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2014 Volumen 6, No 11.

Revista Cientfica de la Universidad Autnoma de Coahuila

Mtodos y Usos de la Qumica Computacional


Computational Chemistry Methods and its Applications
Alberto Valles-Snchez, *Lucero Rosales-Marines, Lilia Eugenia Serrato-Villegas y Lorena FarasCepeda
Maestra en Ciencia y Tecnologa Qumica. Facultad de Ciencias Qumicas. Universidad Autnoma de Coahuila. Blvd. Venustiano Carranza,
25280. Saltillo, Coahuila, Mxico.
Correo electrnico: lucero_rosales@uadec.edu.mx

Resumen
La qumica computacional es todo aquel aspecto de la qumica el cual es explicado mediante el uso de un ordenador y un software.
Principalmente, se puede decir que es la evolucin de la qumica terica ya que su principal uso se centra en la aplicacin de los
mtodos de clculo para resolver ecuaciones y calcular propiedades a nivel molecular. Dado que la qumica computacional es til
en la comprensin de sistemas qumicos, es utilizada como herramienta de aprendizaje y de respaldo en investigaciones
experimentales. sta comprende dos grandes mtodos, la mecnica molecular y la mecnica cuntica, siendo sta ltima de
reciente uso en la qumica computacional (dcada de los setentas) al ser incluida en los modelos tericos y basada en la ecuacin
de Erwin Schrdinger. De la qumica computacional se puede obtener la informacin molecular necesaria para describir un
sistema, dado que es utilizada para conocer estados intermediarios de reaccin, ngulos de enlace, propiedades electrnicas de la
molcula, etc. En la actualidad existen programas especficos para realizar clculos de qumica computacional, los cuales difieren
en el mtodo de clculo, as como en la exactitud y recursos computacionales necesarios.
Palabras clave: Qumica computacional, mecnica molecular, mecnica cuntica, diseo molecular.

Abstract
Computational chemistry is any aspect of chemistry that is explained by a computer and a software. Mainly, we can say it is the
evolution of theoretical chemistry because its main use is focused on the application of theoretical methods to solve equations and
calculate molecular level properties. Since computational chemistry is useful in understanding chemical systems, it is used as a
learning and support tool for experimental research. This includes two main methods, molecular mechanics and quantum
mechanics. From the computational chemistry calculations, molecular properties of the system such as, reaction intermediate state,
bond angles or electronic properties of the molecule can be obtained. Currently, there are specific computational chemistry
software that allow make calculations, these programs differ in the method of calculus, precision and computational resources.
Keywords: Computational chemistry, molecular mechanics, quantum mechanics, molecular design.

INTRODUCCIN
La qumica computacional nace con la necesidad de
comprender aspectos importantes que no se pueden resolver
de forma prctica, como lo es conocer estados intermediarios
en reacciones que se efectan rpidamente, conocer el
comportamiento de un material a temperaturas muy altas que
son muy difciles de alcanzar en un laboratorio, o
simplemente calcular propiedades en sistemas de alto costo.
Tomando en cuenta estos aspectos, la qumica
computacional es una aplicacin de las nuevas tecnologas
electrnicas y las matemticas para comprender un sistema y

