UNIDAD5:PROTENAS

CARRERA DE MEDICINA

SEMESTRE AGOSTO DICIEMBRE DEL 2011

DEFINICIN DE AMINOCIDO

Los aminocidos son

cidos carboxlicos,
con uno o ms
grupos amino unidos
covalentemente.

Amino acid structure

Amino
group

Carboxylic
acid group

Different side-chain (R group)

Different chemical and physical properties

FUNCIONES GENERALES DE UN AMINOCIDO:

Forman parte de la estructura de
las protenas.
Algunos son precursores de molculas
reguladoras de determinados procesos
Fisiolgicos, por ejemplo:
Neurotransmisores.
Hormonas.
Pueden ser usados como fuente de energa.

CLASIFICACIN DE LOS
AMINOCIDOS
1.Aminocidos con grupo R
no polar. (Grupo R
hidrfobo).
2. Aminocidos con grupo R
polar, sin carga. (Grupo R
hidroflico).
3. Aminocidos con grupo R
cargado negativamente.
(Aminocidos cidos)
4. Aminocidos con grupo R
cargado positivamente.
(Aminocidos bsicos).

Different side-chain (R group)

Different chemical and physical
properties

Estructura de los aminocidos

que tienen grupo R hidrfobo.
COO

COO
+

H3N

COO-

H3N

H3N

C H

C H
CH
H3C CH3

CH3
ALANINA

C H
CH CH3
CH2
CH3

VALINA

ISOLEUCINA

H2N

CH

H2C

COO-

COO-

COO+

H3N

CH2

C H
CH2

CH2

CH2
S

PROLINA

CH3
METIONINA

H3N

C H
CH2

C CH
NH
C C
CH
HC
C CH
H
TRIPTOFANO

COO
+

H3N

COO-

C H
CH2

H3N

C H

CH2
CH
H3C CH3
FENILALANINA

LEUCINA

Estructura de los aminocidos que tienen

grupo R polar sin carga.
COO+

H 3N

COO+

H 3N

COO+

CH2

GLICINA

OH

H 3N

C H
CH2

H3N

C H

CISTEINA

COO+

H3N

C H
CH2

CH2

ASPARAGINA

TIROSINA

SH

CH2
O

CH2

COO-

NH2

OH

OH

TREONINA

COOH3N

H 3N

CH3

SERINA

C
HC

COO-

NH2
GLUTAMINA

Estructura de los aminocidos que tienen

grupo R con carga negativa.

COO+

H3 N

CH2
COOACIDO
ASPARTICO

COO+

H3 N

CH2
CH2
COOACIDO
GLUTAMICO

Estructura de los aminocidos que

tienen grupo R con carga positiva.

COO-

COO+

H3N

H3N

H
+

CH2

CH2

CH2

CH2

CH2

CH2

CH2

NH

NH3+

COO-

H 3N

CH2
C

NH
CH

NH2

NH2
LISINA

ARGININA

HC

NH+

HISTIDINA

CURVA DE TITULACIN DE UN AMINOCIDO (GLICINA)

CURVA DE TITULACIN DE UN AMINOCIDO

Titration Curves of Amino Acids with Ionizing Side Chain

-2

-1

-1.5

-0.5

pI =7.59

0.0

+0.5
pI =3.22

-0.5

0.0
+0.5

+1

+1.5

+2

Figure 5-12, p. 125: Lehninger Principles of Biochemistry

Properties of Amino Acids Found in Proteins

Amino Acid

pK
(-COOH)

pK
(-NH3)

pK
(R-group)

pI

Hydropathy
Index

Occurrence in
proteins (%)

