Afandi, 2009 Jurusan pendidikan Biologi, FPMIPA UPI

Makalah, Tidak Diterbitkan, Mei 2009

Implikasi Dari Penggunaan 16s rRNA Dalam

Perkembangan Ekologi Mikroba Terkini
Oleh :
Atep Setya T. AFANDI1
1
Jurusanpendidikan Biologi, Fakultas pendidikan matematika dan ilmu pengetahuan
alam, Universitas pendidikan indonesia, mit_afandi@yahoo.com, Bandung Indonesia
Citation :
Afandi, A.S.T. (2009) Implikasi Dari Penggunaan 16s rRNA Dalam Perkembangan Ekologi Mikroba Terkini. Makalah Jurusan
pendidikan Biologi, FPMIPA UPI : Tidak diterbitkan

1
Afandi, 2009 Jurusan pendidikan Biologi, FPMIPA UPI

PENDAHULUAN permanen pada ilmu khusus sekarang, aplikasi gen sebagai penujuk arah
Ekologi Mikoba atau yang ekologi mikroba (Case, 16S rRNA menjadi untuk menguraikan
disebut sebagai 2007; Brenner, Krieg dan prosedur standar dalam hubungan filogenetik
mikrobiologi lingkungan Stanley, 2004a; Acinas, penentuan hubungan (Zuckerkandl & Pauling,
(Behrens, 2003) 2004; Cllaridge, 2004) filogenetik, penaksiran 1965). Selanjutnya, gen
merupakan ilmu yang serta dalam dunia evolusi keanekaragaman, serta 16S rRNA pertama kali
menghubungkan semua dan Taksonomi (Acinas, deteksi dan kuantifikasi diusulkan bentuk
cabang dari mikrobiologi 2007). Dewasa ini, populasi yang khusus aplikasinya oleh Whoese
(Brenner, Krieg dan terdapat beberapa prosedur (Head, 1998; Hills, 1990 (Brenner,Krieg dan
Stanley, 2004a). Penelitian molekuler dalam bidang dalam Acinas, 2004). Stanley 2004a; Case
tentang ekologi mikroba yang banyak Merujuk pada berbagai 2007 ) dan Fox (Case,
merupakan aspek dikembangkan dalam perkembangan dari 2007) pada tahun 1980an
penting―dan telah bidang ekologi mikroba, aplikasi 16S rRNA dalam sebagai dasar definisi
berhasil yaitu antara lain Clone bidang Ekologi Mikroba yang dikemukakannya
dibuktikan―dalam library, Fluorescent In seperti yang ungkapkan tentang tiga domain
berbagai aplikasi yang Situ Hybridization (FISH) diatas, yang ternyata kehidupan (Case, 2007).
berhubungan dengan (Behrens, 2003), dan belum sepenuhnya Gen 16S rRNA merupakan
keberadaan mikroba di Fingerprinting Method diketahui secara luas, gen yang berada di DNA
alam bebas serta berbagai seperti Denaturing maka sebuah kajian yang sering disebut juga
interksinya yang terjadi Gradient Gel deskriptif tentang aplikasi gen sub unit kecil (small
(Brenner, Krieg dan Electrophoresis (DGGE) serta berbagai implikasi sub unit) (Cllaridge,2004).
Stanley, 2004a, Siering & dan Terminal Restriction yang diberikan dari 16S Pada aplikasinya,
Giorse, 1997a). Berbagai Fragmen Leght rRNA dalam bidang penggunaan gen 16S
penyakit yang disebabkan Polymorphism (T-RFLP) ekologi mikroba terkini rRNA ini dapat
oleh mikroba baru analysis. Namun, dari sangat diperlukan. dipaparkans secara singkat
ditemukan pada awal tahun setiap metode tersebut berikut ini: DNA diekstrak
