ANATOMIA Y FISIOLOGA
ANATOMIA
La vena cava es la que llega del hgado. Va a la aurcula derecha la sangre,
despus al ventrculo y de ah a los pulmones. Este circuito se denomina circulacin menor. De los pulmones llega la sangre oxigenada a la aurcula izquierda, para al ventrculo izquierdo y llega a la aorta, desde donde se va a
distribuir la sangre por todo el cuerpo. A esta circuito se le denomina circulacin mayor.
La funcin caracterstica del corazn es movilizar la sangre.. Su actividad es la
contraccin.
CIRCULACIN CORONARIA
La circulacin coronaria hace referencia a los vasos que irrigan al propio corazn. La aorta presenta arterias coronarias derecha e izquierda, que irrigan
sangre para que el corazn se abastezca de oxgeno. Las arterias coronarias
se ramifican a capilares. La circulacin por el corazn es complicada por varias razones:
- Hay poca anastomosis, es decir, pocas ramificaciones. Ello hace que
la sangre no pueda llegar por muchos caminos.
- Slamente cuando el corazn se relaja (distoles) puede entrar la
sangre. En stole (contrado) no entra la sangre.
- Las cavidades, las aurculas y los ventrculos, estn rodeados de clulas musculares. Las clulas que estn
justo al borde de la cavidad reciben la sangre desde fuera, por lo que los vasos tienen que atravesar toda la capa de
msculo para transportar el oxgeno hasta all. Si se da un taponamiento va a haber una zona del corazn que se va a
quedar sin oxgeno--> infarto. Dependiendo de a qu altura se d el tapn habr una mayor o menor regin de tejido
afectada.
1
FISIOPATOLOGA
Existen dos mecanismos por los que puede disminuir el riego cardaco:
-
PATOLOGA
ARRITMIAS
Es el hecho de que el corazn no se contraiga correctamente y, por tanto, no bombee bien la sangre. Falla la sincronizacin. No nos interesan mucho, porque no tiene nada de bioqumica.
VALVULOPATAS
El flujo de la sangre es unidireccional. Para que esto ocurra necesitamos vlvulas en el corazn, que se cierran cuando el corazn se contrae. Tampoco nos interesan.
MALFORMACIONES CONGNITAS
INSUFICIENCIA CARDIACA
El corazn no funciona bien y no bombea.
Angina: Se produce una desproporcin entre el aporte sanguneo que recibe y el que necesita, pero se resuelve sin llegar a muerte celular. Se caracteriza por episodios pasajeros de dolor. Produce un ECG (Electrocardiograma) anormal. Esto puede suceder por el esfuerzo (ejercicio, emociones, digestiones).
Infarto: La insuficiencia es intensa, persistente y circunscrita a una necrosis isqumica de una zona del miocardio. Con la necrosis tisular se produce la liberacin a la circulacin sistmica de enzimas celulares.
Muerte sbita
HISTORIA CLNICA
Depende de la extensin y duracin de la isquemia. Con esto sntomas es con los que llega al hospital, no tienen por
qu darse todos.
-
Dolor precordial
o Inicio gradual, duracin > 30 minutos
o Irradiado a hombro, brazo y cuello
o No se calma con reposo ni vasodilatadores
o Motivo frecuente de consulta en urgencias
o Aproximadamente el 10% diagnosticados de IAM
Confusin aguda
Debilidad fsica
Sncope (perdida brusca de consciencia y tono corporal)
Ansiedad, inquietud, sudoracin
Taquicardia o bradicardia
2
Normalmente duele el brazo tambin porque las neuronas que captan el dolor del corazn se excitan muchsimo. Las
de los brazos estn muy cerca por lo que lo normal es que se exciten tambin y manden seal de dolor. La confusin
aguda se debe a la falta de riego en el cerebro.
PRUEBAS COMPLEMENTARIAS
-
ECG:
o Puede no aparecer cambios hasta transcurridas 24 h
o Slo es diagnstico en el 40% de los casos
Imagen: Rx, ECO
Cateterismo
o Diagnstico
o Teraputico
El anlisis bioqumico es el ms importante, porque lo que ms rpido se alteran son los marcadores de infarto de
miocardio, que luego veremos, antes de poder ver algo en un ECG o con Rx, por ejemplo.
MARCADORES BIOQUMICOS
-
Troponina
CK-MB
Otros:
o Leucocitosis
o VSG
Colaborar en el diagnstico
Fechar el infarto
Evidenciar el xito del tratamiento
Realizar el pronstico
MECANISMO BIOQUMICO
Al producirse rotura celular, salen a la circulacin constituyentes de la clula:
-
K+:
PARA LA OMS
Para que se diagnostique un IAM se necesitan cumplir 2 de 3 requisitos:
-
MARCADORES
CREATINQUINASA (CK)
Es el enzima que permite producir ATP a partir de creatina-P:
+ +
Esto le permite al msculo obtener energa rpidamente. Su mayor actividad se encuentra en el msculo esqueltico
y, por tanto, tambin en el miocardio. Mediante la unin de 2 subunidades pueden formarse 3 isoenzimas, cada una
co localizaciones tisulares diferentes:
Subunidades: M (musculo)
B (cerebro)
CK-MM
CK-MB
CK-BB
(m. esqueletico) (miocardio, diafragma, bazo, prostata) (Cerebro)
Para detectar el IAM miramos a ver si en sangre la creatinquinasa del corazn (CK-MB) se encuentra elevada. Si la CK
total est elevada pero concretamente la del miocardio no, puede que la fuente sea otra, por ejemplo una rotura del
msculo esqueltico.
