EJERCICIOS DESARROLLADOS
1.- El aminocido (-)-histidina tiene los siguientes valores de pKa: pKa1 = 1,82; pKa2 = 6,00 y pKa3 = 9,17.
Al respecto determine:
a.- el punto isoelctrico de la histidina (PI)
Respuesta:
En el caso de la histidina, que tiene dos grupos bsicos y un grupo cido, el PI debe encontrarse en un pH
promedio entre las dos funciones bsicas. Es decir, en un punto en que haya un 50% de de especies con el
NH2 protonado y un 50% de especies en que est el N imidazlico protonado, de manera que la carga
positiva total sea igual a la carga negativa del grupo carboxilato.
PI = pKa2 + pKa3
2
Respuesta:
pKa = 1.82
O
OH
pKa =9.17
NH2
H
N
pKa = 6.00
histidina (his, H)
pH = 4.5
pH = 7.0
NH3+
H
N
+ H
pH = 10
O
NH3+
ONH2
N
H
A un pH cido estn protonado ambos grupos bsicos. Como el pH es mayor que el pKa del carboxilo, ste
grupo est mayormente desprotonado formando un carboxilato. La especie tiene carga total de +1. A pH = 7
slo est protonado el grupo ms bsico. El N imidazlico est mayormente desprotonado. A pH bsico
todas las funciones estn desprotonadas y la carga total de la especie es -1. Por lo tanto, el PI, es decir, el pH
en que la carga total es cero, debe encontrarse entre pH 7 y pH 10, como se ha determinada anteriormente.
2.- Dados los siguientes aminocidos naturales:
OH
COOH
SCH3
OH
H2N
COOH
metionina
H2N
COOH
H2N
cido asprtico
COOH
H2N
tirosina
COOH
serina
escriba la estructura qumica del tetrapptido Ser.Tir.Met.Asp indicando claramente los enlaces
peptdicos.
Respuesta:
enlaces peptdicos
SCH3
HO
H
N
+HN
3
O
HO
N
H
O
-O
3.- La sustancia P es un neurotransmisor central que est involucrado en la percepcin del dolor. En el
sistema nervioso perifrico acta como vasodilatador. Determine la secuencia de aminocidos de la
sustancia P de acuerdo a los siguientes hechos experimentales:
i.- por hidrlisis completa, separacin de los aminocidos, y determinacin de las cantidades, muestra la
composicin: Arg, Fen2, Gln, Gli, Leu, Lis, Met y Pro 2
ii.- en estudios de degradacin de Edman produce Arginina y en el anlisis con carboxipeptidasa produce
Metionina.
iii.- el tratamiento con bromuro de ciangeno y posterior hidrlisis produce Leu-HSL.
iv.- el tratamiento con tripsina produce:
a) Arg
b) un dipptido que contiene Prolina y Lisina
c) un heptapptido que contiene Fen 2, Gln,
Gli, Leu, Met y Pro el que produce Prolina-DNB con DNFB (2,4-dinitrofluorobenceno o reactivo de
Sanger)
v.- el tratamiento con quimotripsina produce:
a) Fen
Lis y Pro2
Justifique adecuadamente.
Respuesta:
i.- La hidrlisis completa da cuenta de la proporcin y de la identidad de los aminocidos constituyentes.
Segn esta evidencia el pptido contiene Arg, Fen, Gln, Gli, Leu, Lis, Met y Pro en una relacin 1 : 2 : 1 : 1
: 1 : 1 : 1 : 2, respectivamente . Por lo tanto, la sustancia P es un decapptido.
ii.- El tratamiento con el reactivo de Edman produce DNB-Arg. Esto indica que la Arg es el aa. N-terminal
en la sustancia P. El anlisis por carboxipeptidasa produce primero Met indicando que ste es el aa. Cterminal en el pptido.
As se tiene los dos aa. terminales:
Arg.?.?.?.?.?.?.?.?.Met
iii.- La reaccin con BrCN produce produce Leu-HSL. Esto indica que la Leu est unida a Met (la Met se
transforma en HSL con BrCN)
As se determina otro aa. de la cadena polipeptdica.
