Anda di halaman 1dari 23

ASAM NUKLEAT

1.1

Struktur dan Fungsi Asam Nukleat


Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali pengetahuan
mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium Hoppe-Syler di Tubingen,
beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel
tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih
terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat
memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat
yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam. kemudian zat ini dinamakan
nuclein sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa
asam nukleat merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.
Fungsi utama asam nukleat adalah sebagai tempat penyimpanan dan
pemindahan informasi genetik. Fungsi lainnya yaitu turut dalam metabolisme,
penyimpan energi, dan sebagai ko-enzim Informasi ini diteruskan dari sel induk ke sel
anak melalui proses replikasi. Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA
(deoxyribonucleic acid ) atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid) atau
asam ribonukleat. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat
oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon.
Senyawa gabungan antara protein dan asam nukleat disebut nucleoprotein. Molekul
asam nukleat merupakan polimer seperti protein tetapi unit penyusunnya adalah
nukleotida.
Asam nukleat merupakan suatu polinukleotida, yaitu polimer linier yang
tersusun dari monomer -monomer nukleotida yang berika tan melalui ikatan
fosfodiester. Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang bervariasi.
Asam nukleat baik DNA maupun RNA tersusun dari monomer nukleotida. Nukleotida
tersusun dari gugus fosfat, basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari
kolompok purin dan pirimidin. Purin utama asam nukleat adalah adenin dan guanin,
sedangkan pirimidinnya adalah sitosin, timin dan urasil.

Gambar 1. Asam Deoksiribonukleat


(Atom karbon berwarna hitam, oksigen merah, nitrogen biru, fosfor hijau, dan hidrogen
putih)
Asam nukleat ini mempunyai susunan yang sangat unik, yaitu berupa polimer
yang tersusun atas monomer yang disebut nukleotida. Tiap nukleotidaterdiri atas
nukleosida dan asam fosfat. Nukleosida terdiri atas gula pentose(ribose atau
deoksiribosa) dan basa nitrogen heterosiklik, yaitu turunan purina(adenine dan guanine)
dan turunan pirimidina (sitosin, urasil, dan timin)

Gambar 2. Struktur Asam Nukleat


Nukleotida dan nukleosida

Gambar 4. Nukleotida dan Nukleosida


Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen
(1, 2, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada
cincin basa. Posisi 1 pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau
posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik (Gambar 2.2).
Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida.
Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer
berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa,
dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat
sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya
adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP
(adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya
dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada
empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan
uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya
pada DNA, maka (2-deoksiribo) nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin,
deoksisitidin, dan deoksitimidin.

Gugus Fosfat, Gula Pentosa, dan Basa Nitrogen

Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa,
dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N) yang saling berikatan, seperti pada gambar
berikut.

Gambar 3. Komponen Asam Nukleat


Keterangan:
a. Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1).
b. Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5).
c. Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa Nlah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens)
basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan
perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya
sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan
menuliskan urutan basanya saja.
a. Gugus fosfat
Nukleotida dapat dipandang sebagai ester asam fosfat dengan nukleosida. Pengesteran itu
dapat terjadi pada semua gugus hidroksil dari pentosa. Akan tetapi yang banyak terdapat
dalam keadaan bebas adalah ester dengan atom nomor 5 dari pentosa.

Gambar 4. Gugus Fosfat

b. Gula pentosa
Ada dua jenis pentosa yang ditemukan pada asam nukleat. Unit deoksiribonukleotida
yang terdapat pada DNA secara berulang mengandung 2-deoksi-D-ribosa dan unit
ribonukleotida RNA mengandung D-ribosa.

Gambar 5. Gula pentosa


c. Basa Nitrogen
Basa nitrogen pokok terdiri dari dua macam yaitu pirimidin dan purin. Pirimidin terdapat
pada DNA yang terdiri dari sitosin (C), dan timin (T). Sedangkan purin terdapat pada RNA
yang terdiri dari adenin (A) dan guanin (G). Perbedaan yang paling penting pada basa DNA
dan RNA adalah bahwa timin merupakan pirimidin utama DNA, tetapi seringkali tidak
dijumpai pada RNA. Sebaliknya, urasil merupakan pirimidin utama pada RNA, tetapi jarang
terdapat pada DNA. Basa pirimidin dan purin adalah molekul yang hampir pipih yang relatif
tidak larut dalam air. Berikut dua basa nitrogen pokok yaitu pirimidin dan purin.

Gambar 6. Struktur induk basa purin dan pirimidin


Tiga turunan pirimidin yang umum terdapat pada nukleotida yaitu urasil, timin, dan
sitosin. Sedang dua yang lain ialah 5-metil sitosin dan 5-OH sitosin jarang terdapat.
Senayawa turunan purin yang umum terdapat adalah adenin dan guanin. Disamping itu masih
ada yang jarang antara lain 2-metil adenin dan 1-metil guanin.