Isoenzimas:
ELEVACIN DE CK-MB
>6% CK-total:
-
IAM
Empieza a elevarse a las 4-6 h con mximo a las 16-24
Permanece hasta 48-72 h
Baja especificidad
Tiene baja sensibilidad si el infarto es pequeo o precoz,pero permite detectar reinfartos.
Para medir este marcador es importante usar suero, y no plasma ya que la actividad se ve bastante reducida. No hay
que usar tubos hemolizados.
<6% CK-total:
-
Politraumatismos
Quemadras
Enfermedades musculares inflamatorias
Hipo/hipertermia
Advertencias: no conviene usar plasma por baja actividad enzimtica, hay que tener cuidado con la luz y la temperatura. Tampoco hay que emplear sueros hemolizados por la liberacin de adenilato quinasa, que interfiere con la
medida de creatina.
TROPONINAS CARDACAS
Es una protena miofibrilar del msculo esqueltico. Est compuesta de 3 pptidos: Troponina-T; Troponina-I y Troponinc-C.
Las formas de troponina I y T son diferentes en el msculo cardaco y esqueltico, por lo que se puede hacer una
determinacin especifica de la T-T y T-I cardacas por inmuno anlisis especficos. Si aparece troponina es que la
clula se ha roto, es decir, es un infarto y no una angina de pecho.
Como marcador bioqumico de I:
-
Lmite de deteccin. Vemos el aumento de la troponina antes que con otra maquinaria.
Permite un diagnstico ms precoz
Pero disminuye la especificidad, ya que se diagnostican sanos como enfermos. Puede haber falsos positivos.
La troponina que se analiza en este caso es la misma solo que la maquinaria es ms sensible.
MIOGLOBINA
Protena presente en msculo cardaco y esqueltico. Es un marcador bioqumico de lesin miocrdica. Su ventaja es
que es muy precoz, aumentando a partir de las 2h de la isquemia (1 a 4 h), y manifestndose el pico a las 6 7 horas.
Se elimina en 24 h. La ventaja, adems, es que es muy sensible; pero es poco especfico por s sola, debido a su amplia distribucin por el msculo esqueltico. Por tanto, tiene un valor predictivo negativo; si no tiene mioglobina en
menos de 24h, no tendr IAM.
9. ACTIVACIN
El activador (A) es un efector que aumenta la velocidad de una reaccin cataliza por un enzima. Se distinguen dos tipos
de activacin:
1. Activacin esencial: el enzima no funciona si no est el A. En algunos casos el verdadero sustrato es el S unido
al A como en ATP-Mg2+.
2. Activacin no esencial: el enzima va a funcionar aunque no est presente el A, pero la reaccin va a ocurrir a
menor velocidad que si A lo estuviera.
1. ACTIVACIN ESENCIAL
Se van a dar dos casos:
A. Que se forme complejo binario ES, pero que sea catalticamente inactivo y solo sea activo el complejo ternario
EAS.
B. Que no se forme complejo binario ES, por lo que la unin de ligando ser ordenada.
EAS 0
= [] y [] = [] + [] +
[] + []
[] = [] 1 +
[][]
[] [] [][]
+
+
[]
[]
[][]
[] 1 + + +
[]
1 +
[]
[]
+ [] 1 +
[]
+ [] +
1+
[]
[]
Cuando [] = =
Cuando [] <
[]
[]
[]
[][]
[]
[] +
[]
1+
[]
1+
[]
1+
1
1
1 + 1
=
[] +
[] []
1+
[]
[]
[]
[] +
= /
[]
[]
1+
1 1 + 1
=
+
[]
[]
[]
No es necesario hacer control porque a [A]=0 la actividad ser nula ya que A es esencial.
Se puede saber si el efector es A o es I con la doble recproca ya que la [I] crece hacia arriba mientras que la [A] lo
hace hacia abajo.
Para comprobar que es pura/total y que solo hay un complejo productivo se hace la representacin anloga de
Dixon. Se denomina anloga porque se representa en inverso de v frente al inverso de [A]. Si se hace frente a la [A]
se van a obtener curvas siempre, a pesar de que la activacin sea pura o total.
1
1
1
=
1 + +
1 +
[]
[] []
+
[]
1
1
+
[]
[]
1+
1 1 + 1
=
+
[]
[]
[]
Anloga de Dixon:
/
1
1
1
=
1 + +
1 +
[]
[]
[]
1
1
+
[]
[]
1+
1 1 + 1
=
+
[] []
[]
Anloga de Dixon:
1
1
=
1 + +
1 +
[]
[]
[]
1
1
+
[]
[] [][]
+
[][]
=
[]
[][]
[]
[][]
[] 1 + +
1 + +
=
[]
[]
+ + []
[]
[] + 1 +
[]
= /
Doble recproca:
1
1
1
=
1 +
+
[] []
Anloga de Dixon:
1
= 1 + +
[]
[]
[]
1
+
[]
2. ACTIVACIN NO ESENCIAL
Es el mecanismo ms empleado para caracterizar un enzima.
La reaccin ocurre haya no A: [A]=0 v0
El S y el A se van a unir al enzima libre al azar, de forma
reversible, y de manera dependiente o independiente
(en funcin del valor de ).
Va a haber dos complejos productivos: ES y EAS; pero el
complejo ternario ser ms activo.
Se pueden dar tres casos:
A) < 1 < < ;
> /
4
cir, combinando los espectros modelo se puede obtener un espectro que se ajuste al del problema. la precisin en el
establecimiento de la estructura es de:
CD DE ALFA-HEMOLISINA
Vemos que en sus tres conformaciones presenta un espectro de CD similar.
Significa esto que no vara la estructura secundaria?Es esto habitual en una
protena de membrana? Vamos a verlo
La -hemolisima forma un poro en lpidos, y est constituida por casi todo hojas
. Recientemente se ha descubierto su estructura de monmero soluble.
