El cambio ms importante en la evolucin del cocodrilo, desde sus primeros das, fue el
paladar. El paladar es la parte plana del hueso en la parte superior de la boca. En el
phytosaurs, los orificios de las fosas nasales se encontraban en la parte de atrs de su
hocico, sin embargo, en los cocodrilos modernos, los orificios nasales estn situados en la
parte delantera del hocico.
Esto le causaba al cocodrilo la filtracin del agua por las vas nasales. Millones de aos de
evolucin en el cocodrilo resolvieron este problema, un segundo paladar se formo,
ayudando a canalizar el aire hasta las vas respiratorias, con una vlvula especial que poda
cerrarse y abrirse.
Los primeros cocodrilos fueron llamados Protosuchians, vivieron durante el Trisico tardo
y los primeros tiempos del Jursico. La diferencia entre estos cocodrilos prehistoricos y los
cocodrilos modernos eran sus patas. El Protosuchians tena patas excesivamente
desarrolladas y fuertes, que se fijaban en ngulo recto con el cuerpo. Le permitan al
antiguo cocodrilo elevarse ms alto de la tierra, probablemente, les dio mucha ms
velocidad que sus homlogos de hoy en da. Estas patas tambin conducen a los cientficos
a creer que estos reptiles, en su mayora, vivan en la tierra, antes de que la evolucin del
cocodrilo los llevara al agua.
A partir del perodo Jursico, los cocodrilos ocuparon rpidamente la brecha del extinto
phytosaurs, convirtindose en grandes reptiles totalmente acuticos. El Mesosuchians fue
la prxima evolucin del cocodrilo protosuchians y vivi durante el perodo Jursico y un
poco ms. Estos reptiles haban desarrollado un paladar secundario, pero estaban mucho
ms adaptados a la vida acutica que su predecesor, tenan un fuerte blindaje, a partir de
una serie de pares de largos huesos en la espalda, con pequeas placas en su parte inferior.
Se extendieron por toda la tierra y vivian tanto en agua dulce como salada.
El prximo en la evolucin del cocodrilo fue llamado Geosaurs. Los Geosaurs perdieron su
armadura sea, sus patas se modificaron en palas y las puntas de su cola era achatada, al
igual que los ictiosaurios. Nuestro cocodrilo moderno apareci durante el perodo
Cretcico, viviendo lado a lado con el Mesosuchiansun hasta que estos ltimos fueron
desplazados en los tiempos del Terciario temprano.