es utilizada, por estudiantes y profesionistas en reas afines,


como mtodo de estudio y aprendizaje debido a que es parte
de los materiales educativos computacionales en donde se
aprovechan los recursos tecnolgicos para la comprensin de
la qumica (Cataldi y col. 2009).
Anteriormente, la qumica terica explicaba fenmenos
qumicos mediante la fsica clsica, sin embargo, su
investigacin y su desarrollo fue innovndose hasta incluir
en ella la fsica cuntica, la cual se basa en las ecuaciones de
Erwin Schrdinger, incluyendo clculos y matemticas
avanzadas que requeran el uso de herramientas para su
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resolucin. Pero fue hasta inicios de los aos setentas cuando
los modelos cunticos fueros utilizados para resolver y
calcular propiedades moleculares (Cuevas y col. 2003).
La qumica computacional es una disciplina relativamente
joven, dando que antes de que las computadoras fueran de
acceso general, los clculos tericos eran resueltos por
aproximaciones analticas los cuales carecan de precisin
para ser predicciones fiables. Fue hasta inicios de 1960
cuando las computadoras estuvieron disponibles para la
comunidad cientfica (Schuster y col). Gracias al aumento y
desarrollo de tecnologa en el rea informtica, la qumica
terica ha evolucionado a un aspecto computacional, de ah
el nombre de qumica computacional, que trata de resolver
los problemas clsicos de la qumica terica, asi como los
problemas que surgen con los avances de la misma, mediante
el uso de un ordenador y un software.
El papel jugado por la qumica computacional ha sido
referenciado desde la concesin del premio Nobel de
Qumica a Rudolph A. Marcus en 1992 y a Walter Kohn y
John A. Pople en 1998 (Borondo 2007). Rudolph A. Marcus
obtuvo el premio nobel por su trabajo Electron transfer
reactions in chemistry. Theory an experiment en 1992,
dando un gran paso en el avance de lo que es hoy la qumica
computacional (Marcus 1993). Walter Kohn junto con Jhon
Pople obtuvieron el premio nobel por su trabajo
Development of the density functional theory (DFT) el
cual revolucion los mtodos cunticos de la qumica
computacional (Kohn 1999). Los resultados obtenidos
mediante qumica computacional la han llevado a usarse no
solo en los aspectos bsicos de la qumica terica, sino
tambin en campos como la farmacologa, biologa
molecular, y qumica orgnica e inorgnica, por mencionar
algunos. El ltimo premio nobel que se obtuvo por trabajos
de qumica computacional reafirma la importancia de esta
rea de las ciencias. ste fue otorgado en el 2013, a los
investigadores Martin Karplus, Michael Levitt y Arieh
Warshel por el desarrollo de modelos computacionales para
la descripcin de sistemas qumicos complejos
(Development of Multiscale Models for Complex Chemical
Systems), quienes combinaron adecuadamente las teoras
clsicas y cunticas de la fsica y qumica para dicha
investigacin (Garca 2013).
GENERALIDADES DE LA QUMICA
COMPUTACIONAL
La qumica computacional es una parte de la ciencia que
comprende las reas de qumica, biologa y fsica unidas a la
computacin, la cual permite la investigacin de tomos,
molculas y macromolculas mediante un sistema de
ordenadores. Este tipo de anlisis generalmente se llevan a
cabo cuando la investigacin de laboratorio es inapropiada,
impracticable o imposible, debido a las condiciones extremas
de dichos experimentos (altas temperaturas, condiciones de

vaco, etc.), o bien a los altos costo que se generan. En


trminos generales, se puede decir que es una disciplina que
comprende todos aquellos aspectos de la investigacin en
qumica que se benefician con la aplicacin de las
computadoras (Cuevas y col. 2003). Esta disciplina incluye
aspectos como, el modelado molecular, mtodos
computacionales, diseo molecular asistido por ordenador,
las bases de datos qumicas, el diseo de sntesis orgnica, la
bsqueda de datos en bases qumicas o control de equipo
para anlisis qumico (Surez 2012).
El objetivo principal de la qumica computacional es
predecir todo tipo de propiedades moleculares de sistemas
qumicos utilizando la fisicoqumica, la fsica molecular y la
fsica cuntica, y emplea una gran variedad de tcnicas
tericas en constante desarrollo. Muchas herramientas de la
qumica computacional pueden ser aplicadas por todo tipo de
cientficos, no solo por especialistas en el rea. Para poder
aplicarla es necesario contar con conocimientos bsicos de
los fundamentos de los mtodos terico, capacidad de
anlisis crtico de los resultados, habilidad en manejo de
software y acceso a recursos de hardware optimizados para
el clculo (Sax 2008).
MTODOS COMPUTACIONALES
Como ya se mencion anteriormente la qumica
computacional abarca un amplio rango de mtodos
matemticos que pueden dividirse en dos grandes categoras:

Mecnica Molecular: Aplica las leyes de la fsica


clsica al ncleo molecular sin considerar
explcitamente a los electrones.
Mecnica cuntica: Se basa en la ecuacin de
Shrdinger para describir una molcula con un
tratamiento directo de la estructura electrnica y
que se subdivide a su vez en dos clases segn el
tratamiento realizado, mtodos semiempricos y
mtodos de ab initio (desde el principio).

