PARA 1997)
Carlos Mauricio R. SantAnna*
Departamento de Qumica, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, 23851-970 Seropdica - RJ; Departamento de Frmacos,
Universidade Federal do Rio de Janeiro, 21949-910 Rio de Janeiro - RJ
Recebido em 13/12/01
O presente glossrio uma traduo para o portugus (aprovada pelo Comit Brasileiro para Assuntos de Qumica junto IUPAC)
do artigo Glossary of Terms Used in Computational Drug Design
publicado em Pure Appl. Chem. 1997, 69, 1137, preparado por H.
van de WaterBeemd, M. S. Tute, R. E. Carter, G. Grassy, H. Kubinyi,
Y. C. Martin e P. Willet.
INTRODUO
O planejamento computacional de frmacos uma rea de rpido crescimento que atualmente um componente muito importante
da disciplina de qumica medicinal. Ao mesmo tempo, muitos qumicos medicinais carecem de treinamento formal significativo nesta
rea e podem no ter uma compreenso clara da terminologia usada,
precisando entretanto entender conceitos, acompanhar resultados de
pesquisa, definir problemas para o planejamento computacional de
frmacos e utilizar seus resultados.
Neste contexto, o Comit da Seo de Qumica Medicinal da
IUPAC sentiu que seria til desenvolver um glossrio de termos usados no planejamento computacional de frmacos para fins de referncia fcil. Tambm h a possibilidade de que em pases diferentes
certos termos possam no ter o mesmo significado e, em tais casos,
seria valioso tentar estabelecer um padro de definio internacional. Deste modo, um Grupo de Trabalho de sete especialistas na rea
foi organizado, o qual construiu um glossrio de cerca de 100 termos. Definies concisas mas suficientemente explanatrias foram
formuladas, baseadas em uma variedade de fontes da literatura e referncias chaves fornecidas.a
Recomendaes 1997; 1997 IUPAC. Reimpresso de Pure Appl.
Chem. 1997, 69, 1137
REGISTROS ALFABTICOS
Algumas das definies tambm aparecem no Glossary of Terms
used in Medicinal Chemistry (recomendaes da IUPAC 1997;
1997 IUPAC). Estas definies esto marcadas com um asterisco.
Assuntos Gerais
*e-mail: santanna@ufrrj.br
a
N.T.: Por se tratar de um campo de evoluo muito rpida, muitos termos novos surgiram desde a publicao do glossrio em lngua inglesa e a atual
traduo. Este trabalho deve ser considerado como um esforo inicial para suprir as necessidades de padronizao dos termos do planejamento computacional
de frmacos na lngua portuguesa, os quais j so usados com freqncia em artigos de qumica medicinal publicados em nosso pas.
b
N.T.: AMBER tambm refere-se ao campo de fora. Apesar deste campo de fora ter sido parametrizado e definido para protenas e cidos nuclicos,
parmetros tm sido adicionados para estend-lo para clculos de outras classes de molculas.
c
N.T.: Na maior parte dos casos as relaes quantitativas envolvem atividades farmacolgicas, mas o mtodo pode ser aplicado igualmente a conjuntos de
molculas planejadas para causar qualquer ao sobre organismos vivos, inclusive txica, como o caso dos pesticidas.
d
N.T.: O mtodo CoMFA tambm pode ser usado para a anlise de relaes quantitativas entre afinidades (por receptores, etc.) com propriedades fsicoqumicas tridimensionais.
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mecnica molecular e qumico-qunticos so empregados para computar as energias conformacionais, enquanto que os mtodos de busca sistemtica e aleatria, de Monte Carlo, de dinmica molecular e
de geometria de distncias (freqentemente combinados com procedimentos de minimizao de energia) so usados para explorar o
espao conformacional. (veja Geometria de distncias, Dinmica
molecular, Mecnica molecular, Tcnica de Monte Carlo e Clculos
qumico-qunticos)
Anlise de Discriminantes Anlise de discriminantes uma
tcnica estatstica usada para encontrar um conjunto de descritores
que podem ser usados para detetar e racionalizar a separao entre
classes de atividades.