Nonpolar, aliphatic
Glycine
Alanine
Proline
Valine
Leucine
Isoleucine
Methionine

Gly
Ala
Pro
Val
Leu
Ile
Met

G
A
P
V
L
I
M

75
89
115
117
131
131
149

2.34
2.34
1.99
2.32
2.36
2.36
2.28

9.60
9.69
10.96
9.62
9.60
9.68
9.21

5.97
6.01
6.48
5.97
5.98
6.02
5.74

-0.4
1.8
1.6
4.2
3.8
4.5
1.9

7.2
7.8
5.2
6.6
9.1
5.3
2.3

Aromatic
Phenylalanine
Tyrosine
Tryptophan

Phe F
Tyr Y
Trp W

165
181
204

1.83
2.20
2.38

9.13
9.11
9.39

10.07

5.48
5.66
5.89

2.8
-1.3
-0.9

3.9
3.2
1.4

Polar, uncharged
Serine
Threonine
Cysteine
Asparagine
Glutamine

Ser
Thr
Cys
Asn
Gln

S
T
C
N
Q

105
119
121
132
146

2.21
2.11
1.96
2.02
2.17

9.15
9.62
10.28
8.80
9.13

8.18

5.68
5.87
5.07
5.41
5.65

-0.8
-0.7
2.5
-3.5
-3.5

6.8
5.9
1.9
4.3
4.2

Positively Charged
Lysine
Lys K
Histidine
His H
Arginine
Arg R

146
155
174

2.18
1.82
2.17

8.95
9.17
9.04

10.53
6.00
12.48

9.74
7.59
10.76

-3.9
-3.2
-4.5

5.9
2.3
5.1

Negatively Charged
Aspartate
Asp D
Glutamate
Glu E

133
147

1.88
2.19

9.60
9.67

3.65
4.25

2.77
3.22

-3.5
-3.5

5.3
6.3

Peptide bond
Covalent bond
Connects amino acids in protein

Formacin de un tetrapptido.
H
HO

CH3

NH2

HO

ALANINA

CH2

H
NH2

HO

CH2

CH2

CH2

COOH

CH2

NH2

HO

CH2
C

NH2

H
C
NH

AC. GLUTAMICO

CH2

HO

CH3

CH2

NH2

C
H

LISINA

TRIPTOFANO

CH2

CH2

CH2

COOH

CH2

CH2
C

NH2

H
C
NH

CH2
NH2

CH

HC

3H2O

C
CH

HC
C
H

CH

CH

Al formar un pptido se usa el carboxilo de un aminocido, que

reacciona con el - amino de otro, de tal
forma que en una cadena polipeptdica
nicamente quedan un carboxilo terminal
en un extremo y en el otro un amino
terminal. Adems, los grupos R pueden
tener carboxilos y aminos adicionales.
1.

FORMACIN DE UN PUENTE DISULFURO

COO+

H3N

COO+

H3N

CH2

CH2

SH

SH

H2

COO-

COO+

H3N

H3N

CH2

CH2

NMERO DE PPTIDOS QUE SE PUEDEN FORMAR

CON CUATRO AMINOCIDOS
NH2 ALA GLUT LIS TRPT COOH

LIS ALA GLUT - TRPT

LIS ALA TRPT GLUT
LIS GLUT ALA TRPT
LIS GLUT TRPT ALA
LIS TRPT ALA GLUT
LIS TRPT GLUT ALA
TRPT ALA GLUT LIS
TRPT ALA LIS GLUT
TRPT GLUT ALA LIS
TRPT GLUT LIS ALA
TRPT LIS ALA GLUT
TRPT LIS GLUT ALA

ALA GLUT LIS TRPT

ALA GLUT TRPT LIS
ALA LIS GLUT TRPT
ALA LIS TRPT GLUT
ALA TRPT GLUT LIS
ALA TRPT LIS GLUT
GLUT ALA LIS TRPT
GLUT ALA TRPT LIS
GLUT LIS ALA TRPT
GLUT LIS TRPT ALA
GLUT TRPT ALA LIS
GLUT TRPT LIS ALA

4!

CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS

PROTENAS FIBROSAS

PROTENAS GLOBULARES

CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS

Protenas conjugadas.
Protenas simples.

A la parte no aminoacdica de una

protena conjugada, se le conoce
con el nombre de grupo prosttico.