1980an, seperti Lyme, mengukur aspek spesifik Tujuan penulisan makalah dari populasi campuran
ehrlichosis dan yang berbeda ini adalah untuk mikroba dan kemudian
berkembang kembalinya (keanekaragaman, deteksi memberikan gambaran primer―primer
berbagai penyakit lama in situ, dan dinamisasi tentang implikasi 16―memisahkan semua
seperti cholera, komunitas) dari komunitas penggunaan 16S rRNA bagian 16S rRNA gen
tuberculosis memberikan mikroba (Case, 2007), dalam bidang ekologi (rDNA) yang kemudian
kesempatan kepada ilmu sehingga masih mikroba terkini.Manfaat diperbanyak dengan
ekologi mikroba―yang memberikan terlalu banyak yang diharapkan dari menggunakan polymerase
sebelumnya pada abad ke- pilihan prosedur untuk penulisan makah ini adalah Chain reaction (PCR),
19 didominasi oleh menguji aspek ekologis penulisan makalah ini hasil yang di dapat dari
mikrobiologi dari mikroba. Namun, adalah dapat memberikan rDNA kemudian diklon
kultur―untuk lebih sekarang semua aspek gambaran tentang dan disequens. Perbedaan
berkembang dalam dunia ekologis dari mikroba implikasi penggunaan 16S klon 16S rDNA kemudian
mikrobiologi dalam usaha tersebut dapat dicakup oleh rRNA dalam bidang dapat dianalisis secara
kontrol penyebaran aplikasi dari satu gen yang ekologi mikroba terkini filogenetik dengan
penyakit oleh mikroba dinamakan gen 16S rRNA. yang kedepannya membandingkannya
patogen (Brenner, Krieg diharapkan dapat menjadi dengan database dari 16S
dan Stanley 2004a). Dewasa ni diketahui, informasi awal―gambaran rRNA yang telah
berbagai keunggulan yang singkat―dalam aplikasi diketahui. Dalam hal yang
Perkembangan ekologi dimiliki oleh gen 16S 16S rRNA. Metode lain, hasil yang diperoleh
mikroba dewasa ini sudah rRNA, seperti daerah penulisan yang digunakan dapat menjadi sensus
sangat pesat dengan distribusi dengan sequens adalah dengan kajian semikuantitatif―tanpa
hadirnya aspek molekuler universal (universal pustaka dari buku dan mengkultur mikroba―dari
sebagai alat yang distribution) dan sequens jurnal serta dari pustaka analsis komunitas dari
digunakan berbagai konservatif (conservative online, berupa artikel orgaisme yang ada dari
pebelitiannya. Hal ini sequence) yang sangat ilmiah dan journal populasi campuran
memberikan dampak besar beranekaragam penelitian online. tersebut.
pada berbagai aspek (Brenner,Krieg dan
seperti pengetahuan Stanley 2004a; Cosby, APLIKASI GEN 16s
tentang kelimpahan, 2003 & Dahlӧf, 2000 rRNA
keanekaragaman, dan dalam Case, 2007) Pandangan pertama yang
fungsi prokariota (Case, menjadikan gen ini sebagai memberikan landasan
2007). Selain itu, secara alat yang sangat kuat aplikasi 16S rRNA ini
umum perkembangan dalam analisis ekologis diungkapkan oleh Pauling
penelitian tentang gen ini (Brenner, Krieg dan dan Zuckerlandl yang
membawa revolusi Stanley 2001a). Secara mengusulkan penggunaan