Podemos deducir que como su estructura secundaria es casi siempre la misma,
los espectros no varan.
Si la estructura terciaria est bien definida, obtendremos una buena seal en el UV-cercano.
EJEMPLO: la calbindina es una protena que participa en la regulacin de la apoptosis, y que en teora une calcio. Sin
embargo, se sabe que tambin puede unir Zn, y los CD que obtenemos son diferentes:
9
APLICACIONES
-Verificar correcto apareamiento de las bases. Por ejemplo, una hebra
modificada con su hebra complementaria. Cmo? Estudiando la
formacin de cudruples de guanina. Estos cudruples de guanina hacen referencia a la estructura tridimensional
que adoptan los anillos planares de la guanina. Para determinar si se forman se sigue por incremento de la seal a
260nm y decrecimiento a 240nm.
-Cambios en estructura secundaria debidos a temperatura, agentes desnaturalizantes, clculo de Tm
-Estudiar isomerizaciones conformacionales (helix-coil, B-A, B-Z)
10
2. :
Otras estn formadas exclusivamente por hebras beta. Barril
beta comn en membranas de bacterias.
3. (-):
Y las hay mezcladas.
Hay de tipo alfa-beta: aquellas protenas que tienen las alfa
lado y beta por otro
por un
2. ANLISIS
MARIA:
DE LA ESTRUCTURA PRI-
2. ProtParam: http://web.expasy.org/protparam/
ProtParam es un programa del instituto suizo de bioinformtica y
nos da la contabilidad de la protena, nos ofrece los parmetros
fsico-qumicos.
Resultados de ProtParam:
Estos son los parmetros que nos da, peso molecular, punto isoelctrico, cuantos aminocidos hay de cada tipo,
nmero total de tomos Lo que hace es contar.
Tambin nos da el coeficiente de extincin molar (valor calculado tericamente). No es exacto al 100% pero tiene
un error tolerable. El pI por ejemplo s que puede ser muy distinto del real, porque no se tienen en cuenta las
modificaciones postraduccionales de la protena.
El coeficiente de extincin solo depende de los residuos aromticos de forma que se aproxima bastante. Tambin
te da la vida media estimada: cunto durar en el citoplasma hasta que las proteasas la rompan (tambin llamado
ndice de estabilidad). Los adtos del coeficiente estan en agua, asi que hay que tener en cuenta la composicin de
nuestro tampn.
Resultados:
3. MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES:
Las protenas frecuentemente necesitan ser modificadas antes de convertirse en activas en la clula, son las llamadas modificaciones postraduccionales. Estas ocurren despus de la traduccin de la protena (su sntesis). Estas
modificaciones implican la adicin de azcares, modificacin de aminocidos, o eliminacin de fragmentos en la
protena recin sintetizada.
Hay una serie de herramientas que se basan en la secuencia. Hay informacin de las protenas que es interesante
y que no estn codificadas en el genoma, que son las modificaciones postraduccionales. Se altera el punto isoelctrico y otras caractersticas. Las modificaciones postraduccionales consisten bsicamente en la adicin de carbohidratos y los azucares pueden pesar incluso ms de la protena. Se distingue glicoprotena de proteoglicano:
Herramientas:
1. NetPhos: http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/
Predice los sitios y asigna probabilidad segn los aa circundantes.
La fosforilacin no se produce en cualquier tipo de residuos. Aqu podemos seleccionar en que residuo queremos
determinar posibles sitios de fosforilacin y predice posibles sitios de fosforilacin.
La secuencia consenso de los sitios de fosforilacin es muy corta (3 aminocidos) lo que genera muchos falsos
positivos, pero no todo sern falsos positivos, as que nos resulta til para saber si se fosforila o no y en que regin.
2. NetPhosK: http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhosK/
Predice los sitios y detalla las kinasas especficas. Esta herramienta es muy parecida y se utiliza en distintos tipos
de quinasas.
3.2. GLICOPROTENAS:
El otro tipo de modificacin postraduccional es la glicosilacin: En unos casos el componente total de azucares puede ser grande o pequeo
La glicosilacin es el anclaje de la mitad de azcares a las protenas, es una modificacin postraduccional (PTM) que proporciona una mayor diversidad protemica que
otras PTM. Es crtica para un amplio para el anclaje de la clula a la matriz extracelular
y las interacciones protena-ligando en la clula.
Esta PTM est caracterizada por varios enlaces glicosdicos, incluyendo enlaces N-,O- y C-glicosdicos, el anclaje de
GPI y la fosfoglicosilacin. Las glicoprotenas pueden ser detectadas, purificadas y analizadas por diferentes estrategias, incluyendo la tincin de glicanos y la visualizacin, los enlaces entrecruzados de glicano en la agarosa o las
resinas magnticas para el marcaje o purificacin, o el anlisis
protemico por espectrometra de masas, respectivamente.
1.Herramientas:
6
1. NetNGlyc: http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/
Predice sitios de N-glicosilacin en protenas humanas. Basado en datos experimentales.
2. NetOGlic: http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/
Predice O-glicosilacin en protenas de mamferos.
2. Adicin de glicosilfosfatidilinositol (anclaje GPI):
En muchos casos hay protenas unidas a la membrana, no
porque tengan segmentos que la atraviesen sino porque
tienen un ancla de glicosilfosfatidilinositol. El glicosilfosfatidilinositol es un glicolpido que puede anclarse al extremo C-terminal de una protena durante la modificacin
postraduccional. Est compuesta de un grupo fosfatidilinositol unido a travs de un carbohidrato.
