Anda di halaman 1dari 7

BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang


Penelitian keragaman genetik tanaman buah merupakan salah satu kegiatan
penting untuk mendukung pemuliaan tanaman. Perbedaan tanaman dapat
dideteksi melalui beberapa penanda, antara lain dengan pola pita DNA, yang
sering disebut sebagai penanda molekuler. Penanda molekuler berperan penting
dalam konservasi dan pengelolaan sumber daya genetika tanaman (Wahyuni,
2009).
DNA merupakan materi genatik yang yang mengkode semua informasi yang
dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. Molekul DNA ini
terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan
kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap
yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua
benang polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui
ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat (Nursaadah, 2012).
Pembuktian bahwa DNA merupakan bahan genetik pertama kali dilakukan
oleh Frederick Griffith pada tahun 1928 yaitu dengan eksperimen transformasi
pada bakteri Streptococcus pneumonia. Bakteri Streptococcus pneumonia tipe
alami mempunyai bentuk sel bulat (sferis) yang diselubungi oleh senyawa
berlendir yang disebut kapsula. Sel-sel tipe alami akan membentuk koloni
mengilat yang dikenal sebagai koloni halus (smooth, S). sel tipe alami semacam
ini bersifat virulen, yang artinya dapat menyebabkan terjadinya kematian pada
mencit yang diinjeksi dengan sel yang masih hidup. Eksperimen Griffith
menunjukkan bahwa se-sel yang avirulen dapat mengalami transformasi
(perubahan) menjadi sel yang virulen. Hal ini dibuktikan dengan menginjeksi
mencit menggunakan sel-sel tipe alami yang masih hidup (sel tipe S). diketahui

kemudian bahwa injeksi dengan sel tipe S yang hidup menyebabkan kematian
mencit (Yuwono,2005).

1.2

BAB 2
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 DNA
Asam Deoksiribonukleat (DNA) adalah bahan kimia yang membentuk gen. DNA
adalah suatu polimer yang terdiri dari nukleotida yang secara bergilir, merupakan
molekul yang terdiri dari suatu cincin purin atau pirimidin [basa DNA adalah
adenin (A), timin (T), guanin (G), dan sitosin (C)], satu gula deoksiribosa dan
fosfat. Unit-unit nukleotida disatukan secara kovalen menjadi rangkaian panjang
yang membentuk untai ganda dengan dua untai disatukan oleh ikatan hidrogen
antara basa-basa spesifik adenin di satu untai selalu terletak berhadapan dengan
timin di untai lain dan hal yang sama untuk guanin dan sitosin. Struktur untai
ganda menyebabkan DNA mampu bereplikasi dan menyimpan kode genetik.
DNA bereplikasi dengan cara terurai dan membentuk dua untai baru sementara
kode genetik dipertahankan oleh pembentukan pasangan basa antara dua untai.
Kode genetik terdiri dari triplet basa yang disebut kodon, masing-masing kodon
membentuk kode masuknya pada satu asam amino spesifik kedalam molekul
protein. Kode genetik dalam DNA ditranskripsikan menjadi asam ribonukleat
(RNA), yang merupakan cetakan bagi translasi, melalui penggabungan asam
amino spesifik kedalam molekul protein. Proses replikasi, transkripsi dan translasi
dikenal sebagai sentral dogma genetika (Brooker & Hartono, 2008).
Isolasi DNA adalah suatu tekhnik yang digunakan untuk memperoleh
DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pada
proses isolasi DNA ini, sel eukariotik harus dihancurkan terlebih dahulu melalui
cara mekanik dan enzimatis. Hal ini disebabkan membran sel dari membran inti
sebagian besar tersusun atas lipida, Oleh karena itu pada praktikum ini digunakan
detergen untuk mengikat atau menurunkan tegangan permukaannya (Nursaadah,
2012).

Faktor kritis dalam isolasi DNA tanaman adalah penghilangan dinding selsel tanaman secara efisien. Banyak teknik yang telah dikemukakan untuk
membuka sel dan DNA. Isolasi DNA dengan berat molekul tinggi merupakan
salah satu bagian dari masalah yang ada karena ekstrak tanaman sering kali
mengandung sejumlah besar polisakarida, tannin dan pigmen yang sulit
dipisahkan dengan DNA dan menghambat aktivitas sebagian besar enzim yang
memodifikasi DNA itu sendiri. Sel-sel tanaman biasanya dipotong dalam larutan
aqua yang diberikan agen khelat untuk menghambat peran enzim nuklease dan
detergen untuk melarutkan struktur membrane. Setelah dispersi isi sel, protein
didenaturasi dan dicuci dari ekstrak dengan menggunakan pelarut organik (Nasir,
2002).
2.2 Metode Isolasi DNA
Menurut Nursaadah 2012, beberapa metode isolasi DNA yaitu:
a. Teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), teknik pengujian
polimorfisme DNA berdasarkan pada amplifikasi dari segmen-segmen DNA
acak yang menggunakan primer tunggal yang sekuen nukleotidanya
ditentukan secara acak.
b. Metode CTAB, menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat
memisahkan DNA dari polisakarida karena adanya perbedaan karakteristik
kelarutan (differensial of solubility).
c. Phenol: chloroform, mengunakan senyawa Phenol-choloroform-isoamyl
alcohol, metode standard untuk ekstraksi DNA, akhir-akhir ini ditinggalkan,
karena sifat toksik phenol.
d. Salting Out, menggunakan garam konsentrasi tinggi (NaCl 6 M), untuk
medenaturisasi protein menggunakan Proteinase K untuk denaturasi protein.
e. Guanidine isothiocyanate, metode ini lebih cepat dibanding dua metode
sebelumnya, Thiocyanate bersifat toksik, untuk lisis dinding sel, memerlukan
chloroform untuk denaturasi protein.
f. Silica gel, Silica gel dapat mengikat DNA dengan perantaraan garam/buffer
tertentu (NaI), cepat, tetapi recovery DNA kurang.