GRUPO PROSTTICO

PROTENA CONJUGADA

PROTENA SIMPLE

CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS

1. Protenas fibrosas
1.1 Protenas del cito esqueleto.
1.2 Protenas de la matriz extracelular.
2. Protenas globulares.
2.1 Protenas plasmticas.
2.1.1 Factores de coagulacin.
2.1.2 Protenas de fase aguda.
2.2 Hemoprotenas.
2.3 Protenas de adhesin celular.
2.4 Protenas de transporte transmembranal.
2.4.1 Canales inicos.
2.4.2 Proteinas de sinporte/antiporte.
2.5 Hormonas y factores de crecimiento.
2.6 Receptores.
2.6.1 Receptores transmembranales.
2.6.2 Receptores intracelulares.
2.7 Protenas que se unen al ADN.
2.7.1 Protenas de regulacin de la transcripcin.
2.8 Protenas del sistema inmune.
2.9 Protenas de almacenamiento y transporte de nutrientes.
2.10 Protenas chaperonas.
2.11 Enzimas.
2.12 Complejos constituidos por componentes mltiples, incluyendo protenas.
Segn la base de datos SCOP: Structural classification of proteins.

Los reactantes (o protenas) de fase aguda son productos

sintetizados principalmente en el hgado cuyas
concentraciones sricas varan significativamente por
efecto de las citocinas generadas en la inflamacin.
Pueden ser positivos o negativos si su concentracin
plasmtica aumenta o disminuye al menos un 25% durante
los estados inflamatorios.
Las protenas positivas de fase aguda incluyen la protena
C reactiva (PCR), la ceruloplasmina, las fracciones del
complemento, el fibringeno, la ferritina, la alfa1antitripsina, la haptoglobina, la hepcidina y el amiloide A
srico, entre otros. Por el contrario, las protenas que
disminuyen en la inflamacin (negativas) incluyen la
albmina, la transferrina, la transtiretina y algunas
fracciones del complemento (especialmente el C3 que
disminuye en lasglomerulonefritis postestreptoccica y
lpica).
http://adolfoneda.com/inflamacion-y-reactantes-de-fase-aguda/

ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTENAS

Ya se ha visto ampliamente el concepto de que las protenas
estn hechas de secuencias especficas de 20 aminocidos;
dicho en otras palabras: todas las molculas de una determinada
protena son idnticas en cuanto al nmero de aminocidos que
las forman y por lo que respecta a la secuencia que tienen stos
en la estructuracin de la cadena polipeptdica. Una protena es
diferente de otra por el nmero de aminocidos que contiene y la
secuencia en la que stos se encuentran. Cuando se habla de la
secuencia que tienen los aminocidos que componen una
protena nos referimos a la estructura primaria de la misma.

Primary Structure

Nmero de aminocidos existentes en algunas

protenas y el peso molecular de las mismas.

PESO MOLECULAR

NUMERO DE
RESIDUOS

Insulina de bovino

5,733

51

Ribonucleasa de bovino

12,640

124

Lisozima de la clara de huevo

13,930

129

Mioglobina de corazn de caballo

16,890

153

Quimotripsina de pncreas de bovino

22,600

241

Hemoglobina de humano

64,500

574

Albmina srica de humano

68,500

550

Hexoquinasa de levaduras

96,000

800

- globulina de caballo

149,900

1250

1,000,000

8300

PROTEINA

Deshidrogenasa glutmica de bovino

En esta tabla se encuentra la cantidad que tienen de

cada uno de los 20 aminocidos dos protenas diferentes.
AMINOACIDO

Citocromo c

Quimotripsinogeno

ALANINA
ARGININA
ASPARAGINA
ASPARTICO
CISTEINA
GLICINA
GLUTAMICO
GLICINA
HISTIDINA
ISOLEUCINA
LEUCINA
LISINA
METIONINA
FENILALANINA
PROLINA
SERINA
TREONINA
TRIPTOFANO
TIROSINA
VALINA
TOTAL

6
2
5
3
2
2
8
13
3
8
6
18
3
3
4
2
7
1
5
3
104

22
4
15
8
10
10
5
23
2
10
19
14
2
6
9
28
23
8
4
23
245

La fuerza que mantiene a la estructura primaria

es el enlace peptdico.

