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11/08/2015

INTRODUCCION A LAS
CIENCIAS BIOMEDICAS
DEPARTAMENTO DE BIOQUIMICA Y BIOLOGIA MOLECULAR
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS
Dr. Jos Martnez Oyanedel, jmartine@udec.cl
LABORATORIO DE BIOFSICA MOLECULAR
1ER PISO EDIFICIO BIOLOGIA MOLECULAR

INTRODUCCCION
BIOMOLECULAS:
BIOMOLECULAS
CARBOHIDRATOS

QCA.ORGANICA

LIPIDOS

QCA.ORGANICA

ACIDOS NUCLEICOS
PROTENAS
COMO ESTAN CONSTITUIDAS?
COMO SE ORGANIZAN ?
COMO FUNCIONAN ?
COMO INTERACCIONAN ?
COMO SE REGULAN ?

11/08/2015

BIBLIOGRAFIA
BASICA

: BIOQUIMICA STRYER

AVANZADA

: BIOQUIMICA

Pagina Web

: http://docencia.cfrd.cl/~proteinas
login: proteinas
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INTRODUCCION A LAS CIENCIAS


BIOMEDICAS

ESTRUCTURA Y FUNCION DE
MACROMOLECULAS BIOLOGICAS
PROTEINAS

Dr. Jose Martinez Oyanedel, (jmartine@udec.cl)

11/08/2015

AMINOACIDOS

DISOCIACION EN AMINOACIDOS

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ECUACION DE HENDERSON HASELBALCH

HA

H+ + A-

pH = pKa + log [A-]/[HA]


Si [A] es 100%, todo esta disociado
pH = pKa + log 100/0,0001
pH = pKa + 2
Si [HA] es 100%, todo esta asociado
pH = pKa + log 0,001/100
pH = pKa 2
Si [HA] es 50% y [A] es 50%, en el punto de media equivalencia
pH = pKa

TITULACION DE AMINOACIDOS

pH = pKa + 2
pH = pKa + 2
pH = pKa
pH = pKa - 2
pH = pKa
pH = pKa + 2
pH = pKa - 2

pH = pKa
pH = pKa - 2

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DISOCIACION DE CADENAS LATERALES DE AMINOACIDOS

GRUPOS ACIDOS
CARGA NETA CERO
CARGA NETA
NEGATIVA
GRUPOS BASICOS
CARGA NETA
POSITIVA
CARGA NETA CERO

TITULACION DE AMINOACIDOS

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ACIDO ASPARTICO
pKa COOH 2.0
pKa COOH 3.6
pKa NH3+ 9.6

(+1)

(0)
HOOC-CH2-CH-COO-

HOOC-CH2-CH-COOH
NH3+

NH3+

(0)

(-1)
-OOC-CH

HOOC-CH2-CH-COO-

NH3+

NH3+

(-1)
-OOC-CH

(-2)

2-CH-COO

-OOC-CH

NH3+

pH = pKa + log [A]/[HA]

2-CH-COO

2-CH-COO

NH2

log [A]/[HA] = +2 para 100% A


-2 para 100% HA

CALCULO DEL PUNTO ISOELECTRICO


pI = es el pH al cual la molcula se encuentra elctricamente neutra,
es decir hay un balance de sus cargas positivas y negativas. La
molcula presenta carga elctrica neta ( o total) cero. No migra en
un campo elctrico y presenta su mnima solubilidad.

Donde,
m numero de protones neutralizados desde carga neta positiva a
carga neta cero.
n numero de protones neutralizados desde carga neta cero a carga
neta negativa
pKa+ pKa del grupo cuya deprotonacin lleva la molcula
desde carga neta positiva a carga neta cero.
pKa- pKa del grupo cuya deprotonacin lleva la molcula
desde carga neta cero a carga neta negativa

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pH > pI Molcula carga neta negativa


pH = pI Molcula carga neta cero
pH < pI Molcula carga neta positiva

pI
carga neta positiva

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carga neta negativa

UTILIDAD DE LA DISOCIABILIDAD DE LOS AMINOACIDOS

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ENLACE POLIPEPTIDICO

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CADENA POLIPEPTIDICA

CADENA POLIPEPTIDICA

Ala Glu Gly Lys


AEGK

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CALCULO DEL PUNTO ISOELECTRICO


pI = es el pH al cual la molcula se encuentra elctricamente neutra,
es decir hay un balance de sus cargas positivas y negativas. La
molcula presenta carga elctrica neta ( o total) cero. No migra en
un campo elctrico y presenta su mnima solubilidad.

