Serpente Legal, pena por no ter pernas

A origem evolutiva das cobras (ou Serpentes) tem sendo discutida h mais
de 130 anos e sua posio filogentica dentro de squamata ainda
debatido. Cerca de 2700 espcies de serpentes esto vivas hoje e estes so
divididos em trs groups1-3 principal (Quadro 1): minsculo fossorial
(soterrado) scolecophidians (blindsnakes); anilioids (pipesnakes), que so
principalmente semi-fossorial; e macrostomatans, que incluem mais taxa
familiares, como jibias, pites, vboras e cobras. Dentro Alm do
diagnstico mais bvio a presena de alongamento do corpo, limblessness
e mandbulas que pode engolfar surpreendentemente grande presa, outras
caractersticas-chave de cobras incluem ausncia de plpebras e orelhas
externas, bem como a presena de lnguas profundamente bifurcada (ligada
ao sua altamente sintonizados e sofisticado chemosensory systems3).
Escavadores ou nadadores ancestrais?
Hipteses sobre serpente interrelaes cair em dois
grupos principais. Para alguns pesquisadores, cobras descendem de
squamatas terrestres que desenvolveram hbitos fossoriais (Escavadoras).
Dois grupos de lagartos que exibem esses habitats, anfisbendeos e
dibamids, tm sido muitas vezes considerado quanto mais prximo
relatives4 vida das cobras. Anfisbendeos, em particular, se assemelham
escamosas, minhocas solta de pele,cujas cabeas em forma de cunha ou
p-como funcionar como dispositivos de manobra do solo. Especializaes
compartilhados por cobras
(Fig. 1a), anfisbendeos (Fig. 1b) e incluem dibamids
perda, reduo e consolidao dos ossos do crnio; braincase
gabinete; dorsal deslocamento dos msculos de fecho da maxila;
perda ou reduo dos membros e cintura ; e aumentou
a uniformidade ao longo da coluna vertebral. Alm disso,
diferenas entre os olhos dos lagartos e cobras so
consistente com um modelo no qual as estruturas que eram
mal til em uma burrower sofreu reduo progressiva.
Assim, enquanto lagartos, como os humanos, distorcer a lente do olho
curvatura de focar objetos, as cobras falta msculos ciliares

e so obrigados a mover toda a lente frente e para trs relativa retina.

Alm disso,
ao contrrio de lagartos, cobras no tm tanto um
fvea e gotculas de leo coloridas em
cells1 retina.
Postulado hypotheses5 alternativa
que as cobras so relacionados
para mosasauroids (Fig. 1c): espetacular
rpteis marinhos da
metade superior do Cretceo
perodo, alguns 65-100 Mya6.
Mosasauroids e cobras partes
reduzida ossificao da pelve
e membros posteriores, bem como especializada
caractersticas da suspenso de maxila
e joint intramandibular
cintica (presena de uma dobradia
permitindo que um grau de laterais
circulao no interior da mandbula;
Figo. 1a, c, d; Figo. 2, crculo vermelho).
Filogeneticamente, mosasauroids
seria a mais prxima monofilticas
grupo irm de cobras,
com lagartos varanoid (monitores)
como o grupo irmo imediato a
este par. Dada esta teoria da
relacionamentos, o mais tardar comum
ancestral de mosassauros e
cobras tem sido argumentado ter

sido um limbed, aqutico ou semi-aqutico

squamate5,7-11. Note-se que o implicado ecolgico
mudar de um para um ambiente aqutico terrestre em serpente
ascendncia sugere que mosasaurs '(implcita) aqutico
hbitos tambm eram primitivas para Serpentes. Subsequentemente,
cobras reduzida e perderam seus membros, embora rudimentos
do par posterior permanecem em algumas formas, tais
como ptons.
Fsseis: ligaes perfeitas que faltam...
O interesse renovado na origem das serpentes foi acionado
pelo reconhecimento e descoberta de trs notvel fsseis
formulrios com as patas traseiras. Cada uma dessas cobras antigas
cerca de 97 Meu velho e provm de mais baixa superior
Sedimentos do Cretceo no Oriente Mdio.
Pachyrhachis problematicus, de Israel (Fig. 1d-f),
rapidamente assumiu uma posio central nos debates sobre a serpente
phylogeny6,7,12. Tem hindlimbs miniatura articulados com um
cintura plvica rudimentar (Fig. 1e, f), mas, infelizmente, seus ps so
ausentes . Atualmente descrita a partir de apenas dois espcimes, que foi
originalmente interpretada como um parente aqutico da terrestre
varanoids e, portanto, foi pensado para ser morfologicamente
convergentes com cobras. No entanto, tem sido recentemente
reinterpretado como um verdadeiro cobra, com base na sua frouxamente
articulado
mandbulas superiores, joint intramandibular (Fig. 1d), a condio
de vrios ossos do crnio, a ausncia de membro anterior e peitoral
cintura , o alongamento do corpo e structure5-7,13 vertebral.
Um segundo cobra limbed de Israel, Haasiophis terrasanctus,
relatado por Tchernov et al.14, exibe a mais

completamente preservada patas traseiras de todas as trs espcies. Estes

membros incluem restos de, pelo menos, quatro dgitos (FIG. 1G).
Alm disso, Haasiophis, como todos os trs destas cobras,
mostra adaptaes que so geralmente associados com um
estilo de vida aqutica, tal como nervuras engrossadas e vrtebras,
alm de uma cauda comprimido lateralmente.
Mais recentemente, Rage and Escuilli15 descrito Podophis
descouensi do Lbano (Fig. 1 h). Embora sua plvis
interrompido, os ossos longos dos membros posteriores esto bem
conservadas, mas
como Pachyrhachis, no resta nada alm do espalhados
ossos do tornozelo. Importante, Podophis mostra claramente
que o membro posterior e pelve foram localizado posteriormente, longe
para a parte traseira do corpo.
... mas talvez no to primitivo quanto suas pernas sugere?
As posies filogenticas de Pachyrhachis, Haasiophis
e Podophis esto gerando fortes debates5,7-9,13-21. Dentro
algumas anlises recentes de inter-relaes, a maioria squamate
nomeadamente os de Caldwell e Lee5, e Lee8, Pachyrhachis
surge como a mais primitiva cobra conhecida, e tem sido
colocado numa posio intermdia, entre o ponto mais recente da
mosasauroid-snake ancestralidade compartilhada eo advento da moderna
taxa de cobra (Fig. 3a). Assim, Pachyrhachis ganhou clssico
status 'de transio', fazer a ponte entre dois anatmica
altamente especializados e bem definido clades5,7,11,19 squamate.
No entanto, como observado por Lee8, quando todos os fsseis so
squamates
removidas de suas conjunto de dados, anfisbendeos e dibamids
tornou parentes mais prximos das serpentes, enquanto varanoids

formar o grupo da irm ao anfisbena-dibamid-snake

clade. Isso ilustra o potencial sensibilidade das filogentica
analisa a incluso de fossils22.
A interpretao dos Pachyrhachis como um quase ancestral
serpente tem sido desafiado repetidamente. Zaher13 observou que
Caldwell e Lee5 no conseguiu incluir vrios importantes e
cobras fsseis j conhecidos em sua anlise, tais como
o pipesnake-like Dinilysia do Cretceo do Sul
America18. Usando 18 caracteres de Caldwell e Lee
conjunto de dados, alm de sete de sua autoria, Zaher mudouPachyrhachis dentro do Serpentes, como o grupo irmo
os macrostomatans (Fig. 3b). Mas, em resposta, Caldwell19
matriz do reconstruda Zaher para Pachyrhachis, Dinilysia,
scolecophidians, anilioids e macrostomatans, e encontrado
um outro conjunto de trs rvores (de consenso mostrada na Fig. 3c),
cada Pachyrhachis que mostram como o grupo da irm para todas as outras
cobras, e com Dinilysia como o grupo irmo anilioids.
Caracteres Mais recentemente, Rieppel e Zaher16 submetidas
a partir de dados de Lee set9 a uma re-anlise detalhada. Eles tambm
argumentam
Pachyrhachis que no to primitivo, e que se encontra bem
dentro das cobras entre anilioids e macrostomatans.
Este resultado encontra-se mais uma vez no relatrio do
Tchernov et al.14 em Haasiophis, onde Pachyrhachis e
Haasiophis emergir como grupos de irmos, perto de boas e
ptons dentro macrostomatans basal. Rieppel e Zaher de
tratamento de conjunto de dados de Lee produz uma rvore em que
serpenteia
formam um clado com um grupo monofiltico que compreende
anfisbendeos

e dibamids (Fig 3b), e esse o clade

grupo irm a uma radiao inteiramente separada, incluindo
varanoids, mosassauros e monstros de Gila (Heloderma).
Se isto estiver correto, ento Pachyrhachis removido de sua
posio de transio. Este resultado exemplifica a frequncia
ponto repetido que a reteno de caractersticas primitivas (neste
caso pernas) pode ser enganosa. Quando analisado isoladamente,
eles nem determinar a posio filogentica
de taxa indivduo nem identificar naturais (monophyletic)
grupos. No entanto, ao contrrio dos resultados da anlise de Lee,
notveis que Rieppel e Zaher entregar cobras de Novo,
por assim dizer. Consequentemente, -nos dito pouco sobre a
transformaes anatmicas que sustentam cobra anatomia,
na sequncia da sua divergncia presumido de anfisbendeos.
Rieppel e Zaher pode apontar apenas para Sineoamphisbaena
a partir do Cretceo tardio da Inner Mongolia23 como um
possvel quase ancestral do clado incluindo cobras,
anfisbendeos e dibamids. No entanto, e Caldwell
Rieppel (pers. Commun.) Tm cada um nos informou que
Sineoamphisbaena exige e est passando por uma
reavaliao abrangente.
Clades, clusters de caracteres e codificao
Problemas de endereo Rieppel e Zaher16,17 relativas personagem
definio, diagnsticos de recursos continuamente variveis,
e um priori suposies sobre homologia, transformao
e o contedo da informao filogentica de
personagens. Estas questes esto intimamente relacionadas com debates
sobre estratgias de codificao em cladstica ea incluso de

Grupos grandes, polimrficas como txons terminais. Esta ltima

problema constitui o ncleo do argumento Rieppel e Zaher's16:
o clado Girard, tal como utilizado por Lee8, representa precisamente
um grupo to grande e polimrfico. Procedimento de Lee
Pachyrhachis forado a aparecer como irm taxon das cobras;
assim, ele automaticamente significava condies ancestrais provveis
para as cobras. Alternativamente, cobras diviso (Serpentes)
em scolecophidians, anilioids e macrostomatans13,16
permite uma alternativa e potencialmente mais preciso, teste de
da posio filogentica do Pachyrhachis. Mas, que deveria
se notar que Tchernov et al.13 tambm aplicar uma restrio a priori
para o seu teste de relacionamentos snake fsseis e recentes.
Serpentes, incluindo as cobras ramificadas, so tratados como um
grupo monofiltico. Consequentemente, os fsseis no pode
'fuga' do clado, e aparecem irm como quase ancestral
grupos para macrostomatans.