1
 Afandi, 2009 Jurusan pendidikan Biologi, FPMIPA UPI

Penggunaan teknik ini jenis patogen mikrobial

umum untuk pengamatan (Cllaridge, 2004; Rodicio
langsung dari saru sel dan Mendiozoa, 2006)
dalam aplikasi dan seperti pengenalan
mikrobiologi lingkungan Bacterial hinzii sebagai
(Behrens, 2003; Marisol, penyebab penyakit
2007). Prosedur ini baik Septicemia (Kattar, et all,
digunakan untuk 2000), Pengenalan
(a) (b)
menentukan seberapa baik Bacillus antrachis
sebuah analisis komunitas penyebab penyakit
16S rRNA untuk Anthrax (Sacchi, 2002)
menggambarkan serta di bidang ekologi
komposisi yang aktual mikroba seperti
komunitas mikrobial pengenalan Cyanobacteria
(Behrens, 2003; Brenner, palnktonic, bakteri
Krieg dan Stanley 2004a). pengurang sulfat, serta
(c) Pada bentuk lain pendeteksian bakteri
kombinasi prosedur pelapis besi dan
molekuler dari 16S rRNA magnesium (Knut, R. et
dapat dikombinasikan juga all, 2000; Loy A., et all.,
dengan teknik Denaturing 2002; Siering, P.L. &
Gradient Gel Ghiorse,W.C., 1997b).
Electrophoresis (DGGE)
Gambar 3.1. Sebuah pohon filogenetik yang universal yang
dan Thermal Gradient Gel IMPLIKASI
memperlihatkan tiga domain utama keolmpok makhluk hidup berdasarkan
Electrophoresis Technique TAKSONOMIK
analisis sequens 16S rRNA (sumber gambar, Cllaridge, 2004).
yang memisahkan 116S APLIKASI 16s rRNA
rRNA dari hasil PCR dari Sebelum membahas
Gambar 2.1. (a)&(b)Struktur tiga dimensional 16S rRNA,
nilai mol% G+C(b) (Muyzer
Alur bagaimana berbagai Perkembangan metode
Proses Analsis komunitas dengan16S rRNA dan menggunakan
Rstriction Fragmen Leght Polymorphismdan Smalla,
(RFLP). (Sumber1998
Gambardalam
: implikasi yang lebih sequens sebagai bentuk
Pada
(a) wikipedia,aplikasi analisis www.wikipedia.com,
online enccyclopedia, Brenner, Krieg (b)dan Stanley
Behrens banyak dalam bidanng analsis keanekaragaman
etkomunitas seperti yang
all, 2003, (c) Brenner,Krieg 2004a).
dan Stanley 2004a). Pada bagian lain ekologi mikroba alangkah taksonomik mikroba yang
diungkapkan diatas perkembangan aplikasi lebih baiknya kita melihat terus diteliti
terdapat prosedur yang 16S rRNA ini seperti dampak yang aplikassi 16S memperlihatkan kemajuan
bias yang mana dalam dikembangkannya rRNA dalam penentuan yang sangat pesat, dengan
melaksanakan tahap software IDNS Smartgenes dan hubungan filogenetik kisaran kurang lebih
penelitian dan interpretasi pada analisis filogenetik yang merupakan prinsip penemuan satu juta
data sebaiknya dilakukan atau perbandingan hasil utama pengaplikasisan, pasangan basa DNA
secara hati-hati (Wilson, sequens suatu mikroba sebelum nantinya secara pertahun dari sebuah
1997; von Wintzingerode dengan data base yang lebih luas terbagi laboratorium kecil
et al., 1997; Polz and sudah ada. Software IDNS berdasarkan bidang-bidang (Cllaridge, 2004). Adapun
Cavanaugh, 1998; Suzuki Smartgenes membantu yang lebih spesifik. Dari dalam penentuan
et al., 1998 dalam analsis sequens bagian 16S data GenBank, yag hubungan filogenetik
Brenner,Krieg dan Stanley rRNA dari berbagai merupakan kumpulan data dalam mikroba yang
2004a). Sebagai contoh kelompok bakteri dalam terbesar sequens sekarang banyak dilakukan
jika terdapat DNA dari bidang mikrobiologi klinik nukleotida saat ini adalah analissis sequens
satu spesies yang ada (Simon, Croff & Petti diketahui terdapat sekitar 16S rRNA dengan jumlah
dalam suatu populasi 2006). 90.000 sequens mikroba Base pair (bp) yang bisa
campuran mikroba tidak (Brenner,Krieg dan mencapai 1550. Base pair
terekstrak maka hasil Pada pembahasan bidang- Stanley 2004b) yang ini terssusun dari region
analsisis komunitas tidak bidang yang telah memperlihatkan jumlah variabel dan terkonservasi.
bisa dikatan sebagai sensus mengalami “ekspansi” strain atau sub sepesies Perbandingan dari daerah
(Brenner,Krieg dan aplikasi 16S rRNA seperti yang ada saat ini. Jumlah variabel digunakan sebagai
Stanley 2004a). yang telah diungkapkan ini terbagi kedalam 1600 petunjuk perbandingan
sebelumnya pada yang diketahui dengan 416 taksonomi (Chen,1989 &
Aplikasi bentuk lain dari prinsipnya berdasar pada genus (Hogg, 2005). Relman, 1999 dalam
16S rRNA ini dapat juga penentuan hubungan Cllaridge, 2004). Dalam
dipadukan dengan filogenetik. Dari bidang proses praktisnya analisis
prosedur molekular lain taksonomik ini, kemudian sequens yang biasa
seperti Fluorocence In Situ berkembang ke bidang- digunakan bisa dengan
Hybridization (FISH) bidang lain daintaranya 500-bp yang dianggap
dengan rNA-target probe adalah bidang klinik yang lebih praktis (Cllaridge,
oliginucleotida. membutuhkan kejelasan 2004) atau dengan