Gambar 7. Struktur turunan basa purin dan pirimidin

Ikatan fosfodiester
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada
asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan
antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi
3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena
secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester.
Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan
gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua
nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai

polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh


ikatan fosfodiester.
Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid bakteri,
rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang
terikat pada posisi 5 gula 7uanine. Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung P atau
ujung 5. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3 gula
7uanine sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3. Adanya ujung-ujung
tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu.
Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan 7
uanine 7. Inilah 7uanine pemberian nama asam kepada molekul polinukleotida
meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. Kenyataannya, asam nukleat
memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang sangat bermuatan 7
uanine 7.

Gambar 10. Ikatan fosfodiester


Urutan nukleotida pada asam nukleat dapat digambarkan secara skematik,
seperti diperlihatkan dibawah ini oleh potongan DNA dengan lima unit nukleotida.

Gambar 11. Gambar urutan nukleotida pada asam nukleat


Bagian basa dilambangkan oleh A, T, G dan C, masing-masing deoksiribosa
oleh garis vertikal, dan gugus fosfat oleh P. nomor bilangan kecil menunjukkan letak
unit deoksiribosa tempat gugus fosfat ini diikat. Struktur untaian tunggal DNA selalu
dituliskan dengan ujung 5 di sebelah kiri ujung 3 di sebelah kanan atau dengan kata
lain menurut arah 53. Di bawah ini diperlihatkan pengggambaran dua
pentadeoksiribosanukleotida secara lebih sederhana.
pApTpGpCpA dan pATGCA
Ikatan antar nukleotida pada DNA maupun RNA dapat diuraikan melalui
hidrolisis kimiawi. Ikatan ini dapat juga dihidrolisis secara enzimatik oleh enzim
nuclease. Beberapa jenis nuclease dapat menghidrolisis ikatan di antara dua
nukleotida yang terletak berurutan pada posisi internal pada untaian DNA dan RNA;
nuclease tersebut dinamakan endonuklease. Jenis nuklease lain dapat menghidrolisis
hanya ikatan nukleotida ujung, beberapa pada ujung 5 dan yang lain pada ujung 3,
enzim ini adalah eksonuklease. Deoksiribonuklease yang bersifat spesifik bagi
hidrolisis ikatan antar nukleotida tertentu pada DNA, dan klease yang bersifat spesifik
bagi RNA ditemukan di dalam sel. Enzim-enzim ini juga dikeluarkan oleh pancreas ke
dalam saluran usus, tempat terjadinya hidrolisis asam nukleat selama proses
pencernaan. Kita akan melihat bahwa berbagai jenis endonuklease merupakan alatalat biokimiawi untuk mengontrol fragmentasi DNA dan RNA menjadi potonganpotongan yang lebih kecil, sebelum kita menentukan nukleotidanya.
1.2 Deoxyribonucleic Acid (DNA)
Ada tiga struktur DNA yang dik enal selama ini. Struktur -struktur DNA
tersebut adalah sebagai berikut:
1. Struktur primer
DNA tersusun dari monomer -monomer nukleotida. Setiap nuk leotida

terdiri dari satu basa nitrog en berupa senyaw a purin atau pirimidin, satu g ula
pentosa berupa 2 -deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa, dan satu molekul
fosfat. Penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5 bebas (tidak terikat
nukleotida lain) menuju ujung dengan gugus 3 hidroksil bebas atau dengan arah
53 (Darnell, et al., dalam T. Milanda, 1994).
2. Struktur sekunder
Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan fungsinya seba gai
pembawa informasi genetik adal ah komposisi basa penyusun. Pa da tahun
1949-1953, Edwin Chargaff menggunakan metode kromatografi untuk pemisahan
dan analisis kuantitatif keemp at basa DNA, yang diisolasi da ri berbagai
organisme. Kesimpulan yang dia mbil dari data yang terkumpul adalah sebagai
berikut :
a. Komposisi basa DNA bervariasi antara spesies yang satu dengan
spesies yang lain.
b. Sampel DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan pada spesie s
yang sama mempunyai komposisi basa yang sama.
c. Komposisi DNA pada suatu spesi es tidak berubah oleh perubaha n
usia, keadaan nutrisi maupun perubahan lingkungan.
d. Hampir semua DNA yang ditelitimempunyai jumlah residu adenin
yang sama dengan jumlah residu timin (A=T), dan jumlah resid u
guanin yang sama dengan jumlah residu sitosin (G=C) maka A+G
= C+T, yang disebut aturan Charrgaff.
e. DNA yang diekstraksi dari s pesies-spesies dengan hubungan
kekerabatan yang dekat mempuny ai komposisi basa yang hampir
sama.
DNA memiliki struktur heliks ganda, dengan ciri-ciri:
a. Dua rantai polinukleotida berjalan dengan arah yang berlawanan berputar
mengelilingi satu sumbu sehingga membentuk heliks ganda berputar ke
b.

kanan.
Basa purin dan pirimidin terdapat pada sisi dalam heliks, sedangkan satuan

c.

fosfat dan deoksiribosa berada di sisi luar.