Da mesma forma, a utilizao de grandes caracteres complexos pode

padres obscuros da inter-relao - Rieppel e Zaher16
explorar diferenas nas mandbulas de cobras, e varanoids
mosasaurs para ilustrar os efeitos de dissecao estes caracteres
em subunidades mais simples. Em algumas anlises, Lee8 downweights
aglomerados de tais caracteres (isto , diminui a analtica
impacto de todos os caracteres relativos a uma determinada
adaptao, tal como enterramento), porque eles poderiam ser
propensas a convergncia. No entanto, esta tcnica pode ser criticado
porque depende de pr-julgamentos sobre personagem
interdependncia. Rieppel e Zaher, note que Lee no fez

carteres conjuntas downweight intramandibulares (detalhes

que esto resumidos na Fig. 2), apesar de estes, como o
burrowing traos, poderia ser semelhante interdependentes.
Portanto, de interesse para descobrir que quando so fsseis
excludos, se os personagens so downweighted por Lee
dado o mesmo peso, em seguida, serpenteia grupo com o amphisbaenianclade dibamid. Mas, tambm digno de nota que burrowing
envolve muitos mais caracteres que intramandibular
mecnica da articulao. Assim esquema downweighting de Lee
merece ser reconhecido como uma tentativa de resolver o
potencialmente muito maior problema da convergncia do que isso
apresentado por recursos da mandbula.
Rieppel e Zaher's16 re-anlise das relaes Pachyrhachis
conclui que so as mais scolecophidians cobras primitivos (Fig. 3b). No
entanto, eles empregaram personagens
que foram inicialmente formulado para resolver uma filogenia
de squamates em geral, e no apresentar qualquer
novos personagens para analisar em detalhe as inter-relaes
de cobras em particular. Dois desses exerccios de carter
Alm j foram concludos. No primeiro, por
Scanlon e Lee20, Pachyrhachis emerge em um basal
posio (Fig. 3d), independentemente de varanoids e
mosasaurs, ou anfisbendeos e so utilizados como dibamids
outgroups. Mas, no segundo exerccio, por Tchernov
et al.14, os resultados, uma vez mais se assemelham queles mostrados na
Figo. 3b (ie Pachyrhachis est relacionada com macrostomatans

Cenrios para squamates

Claramente, nenhuma das hipteses acima resumido provvel

para ser a ltima palavra sobre a evoluo cobra. Essas rvores vo

continuar a ser testado e modificado pela adio de novo
personagens e taxa, bem como interpretaes revisadas de
dados existentes. Diferentes padres de ramificao tm o potencial
para alterar cenrios evolutivos, implicando diferente
estimativas de biogeografia ancestral, padres de anatmica
transformao, e as taxas de macroevolutiva
alterar. Assim, de salientar que as novas descobertas e
phylogenies manter a coerncia com theories3 anteriormente que implcita
uma origem e radiao incio de cobras em equatorial
regies do supercontinente Gondwana sul. este
prediz fontes potenciais de novos membros primitivos da
o clado Girard.
Algumas das cobras fsseis considerados por Scanlon e
Lee20 so de particular interesse a este respeito, especialmente
Wonambi, a partir do Pleistoceno da Austrlia. Esta uma das mais
ltimos membros sobreviventes de um grupo de cobra (o Madtsoiidae)
pelo menos to antiga quanto Pachyrhachis. Scanlon e Lee argumentam que
gneros tais como Wonambi (e Dinilysia), embora mais
derivada de Pachyrhachis, deve ter ramificada a partir da
principal linhagem de cobra ascendncia antes da radiao do
grupos modernos (ou seja, scolecophidians anilioids e macrostomatans).
Nenhum destes fsseis interpretado como visualizadas
evidncia de um estilo de vida escavando. Em vez disso, eles so
pensado para mostrar totalmente aquticos (por exemplo Pachyrhachis) ou
surfaceactive
adaptaes terrestres (por exemplo Dinilysia e Wonambi).
O advento da burrowers modernas (por exemplo scolecophidians)
portanto, reconstrudo como ocorrendo aps a divergncia de

Serpentes de um ancestral aqutico ou semiterrestres.

Consequentemente, Scanlon e Lee favorecer os grandes rpteis aquticos
com hbitos vorazes, ao invs de pequeno fossorial
squamates, como serpentes ancestrais. Mas os dados so ambguos,
e foi referido que um cenrio em que
mosassauros e Pachyrhachis entrou de forma independente em
uma existncia aqutica to plausvel (ou seja, igualmente
parcimoniosa) 18.
Alternativamente, Rieppel e Zaher16 conciliar a presena
de membros posteriores em Pachyrhachis com sua aparentemente
posio como um macrostomatan basal derivada, argumentando que
ele representa tanto uma linhagem desconhecida de persistentemente
macrostomatans ramificadas ou um clado secundariamente que aqutico
hindlimbs re-evoluiu. Zaher e Rieppel21, seguido pela
Tchernov et al.14, endereo perda do membro em maior detalhe e, em
cada caso, favorecem um cenrio de reconstruo do membro. Mas no
explicao adaptativa oferecido, e esta transformao
developmentally plausvel? Cohn e Tickle's24 investigao
de python brotos dos membros vestigiais demonstraram alguma
(conservado)
potencial de crescimento e desenvolvimento apndice.
Eles ligada a evoluo da limblessness com o embrionrio
repadronizao responsvel por cobras 'extraordinariamente
esqueletos postcranial uniformes (Fig. 4). Assim, a ocorrncia de membros
em Pachyrhachis poderia indicar que, na ascendncia
deste gnero, as pernas foram formados ex novo de rudimentos dos
membros.
No entanto, e talvez menos controverso, dado
a falta de provas convincentes para membros re-evoluo em qualquer
clado vertebrado, perdas de membros independentes nos diversos

linhagens de cobra no pode ser descartada. Alternativamente, analisa

por Caldwell19, e Scanlon e Lee20 tornar desnecessrio
invocar qualquer tipo de reaquisio membro ou perdas repetidas em
serpente filogenia qualquer.
Cohn e Tickle's24 teoria da cobra evoluo do desenvolvimento
exemplifica a forma em que os dados experimentais pode
ser optimizado (mapeado) sobre um quadro filogentica - em
Neste caso, a hiptese de Caldwell e Lee (Fig. 3a) 5,7-9. Contudo,
os argumentos acalorados sobre serpente filogenia enfatizar
uma necessidade real para essas perguntas que abordam sobre
comparativa
biologia, desde o desenvolvimento de comportamento, para
responder aos conflitantes teorias de relacionamentos. Futuro
filogenias usando conjuntos de caracteres diferentes do que o convencional
dados anatmicos e moleculares (ver o trabalho de Schwenk em
structure25 lngua squamate, eo impacto dos tecidos moles
dados em outras reas da debate26 sistemtica instense) pode
modificar consideravelmente nossa compreenso da evoluo squamate.
Felizmente, esses estudos vo incluir informaes
de desenvolvimento e a expresso do gene, proporcionando assim
novos protocolos para biologia comparativa. Em concluso,
Vale lembrar que a filogenia uma pesquisa em andamento
programa e que grandes partes da rvore evolucionria
permanecem no escrita, inexplorada e profundamente incerto.

A origem das serpentes: revelando a ecologia,comportamento e histria

evolutiva dos primeiros cobras utilizando genomas , morfologia , eo registro
fssil
Antecedentes

Cobras vivas (Serpentes) compreendem mais de 3.400

espcies. Eles so praticamente cosmopolita na distribuio,
ocupando fossorial, arbreo, terrestre, aqutico e
arredores, e que vivem em climas que vo desde desertos ridos
ao oceano aberto. Serpentes Coroa so divididos em duas grandes
clades: scolecophidia, que inclui cobras cegas e
cobras de rosca, e Alethinophidia, que compreende todos
outras cobras [1]. Dentro Alethinophidia, a mais diversificada
e clade dspares Henophidia, que inclui booids
(pites e boas) e Caenophidia (viperids, elapids,
e colubrids).
As origens ecolgicos e evolutivos de cobras tm
longo sido debatida luz da incrvel sobrevivente do clade
diversidade, eo plano corpo de cobra distintivo. Entre o
principais questes em torno origem das cobras esto se
cobras surgiu pela primeira vez no supercontinente Mesozico de
Gondwana ou Laursia, se cobras originado em terra
ou no mar, e se as primeiras serpentes eram fossorial,
terrestre ou arbreo em seus hbitos. Inferir a
fentipo, ecologia, biogeografia e da ancestral
serpente tem sido at agora impedida pela relativa falta de
fsseis informativos de cobras-tronco adiantados. Alm disso,
decifrar as origens evolutivas de cobras complicado
pelo facto de scolecophidian cobras, que so
irm para todas as outras cobras coroa, so altamente modificado e
sobreposta com original morfolgica e comportamental
apomorfias [2,3]. Estes incluem ecolgico e comportamental
caractersticas tais como hbitos exclusivamente fossoriais,

alimentao especializada em insetos sociais e suas larvas, como

bem como caractersticas fenotpicas, tais como derivados altamente
olhos reduzidos, maxilares modificados de forma nica, e suaves,
profundamente
imbricado, escamas do corpo ciclides.
No entanto, descobertas recentes de mais completa,
espcimes melhor preservadas de cobras-tronco fssil tais
como Dinilysia patagonica (santoniana-Campanian) [4],
Najash rionegrina (Cenomanian) [5,6], e Coniophis
precedens (Maastrichtian) [7] sugerem que a nica
caractersticas de scolecophidians provavelmente no representam
a condio ancestral para as cobras. Filogentica
anlises indicam que Dinilysia, najash e Coniophis
representam irms hierrquicos sucessivamente mais remotos para
cobras coroa, com Dinilysia representando o imediato
irm para a coroa [4,7,8]. Estes espcimes
assim, fornecer novos dados abundantes sobre a origem de incio
cobras. importante ressaltar que essas espcies fsseis tambm so
inequivocamente
terrestre [4,7,8]: este, em combinao
com a posio filogentica recentemente revista do
cobras marinhas limbed Tethyan (Simoliophiidae; por exemplo,
Haasiophis terrasanctus [9], Eupodophis descouensis
[10], e Pachyrachis problematicus [11]) como aninhados
dentro Alethinophidia (em vez de haste representando
cobras) [4,8], oferece provas irrefutveis contra o
hiptese de origem marinha para as cobras.
Esses achados fsseis recentes, em conjunto com fsseis
de previamente desconhecidas, membros extintos da coroa

Serpentes como Sanajeh indicus [12] e Kataria

anisodonta [13], fornecer novos dados abundantes sobre o
morfologia e evoluo dos primeiros conhecido
cobras, e enfatizar os fsseis papel crucial jogar em
inferir com preciso a histria evolutiva [14]. Na Luz
desta nova riqueza de dados fsseis, inferimos o
ecologia, comportamento e biogeografia dos primeiros cobras
sintetizando as informaes do registro fssil
com fenotpica e gentica de dados para as espcies recentes.
Especificamente, ns reconstrumos o ancestral da serpente
-grupo total e de cobras coroa, usando ambos estabelecidos
e, recentemente, desenvolveu metodologias analticas.
Alm disso, podemos inferir rvores tempo de divergncia, utilizando um
combinao de tradicional base de n namoro e
novos fsseis mtodos ponta-de namoro [15,16] para explorar a
padro eo calendrio de grandes eventos no incio de cobra
evoluo.

