Nova

Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca

revistanova@unicolmayor.edu.co

ISSN (Versin impresa): 1794-2370

COLOMBIA

2003
Tobas Mojica / Oscar Snchez / Leonardo Bobadilla
LA PROTEMICA, OTRA CARA DE LA GENMICA
Nova, enero-diciembre, ao/vol. 1, nmero 001
Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca
Bogot, Colombia
pp. 1-16

Red de Revistas Cientficas de Amrica Ltina y el Caribe, Espaa y Portugal

Universidad Autnoma del Estado de Mxico

NOVA - PUBLICACIN CIENTFICA ISSN:1794-2370 VOL.1 No. 1 ENERO - DICIEMBRE DE 2003:1-116

ENSAYO

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La Protemica, otra cara de la genmica

Tobas Mojica Ph.D., Oscar Snchez y Leonardo Bobadilla

Instituto de Gentica, Departamento de Biologa, Facultad de Ciencias, Departamento de Ingeniera de Sistemas, Facultad de
Ingeniera, Universidad Nacional de Colombia, Bogot.
Recibido: 07-07-03; Aceptado: 24-09-03

Las protenas son lo que uno podra llamar los arquitectos de la vida, pues son cruciales en los procesos
celulares de todos los seres vivos. Las protenas estn implicadas en la catlisis de las reacciones qumicas
celulares, el transporte de molculas, la transduccin de seales, la segregacin del material gentico, la
produccin y el manejo de la energa. El programa celular vital necesita del trabajo coordinado de muchos
tipos diferentes de protenas (1). La mayor parte del peso seco de una clula est constituda por protenas.
Parece una tautologa, pero tendremos que entender las protenas antes de que podamos entender la clula.
La sntesis de todas las protenas celulares est
codificada por los genomas. En la actualidad, tenemos disponibles las secuencias de ms de 150
genomas celulares, incluyendo varios de organismos

anotacin bioinformtica, se calcula que el 17% de

esas protenas estn involucradas en el metabolismo
general de la clula de levadura, el 30% funciona en

multicelulares (http://www.tigr.org).
La protemica es la nueva etapa en la investiga-

organizacin celular y biognesis de organelos y membranas y el 10% en transporte molecular (3).

Los tpicos grandes de la protemica son los si-

cin biolgica que emana naturalmente de la genmica

y que incluye la caracterizacin de la expresin de

guientes:
a. Perspectiva de la empresa, incluyendo la

las protenas codificadas por un genoma y el establecimiento de sus propiedades funcionales y estructu-

perspectiva de la relacin entre genoma y proteoma.

b. Fuente y manejo de las protenas, incluyendo el

rales (2). En cierta manera, la protemica es la continuacin de lo que se ha llamado la geonmica o cien-

organismo donante y la extraccin y almacenamiento

de la muestra, etc.

cia de los genomas que se ha encargado de establecer la secuencia de muchos genomas. Los genomas

c. Separacin de las protenas, incluyendo, como

en el caso de las protenas subcelulares, la

definen el contenido informacional de los organismos

y, por lo tanto, definen la tipologa del organismo. La

purificacin.
d. Identificacin de las protenas que se realizan

secuencia del genoma no le dice a uno de qu manera funciona el organismo; para tener respuestas a la

actualmente por espectrometra de masas.

e. Funcin de las protenas, lo cual incluye, adems

pregunta de cmo funciona el organismo es necesario estudiar las protenas, es decir, es necesario acer-

de la funcin propiamente dicha, la localizacin celular,

interacciones protena-protena, determinacin de la

carnos a la protemica. Para dar una idea de la complejidad del problema de la protemica, consideremos

estructura terciaria, en alto grado alcanzado por

cristalografa, la relacin entre estructura y funcin y

que el genoma de levaduras tiene 6.225 protenas calculadas por bioinformtica y por otros medios. Por

modificaciones postraduccionales.
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f. Aplicaciones que pueden estar en el rea del

extracelulares. La protemica es el estudio de los

diagnstico de las enfermedades humanas y en el

descubrimiento de nuevas drogas.

proteomas; separa, identifica y caracteriza protenas

a gran escala, define niveles de protenas

g. Aplicaciones en informtica que generan muchas anotaciones basadas en la homologa de las se-

celularmente, investiga complejos de protenas, elucida funciones, caminos metablicos e interrelaciones.

cuencias, la construccin de bases de datos, generacin de algoritmos para el anlisis y, por ltimo, la

La protemica tiene que analizar un nmero muy grande de protenas (4) (en organismos eucariticos es

estandarizacin.
h. Otras reas de importancia humana que inclu-

usualmente un nmero mayor que el nmero de genes

presentes en el genoma); tambin se encarga de la

yen la colaboracin internacional, consideraciones

ticas, legales, papel de la sociedad en la construc-

caracterizacin funcional de tales protenas y de sus

relaciones estructurales. En esencia, podemos decir

cin y uso del conocimiento nuevo que resulte.

