalonte, Solo son suficiontomente fuertes para fijar dos moléculas cuendo 80 forma simulténeamente un ndimero elevado de ellos. ENLACES DE HIDROGENO EN EL AGUA Las moldoulas que pueden formar enlaces de hidrégeno con otras tambien pueden, aiterativamente, formar enlaces de hidrégeno con moléculas de agua. Debido a esta competencia con las moléculas de agua los enlaces de hidrdgeno formados tentre dos moldculae disueltas en agua son rlativamente abies, vice eptiieoC60 oe ee ee eee ee Cree sane ee aS errnennacses aie iG SG . ‘entre grupos parcialmente cargados. ‘Ademis, os enlaces inicos se debilitan por la presencia de sales, cuyos étomos formen los contraiones que so te gt dTorbuyonsededo doe ones de cage opus —=O)O— yi iran cargos 3° yo" 08 dl niimero total de enlaces iénicos implicados. donde D= const (1 par para.ol agg De todos mods, los enlaces ionicos 1 distancia de eoparacién ‘son muy importantes en los sistemas bioldgicos. Una enzima que se una # un substrato cargado positivamente a menudo presentard en el lugar ‘apropiado un resto de aminoscido ‘eargado negativament Naci \ En ausencia de agua, las fuerzas iénicas son muy intenas. Son responsables de In dureza de minerales tales como el marmoly ol gata.ey Gl N 6 ye ay Figura 3-4 Limitaclones estéricas de los dngulos de enlace en luna cadena polipeptidica. (A) Cada aminodcide contribuye con tues enlaces (en rojo) asu cadena polipeptidica. Elenlace peptidico es plano (sombreado en gris) y no permite rotaci6n. Por reo" | phi cl contrario, se puede producir rotacion sobre del enlace C,~C ‘a este angulo de rotacion se le denomina psi {y)~y sobre el enlace N-G, -a este angulo de rotacion se le denomina phi @) El grupo R representa una cadena lateral de un aminoacid. (8) La conformacion de los stomos principales de na cadena proteica viene determinada por un par de énguilos psi y phi para cada aminodcido; debide alas colisiones estéricas entre los aminofcidas, la mayorfa de los pares de ngulos phiy psino tienen lugar. En este grfico, amado de Ramachandran, cada punto representa un par de angulos observados en proteinas. (B, de}. Richardson, Adv. Prot, Chern. 34:, 174-175, 1981.) una coleceién diferente de interacciones débiles dentro de la cadena, y es la fuer- za total de estas interacciones lo que determina qué conformaciones se formardn. La mayoria de proteinas de una eélula se pliegan de forma estable de una sola inera: durante el curso de la evolucién la secuencia de subunidades de aminodci- dos ha sido seleccionada de forma que una determinada conformacién puede for- mar muchas mas interacciones favorables en la propia cadena que cualquier otra. 180" “) @ © ” 98 Capitulo 3 : Macromoléculas: estructura, forma e informacién Figura 3-5. Cuandlo varias | ‘subunidades se unen entresideuna forma regular, se genera una hélice, } En primer término se presenta la Interaccién entre dos subunidades y AB, mientras que la inversa de esta fraccién serfa la constante de equilibrio para la reacciGn de dsociacin ABA +B. Sin embargo, al referirse ainteracciones de unién seneilla, es menos confuso hablar de constante de afinidad 0 constante de asociacién (en litros por mol); cuanto mayor es el valor de Ia constante de asociacidn (K,), mayor es la fuerza de unign entre Ay B. Elreciproco de K, es la constante de disociacién (en moles por litro); cuanto menor es el valor de la constante de disociaciGn (K) mayor es la fuerza de unién entre Ay B stance de asoclacién y ulas Ay B han de chocar para poder reaeeionar por lo que la 100 Capitulo 3: Macromoléculas: estructura fo‘mos una reacci6n en Ja que la molécula A se une a la molécula B. Esta reaccién continuard hasta alcanzar un punto de equilibrio, en el cual la velocidad de for- macién y la de disociacién son iguales (Figura 3-9). Las concentraciones de A, de B y del complejo AB en este punto de equilibrio se pueden utilizar para determi- nar una constante de equilibrio (K) para la reaccién, tal como se explica en la Figura 3-9, Esta constante recibe a veces el nombre de constante de afinidad, y habitualmente se utiliza como medida de la fuerza de enlace entre dos molécu- las; cuanto mas fuerte sea el enlace, tanto mds elevado serd el valor de la cons- tante de afinidad, La constante de equilibrio de una reaccidn en la que se enlazan dos molécu- est directamente relacionada con el cambio de energia libre estdndar del enlace (AG»), mediante la ecuacién descrita en la Tabla 3-3. En esta tabla tam- bien se indican los valores de AG correspondientes a varios valores de K. En sis- temas biol6gicos, las constantes de afinidad para interacciones de enlace senci- lo normalmente oscilan entre 10° y 10” litros/mol; esto corresponde a energias de enlace en el intervalo de 4 a 17 keal/mol, que puede provenir de unos 4 a 17 enlaces de hidrégeno. Los étomos y las moléculas se mueven répidamente* Las reacciones quimicas de una célula tienen lugar a velocidades asombrosa- mente elevadas. Una molécula de una enzima tipica, por ejemplo, cataliza unas 1000 reaceiones por segundo y algunas enzimas como la catalasa pueden conse guir velocidades de mas de 10" reacciones por segundo. Cada reacci6n requiere que una molécula de enzima se encuentre con otra de substrato, por lo que velo. cidades como éstas sélo son posibles gracias a que las moléculas se mueven a velocidades suficientemente rapids. Los movimientos de las moléculas pueden clasificarse de forma general en tres categorfas: (1) el movimiento de una molé cula de un lugar a otro (movimiento de translacién), (2) el répido movimiento atrés y adelante de los étomos unidos de forma covalente respecto a otto (vibra- ci6n), y (3) las rotaciones, Todos estos movimientos son importantes para unir entre sf as superficies de moléculas que interaccionan, Las velocidades de los movimientos moleculares pueden medirse por diver- sas técnicas espectroscépicas, que indican que una gran proteina globular est girando constantemente, rotando sobre su eje, alrededor de un millén de veces, por segundo. Las velocidades de encuentros por difusi6n originados por movi- mientos de traslacién son proporcionales a la concentracién de la moléeula que difunde. Si el ATP, por ejemplo, se halla presente a su concentraci6n intracelular habitual de 1 mM, cada lugar de una molécula proteica sera bombardeado con moléculas de ATP por unas 10° colisiones al azar cada segundo, Para una con- centracion de ATP 10 veces menor, el numero de coli De forma extremadamente répida, en cuanto dos moléculas han colisiona- do y se hallan en una orientacién relativa adecuada, puede producirse entre ellas una reacci6n quimica. Teniendo en cuenta lo ripidamente que se mueven, y reaccionan las moléculas, las velocidades de catilisis enzimatica observadas no parecen tan extraordinarias. nes descenderfa a 10, y Los procesos de reconocimiento molecular nunca pueden ser perfectos? ‘Todas las moléculas tienen ener -la energia cinética de sus movimientos de traslacién, de vibraci6n y de rotaci6n y la energfa potencial almacenada en sus Aistribuciones electrénicas. A través de las colisiones moleculares, esta energia se distribuye aleatoriamente a todos los étomos presentes, cle forma que la ma- yorfa de dtomos tendrdn niveles de energia cercanos al valor medio, y tan s6lo luna pequefia proporcidn de ellos presentardn niveles energéticos muy altos. Appesar de que las conformaciones o estados favorables que adopre una molécula Procesos dle reconocimiento molecular Tabla 3-3 Larelacién entre las diferencias de energfa libre yas constantes de equilibrio IfResEeeH| ease LAB) energfa libre aa deA+B {litcos'mol) (keal/mol) 10 10! 10 1 10 1 10! 10 10 104 57 10 1 Sise permite que ia reaceiin A + B = Ue ‘gue al equilib, las eantidades rela de A, By All dependerin de las difecen- clas de enerla libre, AG, entre ellos. Los valores de la tabla cortesponden # 37% (310°K),y estén calculades a parr de la ol AG =-RTIn e iar (AB) Talib Aqut, AG" viene dado en kilocalorias por mol y representa la diferencia de energia libre en condiciones estindar (en las que todos los componentes se hallan a con feentraciones de 140 moles/ ltr); T es la temperatura en grados Kelvin Principios similares a éstos se aplica cluso al easo més senello de tina reac cidn A = A+, segtin el cual una molécula puede interconvertire entre dos estas Ay A" que se diferencian en un cierto va lor de AG En el equilbro, la relacién fentre el mimero de moléculas de ambos tipos es igual ala relacién wi ial Asia partir de esta tabla podem ver gue, sila wansicién A > AY tlene un eambio de fenergla libre favorable de 4,3 keal/mol, fen.el equilibrio habra mas de 1000 mole caulas en el estado A* gue en el estado A. 101serdn las que supongan menor energfa libre (véanse pags. 78-79), como conse. ia de colisiones extraordinariamente violentas se producen estados de alta ‘energia. Es posible calcular la probabilidad de que, a una temperatura dada un tomo o una molécula esté en un estado de una determinada energfa (véase Ta- bla3-3). La probabilidad de un estado de alta energia disminuye respecto a la de tuno de baja energia a medida que la diferencia entre los valores de la energta li- bre de ambos aumenta. Sin embrago, esta probabilidad tinicamente es igual a cero cuando la diferencia de energia es infinita, Debido a que las colisiones moleculares son fortuitas, de vez en cuando ‘curren pequefias “reacciones secundarias’. A consecuencia de ello, una célula comete errores continuamente, Se producirén ocasionalmente incluso las reac- ciones que son energéticamente muy desfavorables. Por ejemplo, dos atomos unidos uno al otro por un enlace covalente, pueden ocasionalmente estar 8o- metidos a una energia especial de colision, y separarse. Andlogamente, la espe- cificidad de una enzima por su substrato no puede ser absoluta ya que el reco- jocimiento de una molécula como diferente de otra nunca puede ser perfecto. Unicamente se podrian evitar por completo los errores si la célula desarrollara ‘mecanismos que tuvieran diferencias de energfa infinitas entre las alternativas, Puesto que esto no es posible, las células se ven forzadas a tolerar un cierto nivel de error, y han desarrollado una gran variedad de reacciones especiales de repa- racién para corregir los errores mas perjudiciales, Por otro lado, los errores son esenciales para la vida. vocaciones ocasionales en el proceso de mantenin DNA, probablemente la evolucién no habria tenido lu Sino fuera porlas equi- jento de las secuencias de Resumen, La secuencia de subunidades de una macromolécula contiene una informacién que determina el perfil tridimensional de su superficie. Este perfl, a su vez, controla el reconocimiento entre una molécula y otra o entre distintas zonas de una misma ‘molécula, mediante enlaces débile, no covalentes. Las fuerzas de atraccién son de cuatro tipos: enlaces iénicos, atracciones de van der Waals, enlaces dle hidrégeno e interacciones entre grupos no polares causadas por su expulsién hidrofébica det ‘agua. Dos moléculas se reconocerin una a otra mediante un proceso en el que pri- ‘mero se encuentran por difusion al azar, se unen de forma transitoria y luego se socian. Generalmente, la fuerza de esta interaccién se expresar en forma de una Constante de equilibrio, Puesto que la