Resultados e discusso
As anlises filogenticas
O conjunto de dados completo compreende 766 fenotpica
18.320 pares de bases (pb) a partir de 21 loci nuclear e uma mitocondrial
locos e 11 novos personagens para o estado ancestral
reconstruo (veja Mtodos para mais detalhes). Bayesian
rvores filogenticas foram inferidos utilizando a seguinte quatro
conjuntos de dados: 1) dados fenotpicos sozinho (a seguir designado
a topologia 'fenotpica'; Figura 1); 2) Os dados genticos sozinho
(doravante referida como a topologia 'gentica'; Figura 2);

3) o fenotpica combinado e conjunto de dados genticos,

sem quaisquer restries topolgicas (adiante designado
como a topologia "sem restrio"; A Figura 3); e 4)
o combinado fenotpica e gentica conjunto de dados, com
limitaes topolgicas executada de tal forma que as relaes
dos clades principais correspondem aos inferida usando o
dados morfolgicos (doravante referida como a 'constrangido'
topologia; A Figura 4). A anlise foi restringida implementado
a fim de testar a hiptese de a evoluo dos caracteres
na topologia em rvore fenotpica com comprimentos dos ramos
inferida usando o conjunto de dados completo. Alm disso, no mximo
parcimnia rvores foram inferidas usando o fentipo-only
conjunto de dados (Figura 5) e o conjunto de dados combinado (Figura 6).
Em geral, a maioria dos ndulos so consistentes em todas as rvores
com suporte de alta. Clades que aparecem tanto na rvore
inferida a partir do conjunto de dados fenotpica utilizando parcimnia
ea rvore inferida usando mtodos bayesianos so sempre
bem suportado em ambos os critrios de otimalidade. Em poucos
casos em que parcimnia e Bayesiana para topologias
o conjunto de dados diferem fenotpica, o suporte para uma alternativa
topologia invariavelmente pobres (por exemplo, o apoio a monophyly
de Boinae [Epicrates striatus + Boa constrictor] forte em
parcimnia [Figura 5], enquanto o apoio para parafilia de
Boinae fraco na anlise Bayesiana [Figura 1]). O parcimnia e Bayesiana
do (sem restries)
conjunto de dados combinados tambm correspondem, em geral, com o
notvel exceo da parcimnia inferir uma grande politomia
na base de Alethinophidia, composta por Anilius,
Kataria, Tropidophiidae, o clado de Cylindrophis +

Anomochilus + Uropeltis, o Simoliophiidae, o clado de

Xenopeltis + Loxocemus + Pythonidae, e uma polyphyletic
'Booidea' (Figura 6).
As diferenas mais marcantes entre as rvores so inferidos
do fentipo versus o gentipo. Scolecophidia, para
exemplo, inferida a ser paraphyletic (e anomalepidae
polifiltico) na rvore gentica (Figura 2). Este resultado concorda
com outras anlises filogenticas recentes usando gentica
dados para direcionar as inter-relaes de cobra [17-19]. No entanto, em
a rvore fenotpica (Figura 1), bem como no combinado
rvores (tanto irrestrita [Figura 3] e restritos [Figura 4]), scolecophidia
inferida a ser o monofilticas
irm para Alethinophidia (no entanto, no fenotpica e
topologias restritos, uma relao entre a irm
clades scolecophidian leptotyphlopidae e typhlopidae
fortemente suportado, enquanto que na topologia sem restries,
os anomalepidids Typhlophis squamosus e Liotyphlops albirostris so irms
sucessivas a typhlopidae, tornando
Anomalepidae parafilticos). particularmente notvel que
a rvore sem restries em nosso estudo recupera um monophyletic
Scolecophidia, uma vez que sugere que a adio de fenotpica
dados para um conjunto de dados dominado pelos dados genticas (como
seria
tipicamente o caso em anlise filogentica que combinam as duas fontes de
dados) podem ter efeitos significativos no rvore
topologia - neste caso, o que resulta na mais tradicional
inferncia de monophyly scolecophidian.
Existem vrias outras diferenas principais entre o
fenotpica / rvores restritas ea gentica / unconstrained rvores. O
viperdeo cobra Daboia russelii inferida a ser

irm para Crotalinae (ou seja, jararacas, neste caso, Bothrops +

Agkistrodon + Lachesis) no fenotpica (Figura 1), sem restries
(Figura 3), e rvores constrangidos (Figura 4),
Considerando que irm de causus rhombeatus na rvore gentica
(Figura 2), tornando-se parte de um clado que irm de todos os outros
Viperidae. Alm disso, as caractersticas fenotpicas e rvores constrangidos
apoiamos fortemente um monophyletic xenopeltidae (= Xenopeltis
unicolor + bicolor Loxocemus) como a irm para todos os outros membros
de Macrostomata, enquanto que a gentica e irrestrita
rvores coloc-los firmemente como irms sucessivas a Pythonidae
(que tambm recuperado para ser fora Booidea). Este resultado
concorda com outros estudos recentes de filogenia cobra baseados
em sequncias de genes concatenados [18].
A posio de Tropidophiidae dentro Alethinophidia
radicalmente diferente entre rvores derivados destes
conjuntos de dados. Nas rvores genticos e no restringidas, Anilioidea
polifilticos (Figuras 2 e 3): Cylindrophis, Uropeltis,
e Anomochilus formar uma irm clade para Macrostomata,
com Anilius + Tropidophiidae (= Trachyboa boulengeri +
Tropidophis haetianus) como a prxima irm sucessiva
grupo. O clado Anilius + Tropidophiidae, tambm denominado
Amerophidia [20] aps a sua presena existente em exclusivo
Novo Mundo (embora, nomeadamente, o primeiro-grupo total
tropidophiids so conhecidos da Europa e Norte de frica em o falecido
Eoceno [21-25]), fortemente apoiada pelo molecular
dados deste estudo, de acordo com filogenmica anterior
anlises de filogenia cobra [1,19,26,27]. Em contraste,
as rvores fenotpicas e constrangidos recuperar Tropidophiidae
na sua posio tradicional aninhada dentro henophidian

macrostomatans, como irm para Caenophidia (Figuras 1 e 4).

Notavelmente, na rvore sem restries, os valores de apoio
para o clado Anilius + Tropidophiidae, e para o
relao entre a irm clade de Cylindrophis +
Uropeltis + Anomochilus e Macrostomata, no so
significativa. Este colapso nos valores de apoio em relao ao
a rvore gentica (para os quais as probabilidades posteriores para
Ambas as hipteses so 100%) provavelmente devido incluso de
dados fenotpicos fortemente discordantes no unconstrained
anlise. Na verdade, at agora, apenas um nico morfolgica
apomorfia - especificamente, um oviduto se conectar com
diverticuli da cloaca, em vez de directamente com a cloaca
como em todos os outros squamates - foi encontrado para ser partilhada
por Anilius e Tropidophiidae [28]. Alm disso, o
diviso de Cylindrophis, Uropeltis, e Anomochilus de Anilius na rvore
gentica, e a colocao do
ex trs txons dentro macrostomatans basais, deixariam
exigir a "reabilitao de um maxilar multipinnate complexo
adutor musculatura comparvel de lagartos "[29].
Alm disso, embora se possa argumentar que Anilius e
uropeltines podem ser artificialmente elaborado em conjunto devido a
convergncia em seus crnios relacionadas com fossorial compartilhada
hbitos, tal argumento no tem em conta o
fato de que outras cobras fossoriais, como Loxocemus,
nunca so recuperados como sendo intimamente ligada Anilius
ou Uropeltis. A questo de saber se Amerophidia
(Anilius + Tropidophiidae) representa um verdadeiro clade claramente
requer um estudo mais aprofundado; independentemente, incluindo
fenotpica

caracteres em nosso conjunto de dados combinado cai forte apoio

Amerophidia para, mais uma vez demonstrando o potencial
influncia da incluso de dados fenotpicos mesmo em grande escala
filogenmica estudos, apesar de discrepncias acentuadas na
o nmero de caracteres a partir de cada fonte (neste caso,
18.320 nucleotdeos bp vs. 766 caracteres fenotpicos). Ns
enfatizar aqui que no quero sugerir que o
sinal morfolgica necessariamente a uma "correta", mas
vez que a incluso de dados morfolgicos pode ser benfico
e eficaz na identificao de pores de rvores filogenticas
que pode no ser to incontroverso como dados genmicos sozinho
pode sugerir - se por afetar diretamente a topologia
em si (como no scolecophidia se tornando monofiltico em
nossa anlise combinada sem restries) ou pelo colapso
os valores de suporte de grupos controversos (como no
caso de Amerophidia). Nosso estudo apresenta emprica
provas contra a viso comum de que a genmica
dados, em virtude de sua abundncia, inevitavelmente 'swamp
out 'sinais conflitantes de dados morfolgicos, tornando
o seu contributo negligencivel e assim ignorable (viz., que
caracteres fenotpicos so meramente baubles a ser suspenso
em rvores genmicos).
A colocao de vrios taxa fssil difere entre o
rvore sem restries e as caractersticas fenotpicas e restrita
rvores. Por exemplo, simoliophiids marinhos so inferidos a
formam um clado que irm de Alethinophidia no unconstrained
rvore (Figura 3), em contraste com o fentipo
(Figura 1) e rvores constrangidos (Figura 4), onde