2
Afandi, 2009 Jurusan pendidikan Biologi, FPMIPA UPI

keseluruhan 1500-bp 90.000 sequens 16S rRNA berbagai kebutuhan dalam untuk mengkultur “virtual
(Cllaridge, 2004; merupakan gambaran penelitian ekologi mikroba bacteria”.
Brenner,Krieg dan Stanley besar semakin terbuka namun, secara umum hal
2004b). lebarnya pintu ini bisa diantisipasi dengan
IMPLIKASI keanekaragaman inovasi-inovasi kombinasi
PENGGUNAAN GEN prokariota (Acinas, 2003; prosedur molekuler lain
RRNA DALAM Case, 2007). Penelitian dengan 16S r RNA.
BIDANG EKOLOGI tentang ekologi molekuler Kombinasi FISH dan
MIKROBA dengan menggunkan 16S Probe dari gen 16S rRNA
Kemajuan taksonomik rRNA telah membawa sangat berguna seperti
mikroba seperti yang banyak cabang baru level dalam pengamatan
diungkapkan diatas filum dari filogenetik langsung dari sau sel
memberikan dampak yang prokariotik yang diambil dalam aplikasi dan
besar terhadap keadaan langsung dari habitat mikrobiologi lingkungan
keanekaragaman mikroba aslinya, yang mana hanya (Siering, 1997a). dengan
yang diketahui beberapa atau tidak sama berbagai perkembangan
sekarang―dengan taksiran sekali dari organisme teknologi yang juga pesat
90.000 jenis sequens 16S tersebut pernah dikultur bukan tidak mungkin
rRNA―termasuk juga (Cllridge, 2004; berbagai kombinasi (a)
kedalam bidang ekologi Brenner,Krieg dan Stanley, prosedur molekuler akan
mikroba. dalam ekologi 2004a). Beberapa filum sangat memberikan
mikroba klasik yang sudah yang sudah ada pun telah kemudahan dalam
dikembangkan selama banyak dilakukan berbagai penelitian ekologi
abad ke-20, yang perbandingan yang mikroba kedepannya.
mencakup beberapa aspek mendalam dengan filum-
utama diantaranya filum prokariota lain yang 3. Tantangan Spesies
pengukuran aktifitas, telah dikaraktegorisasi yang Belum Terkultur
pengukuran biomassa, dengan baik, berdasarkan dalam Studi Ekologi
mikroskopi dan teknik jumlah dan Mikroba
kultivasi (Atlas & Bratha, keannekaragaman sequens. Aplikasi 16S rRNA
1993 dalam Brenner,Krieg Dari sisi ekologi ternyata memberikan
dan Stanley, 2004a). khususnya ekologi tantangan baru bagi ilmu
Dalam prktisnya, mikroba, hasil ini sanngat ekologi mikroba untuk
penerapan berbagai aspek bermanfaat sebagai menemukan spesies-
utama tersebut kepada permulaan yang spesies beru tersebut di (b)
prokariota memiliki manjanjikan. Tantangan lingkungan yang asli.
banyak sekali keterbatasan yang sebenarnya―dalam Seperti yang telah
yang disebebkan karena dunia ekologi dipaparkan aplikasi
Gambar 3.2. (a) Gambaran tentang perkembangan cabang filogenetik
ukurannya yang kecil serta mikroba―adalah dalam penentuan taksonomik
mikroba. pohon filogenetik Chenarchaeal (Archaea) yang memperlihatkan
kompleksitas lingkungan menentukan bagaimana mikrobaadanya
dengandua16S rRNA
sequens baru (Konarchaea) yang diperkirakan tergabung dalam
(Brenner,Krieg dan mikroba tersebut meekstrakdomain
DNA Archaea
dariini. sel
(b) Tantangan Baru spesies belum terkultur. Diagram
yang memperlihatkan persentase relatif spesies dari berbagai filum terpilih.
Stanley, 2004a). Berbagai berinteraksi satu sama lain aslinya, (Sumber
sehingga pada
Gambar (a), (b), Brenner,Krieg dan Stanley, 2004a)
kemajuan prosedur dengan di lingkungannnya kenyataannya ketika
masuknya mikroba (Brenner,Krieg dan informasi tentang spesies
molekuler seperti yang Stanley, 2004a). tersebut dalam sequens
diungkapkan sebelumnya telah diketahui namun
dalam BAB makalah ini 2. Perkembangan spesies tersebut belum
telah memberikan revolusi Aplikasi Kombinasi pernah dikultur atau dalam
besar pada berbagai aspek 16S rRNA dengan artian belum diketahui
ekologi mikroba. dalam prosedur Prosedur spesies aslinya. Terkait hal
hal ini akan dijelaskan Molekuler Lainnya ini, Howard Gest, 1999
dalam poin-poin berikut akan memberikan (dalam Brenner,Krieg dan
ini. Banyak kemudahan Stanley, 2004a)
dalam berbagai menamakan spesies-
1. Prospek penelitian ekologi spesies ini sebagai
Perkembangan Mikroba. “virtual bacteria”. Pada
Keanekaragaman Penggunaan 16S RNA beberapa kasus hal ni
Mikroba akan terbuka memang tidak dipungkiri menjadi kontroversi, (a)
lebar. memiliki keterbatasan namun secara umum hal
Perkembangan taksonomik untuk mencakup aspek yang masih tetap jadi
mikroba dengan ditandai yang sangat spesifik dalam tantangan adalah,
terdatanya sebanyak penelitian lebih lanjut