Adenin (A) berpasangan dengan timin (T), dan guanin (G) berpasangan
dengan sitosin (C). Pasangan A-T diikatkan oleh dua ikatan hidrogen dan
pasangan basa G-C oleh tiga ikatan hidrogen. Heliks ganda juga distabilkan
melalui interaksi antara basa-basa yang tersusun pada untai yang sama.

Gambar 7. pasangan basa DNA


Pada tahun 1953, James Watson dan Francis Crick mengemukakan model
tiga dimensi struktur DNA. Struktur ini terdiri dari dua rantai DNA heliks yang
berputar mengelilingi sumbu yang sama untuk membentuk heliks ganda yang
berarah ke kanan. Pada heliks ini kedua rantai atau untai ini bersifat antiparalel,
yaitu jembatan fosfodiester antar nukleotidanya terletak pada arah yang
berlawanan. Model yang sebagai heliks B-DNA ini menunjukkan bahwa DNA
memperlihatkan lebih banyak variasi dan ragam struktural. Suatu rantai DNA
dapat berputar kurang-lebih enam ikatan dalam setiap monomer ikatan
glikosidik antara basa dan gula, ikatan C4 C5 pada gula, dan empat ikatan pada
jembatan fosfodiester yang menghubungkan C3 satu gula dan C5 gula
berikutnya sedangkan rantai polipeptida hanya dapat berputar pada dua ikatan.
Keseluruhan DNA sangat menyerupai heliks ganda, namun ditemukan
juga penyimpangan-penyimpangan lokal yang cukup besar dari struktur rata-rata.
Penyimpangan dari struktur ini disebut putaran baling-baling (propeller twisting),
meningkatkan penumpukan basa sepanjang untaian DNA.
Tulang punggung hidrofiliknya, yang terdiri dari deoksiribosa dan gugus
fosfat yang bermuatan negatif, berada di sebelah luar heliks ganda, menghadap ke
air di sekelilingnya. Basa purin dan pirimidin hidrofobik kedua untai disusun di
dalam heliks ganda, sehingga molekul basa yang hampir-hampir datar terletak

amat berdekatan dan tegak lurus terhadap sumbu panjang heliks ini. Ruang di
antara kedua untai ini membentuk lekuk besar dan lekuk kecil di antar kedua
untai. Basa salah satu untai berpasangan pada bidang yang sama dengan basa
untai lain. Hanya pasangan basa tertentu saja yang dapat dengan tepat mengisi
struktur ini.

Gambar 8. Model DNA


DNA heliks ganda (dupleks) dipertahankan strukturnya oleh dua gaya (1)
ikatan hidrogen di antara pasangan bsa komplementer, dan (2) interaksi
hidrofobik, yang menyebabkan basa-basa yang bersusun ini sebagian besar
tersembunyi di dalam heliks ganda, terlindung dari air, dengan kerangka polar
terletak pada permukaan luar, bersinggungan dengan air. Semua gugus fosfat
pada kerangka polar heliks ganda diionisasi dan bermuatan negatif pada pH 7,
jadi DNA bersifat sangat asam.
3. Struktur tersier
Kebanyakan DNA virus dan DNA m itokondria merupakan molekul
lingkar. Konformas i ini terjadi karena kedua unt ai polinukleotida membentuk
struktur tertutup yang tidak b erujung. Molekul DNA lingkar t ertutup yang
diisolasi dari bakteri, virus dan mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain
itu DNA dapat berbentuk moleku l linier dengan ujung-ujung rantai yang bebas.

1.3 STRUKTUR RNA


Molekul RNA mempunyai bentuk yang berbeda dengan RNA. RNA
memiliki bentuk pita unggul dan tidak berpilin. Tiap pita RNA merupakan
polinukleotida yang tersusun atas banyak ribonukleotida. Tiap ribonukleotida
tersusun atas gula ribosa, basa nitrogen, dan asam fosfat. Basa nitrogen RNA juga
dibedakan menjadi basa purin (Adenin dan Guanin) dan basa pirimidin (Sitosin
dan Urasil).
Tulang punggung RNA tersusun atas deretan ribosa dan fosfat.
Ribonukleotida RNA terdapat secara bebas dalam nukleoplasma dalam bentuk
nukleosida trifosfat seperti adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP),
sistidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP). RNA disintesis oleh DNA di
dalam inti sel dengan menggunakan DNA sebagai cetakannya.
Asam ribonukleat terdiri dari benang-benang panjang ribonukleotida.
Walaupun molekul ini jauh lebih pendek dari DNA, RNA ditemukan dalam
jumlah yang jauh lebih banyak di dalam kebanyakan sel. Pada sel prokariotik dan
eukariotik, ketiga golongan utama RNA adalah RNA data (mRNA : messenger
RNA). RNA Ribosom (rRNA), dan RNA pemindah (tRNA: transfer RNA).
Masing-masing terdiri dari satu untai ribonukleotida dan masing-masing
mempunyai molekul urutan nukelotida dan fungsi biologis yang khas.
RNA data (mRNA) berfungsi sebagai cetakan yang digunakan oleh
ribosom untuk melangsungkan proses translasi inforamasi genetik menjadi urutan
asam amino protein. Urutan nukelotida mRNA bersifat komplementer dengan
pesan genetik yang terkandung di dalam potongan spesifik untai cetakan DNA.