eles so aninhados dentro Alethinophidia como irm para coroar

Macrostomata. A irm Simoliophiidae + Alethinophidia
relacionamento na rvore no constrangida , no entanto, mal
suportada. Em todos os casos, simoliophiids so para ser inferidos
aninhada dentro de cobras coroa com alto apoio, e no
representam cobras-tronco (como foi sugerido por alguns
[11]), apesar da manuteno de minsculos membros posteriores.
O Irrestrito, constrangido, e rvores fenotpicas
todos apoiamos fortemente Madtsoiidae (= Sanajeh indicus,
Naracoortensis Wonambi, e Yurlunggur camfieldensis)
como alethinophidians-tronco (Figuras 1, 3 e 4), e, assim,
como pertencendo ao grupo de cobra-coroa (ver tambm Apestegua
Zaher e [30] e Longrich et ai. [7]). Isto sugere que madtsoiids, e por
extenso o ancestral das serpentes coroa,
provavelmente tambm retido minsculos membros posteriores com os
tornozelos e os dedos do p, enquanto
em cobras-tronco e simoliophiids - ao contrrio de qualquer sobrevivente
cobras. Neste ponto, no entanto, s podemos ter certeza de que
madtsoiids retida pelo menos uma parte do membro posterior, conforme
Naracoortensis Wonambi tem uma scolecophidian-like
pelve trirradiada com um acetbulo bem desenvolvido para
recepo da cabea femoral [31].
A rvore irrestrita e restrita / fenotpica
rvores ainda diferem na colocao do Paleocnico
serpente fssil Kataria anisodonta, da Amrica do Sul
[13]. Na topologia no constrangida, reconstrudo Kataria
como irm para Tropidophiidae, com Anilius scytale
como irm para ambos os txons (Figura 3). Em contraste, o
fenotpicas e constrangidos anlises (Figuras 1 e 4)

inferir que Kataria est aninhado dentro e Macrostomata

Henophidia como irm para Tropidophiidae + Caenophidia,
de acordo com Scanferla et al. [13]. A colocao de
Kataria exibido na rvore irrestrita no fortemente
suportado, e provavelmente reflete uma consequncia passiva de sua
fidelidade com Tropidophiidae e Caenophidia, clades
que so fortemente apoiados em todas as anlises de todos os conjuntos de
dados.
Ambas as rvores genticos e no restringidas resolver
Javanicus Xenodermus como o txon irmo imediato de
Colubroidea, seguido por Acrochordus granulatus, como a irm
ao clade Xenodermus + Colubroidea (Figuras 2 e 3).
Isto contrrio ao forte apoio fenotpica /
topologia constrangida, em que as posies de Xenodermus
e Acrochordus so invertidos (Figuras 1 e 4). Embora
outros estudos de sequncias de genes concatenados ter inferido
a mesma topologia como a nossa rvore gentica com igualmente elevada
apoio [18,26], a recente Pyron et al. [19] supertree
recuperou uma topologia alternativa, na qual suportada altamente
Xenodermatidae e Acrochordus formar um clado que
irm para Colubroidea. O desacordo entre gentica
topologias de rvores para estes taxa ilustra a existncia de
extenso homoplasia em multi-gene, conjuntos de dados filogenmica
[32,33] ('homoplasia' aqui pretendida no sentido amplo como
referindo-se a qualquer filogentica potencialmente confundindo
sinal de que no resultem de ancestralidade comum circunscrevendo convergncia no apenas funcional, mas
tambm fenmenos como a longo ramo atrao e
linhagem incompleta ordenao). Definitivamente desvendar o

relaes entre Xenodermatidae, Acrochordus, e

Colubroidea vai exigir um estudo mais aprofundado.
Em todas as anlises, Dinilysia patagonica, Najash rionegrina,
e precedens Coniophis formar irms sucessivas para coroar
Serpentes, apoiando o seu status como primeiros membros
Pan-Serpentes, com Coniophis como a primeira-divergentes
cobra-tronco atualmente conhecida. Embora Najash e
Coniophis so claramente tronco cobras mais distantemente relacionado
para a coroa que Dinilysia, a inferncia de que Coniophis,
ao invs de Najash, irm de todas as outras serpentes conhecidas
depende da correta atribuio para que as espcies de , ossos isolados
portadores de dente com numerosos desarticulada
vrtebras, tudo a partir do Maastrichtian da American
Interior do Oeste [7]. A validade deste ponto de vista permanece
controverso, e sua resoluo vai exigir adicional
descobertas de espcimes / Coniophis articulados associados
[34] e conhecimento mais completo de Najash.
Reconstruo estado Ancestral
Reconstrues estado ancestral (ASR) foram realizados
por 11 caracteres (ver arquivo adicionais 1) para a gentica
(ver arquivo adicionais 2), sem restries (ver arquivo adicionais 3),
e restrita (ver 4 de arquivos adicionais) topologias, usando
trs mtodos:. parcimnia, Yang et al de mxima verossimilhana
(ML) Mtodo re-enraizamento [35], e estocstica Bayesian
mapeamento de caracteres [36,37], o que representa um total de 99
individuais
ASR anlises. Ns escolheu para implementar todos os trs
mtodos, a fim de comparar os seus resultados e estabelecer
robustez (ou a falta dele) dos nossos resultados. Em particular,

estvamos preocupados com a forma como as reconstrues variveis

foram
atravs de mtodos, e como diferentes maneiras de definir um
carter - ou seja, a "Placa eu binrio carter vs. a muito
mais altamente atomizado carter 'II Placa' - pode afetar nossa
resultados. O mtodo de mapeamento de caracteres estocstica Bayesian
foi escolhido em particular pela sua capacidade para incluem polimrfica
e caracteres em falta - que so em grande
nosso conjunto de dados - durante o processo de inferncia. ASR resultados
so
relatado para o "Serpentes" (ou seja, coroa-cobra) eo n
"-Total Group 'n, com resultados reportados como Bayesian posterior
probabilidades (PP), os resultados do ML relatou como propores
do total de verossimilhana (PTL), eo mais parcimoniosa
estado (s) reportado para parcimnia.
ASR resultados so em grande parte invariantes entre os diferentes
mtodos de reconstruo e topologias de rvores. Contudo,
vrias reconstrues falhar (ou seja, produzir ambgua /
resultados uninformative onde todos os estados possveis so
igualmente provvel) para a topologia gentica. Especificamente,
isso ocorre para o 'Diel', 'placa II', 'Bioma', 'Habitat
Estrato ', e' personagens 'hbitos aquticos. Em contraste,
para as topologias de rvores restritas e irrestritas,
ASR no somente para o carter 'Bioma' usando o ML
mtodo. Isto sugere que esta topologia gentica
particularmente mal adequado para ancestral analisa estado,
talvez porque, devido sua falta de intermedirio,
fsseis encurtamento ramo, ele no consegue aproximar a
distribuio integral dos estados de carter que existia em frente

a histria evolutiva das serpentes. Isso ressalta

a importncia de incluir fsseis como txons terminais em
reconstruo estado ancestral anlises; para cenrios
em que o conjunto de dados s de gentica falhar em seu estado ancestral
reconstruo, anlises de conjuntos de dados combinados falhar em
apenas um deles (o personagem altamente varivel 'Bioma',
usando ML). Estudos anteriores, tanto terica [38-40] e
emprica [14,41-43], demonstraram que a incluso
dos dados fsseis em reconstrues estado ancestral melhora a preciso,
preciso e desempenho global destes
analisa. Nossos resultados corroboram essas idias, ainda mais
demonstrando que em certos casos, a falta de fssil
taxa nessas anlises pode realmente tornar a reconstruo
de estados ancestrais impossvel. Dados fsseis so
indispensvel para a interpretao evolutiva de forma confivel
histria, como eles servem para restringir possveis hipteses
da evoluo de personagem e capturar uma mais completa
imagem de distribuies estaduais carter evolutivo em todo
tempo e diversidade filogentica.
Tanto o ancestral das serpentes da coroa e os primeiros
ancestral conhecido do grupo total de cobra so reconstrudos
inequivocamente por todos os mtodos e em todas as topologias para
foram habitao terra-, apoiando a hiptese de que
cobras originado em um terrestre, em vez de um fuzileiro naval,
definio [4,7,8]. Isto consistente com independente
inferncias de hbitos terrestres para o mais antigo membro
Pan-Serpentes (tarde Superior Albiano) [44], Najash rionegrina,
Dinilysia patagonica [45], e Lapparentophis defrennei
[46]. Estes resultados corroboram a sugesto mais

que o limbed Tethyan Simoliophiidae representam um

invaso independente do reino marinho. Embora um terrestre
origem das serpentes pode implicar que o corpo de cobra
plano (por exemplo, membros reduzida e dos organismos de comprimento)
uma adaptao
para um estilo de vida buraqueira (fossorialidade) [47], a nossa inferncia
para o estrato habitat primrio para ambos os 'Serpentes'
e n do 'Total de Grupo " um tanto ambgua: embora
os mtodos Bayesiana e ML reconstruir o
estrato mais provvel para ambos os ancestrais como superfcie-habitao,
os valores PP e PTL so relativamente baixos no restrito
topologia (cerca de 0,70 e 0,80, em vez de> 0,90
como na maioria das outras reconstrues). Alm disso, reconstrues
de hbitos terrestres e so fossorialidade
igualmente parcimoniosa para ambos os antepassados e topologias.
Essa ambigidade no totalmente inesperado, como muitos existente
cobras, exibem uma combinao de hbitos, e algumas espcies
pode at variar de preferncia estrato com base na idade e tamanho
[48]. Independentemente disso, nossos resultados sugerem que a concluso
que o plano de corpo de serpente evoluiu como uma adaptao para um
estilo de vida fossorial no de forma precipitada, e que burrowing
taxa, como scolecophidians, e talvez at
anilioids, podem ter evoludo a partir de ancestrais menos comprometidos
a vida subterrnea [49].
Vrias concluses podem ser tiradas adicionais sobre
a ecologia e comportamento de ambos o antepassado de coroa
cobras, e do antepassado de cobras do grupo total com base
em nossas anlises. Ambos os antepassados provavelmente habitadas
wellvegetated