Compara nuestra secuencia (si tiene pptido seal para GPI) con BD de protenas anotadas. Predice sitios donde
se puede aadir GPI. Metemos la secuencia, le decimos que haga la prediccin y nos dir si la protena presenta
sitios caractersticos de este tipo de modificacin. Compara nuestra secuencia (si tiene pptido seal para GPI) con
BD de protenas anotadas.
Si identificamos ese tipo de seales podemos predecir donde va a terminar funcionando. Tenemos el orgnulo de
destino y el tipo de seal (en que extremo est o si est interno) y la naturaleza de la seal (tipo de aminocidos
presentes).
Interacciones protena-protena
Conecta dos dominios proteicos
Interacciones DNA-protena
Base de datos:
1. COILS: http://embnet.vital-it.ch/software/COILS_form.html
Este programa nos encuentra estas estructuras. En algunos casos hay gente que prefiere no determinar estas estructuras, porque los parecidos se pueden deber al motivo estructural y no a la secuencia, por lo que a veces, la
presencia de coiled coils puede entorpecer las bsquedas en bases de. En estos casos, ignorar estas regiones puede
ser una buena idea.
2. Multicoil: http://groups.csail.mit.edu/cb/multicoil/cgi-bin/multicoil.cgi
Tenemos herramientas que predicen la presencia de estas estructuras.
3. 2Zip: http://2zip.molgen.mpg.de/
Predice cremalleras de leucina.
10
11
desordenadas o las regiones intrnsecamente desordenadas estn implicadas en procesos biolgicos clave incluyendo la regulacin de la transcripcin, el control del ciclo celular, el reconocimiento, y la sealizacin.
13
Una serie de bases de datos y recursos online para predecir modificaciones postraduccionales.
14
15
1. eMATRIX-Search: este programa determina la funcin de una secuencia. Dada la secuencia de una protena,
identifica la secuencia encontrando coincidencias con una base de datos con matrices de puntuacin.
2. eMATRIX-Maker: este programa convierte un bloque de alineamientos en una matrix de puntuacin de
mnimo riesgo.
3. eMATRIX-Scan: busca una base de datos de protenas para secuencias que encajan en una determinada
matriz de puntuacin. Seala aquellas protenas que puedan compartir la funcin.
8. PROTENAS DE MEMBRANA
Analizaremos la secuencia proteica. Determinacin de para metros fisicoqumicos. Puntos de corte por proteasas.
Lugares de modificacin postraduccionales. Secuencias seal. Perfil hidrofbico y regiones trasnmembrana.
Vamos a estudiar las protenas integradas en la membrana plasmtica. Son desconocidas porque es difcil purificarlas fuera de su entorno por el hecho de que son bastante hidrofbicas, son inestables y precipitan. Por eso hay
que aplicar mtodos para tenerlas en disolucin, como el uso de detergentes.
Tambin tienen otros problemas y es que estn en un numero de copias muy reducido en una membrana (para
estudiarlas necesitamos muchas). Adems existen muchos tipos de protenas de membrana. Parece ser que aproximadamente el 30% de las protenas de nuestro genoma son protenas de membrana y son la diana de los frmacos
Las
de
.
16
17
La regla que parece que se cumple en casi todos los casos es positive
inside: en
el citoplasma tiene que haber mayor numero de cargas positivas que en el exterior. Esto tambien pasa en las
membranas de los orgnulos, en el citosol tiene que haber ms cargas positivas.
Tenemos un ejemplo de cmo funciona: una
protena con 3 segmentos transmembrana y lo que
se hace es contar el numero de aminocidos con
cargas potivias que hay en cada bucle. En el primero
tenemos dos, en el siguiente 5, en el siguiente 3 y
en el siguiente 1, y arriba tenemos la longitud del
bucle (5,10,6,5). Entonces el primero estara fuera.
Los componentes membranales se encuentran preferentemente cargados positivamente en el lado citoplsmico
y son ligeramente ms negativos en la cara que ve al exterior celular.
OCTOPUS predice la topologa de protenas de membrana
Prediccin de segmentos TM: Ventanas deslizantes
Utilizamos las propiedades qumicas y una lista de valores asociadas
casa uno de los 20 aminocidos. Esta propiedad puede ser cualquier
parmetro fsico-qumico medible, como el tamao, la polaridad, la hidrofobicidad. Los valores de las tablas son valores de escala de aminocidos.
con
Despus, con esta tabla escogemos un tamao de ventana y la deslizamos a lo largo de la secuencia. El valor resultante se asocia con el aminocido central de la ventana. Cuando la operacin de deslizamiento haya finalizado, los
valores asociados con cada aminocido se representan frente a la secuencia (perfil de propiedades).
Las predicciones basadas en la ventana deslizante no son muy sensibles o muy precisas, pero son robustas. Si
vemos una seal fuerte cuando usamos un mtodo basado en la ventana deslizante, lo ms probable es que estemos mirando algo que es una seal biolgica genuina.
La localizacin de -hlices se hace mediante el mtodo de la ventana deslizante, donde lo ms importante, para
que funcione es el tamao de la ventana. Por regla general el tamao de la ventana tiene que coincidir con el
segmento de la caracterstica que queremos describir, si es el tamao del segmento transmembrana, usaremos 19
residuos.
18
Vamos deslizando la ventana y en cada paso calcularemos un valor y en cada deslizamiento calculamos un parmetro que es la hidrofobicidad, y existen distintas escalas de hidrofobicidad. Independientemente de la escala
utilizada para medir la hidrofobicidad de los residuos de la ventana todas tienen que dar lo mismo.