RNA pemindah juga terdiri dari satu untai ribonukleotida, tetapi dalam
konformasi yang bergitu berlipat-lipat. Molekul RNA ini memiliki 70-95
ribobukleotida, sejalan dengan berat molekulnya antara 23.000 dan 30.000.
masing-masing dari ke-20 asam amino yang ditemukan pada protein mempunyai
tRNA-nya masing-masing yang akan mengikat asam amino tersebut dan
membawanya ke ribosom dan berperan untuk menerjemahkan kata-kata sandi
genetik pada mRNA ke dalam urutan asam amino pada protein. Setiap tRNA
mengandung urutan trinukleotida spesifik yang dinamakan antikodon, yang
bersifat komplementer dengan kodon, urutan trinukleotida mRNA yang menyandi
satu asam amino tertentu.
RNA Ribosom (rRNA) merupakan komponen utama ribosom dan
menyusun sampai 65 persen berat ribosom. Terdapat tiga jenis rRNA pada
ribosom prokariotik, sedangkan ribosom eukariotik mengandung empat jenis.
RNA ribosom memegang peranan penting dalam struktur dan fungsi biosintetik
ribosom.

Gambar 6. Struktur RNA


RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama, yaitu RNA genetik dan RNA nongenetik.
1. RNA genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa
keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu yang

tidak memiliki DNA, misalnya virus. Dalam hal ini fungsi RNA menjadi sama dengan
DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam mengatur aktivitas sel.
2. RNA non-genetik
RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik sehingga
RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki DNA.
Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA, tRNA,
dan rRNA.
1) mRNA (messenger RNA) atau ARNd (ARN duta)
mRNA merupakan RNA yang urutan basanya komplementer (berpasangan)
dengan salah satu urutan basa rantai DNA. RNA jenis ini merupakan polinukleotida
berbentuk pita tunggal linier dan disintesis oleh DNA di dalam nukleus. Panjang
pendeknya mRNA berhubungan dengan panjang pendeknya rantai polipeptida yang
akan disusun. Urutan asam amino yang menyusun rantai polipeptida itu sesuai dengan
urutan kodon yang terdapat di dalam molekul mRNA yang bersangkutan. mRNA
bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida. Adapun fungsi utama mRNA
adalah membawa kode-kode genetik dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di
sitoplasma. mRNA ini dibentuk bila diperlukan dan jika tugasnya selesai, maka akan
dihancurkan dalam plasma.
2) tRNA (transfer RNA) atau ARNt (ARN transfer)
RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di dalam
sitoplasma. tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai penerjemah kodon
dari mRNA. Fungsi lain tRNA adalah mengikat asam-asam amino di dalam sitoplasma
yang akan disusun menjadi protein dan mengangkutnya ke ribosom. Bagian tRNA yang
berhubungan dengan kodon dinamakan antikodon.
3) rRNA (ribosomal RNA) atau ARNr (ARN ribosomal)
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat di
dalam nukleus. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan fleksibel. Lebih dari
80% RNA merupakan rRNA. Fungsi dari RNA ribosom adalah sebagai mesin perakit

dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah sepanjang mRNA. Di dalam ribosom,
molekul rRNA ini mencapai 30-46%.
Dengan adanya penjelasan materi di atas, terdapat perbedaan antara DNA dan RNA.

1.4 PERBEDAAN RNA DAN DNA


DNA mengandung 2 macam basa pirimidin utama yaitu Sitosin (C) dan
Timin dan dua basa purin yaitu Adenin (A) dan Guanin (G). RNA juga
mengandung dua basa pirimidin utama yaitu Sitosin (C) dan Urasil (U), dan dua
basa purin yaitu Adenin (A) dan Guanin (G). Perbedaan yang paling penting pada
basa DNA dan RNA adalah bahwa timin merupakan pirimidin utama DNA, tetapi
seringkali tidak dijumpai pada RNA, sebaliknya urasil merupakan pirimidin
utama pada RNA, tetapi jarang terdapat pada DNA. Basa purin dan pirimidin
adalah molekul yang hampir-hampir pipih, yang relatif tidak larut dalam air.
Ada dua macam gula pentosa yang ditemukan pada asam nukleat. Unit
deoksiribonukleotida yang terdapat pada DNA secara berulang mengandung 2deoksi-D-ribosa dan unit ribonukleotida RNA mengandung D-ribosa.