Gran parte de la empresa de investigacin en bio-

que la genmica produce las estructuras primarias de

las protenas, mientras que la protemica se encarga-

loga contempornea es llevada a cabo por pases

avanzados, con economas y personal adecuado. La

r de producir las estructuras secundaria, terciaria y

cuaternaria.

protemica no es la excepcin. Los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos financian una

La informacin fluye en forma lineal del DNA

genmico al RNAm por dos conjuntos de procesos

actividad investigativa llamada la Iniciativa de la Estructura de Protenas, llevada a cabo en 9 centros

contiguos llamados transcripcin y procesamiento y

sigue fluyendo linealmente del RNAm a la protena,

universitarios distribuidos por toda la unin. Este es

un esfuerzo coordinado a 10 aos para producir es-

mediante un conjunto de procesos llamados traduccin

(5). El resultado de ese flujo de informacin lineal es

tructuras completas de 10.000 protenas. La actividad est en sus comienzos y se considera un blanco

la estructura primaria de la protena y de todas las

protenas de un genoma. A partir de la estructura

importante y difcil llegar a la cristalizacin de 200

protenas por ao. Laboratorios de industrias que es-

primaria de la protena, ocurren tres hechos en tres

dimensiones: todas las protenas se pliegan en

peran ganar dinero con el desarrollo en conocimiento

tambin han proliferado recientemente. El problema

estructura secundaria y terciaria, algunas sufren

modificaciones postraduccionales y algunas adquieren

radica en que hay casi tantas protenas en la Tierra

como estrellas en el cielo. La iniciativa de la estruc-

estructura cuaternaria. Hasta hoy, el pensamiento

gentico ha sido lineal. La protemica empieza donde

tura de protenas ha llevado al desarrollo de nuevas

tecnologas que incluyen estudios estructurales deta-

empiezan los eventos que tenemos que entender en

tres dimensiones. Ni la estructura primaria del gene

llados por nanotecnologas y procesos rpidos de cristalizacin. Esta es claramente una muestra de la enor-

ni la del RNAm ni de la protena misma dan

indicaciones claras de la naturaleza del producto

me dimensin de la tarea, que contrasta con el rezago tecnolgico de nuestros pases.

proteico ni de su funcin; por lo tanto, la primera tarea

de la protemica consiste en identificar las protenas

Podemos entonces preguntarnos qu es un

proteoma? Se trata del complemento protenico ex-

producidas por un genoma. Es decir, principalmente

problemas tecnolgicos frente a cmo se pueden

presado por un genoma o por un tejido. Los proteomas

son dinmicos y cambian con el tiempo, con el esta-

separar y visualizar las protenas en un proteoma,

cmo se puede utilizar esta informacin para estudiar

dio del desarrollo y con las condiciones intra y

complejos proteicos y caminos metablicos, cmo se

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pueden identificar protenas separadas y cmo se

inicas y TOF). Las combinaciones de esta tcnica

pueden caracterizar en detalle tales protenas.

Las principales tecnologas en desarrollo son las

que ms se utilizan son las siguientes:

MALDI-TOF-MS (Matrix Assisted Laser

siguientes: tecnologa reproducible de electroforesis

en geles en 2D; tecnologa de tincin y anlisis de los

Desorption Ionization - Time Of Flight Mass

Spectrometry) o Espectrometra de masas, basada

geles; tecnologa para la identificacin de las protenas, tal como la espectrometra de masas (2); tecno-

en la desorpcin ionizacin asistida por una matriz

slida de rpida ocurrencia. Esta identificacin de

logas de manejo electrnico, tales como bases de

datos (de genomas y de protenas); y, tambin,

protenas ocurre cuando stas estn inmovilizadas en

una membrana o en una matriz de un gel. La tcnica

algoritmos de bsqueda y de recuperacin de datos.

El reto principal de la protemica es la automatizacin

es de baja eficiencia.
MALDI o ESI-MS (ElectroSpray Ionization

y la integracin de las tecnologas mencionadas. Este

es un reto cuya respuesta saldr, principalmente, de

Mass Spectrometry) o Espectrometra de masas por

ionizacin en electroatomizado. Esta tcnica analiza

la bioinformtica.
La electrofresis es la tcnica central para anali-

protenas inmovilizadas en membranas o eluidas y digeridas en los geles.

zar un nmero grande de protenas al mismo tiempo

(3). La tcnica electrofortica es relativamente anti-

Los datos que salen de la tcnica de espectrometra

de masas son fingerprints o huellas digitales de

gua, fue inventada por Tiselius hace ms de 50 aos

y, en 1956, Smithies y Poulick describieron el primer

pptidos separados por masa. La identificacin de las

protenas se hace por aprendizaje de mquina, refi-

gel en dos dimensiones, mientras que en 1975, Patrick

OFarell optimiz el proceso de separacin en 2D,

riendo los patrones particulares de espectrometra de

masas a una base de datos que sirve para entrena-

tcnica que se utiliza hoy en da. En la primera dimensin se efecta el isoelectroenfoque utilizando

miento.
Un objetivo ms o menos inmediato de la

gradientes inmovilizados de pH, es decir, las protenas se separan por su carga. En la segunda dimen-

protemica es la aplicacin de las tecnologas y datos

a la investigacin en clnica humana. Otras reas de

sin, la separacin de protenas se hace en presencia

de SDS y las protenas se separan por su masa. Se

menor desarrollo en el conocimiento incluyen los estudios ambientales, investigacin en agricultura y en

pueden separar miles de protenas en un solo gel. La

correcta preparacin de la muestra es frecuentemente

veterinaria, las cuales podrn usar los desarrollos de

la protemica solo de mediano a largo plazo. Un ob-

el paso ms importante para un resultado exitoso.