Arg.?.?.?.?.?.?.?.Leu.Met
iv.- tripsina genera tres fragmentos:
a) Arg. ste es el aa. N-terminal
b) el dipptido de Pro y Lis. Como la tripsina hidroliza el extremo carboxilo de la Lis, entonces el
dipptido es Pro.Lis
Como la Arg es terminal entonces quedan determinados dos nuevos aa. de la cadena.
Arg.Pro.Lis.?.?.?.?.?.Leu.Met
c) el heptapptido contiene a la Met que es el aa. C-terminal. Adems este heptapptido tiene Pro como
aa. N-terminal determinado por el reactivo de Sanger. As, este heptapptido es del tipo
Pro.?.?.?.?.Leu.Met. Como Arg y Met son terminales, entonces el dipptido Pro.Lis debe estar entre
Arg y el heptapptido. Por lo tanto se tiene la siguiente secuencia:
Arg.Pro.Lis.Pro.?.?.?.?.Leu.Met
v.- La quimotripsina produce:
a) Fen
b) el tripptido formado por Gli, Leu y Met. Como ya se sabe la posicin de Leu y Met, entonces el
tripptido se obtiene la posicin de Gli.
La cadena queda como sigue:
Arg.Pro.Lis.Pro.?.?.?.Gli.Leu.Met
c) el hexapptido est formado por Arg, Fen, Gln, Lis y Pro 2. Arg es el aa. N-terminal. Sabemos que Lis
y Pro estn formando la unidad Pro.Lis. Entonces Fen debe ser aa. C-terminal en este pptido ya que la
quimotripsina hidroliza el extremo carboxilo de Fen. As el hexapptido debe tener la siguiente secuencia
parcial:
Arg.Pro.Lis.Pro.?.Fen
Como el aa. que falta de este hexapptido es Gln, entonces el hexapptido completo es:
Arg.Pro.Lis.Pro.Gln.Fen
Esto nos proporciona la siguiente secuencia parcial para la sustancia P.
Arg.Pro.Lis.Pro.Gln.Fen.?.Gli.Leu.Met
Como queda una Fen libre sta debe estar unida al otro residuo de Fen del hexapptido y a Gli del
tripptido.
Por lo tanto la sustancia P tiene la siguiente secuencia:
Arg.Pro.Lis.Pro. Gln. Fen. Fen.Gli.Leu.Met
EJERCICIOS PROPUESTOS
1.- Indique los centros cidos y bsicos de los siguientes aminocidos.
a) valina
b) triptofano
c) cido glutmico
d) histidina
e) asparagina
f) lisina
14.- Escriba la reaccin de DNFB con valina, triptofano, lisina y cido asprtico.
15.- Escriba los productos de la reaccin de feniltioisocianato con alanina, metionina, serina y tirosina.
16.- Qu aminocidos naturales pueden participar en la formacin de puentes de hidrgeno a travs de sus
grupos laterales R? Escriba la frmula qumica de dos de estos aminocidos e indique el/los tomos que
podran actuar como dadores o aceptores de puentes de H.
17.- Dado el siguiente pptido:
Glu.Tir.Lis.Cis.Leu.Val
S
S
Gli.Arg.Cis.Ile.Lis.Ser
Lis.Asp.Gli.Ala.Ala.Glu.Ser.Gli.
Ala.Ala.His.Arg.Glu.Lis.Fen.Ile.
Tir.Cis.Lis.Ala.Arg.Arg.Gli.
Fen.Ala.Glu.Ser.Ala.Gli.
b) Si cada uno de los fragmentos resultantes por digestin trptica se trata a continuacin con 2,4dinitrofluorobenceno (DNFB), y luego se realiza la hidrlisis de los enlaces peptdicos, cul o cules seran
los 2,4-dinitrofenil-aminocidos resultantes?
20.- a) Escriba los pptidos formados cuando se trata con quimotripsina el siguiente
polipptido:
VAKEEFVMYCEWMGGF
b) Suponga que los pptidos reaccionan posteriormente con bromuro de ciangeno; escriba una lista de los
productos obtenidos.