Gambar 9. Perbedaan struktur gula pentosa DNA dan RNA

1.5

DNA
-

Letak

(Deoxyribo

Nukleat Acid)
Dalam
inti
mitokondria,

kloroplas,

Acid)
Dalam

inti

sel,

sitoplasma

dan

Bentuk

senriol.
Polinukleotida

Gula
Basanya

yang terpilin panjang


Deoxyribosa
Golongan purin : adenine

dan pendekl
Ribosa
Golongan
purin

dan guanine

adenine dan guanine

Golongan
-

sel,

RNA (Ribo Nukleat

Fungsi

ganda

pirimidin

cytosine dan timin


mengontrol sifat

K
o
d
e

ribosom.
Polinukleotida tunggal

Golongan pirimidin :
cytosine dan urasil
sintesis protein

yang menurun
-

Kadarnya

sintesis protein

sintesis RNA
Tidak
dipengaruhi

Dipengaruhi

sintesis protein.

protein.

sintesis

Letak basa nitrogen dari


kedua pita ADN saling
berhadapan

dengan

pasangan
yaitu

yang

Adenin

berpasangan

Macam ARN :
ARN duta

tetap
selalu

ARN ribosom

dengan

Timin, Cytosin dengan

ARN transfer

Guanin. Kedua pita itu


diikatkan

oleh

ikatan

hidrogen.
Genetik
Kodon (kode genetik) adalah urutan nukleotida yangterdiri atas 3 nukleotida
yang berurutan (sehingga sering disebut sebagai triplet codon, yang menjadi suatu
kodon asam amino tertentu, misalnya urutan ATG (AUG pada mRNA) mengkode

asam amino metionin, Kodon inisiasi translasi merupakan kodon untuk asam amino
metionin yang mengawali struktur suatu polipeptida (protein). Pada prokaryot, asam
amino awal tidak berupa metionin tetapi formil metionin (fMet).
Semenjak tahun 1960an semakin nyata bahwa ada paling sedikit tiga residu
nukleotida DNA diperlukan untuk mengkode untuk masing-masing asam amino.
Empat huruf kode DNA (A, T, G, dan C) dalam grup dua huruf menghasilkan 4 2 =16
kombinasi yang berbeda, tidak cukup untuk mengkode 20 asam amino. Empat basa
tiga huruf menghasilkan 43 =64 kombinasi yang berbeda. Genetik eksperimen awal
membuktikan bahwa tidak hanya kode genetik atau kodon untuk asam amino berupa
susunan tiga huruf (triplet) dari nukleotida tetapi juga bahwa kodon tidak tumpangtindih dan tidak ada jeda antara kodon residu asam amino yang berurutan (Gb. 26-3,
26-4). Susunan asam amino protein kemudian digambarkan oleh suatu susunan yang
linier dari kodon triplet yang berdekatan. Kodon yang pertama pada susunan
metapkan suatu kerangka pembacaan(reading frame), di mana kodon yang baru
memulai pada setiap tiga residu nukleotida. Pada skema ini, ada tiga kerangka
pembacaan yang mungkin untuk setiap urutan DNA yang diberi, dan masing-masing
secara umum akan memberi suatu urutan berbeda terhadap kodon.
Pada tahun 1961 Marshall Nirenberg dan Heinrich Matthaei mengumumkan
hasil observasi yang mengusulkan terobosan pertama. Mereka menginkubasi
polyribonucleotide polyuridylate sintetis (poly(U) yang didesign) dengan ekstrasi E.
coli, GTP, dan campuran 20 asam amino dalam 20 tabung berbeda. Pada masingmasing tabung suatu asam amino yang berbeda diberi label secara radioaktif. Poly(U)
dapat dikatakan sebagai mRNA tiruan yang berisi triplet UUU berurutan, dan triplet
ini harus mempromosikan sintesis polipeptida hanya dari salah satu 20 asam amino
yang berbeda yang dilabel dengan triplet UUU. Suatu polipeptida radioaktif dibentuk
di dalam salah satu dari 20 tabung, yang berisi fenilalanin radioaktif. Nirenberg dan
Matthaei menyimpulkan bahwa triplet UUUcocok untuk fenilalanin. Pendekatan yang
sama mengungkapkan bahwa polyribonucleotide polycytidylate atau poly(C) sintetis
mengkode formasi. Polipeptida yang hanya berisi prolina (polyproline), dan
ilyadenylate atau poly(A) mengkode polylysine. Dengan demikian triplet CCC
mengkode daftar prolina dan triplet AAA untuk lisina.
Polinukleotida sintetik yang digunakan dalam eksperimen dibuat sedemikian
dengan