Otra debilidad del mtodo de la ventana deslizante es
tamao arbitrario de la ventana, ya que el tamao de la
ventana debe ser del mismo rango que el tamao de la
caracterstica que queremos medir. Por ejemplo para
caractersticas estructurales de las protenas globulares,
rango ente 7 y 11 sera el apropiado.
el
las
un
de
Herramientas:
1. ProtScale:
tscale/
http://web.expasy.org/pro-
Tenemos en ProtScale distintas escalas para realizar el anlisis, seleccionar el tamao de la ventana y seleccionar
coeficientes de ponderacin para dar ms o menos importancia a los residuos de los extremos de la ventana.
ProtScale realiza perfiles fsico-qumicos.
19
Permite calcular y representar el perfil producido por cualquier escala de aminocidos en una protena seleccionada . Una escala de aminocidos se define por un valor numrico asignado a cada tipo de aminocido .
Las escalas ms utilizadas son las escalas de hidrofobicidad
o hidrofilicidad y los parmetros conformacionales de la
estructura secundaria, pero existen muchas otras escalas
que se basan en diferentes propiedades fsicas de los aminocidos y qumica . Este programa cuenta con 57 escalas
predefinidas introducidos por la literatura .
Las escalas que pueden usar las ventanas deslizantes aparecen en la pagina. (No incluidas):
Masa molecular, polaridad (Graham), hidrofobicidad (Kyte
Doolitle), estrucutras secundarias como. Alfa hlices, hojas
beta
Hay muchas escalas de hidrofobicidad. Cinco de las ms populares son:
-
La escala de Eisenberg y Weiss, basada en el clculo de los momentos dipolares de las regiones de una
cadena polipeptdica y el clculo de la energa libre requerida mara mover residuos de aminocidos del
interior a la superficie de una protena hidratada.
Escala de Engleman, Steits y Goldman, basada en la determinacin de energas implicadas en la particin
de las cadenas de aminocidos entre soluciones acuosas y membranas.
La escala de Kyte-Doolittle es un tipo de escala consenso basada en la combinacin de observaciones experimentales de otros estudios.
La escala Hoop-Woods es una escala de hidrofobicidad basada en la solubilidad en agua de aminocidos
individuales.
La escala Janin basada en mediciones estadsticas de la tendencia de un residuo de ser encontrado dentro
de una protena en vez de en su superficie.
2. TMHMM: http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
Utiliza modelos de Markov ocultos
para predecir hlices transmembrana. Los resultados: tambin para
citocromo oxidasa humana. Esta
sera la grfica para una protena de
hlices TM. Observamos que, a diferencia de plots hidropticos, estas
grficas representan probabilidades
insercin.
la
dos
de
3. Tmpred: http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
20
Predice regiones transmembrana. Nos dice si van de dentro a fuera o de fuera a dentro. Adems nos sugiere un
par de modelos. Basado en un anlisis estadsitico de la TMbase (BD de protenas transmembrana). Consigue un
score con matrices de puntuacin. Resultados:
4.
TopPred:
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::toppred
Predice regiones transmembrana. Resultados:
Vemos que dos hlices sobrepasan el umbral y la que era considerada por el programa anterior aqu es discriminado
5. HMMTOP: http://www.enzim.hu/hmmtop/index.php
Predice hlices transmembrana. Resultados, el output:
21
est
no
muy
soluble,
hlice
en
un
23
24
TIPOS DE DISPERSIN
DISPERSION RALEIGH: Sin cambio de energa. Frecuencia incidente y frecuencia dispersada son iguales. Por incidencia de una luz incidente, producimos un cambio en el momento dipolar (se favorece la formacin de dipolos-dipolos
inducidos). Esto hace que si pudisemos representar el nivel energtico decimos que alcanza uno superior, pero no
es una transicin a un nivel energtico superior, solo tiene un contenido energtico superior. Esto es lo que va a
hacer que la molcula, tras esa induccin de momento dipolar, dispersa luz y vuelve al punto de partida.
DISPERSION RAMAN: Dos tipos de dispersiones denominadas inelsticas, en los que la luz dispersada tiene un contenido energtico distinto, lo que implica que hay cambios energticos en la molcula.
-Si la luz dispersada es de menor energa que la absorbida, se produce un aumento de la energa de la molcula y se
trata de dispersin Stokes-Raman.
-Si el contenido energtico final es inferior al inicial, la molcula est dispersando luz a frecuencias mayores y se
denomina dispersin Anti-Stokes-Raman.
En este tema vamos a centrarnos en dispersiones elsticas
CONCEPTO
Si la incidencia de un haz sobre una partcula produce un dipolo oscilante en la nube electrnica, la molcula se transforma en una antena que dispersa luz en todas las direcciones
(lo que explica la irradiacin de luz). Entonces decimos que la
molcula es polarizable.
La intensidad de la luz que es dispersada depende de cunto
oscilen los electrones. Pero estas partculas no son siempre
perfectas, la dispersin de la luz puede verse acompaada de
transmisin, refraccin y todo junto provoca turbidez. Por
ello la dispersin no se mide en todas las direcciones, si no en
ciertas direcciones en las que la intensidad de luz ser mayor
1
INFORMACIN
Qu informacin puede proporcionarnos la dispersin de luz?
Por dispersin pretendemos obtener informacin sobre forma, dimensin, tamao, movimiento, difusin, velocidad Y de esa manera calcular masas moleculares, coeficientes de difusin, pureza (para cristalizacin y difraccin
de rayos x, se necesita que la muestra sea lo ms homognea posible para poder cristalizar), seguir reacciones de
oligomerizacin, formacin de complejos, fibras
-La intensidad de luz dispersada va a ser proporcional a la masa molecular de la partcula y a su concentracin. Esta
propiedad la vamos a utilizar para obtener parmetros de inters
-La presencia de agregados puede modificar enormemente la intensidad de luz dispersada. Nos puede dar informacin sobre si en nuestra preparacin se han formado agregados o no, estructuras ordenadas
-Polidispersidad (criterio de homogeneidad): Podemos detectar si hay ms de una molcula dispersando luz.