tinica manera de conseguir que el reconoci- miento sea infalible consiste en hacer que ta energia de enlace sea infinitamente ‘grande, las células vivas constantemente cometen errores; los que son intolerables son corregidos mediante procesos especiales de reparacién. Acidos nucleicos Los genes estan formados por DNA® Desde que el hombre ha sembrado cosechas o criado animales, resulta obvio que cada semnlla 0 cada 6vulo fecundado debe de contener escondido un plan 0 dise- fo para el desarrollo del organismo. En la época moderna, la ciencia dela genética se desarroll6 alrededor de la premisa de que existian unos elementos invisibles portadores de informacién, denominados genes, que son distribuidos a cada una de las células hijas cuando la célula madre se divide. Por consiguiente, antes de di- Vidirse una célula ha de hacer una copia de sus genes para poder ceder a sus célu- las hijas una coleccién completa de ellos. Los genes de los espermatozoides y de Jos évulos transmiten la informacion genética de una generacidn a la siguiente. La herencia de los caracteres biolégicos debe implicar la existencia de es quemas de étomos que sigan las leyes de la fisica y de Ia quiimica: en otras pala- bras, los genes deben estar formados por moléculas, Al principio, la naturaleza 102 Capitulo 3 : Macromoléculas: estructura, forma e informacién | |de estas moléculas resultaba dificil de imaginar. ;Qué tipo de molécula podrfa ser almacenada en una célula, dirigir las actividades de un organismo en desa. rrollo y ademés ser capaz de una replicacién exacta y casi ilimitada? Hacia finales del siglo .0x, los bislogos habfan reconocido ya que los trans portadores de la informacisn hereditaria eran los cromosomas que resultan visi bles en el mticleo cuando una célula empieza a dividirse, Pero la evidencia de que es el acido desoxirribonucleico (DNA) de estos cromosomas la substancia de la que estén formados los genes se obtuvo mucho ms tarde a partir de unos studios sobre bacterias. En 1944 se demostré que la adicién de DNA purificado de una cepa de bacteria a otra cepa ligeramente diferente, conferia a esta segun- da cepa propiedades hereditarias caracteristicas de la primera, Como hasta en- tonces se habfa crefdo que tan s6lo las protefnas presentaban una complejidad conformacional suficiente como para ser portadoras de la informacién genética, este descubrimiento constituyé una sorpresa y no fue aceptado de forma gene- ral hasta principio de los aftos 1950. Actualmente, la idea de que el DNA contie- ne Ia informacion genética ~almacenada en su larga cadena de nuclestidos- es, tan fundamental para el pensamiento biologico que a veces resulta dificil darse ‘cuenta del enorme abismo intelectual que llené este concepto. Las moléculas de DNA consisten en dos largas cadenas unidas por pares de bases complementarias"” Al considerar la simplicidad de la qu{mica del DNA resulta comprensible que los genetistas tuvieran dificultades en aceptar que el DNA es la esencia de los genes. Una cadena de DNA es un largo polimero no ramificado, compuesto tinicamente Por cuatro tipos de subunidades. Estas subunidades son los desoxirribonuclesti- dos que contienen las bases adenina (A), citosina (C), guanina (G) y timina (1) Los nuclestidos estén unidos por enlaces covalentes fosfodiéster entre el carbono 5) de un grupo desoxirribosa y el carbono 3° del siguiente (Panel 2-6, pags. 60-61), Los cuatro tipos de bases estan fijados a esta cadena de azticar fosfato repetitiva, casi como cuatro tipos diferentes de cuentas ensartadas en un collar, 4COmo una larga cadena de nucledtidos puede codificar las instrucciones para todo un organismo, o incluso tinicamente para una sola célula? Y, ;como pueden copiarse estos mensajes de una generaciOn de eélulas a la siguiente? Las respuestas se hallan en la estructura tridimensional de la molécula de DNA. Acidos nucleteos Figura3-10 Ladoble hélice de DNA. (A) Una corta seccisn dela dable hice del DNA. Se presentan cuatro ppares de bases complementatias, Las bases se representan en grisy los anicares desoxiribosa en azul. (B) L hice vista desde uno de sus extren Nétese que las dos hebras del DNA avanzan en direceiones opuestas y cada par de bases se mantiene por dos o tres enlaces de hideégena (vease t 105) ioe ‘ob nei que nido nbién Panel 3-2, pags. 104 103_DNAY RNA | ee FOSFATO DEL RNA En esta mitad del pane! se presenta la festructura del RNA y en la otra mited ese la dol DNA. Tanto el DNA como el RNA son polimeros lineales de nucleotides {véase Panel 26, pégs. 60:61). LNA ‘se diferencia del DNA en tres aspectos: 4 on 1, la columna vertebral de azdicar ey Y sata fe oes do reho (olen fogorSoterna 0 alee forrace nau soa eamecoeinaeice ea op ries asa he rs of H eae EIRNA es una hebra sencilla, pero presenta cortas zonas de ‘pareamientos de bases complementerias que pueden formarse por un proceso al azar. Estas regions de apareamiento de basos pueden verse en electronmicrogratias como ramas de la teadena oxtendida, snlace do igen 104 Panel3-2 Estructuras del DNA y del RNA.unién LAS CUATRO BASES DEL DNA FORMANDO DOS PARES DE BASES es C7 enlace de i Lia formacién especitica de enlaces de hidrégeno entre Gy Cyentre Ay T (Ay U enol RNAI genera los pares 4e bases complementarias. DOBLE HELICE DEL DNA. En una molécula de DNA, se fncuontran apareadas dos cadenas antiparalelas cuyas secuencias de nucleoticos son complementarias, generando luna dobile Nélice doxtrdgira e aproximadamente 10 pares {e nuclestidos por vuelta de la hilice. En la parte superior do feta figura se presenta una ilustracin esquematica y en la inferior un modelo llano de la doble