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PROYECTO DE BIOINFORMTICA Y GENTICA COMPUTACIONAL

PARTE I: Obtencin de secuencias de cidos nucleicos


1. Obtencin del cdigo FASTA de genes desde base de datos para Escherichia
Coli
Entrar al sitio de Ecocyc, una base de datos de Escherichia Coli
http://ecocyc.org/
Colocar el nombre del gen asigando y dar click en gene search

Se despliega una ventana con informacin relevante sobre el nombre la protena para la
cual codifica el gen, la funcin de la protena, la reaccin en la cual est inmiscuida la
protena, etc. Dar click en Nucleotide Sequence, que se encuentra en la columna derecha
dentro del men de operations.

Se obtiene la secuencia del gen en cdigo FASTA (cdigo de una letra)

PARTE II: Obtencin de propiedades fisicoqumicas de secuencias de cidos nucleicos


2.1 Obtencin de curvas de desnaturalizacin
Entrar a la pgina de Wittwer Lab for DNA Analysis, de la Univesidad de Utah para utilizar la
herramienta uMELT.

https://www.dna.utah.edu/umelt/um.php
Introducir la secuencia de los genes asignados en cdigo FASTA, indicar 20 a 150C como
rango de temperatura a predecir y dar click en Run uMelt.

Se puede obtener desde la derivada el valor de la Tm as como el perfil de


desnaturalizacin en funcin de la secuencia (dynamic profile) en la temperatura de
desnaturalizacin, esto se logra moviendo la barra de temperatura en la parte inferior de la
grfica.

2.2.- Prediccin de propiedades fisicoqumicas


Entrar al programa de Oligonucleotide Properties Calculator de la Universidad de Northwestern. A
partir del cdigo FASTA del gen este programa calcula la longitud, peso molecular, contenido CG
(%), la temperatura de fusin, la secuencia de la hebra complementaria, datos para calcular el
coeficiente de extincin molar, etc.
http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html
Introducir la secuencia del gen y dar click en calculate

TAREA:
Dados los genes indicados en la tabla, obtener la siguiente informacin.
Nombre del gen
Nombre de la
protena
Funcin de la
protena
Longitud en
pares de bases

aroK

fruK

acs (para sntesis de


lpidos)

(pb)
Peso molecular
del gen
%GC
%AT
TM (C) Basic
Coeficiente de
extincin molar
NOTA: el coeficiente de extincin molar no se puede calcular directamente con los programas
enlistados pero se puede inferir con los datos arrojados en OligoCalc, considerar un paso de la luz
de 1cm.
1.- Para cada gen mostrar la impresin de pantalla en miniatura desde pgina de Wittwer Lab de la
curva de desnaturalizacin de la secuencia en funcin de la helicidad.
2.- Compare y discuta como cambia y por qu cambia la T M en funcin del %GC, de qu otra cosa
depende la TM?
3.- La desnaturalizacin del DNA estara asociada a un efecto hipercrmico o hipocrmico?

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