TIPOS DE DISPERSIN
Depende de lo que queramos obtener tenemos dos tipos de medidas o conceptos:
-Si nos interesa MM, tamao estaremos midiendo un promedio de luz dispersada por la poblacin de partculas:
estudio de DISPERSIN DE LUZ ESTATICA (SLS: static light scattering). En este tipo de medida se ve cmo va variando
la intensidad de luz dispersada variando el ngulo de medida. Vemos como la intensidad de luz dispersada por esta
muestra vara en funcin del ngulo
-Si queremos conocer si existe polidispersidad, cul es el radio de hidratacin de la molcula, forma nos interesa
saber cmo vara la intensidad de luz dispersada a lo largo del tiempo: DISPERSIN DE LUZ DINMICA (DLS, dynamic
light scattering). En este caso estamos trabajando a un ngulo determinado, que no puede ser 180 porque nos confundira la transmisin e luz. Vemos cmo evoluciona a lo largo del tiempo, nos da idea de un movimiento, asociamos a formas, grados de hidratacin de las molculas
2
DISPERSIN ESTTICA
ECUACIN DE RAYLEIGH.
La intensidad de la luz dispersada es una intensidad promediada de todas las molculas, suponiendo que es homognea, depende de la masa molecular y de un segundo coeficiente virial, que tiene que ver con las interacciones
de esas molculas con el medio en que se encuentran.
1
1
= + 22
()
La obtencin de la ecuacin es complicada. Vamos a analizar intensidades de luz dispersada, hay relacin entre la
constante que depende de los ndices de refraccin del disolvente (K), de C/ R (relacin Raleigh donde intervienen
las intensidades de luz de las molculas), la forma, la masa y el coeficiente.
K = constante ptica
MM = masa molecular
A 2 = segundo coeficiente virial
C = Concentracin (g/L)
R = relacin de Rayleigh (trmino que incluye la intensidad)
P ()= factor forma
SUB-ECUACIONES
Relacin Raleigh (R ): Intensidad de luz dispersada por la muestra relacionada con la intensidad dispersada por un
patrn. Influyen los factores de dispersin de la muestra y del medio.
=
: RI del disolvente
2 2
2
: Numero de Avogadro
: RI del disolvente
: Radio de giro
: ngulo de medida
= 1 +
16 2 2 2
32
sin2
2
3
La intensidad de luz dispersada depende de masa y concentracin En dispersin esttica medimos a distintos ngulos, por si la forma influye en la luz dispersada. Si vemos que no hay dependencia con el factor forma, podemos
permitirnos el lujo de medir solo a un ngulo (90 generalmente) para medir con mucha precisin la masa molecular.
Cuando se cumple esta ltima condicin decimos que se comportan como dispersores ideales Rayleigh.
Cmo transformamos la intensidad de luz media en los parmetros? Se suelen realizar diferente tipos de graficas
DEBYE PLOT:
Nos permite determinar la Masa Molecular Absoluta y el segundo coeficiente virial
Cmo se hace? Preparamos muestras con cinco concentraciones diferentes (habitualmente 0, 1, 2, 3 y 5 mg/ml).
Vamos a suponer que no hay una dependencia angular con la intensidad y as tenemos la ecuacin de una recta de
Rayleigh. Hacemos KC/R vs C
El punto de corte con el eje y nos da la masa
molecular y la pendiente nos da el segundo
coeficiente virial
El segundo coeficiente nos da informacin
sobre la fuerza de interaccin entre las molculas y el disolvente
A 2 >0: La protena tiende a permanecer en el buffer, no se agregan
A 2 =0: la fuerza de interaccin molcula-solvente es igual a la de molculamolcula (solvente theta)
A 2 <0 la protena tiende a precipitar o
agregar
Los estudios de dispersin tambin nos proporcionan informacin sobre la adecuacin del tampn para que no se
formen agregados. Para ello, se trabaja con tampones de diferente porcentaje de sal.
Es decir, sin sal, la protena es muy soluble, y con mucha sal tiende a agregar. Nos indican una ventana donde no
tiene preferencia por el tampn y son condiciones de ordenamiento para cristalizacin.
El experimento se realiza en una cubeta con un ngulo y lo voy variando. Hoy en da intentan introducir un acoplamiento con cromatografa de exclusin molecular. Primero tenemos el sistema de separacin con un detector UV
para ver cuando sale la molcula. A continuacin las muestras pasan por otro detector de dispersin de luz y otro de
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ndice de refraccin. As t puedes llegar a identificar la pureza y las caractersticas de la molcula que estamos estudiando. Las molculas de mayor tamao dispersan mucha ms luz que las pequeas.
En la imagen superior tenemos un cromatograma en el que detectamos por UV una banda a volmenes ms pequeos de una especie de mayor masa molecular (una pequea contaminacin). Pero cuando aplicas dispersin de luz a
las muestras que salen de columna de tamizado molecular vemos un agregado que dispersa an ms la luz (imagen
inferior, primer pico)
Para establecer la dependencia angular nos basamos en el factor forma () exp( 2 3 ), que tiende a 1 cuando
tiende a 0. En la ecuacin R G es el radio de giro, que nos da idea de la masa y la morfologa de la molcula. Estos
valores se pueden obtener de diferentes representaciones:
REPRESENTACIN DE GUINIER
Representamos ln (I ) vs Q2. En esta representacin, el factor
Q anteriormente mencionado es dependiente del ngulo
2
( = (4/)(/2)) y la pendiente es -3
REPRESENTACIN DE ZIMM
Existen muchos tipos de representaciones para obtener parmetros de inters. Adems de masas y radio de giro.