ESTRUCTURA SECUNDARIA DE LAS PROTEINAS

Como resultado de todas las observaciones

que se han realizado es posible afirmar que, en
su estado nativo, las molculas de una misma
protena tienen una sola conformacin
(conformacin nativa).
An ms, cuando por un cambio fsico qumico
se pierde la conformacin nativa la protena
pierde su funcin.

Estructura de las - queratinas. (- hlice)

Al grupo de las - queratinas pertenecen
muchas protenas bastante conocidas: pelo,
plumas, escamas, cuernos de bovino, uas,
garras etc. Son compuestos que son sintetizados
por las clulas de la epidermis. La estructura en
el espacio que adoptan ste tipo de protenas se
conoce con el nombre de - hlice y bsicamente
es una estructura helicoidal. La hlice tiene 3.6
residuos de aminocido por vuelta por lo que
tambin se le ha llamado hlice 3.6.

ESTRUCTURA DE UNA -QUERATINA

Qu son y para que sirven los puentes de H?

Alpha-Helix
Residues per
Right handed turn: 3.6
helix
Rise per residue:
1.5 Angstroms
Rise per turn
(pitch): 3.6 x 1.5A
= 5.4 Angstroms
amino hydrogen
H-bonds with
carbonyl oxygen
located 4 AAs
away forms 13
atom loop

Alpha-Helix
Side chain groups
point outwards from
the helix
AAs with bulky side
chains less common in
alpha-helix
Glycine and proline
destabilizes alphahelix

C
||
O
H
|
N

H
|
C
N
||
OH
|
C
HN
||
|
O
N
C
|| H
O |
N
C
||
O

-Helix
C H
|| |
O N
H
|
N

H
|
N

C
||
O

H
C |
|| N
C
O
||
O

Every amide hydrogen

and carbonyl oxygen is
involved in a hydrogen
bond.

Hair, hair, long, beautiful hair

skin too

Por qu las - queratinas adoptan la conformacin

de una hlice y no otra?
Se podra pensar que la conformacin se encuentra
almacenada en los genes, pero est ampliamente
confirmado que ellos codifican exclusivamente para
la estructura primaria de una protena. Mas bien la
respuesta correcta se orienta a afirmar que: la
conformacin de una protena es finalmente el
resultado de la abundancia de determinados
aminocidos y la poca cantidad de otros y que la
cadena polipeptdica se ordena en el espacio en la
forma en que representa el mnimo estado de energa
posible.

Aminocidos que permiten, desestabilizan o destruyen el hlice.

PERMITEN - HELICE
ESTABLE

DESESTABILIZAN LA HELICE

ROMPEN LA - HELICE

Alanina

Serina

Prolina

Leucina

Isoleucina

Hidroxiprolina

Fenilalanina

Treonina

Tirosina

Acido glutmico

Triptofano

Acido asprtico

Cisteina

Lisina

Metionina

Arginina

Histidina

Glicina

Asparagina
Glutamina
Valina

Otra caracterstica de las - hlices es su

abundancia en residuos de cistena. Este aminocido
tiene un sulfidrilo (-SH) en el grupo R y como se ha
visto en el captulo anterior, dos de estos grupos
pueden reaccionar entre s para formar un puente
disulfuro (-S-S-). Tal caracterstica permite que dos
cadenas polipeptdicas queden unidas entre s
mediante la formacin de puentes disulfuro
intercadena. Un cabello, una ua o un cuerno, en
realidad son una gran cantidad de polipptidos
unidos entre s mediante puentes disulfuro
intercadena. Mientras mayor nmero de puentes
disulfuro existan (mas cistena en la cadena
polipeptdica), la estructura formada es mas rgida.