21.- Indique los pptidos que se obtendran al tratar el siguiente polipptido:
Val.Ile.Cis.Ala.Lis.Met.Glu.Gli.Ile.Fen.Ile
Con a) tripsina; b) quimotripsina; c) pepsina; d) bromuro de ciangeno.
Asp.GIi;
b) un heptapptido Gli, Ser, His2, Ala2, Asp que se hidroliza a los tripptidos
Gli.Ser.Asp
His.Ala.Gli
Asp.His.Ala.
Leu.Arg.CiSH
Tir.Ile.Fen
Fen.Glu.Leu
Arg.CiSH.Leu
24.- Indique la secuencia de un nonapptido del que se conocen los siguientes datos:
a) La hidrlisis total con cido clorhdrico acuoso proporciona leu, gly4, tir2, ala2.
b) el tratamiento del pptido con carboxipeptidasa permite aislar primeramente el aminocido alanina
c) al tratar el pptido con fenil isotiocianato se aisl leucina
d) la hidrlisis parcial, con proteasas, proporcion los siguientes pptidos:
e)
Gli.Gli.Tir
Tir.Ala
Ala.Gli.Gli.Gli Leu.Gli.Tir Tir.Ala.Gli
25.- Un pentapptido del que slo se conoce su secuencia parcial (aa1.Cis.Tir.Lis.Met.aa5) se someti a
varios tratamientos para tratar de descubrir su secuencia completa.
i) El tratamiento del pentapptido con fenilisocianato permite identificar un aminocido polar con un grupo
-carboxilo.
ii) El tratamiento con carboxipeptidasa permiti identificar un aminocido cuyo carbono alfa no es quiral.
a) Escribir la secuencia completa y la estructura del pentapptido a pH 9.
b) Qu pptidos se obtendran al tratar el pentapptido con BrCN?
26.- Determinar la secuencia de un tetrapptido que presenta las siguientes reacciones:
a) Realizando la degradacin de Edman se consigui separar la leucina
b) Con BrCN produce un tripptido y un aminocido con un resto R que tiene un grupo carboxilo terminal
y que tambin puede obtenerse por hidrlisis de la asparagina.
c) Con tripsina da lugar a dos dipptidos. Uno de los dipptidos contiene Arg y el otro contiene el mismo
aminocido del apartado b) y un aminocido azufrado.
Escribir su estructura completa a pH 9.
27.- Determinar la secuencia de aminocidos de un pptido que:
i.- por hidrlisis completa, separacin de los aminocidos, y determinacin de las cantidades, muestra la
composicin: Leu2, Arg, CiSH, Glu, Ileu, Val2, Tir, Fen
ii.- en estudios de secuenciacin reacciona con DNFB para producir por hidrlisis DNF-Tir, y produce
Val con carboxipeptidasa;
iii) experimenta hidrlisis parcial a los tripptidos
Leu.Val.Val
28.- Se ha aislado un octapptido a partir de un hongo que previene la calvicie y que tiene inters por sus
posibilidades comerciales.
i) El anlisis de aminocidos da una composicin: Lis2, Asp1, Tir1, Fen1, Gli1, Ser1, Ala1.
ii) El pptido intacto reacciona con DNFB y tras la hidrlisis cida del mismo se obtiene DNF-alanina.
iii) La digestin con tripsina da pptidos con la composicin: Lis1, Ala1, Ser1 y Gli1, Fen1, Lis1, ms un
dipptido.
iv) La reaccin con quimotripsina libera cido asprtico, un tetrapptido de composicin: Lis1, Ser1, Fen1,
Ala1 y un tripptido que libera DNF-glicina tras reaccionar con DNFB seguido de hidrlisis cida.
Cul es la secuencia del pptido problema?