hélice del DNA. aves foxtnoA principios de los afios 1950, andlisis por diftaccién de rayos X de muestras de DNA estiradas hasta conseguir fibras, sugirieron que la molécula de DNA un polimero helicoidal formado por dos hebras. No era sorprendente que el DNA tuviera una estructura helicoidal pues, como ya hemos visto, es muy fre cuente la formacion de una hélice si cada una de las subunidades vecinas de un polimero esté orientada regularmente. Pero el hecho de que el DNA tenga dos hebras fue erucial. Constituy6 el dato que condujo, en 1953, ala construccién de lun modelo que se adaptaba al esquema de difraccién de rayos X observado y, con ello, solucionaba el rompecabezas de la estructura y de la funcién del DNA. Un rasgo esencial de! modelo consistia en que todas las bases de la molécula de DNAse hallan en el interior dela doble helice, mientras que los azticares fosfa to se disponen en el exterior. Esta distribucién supone que las bases de una de las hebras deben estar extraordinariamente cerca de las de la otra hebra, y el modelo propuesto requeria un apareamiento complementario entre una base piirica (A 0 G, cada una de las cuales presenta dos anillos) de una de las cadenas y una base pirimidinica (T 0 C, cada una de las cuales presenta un solo anillo, por lo que es de menor tamafio que una base puirica) de la otra cadena (Figura 3-10). Tanto la evidencia obtenida a partir de los primeros experimentos bioqut: micos como las conclusiones derivadas de los modelos moleculares sugirieron que el apareamiento de bases complementarias (también llamado pares de ba ses de Watson y Crick) se formaran entre A y T por un lado y entre G y C por otro. Los analisis bioquimicos de preparaciones de DNA de diferentes especies han demostrado que, a pesar de que la composicién de nuclestidos del DNA varia notablemente (por ejemplo, desde un 13% a un 36% de residuos de A en el DNA de diferentes tipos de bacterias), se cumple una regla general que dice qu cuantitativamente, (GI = (C]y {Al = {T]. La construccién de modelos moleculares revel6 que el mimero de enlaces de hidrégeno efectivos que pueden formarse entre G y Go entre A y T era mayor que para otra combinacién cualquiera de es- tas bases. Asf pues, el modelo de doble hélice para el DNA explicaba de forma elegante la bioquimica cuantitativa. La estructura del DNA proporciona una explicacién del proceso de la herencia!! Un gen contiene informaci6n biolégica en una forma que ha de ser copiada exactamente y transmitida desde cada célula a todas sus células hijas. Las impli- caciones del descubrimiento de la doble hélice del DNA fueron importantes, ya que la estructura sugirié inmediatamente como se efectuaba la transferencia de informaci6n, Puesto que cada hebra contiene una secuencia de nuclestidos que es exactamente complementaria de la secuencia de nuclestidos de la otra hebra, en realidad ambas hebras contienen la misma informacién genética. Si lla ‘mos alas dos hebras Ay A’, la hebra A puede servir de molde o patrén pa ducir una nueva hebra A’, mientras que de la misma forma la hebra A’ puede uti- lizarse para producir una nueva hebra A. Asf, la informacion genética puede ser copiada mediante un proceso en el cual la hebra A se separa de la hebra A’ per- mitiendo que cada una de ambas hebras sirva de patron para la produecién de una nueva hebra complementatia. ‘Como consecuencia directa del mecanismo de apareamiento de bast sulta evidente que el DNA contiene informacién gracias a la secuencia lineal de Figura 3-11. Secuencia del DNA del gen humano que codifica Ia f-globina. 1 gen codifica una de las dos subunidades de la molécula de la hemoglobins, «que en todos los individuos adultos transport el oxigeno pot la sangre Solamente se presenta la secuencia de una de las dos hebras del DNA (la “cadena codificante"), ya que la otra tiene a secuencia complementaria. La ‘de nquierda a derecha y en ineas sucesivas de ariba a abajo de a pdgina, como si se tratara de un texto normal en espanol secuencia debe leer 106 Capitulo 3: Macromoléculas: estructura, forma e informacién TITTATTIGCTGTICATAACAATTGTETT w - RANA RAK DARK PAR DR RAN ABS RY. RD RR || Rélicasid@ ONA tiias | | 93-13 Lareplicacién ssemiconservativa del DNA. En cada ciclo de replicacién, cada una de las dos hebras de DNA son utilizadas como patrén para la formacion de una hebra complementaria de DNA. Por consiguiente, las hebras originales permanecen inalteradas alo largo de ‘muchas generaciones celular.onde cneoa g sulina tenia una secuencia definida, genéticamente determinada, lo més proba. ble era que también la tuvieran las demés proteins. Ademds, parecéa razonable suponer que las propiedades de una proteina dependerfan del orden exacto en el que se hallaran dispuestos sus aminodcidos constituyentes. Tanto el DNA como las proteinas estén compuestos por una secuencia lineal de subunidades, y el andlisis bioquimico de las proteinas producidas por genes, mutantes demostré que las dos secuencias son co-lineales -es decir, los nucles- tidos del DNA estén dispuestos en un orden que coresponde al orden de los ami nodcidas en Ia protefna que especifican. Result6 evidente que la secuencia del DNA contiene una especificacién codificada de la secuencia proteica. La pre- gunta central de la biologfa molecular pasé a ser entonces como una eélula tra- duce una secuencia de nuclestidos del DNA a una secuencia de aminodcidos de una proteina, Porciones de la secuencia de DNA se copian en moléculas de RNA para guiar la sintesis de protefnas'* La sintesis de una proteina implica copiar regiones espectficas del DNA (los ge- nes) en otro tipo de polinuclestido quimica y funcionalmente diferente, conoci- do como deido ribonucleico o RNA. Al igual que el DNA, el RNA esté compuesto por una secuencia lineal de nucleétidos, pero presenta dos pequenas diferencias quimicas respecto al DNA; (1) el esqueleto de azticar fosfato del RNA contiene ri osa en lugar de desoxirribosa, y (2) la base timina (7) esté substituida por uraci lo (U), una base muy estrechamente relacionada que también se aparea con A ie Panel . 