cidos nucleicos, nucletidos y nuclesidos

ADN, ARN, estructura. Metabolismo

Bibliografa:
Biochemistry (Chapter 4). Lubert Stryer
Principles of Biochemistry. Lehninger
A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid Watson J. and Crick F. Nature 171,
737 (1953).
Qumica Biolgica. Antonio Blanco.

Objetivos de la Clase
Que son los nuclesidos y los nucletidos
Purinas
Pirimidinas
Aldopentosa
Grupo fosfato
cidos Nucleicos: ADN
Conformacin espacial: ABZ
ARN. ARN vs ADN
Replicacin
Transcripcin
Traduccin
Metabolismo de cidos nucleicos

Nucletidos
Componentes:
1-un molcula de anillo (base) que pertenece a las purinas o pirimidinas
2-Un azcar de 5 carbonos o pentosa
3-Uno o ms grupos fosfato
Energa
Los nucletidos son fuentes de transferencia de energa celular. Regulan el ciclo
metablico. Los nucletidos se encuentran en un estado estable cuando poseen un solo
grupo de cido fosfrico. Los ms utilizados celularmente como dadores de energa son el
ATP (un nucletido de adenina con tres grupos de fosfato) y GTP (nucletido de guanina).
Electrones
Los nucletidos son fuentes de transferencia de electrones. Actan como reguladores de
la cadena respiratoria celular. Intervienen en el equilibrio redox intracelular. Son ejemplos
NADPH (NADP+), FADH y NADH y Coenzima A.
Vas de sealizacin
Los nucletidos actan como segundos mensajeros en mltiples vas de sealizacin
intracelular. Son ejemplos el AMPc y GMPc.
Informacin
Los nucletidos en forma de polinucletidos actan como fuente (almacenamiento) y
transferencia de informacin celular. Existen dos tipos de polinucletidos: el cido
desoxiribonucleico o ADN y el cido ribonucleico o ARN

Nucletidos
Johan Friedrich Miescher (1844 -1895): Bilogo suizo. Utiliz las
vendas con pus del hospital. Las lav con soluciones salinas y
luego les agreg una solucin levemente alcalina. Los ncleos y
las clulas lisadas precipitaron. Analiz el precipitado. Aisl varias
molculas ricas en fosfatos, a las cuales llam nuclenas
(actualmente cidos nucleicos). Este descubrimiento se public
por primera vez en 1871 y los experimentos de Albrecht Kossel le
dieron su importancia biolgica.

Albrecht Kossel (1853-1927) . Bioqumico alemn . Descubri los

cidos nucleicos. Le fue otorgado el Premio Nobel de Fisiologa
y Medicina en 1910 por el desciframiento de la qumica de
cidos nucleicos. Estudi los constituyentes de las nuclenas y
las describi (base+azcar+grupo fosfato).
Distingui las bases: adenina, citosina, guanina, timina y uracilo.
Kossel estableci las bases que condujeron a esclarecer la
estructura del ADN.
1871
A

1910

Phoebus Aaron Theodore Levene, M.D. (1869 1940) Bioqumico, trabaj con
Kossel contribuyendo al descubrimiento de las bases (adenina, citosina, guanina,
timina y uracilo); la ribosa (1909); desoxiribosa (1929) y el grupo fosfato.
El llam por primera vez a la molcula nucletido y estableci de que manera
estaban unidos. Fu uno de los primeros en proponer una estructura del DNA
como tetranucleotidos (1910).

1871
A

1909 1910
R

B N

1929
DR

Purinas y Pirimidinas
Cada nucletido contiene una base nitrogenada. Estas bases se clasifican en purinas
(con dos anillos, uno de cinco y otro de seis tomos) y las pirimidinas (con un solo
anillo de seis tomos)

4
1

8
2
9

5
6

2
1

Bases del ADN y ARN

En el ADN hay cuatro bases diferentes: la adenina (A) y la guanina (G) son las purinas.
La citosina (C) y timina (T) son las pirimidinas.
El ARN tambin tiene cuatro bases diferentes. Tres de ellas son las mismas que en el
ADN: adenina, guanina, y citosina. El ARN tiene al uracilo (U) en lugar de la timina (T).