29.- Determinar la secuencia de aminocidos original de un pptido si:
a) Su composicin de aminocidos despus de la hidrlisis cida completa es Arg, Ser, Met, Glu2, Pro,
Fen, Leu, Lis, Tir;
b) Despus de la digestin con Tripsina, se obtuvo la misma composicin anterior; el secuenciamiento
de Sanger dio el orden parcial Gln, luego Tir, despus Ser y Arg
c) La digestin con Quimotripsina produjo dos pptidos: uno de composicin Arg, Fen, Ser, Pro y de
secuencia parcial Ser.Arg; y el otro compuesto por Leu, Lis, Tir, Met, Glu2, con secuencia parcial
Leu.Met.Glu
d) La ruptura con Bromuro de Ciangeno dio un pptido compuesto por Glu2, Tir, Pro, Fen, LeuHSL, Lis, Ser, Arg mediante hidrlisis cida completa. La reaccin de Edman de este pptido dio la
secuencia parcial Glu.Lis.Gln
e) Se sabe adems que no tiene extremos amino ni carboxilo terminal, luego de la verificacin por
dansilacin y digestin con carboxipeptidasa.
30.- Un pptido denominado OPTp tiene la siguiente composicin de aminocidos: Arg, Cis, Glu, Gli, Lis,
Met, Fen, Pro, Tir, Val. Mediante dansilacin se determin que el extremo amino terminal era Fen, y el
carboxilo terminal era el residuo de Gln (mediante carboxipeptidasa).
La digestin con Tripsina produjo tres pptidos:
i.- T1: Val, Glu, Tir
ii.- T2: Lis, Pro, Fen
iii.- T3: Cis, Met, Arg, Gli
La digestin con Quimotripsina di Fen y dos pptidos:
i.- Q1: Met, Lis, Pro, Tir, Gli, Cis, Arg
ii.- Q2: Val, Glu
Cis.Asp
Tir.Cis
Ser.Val.Cis Glu.Cis.Cis
La hidrlisis con pepsina rindi dos pptidos: uno que por hidrlisis dio Ser.Val.Cis y Ser.Leu, y otro que por
hidrlisis dio Tir.Glu.Leu y Glu.Asp. Formular una estructura que est de acuerdo con los datos anteriores
+
H3N
O
H
N
NH3
+
OH
H2N
N
SH
N
O
N
O
OO-
H
O
c)
Gli.Arg
Cis.Leu.Val
S
S
Glu.Tir.Lis
Cis.Ile.Lis
Ser
d)
Gli.Arg
Glu.Tir.Lis
Cis.Leu.Val
Cis.Ile.Lis
Ser
e)
Glu.Tir
Lis.Cis.Leu.Val
S
S
Gli.Arg.Cis.Ile.Lis.Ser
f)
Glu.Tir
Lis.Cis.Leu.Val
Gli.Arg.Cis.Ile.Lis.Ser
GGF
21.- a) Val.Ile.Cis.Ala.Lis
Glu.Gli.Ile.Fen.Ile
b) Val.Ile.Cis.Ala.Lis.Glu.Gli.Ile.Fen Ile
c) Val.Ile.Cis.Ala.Lis.Met.Glu.Gli.Ile
Fen.Ile
d) Val.Ile.Cis.Ala.Lis-HSL
Glu.Gli.Ile.Fen.Ile
22.- a) Asp.GIi.Leu
b) His.Ala.Gli.Ser.Asp.Hi.Ala
23.- Tir.Ile.Fen.Glu.Leu.Arg.Cis.Leu.Val.Val
24.- Leu.Gli.Tir.Ala.Gli.Gli.Gli.Tir.Ala
25.- a) Asp.Cis.Tir.Lis.Met.Gli
b) Asp.Cis.Tir.Lis y Gli.
26.- Leu.Arg.Asp.Met
O
H
+
H3N
OH
N
+
H2N
O-
SCH3
NH2
27.- Tir.Ile.Fen.Glu.Leu.Arg.Cis.Leu.Val.Val
28.- Ala.Ser.Lis.Fen.Gli.Lis.Tir.Asp
29.- Es un decapptido cclico
Gln.Tir.Ser.Arg.Pro.Fen.Leu.Met.Glu.Lis
30.- Fen.Pro.Lis.Gli.Met.Cis.Arg.Tir.Val.Gln
31.- Ile.Asp.Pro.Lis.Asn.Gli.Val.Met.Gln.Tir.Cis.Fen.Arg.Glu.Ser
32.- Gli.Ile.Val.Glu.Glu.Cis.Cis.Ala.Ser.Val.Cis.Ser.Leu.Tir.Glu.Leu.Glu.Asp.Tir.Cis.Asp