arrabaldes em climas quentes, midos, e uniforme

(caracterizado como tropical para subtropical, de folha larga
biomas florestais hoje; Observe, porm, que, de folha larga
florestas verdes no existia no Cretceo mdio,
e que esses personagens "bioma" referem-se anloga
condies climticas fsicas, independentemente da especfico
plantas que acontecem a viver neles hoje). Este ecolgica preferncia se
estende por grande parte do incio da histria de cobras, de
o ramo que se estende desde Serpentes a Caenophidia.
Isso pode explicar por que, apesar de uma extraordinria diversidade
de Squamata fsseis destes sedimentos, as cobras tm
nunca foi recuperado dos arredores mais ridas do
Cretceo Superior da Monglia [50].
Serpentes ancestrais so fortemente inferido ter sido
noturno, com a aquisio de hbitos diurnos parece ocorrer dentro
Colubroidea, especificamente no
clado decorrente do ltimo ancestral comum de
Elapidae e Colubridae (Figura 7). Este retorno diurna
- hbitos que possam ancestral para rpteis [51] pode explicar certos aspectos da histria evolutiva
de Colubroidea. Especificamente, embora colubroids experimentado
extensa diversificao durante Oligoceno tarde
aquecimento climtico, esta ampla abrangncia taxonmica no foi
combinado com alta abundncia relativa (em comparao com
outras cobras como booids) at a segunda metade do
Mioceno, quando colubroids tornou-se dominante no
habitats mais frios e secos que surgiram em latitudes mais altas
[52,53]. O sucesso da Colubroidea nestes
ambientes de maior latitude pode ter sido facilitada por
o ressurgimento de diurnality dentro dessa linhagem, como

noturnos temperaturas mais frias podem ter noturna limitada

atividade para cobras ectotrmicos.
O comportamento alimentar das primeiras serpentes foi inferida
ter sido semelhante ao da maioria das cobras existentes: eles
provavelmente foram amplamente forrageamento predadores furtivos, caa
softbodied
subequal presa para o tamanho da cabea (provavelmente pequenos
vertebrados,
quer enquanto ativo, por exemplo, mamferos noturnos, ou dormindo,
por exemplo, squamates diurnos). A constrio relativamente restrita
na sua distribuio filogentica, e provavelmente no surgiu
fora da coroa Alethinophidia.
As reconstrues Bayesiana e verossimilhana relataram
acima so todos suportados por parcimnia ASR para todos
trs topologias de interesse, com excepo de
preferncia alimentar, onde parcimnia reconstri tanto
soft-bodied presa e cupins / formigas (incluindo a sua
larvas e ovos) como sendo igualmente na parcimoniosa
topologia gentica. Isto provavelmente devido a uma combinao
da falta de taxa fssil na topologia e gentica
a posio dos termite- / scolecophidians-comendo formigas como
irm para todas as outras cobras existentes. Praticamente todas as
reconstrues
so altamente suportado (isto ,> 0,90 PP e PTL) por
Mtodos de Bayesian e ML em toda a rvore combinada
topologias, com exceo do carter 'Bioma' para
ambas as topologias (para os quais o ML ASR falha), o
Carter "constrio" para ambas as topologias (para o qual o
ausncia de constrio no 'Serpentes' e 'Total de Grupo'
nodos ainda exibe a mais elevada PP e PTL, mas com valores

inferior a 0,90, mas superior a 0,80), e o "habitat

Carter estrato 'para a topologia restrita (para o qual
as exposies de reconstruo 'terrestres' fogos de superfcie
PP e PTL valores inferiores a 0,90, mas maior do que 0,70).
Todas as anlises ASR bem sucedido para a topologia gentica
exposio PP e PTL valores superiores a 0,80, com o
exceo do carter 'Diel', para o qual o PP
valor de hbitos noturnos, o mais altamente suportada
reconstruo, 0,6610 (ver arquivo adicionais 2).
Lagrange [54] A anlise biogeogrfica do "placa II '
carter placa tectnica produziu resultados ambguos
(ver arquivo adicionais 5) para todas as topologias de rvores quando o
conjunto de dados completo (daqui em diante, a distribuio 'full-gnero' pelo qual taxa ponta foram codificados para representar o todo
gama biogeogrfico do gnero a que pertencem em
taxonomias tradicionais - ver Mtodos) foi utilizado. Quando
a taxa na anlise foram codificados em vez de refletir nica
os intervalos biogeogrficas de espcies individuais ("no-gnero '
distribuio), Lagrange infere que tanto o antepassado de
cobras da coroa e do antepassado do grupo total de cobra- provavelmente
originado em Laursia para a rvore restrita
(74,70% Amrica do Norte, sia 13,12%, e 12,18% para
Amrica do Norte Amrica do Sul + para o n do grupo total;
63,65% Amrica do Norte, 18,13% da Amrica do Norte + sia,
10,92% Amrica do Sul sia +, 9,94% na sia e 7,37% Sul
Amrica para o n coroa-cobra). Para o irrestrita
rvore, os resultados so equivocadamente dividido entre laursico e
Origens Gondwanan (32,72% Amrica do Norte, 32,65% do Norte
America + Amrica do Sul, sia 16,98, 9,92% do Sul

America + sia, e 7,72% para a Amrica do Norte + sia

para o n do grupo total; 37,64% Amrica do Sul,
34,16% Amrica do Sul + sia, 13,83% Amrica do Norte,
9,25% para a Amrica do Norte + sia, e 5,11% para o Norte
America + Amrica do Sul para o n coroa-cobra).
Em contraste, o ancestral das serpentes coroa inequivocamente
reconstrudo como tendo se originado em Laursia para o
rvore gentica utilizando a distribuio no-gnero (86,45%
Amrica do Norte e da Amrica do Norte 13,55% + sia).
No entanto, a reconstruo laursico para o antepassado
cobras coroa usando a distribuio no-gnero potencialmente
influenciado por amostragem vis, como conjunto de dados contm nosso
na maior parte dos representantes de scolecophidia
Amrica do Norte e do Caribe, apesar do todo o mundo
distribuio de scolecophidians. Esse fenmeno,
resultando em dados genticos mais completas para Nearctic
scolecophidians do que para outras zonas biogeogrficas,
provavelmente devido relativa facilidade de acesso a estes amostragem
localidades para pesquisadores vindos do Norte
Hemisfrio.
A incapacidade do mtodo para produzir um Lagrange
resultado inequvoco sugere que tais biogeogrfica
mtodos, o que exige a introduo de fontes de incerteza
(por exemplo, a construo de uma matriz de probabilidade relativa de
disperso,
para a qual no h nenhum padro claro), pode no ser ideal para
reconstruir a histria disperso atravs longos trechos de
tempo geolgico. Isto provavelmente devido em grande parte ao
repartio dos fundamentos conceituais desses mtodos

quando reas geogrficas - que devem ser necessariamente

predefinido para criar matrizes de probabilidade de disperso alterar significativamente ao longo do tempo (por exemplo, embora o
moderna continente africano pertencia ao Mesozico
supercontinente de Gondwana, no est claro como confiantemente ns
pode reconstruir a histria de disperso de e para "frica" quando
sua identidade moderna foi em grande parte irrelevante durante a
Mesozica - especialmente quando ambigidade abunda, tanto em
termos de probabilidades subjetivas "disperso" ea
posio estimada no tempo da massa de terra que chamamos
"frica" devido deriva continental). Este problema agravado provvel
quando os organismos em questo so altamente
dispersiva, e, portanto, susceptvel de dar saltos que biogeogrficas
pode parecer extremamente improvvel a priori.
Diversas linhas de evidncia sugerem que as serpentes, particularmente
em relao a outros rpteis Squamata, so particularmente adeptos
dispersores: 1) serpentes tm sido empiricamente demonstrado para expor
gamas maiores do que lagartos no cobra [55,56] quando apenas as espcies terrestres so levados em considerao,
cobras exibem formatos da gama medianos que so ~ 4,5 vezes
maior do que a de lagartos no cobra [57]; 2) hydrophiine
cobras so nicos entre squamates existentes no estar
adaptado exclusivamente para estilos de vida marinhas (em contraste
ao cristatus Amblyrhynchus iguanian, que forrageia em
o oceano, enquanto vivem principalmente em terra), demonstrando
a capacidade notvel de Serpentes de se adaptar e
habitam ambientes que tradicionalmente impedem a disperso
organismos de terrestres. Esta ideia corroborada por
cobras ter invadido aquticos (por exemplo, natricines, homolopsines,

calamariines, Acrochordus) e habitats marinhos

(por exemplo, hidrophineos, simoliophiids, palaeophiids) mltipla
vezes em sua histria evolutiva, talvez facilitado por
flutuao natural, conferida pelo direito pulmes dilatados que
estender para baixo do corpo, assim como um estilo de terrestre
locomoo que se aproxima de estilo anguilliform natao;
e 3) as gamas de biogeogrficos certo cobra
clades sugerem capacidades de disperso atravs de grandes trechos
de gua. Por exemplo, est amplamente distribudo Candoia
atravs das ilhas do Indo-Pacfico, mas irm de Novo Mundo
boas [58]; uma distribuio de tais biogeogrfica difcil
explicar sem considerar a probabilidade de ocenica
disperso. Outro exemplo a presena de e Bolyeria
Casarea em Round Island, Ilhas Maurcias, enquanto sua irm
Xenophidion encontrada no sudeste da sia [8]. Estes
questes em conjunto - a repartio do conceitual
fundamentos de mtodos biogeogrficos ea alta
capacidades de disperso de cobras - sugerem que o fracasso de
Lagrange para reconstruir a histria cobra biogeogrfica
indica a incapacidade fundamental de tais mtodos
para abordar de forma eficaz as histrias evolucionrias profundas de
organismos dispersivo.
Em contraste com os resultados de Lagrange, mtodos ASR? Naive?
(ou seja, parcimnia, ML, e carter estocstico Bayesian
mapeamento) reconstruir o antepassado 'Girard' como mais
provavelmente originado na Gondwanan Supercontinente
(note, no entanto, que as reconstrues utilizando a gentica
topologia em desacordo com aqueles que usam as topologias combinados,

reconstruir fortemente o antepassado 'Girard' como tendo

originado em Laursia - este provavelmente devido em grande parte,
falta de informao fssil nas anlises genticas).
Esta concluso est de acordo com trabalhos anteriores sugerindo uma
Histria Gondwanan para cobras coroa, e em particular
Scolecophidia [59], que irm para todas as outras cobras coroa.
Reconstrues para o n 'Total de Grupo' so mais
equvoco: o estado mais parcimoniosa, tanto para o restrito
e topologias sem restries uma origem laursico,
enquanto os mtodos ML e Bayesiana reconstruir uma Gondwanan
origem como sendo apenas ligeiramente mais provvel. Apesar de
distribuio geogrfica de forma inequvoca laursico de uma sucesso
de outgroups anguimorphan suporta uma laursico
origem para cobras-tronco [8], a ambiguidade em torno do n 'Total de
Grupo " provavelmente tambm devido laursico
ocorrncia (especificamente, norte-americana) da problemtica
serpente cedo Coniophis precedens, que tem
foi argumentado para representar o grupo irm a todos os outros
cobras [7]. Embora esta hiptese topolgico
corroborada por nossas anlises filogenticas, a validade
desse argumento depende em grande parte se todo o
elementos desarticulados referidos Coniophis so verdadeiramente
associada a uma nica espcie, uma afirmao que exige
Investigao aprofundada. Futuras descobertas fsseis e
analisa tambm pode alterar potencialmente a nossa compreenso da
Coniophis e as pores mais profundas da haste cobra
(por exemplo, a descoberta recente de uma amostra de suporte de jugal
Najash rionegrina [6], uma das anteriormente plesiomorphies
pensado para indicar a posio de stemward

Coniophis precedens [7]).

