RESULTADOS PARTE BIOINFORMTICA

CONSULTA BIBLIOGRFICA
1. Aminocidos:
Adems de ser la unidad bsica de las protenas, los aminocidos pueden
definirse qumicamente como compuestos orgnicos (tienen carbono) que
contienen las funciones acido carboxlico y amino. La unin de dos aminos es
llamada dipptido, la unin de tres es un tripptidos y as sucesivamente hasta
llegar a grupos de 50, los cuales son considerados protenas. Para lograr
dimensionar su importancia y su presencia en el cuerpo se puede, decir que
estos constituyen la segunda mayor parte del peso de nuestro cuerpo, despus
del agua.
Los aminocidos son nicamente 20, estos se clasifican en esenciales y no
esenciales, los primeros se obtienen de alimentos y los segundos pueden ser
fabricados por los organismos a partir de otras fuentes. En base a uniones de
estos se forman la mayor parte del cuerpo, desde msculos hasta el pelo.
Los aminocidos se pueden clasificar en alfa, beta, gama dependiendo de la
posicin del grupo amino.

http://www.quimicaorganica.org/aminoacidos-peptidos/525-aminoacidos.html
Aminocidos Esenciales:

Histidina: Se encuentra en la hemoglobina y es esencial para el crecimiento y

reparacin de tejidos, produccin de glbulos rojos y blancos, eliminacin
metales, reduce presin arterial. .

Isoleucina: Necesaria para formacin hemoglobina, regular azcar, ayuda

curacin tejido muscular, piel y huesos.
Leucina: promueve cicatrizacin tejido muscular, piel y huesos, reduce niveles
de azcar y promueve produccin hormona crecimiento.
Lisina: garantiza absorcin calcio, mantiene equilibrio adecuado nitrgeno en
adultos, ayuda formar colgeno (cartlago y tejido conectivo), produccin de
anticuerpos.
Metionina: Ayuda en la descomposicin grasas, previene acumulacin grasas
hgado y arterias, desintoxicar agentes nocivos, protege de radiacin.
Fenilalanina: produce noradrenalina (transmite seales entre clulas nerviosas
cerebro), disminuye dolor, ayuda memoria y aprendizaje.
Treonina: mantiene cantidad de protenas, ayuda funcin lipotrpica del hgado,
previene acumulacin grasa.
Triptfano: relajante natural, ayuda aliviar insomnio, reduce ansiedad y
depresin, ayuda controlar migraa.

Valina es necesaria para el metabolismo y la reparacin de tejidos, adems de

regular el equilibrio del nitrgeno en el cuerpo.
Alanina: Principal papel es la transferencia de nitrgeno, metabolismo de
glucosa. Asimismo evita la acumulacin de sustancias toxicas.
Aminocidos no esenciales (el cuerpo los puede sintetizar)

Arginina: Aumenta flujo sanguneo (Viagra), refuerza sistema inmune,

desintoxicacin hgado, entre otros.
cido Asprtico: aumenta la resistencia, rejuvenece actividad celular, protege
al hgado, facilita circulacin de ciertos minerales.
Cistena: Antioxidante, protege el hgado y cerebro de los efectos dainos del
alcohol.
cido Glutmico: Neurotransistor excitatorio sistema nerviosos central, cerebro
y medula espinal. Importante metabolismo azucares y grasas.
Glutamina: Construye y mantiene tejido muscular, aumenta funcin cerebral y
mantiene equilibrio alcalino del cuerpo.
Glicina: Retarda degradacin muscular, almacenamiento glucgeno y liberacin
glucosa.
Ornitina: Hormonas de crecimiento, necesario sistema inmune, desintoxicacin
de amoniaco y regeneracin hgado.
Prolina: Mejorar textura piel (produccin colgeno) y ayuda con cicatrizacin.
Serina: Necesario para metabolismo grasas y cidos grasos, crecimiento
muscular y fortalecimiento sistema inmunolgico. Importante para el
funcionamiento del ADN y ARN.
Taurina: Fortalece musculo cardiaco, mejora vista y previene degeneracin
muscular. Aparte de ser vital para la utilizacin de algunos minerales.
Tirosina: Importante en el metabolismo precursor de adrenalina y dopamina
(Estado de nimo)
http://proteinas.org.es/aminoacidos

