Carrera de Ingeniera en Biotecnologa

Departamento de Ciencias de la Vida

Virologa

NRC:1378
Jos Hernndez

26/ 05/2015
Como los viruses de ARN mantienen la integridad de su genoma

Resumen:
Los genomas de ARN son vulnerables al dao debido a un amplio rango de actividades entre las
cuales se puede incluir una mala replicacin, errores en la replicasa, dao por factores ambientales,
ataque de nucleasas y otras enzimas que pueden modificar el ARN y comprometer la respuesta
celular innata. Estos daos afectan inevitablemente al genoma como consecuencia los viruses de
ARN han desarrollado una variedad de mecanismos para proteger la integridad de su genoma.
La replicacin del genoma viral se da gracias a un complejo dependiente de ARN denominado RdRp,
este es susceptible a errores por lo que los virus de ARN pueden estar sujetos a catastrficas
alteraciones, adems de que algunos virus no segmentados de ARN negativo pueden ser
susceptibles a inserciones en la regin codificante. Los genomas de Virales pueden verse afectados
fsica o qumicamente por factores ambientales.
Los errores en la polimerasa pueden llevar a la generacin de plantillas no viables en las que un
error catastrfico se describe como la generacin tantas plantillas no viables que hacen que la
poblacin viral se vuelva insostenible y se cree que muchas RdRp operan en este margen de error.
Recientes hallazgos sugieren que los corononaviruses pueden tener un mecanismo que promueve
la fidelidad, esto gracias a la protena nsp14 que es anloga a los motifs de sito activo de enzimas
exonucleasas celulares. Esta protena funciona como una prueba de verificacin ya que los virus
mutantes que tienen una protena nsp14 defectuosa son ms propensos a errores que aquellos virus
silvestres. Esta evidencia sugiere que la nsp14 acta como una exonucleasa para remover y reparar
nucletidos mal incorporados lo que cual mantiene la integridad de los largos genomas de
coronaviruses.
Algunos virus segmentados de ARN negativo poseen una secuencia especializada que permite a la
RdRp aadir nucletidos al azar durante la transcripcin del ARNm lo cual resulta en la generacin
de distintos transcritos de los mismo genes lo que permite la expresin de mutiples polipptidos.
Interesantemente muchos viruses, poseen un requerimiento en su genoma conocido como la regla
de seis en el que el largo de su genoma debe ser divisible para seis. Esta regla refleja la
estequiometria de los nucletidos de ARN con la protena N. Se propuso un modelo basados en
estas observaciones, el modelos de Kolakofsky propone a la regla de seis como un mecanismo no
cataltico de escaneo para eliminar genomas que contienen inserciones al azar y as mantener su
integridad.
Los genomas virales susceptibles a modificaciones qumicas como la alquilacin poseen un
mecanismo en el que la protena AlkB, puede reparar daos en el ARN a travs de des metilacin
oxidativa. Sorprendentemente la evidencia sugiere que esta capacidad puede haber sido adquirida
recientemente y est presente en virus que se encuentran expuestos a pesticidas o en plantas
perennes.

La recombinacin de virus de ARN, es una propiedad de los viruses de ARN positivo y negativo,
adems de ser una fuente de diversidad en las secuencias, la recombinacin es un mecanismo que
permite la reparacin del genoma, el bacterifago MS2 posee una estructura secundaria que
desarrolla un importante papel en la produccin de protenas de cubierta, este mecanismo adems
de reparar genomas truncos acta como una potente fuente de variacin en la secuencia.
Entre los mecanismos para proteger y restaurar el genoma a termini se pude evadir la actividad de
nucleasas a travs de un extremo con poly (A) o ms protenas a temini, a dems muchos genomas
vricos han demostrado que al replicarse en compartimentos membranosos ofrecen una proteccin
extra contra nucleasas.
Se pueden dar reparaciones en el procesos de iniciacin aunque no se ha esclarecido
completamente este mecanismo se dice que permite reparar pequeas deleciones. Otro mtodo es
el uso de transcritos abortivos, estos se producen debido a fallas en el ingreso de RdRp a la fase de
elongacin, producindose pequeos oligonucletidos abortivos. La evidencia sugiere que la
produccin de estos transcritos abortivos es una manera til de superar el problema de las
deleciones terminales.
El mecanismo de la transferasa terminal y la cola de poly A, no ha sido elucidado completamente y
propone una pregunta, porque la actividad de la transferasa terminal puede ser especfica para un
sustrato con NTPs ; algunos genomas vricos que se repara por la va de la poly(A) adquieren nuevas
secuencias ricas en Uracilo, este mecanismo permanece indeterminado pero se sugiere que podra
envolver a una actividad vrica medida por una transferasa terminal, un candidato para las
inserciones de secuencias ricas en U, es la maquinaria celular de ARN en decadencia ya que se han
identificado relaciones entre los complejos de replicacin de algunos virus de plantas y animales
con los sitios citoplasmticos donde se procesa el ARN como los cuerpos de procesamiento o
grnulos de estrs. Una posible explicacin a este fenmeno es que un ARN viral truncado carente
de una cola de poly (A) se vuelve rico en poly (U) para marcarse para la degradacin lo que le
confiere estabilidad al genoma vrico.
Muchos estudios demuestran que existen un amplio rango de mecanismos que le permiten a los
virus mantener la integridad y la reparacin de su ARN, los estudios demuestran que RdRp son lo
suficientemente flexibles para acomodarse a diferentes maneras de iniciacin o de elongacin
permitiendo la reparacin terminal, la actividad de la transferasa y la recombinacin, si el genoma
a termini est intacto y todos las secuencias promotoras y accesorias que se requieren para la
replicacin estn presentes el RdRp iniciara una adecuada replicacin, pero si las secuencias
terminales no se encuentran, el complejo de la replicasa no ser capaz de ensamblar correctamente
liberando a RdRp para que realiza acciones anormales como la polimerizacin fuera del molde o la
actividad de transferasa terminal. Una vez que se ha reparado el genoma el RdRp regresa a su
funcin normal. Muchos de los viruses que no poseen defensas pasivas para proteger sus genomas
tienen replicasas que se acomodan a mecanismos diferentes de iniciacin para facilitar su
reparacin a termini. La evidencia sugiere tambin que la formacin de genomas truncos
obstaculizan la cintica de replicacin mientras permiten ayudan a algunos virus a volverse
persistentes lo que en ltimos casos pueden permitir su propagacin en la poblacin hospedera.
Por lo que la capacidad de reparacin del genoma vrico puede ser un factor importante en su
patogenicidad.

Bibliografa
Barr J. & Fearns R., (2010), How RNA viruses maintain their genome integrity, Journal of General
Virology, Review, DOI: 10.1099/vir.0.0208 18-0, Pp: 1373-1384 .