aksi fosforilase polinukleotida, menganalisis formasi polimer RNA dari ADP, UDP,
CDP dan GDP. Enzim ini tidak memerlukan template polimer dan membuat polimer
dengan sebuah komposisi basa bahwa secara langsung mencerminkan konsentrasi
yang relatif dari precursor nukleotida 5'-diphosphate di dalam medium. Jika
fosforilase polynukleotida diperkenalkan dengan UDP, hal ini hanya poly(U). Jika
diperkenalkan dengan suatu campuran dari lima bagian ADP dan satu CDP, akan
membuat polimer di mana 5/6 residu adalah adenylate dan 1/6 sytidylate. Polimer
acak seperti itu mungkin memiliki banyak triplet urutan AAA, sedikit triplet AAC,
ACA, dan CAA, beberapa triplet ACC, CCA, dan CAC, dan sangat sedikit; triplet
CCC. Dengan penggunaan mRNA tiruan yang berbeda yang dibuat dari fosforilase
polinukleotida dari campuran permulaan ADP, GDP, UDP, dan CDP yang berbeda,
komposisi basa triplet yang mengkode hampir semua asam amino diidentifikasi
segera. Bagaimanapun, eksperimen-eksperimen ini tidak bisa mengungkapkan urutan
basa pada setiap kode triplet.
Pada tahun 1964 Nirenberg dan Philip Leder menemukan pemecahan yang
memberikan suatu jawaban. Mereka menemukan bahwa ribosom E.coli yang sudah
terisolasi akan mengikat aminoasil-tRNA yang khas jika tidak ada GTP, apabila pada
waktu yang sama terdapat pembawa pesan polinukleotida buatan yang bersangkutan.
Sebagai contoh, ribosom yang diinkubasi dengan poli U dan fenilalanin-tRNA fe akan
berikatan dengan keduanya, tetapi jika ribosom diinkubasikan dengan poli U dan
beberapa aminoasil-tRNA yang lain, maka senyawa aminoasil-tRNA tersebut tidak
akan diikat karena antikodonnya tidak mengenali triplet UUU di dalam poli U.
Polinukleotida terpendek yang dapat menimbulkan ikatan spesifik fenilalanin-tRNAfe
adalah trinukleotida UUU. Dengan menggunakan trinukleotida sederhana yang
urutannya telah diketahui, maka hal ini telah membuka kemungkinan untuk
menentukan urutan basa-basa dalam kode-kode terutama ikatan antara tRNA dengan
asil asam amino yang berbeda. Dengan cara ini dan beberapa pendekatan yang lain,
urutan basa-basa pada semua kata-kata kode triplet untuk semua asam amino segera
dapat ditentukan. Kata-kata kode ini telah dites dengan beberapa cara yang berbeda.

Gambar 12 . Kamus kata sandi asam amino yang tetap pada RNA
Ada beberapa aspek yang perlu diketahui mengenai kode genetik, yaitu kode genetik bersifat
tidak saling tumpang-tindih (non-overlappind kecuali pada kasus tertentu, misalnya pada
bakteriofag, tidak ada sela (gap) di antara kodon satu dengan kodon yang lain, tidak ada
koma di antara kodon, kodon bersifat degenerotea, buktinya ada beberapa asam amino yang
mempunyai lebih dari satu kodon, secara umum, kodon bersifat hampir universal karena pada
beberapa organel jasad tinggi ada beberapa kodon yang berbeda dari kodon yang digunakan
pada sitoplasm, dalam proses translasi, setiap kodon berpasangan dengan antikodon yang
sesuai yang terdapat pada molekul tRNA, sebagai contoh, kodon metionin (AUG)
mempunyai komplemennya dalam bentuk antikodon UAC yang terdapat pada tRNAMet,
pada waktu tRNA yang membawa asam amino diikat ke dalam sisi A pada ribosom, maka
bagian antikodonnya berpasangan dengan kodon yang sesuai yang ada pada sisi A tersebut.
Oleh karena itu, suatu kodon akan menentukan asam amino yang disambungkan ke dalam
polipeptida yang sedang disintesis di dalam ribosom
Sifat sandi genetik :
Pertama-tama, kita harus memperhatikan bahwa tidak ada tanda baca atau
isyarat yang diperlukan untuk menunjukkan akhir dari suatu kodon berikutnya. Oleh
karena itu, kerangka pembacaan harus diatur dengan cermat pada awal pembacaan
suatu molekul mRNA dan kemudian bergerak secara berututan dari triplet ke triplet
yang lain. Apabila satu atau dua tanda baca pada kerangka pembacaan awal hilang,
atau ribosom secara tidak sengaja melewati satu nukleotida pada mRNA, semua
kodon berikutnya akan keluar dari daftar dan akan menyebabkan pembentukan protein
yang salah makna dengan urutan asam amino yang kacau.
Kedua, kita perhatikan bahwa 3 dari 64 kemungkinan triplet nukleotida
(UAG, UAA, UGA) tidak menyandi asam amino apapun, ketiganya adalah kodonkodon yang tidak bermakna (nonsense), yang secara norma menandai berakhirnya