104-105), EI RNA contiene toda la informacién de 1a secuencia de DNA de la que ha sido copiado y mantiene las propiedades del DNA de apareamiento de base Las moléculas de RNA se sintetizan a través de un proceso conocido como transcripcién del DNA, que en muchos aspectos se parece al de la replicacién del DNA, ya que una de las dos hebras del DNA actiia como patron sobre el que se examninan las posibilidades de apareamiento de bases de los ribonucledtidos. ‘Cuando se consigue un buen ajuste con el DNA patrén, el ribonucledtido es in- corporado como una unidad ligada covalentemente. De esta forma, la cadena de RNA que esté creciendo lo hace nuclestido a nucledtido. La transcripcidn del DNA se diferencia de la replicacién el DNA en varios puntos importantes. Por ejemplo, el RNA producido no permanece asociado al DNA. Inmediatamente detrés de la regidn en la que se aftaden los ribonuclesti. dos, la hélice original del DNA se forma de nuevo y la molécula de RNA se sepa: ra, Por consiguiente, las moléculas de RNA tienen una sola hebra. demas, las moléculas de RNA son relativamente cortas en comparacién con las de DNA, ya que son copiadas a partir de una regidn limitada del DNA -suficiente para pro- dueir un: \s protefnas (Figura 3-15). A los transcritos de RNA que dirigen la sintesis de moléculas de proteina, se les llama moléculas de RNA mensajero (mRNA), Otros transcritos de RNA acttian como RNA de transferencia (tRNA) 0 bien forman los componentes del RNA ribosGmico (RNA) o p cleoproteicas mas pequenas, La cantidad de RNA sintetizado a partir de una regidn determinada de DNA std controlada por proteinas reguladoras de la actividad génica, que se unen a lugares especificos del DNA cerca de las secuencias codificantes de un gen. En cualquier célula y en cualquier momento dado, algunos genes se estén utilizan- rticulas ribonu- Acidos nucleicos FiguraS-14 Seewencta de aaminodcidos de la insulina bovina. La ingulina es una proteina muy pequefia formada por dos cadenas polipeptidicas, una de 21 ylaowrade ‘30 residuos de aminodeidos. Cada ‘cadena presenta una secuencia de aminodcidos caracteristica determinada gensticamente. Los simbolos de una letra utilizados par rnombrar los aminosicidos son los 4 seindican en el Panel 2-5, pags. 9% Jos enlaces $-S indicadlos en rojo son enlaces disulfuro entre residuos de clstet sintetiza como una vinica larga cad polipepttdica (codificada por un tn gen) la cual se divide posteriormen formando las dos cadenas. Inicialmente la proteinase 109| eueanioras | | Priocénioras! | ron y eet do para sintetizar RNA en grandes cantidades mientras que otros genes no se transcriben en absoluto. En cada generacién celular, a partir de un gen activo pueden sintetizarse centenares de transcritos de RNA a partir del mismo seg- mento de DNA. Cada molécula de mRNA puede ser traducida dando lugar a mu- chos centenares de copias de una cadena polipeptidica, por lo que la informa- cin contenida en una pequena region del DNA puede dirigir Ia sintesis de millones de copias de una proteina determinada. La proteina fibroina, por ejem- plo, es el componente mayoritario de la seda. En cada célula de la glindula de la seda, un solo gen de fibroina genera 10° copias de mRNA, cada una de las cuales dirige la sintesis de 10° moléculas de fibroina -produciéndose un total de 10° moléculas de fibroina en sélo 4 dias. Las moléculas de RNA de eucariotas son cortadas y recombinadas, elimindndose secuencias intrén' En las células bacterianas la mayorfa de las proteinas estén codificadas por una iencia de DNA, larga e ininterrumpida, que se copia sin ninguna alte- racién 0 modificacién previa, produciendo una molécula de mRNA. En 1977, los. bidlogos moleculares quedaron asombrados ante el descubrimiento de que la mayorfa de los genes eucariotas presentan sus secuencias codificantes (lamadas exones) interrumpidas por secuencias no codificantes (lamadas intrones). Para producir una proteina, primero se transcribe todo el gen, incluyendo tanto sus intrones como sus exones y generando una molécula de mRNA muy larga -el transcrito primario. Antes de que esta molécula de RNA abandone el niicleo, un complejo de enzimas procesadoras de RNA elimina todas las secuenclas de in- trones produciendo asf una molécula de RNA mucho més corta. Después de que esta maduraci6n del RNA, llamada maduracién por corte y empalme del RNA (RNA splicing) haya concluido, la molécula de RNA se desplaza hasta el citoplas- ma constituyendo ahora una molécula de mRNA que diige la sintesis de una molécula de una proteina determinada (Figura 3 Este sistema de transferencia de informacién en eucariotas, aparentemente ruinoso, se ha desarrollado probablemente debido a que supone que la de proteina es mucho mas versatil. El transcrito primario de RNA de algunos ge hes, por ejemplo, puede madurar por corte y empalme de diferentes formas, produciendo diferentes mRNA dependiendo del tipo de célula y del estadio de desarrollo, Esto permite sintetizar diferentes protefnas a partir del mismo gen. Ademés, como la presencia de numerosos intrones facilita los procesos de re- 110 Capitulo 3: Macromoléculas: estructura, forma e informacién