ESTRUCTURA DE HOJAS PLEGADAS

Las cadenas polipeptdicas que
forman estas protenas tienen
muy poca cistena y son ricas
en aminocidos que
desestabilizan al - hlice por lo
que tienen que adoptar una
conformacin diferente. En este
caso se establecen puentes de
hidrgeno intercadena, es
decir, de una cadena
polipeptdica a otra, que
mantienen unidos a varias
cadenas entre s sobre un
mismo plano, pareciendo una
hoja de papel plegada. Como
ejemplo de stas protenas se
tiene a la fibrona de la seda.

Beta-Sheets
Beta-sheets
formed from
multiple side-byside beta-strands.
Can be in parallel
or anti-parallel
configuration
Anti-parallel betasheets more stable

Beta-Sheets
Side chains point alternately above and below the
plane of the beta-sheet
2- to 15 beta-strands/beta-sheet
Each strand made of ~ 6 amino acids

-Sheet: The polypeptide chain is held in place

by hydrogen bonds between pairs of peptide units
along neighboring backbone segments.

ESTRUCTURA DEL COLGENO

Las fibras de colgeno son
muy pobres en cistena y
muy ricas en prolina y en el
aminocido raro conocido
con el nombre de
hidroxiprolina, que como se
aprecia en la tabla 5.3 son
los que destruyen la hlice. Por ello las cadenas
polipeptdicas no pueden
adoptar la conformacin de
las - o - queratinas. Al no
haber cistena tampoco se
pueden establecer puentes
disulfuro que unan cadenas
entre s mediante este
mecanismo.

ESTRUCTURA DEL COLGENO

Las cadenas polipeptdicas del
colgeno estn mucho ms
extendidas que en los dos grupos
estudiados anteriormente: se unen
tres cadenas, mediante puentes de
hidrgeno intercadena, para
formar una hlice de triple
trenzado.

ESTRUCTURA DEL COLGENO

ESTRUCTURA DEL COLGENO

ESTRUCTURA DEL COLGENO

Los genes codifican nicamente

para la estructura primaria de una
protena, la conformacin es un
producto del tipo de aminocidos
que la componen y del medio en el
que se encuentra.

ESTRUCTURA TERCIARIA
Una protena fibrosa nicamente tiene
estructura primaria y secundaria, pero
las globulares, adems, tienen
estructura terciaria, la cual se produce
plegando una estructura secundaria
hasta obtener un arreglo muy
compacto y pequeo, comparado con
la fibra original.

A diferencia de las protenas fibrosas, que

desempean un papel pasivo y esqueltico, las
globulares tienen una accin ms directa en el
funcionamiento de los sistemas vivientes, ya que
en este grupo se encuentran las enzimas, los
anticuerpos, algunas hormonas acarreadoras
etc. Por lo general estas protenas son solubles
en agua o se encuentran asociadas a las
membranas. Para ser funcionales estas
protenas tambin requieren tener una
conformacin nativa.

ESTRUCTURA PRIMARIA DE LA MIOGLOBINA

VAL LEU SER GLU GLY GLU TRP GLN LEU VAL LEU
HIS VAL TRP ALA LYS VAL GLU ALA ASP VAL ALA
GLY HIS GLY GLN ASP ILE LEU ILE ARG LEU PHE
LYS SER HIS PRO GLU THR LEU GLU LYS PHE ASP
ARG PHE LYS HIS LEU LYS THR GLU ALA GLU MET
LYS ALA SER GLU ASP LEU LYS LYS HIS GLY VAL
THR VAL LEU THR ALA LEU GLY ALA ILE LEU LYS
LYS LYS GLY HIS HIS GLU ALA GLU LEU LYS PRO
LEU ALA GLN SER HIS ALA THR LYS HIS LYS ILE
PRO ILE LYS TYR LEU GLU PHE ILE SER GLU ALA
ILE ILE HIS VAL LEU HIS SER ARG HIS PRO GLY
ASP PHE GLY ALA ASP ALA GLN GLY ALA MET ASN
LYS ALA LEU GLU LEU PHE ARG LYS ASP ILE ALA
ALA LYS TYR LYS GLU LEU GLY TYR GLN GLY

MODELO DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA DE LA

MIOGLOBINA

MODELO DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA DE LA

MIOGLOBINA

Qu fuerzas mantienen la estructura

terciaria de una protena?,

Puentes de hidrgeno intracadena.
Puentes disulfuro intracadena.
Interacciones de tipo sal.