Las manchas en el gel son extradas y cada una es

jetivo claro de la protemica clnica es el descubrimiento de drogas clnicamente importantes, es decir,

tratada con tripsina para producir un patrn caracterstico de pptidos, y stos se identifican por

blancos potenciales para desarrollo farmacolgico, y

mayor distancia entre los ricos y los pobres.

espectrometra de masas, una tcnica que mide la

masa (en este caso, la masa de los pptidos produci-

En la actualidad, la computacin es un componente

esencial de la investigacin en biologa. La masa de

dos por digestin con tripsina) de las molculas con

gran precisin. Los espectrmetros de masa tienen

los datos producidos es tan grande que no se puede ni

siquiera mirar sin la ayuda de un computador. Quizs

dos partes: una fuente de iones (como por ejemplo,

MALDI o ESI, ver el siguiente prrafo) y un aparato

la bioinformtica nunca haya enfrentado un problema

de magnitud tan grande. Necesitamos bases de datos

medidor (como por ejemplo, cuadrupolos, trampas

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integradas, eficientes para entrar y sacar datos; as

Conclusin

mismo, necesitamos mtodos computacionales

avanzados tales como reconocimiento de patrones y

La definicin ms amplia de protemica puede ser

la ms til; de hecho cualquier definicin de

otros enfoques de aprendizaje de mquina, para

analizar y entender los datos.

protemica debe llegarle al alma a los bilogos y los

cientficos de la computacin. La protemica repre-

La computacin suministra herramientas poderosas para detectar relaciones sutiles entre los datos y

senta la lnea de conocimiento que quiere establecer

las identidades, las cantidades, las estructuras, las fun-

sugiere hiptesis y rutas para la validacin experimental. Los genetistas antiguos hacan gentica im-

ciones bioqumicas y celulares de todas las protenas

de un organismo, rgano u organelo, y las formas como

pulsada por hiptesis, mientras los nuevos plantean

hiptesis basados en los datos del computador, lo cual

las anteriores propiedades varan en el espacio y el

tiempo y con el estado fisiolgico y anmico. Una ta-

aade as una dimensin nueva a la intuicin humana

capacitndonos para obtener entendimientos adicio-

rea de mucho tiempo que pueden dejar ms atrasados que antes.

nales. Quienes puedan integrar la computacin a sus

tareas investigativas tendrn mucho xito. Para apro-

Referencias

vecharnos de la riqueza de los datos necesitamos dos

tipos de desarrollos computacionales:

1. Alberts B, Bray D, Lewis J, Raff M, Roberts K, Watson JD.

Molecular biology of the cell. New York: Garland Publishing;
1994.

1. Infraestructura de las bases de datos que permitan almacenamiento y recuperacin eficientes, que

2. Anderson NL, Anderson NG. Proteome and proteomics: new

technologies, new concepts and new words. Electrophoresis
1998;19:1853-61.

sea biolgicamente intuitiva y con una interfase que

permita la comunicacin entre bases de datos y cien-

3. Blackstock WP, Weir MP. Proteomics: quantitative and

physical mapping of cellular proteins. Trends in Biotech
1999;17:121-7.

tficos de diferentes disciplinas.

2. Sistemas inteligentes, agentes y software para
discernir las relaciones entre los datos, de tal manera
que se puedan formular hiptesis junto con experimentos de validacin. Debemos esperar que estos
desarrollos en bioinformtica ayuden a responder preguntas fundamentales de toda la biologa, incluyendo
preguntas que an no se han formulado. Podemos in-

4. Kenyon GL, DeMarinib DM, Fuchs E, Galas DJ, Kirsch e JF,

Leyh TS, et al. Defining the mandate of proteomics in the
post-genomics era: workshop report. Molecular & Cellular
Proteomics 2002;1:763-80. Disponible en: URL: http://
www.nap.edu/catalog/10209.html
5. Lodish H, Berk A, Zipursky S, Matsudaira P, Baltimore D,
Darnell J. Molecular cell biology. New York: W.H. Freeman
and Company; 2000.
6. Wilkins M. editor. New frontiers in functional genomics. New
York: Springer Verlag; 1997.

cluir en este punto la necesidad de entrenar la nueva

generacin de cientficos multidisciplinarios, en lo cual
la Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca puede hacer una contribucin importante.

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