rantai polinukleotida. Kodon AUG tidak hanya merupakan kodon awal baik pada
prokariotik maupun eukariotik, tetapi juga menyandi residu metionin pada posisi
internal polipeptida.
Hal utama yang ketiga adalah bahwa jika kata-kata sandi asam amino sama
pada semua spesies yang telah diuji, maka secara luas telah diterima bahwa sandi
genetik adalah universal. Mungkin gambaran yang paling mencolok tentang sandi
genetika adalah bahwa sandi-sandi tersebut mengalami degenerasi, yaitu istilah
matematika yang menunjukkan bahwa asam amino tertentu mungkin mempunyai
lebih dari satu kodon. Degenerasi tersebut sebaiknya tidak diartikan sebagai
ketidaksempurnaan, karena tidak ada kodon yang menetukan lebih dari satu asam
amino. Kemunduran kodon bersifat tidak seragam. Dengan demikian leusin dan serin
mempunyai 6 kodon, glisin dan alananin mempunya 4, dan asam gluamat, tirosin, dan
histidin mempunyai 6 kodon.
Pada kebanyakan kasus di mana asam amino mempunyai kodon majemuk,
perbedaan antara kodon-kodon tersebut terletak pada basa ketiga, yaitu pada ujung 3.
Sebagai contoh alanin diberi sandi triplet GCU, GCC, GCA, dan GCG. Dengan
demikian, 2 basa pertama GC bersifat umum bagi semua sandi alanin. Dalam
kenyataannya kodon hampir semua asam amino terdiri dari triplet yang dapat
disimbolkan dengan XYAG atau XYUC. Telah dibuktikan bahwa 2 huruf pertama
masing-masing kodon merupakan faktor penentu utama sandi asam aminonya,
sedangkan huruf ketiga yaitu nukelotida pada ujung kodon 3 bersifat kurang khas.
1.6 Interaksi antara Asam Nukleat dengan protein
Transkripsi

Transkripsi merupakan pembentukan/sintesis mRNA dari fragmen salah


satu rantai DNA, sehingga terjadi proses pemindahan informasi genetik dari DNA
ke mRNA. Transkripsi adalah bagian dari rangkaian ekspresi genetik (proses
penerjemahan informasi genetik dalam bentuk urutan basa menjadi protein).
Pengertian asli transkripsi adalah alih aksara atau penyalinan. Di sini, yang
dimaksud adalah mengubah teks DNA menjadi RNA. Sebenarnya, yang
berubah hanyalah basa nitrogen timin di DNA yang pada RNA digantikan oleh
urasil.
DNA berperan sebagai materi genetik; artinya DNA menyimpan cetak biru
bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. DNA
melakukan transkripsi agar gen asli tetap terlindung di dalam inti sel, sementara
hasil kopinya ditugaskan untuk melaksanakan pesan-pesan yang dikandungnya
dalam proses sintesis protein. Jika RNA rusak, maka akan segera diganti dengan
hasil kopian yang baru.
Proses transkripsi ini terjadi di dalam inti sel (nukleus). DNA tetap berada
di dalam nukleus, sedangkan hasil transkripsinya dikeluarkan dari nukleus
menuju sitoplasma dan melekat pada ribosom. Namun pada sel tumbuhan,
transkripsi terjadi di dalam matriks pada mitokondria dan plastida.
Pada proses transkripsi, rantai DNA digunakan untuk mencetak rantai
tunggal mRNA dengan bantuan enzim RNA polimerase. Enzim tersebut
menempel pada bagian yang disebut promoter, yang terletak sebelum gen.
Pertama-tama, ikatan hidrogen di bagian DNA yang akan disalin terbuka.
Akibatnya, dua rantai DNA berpisah. Salah satu DNA berfungsi sebagai pencetak
atau sense, yang lain sebagai antisense. Misalnya pencetak memiliki urutan basa
G-A-G-A-C-T, dan pasangan komplemen memiliki urutan C-T-C-T-G-A. Karena
pencetaknya G-A-G-A-C-T, maka mRNA hasil cetakannya C-U-C-U-G-A. Jadi, mRNA
C-U-C-U-G-A merupakan hasil kopian dari DNA C-T-C-T-G-A, dan merupakan
komplemen dari pencetak.