2. Protena:
Son cadenas de aminocidos (Biopolmeros, macromleculas) que expresan la
informacin gentica contenida en los cidos nucleicos, presentes en el cuerpo
con el fin de construir y reparar las clulas del cuerpo, adems de otras
funciones biolgicas como transporte, defensa, entre otros. Compuestos
qumicamente por una cadena lineal de aminocidos, por lo tanto est
compuesto por elementos orgnicos como carbono, hidrogeno, oxigeno, entre
otros elementos que forman grupos qumicos con funciones y ventajas
necesarias para cumplir ciertas funciones biolgicas.
Se pueden clasificar en dos con base a su composicin: si estn nicamente
compuesto por aminocidos son llamadas holoproteinas (Protenas simples), y
en el caso contrario son llamadas heteroproteinas (Llamadas tambin protenas
conjugadas), estas tienen tanto aminocidos como otras molculas y
elementos (Grupos prostticos).
http://proteinas.org.es/que-son-las-proteinas

Tambin pueden clasificarse segn su forma en Fibrosos y globulares. Los

primeros tienen una dimensin mayor que las otras significativamente, y para
el segundo caso las cadenas polipeptdicas se encuentran enrolladas en s
mismas.
Por ltimo es importante aclarar que estas son las molculas que constituyen
ms del 50% de las molculas en las clulas.
http://www.um.es/molecula/prot.htm
3. Ligando:
Molcula con ciertas propiedades o formas que permite ser reconocida por otra
para provocar una respuesta biolgica (agente pasivo, es decir transmite
informacin para que otras molculas acten). Normalmente forman enlaces
no covalentes reversibles, que dadas unas condiciones son liberados,
transportados y llevados a puntos activos donde generan una reaccin de las
clulas para contrarrestar las condiciones anormales. La actividad generada
por los ligandos va desde la apertura o cierre de un canal inico, la sntesis de
un segundo mensajero, la regulacin de la accin enzimtica, catalizador de
una reaccin, entre otros. Por ejemplo: las hormonas cumplen una funcin de
sealizacin molecular, en cambio reguladores de actividad enzimtica.
http://medmol.es/glosario/99/
Los ligandos se pueden clasificar con base al nmero de tomos y la naturaleza
de la molcula dadora. Los ligandos con un menor nmero de tomos dadores
son llamados mono-dentados, pero en este grupo tambin se pueden
subdividir en ambidentados si tienen ms de un tomo dador pero solo puede
utilizar uno. Los de mayor nmero de tomos dadores que se pueden utilizar
simultneamente, son los polidentados. Y dentro de este grupo existe otra
subdivisin en bidentados, tridentados, as en adelante.
La funcin de los ligandos se cumple cuando un atomo central de metal se une
a una cantidad de ligandos y forman un complejo.
http://repositori.uji.es/xmlui/bitstream/handle/10234/6953/2Tema2Estructura.p
df?sequence=101
4. Estructura primaria de protenas:
Secuencia de aminocidos sin ramificaciones, la cual es la traduccin de la
informacin gentica contenida en el ADN. La secuencia especfica de los
aminocidos en esta estructura define su identidad y las propiedades y
geometras de las estructuras ms complejas. Al error en la secuencia de
aminocidos se le llama mutagenico, y tiene graves efectos en la vida del
organismo.

5. Estructura Secundaria de protenas:

Son cadenas de aminocidos como por ejemplo la a-hlice, que consiste en una
cadena de aminocidos con una forma de hlice u otra estructura
tridimensional especfica, que sigue una secuencia exacta de los aminocidos.
Su forma est dada por los puentes de hidrogeno (hidrogeno grupo amino y el
grupo carboxilo) y la polarizacin de las molculas que lo compone. Un caso
diferente es el caso de la hoja beta plegada, con una forma aplanada y
extendida
(mas
flexible
pero
no
elstica).