2
 Afandi, 2009 Jurusan pendidikan Biologi, FPMIPA UPI

rRNA yang telah terbukti Ecology Studies, Journal of A Infectious Diseases. [online]:
pplied and Environmental http://www.highbeam,com/reseac
dapat memberikan Microbiology, 73(1), 278–288. h/s.html (28 Juni 2009)
kemudahan-kemudahan
dalam penelitian ekologi Clarridge J. E. (2004) Impact Of Siering, P.L., Ghiorse, W.C.
16S r RNA Gene Sequence (1997b) Development and
mikroba, dan tantangan Analysis for Identification of application of 16S rRNA-targeted
baru untuk mengkultur Bacteria On Clinical probes for detection of iron- and
berbagai spesies baru Microbiology And Infectious manganese-oxidizing sheathed
dengan sequens-sequens Diseases, Journal of Clinical bacteria in environmental
Microbiology Reviews,17 (4), samples, Journal of Applied and
yang telah diketahui 840–862. (b) Environmental
dengan aplikasi 16S rRNA Microbiology,__(__)___.
Hoog, S. (2005) Esential
ini. Microbiology. Wert Sussex : John Siering, P. L. & Ghiorse W. C.
Willey and Sons Publlisher (1997a) Development and
REKOMENDASI Liu, Y. et all. ( _____ ) Design of
Application of 16S rRNA-
Dalam makalah ini kajian Targeted Probes for Detection of
Vibrio 16S rRNA gene specific Iron- and Manganese-Oxidizing
(b) mengenai aplikasi 16S primers and their application in Sheathed Bacteria in
Gambar 3.3. Penggunaan Kombinasi rRNA
FISH dan serta berbagai
16Sr RNA, dalam the analysis of seawater Vibrio Environmental Sample, Journal
mpemindaian bakteri Lephitotrix dischophora dapatteknisnya
memebrikan gambaran community, Journal of Ocean
analisis belum University of China, 5 (2)157-
of Applied and Environmental
jelas bakteri penambar beri dan magnesium ini (ditunjukan dengan panah), Microbiology, 63(2) 644–651.
disampaikan
dan jika dibandingkan dengan teknik pewarnaan secara
yang tidak memberikan 164.
gambaran jelas untuk menemukan materi mendalam,
tersebut (Sumber penulis
gambar Rodicio, R., M. & Mendoza C.
Simmon, K. E., Croft, A. C., &
:Brenner,Krieg dan Stanley, 2004a.) merekomendasikan untuk Petti C. A. (2006) Application of
(2006) Identification of bacteria smartgene IDNS software to
kajian ini bisa dilihat di through 16S rRNA sequencing: partial 16S rRNA gene sequences
Pada prospek kedepannya Bergey The Sysyematic principles, methods and for a diverse group of bacteria in
applications in clinical
aplikasi 16S rRNA ini, and determinative microbiology.
a clinical laboratory, Journal of
dengan berbagai teori Bacteriology, yang clinical microbiology, 44(12),
[online]:http;//www.cab.org//(28 4400-4406
bentuk kehidupan mikroba merupakan buku Juni 2009)