Esses resultados, portanto, apoiar a provenincia Gondwanan
para as cobras da coroa, ao mesmo tempo, sugerindo a possibilidade de
uma origem laursico para o grupo total de cobra. Aceitao
ou rejeio desta hiptese se baseia necessariamente no
futuro reavaliao de espcimes referidos C. precedens
e a descoberta de representantes adicionais dos primeiros
Pan-Serpentes.
Estimativa de tempo divergncia
rvores tempo de divergncia foram estimados para a gentica
(ver arquivo adicionais 6), sem restries (ver arquivo adicionais 7),
e rvores constrangidos (Figura 8). A topologia restrito
apresentada porque, ao contrrio das outras topologias, preserva
scolecophidian, anilioid, xenopeltid, booid, e
tropidophiid + monophyly Caenophidian. Os seguintes
discusso, no entanto, aplica-se igualmente a todos os timecalibrated
rvores, com a exceo de nmeros especficos
sobre datas e os seus 95% de densidade mais alta posterior
intervalos (HPDI), e quando indicado de outra forma.
Pan-Serpentes inferido para ter originado ~ 128,5 Ma
(idade mdia; HPDI [142,0, 117,2]), enquanto cobras so coroa
inferida ter divergido ~ 110,3 Ma (HPDI [117,1,
104,0]). Dadas as margens de erro nesta anlise, estes
eventos parecem ter ocorrido na relativamente rpida
sucesso durante o final do Cretceo Inferior (especificamente,
durante a fase de Albian). As divergncias de sucessivos
madtsoiids, Pan-anilioids, simoliophiids e panmacrostomatans
ocorreu em uma srie notavelmente rpido

de eventos entre 105-95 Ma, com splits basais em

macrostomatans coroa seguintes pouco depois
(91,4 Ma; HPDI [99.2, 82.3]). O calendrio destes
rpidas divergncias basais cai dentro da gama de datas
associado ao Cretceo Terrestrial Revoluo
(125-80 Ma) [60], um intervalo, quando muitos floral familiarizado
e grupos de fauna - como mamferos [61,62], pssaros
[61,63], e angiospermas [64] - parecem ter experimentado
diversificao acelerado e generalizado em terrestre
ecossistemas. Nossas anlises sugerem que as cobras tambm
experimentou uma exploso de radiao em meados do Cretceo,
e pode ter sido participantes neste significativo
macroevolutiva evento.
As divises iniciais dentro Macrostomata parecem ter
ocorreu no incio do Cretceo Superior, com a coroa
divergncia entre Pan-Booidea eo tropidophiid +
Caenophidian-grupo total seguinte mais tarde (mdia: 81,6 Ma;
HPDI [89.8, 73.7]). A radiao moderna da coroa
cobras Caenophidia, no entanto, parece brotar
no final do Cenozico, comeando em torno de 65-50 Ma,
logo aps o K-Pg Massa extino. Embora
Deve notar-se que o HPDI da divergncia mais profunda
em Booidea atravessa a fronteira K-Pg, a distribuio generalizada
e diversificao surpreendente de henophidian
cobras - que foi impulsionado principalmente pela radiao de
o Colubroidea [65] - ocorreu claramente aps a final de
Extino em massa do Cretceo na divergncia combinado
tempo rvores. Este resultado est em contraste com os estudos anteriores
(por exemplo, Burbrink Pyron e [66]), que inferir um Palegeno

origem para Colubroidea, mas com intervalos de confiana

cruzar a fronteira K-Pg. No entanto, deve notarque as definies clade de Burbink e Pyron [66] diferem
um pouco da nossa; sua coroa 'Colubroidea' equivalente
a nossa coroa 'Caenophidia'. A idade da nossa coroa
'Colubroidea' (isto , Pareas, viperids, colubrids, lamprophiids,
e elapids) parece aproximadamente to antiga
como o clado correspondente em Burbrink e Pyron
[66]. Nossa gentica rvore tempo de divergncia infere um semelhante
resultar em estudos anteriores utilizando dados s genmicas,
com um post K-Pg data de originao para Colubroidea,
mas com margens de erro que atravessem a fronteira (mdia:
Ma 64,1; HDPI [70.4, 57.8]). A incluso de fsseis como ponta
taxa afeta, assim, claramente datas de divergncia inferidos, e
sugere que a divergncia precoce datas para a maior
rico em espcies moderno clade de cobras so mais jovens do que
anteriormente assumida. Esta radiao foi provavelmente impulsionada
pela sbita disponibilidade de nichos deixado vago pelo
catastrfica extino K-Pg, espelhando a espantosa
radiao dos mamferos placentrios [67], pssaros coroa [68],
e vrios outros grupos sobreviventes de squamates [69] em
incio do Cenozico.
Concluses
Baseado em nossas anlises, os ancestrais de coroa e totalgroup
cobras eram caadores furtivos noturnos que foraged
amplamente de presas de corpo mole em quente, suave, bem regada,
e dos ecossistemas bem-vegetadas (Figura 9). O tamanho das presas foi
relativamente pequeno em comparao com presa regularmente
consumidos por

serpentes que exibem a condio macrostomatan, mas

grande em relao ao tamanho da presa alvo por ancestralidade
lagartos no cobra. Era pouco provvel que eles empregaram
constrio para subjugar presas. As primeiras cobras eram
provavelmente activa primariamente na superfcie do solo (mesmo se
por baixo da tampa), embora possam tambm exibiram
hbitos semi-fossorial. Serpentes ancestrais so inequivocamente
inferido ter originado em terra, em vez de
configuraes aquticos. A origem biogeogrfica de cobras
menos claro do que a sua ecologia e comportamento precoce; Contudo,
nossos resultados sugerem que o antepassado de cobras coroa
provavelmente originado no supercontinente Mesozico
de Gondwana, e indicam a possibilidade de que o ancestral
de-grupo total serpentes surgiram vez em Laursia. A conclusiva
resoluo da origem biogeogrfica da-grupo total
cobras vai exigir tanto reavaliao do controverso
serpente fssil Coniophis precedens, ea descoberta de novos
fsseis de cobras de ramificao.
O grupo total de cobra, ou pelo menos o n Coniophis,
infere-se que tenha surgido no meio Cretceo Inferior,
com a coroa originrio cerca de 20 milhes de anos depois,
durante a fase de albiana. Uma srie de divergncias rpidas em
sua histria evolutiva precoce sugere que as cobras
pode ter sido participantes no incio dos anos hiptese
Cretceo Revoluo Terrestre. Os nossos resultados mais
sugerem que a diversidade henophidian, que inclui o
grandes quantidades de espcies de serpentes atual, irradiava inteiramente
aps o
K-Pg extino em massa.

Estes resultados pintar o quadro mais claro ainda do incio

evoluo de cobras, lanando luz sobre os seus valores ecolgicos,
comportamental, biogeogrfica, e origens macroevolutivos.
Ambos os ancestrais do grupo total e cobras coroa do grupo
eram aparentemente similar em ecologia e comportamento para muitos
macrostomatans basais sobrevivendo hoje. Esta concluso,
dependente da incluso de cobras-tronco fssil no nosso
anlise, seria inesperado se apenas cobras existentes foram
considerado, dada a irm-posio de altamente derivado
scolecophidians a todas as outras cobras coroa existentes. Assim,
a importncia de intermedirios fsseis para iluminar
processos macroevolutivos no pode ser subestimado.
Alm disso, os nossos resultados demonstram que a incluso
de dados fenotpicos e fsseis pode afetar a inferncia de
topologias filogenticos, mesmo quando esses dados so vastamente
superados em nmero pelos dados de sequncias genticas. Fsseis pagar
vislumbres sem precedentes na grande tapearia de
histria evolutiva, e pode informar inferncias bem alm daqueles que
podem ser tiradas da fortuito
sobreviventes que compreendem biota moderna da Terra. Transitrio
fsseis so, portanto, de valor inestimvel tanto para filogentica
anlises e para a reconstruo precisa do ancestral
estados.
mtodos
Materiais e dados
Caracteres ancestrais de reconstruo do Estado
Onze novos personagens que descrevem ecologia e habitat,
comportamento alimentar, padro de atividade diria, e placa tectnica
ocupao (ver arquivo adicionais 1) foram codificados para 73

espcies - dos quais 15 esto extintos - que mede o

serpente e outros anguimorphan (outgroup) topologia da rvore.
Embora a nossa amostra representa apenas uma pequena percentagem
da diversidade existente total de serpentes, a necessidade de incluir
fsseis e dados fenotpicos impedida a incluso de
milhares de espcies de serpentes neste estudo de uma prtica
perspectiva. Anlises futuro seria, claro, de preferncia
amostra de uma maior proporo de cobras vivas; Contudo,
mesmo que tinha examinado todas as espcies de serpente viva,
que a amostra pode no representam mais do que um pequeno
fraco do total de uma diversidade de tais clado
antiguidade. No entanto, o nosso conjunto de dados representa a mais
amostra global que combine genticas e fenotpicas
dados at a data.
Codificaes de caracteres foram baseados em pesquisas bibliogrficas
(veja o arquivo adicional 8 de fontes). Todos os cdigos de caracteres
esto disponveis em formato Nexus no Dryad Digital
Depository. Embora incluindo tanto a 'placa tectnica
I 'e' personagens placa tectnica II pode ser interpretada
como pseudoreplicao, a incluso de ambos os personagens
destina-se a facilitar o teste dos efeitos potenciais
de usar um personagem simples binrio ('placa tectnica I') vs. um
altamente atomizado, carter multi-estado ('placa tectnica II')
durante a reconstruo estado ancestral. O 'forragem
Carter Mode 'refere-se a estratgia de caa - isto ,
se a espcie em questo viaja e forragens ativamente
para a rapina, em grande parte permanece sedentrio e espera para
emboscar
rapina, ou apresenta alguma combinao dos dois