Ribosa y Desoxiribosa
Los azcares en los cidos nucleicos son pentosas
La ribosa que encontramos en el ARN, es un azcar "normal", con un tomo de oxgeno
unido a cada tomo de carbono.
La desoxirribosa que est en el ADN, es un azcar modificada, puesto que carece de un
tomo de oxgeno (de ah en nombre de "desoxi").

5
1

4
3

En la ribosa, el tomo de carbono #2 tiene un grupo hidroxilo (en rojo).

En la desoxirribosa, el tomo de carbono #2 tiene un hidrgeno en lugar de un grupo
hidroxilo.

Nuclesidos
A la combinacin de una base y un azcar se le llama
nuclesido. El enlace es N-Glicosdico

N9
C 1

N1
C 1

El nombre de la purina o pirimidina es modificado para indicar que est combinado con el
azcar: la adenina se convierte en adenosina, la citosina en citidina, la guanina en
guanosina, el uracilo en uridina y la timina en timidina.

Grupo Fosfato
Los grupos fosfato se unen por medio de enlaces
fosfodister. Entre s o a una molcula de azcar
Cuando un fosfato es agregado a un nuclesido, la
molcula se llama nucletido.

C 5

El nmero de grupos fosfato se indica por los trminos monofosfato, difosfato y

trifosfato.

Las molculas con dos o tres grupos fosfato son consideradas buenos dadores de
energa, liberando energa junto con la transferencia de los grupos fosfato. Mltiples
grupos fosfato tienen una fuerte tendencia a repelerse uno con otro, siendo los
nucletidos una molcula muy polar y cargada negativamente.

Si el azcar es la desoxiribosa, el nombre del nucletido empieza con "desoxi",

como el desoxiadenosn monofosfato (dAMP). Si el azcar es la ribosa, se llamara
adenosn monofosfato (AMP). Debera ponerse AMF, pero se usan las siglas en
ingls.

El azcar presente en el RNA es la ribosa. Esto indica que en la posicin 2' del
anillo del azcar hay un grupo hidroxilo (OH) libre. Por este motivo, el RNA es
qumicamente inestable, de forma que en una disolucin acuosa se hidroliza
fcilmente

N
RA
CI

Citosina (C)

IN
TE
G

NH2

-O

dCitidina
(nuclesido)

-O

CH2

N
O

C 5
C 4

H
OH

C 3

H C 1
H

C 2

dCitidina 5`-monofosfato
(dCMP, nucletido)

N
RA
CI

IN
TE
G

Adenina
NH2

-O

dAdenosina
(nuclesido)

CH2

-O
H
OH

H
H

dAdenosina 5-monofosfato
(dAMP, nucletido)

Se saba que las protenas estaban constituidas por cadenas formadas a partir de 20
aminocidos diferentes
Los cidos nucleicos, DNA y RNA, estaban formados por polmeros de cuatro
nucletidos diferentes: tres comunes en el DNA y el RNA =adenina (A), guanina (G),
citosina (C), y timina (T) o uracilo (U) para el DNA o el RNA, respectivamente.
Hasta 1944 genetistas como Avery, MacLeod y McCarty haban definido la
existencia de los genes como unidades abstractas de herencia y demostraron que
estaban constituidos por cido desoxirribonucleico (DNA).

Erwin Chargaff (1905 - 2002) fu un qumico austriaco.

Se le conoce, principalmente, por demostrar que en el
ADN la cantidad de guanina es igual a la de citosina, y
el nmero de unidades de adenina es igual al de timina
(1949). Esto establece la unidad de medicin del DNA
como pares de bases.
[A+G]=[T+C] ([purinas]=[pirimidinas]). Esta es la llamada ley de Chargaff.
1871
A

1909 1910
R

B N

1929
DR

1944 1949
G

Ch

EL EXPERIMENTO DE AVERY, McLEOD Y McCARTY (1944 (Griffith 1929)

Los neumococos de tipo R (rugoso)

forman colonias de aspecto rugoso sobre
un medio slido, y son poco virulentos.