Anlise de Free-Wilson (FW) A anlise de Free-Wilson uma
tcnica de regresso que usa a presena ou ausncia de substituintes
ou grupos como os nicos descritores moleculares em correlaes
com a atividade biolgica1. e
Anlise de Hansch* A anlise de Hansch a investigao da
relao quantitativa entre a atividade biolgica de uma srie de compostos e seus parmetros fsico-qumicos relativos aos substituintes
ou molcula toda que representam os efeitos hidrofbicos, eletrnicos, estricos e outros, usando a metodologia de correlao de regresso mltipla1,5. f
Anlise de Componentes Principais (PCA, do ingls Principal
Components Analysis) Anlise de componentes principais um
mtodo de reduo de dados que usa tcnicas matemticas para identificar padres em uma matriz de dados. O principal elemento deste
mtodo consiste na construo de um pequeno conjunto de novas
variveis ortogonais, ou seja, no correlacionadas, derivadas de uma
combinao linear das variveis originais.
Anlise por Agrupamento Anlise por agrupamento consiste
no agrupamento de grandes conjuntos de dados (por exemplo, conjuntos de dados qumicos ou farmacolgicos) com base em critrios
de similaridade para variveis apropriadamente escaladas, que representam os dados de interesse. Critrios de similaridade (baseados
em distncia, associativos, correlativos e probabilsticos) entre vrios grupos facilitam o reconhecimento de modelos e revelam estruturas de outra forma ocultas6-8.
Anlise Populacional de Mulliken Anlise populacional de
Mulliken um mtodo para distribuir os eltrons em tomos com a
finalidade de gerar cargas atmicas parciais. Os resultados so fortemente dependentes do conjunto de bases usado.
Anlise populacional de Mulliken Um esquema de partio, baseado no uso das matrizes de densidade e de recobrimento, para distribuir os eltrons de uma entidade molecular de algum modo fracionrio
entre suas vrias partes (tomos, ligaes, orbitais). Como em outros
esquemas usados para distribuir a densidade eletrnica em molculas, a anlise populacional de Mulliken arbitrria e fortemente dependente do conjunto de bases empregado. Contudo, a comparao
de anlises populacionais para uma srie de molculas til para
uma descrio quantitativa das interaes intramoleculares, de
reatividade qumica e de regularidades estruturais.
Anlise por Regresso Anlise por regresso o uso de mtodos estatsticos para modelar um conjunto de variveis dependentes,
Y, em termos de combinaes de variveis independentes, X. A anlise inclui mtodos como a regresso linear mltipla (MLR, do ingls multiple linear regression) e mnimos quadrados parciais (PLS,
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Clculos de Perturbao de Energia Livre Clculos de perturbao de energia livre so procedimentos matemticos usados em
estudos de dinmica molecular para converter gradualmente uma
espcie qumica em outra em um ciclo termodinmico.
Clculos MINDO/3 Clculos MINDO/3 (do ingls Modified
Intermediate Neglect of Differential Overlap, Negligncia Intermediria Modificada do Recobrimento Diferencial) so clculos de
orbital molecular (MO) semi-empricos11.
Clculos MM2 Clculos MM2 envolvem clculos de mecnica molecular que usam a verso 2 do programa de campo de fora
MM212, amplamente distribudo.
Clculos MNDO Clculos MNDO so clculos semi-empricos
de orbital molecular (MO), que usam como aproximao uma negligncia modificada de recobrimento diatmico (diferencial).
Clculos PCILO Clculos PCILO (do ingls Perturbative
Configuration Interaction using Localized Orbitals, Interao de
Configurao Perturbativa usando Orbitais Localizados) so clculos semi-empricos de orbital molecular relacionados com clculos CNDO/2 e MNDO.