Cuando hacemos representacin de Zimm representamos
dispersin Rayleigh frente a ngulos
Si se representa un monmero como Zimm se ve que la pendiente es cero
Estas representaciones pueden complicarse un poco ms y por regla general suele hacerse medidas de dispersin de
luz a distintos ngulos, concentraciones y extrapolamos a ngulo y concentracin = 0, cuyo punto de corte es 1/M y
pendiente = Rg
DISPERSIN DINMICA
Permite determinar el tamao de molculas y nanopartculas. Mide las fluctuaciones de la intensidad de dispersin
con el tiempo para determinar el coeficiente de difusin traslacional y el radio hidrodinmico
La intensidad vara porque las molculas, en dispersin, tienen un movimiento browniano. Esto puede correlacionarse con el coeficiente de difusin y el tamao. Uno de los parmetros que determinamos es el radio de Stokes o hi6
drodinmico, relacionado con el coeficiente de difusin de la molcula. Cuanto mayor sea la difusin, menor ser el
radio.
Analizando la ecuacin con detalle sera conveniente tener una temperatura constante, que modifica la viscosidad y
genera conveccin, las partculas grandes se mueven lentamente, es decir, menor difusin. Si aumentamos la temperatura, ms rpido se mueven las molculas. La velocidad de movimiento browniano est definido por D.
Las fluctuaciones en las intensidades estn relacionadas con movimientos y posiciones relacionadas. No son oscilaciones al azar, sino consecuencia del confinamiento de las partculas a sitios cercanos a la posicin inicial en tiempos
muy cortos. La molcula al cabo de un tiempo se encuentra en una posicin distinta
Con las fluctuaciones de intensidad se obtiene una funcin de correlacin, se saca un factor de correlacin y se hace
una representacin (correlograma respecto al tiempo)
Cuanto ms tiempo pase en que la curva disminuya,
quiere decir que corresponde a movimientos de partculas grandes, si aparece pronto la pendiente, partculas
ms pequeas.
Si se alcanza la lnea de base o se estandariza/establece a
valores de correlacin distintos a cero podramos decir
que nuestra protena ha llegado a formar agregados. El
ngulo que se nos forma (theta) segn la pendiente, nos
va a dar informacin sobre si la muestra es muy homognea o no.
Como la dispersin dinmica nos puede describir la presencia de especies distintas en mi muestra y como puede
influir en los datos obtenidos: si compramos dos grficas, aunque tengamos un tamao de radio idntico, la anchura
de la banda da informacin de que la muestra no es homognea en cuanto a tipos de especies
Aunque se trate de la misma partcula, segn las condiciones, tendr tendencia a agregar.
Polidispersidad: nos comparan partculas esfricas que coexistan. Dependiendo de la forma de medida puede ser
muy llamativo el resultado, pero la informacin ser la misma. Partculas ms grandes dispersan ms la luz. La intensidad de la seal no me da informacin de la cantidad de molcula
Quien trabaja en difraccin de rayos x le interesa un cristal. Utilizan las medidas de dispersin dinmica para saber si
la molcula es homognea desde el punto de vista del tamao.
Dependiendo del valor del coeficiente virial, tenemos varios casos:
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RESUMEN
Pros
Una de las mayores ventajas es que me puede dar un ndice de polidispersidad en la muestra.
Contras:
Mide radios hidrodinmicos, pero tambin pueden dar informacin que pueden inducir a error. Puede ser que no
nos d informacin sobre estados de oligomerizacin. Necesita fraccionamiento para resolver oligmeros.
= 90
= 16
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COMPARACIN DE SECUENCIAS
El pilar fundamental de la bioinformtica es el anlisis de secuencias que, resumiendo, se basa en la comparacin de
las secuencias. El objetivo actual de anlisis de secuencias es extraer informacin funcional, estructural y evolutiva
contenida en las secuencias biolgicas:
-
Dos conceptos fundamentales son la homologa y similitud, que no son lo mismo. Similitud se relaciona con el parecido
(identidad) entre dos secuencias: n significativo de residuos en la misma posicin. No implica homologa, aunque en
muchos casos, dos secuencias similares suelen ser homlogas. La homologa es relacin que existe entre dos secuencias similares que provienen de un ancestro comn. Es decir, que a menos que no encontremos un ancestro comn,
las secuencias slo sern similares o anlogas, pero nunca homlogas.
Sin embargo, cuando dos secuencias tienen un 40% de similitud, suelen ser homlogas en un 90% de los casos. Si la
similitud es del 20%, no podemos estar tan seguros de la homologa, por lo que se requerirn mtodos ms complejos
para determinar la homologa.
De los dos conceptos anteriores derivamos ms conceptos:
-
Analoga: dos elementos que, sin tener orgenes idnticos, tienen parecidos y, por tanto, tienen evolucin
convergente. Estos elementos pueden confundirse con homologas, y nos pueden confundir, ya que podemos
construir falsos rboles filogenticos.
Dentro de las homlogas tenemos:
o En el mismo organismo, las secuencias homlogas pueden derivar de los PARLOGOS, secuencias de
dos genes que originalmente eran un solo gen que se duplic en algn momento de la evolucin.
o Entre diferentes especies:
Ortlogos: Hubo una especiacin y una evolucin divergente (como los brazos humanos y las
aletas de ballenas)
Xenlogas: hubo una transferencia horizontal de genes. El ejemplo ms tpico es el de una
transferencia del gemona de un rotavirus a un eucariota. Con el tiempo las secuencias van
variando, pero si las comparas, ambas tienen el mismo origen, siendo elementos completamente diferentes (un virus y un organismo eucariota)
METODOLOGA
Es el mtodo por excelencia para determinar homologas. Tenemos dos tipos: alineamiento de dos secuencias, y de
mltiples secuencias.