Los neumococos de tipo S (liso) forman colonias de

aspecto liso y brillante sobre un medio slido, y
provocan infecciones letales.

Factor transformante: ADN??

Los neumococos de tipo S (liso)

provocan infecciones letales, pero
son sensibles al calor. Si se inyectan
al ratn neumococos de tipo S que
han sido calentados, el animal
sobrevive.

Si se inyectan a un ratn neumococos vivos de tipo R y

neumococos muertos de tipo S (ninguno de los dos es letal por
separado) se produce la muerte del ratn. En los ratones
muertos se encontraron neumococos vivos del tipo S que, a su
vez, eran capaces de infectar a otros ratones: el cambio que se
haba producido era estable y era heredado por la descendencia

EL EXPERIMENTO DE AVERY, McLEOD Y McCARTY (1944 (Griffith 1929)

Trataron los pneumococos S muertos por calentamiento con detergente para obtener un lisado celular (un
extracto libre de clulas que contena el FT). Este lisado contiene (entre otras cosas) el polisacrido de la
superficie celular, las protenas, el ARN y el ADN de los neumococos S. Sometieron al lisado a diversos
tratamientos enzimticos. Inyectaron en ratones los neumococos de tipo R vivos junto con una fraccin
del lisado modificada enzimticamente

Tratamiento realizado sobre el lisado

Resultado

Conclusin

Ninguno

El FT est presente en el lisado

Se aadi la enzima SIII,que degrada la cpsula

de polisacrido

El FT no era el polisacrido que

estaba presente en el lisado

Se aadieron al lisado anterior (con el

polisacrido degradado) las enzimas proteolticas
tripsina y quimiotripsina

El FT no era una protena. Deba

ser un cido nucleico

Se extrajeron los cidos nucleicos del lisado

anterior y se aadi la enzima ARNasa (que
degrada el ARN)

El FT no era el ARN

Al extracto de cidos nucleicos anterior se le

aadi la enzima ADNasa (que degrada el ADN)

FT = ADN

Experimento Alfred D. Hershey y Martha Chase (1952)

1962

En 1931, Linus Pauling su obra ms importante

desarroll el concepto de hibridacin de los orbitales
atmicos. Descubri la estructura de la alfa hlice
(protenas), lo que lo llev a acercarse al
descubrimiento de la doble hlice del cido
desoxiribonucleico; proponiendo una triple hlice poco
antes de que Watson y Crick desarrollaran su modelo
en 1953.

1954

James Watson
1962

Francis Crick
1962

Maurice Wilkins

Rosalind Franklin

1962

1871
A

1909 1910
R

B N

1929
DR

1944 1949
G

Ch

1953
DH

1958
M

1962
N

NP

La edicin de Nature del 25 de abril de 1953

1: FRANKLIN R, GOSLING RG. Molecular configuration in sodium thymonucleate.

Nature. 1953 Apr 25;171(4356):740-1.
2: WILKINS MH, STOKES AR, WILSON HR. Molecular structure of deoxypentose
nucleic acids. Nature. 1953 Apr 25;171(4356):738-40.
3: WATSON JD, CRICK FH. Molecular structure of nucleic acids; a structure for
deoxyribose nucleic acid. Nature. 1953 Apr 25;171(4356):737-8.

Difraccin de rayos x
Tcnica analtica, no destructiva
Da informacin sobre la estructura molecular, cristalogrfica y propiedades fsicas de la
sustancia analizada
Se basa en analizar la marca radiogrfica que se observa luego de interponer una
muestra entre una placa y la fuente de luz (se analiza ngulo dispersado, la polarizacin,
la longitud de onda o la energa).