http://www.virtual.unal.edu.co/cursos/ciencias/2000024/lecciones/cap01/01_01_
13_14.html
6. Estructura terciaria de protenas:
Est formada por cadenas secundarias y primarias que describen la
conformacin real de una protena por medio de enlaces covalentes. Su forma
est definida por los puentes de hidrgeno y las interacciones inicas e
hidrofbicas entre las molculas.
Una parte importante de las estructuras terciarias son llamadas dominios, los
cuales
son
regiones,
con
una
geometra
esfrica,
compactas
semiindependientes con un interior hidrofbico y un exterior polar.

http://www.virtual.unal.edu.co/cursos/ciencias/2000024/lecciones/cap01/01_01_
13_14.html
7. Estructura cuaternaria de protenas:

Estn conformadas por estructuras terciarias y se considera tienen una

longitud mayor de 50000 daltons. Tiene la misma funcin que un complejo,
aunque muchas veces estas cadenas son inactivas.

http://www.virtual.unal.edu.co/cursos/ciencias/2000024/lecciones/cap01/01_01_
13_14.html
https://temasdebioquimica.wordpress.com/2008/10/01/estructura-primaria-delas-proteinas/
8. Cristalografa de Protenas
La cristalografa es la ciencia que investiga la estructura de los cristales, en lo
que respecta a las protenas, cuando stas se encuentran en solucin tienen
mucha movilidad, y debido a la complejidad estructural que caracteriza las
protenas se trata de minimizar su movimiento intentando que formen un
cristal para lo cual en primer lugar se asla la protena de cualquier posible
contaminante, y se purifica hasta que su concentracin sea suficiente para
proceder a cristalizarla. Si el cristal obtenido tiene una calidad bastante buena,
el siguiente paso es emplear un difractmetro de rayos X, con el cual se hace
un proceso similar al de una radiografa, ya que nos permite ver el esqueleto
de una protena, su conformacin estructural, geometra, configuracin de
tomos en el cristal. Luego por medio de herramientas informticas se modela
en tres dimensiones la protena. Esto nos provee de un mayor entendimiento
de las protenas.
9. Resolucin, Valor R y R Libre en cristalografa.

Cuando se requiere obtener un modelo tridimensional de una protena

hay ciertos criterios para evaluar la calidad de los modelos atmicos
desarrollados por investigadores, en primer lugar est la resolucin de
los datos cristalogrficos, la unidad de medida de ste valor se reporta
en angstrm () y el criterio de un buen modelo atmico es un valor pequeo

de resolucin, generalmente un valor menor a 2 es un modelo confiable.

10.
Protein Data Bank
Los investigadores que hacen estudios cristalogrficos de protenas reportan
sus datos en una base de datos mundial que recopila todas las protenas y
cidos nucleicos estudiados hasta el momento donde se encuentran toda la
informacin relevante de stos.
11.
Archivos .pdb, .mol2

La extensin .pdb se refiere a program database, es un formato de

almacenaje de informacin en C++, este formato se emplea para
almacenar los datos critalogrficos de las protenas y cidos nucleicos

almacenados en la protein data bank, por medio del software Chimera

es posible visualizar las protenas a partir de archivos .pdb.
La extensin .mol2 es el formato de almacenamiento de datos usado por
el programa Sybyl de Certara, el cual se emplea para modelacin y
simulacin de molculas y macromolculas.
12.
Docking molecular
Tambin llamado acoplamiento molecular, es un mtodo para la
prediccin de la orientacin esperada de una molcula a otra cuando se
enlazan para la formacin de un complejo. Por medio de simulacin
computacional el proceso molecular que tiene lugar, se busca obtener la
conformacin ptima entre una protena y un ligando en la cual la
energa libre de Gibbs sea mnima. Este proceso es de gran utilidad para
el diseo de frmacos por el inters en el estudio de las interacciones de
enlace entre ligandos y encimas provee informacin valiosa en lo
referente a la activacin o inhibicin de una enzima.
13.
Energa de Enlace en Docking
La energa de enlace en el docking es el parmetro de estudio en el mtodo de
simulacin del docking molecular que se busca optimizar, en el enlace ligandoprotena, cuando la energa libre de gibbs est en su valor mnimo. Las
energas de enlace son una buena mtrica para ubicar ligandos e una zona
activa especfica.