Figura 3-15 La transferencia de Informacién desde el DNA hasta la protefna. La transferencia tiene higar a través de un intermediario de RNA amado RNA mensajero (mRNA). En las eélulas procariotas el proceso es ind simple que en las células eucariotas. En eucariotas, la regiones codificantes del DNA (situadas en los exones, dibujados en color estin separadas por regiones no codificantes (llamadas inirones). Tal como se indica en a figura, estos intrones pueden eliminarse a través de una reaccién, catalizada por enzimas, de ‘maduracién por corte y empalme (splicing) del RNA, formando asi una molécula de mRNA,et disposicién ordi entre exones, probablemente este tipo d ariamente importante en los albores de la historia de la acelerando los procesos por medio de los cuales los or ganismos desarrollaron nuevas protei tes, en lugar de tener que desarrollar completament Las secuencias de nuclestidos del mRNA son “lefdas” en grupos de tres y traducidas a aminodcidos"® Las reglas a través de las que se traduce la secuencia nucleotidica a secuencia de ico, fueron descift aminodcidos de una proteina, el denominado eédigo ge das a principios de los afios 1960, Se demostré que la secuencia de nuclestidos. de la molécula de mRNA qu secutivo, en grupos de tres. Cad mina un aminodcido. Puesto que el RNA nucledtidos diferentes, existen 4°= 64 tripletes de codén posibles (recuérdese que lo important ewencia de nucleétidos de un triplet en las proteinas tan sélo se encuentran 20 aminoicidos diferentes de modo que lamayoria de aminodcidos deben ser especiticados por varios cocdones; es dec » genético es degenerado. E a través de la evolucion: con pocas excepciones, es igual acttia como intermediatio, era lefda en orden con Je6tidos, denominado un codén, es la Habitualmente el cédi ccddligo (ilustrado en la Figura 3-16) ha sido altamente conservad en organismos tan diversos como las bacterias, las plantas y el hombre uencia de RNA puede ser leica siguiendo una de las tres posibles pautas de lectura diferentes que pueden darse segtin el lugar en que jgura 3-17). En ura produciré una proteina funcional. Pues En principio, cada s empiece el proceso de decodificacidn ( asi todos los €asos tint as pautas de to que no existen signos de puntuacién salvo al principio y al final del mensaje de RNA, la pauta de lectura se establece en ¢ se mantiene a partir de entonces. camente una de e+ Inieio del proceso de traduccién Las moléculas de tRNA emparejan los aminodcidos con los grupos de nuclestidos"” Los coclones de una molécula de mRNA no reconocen directamente los amino- cidos que especifican, como hacen las enzimas con su substrato. La traduccién, de un mRNA a proteina depend adaptadora” que reconoce Figura 3-16 El e6digo genética. En el anseurso de a sintesis proteica, los 38 (codones napos de ttes nucleo Je una molécula de mRNA son raduicidos a aminoscidos de acuerdo con las reglas indieadas aqui. Los GAG, pore ido gh dones GUC mplo, se raduicen a valina y sespectivamente, Obsérvese que los codones que presentan U 0 Geomo segundo nuclestido tienden a codificar los aminodcidos més hidrofébieos ga SU) WAC oa = Gn Are—§tyr— Hi Figura 3-17 Las tres pautas de leetura Ja sintesis protelca. En el raduccién dena posibles: -cuencia de muclestidos (azul) en una nela de aminodcidos (verde), a neia de nuclestidos de un mRNA iael en grupos consecutivos de esleida desde el extremo 5'h nucledtidos, Por consiguiente, segun ‘cal sea a “pauta de lectura” uilizada, cada secuencia de RNA puede liffear,en principio, tres secuenciasuctettido 1 ‘inion det sminioseido relate 1 (ester 8 ew “tendon “ un aminodcido y un grupo de tres nucle6tidos. Estos adaptadores son un grupo de pequenas moléculas de RNA conocidas como RNA de transferencia (tRNA), cada una de las cuales tiene una longitud de unos 80 nuclestidos. Una molécula de tRNA presenta una conformacién tridimensional plegada, {que se mantiene en parte por interacciones no covalentes de apareamientos de bases como las que mantienen unidas las dos hebras de la helice de DNA. Sin embargo, en la molécula de tRNA, que es de una sola hebra, los pares de bases complementarios se forman entre residuos de nucledtidos de la misma cader lacual hace que la molécula de tRNA se pliegue de una forma caracteristica, que ¢s importante para su funcién de adaptador. Cuatro cortos segmentos de la mo- Iécula presentan una estructura en doble hélice, dando lugar a una molécul {que parece un “cruce en trébol” en dos dimensiones. Este cruce en trébol esté ‘més plegado formando una conformacién en forma de L. que se mantiene por interacciones de enlaces de hidrégeno més complejas (Figura 3-18). En cada ex- tremo de la “L" existen dos grupos de residuos de nucledtidos desapareados, {que son especialmente importantes para la funcion de la molécula de tRNA en la sintesis de proteinas: uno de los grupos forma el anticodén, cuyas bases pueden aparearse con las de un triplete complementario de una molécula de mRNA (el codén), mientras que la secuencia CCA del extremo 3° de la molécula de (RNA esté unido de forma covalente a una secuencia de aminodcidos (Figura 3-184. Elmensaje de RNA se lee de un extremo al otro por un ribosoma'* El proceso de reconocimiento de los codones, que transfiere la informacién ge- nética del mRNA via tRNA a la proteina, depende de interacciones entre pares de bases del mismo tipo de las que median la transferencia de informacion genéti- ca del DNA al DNAy del DNA al RNA (Figura 3-19). Sin embargo, la mecdnica de ordenacién de las moléculas de (RNA sobre el mRNA es complicada y requiere de la presencia de un ribosoma, que es