A= reflexin meridional de 3.4 A corresponde a los

anillos de las bases
B= corresponde a la repeticin de la doble hlice cada
34 A, formando la tpica cruz helicoidal
CDEyF= determinaron que el dimetro oscila entre 2024 A. 10 nucletidos por vuelta

ADN: Segn el modelo desarrollado por Watson y Crick en 1953

La molcula de DNA es una doble hlice

Es dextrgira (enrollamiento de la cadena es
hacia la derecha)
Las dos cadenas de polinucletidos siguen un
eje imaginario de simetra
Los grupos fosfatos se encuentran mirando
hacia fuera (hidroflicas)
Las bases (molcula plana) se localizan hacia el
interior (hidrofbicas).
Los pares de bases estn formados siempre por
una Purina-Pirimidina de manera que siempre
estn equidistantes y complementarias segn AT y C-G.
Las cadenas son antiparalelas 5- 3 3- 5

Los grupos fosfato estn unidos a los

carbonos 5' y 3' de cada azcar de la cadena
de ADN.
Un final de la cadena lleva un grupo fosfato
libre pegado al carbono 5'; a este se le llama
extremo 5' de la molcula. El otro final tiene
un grupo hidroxilo libre (-OH) en el carbono
3' y se le llama extremo 3' de la molcula.

dCMP

C 5
C 3

Unon
Fosfodister
dAMP
C3

Cuando dos cadenas de ADN se ensamblan en una doble hlice, las dos cadenas estn una
enfrente de la otra, pero en direcciones opuestas; el extremo 5' de una cadena est
apareado con el extremo 3' de la otra cadena.
dGMP

dCMP

C 3

C 5

C 5

CH 2

HN

H
OH

C 3`

dAMP

H
dTMP

Las uniones intercatenarias se dan por puentes de Hidrgeno

El DNA se desnaturaliza por efecto de la temperatura

El DNA se desnaturaliza por efecto del pH (extremos)
La desnaturalizacin consiste en la ruptura de los puentes de hidrgeno entre bases
apareadas
Cuando la temperatura o las condiciones de pH retornan a valores fisiolgicos, los
segmentos de DNA se aparean nuevamente y se obtiene la estructura de doble hlice.
En el proceso de desnaturalizacin los enlaces covalentes del DNA se mantienen
inalterados.
Los DNA de distintos orgenes tienen una temperatura de desnaturalizacin o
temperatura de fusin caracterstica que depende de la composicin de bases.
La transicin de DNA de doble hlice a monohebra puede detectarse por el efecto
hipercrmico, que se debe al incremento de absorcin de luz UV por las bases del
DNA.

Curva de Fusin (Tm). La absorbancia a 260nm de una solucin de DNA aumenta

cuando se desnaturaliza.

Curvas de Fusin de diferentes DNA con distinto contenido de G+C

Polimorfismo conformacional del DNA

Segn las condiciones fsicas (hidricas-salinas) del medio el DNA pueda adoptar
distintas conformaciones (A, B, Z).
B: es la normal en estado fisiolgico, se
describe un surco mayor y otro menor, las
bases estn perpendiculares al plano de giro
Z: (ZigZag) pociones ricas en G y C. Posee
una hlice levgira.
A: naturalemente existe cuando el medio
esta enriquecido con cationes (Mg++, Ca++)
o hay deshidratacin (<65%). Se ven dos
surcos: estrecho y profundo y otro ancho y
superficial
TIPO DE
ADN

GIRO DE
HELICE

nm /v

Plano entre
bases

n de
ns/v

Dextrgiro

2.8

inclinado

11

Dextrgiro

3.4

perpendicular

10

Levgiro

4.5

zig-zag

12

ARN
El ARN se crea por la polimerizacin de ribonucletidos y forma una cadena de
molculas usadas en el proceso de transferencia de la informacin.

Es el cido nucleico ms abundante en la clula.

Una clula tpica contiene 10 veces ms RNA que DNA.
El azcar presente en el RNA es la ribosa. Esto indica que
en la posicin 2' del anillo del azcar hay un grupo hidroxilo
(OH) libre (qumicamente inestable).
En el RNA la base que se aparea con la A es U, a diferencia
del DNA, en el cual la A se aparea con T.
En la mayor parte de los casos es un polmero
monocatenario, pero en ciertos casos puede presentar
zonas en su secuencia con apareamientos intercatenarios
Principalmente es citoplasmtico.

La molcula de ARN
El ARN es estructuralmente similar al ADN.