Clculos Mecnico-qunticos Clculos mecnico-qunticos so
clculos de propriedades moleculares baseados na equao de
Schrdinger que levam em conta as interaes entre os eltrons em
uma molcula.
Clculos PM3 PM3 (do ingls Parametric Method 3) um
programa de clculo semi-emprico de orbital molecular largamente
usado (veja Mtodos semi-empricos).h
Campo de Fora O campo de fora um conjunto de funes
e parametrizao usadas em clculos de mecnica molecular.
Campo de Fora Dentro da abordagem da mecnica molecular,
um conjunto de funes de potencial que definem as energias de
estiramento de ligao e de distoro de ngulo de ligao (tanto
de valncia quanto diedro) de uma molcula, quando comparadas
com a sua conformao no tensionada (aquela caracterizada pelos
valores padres de comprimentos e de ngulos de ligao). Um
conjunto de constantes de fora empricas transferveis previamente atribudo e a aproximao harmnica geralmente empregada. Alguns campos de fora podem conter termos de interao
entre tomos no ligados, de efeitos eletrostticos, de ligao hidrognio e de outros efeitos estruturais, assim como considerar efeitos de anarmonicidade. Na espectroscopia vibracional, resolvido
o problema inverso da determinao de um conjunto de constantes
de fora e de outros parmetros de funes de energia potencial
selecionadas que coincidiria com freqncias vibracionais experimentalmente observadas de uma determinada srie de molculas
congneres.
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V (r ) =
ZA
r (r ' )dr '
-
RA - r
r '-r .
N.T.: Nesta traduo. A definio traduzida do original, incorreta, diz que PM3 um programa de mecnica molecular semi-emprico largamente usado
(veja Mecnica molecular).
i
N. T.: Quase todos os clculos ab initio modernos utilizam conjuntos de bases com orbitais representados por funes de probabilidade de Gauss. Estas
funes podem ser subdivididas em orbitais internos, compactos, e externos, mais difusos. O termo 6-31G, por exemplo, significa que os orbitais do caroo
consistem de 6 funes Gaussianas e os da camada externa esto subdivididos em um conjunto de 3 + 1 funes Gaussianas. A introduo de orbitais d no
clculo indicada por um asterisco. Dois asteriscos indicam que um conjunto de orbitais p est presente para os tomos de hidrognio. Os clculos do tipo
Mller-Plesset (MP2, MP4, etc.) incluem correes para a correlao eletrnica.
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Constante Fragmentria Lipoflica (f ou f) A constante fragmentria lipoflica de um substituinte ou fragmento molecular representa a contribuio do substituinte ou fragmento molecular para
a lipofilia14-16. j
Correlaes Estrutura-Propriedade (SPC*, do ingls StructureProperty Correlation) Correlaes estrutura-propriedade referemse a todos os mtodos estatsticos matemticos usados para
correlacionar qualquer propriedade molecular (intrnseca, qumica
ou biolgica) a qualquer outra propriedade, usando tcnicas de regresso estatstica ou de reconhecimento de padres17.
CSSR O formato de arquivo CSSR (do ingls Crystal Structure
Search Retrieval, Recuperao de Pesquisa de Estrutura Cristalina)
um dos vrios formatos usados pelo Banco de Dados de Estruturas
Cristalinas de Cambridge (CSD, do ingls Cambridge Structural
Database) para armazenar estruturas moleculares. Este formato
usado em muitos pacotes de programas de modelagem molecular.
Descritores Moleculares Descritores moleculares so termos
que caracterizam um aspecto especfico de uma molcula18.