un complejo de mas de 50 protefnas di- ferentes asociadas a varias moléculas de RNA estructural (rRNA). Cada ribosoma es una gran maquina sintetizadora de proteinas en la que las moléculas de tRNA se colocan por sf mismas para leer el mensaje genético codificado en la secuen- de las moléculas de mRNA, EI ribosoma encuentra primero un punto espe fico de inicio en la molécula de mRNA, que establece la pauta de lectura y deter- mina el extremo amino terminal de la proteina. Luego, a medida que el ribosoma se desplaza a lo largo de la molécula de mRNA, va traduciendo, codén a codén, la secuencia de nucledtidos a secuencia de aminoécidos, utilizando 112 Capitulo 3: Macromoléculas: estructura, forma e informacion, uelectiso 75 “= * pee) / ae ie re} ura 3-18 {RNA para a fenilalanina fen levadura. (A) La molécula esti dibujada adoptando una conformacidn de “cruce en trébot para destacarlos pares de bases ‘complementarios (barrasgrises cortas) {que se forman en regiones helicoidales internas de la molécula.(B) Se muestra ‘en forma de esquema la conformacion real dela molécula, basada en andlisis por difraccién de rayos X. Las pares de bases complementarios se indican como barrasgriseslargas, Adem, en ‘ojo se presentan los nucledtidos que participan en interaceiones no habituales de apareamiento de bases y ‘que mantienen unidas diferentes zonas de la molécula. Estas pat estén numeradas y conectadas por lineas ce color rojo tanto en (A) como en (B), En (B) los pares de bases estan rnumerados. (C) Uns Interacciones de apareamiento de bases poco habitual. Aquf, una base Interaccionaa través de enlaces de hhidrégeno con otras dos: algunas de estas “triples bases” colaboran para ‘mantener plegada esta molécula de ERNA, de lasLTRANSCRIPCION. “SrRADUC wy ©) moléculas de tRNA para afadir aminodcidos al extremo por el que lipeptidica esta creciendo (Figura 3-20). Cuando un ribosoma llega al final del mensaje, tanto 61 como el extremo carboxilo terminal de la proteina recién sinte- tizada se liberan del extremo 3’ de la molécula de mRNA y quedan libres en el ci toplasma, os ribosomas actiian con una eficiencia notable: en 1 segundo, un solo ri- bosoma bacteriano aftade aproximadamente unos idos a una cadena polipeptidica en formacién. En el Capftulo 6 se ofrecen mas detalles sobre la es. tructura de los ribosomas y sobre el mecanismo de la sintesis proteica. cadena po: Algunas moléculas de RNA actiian como catalizadores"* Tradicionalmente se ha considerado que las moléculas de RNA son simples cade. nas de nuclestidos, con una quimica relativamente poco interesante, En 1981, esta concepcién quedé destrozada por el descubrimiento de una molécula de RNA con actividad catalitica, con un tipo de reactividad quimica tan sofisticada como la que los bioquimicos habfan asociado exclusivamente a las proteinas, Las moléculas de RNA ribosdmico de los protoz00s ciliados Tetrahymena se sinteti zan inicialmente como un largo precursor, a partir del cual se sintetiza uno de los FRNA por una reacci6n de corte y empalme (splicing) del RNA. La sorpresa surgié ante el descubrimiento de que esta reaccién de corte y empalme podfa desarro- llarse in vitro en ausencia de proteinas. Por consiguiente, se demostr6 que la se- ‘cuencia intron presenta una actividad catalitica, semejante a la de una enzima que llevaa cabo la reaccién de dos etapas que se ilustra en la Figura 3-21. A conti: nnuacién, se sintetizé en un tubo de ensayo Ia secuencia de 400 nuclestidos de nea mam oxtroma 3 op Inet Acidos nucleicos TeRUCGCUR targedo con un ‘minoseido Figura 3-19 Flujo de informacién: la sintesis proteica. (A) Los nucleotidos dela molécula de mRNA se unen formando una copia complementaria den segmento de una hebra de DNA, () Luego, estos nuclestidos, en grupos de-tres, se unen a conjuntos. complementarios de tres nuclestidas de la regim antioodin de determinadas moléculas de tRNA. En el otro extremo ‘de cada tipo de las moléculas de RNA, lun aminofcido deverminado se antiene unido a través de un enlace de alta energla,y cuando se produce el apareamiento, este aminoscido es afjadido al extremo en crecimiento dela ‘cadena proteica, Ast, la traduecién dela secuencia de nuclestidos del mRNA una sectencia de aminoscidos depende del aparamiento de bases ‘complementarias entre un codén del mRNA y el anticodén correspondiente del RNA. Por consiguiente, la base molecular dea transferencia de informacién en la traduccion es muy similar a dela replicacién yala dela transeripcién del DNA, Nétese que tanto lasintesis como la traduccion del mRNA se inician en el extremo 5! Sintesis de una proteina por ribosomas unidos a una moléeula demRNA. Los ribosomas 96 unen a una seftal de iniciacién que se halla cercana al extremo 5’ de la molécula de mRNA y Juego se desplazan hacia e extremo 3) sintetizando la proteina a medida que anzan. A menudo varios ribosomas se His = hisiaina N= Asn = aopsrogina -E = Thr = woonina Asp Sedo aspareco [Y= lle [Glu = Sedo glatsmiso IK = tye = = Gin = giutamina = Tro = wiptotano he = fnistsnina A= Lew = leveina R= Arg = Srginna” = Tyr = trosine prota 2 Val = vaina actuales, tienen secuencias de aminodcidos similares. Se ha crefdo que estas fa- milias de proteinas evolucionaron a partir de un gen ancestral tinico que duran- te el transcurso de la evolucién se duplicé dando lugar a otros genes en los que sgadualmente se fueron acumulando diferentes mutaciones, generéndose ast pproteinas con funciones nuevas. Consideremos la familia de las enzimas que degradan proteinas (enzimas proteoliticas) denominadas serina proteasas, que incluye a las enzimas digesti- vas quimotripsina, tripsina