EJEMPLOS DE ALINEAMIENTOS
Si consideramos las secuencias:
Observamos un 55% de similitud que, a priori, nos indica una baja homologa. Sin embargo, la secuencia de aminocidos en ambas secuencias es MELISAISALIVE.
MODELO DE JUKES-CANTOR
Emplea una matriz PAM-1, que tiene en cuenta un tiempo evolutivo, por lo que la posibilidad de que el nucletido se
mantenga ser 0,99; y el 0,01 se distribuir entre las dems mutaciones. Sin embargo, debido a los decimales, es ms
til trabajar con el log odds score. Definimos el logaritmo como la probabilidad de que se cambie una base por otra
como resultado de la evolucin en vez de azar.
La frmula del log odd score (s ij ) es:
= log 2
Donde es la probabilidad de que aparezca esa base al azar (si suponemos un modelo de MArkov de orden cero, ser
0,25; y es la probabilidad de transicionar la base en funcin de la matriz.
Si, por ejemplo, queremos la probabilidad de mutar C en A, la probabilidad es:
= log 2
0,25 0,0033
6
0,252
= log 2
0,25 0,99
2
0,25 0,25
As por ejemplo, si tenemos un alineamiento ACGTAT/AGGTTT, son 4 bases iguales y dos diferentes: 4x2+2x(-6) = -4
MODELO DE KIMURA
Este modelo tiene en cuenta que las transiciones (A G, C T) son ms
frecuentes que las transversiones (las dems), puesto que es el mismo tipo de
base (prica o pirimidnica). El modelo dice que una transicin es 3 veces ms
frecuente que una transversin, por lo que la matriz de probabilidad y de log
sern las siguientes.
As por ejemplo, para ACGTAT/ATGTTT ser +2,-5,+2,+2,-7+2 = -4
Si queremos aceptar ms de un tiempo evolutivo, lo que tenemos que hacer es multiplicar esa matriz por el nmero
de cambios que deseemos, es decir:
= (1 )
As por ejemplo, para una PAM1 de Jukes-Cantor, las PAM modificadas para un tiempo evolutivo de 10x10 = 100
millones de aos son:
4
Podemos observar que los nmeros de la matriz no estn tan radicalizados y que las diferencias son menores. La
primera tabla nos muestra valores de porcentaje de diferencias y los para un match y un mismatch. Si hacemos el
cociente match/mismatch tenemos que, por ejemplo, para una PAM10 el cociente es 1,86/3 = 0,62; mientras que para
una PAM125 es 0,65/0,3 = 2,2. Es nos indica que en tiempos evolutivos cortos van a importar ms las posiciones que
no coincidan, ya que tendremos muchas posiciones que no varen; y en tiempos evolutivos largos las posiciones que
coincidan porque eso nos indicar que son posiciones conservadas y que pese a todo ese tiempo no se han cambiado.
Otra cosa a tener en cuenta es que conforme ms tiempos evolutivos aplicamos, al ser menos diferentes los valores
entre si, necesitaremos muestras ms largas para alcanzar la significancia estadstica.
Contienen valores proporcionales a la probabilidad de que el aminocido i mute a un aminocido j, para todos los
aminocidos. Deben reflejar probabilidades reales de que una mutacin determinada ocurra en un periodo de tiempo
evolutivo concreto, para lo cual se emplean datos conocidos, a partir de bases de datos. Las matrices sern, por tanto
de 20x20 y trabajaremos con dos tipos: PAM y BLOSSUM.
Mutaciones independientes y aleatorias: sabemos que las mutaciones no son independientes, ya que hay zonas de mayores mutaciones y, adems, pese a que pueda ser aleatorio que se d una mutacin, que se mantenga no es completamente aleatorio.
P(B A) = P(A B). Por estudios de mutaciones se sabra fcilmente que, si bien el cambio AB es de la
magnitud del de BA, no son exactamente los mismos valores.
Asume una tasa constante de cambio evolutivo, lo cual tampoco es cierto, ya que se sabe que ha habido pocas de mayor tasa de mutaciones.
Para construir una matriz se bas en 71 rboles filogenticos de 34 superfamilias de protenas (citocromo c, globina,
insulina) con secuencias con 85% o ms de identidad. Los cambios que se observan son mutaciones aceptadas por
la evolucin. Al final cont 1572 cambios y calcul las probabilidades de conversin de un aa a otro.
Para hacer el rbol filogentico tuvo en cuenta que todas las secuencias compartan el 85% de los aminocidos, pero
que en parejas de 2 hubiera diferencias de un 1% con el elemento hijo comn (para conservar los tiempos evolutivos). Una vez diseado el rbol, se fueron contando una a una las mutaciones, y agregndolas a la matriz.
Una vez diseada la matriz (denominada matriz A), se tiene que tener en cuenta la presencia del aminocido, ya que
puede haber dos aas que muten mucho, pero que uno sea mucho menos frecuente que otro, lo cual no puede pasar
desapercibido, ya que a fines prcticos, cuanto menos frecuente sea ese aminocido, ms raro debera ser que mute.
Para ello se realiza la mutabilidad relativa. Para ello, con los valores de la matriz se sacan los valores m:
=
As, se realiza una nueva matriz, la matriz M, que lo que nos indica es que de 10000 veces que aparece un aminocido,
para cada tiempo evolutivo, ese aminocido mutar X veces a un aminocido j.