pH > pI Molcula carga neta negativa


pH = pI Molcula carga neta cero
pH < pI Molcula carga neta positiva

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-ASP-VAL-MET-CYS-HIS-GLN-LEU-ASN-ARG-GLY

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-ASP-VAL-MET-CYS-HIS-GLN-LEU-ASN-ARG-GLY

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-ASP-VAL-MET-CYS-HIS-GLN-LEU-ASN-ARG-GLY

NH3 + -----------------------------------------------------------------------------COOH

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Los grupos que determinan la carga neta de una protena (pptido)


son:
Cadenas laterales de grupos cidos : ASP, GLU, TYR, CYS
Cadenas laterales de grupos bsicos: LYS, ARG, HIS

C-Terminal
N-Terminal

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3+ NH3+
OH
COOH COOH
SH
RH +
NH COOH

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FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COOH

COOH

SH

RH +

NH2+ COOH

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COOH

COOH

SH

RH +

NH2+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COOH

COO-

SH

RH +

NH2+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COO-

COO-

SH

RH +

NH2+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COO-

COO-

SH

NH2+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH3 + NH3 +

OH

COO-

COO-

S-

NH2+ COO-

FEN-LYS-ALA-TYR-SER-GLU-VAL-ASP-MET-CYS-LEU-HIS-GLN-ASN-ARG-GLY
NH2

NH3 +

OH

COO-

COO-

S-

NH2+ COO-

POLIPEPTIDOS
Existen pptidos con importantes actividad biolgica:
Oxitocina

(9, Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly)

Vasopresina (9, Cys-Tyr-Phe


Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg
Arg--Gly)
Bradiquinina (9, Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg)
Encefalina (5 , Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu Tyr-Gly-Gly-Phe-Met)
Factor liberador de tirotropina, TRH (3)
Glucagn (29)

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CADENA POLIPEPTIDICA

OLIGOPEPTIDO: POLIMERO DE HASTA 8-10 RESIDUOS


OLIGOPEPTIDO
POLIPEPTIDO: POLIMERO DE MAS DE 10 RESIDUOS
POLIPEPTIDO
PROTENA: POLIPEPTIDO DE MASA MOLECULAR MAYOR A 5000
PROTENA

COMPOSICION AMINOACIDICA DE ALGUNAS PROTEINAS

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CROMATOGRAFA DE INTERCAMBIO IONICO DE AMINOACIDOS

Hidrlisis qumica:
Protena + HCl 6M, 100 C, 24 hs Aminocidos

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ANALISIS DE SECUENCIAS
1. Comparacin con otras secuencias para determinar
similitudes y establecer si dos protenas pertenecen a una
misma familia
2. Comparacin de secuencia de la misma protena de
diferentes especies para obtiene informacin sobre evolucin
3. Bsqueda de repeticiones
4. Bsqueda de secuencias de sealizacin y de
modificaciones postraduccionales
5. Anlisis para la preparacin de anticuerpos
6. Anlisis para la preparacin de sondas

ANALISIS DE SECUENCIAS
Firmas de familias:
Secuencia comn que presentan las protenas que pertenecen a
una determinada familia.
Estas familias son generalmente definidas por la funcin:

B-lactamasas tipo II:

[LI]-x-[STN]-[HN]-x-H-[GSTA]-D-x(2)-G-[GP]-x(7,8)-[GS]
[H/N, H y D son los ligandos del zinc]
P-x(3)-[LIVM](2)-x-G-x-C-[LIVMF](2)-K [C ligando de zinc]

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ANALISIS DE SECUENCIAS
Sitios de modificacin :
Secuencias especficas que son el blanco de
modificaciones post-traducionales
Sitios de fosforilacin

[RK](2)-x-[ST] Protein quinasa cAMP o cGMP dependiente


[ST]-x(2)-[DE] casein quinasa II
[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y or [RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y Tirosina
quinasa
[ST]-x-[RK]

Protein quinasa C

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