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PRIMER PARCIAL IBMC del 23 de mayo de 2015

RESPUESTAS ESPERADAS
ATENCIN: Aqu se encuentran las respuestas esperadas del primer parcial de IBMC
2015 para que les sirvan de gua para comprender las posibles correcciones que reciban.
Por supuesto son slo orientativas y puede haber otras respuestas compatibles con el
enunciado y que, debidamente justificadas, tambin fueron consideradas correctas.
Problema 1:
1) (5 puntos) Los polos positivos deben ubicarse en la parte inferior de cada uno de los 3
esquemas y los polos negativos en la parte superior de los mismos. En el Southern y
Northern, los cidos nucleicos migran hacia el polo positivo debido a su carga negativa,
que es aportada por los grupos fosfato. En el Western, todas las protenas
(independientemente de su carga original) adquieren carga negativa al ser tratadas con SDS
y por lo tanto migran hacia el polo positivo.
2) (6 puntos) Para el gen endgeno el molde es la hebra Crick. Para el transgn la
hebra Watson. Esto es as dado que la elongacin llevada a cabo por la DNA pol es de 5
a 3 y el concepto de antiparalelismo permite explicar por qu la hebra molde es la
complementaria para el caso del transgn que se insert de manera invertida.
3) (10 puntos) La nica banda de DNA que se observa en la calle normal del Southern
tiene una longitud de 8900 pb (desde sitio EcoRI ms 5en el esquema del gen y el ltimo
sitio ECoRI 3, sin contar al transgn). En la calle con material genmico del transgn
resulta en dos bandas de 16240 pb (incluye el gen normal ms el transgn hasta el sitio
ubicado ro abajo del promotor de ste ltimo) y otra de 2640 pb (que incluye el fragmento
de DNA contenido entre los ltimos sitios ECoRI ubicados en el extremo 3` del esquema).
4) (5 puntos) Porque las clulas de todo tejido tienen el mismo material de ADN, y por lo
tanto da resultados equivalentes en un ensayo de Southern Blot que extraigamos ADN de
uno u otro tejido. En el caso de un ratn transgnico, tanto el gen endgeno como el
transgn estn en todos los tejidos del animal. Y el material transgnico est inserto en el
mismo sitio en el material gentico presente en todas las clulas del ratn en cuestin.
5) (15 puntos) Se espera que se muestren las siguientes bandas: Para el ratn normal, tanto
en cerebro como en hgado una banda de 1650 bases (b) y otra de 1170 b (dado el splicing
alternativo del E2 de TFX en ratn). Para pncreas slo la banda de 1170 b (nunca se
incluye E2). Para el ratn transgnico en cerebro e hgado el mismo resultado que en el
normal (una banda de 1650 b y otra de 1170 b.) y para el ratn transgnico en pncreas dos
bandas, la de 1170 b correspondiente a la expresin del gen endgeno que no incluye al
exn 2 y una de 1850 b correspondiente a la expresin tejido especfica del transgn. No
corresponde que la presencia del microRNA influya en el modo en que los mRNA corren.
6) (15 puntos) No deben observarse bandas en las calles correspondientes a material de
cerebro tanto en el ratn normal como en el transgnico (dado el micro RNA que inhibe la
traduccin del mRNA de TFX). Debera observarse una banda de 30 kDa y otra de 14 kDa
en las calles correspondientes a material de hgado tanto en el ratn normal como en el

transgnico. En la calle correspondiente a pncreas del ratn normal slo debe mostrarse
una banda de 14 kDa, y en la calle que corresponde a pncreas del ratn transgnico debe
observarse tanto la banda de 30 kDa como la de 14 kDa.
7) (4 puntos) Al no expresarse la ribonucleasa torpedo la transcripcin no se interrumpe
y por lo tanto RNA polimerasas recorriendo el ADN en direcciones opuestas chocan al no
terminarse la transcripcin.
Problema 2:
1) (20 puntos)
tipo de
DNA Pol
Coli
Klenow
Taq
Pfu

primer A
SI 80
SI 80
NO
NO

37 C
primer B
SI 81*
SI 81
NO
NO

primer C
SI 90 *
NO *
NO
NO

primer A
NO
NO
SI 80
SI 80

72 C
primer B
NO
NO
NO *
SI 81

primer C
NO
NO
SI 90
SI 90

Pol entera de coli a 37 caso B: la actividad correctora quita el ltimo nt desapareado y


extiende (gracias a su actividad polimerasa) 81 nt hasta que llega al fin del molde.
Taq Pol a 72 caso B: no puede quitar el ltimo nt desapareado (no tiene actividad
correctora) y por lo tanto no puede extender a partir del primer.
Pol entera de coli a 37 caso C y Klenow a 37 caso C: la actividad Pol 5---3 de la enzima
completa de coli degrada la hebra cuyo extremo OH 5 libre forma parte de un nick (a la
derecha en el dibujo, la ms larga en este caso) y la reemplaza por nuevo DNA. Son 90 nt
porque es 100 nt (largo total del molde) 10 nt (largo del oligo de la izquierda, que no
degrada y reemplaza, pero que esa enzima aprovecha como primer a partir de su extremo
3. En cambio, Klenow no puede hacer nick translation porque no tiene actividad
exonucleasa 5---3
2) (4 puntos) No habra sntesis de DNA porque las enzimas que se usaron son polimerasas
DNA-dependientes. El cambio adicional que habra que introducir sera usar una DNA
polimerasa RNA-dependiente, es decir una trancriptasa reversa.
3) (4 puntos) No, porque en la mezcla de reaccin no hay ninguno de los cuatro rNTPS,
sino dNTPs.
4) (5 puntos) No, porque el transcripto resultante (que comenzara con una U,
inmediatamente 3 a la delecin) no podra ser traducido, dado que los ribosomas no
tendran dnde engancharse para comenzar la traduccin.
5) (5 puntos) Seguramente se debe a que la Pfu Pol forma (1 o 2) puentes S-S intracatenarios, que impiden su total desplegamiento con SDS. Un pre-tratamiento con MSH

rompera esos puentes, de manera que con SDS se desplegara igual que Taq Pol y
correran juntas (Taq pol no se vera afectada por el pre-tratamiento).
6) (2 puntos) Se usan en PCR debido a que resisten las altas temperaturas (aprox
90C) de la etapa de desnaturalizacin de los dplex largos en cada ciclo de la
reaccin.