1. Inisiasi (permulaan)
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi disebut sebagai
promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai, juga menentukan yang mana
dari kedua rantai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.
2. Elongasi (pemanjangan)
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka rantai heliks ganda DNA dengan bantuan
enzim polimerase, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan DNA-nya.
3. Terminasi (pengakhiran)
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang
disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang berfungsi
sebagai kodon terminasi (kode stop) yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi
biasanya berhenti tepat pada akhir kodon terminasi, yaitu ketika polimerase mencapai titik
terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase terus
melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang jauh kira-kira
10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.
Sejumlah ATP diperlukan untuk membuat RNA polimerase mulai bergerak dari ujung 3
(ujung karboksil) berkas templat ke arah ujung 5 (ujung amino). RNA yang terbentuk dengan
demikian berarah 5 3. Pergerakan RNA polimerase akan berhenti apabila ia menemui urutan

basa yang sesuai dengan kodon berhenti. Setelah proses selesai, RNA polimerase akan lepas dari
DNA.

Translasi

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida atau kodon yang ada pada
molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida
atau protein. Transkripsi dan translasi merupakan dua proses utama yang menghubungkan gen ke
protein. Translasi hanya terjadi pada molekul mRNA, sedangkan rRNA dan tRNA tidak
ditranslasi. Molekul mRNA yang merupakan salinan urutan DNA menyusun suatu gen dalam
bentuk kerangka baca terbuka. mRNA membawa informasi urutan asam amino.
Proses translasi berupa penerjemahan kodon atau urutan nukleotida yang terdiri atas tiga
nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertentu. Kodon pada mRNA akan
berpasangan dengan antikodon yang ada pada tRNA. Setiap tRNA mempunyai antikodon yang
spesifik. Tiga nukleotida di anti kodon tRNA saling berpasangan dengan tiga nukleotida dalam
kodon mRNA menyandi asam amino tertentu.
Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan
terminasi. Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA, tRNA,
dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan
sejumlah energi. Energi ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang
mirip dengan ATP.
1. Inisiasi
Tahap inisiasi terjadi karena adanya tiga komponen yaitu mRNA, sebuah tRNA yang memuat
asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom.
Tahap inisiasi dari translasi terjadi dengan adanya mRNA, sebuah tRNA yang memuat asam
amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom. Dalam kompleks inisisasi, ribosom
membaca kodon pada mRNA. Pembacaan dilakukan untuk setiap 3 urutan basa hingga selesai
seluruhnya. Sebagai catatan ribosom yang datang untuk membaca kodon biasanya tidak hanya
satu, melainkan beberapa ribosom yang dikenal sebagai polisom membentuk rangkaian mirip
tusuk sate, di mana tusuknya adalah mRNA dan daging adalah ribosomnya. Dengan
demikian, proses pembacaan kodon dapat berlangsung secara berurutan. Ketika kodon I terbaca
ribosom (misal kodonnya AUG), tRNA yang membawa antikodon UAC dan asam amino
metionin datang. tRNA masuk ke celah ribosom.Ribosom di sini berfungsi untuk memudahkan

perlekatan yang spesifik antara antikodon tRNA dengan kodon mRNA selama sintesis protein.
Sub unit ribosom dibangun oleh protein-protein dan molekul-molekul RNA ribosomal.
2. Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino ditambahkan satu per satu diawali
dari asam amino pertama (metionin). Ribosom akan terus bergerak dan membaca kodon-kodon di
sepanjang mRNA. Masing-masing kodon akan diterjemahkan oleh tRNA yang membawa asam
amino yang dikode oleh pasangan komplemen antikodon tRNA tersebut. Di dalam ribosom,
metionin yang pertama kali masuk dirangkaikan dengan asam amino yang di sampingnya
membentuk dipeptida.
Ribosom terus bergeser, membaca kodon berikutnya. Asam amino berikutnya dirangkaikan
dengan dipeptida yang telah terbentuk sehingga membentuk tripeptida. Demikian seterusnya
proses pembacaan kode genetika itu berlangsung di dalam ribobom, yang diterjemahkan ke
dalam bentuk asam amino guna dirangkai menjadi polipeptida.
Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul tRNA yang
baru masuk yang membawa asam amino yang tepat. Molekul mRNA yang telah melepaskan
asam amino akan kembali ke sitoplasma untuk mengulangi kembali pengangkutan asam amino.
Molekul rRNA dari sub unit ribosom besar berfungsi sebagai enzim, yaitu mengkatalisis
pembentukan ikatan peptida yang menggabungkan polipeptida yang memanjang ke asam amino
yang baru tiba.
3. Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga ribosom mencapai kodon stop.
Triplet basa kodon stop adalah UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam
amino melainkan bertindak sebagai sinyal untuk menghentikan translasi. Polipeptida yang
dibentuk kemudian diproses menjadi protein.