Diagrama de Craig O diagrama de Craig um diagrama de
dois parmetros de substituintes (por exemplo, valores p de HanschFujita e s de Hammett) usado no planejamento de anlogos.k
Dinmica Molecular Dinmica molecular um procedimento
de simulao que consiste na computao do movimento dos tomos em uma molcula ou de tomos individuais ou molculas em
slidos, lquidos e gases, de acordo com as leis de movimento de
Newton. As foras que agem nos tomos, necessrias para simular
os seus movimentos, so calculados usando campos de fora de
mecnica molecular. l (veja Mecnica molecular)
(Dis)similaridade Molecular (Dis)similaridade molecular um
nmero para expressar a relao estrutural entre pares de molculas,
por exemplo, os chamados coeficientes de Carbo, de Hodgkin ou de
Tanimoto19,20.m
Energia do Orbital Molecular Desocupado de Menor Energia
(LUMO, do ingls Lowest Unoccupied Molecular Orbital) A energia do orbital molecular desocupado de menor energia obtida por
clculos de orbital molecular e representa a afinidade eletrnica de
uma molcula ou a sua reatividade como eletrfilo. (veja Energia do
Orbital Molecular Ocupado de Maior Energia (HOMO))
Energia do Orbital Molecular Ocupado de Maior Energia
(HOMO, do ingls Highest Occupied Molecular Orbital) A energia do orbital molecular ocupado de maior energia obtida por clculos de orbital molecular e se relaciona com o potencial de ionizao
de uma molcula e com sua reatividade como nuclefilo. (veja Energia do Orbital Molecular Desocupado de Menor Energia (LUMO))
Orbital de fronteira Os orbitais moleculares que envolvem o orbital
molecular ocupado de maior energia (HOMO, do ingls Highest
Occupied Molecular Orbital) e o orbital molecular desocupado de
menor energia (LUMO, do ingls Lowest Unoccupied Molecular
Orbital) de uma dada entidade. No caso de uma entidade molecular
com um nmero mpar de eltrons, quando o seu HOMO ocupado por um nico eltron, tal orbital molecular denominado orbital
molecular unicamente ocupado (SOMO, do ingls Singly Occupied
Molecular Orbital). Dependendo das propriedades de seu parceiro
reativo, o SOMO de uma dada espcie pode funcionar como HOMO
ou como LUMO. A importncia especial dos orbitais de fronteira
Quim. Nova
devida ao fato de que uma grande variedade de reaes qumicas
ocorre em uma posio e em uma direo onde a sobreposio do
HOMO e do LUMO dos respectivos reagentes mxima.
N.T.: Nesta traduo. Originalmente definido como Constante Fragmentria Hidrofbica (Hydrophobic Fragmental Constant).
N. T.: Tambm existe o diagrama de Craig 3D.
l
N.T.: O clculo de trajetrias pode ser realizado com mtodos semi-empricos, e mesmo com mtodos ab initio (no caso de eventos com tempo de vida curto).
Em geral, estes clculos so referidos na literatura com termos especficos, como DRC (do ingls Dynamic Reaction Coordinate, Coordenada de Reao
Dinmica), Semiempirical Direct Dynamics (Dinmica Direta Semi-emprica) e Ab Initio Direct Dynamics (Dinmica Direta Ab Initio).
m
N.T.: Os termos de Carbo so termos de similaridade qumica.
k
Hamiltoniano O Hamiltoniano uma funo matemtica operador usada em clculos de orbitais moleculares10.
Hidrofilia* n Hidrofilia a tendncia de uma molcula em ser
solvatada por gua.
Hidrofobia* o Hidrofobia a associao de grupamentos ou
molculas apolares em um ambiente aquoso que se origina da tendncia da gua excluir molculas apolares24-26.
ndice de Conectividade Molecular Um ndice de conectividae
molecular um descritor numrico de topologia molecular27.
ndice Topolgico - Um ndice topolgico um valor numrico
associado constituio qumica para a correlao da estrutura qumica com vrias propriedades fsicas, reatividade qumica ou atividade biolgica.
ndice Topolgico - A base numrica para os ndices topolgicos
fornecida (dependendo de como um grfico molecular convertido em um valor numrico) ou pela matriz de adjacncias ou pela
matriz de distncias topolgicas. Nesta ltima, a distncia topolgica
entre dois vrtices o nmero de arestas no caminho mais curto
entre estes.