g. PCR (Polymerase Chain Reaction), Merupakan suatu teknik perbanyakan


(amplifikasi) potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang
dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida.
2.3 Bahan Penyusun DNA
Mula-mula DNA dianggap sebagai molekul sederhana yang tersusun atas empat
macam basa yaitu adenin, sitosin, guanin dan timin. Strukturnya dianggap jauh
lebih sederhana dibanding protein yang dapat tersusun dari bermacam-macam
asam amino (ada 20 macam asam amino). DNA tersusun dari tiga komponen yaitu
asam fosfat, gula, dan basa N. Basa N ada dua jenis yaitu dari golongan purin dan
pirimidin. Gula penyusun DNA adalah gula pentosa, mengandung lima atom
karbon (C). Struktur gula pentosa dapat berupa rantai lurus, dapat pula berbentuk
cincin. Gula pentosa pada DNA memiliki struktur cincin. Komponen fosfat terikat
pada atom C nmor 5 dari gula pentosa (Irawan, 2008).
Hasil studi pada berbagai jasad hidup menunjukkan bahwa komposisi basa
DNA, yang dinyatakan sebagai kandungan G + C

(G + C content), sangat

bervariasi. Diketahui bahwa [A]= [T] dan [G]= [C], tetapi nisbah (rasio) ([G] +
[C])/ ([A] + [T]) tidak sama antara jasad satu dengan jasad yang lain yaitu
bervariasi dari 0,37 sampai 3,16. Pada jasad hidup tingkat tinggi nilai kandungan
G + C sekitar 0,50 sedangkan pada jasad tingkat rendah variasinya cukup lebar
yaitu 0,27 pada genus Clostridium sampai 0,72 pada Micrococcus hysodeikticus,
sementara pada E. coli kandungan G + C adalah 0,50. Semakin tinggi nilai
kandungan G + C maka semakin sukar molekul untai ganda DNA tersebut
dipisahkan. Oleh karena itu jasad-jasad hidup termofilik (jasad yang mampu
tumbuh pada suhu tinggi) memiliki kecenderungan mempunyai kandungan G + C
yang tinggi (Yuwono, 2005).

2.4 Sintesis DNA


Enzim yang dapat mensintesis DNA adalah DNA polymerase. Enzim ini pertama
kali dilaporkan oleh Arthur Kornberg dan sejawatnya pada tahun 1957 yang
diisolasi dari E.coli, sekarang enzim ini dinamakan DNA polimerase I, Kornberg
memastikan bahwa ada dua bahan yang diperlukan untuk mensintesis DNA secara

in vitro di bawah kontrol DNA polimerase I yaitu: keempat jenis


deoksiribonukleosida trifosfat (dNTP) dan templat DNA. Bila jenis dNTP kurang
dari empat reaksi tidak terdeteksi, demikian juga bila yang digunakan adalah
derivate deoksiribonukleosida trifosfat, seperti nukleotida atau nukleosida difosfat
reaksi juga tidak terjadi. Bila DNA templat tidak ada, sintesis DNA dapat terjadi
tetapi sangat tereduksi dan tentu saja urutannya tidak dapat diprediksi (Irawan,
2008).

DAFTAR PUSTAKA

Brooker, C & Hartono, A. 2008. Ensiklopedia Keperawatan. Jakarta: EGC.


Halaman: 29.
Irawan, B. 2008. Genetika Molekuler. Surabaya: Airlangga University Press.
Halaman: 37, 175
Nasir, M. 2002. Bioteknologi Molekuler Teknik Rekayasa Genetik Tanaman.
Bandung: Citra Aditya Bakti. Halaman: 175.
Nursaadah, I. 2012. Laporan Praktikum Bioteknologi Isolasi DNA Kasar.
Malang: Universitas Brawijaya. Halaman: 1-4. Diakses 20 Desember
2013.
Wahyuni, D. A. 2009. Teknik Isolasi DNA Genom Tanaman Pepaya dan Jeruk
dengan Menggunakan Modifikasi Bufer CTAB. Sumatera Barat: Buletin
Teknik Pertanian. 14 (1). Halaman: 12.