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Polimorsmo de conformacin de cadena

simple
El Polimorsmo de Conformacin de Cadena Simple
o SSCP, de sus siglas en Ingls (Single Stranded Conformational Polymorphism) es una tcnica de rastreo de mutaciones usada en el diagnstico molecular basada en la
migracin electrofortica del ADN. Se calcula que esta
tcnica detecta del 35 al 100% de las posibles mutaciones, pero debe haber al menos 30% de alelos mutantes.
Es til para detectar enfermedades hereditarias; sin embargo, es ms complicado para detectar enfermedades somticas como el cncer.

de temperatura debe ser brusco para que las molculas


de cadena simple no vuelvan a hibridar entre s, sino consigo mismas. Un cambio de una sola base en la secuencia, puede hacer que cambie la conformacin. Finalmente, los fragmentos reasociados se someten a electroforesis no desnaturalizante en gel de acrilamida, pudindose
detectar tanto en geles de poliacrilamida como mediante
electroforesis capilar con control de la temperatura. Para
la visualizacin no se puede emplear bromuro de etidio,
ya que es un agente intercalante. Por ello, se suele teir el
gel con tincin de plata.
En el caso de que no exista mutacin, en el gel se detectarn nicamente las bandas correspondientes al homodplex (formado por la reasociacin parcial de dos hebras
de ADN complementarias que se han vuelto a unir durante la electroforesis), as como las cadenas monocatenarias
que se han replegado adquiriendo una conformacin tridimensional concreta. Si, por el contrario, existe una mutacin, aparecern bandas nuevas debido al plegamiento
de las cadenas mutadas, que ser distinto al de las cadenas
nativas.

Introduccin

El Polimorsmo de Conformacin de Cadena Simple


(SSCP) es una tcnica de rastreo de mutaciones basada en
el distinto comportamiento electrofortico que presentan
las molculas monocatenarias de ADN segn su secuencia en un gel de poliacrilamida no desnaturalizante. Al ser
una tcnica de rastreo o barrido es til para determinar
de forma rpida la presencia de mutacin, pero no aporta
informacin acerca de la mutacin concreta que presenta el ADN. Una molcula de ADN monocatenaria tiende
siempre a formar estructuras secundarias debido a apareamientos internos entre sus bases, puesto que preere
estar en forma de doble cadena que como cadena simple.
Como consecuencia de dichos apareamientos, se forman
unas estructuras tridimensionales de diferente conformacin, dependiendo de la secuencia concreta de la hebra.
Dichas estructuras reciben el nombre de "conformers".
Segn la forma adquirida por la molcula, sta migrar
con mayor o menor facilidad a travs de un gel de electroforesis, pudiendo llegar a distinguirse de esta manera
dos hebras de ADN cuyas secuencias sean muy parecidas.
El mtodo tiene una gran potencia, pues la sustitucin de
una nica base es capaz de hacer que la molcula adquiera
una conformacin tridimensional totalmente distinta.

Como se ha dicho antes, esta tcnica no permite identicar la mutacin concreta; para ello es necesario secuenciar los productos de la PCR y compararlo con la secuencia normal. Sin embargo, la utilidad de esta tcnica deriva
de que permite de una manera rpida y sencilla descartar
la presencia de mutaciones.
A pesar de su sencillez, no est exento de ciertas desventajas, entre las que destacan el carcter imprevisible del
comportamiento electrofortico de las cadenas simples,
el cual se ve inuenciado por las condiciones en la que
tiene lugar la migracin (temperatura, etc.). La segunda
gran desventaja es que a medida que aumenta el tamao
de la molcula a analizar, sta se vuelve insensible a determinados cambios, adoptando siempre la misma conformacin tridimensional a pesar de haberse producido
un cambio en su secuencia. Adems, la desnaturalizacin
completa es difcil de conseguir y muchas veces aparecen
bandas en el gel correspondientes a doble cadena.

Procedimiento experimental

Los fragmentos de ADN a analizar por esta tcnica de- 3 Aplicaciones en Biologa Molecuben tener una tamao medio de unas 400 pares de bases,
lar
de manera que el primer paso es amplicar por PCR la
regin del gen de inters que queremos estudiar. A continuacin, el producto de la PCR se desnaturaliza calentn- La tcnica SSCP se ha usado para descubrir nuevos podolo a 94C y se enfra rpidamente en hielo. El cambio limorsmos en el ADN, pero actualmente est siendo re1

emplazada por las nuevas tcnicas de secuenciacin directa del ADN, dado que son ms ecientes y precisas.
Hoy en da, la tcnica SSCP es ms usada como mtodo de diagnstico en Biologa Molecular, ya que puede
ser utilizada para genotipar. Es decir, permite detectar
determinados alelos tanto en homocigosis como en heterocigosis, gracias a que cada alelo, debido a su diferencia
en la secuencia gentica, migrar con distinta movilidad
durante la electroforesis. Esto implica una notable utilidad en el diagnstico de ciertas enfermedades genticas.
Tambin es ampliamente usada en Virologa para detectar variaciones entre diferentes cepas de virus. Dichas cepas son distintas debido a mutaciones, lo que dar a lugar
a que adopten distintas conformaciones y por tanto, sean
diferenciables mediante un gel SSCP.[1]

Referencias

[1] Karen Sumire Kubo, R. M. Stuart, J. Freitas-Asta1,


R. Antonioli-Luizon, E. C. Locali-Fabris, H. D. ColettaFilho1, M. A. Machado and E. W. Kitajima. Evaluation
of the genetic variability of orchid eck virus by singlestrand conformational polymorphism analysis and nucleotide sequencing of a fragment from the nucleocapsid gene.
Archives of Virology, Ocial Journal of the Virology Division of the International Union of Microbiological Societies, 21 May 2009.

Kakavas VK, Plageras P, Vlachos TA, Papaioannou A,


Noulas VA (2008)PCR-SSCP: a method for the molecular analysis of genetic diseases.Molecular Biotechnology
Vol. 38 Issue 2 Pgs:155-63.
Myers RM, Lumelsky N, Lermany LS, T. Maniatis
(1985). Detection of single base substitutions in total genomic DNA. Nature 313:495-498.

REFERENCIAS

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Text

Polimorsmo de conformacin de cadena simple Fuente: http://es.wikipedia.org/wiki/Polimorfismo%20de%20conformaci%C3%


B3n%20de%20cadena%20simple?oldid=67445973 Colaboradores: UPO649 1112 fjromrod, UPO649 1112 ebatsan, UPO649 1112
rarrhor, UPO649 1213 mavilfer, UPO649 1213 amunlop1 y Annimos: 1

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