ANLISIS DE PROTENA
La Glucosa Oxidasa es una enzima oxidoreductasa especfica para la glucosa,
su actividad mxima ocurre en el rango de temperatura de [20 a 45]C y entre
valores de pH de 3 a 6,5 siendo el valor ptimo para su desempeo 5,5. A
temperaturas por encima de los 60C se inactiva. (Sosa Romero & Galvis
Franco, 2010)

Figura 1. Cadena A de la Glucosa Oxidasa, escala 10

En la figura 1 se puede observar el modelo tridimensional de la glucosa oxidasa

por medio del software Chimera, a partir de los datos recuperados del protein
data bank.
La glucosa oxidasa se puede encontrar en hongos y bacterias. La que se
muestra en la figura 1 se obtuvo el microorganismo Apergillus Niger, se
encuentra presente comnmente en vegetales o frutas como un moho negro.
Es un tipo de hongo que en altas concentraciones puede provocar aspergilosis
pulmonar. (Mndez Tovar, 2012)
sta enzima para activarse necesita de un componente adicional llamado
cofactor, concretamente la glucosa oxidasa necesita del Flavin-AdeninDinucletido (FAD), es un tipo de cofactor de grupo prosttico con activador
cuya funcin consiste en ser un transportador de hidrgenos. (Sosa Romero &
Galvis Franco, 2010).

Figura2. Flavin-Adenin-Dinucletido (FAD)

Figura 3. Estructura de la glucosa oxidasa

La figura 3 ilustra los componentes estructurales de la glucosa oxidasa como las alfahlices representadas por una especie de resorte de color rojo oscuro, los puentes
beta representados por flechas marrones, las lminas beta representadas por flechas
amarillas entre otros. Tambin muestra la secuencia de aminocidos que componen la
enzima.

Figura 4. Secuencia de aminocidos de la glucosa oxidasa

Como se puede apreciar en la figura 4, la glucosa oxidasa se compone de una

serie de cadenas de aminocidos representados por las letras en el esquema
precedente, por ejemplo los primeros 3 aminocidos son Serina(S),
Asparagina(N) y Glicina(G).

La glucosa oxidasa tiene una amplia gama de aplicaciones, algunos de los usos
de sta son: Conservante natural presente en la miel. Diagnsticos mdicos a
partir de la determinacin de la glucosa libre en el plasma sanguneo mediante
una reaccin con peroxidasa formando perxido que se manifiesta mediante un
cambio de coloracin en la solucin. Partiendo del anterior proceso se han
logrado manufacturar los dispositivos usados por diabticos para medir el nivel
de glucosa en la sangre en sus propios hogares. Tambin se utiliza como
aditivo por sus efectos oxidantes removiendo el oxgeno de los alimentos
evitando que se tornen de color caf.
Como se mencion previamente el modelo presentado se obtuvo de protein
data bank, el archivo 3QVP (Crystal structure of glucose oxidase). El mtodo
experimental por el cual se obtuvieron los datos hallados en la protein data
bank fue el de difraccin de rayos x. Para seleccionar la molcula usada en
este anlisis se evaluaron algunos criterios como la resolucin de la molcula
(1.2 ), los valores de R (0,178) y R-Libre (0.188). En la figura 4 se presentan
los anteriores valores adems de los de la celda unitaria.

Figura 4. Detalles experimentales de la glucosa oxidasa

Por medio del software Chimera se identificaron los disitntos ligandos que
componen la molcula como se puede ver en la figura 5 y sus nombres en la
tabla 1:

Figura 5. Ligandos de la glucosa oxidasa

Tabla 1. Componentes Qumicos de los ligandos de la glucosa oxidasa

Referencias
Mndez Tovar, L. J. (31 de Octubre de 2012). Aspergilosis. Obtenido de
Universidad Nacional autnoma de Mxico:
http://www.facmed.unam.mx/deptos/microbiologia/micologia/aspergilosis
.html
Sosa Romero, M., & Galvis Franco, P. (2010). Caracterizacin de la enzima
glucosa oxidasa (GOX) Libre e inmovilizada en dos soportes (alginato de

sodio y agarosa) para la produccin de cido glucnico. Bogot:

Universidad Nacional Abierta y a Distancia.