yang sebelumnya telah revoolusioner yang Watson, J. D. et all. (2004)
Rudi, Knut. (2000) Application of Molecular Biology of The Gene
dikemukakan dalam memaparkan taksonomi sequence-specific labeled 16S (fifth ed.).San Fransisco:
ekologi mikroba klasik mikroba bersasarkan rRNA gene oligonucleotide Benjamin Cummings Publishing
probes for genetic profiling of
akan sangat mungkin analisis sequens 16S cyanobacterial abundance and Wikipedia, free Encyclopedia
untuk didebat pada rRNA. diversity by array hybridization, (2009) 16S r RNA
kemudian hari dengan Journal of Applied and [omline]:http://www.wikipedia.co
berbagai perkembangan DAFTAR PUSTAKA Environmental m/16SrRNA.gif (28 Juni 2009)
Microbiology,__(__)___.
aplikasi gen 16S rRNA Behrens, S. (2003) Is the In Situ Zuckerkandl, E., & Pauling, L.
yang terus semakin Accessibility of the 16S rRNA of
Escherichia coli for Cy3-Labeled
Sacchi, C. T. et all. (2002) (1965). Molecules as Documents
Sequencing of 16S rRNA Gene: of Evolutionary History, Journal
berkembang. Oligonucleotide Probes Predicted A Rapid Tool for Identification of of Theory Biology, 8 ( _ ), 357–
by a Three-Dimensional Structure Bacillus anthracis ,In Emerging 366.
KESIMPULAN Model of the 30S Ribosomal
Subunit?, Journal of Applied and
Perkembangan ekologi Environmental Microbiology,
molekuler telah membawa 69(8) 4935–4941.
revolusi yang sangat pesat
Brenner, D. J., Krieg, N. R. &
dalam berbagai bidang Staley, J. T. (ed.) (2004a) Bergey
mikrobiologi termasuk Systemathic Bacteriology: Vol. II
ekologi mikroba. salah The Proteobacteria, Part A: An
satu aspek yang Introductory Essay (Second
ed.).New York : Springer
mangalami kemajuan yang
sangat pesat adalah Brenner, D. J., Krieg, N. R. &
Staley, J. T. (ed.) (2004b) Bergey
prosedur penelitian yang Systemathic Bacteriology: Vol. II
dikembangkan dengan The Proteobacteria, Part B: The
menggunakan 16S rRNA Gammaproteobacteria (Second
yang telah menjadi standar ed.).New York : Springer
determinasi baru yang Castillo, Marisol et all. (2007)
sangat kuat dalam dunia Application of 16S rRNA gene-
targetted fluorescence in situ
mikroba termasuk ekologi hybridization and restriction
mikroba. beberapa fragment length polymorphism to
implikasi yang kemudian study porcine microbiota along
muncul dengan teknik the gastrointestinal tract in
response to different sources of
determinasi revolusioner dietary fibre, Journal of
ini adalah prospek Microbiology Ecology,
biodiversitas mikroba yang 59( 1),138-146.
sangat besar untu terus Case, R.J. (2007) Use of 16S
berkembang, berbgai rRNA and rpoB Genes as
prosedur kombinasi 16S Molecular Markers For Microbial