Los mtodos computacionales estn basados en el clculo de


las Superficies de Energas Potenciales, las cuales se
describen cmo las fuerzas de interaccin entre sus tomos,
y es as como los mtodos computacionales difieren en la
manera de calcularla (Levine 2001).
Mecnica molecular
Este mtodo se basa en el modelado matemtico de una
molcula compuesta por tomos que se mantienen unidos
por enlaces. Utiliza los parmetros de fuerza de tensin y
flexin de enlace, lo cual permite interacciones entre los
tomos no enlazados. El mtodo construye una expresin de
la energa potencial que es la unin de las posiciones
atmicas. Las funciones de energa potencial y los
parmetros usados para su evaluacin se conocen como
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campo de fuerza. Los mtodos de la mecnica molecular
se basan en los siguientes principios:

El ncleo y los electrones de un tomo estn juntos,


es decir, se trata como una partcula nica.
Las partculas son tratadas como si fueran esferas.
Los enlaces entre partculas se comportan como
osciladores armnicos.
Las interacciones no enlazantes entre partculas se
tratan utilizando la mecnica clsica.
Se utilizan funciones de potencial individuales para
describir las diferentes interacciones.
Las funciones de energa potencial se relacionan
con parmetros derivados empricamente que
describen las interacciones entre los tomos.
La suma de todas las interacciones determina la
distribucin espacial de un conjunto de tomos.
Las energas obtenidas en la mecnica molecular no
son cantidades absolutas sino que slo se pueden
utilizar para comparar energas estricas relativas
entre dos o ms conformaciones de la misma
molcula.

(Leach A. 2001, Young D. 2001)


Mecnica cuntica
Los mtodos de la mecnica cuntica describen las
molculas en trminos de interacciones explcitas entre
ncleos y electrones y se basan en los siguientes principios.

Los ncleos y los electrones se distinguen unos de


otros.
Las interacciones electrn-electrn y electrnncleo son explcitas.
Dichas interacciones estn dirigidas por el
movimiento y las cargas de los electrones.
Las interacciones determinan la distribucin
espacial del ncleo, los electrones y sus energas.
Los mtodos de la mecnica cuntica resuelven
mediante aproximaciones la ecuacin de onda de
Shrdinger.
Las distintas soluciones describen un conjunto de
posibles estados para un electrn.
La funcin de probabilidad normalizada indica la
probabilidad de encontrar un electrn en ese estado.
El propsito de la mecnica cuntica en una
molcula con muchos electrones y ncleos es
describir sus orbitales y energas de manera anloga
a la ecuacin de Shrdinger.

(Leach A. 2001, Young D. 2001)


Dentro de los mtodos de clculo de mecnica cuntica se
han citado dos principales, los semiempricos y los ab initio,