estratgias. O carter 'Prey Mtodo Pursuit', em seguida, captura

se, aps a deteco de um item de rapina, as espcies
em questo emprega, um ataque de carga declarada, ou um refgio,
aproximao furtiva e greve rpida (anloga ao contraste
entre o modo de caa empregado por chitas
vs. leopardos). O personagem "Preferncias Prey", alm
de ser baseado em observaes publicadas histria natural,
est ligada forma do dente; isto , os dentes que so adequados para
esmagando / perfurao so assumidos pertencer a grupos que se
alimentam
em presas com exoesqueletos relativamente duros / exteriores,
tais como besouros, enquanto que os dentes que so adequados para a
preenso
foram assumidas pertencer a taxa que se alimentam de relativamente
presas de corpo mole, como roedores e pssaros. Esta abordagem permitiunos a este cdigo de caracteres para taxa fssil
em que a morfologia dos dentes, mas no direcionar informaes dietticas,
preservada. O carter 'Prey Size' serve como um
proxy para a compreenso da evoluo do original
macrostomatan condio - isto , um sistema cintico permitindo
los para ingerir presas intactas que so muito maiores
do que a cabea - dentro de cobras (a capacidade que evoluiu
duas vezes se tropidophiids so alethinophidians basais como genmica
dados sugerem). Como tal, este personagem se refere estritamente
para saber se a espcie em questo possui a capacidade de
engolir itens presa inteira que so maiores do que a sua cabea,
e no se tambm acontece consumir presas que
so menores ou subequal a largura da cabea (por exemplo, embora Boa
constritor foi observada a consumir de forma oportunista
presas pequenas tais como ratos, seria classificada como

ser capaz de engolir presas maiores do que a sua cabea). o

restantes personagens - 'Diel padro de atividade,' 'Bioma',
"Prey subjugado por constrio ',' Habitat Estrato ', e
'Aquticas Hbitos "- so auto-explicativos. 'Bioma' pode reconhecidamente
ser ambguo, no entanto, uma vez que combina bitico (muitas vezes
botnicos) associaes com parmetros da fsica
ambiente, tais como os padres de chuva e temperatura.
Reconstrues de ecologias ancestrais provavelmente seria
mais precisamente servido por organismos de pontuao para o Clima
Zones "e no" Biomas ", de modo a evitar confundir
o primeiro com os tipos de plantas que
atualmente acontecem a habit-los [70] (por exemplo, enquanto
climas l eram quase certamente no semi-rido
Cretceo Inferior, duvidoso que eles apoiaram
pradarias como fazem hoje). Como tal, gostaramos de exortar
bilogos que queiram considerar estas questes no futuro
para evitar essa armadilha potencial, considerando passado clima
zonas em descries contemporneas bioma retribuio financeira,
especialmente para reconstrues de tempo profundo ecolgico
estados ancestrais.
Caracteres comportamentais podem ser altamente variveis, e quanto
tal foi aplicado um modal, e acreditamos repetvel,
caracteres codificao critrio. Por exemplo, a atividade diel
padres so amplamente compreendidas na variar sazonalmente
serpenteia habitao em latitudes mais elevadas; muitos normalmente
serpentes noturnas no rido sudoeste americano pode ser
ativo durante o dia, como o tempo permitir, quando
emergindo de hibernao, a fim de aquecer, mate, e

alimentar. Contudo, desses taxa ainda so considerados como aqui

sendo "noturna" enquanto eles apresentam que a preferncia
durante a maior parte de suas estaes ativas. O mesmo subjetiva
lgica foi aplicada para atribuies de estado modal para
outros comportamentos, como forrageamento e perseguio presa, e
constrio presa. A identidade do Lichanura trivirgata
como um constrictor, por exemplo, indiscutvel por herpetologistas
Apesar do considervel plasticidade comportamental (por exemplo,
indivduos da espcie foram observados para consumir
J ratos mortos sem primeiro contraindo-los), e
codificada na nossa matriz como tal. Compromisso com hbitos aquticos e
um estrato particular, so, sem dvida, ainda mais
problemtico devido sua variao contnua, por vezes,
alterar durante o curso da vida de uma cobra. Para
exemplo, embora os indivduos de Lampropeltis getula
ocasionalmente pode ser encontrado subindo em arbustos baixos, o
espcies geralmente descrito na herpetolgica
literatura como "terrestre". Nos casos em que o nosso selecionado
taxa foram regularmente descrito na literatura como exibindo
hbitos multimodais, eles foram devidamente classificados como
polimrfica. Por exemplo, no que diz respeito a 'Diel Atividade
Padro, 'o rhombeatus vbora causus aparentemente pode ser
encontrado ativo a qualquer hora do dia, e foi nesse sentido
pontuada como diurna, crepuscular e noturno em reduzir
vis potencial em nossas reconstrues estado ancestral.
Alm disso, devido s limitaes de amostragem, certa
clades em nosso conjunto de dados so representados por espcies que
fazer
no reflecte necessariamente a plena diversidade e disparidade de

dos respectivos subtipos. O exemplo mais notvel

disto a nossa amostragem de scolecophidia: embora
scolecophidian cobras so encontradas em todo o mundo
[71], o nosso conjunto de dados inclui apenas espcies encontradas no
Norte
Amrica e as ndias Ocidentais, como um considervel
quantidade de dados tem sido recolhida a partir destas espcies
devido sua relativa facilidade de acesso aos investigadores em
os Estados Unidos. Esse vis de amostragem pode ter um efeito
nas reconstrues biogeogrficas em nossos ns de
interesse. Assim, todos os txons foram marcados para representar a
toda a gama de gneros a que eles tenham sido
atribudo em taxonomias tradicionais. Por exemplo, Rena
(anteriormente Leptoyphlops) dulcis encontrada principalmente em
o sudoeste dos Estados Unidos e norte do Mxico,
mas porque Leptotyphlops como um clado tambm pode ser
encontrada em todo Central e Amrica do Sul, R.
dulcis est codificada na nossa matriz como ambos 0 e 1 (Laursia
e Gondwana).
Fenotpica e gentica de dados
O conjunto de dados filogentica completa includo 766 fenotpica
personagens da ltima reviso do conjunto de dados squamate
a partir do projeto da rvore da Vida (ATOL) Montagem [7,8]
e 18.320 pb a partir de 21 loci nucleares e um mitocondrial
lcus descarregado a partir do banco de dados GenBank NBCI
(ver arquivo adicionais 9). Arquivos para todos os conjuntos de dados Nexus
(personagens estado ancestral fenotpica +; gentico; combinado)
e uma lista completa de personagens e estados de carter
esto disponveis no Dryad Digital Repository.

Cobertura total dos dados genticos foi de 81,3% (excluindo fssil

taxa). Nos casos em que os dados genticos no estavam disponveis para
as espcies amostradas no conjunto de dados fenotpica, gentica
os dados foram substitudos de outra espcie atribudos a
do mesmo gnero em taxonomias tradicionais (ou seja, Naja naja
e kaouthia; Rena dulcis e Rena humilis; Causus
rhombeatus e causus Defilippi). Dados seqncia gentica
para o nosso conjunto de genes no estavam disponveis para as duas
espcies existentes Anomochilus Leonardi e Xenophidion
acanthognathus. Os dados genticos foram alinhados em Clustal
Omega (v.1.1.0) [72] usando as configuraes padro e, em seguida
inspecionado por olho no BioEdit (v.7.1.3.0) [73]. Modelo
teste para cada locus foi conduzido no PAUP *
(v.4.0b10) [74], utilizando o pacote MrModelTest (V.2.3) [75].
Sob o Akaike Information Criterion, a melhor substituio
modelo foi determinada a ser GTR + I + G para todos os loci
exceto ZEB2, para a qual o melhor modelo foi HKY + I + G.
As anlises filogenticas
rvores filogenticas foram inferidas atravs da seguinte
conjuntos de dados: 1) os dados fenotpicos sozinho; 2) a gentica
dados por si s; Dados 3) a fenotpicas e genticas, combinadas
sem restries; e 4) o fenotpica combinadas e gentica
dados, restrita tal que as inter-relaes
certos clades principais correspondeu s exibidas na
a nica fenotpica-dados-topologia em rvore (para uma discusso
e lista de restries implementadas, consulte arquivo adicionais 10).
O conjunto de dados somente fentipo foi analisado utilizando ambos
mxima parcimnia e mtodos Bayesianos, enquanto
os outros trs anlises foram realizadas utilizando apenas

Mtodos Bayesiana. Em todos os casos, Xenosauridae (= Shinisaurus

Crocodilurus, xenosaurus grandis, e Xenosaurus platyceps)
foi definido como o grupo externo monophyletic [8].
O conjunto de dados que contm dados somente fenotpicos foi analisada
em PAUP * (v.4.0b10) [74] usando um algoritmo de busca heurstica
com rvores de partida construdo usando adio gradual aleatria
bisection com rvore e reconexo (TBR) Sucursal
trocar e vinte sequncia de adio aleatria replica.
A rvore de consenso estrito das seis rvores mais parcimoniosas
(2.170 passos) foi construdo (ver arquivo adicionais 11). A no paramtrico
pesquisa de bootstrap foi realizada sob a mesma
parmetros de busca heurstica para 1000 repeties, resumidos
como uma regra maioria rvore de consenso de 50% (Figura 5). o
mesmos parmetros de execuo foram usadas para construir uma rvore
usando parcimnia
para o conjunto de dados combinados: a mais parcimoniosa
rvore consistiu de 31,405 passos (ver arquivo adicionais 12), e um
50% de rvore consenso regra da maioria foi construda a partir de 1000
rplicas de bootstrap (Figura 6).
Anlises filogenticas Bayesiana foram executados com
MrBayes (v.3.2.2) [76] sobre a Cincia gateway CIPRES
[77]. O modelo MKV [78] foi usado para a fenotpica
dados com variao da taxa distribudos-gama e varivel
codificao. Os dados da seqncia foram repartidos por gene, enquanto
que
dados fenotpicos foram divididos por nmero de caracteres
estados (ou seja, caracteres binrios formados uma partio, carteres
com trs estados formada uma divisria, etc.) de modo a reflectir implcita
diferenas entre as taxas de evoluo para personagens com