Mtodo do tomo Unido O mtodo do tomo unido uma simplificao usada por programas de mecnica molecular tais como
AMBER e CHARMM. A influncia de grupos de tomos ou fragmentos moleculares aproximada tratando-os como um nico tomo.
Mtodo Seqencial Simplex O mtodo seqencial simplex
um mtodo de planejamento experimental usado para a otimizao
rpida de propriedades.
Mtodos Semi-Empricos Mtodos semi-empricos so clculos de orbital molecular que usam vrios graus de aproximao e
que usam apenas eltrons de valncia.
Mtodos mecnico-qunticos semi-empricos Os mtodos que
usam parmetros derivados de dados experimentais para simplifi-
n
o
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Minimizao de Energia Minimizao de energia um procedimento matemtico para localizar as conformaes estveis (mnimos de energia) de uma molcula, determinadas por clculos de
mecnica molecular ou mecnico-qunticos. (veja Mecnica
molecular, Clculos mecnico-qunticos)
Mnimos Quadrados Parciais (PLS, do ingls Partial Least
Squares) A projeo para estruturas latentes por mnimos quadrados parciais um mtodo robusto de regresso multivariada generalizada que usa projees para resumir um grande nmero de variveis potencialmente colineares.29
Modelagem Molecular Modelagem molecular a investigao
das estruturas e das propriedades moleculares usando a qumica
computacional e as tcnicas de visualizao grfica visando fornecer uma representao tridimensional, sob um dado conjunto de circunstncias.
Modelo de Homologia Um modelo de homologia um modelo de uma protena, cuja estrutura tridimensional desconhecida,
construdo a partir de dados de coordenadas de raios-X de protenas
semelhantes ou usando tcnicas de alinhamento e argumentos de
homologia, por exemplo.
Orbitais Atmicos (AO, do ingls Atomic Orbitals) Orbitais
atmicos so funes matemticas (por exemplo, funes Gaussianas
ou de Slater) usadas em clculos mecnico-qunticos. Um conjunto
de orbitais atmicos descritos por uma determinada funo o conjunto de bases dos orbitais atmicos. (veja orbitais tipo Slater).
Orbital (Atmico ou Molecular) Uma funo de onda que depende explicitamente das coordenadas espaciais de apenas um eltron.
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N.T.: O PDB atualmente mantido pelo RCSB (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics) e pode ser acessado no site www.rcsb.org e no stio
espelho www.pdb.ufmg.br.
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q
N. T.: Na maior parte dos casos, o processo de interao constitudo de uma soma de interaes intermoleculares fracas entre o ligante e o receptor. O
processo de interao possui tambm uma significativa contribuio entrpica relacionada, por exemplo, com mudanas na rotao, na translao e na
vibrao das molculas inteiras envolvidas (inclusive as do solvente) e de seus fragmentos.
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29. Wold, S.; Johansson, E.; Cocchi, M. Em 3D-QSAR in Drug Design. Theory,
Methods and Applications; Kubinyi, H., ed.; Escom: Leiden, 1993, p. 523.
30. Verloop, A.; The STERIMOL Approach to Drug Design, Marcel Dekker:
Nova Iorque, 1987.
31. Williams, D. E.; Rev. Comp. Chem. 1991, 2, 226.
32. Gaillard, P.; Carrupt, P. M.; Testa, B.; Boudon, A.; J. Comp. Aided Mol.
Des. 1994, 8, 83.
33. Hopfinger, A. J.; J. Med. Chem. 1981, 24, 119.
34. Ugi, I.; Wochner, M.; Fontain, E.; Bauer, J.; Gruber, B.; Karl, R. Em
Concepts and Applications of Molecular Similarity; Johnson, A. M.;
Maggiora, G. M., eds.; Wiley: Nova Iorque, 1990, p. 239.
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