y ahora tambin se incluir en ellos el mtodo de la teora del


funcional de la densidad (DFT), que es un mtodo qumico
cuntico. Los tres mtodos anteriormente mencionados junto
al mtodo de mecnica molecular son los ms utilizados en
la qumica computacional y existen muchas derivaciones,
correcciones, colaboraciones y mejoras de ellos, pero el
principio es el mismo. Los mtodos de ab initio resuelven de
modo aproximado la ecuacin de Shrdinger para obtener la
energa y funcin de onda electrnica del sistema de inters,
se denominan desde el principio porque slo utilizan
informacin de las constantes fsicas fundamentales. Los
mtodos semiempricos emplean parmetros cuyos valores
se ajustan para concordar con los datos experimentales de
clculos ab initio; el mtodo del funcional de la densidad no
intenta calcular la funcin de onda molecular como los dos
mtodos anteriores sino que calcula la densidad de
probabilidad electrnica molecular y la energa electrnica
molecular a partir de ella. La ventaja de este mtodo es que
si se exporta bien el funcional de densidad al sistema a
resolver es muy eficiente y ms rpido que los mtodos ab
initio. Por ltimo, los mtodos de mecnica molecular no
calculan una funcin de onda molecular sino que visualizan
las molculas como un conjunto de tomos que se mantienen
unidos por enlaces y expresa la energa molecular en
trminos de constantes de fuerzas de flexin y tensin de
enlace (Leach A. 2001, Levine 2001, Ramachandran K y col
2008, Young D. 2001). Una comparacin entre los cuatro
mtodos puede observarse en la tabla 1.
Es importante aclarar que no existe un mejor mtodo, todo
depender del sistema a analizar, del tipo de recursos del
ordenador o equipos disponibles, y de la exactitud que se
requiera, por lo cual cada mtodo tiene sus ventajas y
desventajas como se puede observar en la tabla 1. Algunos
de los factores ms importantes a la hora de elegir un mtodo
de clculo son la naturaleza de la molcula, la informacin
necesaria y parmetros conocidos de la molcula, as como
el tamao del modelo, ya que los mtodos estn clasificados
por la cantidad de tomos a utilizar en el clculo.
USOS DE LA QUIMICA COMPUTACIONAL
Como ya se mencion, el principal uso de la qumica
computacional es poder comprender la qumica en sistemas
de difcil estudio. Su desarrollo ha logrado que numerosas
investigaciones tengan el respaldo matemtico o modelado
del sistema lo que lleva a poder explicarlo de una forma ms
precisa.
El uso de la qumica computacional no hace que se desligue
la parte prctica de la qumica, debido a que la forma de
comprobar que los modelos son los adecuados o que las
propiedades calculadas son cercanas o correctas a las
propiedades reales es el trabajo experimental. Esto quiere
decir que sin el trabajo de laboratorio la qumica
computacional no existira.
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Tabla 1. Comparacin de los mtodos de clculo ms utilizados en qumica computacional.
Mtodo

Fundamento

Mecnica
molecular

Potenciales de
fsica clsica.

interaccin,

Rango de
Ventajas
aplicacin
Se requiere poca potencia del
1-105
ordenador Gran rapidez, muy
tomos
eficientes
en
fases
condensadas.
Exactitud
y
precisin
1-102
controlable,
no
requiere
tomos
parmetros experimentales
1-103
Ms rpido que ab initio pero
tomos
aplicacin limitada

Ecuacin de Shrdinger y
funcin de onda, utiliza
matemticas rigurosas.
Teorema de Kohn Sham y
DFT
densidad electrnica
Ecuacin de Shrdinger y
funcin de onda o Teorema de
1-104
Semiempricos Kohn Sham y densidad
tomos
electrnica (utilizando forma
de ajuste)
Fuente: Surez D. 2012
Ab initio

Gran rapidez, fcil de usar,


bastante fiable en molculas
orgnicas,
utiliza
aproximaciones

Desventajas
Aplicacin delimitada por el
potencial del clculo seleccionado,
requiere datos experimentales.
Lentos,
los
mtodos
ms
avanzados son muy complicados
de usar
Exceso de mtodos, No hay pautas
para mejorar los resultados
Errores no sistemticos. Escasa
fiabilidad en molculas con
metales y especies inestables,
requiere datos experimentales.

Tabla 2. Programas utilizados para qumica computacional.


Nombre del
programa

Distribuidor

Funciones del programa

Asp TM

Oxford
Molecular

Paquete del que se obtienen medidas cuantitativas de similaridad entre dos molculas
basndose en una serie de propiedades fsicas. Disea frmacos mediante comparacin de
propiedades.

Hardvard
University
Columbia
DelPhi
University
Daresbury
DL POLY
Laboratory
University
of
Fantom
Texas
Gaussian
Gaussian, Inc.
University
of
GETAREA
Texas
University
of
Gromacs
Groningen
CAOS/CAMM
MOLDEN
Center
the
Netherlands
University
of
MOLPRO
Birmingham
Beckman
NAMD
Institute
Wavefunction,
Spartan
Inc.
Fuente http://www.science.oas.org
CHARMM

Mecnica y dinmica molecular para macromolculas.