Qu fuerzas mantienen la estructura

terciaria de una protena?

Sulfide
Crosslink

Hydrophobic
interaction

-S-S-

-COO- H3N+-

Salt bridge

Hydrogen
bonding

Non-covalent forces drive the folding pathway

and maintain the final 3D structure. Hydrogen bonds, ionic bonds,
and van der Waal attractions

The side chains drive the folding.

Hydrogen bonding is the most important.

While low energy, lots of em.

Aminocidos altamente hidrfilos, que

se encuentran principalmente en el
exterior de las protenas globulares.

Aminocidos altamente hidrfobos,

que se encuentran principalmente en
el interior de las protenas globulares.

Aminocidos de polaridad intermedia,

que se pueden encontrar tanto en el
interior como en el exterior de las
protenas globulares.

Acido asprtico

Fenilalanina

Prolina

Acido glutmico

Leucina

Treonina

Asparagina

Isoleucina

Serina

Glutamina

Metionina

Cisteina

Lisina

Valina

Alanina

Arginina

Triptofano

Glicina

Histidina

Tirosina

Algunas protenas estn formadas por

la asociacin de dos o ms cadenas
polipeptdicas: la hemoglobina de los
mamferos tiene cuatro sub-unidades y
un peso molecular de 64,500. El
complejo de la deshidrogenasa
pirvica posee 72 cadenas, con un peso
molecular de 4,600,000. La estructura
cuaternaria se refiere a las protenas
que tienen en su estructura mas de una
cadena polipeptdica.

MODELO DE LA ESTRUCTURA DE LA HEMOGLOBINA

MODELO DE LA ESTRUCTURA DE LA HEMOGLOBINA

Take for example: hemoglobin, four oxygen carrier, heterotetramer

4 Basic Levels of Protein Structure

La funcionalidad de una protena

depende de su conformacin en el
estado nativo. Si sta se pierde, para
pasar a un arreglo al azar (se
desnaturaliza), se pierde la actividad.

Qu es la desnaturalizacin de una protena.

DESNATURALIZACIN DE UNA
PROTENA
Cuando se cambian
algunos factores del
medio ambiente, tales
como pH, temperatura o
la concentracin de
algunos compuestos en
solucin, la
conformacin nativa de
una protena se pierde y
pasa a un arreglo en el
espacio al azar, este
fenmeno recibe el
nombre de
desnaturalizacin.

Each protein has a unique 3D structure

determined by the order of the amino acids.

Determining how the order of a.a. drives folding and

determines the shape of a protein is the holy grail of
protein chemistry.
Denaturation/renaturation studies have been informative.

Take home lesson: Proteins seek structures

that have minimal free energy.

Renaturation
results in
regaining
structure and
function

Can all denatured proteins be

renatured?

Los cambios de pH hacia el rango alcalino o cido

pueden provocar la desnaturalizacin de una
protena.

ENFERMEDES PRODUCIDAS POR

PROTEINAS ANORMALES

ARBOLES GENEALOGICOS MOLECULARES

Sickle Cell Anemia

Sequestering hydrophobic residues in

the protein core protects proteins from
hydrophobic agglutination.

Structural Motifs

Often the individual elements of

secondary structure (helix or sheet)
combine into stable functional units supersecondary structure or motifs

Some examples
motif
helix - loop - helix
motif
sheet - loop - sheet
motif
sheet - loop - helix loop - sheet.

 motif

motif

These structure motifs are often associated with specific

biological functions.
For exp., motif or helix-turn-helix often exists in
transcription factors as DNA binding domain.

motif

Domains
Some polypeptide chains may fold into
two or
more compact globular regions, which are
connected by a flexible piece of peptide
like beads on a string.
Each of these beads is called a domain
which is often a functional unit of a
protein.

DERIVADOS DE LOS AMINOCIDOS: NEUROTRANSMISORES