Tipos de ARN
Hay 4 tipos de ARN, cada uno codificado por su propio gen

ARNm - ARN Mensajero:

Transmite la informacin para la sntesis de
protenas desde el ncleo al citoplasma.

ARNt - ARN de Transferencia:

Lleva los aminocidos a los ribosomas durante
la traduccin de la informacin para la sntesis
de protenas.

ARNr - ARN Ribosomal:

Constituye el 80 % del RNA total. Se asocia a riboprotenas y se une al RE formando un
complejo capaz de sintetizar protenas
ARN np- ARN nuclear pequeo:
Interviene en el procesamiento. En la reaccin de corte y empalme para eliminar los
intrones del ARNm precursor

El DNA y el RNA se diferencian porque:

El peso molecular del DNA es generalmente mayor que el del RNA

El azcar del RNA es ribosa, y el del DNA es desoxirribosa
El RNA contiene la base nitrogenada uracilo, mientras que el DNA presenta
timina
La configuracin espacial del DNA es la de un doble helicoide, mientras que el
RNA es un polinucletido lineal, que ocasionalmente puede presentar
apareamientos intercatenarios
La estabilidad de DNA es mayor al RNA
DNA es principalmente nuclear. RNA es principalmente citoplasmtico
EL RNA es 10 veces mas abundante que el DNA.

Nature. 1970 Aug 8;227(5258):561-3

Francis Crick

1871
A

1909 1910
R

B N

1929
DR

1944 1949
G

Ch

1953
DH

1962
N

NP

1970
Dg

DNA sntesis: Replicacin

Ubicacin: Ncleo
Semiconservativa
Intervienen complejos sistemas de protenas:Polimerasas, ligasas,
topoisomerasas, helicasas etc.
El resultado son dos molculas de DNA idnticas.
El proceso es distinto entre procariotas y eucariotas (donde y
cuando)
Direccin es 5-------- 3

Transcripcin de DNA
Proceso por el cual la informacin gentica de la molcula de DNA se transfiera a
una molcula de RNA llamada RNA mensajero (RNAm)
Intervienen complejos proteicos: RNA polimerasa, factores de transcripcin,
reguladores.
En eucariotas: existe un precursor de RNAm y ocurren mecanismos de splicing
alternativo
Tres procesos: iniciacin (RNA polimerasa se une al promotor), elongacin (RNA
polimerasa) y terminacin (codon terminacin o protena Rho) .

Traduccin
Proceso por el cual se decodifica una molcula de RNA mensajero (maduro) a un
polipptido especfico segn las reglas del cdigo gentico.

En eucariotas es citoplasmtico
Intervienen: RNAm, RNAt, RNAr
4 etapas: activacin, iniciacin, elongacin y terminacin

Metabolismo de cidos Nucleicos

DNA / RNA
nucleasas

Oligonucletidos

Biosntesis
de novo

fosfodiesterasas

Nucletidos
nucleotidasas

Nuclesidos + Pi
Nuclesido fosforilasa

Degradacin
cido rico

Base + ribosa 1P

Vas de recuperacin
Purinas: AMP

Vas Biosintticas
De novo
La mayora de los organismos pueden sintetizar suficientes nucletidos de purina y
pirimidina segn sus necesidades a partir de precursores de bajo peso molecular. Estas
vas de novo son iguales en todo el mundo biolgico.

Recuperacin
Las vas de recuperacin requieren la utilizacin de purinas y pirimidinas preformadas.
La recuperacin, o reutilizacin de bases pricas y pirimidnicas se realiza a partir de
molculas liberadas por la degradacin de los cidos nucleicos
La degradacin puede darse intracelularmente despus de la muerte celular o por
digestin de cidos nucleicos de la dieta (animales).
En animales la hidrlisis extracelular a partir de la ingesta representa la ruta principal de
importacin de bases y nuclesidos. En la catlisis participan endonucleasas, que
digieren los cidos nucleicos en el intestino delgado. Se producen mononucletidos.
Si las bases o nuclesidos no son utilizados para sntesis de cidos nucleicos por la va
de recuperacin, las purinas y pirimidinas se degradan a cido rico o betaureidopropionato.

Biosntesis de novo