Soluciona la ecuacin de Poisson-Boltxmann. Calcula energas de enlace de frmacos
potenciales para su optimizacin.
Paquete de simulacin de dinmica molecular paralelo para sistemas inicos y
macromolculas.
Calcula conformaciones de polipptidos y protenas de baja energa con experimentos de
RMN. Modelado molecular.
Paquete de programas ab initio para clculos de estructura electrnica molecular
Calcula el rea superficial accesible en solventes y la energa de solvatacin atmica para
macromolculas.
Dinmica molecular en Paralelo para protenas, lpidos y cidos nucleicos
Es un programa que despliega densidades moleculares calculadas desde paquetes Ab Initio
como GAMMES-UK, GAMME-US, y GAUSSIAN, adems de paquetes semi-empricos
como Mopac/Ampac.
Paquete de programas ab initio para clculos de estructura electrnica molecular
Dinmica molecular de sistemas biolgicos
Modelado molecular: ab initio HF y MP2, funcionales de la densidad, semiempricos

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Para el uso de la qumica computacional es necesario utilizar
software que tenga incluidos los mtodos de clculo.
Algunos software de qumica computacional se mencionan
en la tala 2 y todos se encuentran disponible para
plataformas UNIX. En ella se observa que existen una gran
variedad de programas especializados, lo que difiere en ellos
son el mtodo y objetivo a calcular. La eficiencia de cada
programa est dada por la eleccin correcta del mtodo con
el cual se analizar el sistema. Con la creacin de las
aplicaciones web, actualmente muchos software de qumica
computacional operan en lnea lo que permite no tener que
almacenar datos localmente, reduciendo de esta forma la
necesidad de instalacin y administracin local. Por lo tanto
en la qumica computacional la disposicin de datos de
entrada, clculos, representacin grfica e interpretacin de
datos puede realizarse en un servidor (Entzian y col 2009).

Un procedimiento general utilizado en la qumica


computacional se muestra en la Figura 1 (Cjuno y col 2003).

La implementacin y aplicacin de la qumica


computacional nos permite investigar mltiples propiedades
y comportamientos moleculares como los siguientes (Lewars
2011):

La geometra molecular en un sentido amplio,


adems de distancias y ngulos de enlace, es posible
caracterizar la forma y tamaos relativos de todo
tipo de molculas y macromolculas.
La energa de todo tipo de especies qumicas,
incluyendo intermedios, estados de transicin,
estados excitados, etc. Es posible estimar
magnitudes termodinmicas tanto en fase gas como
en fases condensadas.
La reactividad qumica. La qumica computacional
dispone de herramientas sofisticadas para el clculo
de todo tipo de propiedades cinticas como
constantes de velocidad, efectos cientficos
isotpicos, secciones eficaces de reaccin, etc.
Las propiedades espectroscpicas, pero tambin
todo tipo de propiedades elctricas y magnticas de
molculas individuales.
Las propiedades fsicas de las fases condensadas.
La descripcin correcta de las interacciones
intermoleculares es un desafo que es posible
afrontar con xito con la ayuda de varios mtodos.

Figura 1. Procedimiento general de la qumica computacional

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CONCLUSIONES
La qumica computacional es la actualizacin de la qumica
terica, y es todo aquello que se calcula y se explica
mediante el uso de ordenadores y software orientados a la
qumica, por lo cual depende directamente de los avances
tecnolgicos en el rea de informtica y electrnica. En la
actualidad la qumica computacional juega un papel
importante en las reas de aprendizaje e investigacin porque
con ella se pueden analizar sistemas a condiciones extremas,
como lo son altas temperaturas o presiones de vaco, adems
permite analizar sistemas que experimentalmente generaran
un alto costo.
Existen dos grandes divisiones en los mtodos de la qumica
computacional que lo son la mecnica molecular y la
mecnica cuntica, de los cuales la diferencia son los
principios y leyes fsicas que se aplican. En general un
algoritmo de qumica computacional comprende cuatro
etapas: diseo molecular, eleccin del mtodo de clculo,
resultados y parmetros, clculo de propiedades.
De la qumica computacional se puede obtener mucha
informacin de un sistema, desde propiedades globales,
como temperaturas y energa, a particulares de cada
molcula, como ngulos de enlace o energas
conformacionales. Por lo cual representa una rama de gran
importancia en la qumica moderna y actual.
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