mais estados versus aqueles com menos. Todas as anlises foram realizadas
com uma frequncia de amostragem de 1000, dois concorrentes
funcionamentos, e quatro cadeias Metropolis acoplados (T = 0,1).
O somente fenotpica-anlise de dados foi executado por 20 milhes
geraes; todos os outros conjuntos de dados foram executados por 50
milhes de geraes. Os parmetros do modelo (frequncias estaduais
carter,
taxas de substituio, forma parmetro gama, e proporo
locais de invariveis) foram desvinculados em todas as parties, e
as taxas foram autorizados a variar de forma independente para todas as
parties.
Todas as anlises foram verificados quanto convergncia usando o padro
MrBayes diagnstico (por exemplo, PRSF <0,01, misturando entre
cadeias de> 20%) e marcador (v.1.5) [79] (por exemplo, ESS> 200). UMA
25% em relao burn-in foi implementada para todos os resumo
estatsticas.
Estimativa de tempo divergncia
rvores tempo de divergncia foram inferidos utilizando a gentica
rvore, a rvore sem restries, ea rvore restrita. UMA
foram usadas mximo de sete pontos de calibrao nodais
(seis para a rvore gentica; ver de arquivo adicionais 13 para lista de
pontos de calibrao e fsseis em idade indicativa), juntamente com
datas de calibrao ponta (ver arquivo adicionais 14) para o
anlises irrestritas e restritas. Todas as calibraes
siga as melhores prticas protocolos delineados por Parham
et ai. [80]. Incio e fim datas para cada geolgica
perodo so definidos pelas normas do Internacional
Comisso de Estratigrafia (ICS). As trs rvores eram
primeiro dimensionado de tal modo que os ns calibrados combina com a
respectivas idades mnimas rgidos usando o mdulo BLADJ

no pacote de software Phylocom (v.4.2) [81]. A raiz

a idade, o que necessrio para BLADJ, foi fixado em 150 mA;
esta a idade dos primeiros squamates coroa conhecidos,
incluindo Paramacellodus, uma haste-membro da scincomorph
clade irm para todas anguimorphs (incluindo cobras)
considerada nesta anlise [8].
As anlises em tempo calibrado foram executados em BEAST (v.1.8.0)
[82] para 100 milhes de geraes no CIPRES. Calibrao
priores para ambas as datas de calibrao nodais e de ponta foram
definidos
de tal forma que a idade mais jovem de cada perodo geolgico foi
definido como a restrio de idade mnima duro para compensar
exponencial
priores etrias distribuio; o parmetro de escala foi
em seguida, escolhidas de tal forma que 95% do volume de distribuio era
contida dentro da idade mais antiga do perodo geolgico.
Operadores de rvore (subtreeSlide, narrowExchange, wideExchange,
e wilsonBalding) foram desligadas de modo a que o
analisa seria otimizar as idades apenas de ns e no topologia da rvore.
Para que a rvore gentica, os dados foram divididos
de acordo com os 22 genes com substituio no ligados
modelos, um modelo nico relgio molecular ligado, e uma
modelo de rvore ligado. Para o irrestrita e restrita
rvores, o fenotpica combinado e os dados genticos foram
dividido em 27 parties (22 divisrias de genes + 5
parties fenotpicas) com modelos de substituio, no encadeadas
um modelo de relgio molecular nica, um nico relgio fenotpica
modelo, e um modelo de rvore vinculada. Os modelos de substituio
foram definidos para os loci de genes, tal como especificado no original

filogentica anlises, e do modelo de Lewis foi Mk

utilizado para as parties morfolgicas. No correlacionadas
lognormal modelos de relgio relaxado foram utilizados com taxas
estimadas. A morte nascimento srie amostrar [83] especiao
rvore antes foi utilizada em todos os casos. Relgio significa priores
foram definidos como distribuies gama difusos (forma = 0,001,
escala = 1000). Todas as outras priores ficaram com o seu padro
configuraes. rvores calibrado em tempo foram resumidas usando
TreeAnnotator (v.1.8.0), includo com o software BEAST
pacote, com um 25% burn-in.

Reconstruo estado Ancestral

Estados ancestrais foram inferidas em todos os casos para os mais
ancestral comum recente (MRCA) aproximar a
snake-grupo total (n 'total-Group') e para o
MRCA de cobras coroa (n 'Serpentes'). A nodal
aproximao para o grupo total de cobra - que
certamente mais velho do que a divergncia de precedens Coniophis
de outras organizaes pan-serpentes - necessrio, como ns e haste
ramos no so equivalentes [84], mas estados ancestrais
s podem ser reconstrudos com ns. Estado Ancestral
reconstruo (ASR) foram conduzidas sob
parcimnia, mxima verossimilhana (ML), e Bayesian
Frameworks. Mesquite (v.2.75) [85] foi usado para parcimnia
ASR. O R (v. 2.15.1) [86] pacote phytools (v.0.3-93) [87],
especificamente a funo rerootingMethod, foi usada para ML
ASR. Esta funo implementa o Yang et al. [35] rerooting
mtodo para estimar estados ancestrais marginais sob
um quadro probabilidade. Para carter estocstico Bayesian

mapeamento [36,37], a funo era make.simmap phytools

usava. Estes mtodos foram escolhidos pela sua capacidade de
incorporar a incerteza (ou seja, os dados em falta) e tomar
estados polimrficos, que so extensa em nosso conjunto de dados,
em conta. Deve-se notar que estes mtodos
ter falta estados de dados e polimrficas em conta pelos
impondo uma prvia sobre a distribuio dos estados para um dado dica
taxon. Como resultado, esses estados no so imutveis durante
estimao de estado ancestral (como estados so monomrficas)
e podero ser substitudos - por exemplo, se taxon Um polimrfico
para os estados 0 e 1, mas acontece a ser aninhadas com um clade
em que todos os outros membros clade so monomorphic para
estado 0, o processo de ASR pode reconstruir taxon A como
exibindo nico estado 0. Embora este no obviamente ideal
comportamento, ns acreditamos que a capacidade de incluir polimrfica
dados prefervel a exciso tais dados a partir da anlise,
como seria necessrio em mtodos ASR "tradicionais", como
ace [88]. Da mesma forma, se um taxon na anlise est codificada como
dados em falta (o estado '?'), o mtodo SIMMAP vontade
inferir o estado mais provvel para a ponta desse taxon baseado no
dados disponveis (por exemplo, apesar de todos os txons apresentam uma
ponta de concreto
estado na Figura 6, alguns desses estados ponta - incluindo todos os
txons fsseis - so estados inferidos, e no estados codificados).
Todas as reconstrues estado ancestral foram realizados em
a gentica, sem restries, e constrangido calibrado-time
topologias. Para Bayesian mapeamento de caracteres estocstica,
caracteres com dados perdidos foram inicializados com um plano

antes (tudo personagem afirma igualmente provveis), enquanto caracteres

polimrficos foram definidos para que cada polimrfica
estado ser igualmente provvel, com todos os outros estados
exibindo probabilidade zero (por exemplo, um taxon codificada 0 & 1 para
uma
carter de trs estados teria seu conjunto como antes [0,5, 0,5,
0]). O teste da razo de verossimilhana do qui-quadrado, usando um
significado
nvel de 0,05, foi usado para determinar qual dos
trs modelos hierrquicos disponveis (ER, SYM, e ARD)
era mais adequado para cada personagem para cada topologia.
Para que a rvore gentica, o modelo ER foi escolhida para cada
caractere, exceto 'Modo de forragem "," Diel Atividade Padro',
'Preferncia Prey', 'Habitat Estrato', e 'aquticas Hbitos ", para
SYM que foi escolhido para 'Modo de forragem e foi ARD
escolhido para todos os outros personagens. Para que a rvore sem
restries,
o modelo ER foi escolhido para cada personagem. Finalmente, para
a rvore limitada, o modelo ER foi escolhida para cada
caractere, exceto 'Atividade Diel Padro "e" placa tectnica
I ', para o qual foi escolhido o modelo SYM. Estocstico Bayesian
anlises de mapeamento foram executados em 5000 simulao
replica, com todas as outras opes definidas como padro.
Reconstruo biogeogrfica
Alm de usar o nave reconstruo estado ancestral
mtodos descritos na seo anterior, o biogeogrfica
mtodo de Lagrange [89] foi usado para reconstruir o
histria da personagem placa tectnica do "II Placa '. O programa
Raspagem (v.3.0) [90] foi usado para implementar Lagrange
sob a Disperso-Extinction-cladognese (DEC)

modelo. Os genticos sem restries, e rvores, com restries

foram, cada uma utilizada como comeando rvores. Todas as possveis
combinaes
de limites geogrficos foram autorizados, e possvel
gamas foram adicionados automaticamente. Restrio de disperso
matrizes foram construdas durante seis intervalos de tempo, com base na
tectnica
placa de movimento: 0-3 MYA, 3-14 MYA, 14-50
MYA, 50-66 MYA, 66-94 MYA, e 94-133,27 (idade root)
MYA. Probabilidades relativas foram de disperso com base em tectnico
reconstrues placa do projeto PaleoMap
[91] usando as seguintes regras: massas 1) Conectado
atribuda uma probabilidade de disperso de 0,9; 2) massas de terra
separados por um oceano de tamanho comparvel ao do Atlntico /
Oceanos ndico / Tethys atribuda uma probabilidade de disperso
de 0,1; 3) massas de terra separado por um oceano de comparvel
tamanho para o Oceano Pacfico so atribudos a uma disperso
probabilidade de 0,01; e 4) e massas de terra perto
ilhas (por exemplo, as ilhas do Caribe e Amrica do Norte)
atribuda uma probabilidade de disperso de 0,5. Dentro
casos em que vrias regras so aplicveis, a disperso
probabilidades so multiplicados; por exemplo, a disperso
da Amrica do Norte para a Austrlia no Quaternrio
requer transversal atravs do Oceano Atlntico ao
Eursia (0,1), em seguida, um salto do Eurasian
massa de terra para as ilhas do Indo-Pacfico (0,5), em seguida, um salto
dos oceanos Indo-Pacfico e Austrlia (0,5), resultando
numa disperso de probabilidade relativa de 0,025. Embora
disperso entre a Amrica do Norte e Austrlia tambm poderia proceder
teoricamente atravs do Oceano Pacfico, de acordo

com as regras acima mencionados esta teria um parente

probabilidade de 0,01 - em todos os casos, quanto maior for relativa
foi utilizado probabilidade disperso.