y elastasa y algunas de las proteasas de la cascada, ‘enzimatica de la coagulacién de la sangre y de la fijacién del complemento. Al comparar dos de estas proteinas se observa que alrededor de un 40% de las posi- ciones de sus secuencias estén ocupadas por el mismo aminodcido (véase Figu- ra 3-38), La semejanza de sus conformaciones tridimensionales, determinadas mediante cristalografia de rayos X, es atin més notable: la mayor parte de los. complicados giros y vueltas de sus cadenas polipeptidicas, de varios cientos de aminodcidos, son idénticos (Figura 3-39). Fl caso de las serina proteasas se repite en centenares de otros casos de fa- milias proteicas. En muchos casos, la secuencias de aminodcidos han divergido mucho mds que en el caso de las serina proteasas, de forma que no podemos es- tar seguros de la relacién familiar entre dos proteinas sin determinar sus estruc- turas tridimensionales. Por ejemplo, las proteinas a2 de levadura y la proteina ‘QUIMOTRIPSINA ° 126 Capitulo 3 : Macromoléculas: estructura, forma e informacion ‘Figura 3-88 (A) Comparacién de las ‘secuencias de aminosieldos de dos ‘miembros de a familia de enzimas ‘serina proteasas. Se muestran las zonas carboxiloterminales (aminoacids 149 245) de las dos protefnas. Los aminodcidos idénticos se presentan conectados por barras de colory se destaca elresiduo de serina dol lugar activo de la enzima (posicion_ 195). En las secciones de la cadena polipeptidica encerradas en cajas ‘amarillas, cada aminodcide ocupa una, posicién espacial altamente ‘equivalente en la estructura ‘tridimensional dels dos enzimas (véase Figura 3-39). (B) Los cddigos esténdar de una letra y de tes letras que se uilizan para designar los aminodcidos. (Modificado de J. Greer, Proc. Natl. Acad. Sc, USA 77: 3993- ‘3397, 1800.) Figura 3-39 Comparacion entre las ‘conformaciones de as dos serina proteasas presentadas en Ia Figura 3-38. La elastasa se presenta en (A) ya ‘quimotripsina en (B). Apesarde que ambas proteinas solamente tienen. ‘guales los aminodcidos que se sefialan fen verde, sus conformaciones son muy similares. El lugar activo, seialado con ‘un citculo roo, presenta un residuo activo de serina (véase Figura 3-57). La ‘quimotripsina presenta mas de dos extremos de cadienas polipeptidicas ya que se forma por Ia rotura proteolitica del quimoteipsinégeno, un precursor {nactivo,w ° neice 2 2 hog 2 ies cc} Ione . Sheer i vo RPL) SEBURW ERR EMES Drosophite, angrelada de Drosophila son dos proteinas reguladoras de genes de la fami homeodominio. Solo son iguales en 17 de sus 60 residuos de aminodcidos, de forma que sélo resulta evidente Ia relacién que existe entre ambas cuando se ‘comparan sus estructuras tridimensionales (Figura 3-40) ‘A menudo, los diferentes miembros de una gran familia de proteinas tienen funciones bastantes diferentes. Algunos de los cambios de aminodcidos que di- ferencian estas enzimas fueron seleccionados en el transcurso de la evolucién probablemente porque daban lugar a cambios en la especificidad del substrato y en las propiedades reguladoras, confiriéndoles las distintas funciones que pre~ sentan en la actualidad. Otros cambios de aminodcidos parecen ser “neutros”, no teniendo efectos ni beneficiosos ni perjudicales sobre la estructura y la fun- cidn bésicas de una protefna. Puesto que la mutacin es un proceso aleatorio, también debieron producirse muchos cambios perjudiciales que alteraron la es- tructura tridimensional de estas proteinas lo suficiente como que resultaran {nactivas, Estas proteinas inactivas debieron perderse en cuanto los organismos individuales que las producian se encontraron en una situacidn de desventaja y fueron eliminados por la seleccién natural. Por consiguiente no debe sorpren~ demos que las c¢lulas contengan grupos enteros de cadlenas polipeptidicas afi- nes que tienen ancestros comunes pero funciones diferentes. Las nuevas protefnas pueden desarrollarse por recombinacién de dominios polipeptidicos preexistentes* ‘Cuando una célula ha producido un cierto ntimero de superficies proteicas esta~ bles, se pueden generar nuevas superficies con diferentes propiedades de unién, ‘mediante la combinacién de dos 0 més proteinas a través de interacciones no covalentes, produciendo un complejo proteico. Este proceso de unién de protef- nas globulares que genera agregados proteicos mayores y funcionales es habi- tual en las células. Muchos complejos proteicos tienen pesos moleculares de ‘més de un milldn de daltons, a pesar de que un una cadena polipeptidica tipica tiene un peso molecular de alrededor de 40 000 daltons (entre 300 y 400 amino- Acidos) y de que un niimero relativamente reducido de cadenas alcanza un ta~ ‘majo tres veces superior a ést. Un camino alternativo de generar una nueva proteina a partir de cadenas preexistentes consiste en unir las secuencias de DNA correspondientes, produ- ciéndose un gen que codifica una larga cadena polipeptidica tinica. Se cree que Estructura de las proteinas Figura 3-40 Comparacién de homodominios de unién al DNA de dos organismos separados por mis de ‘mil millones de afios de evolucién, (A) Estructura esquemética. (B) Localizacion de las posiciones de los carbonos a, Las estructuras tridimensionales mostradas fueron determinadas por cristalografia de rayosX de la proteina 2 dela levadura (verde) y de a protetna angrelada de Drosophila (rojo). (C) Comparacién de las secuencias de aminodcidos dela regidn de las protefnas mostradas en (Al y (B). Los puntos naranja sefalan la posicién de un inserto de tres aminodcidos dela proteina a2. (Adaptado de C. Wolberger etal, Cell 67; 517-528, 1981.) 127