Durante o reinado de D. Joo I foi realizada uma pintura mural referente Senhora da Rosa,
atribuda a Antnio Florentim, uma das mais antigas pinturas murais intactas no pas.
Durante os sculos XV e XVI vrias famlias proeminentes do Porto tornam-se patronos dos
Franciscanos, financiando vrias das capelas laterais. Um dos exemplos notveis a capela de
So Joo Baptista, construda na dcada de 1530 para a famlia Carneiro, e desenhada por Joo
de Castilho com motivos manuelinos.
A principal campanha artstica foi levada a cabo na primeira metade do sculo XVIII, quando a
maior parte das superfcies interiores, incluindo paredes, colunas, capelas laterais e telhado,
foram revestidas com talha dourada barroca.