2015

PROTENAS II
- FUNCIONES-

Mc Frank Medina Villalobos

FUNCIONES DE LAS PROTEINAS

FUNCIONES DE LAS PROTEINAS

IDEAS GENERALES (1)

Las protenas no son rgidas: Generalmente tienen
partes mviles de precisa ingeniera cuyos
movimientos estn acoplados a procesos qumicos.

IDEAS GENERALES (2)

Todas las protenas se unen a otras molculas
Anticuerpo antgeno
Enzima sustrato
Actina actina / actina - miosina
LAS UNIONES SON
DE GRAN
ESPECIFICIDAD
Pueden ser fuertes o
dbiles (transitorias)

IDEAS GENERALES (3)

La molcula que se une a la protena se llama
ligando.

PODEMOS ENCONTRAS 3 LUGARES EN

LAS PROTEINAS
LUGAR DE UNIN
AL LIGANDO

LUGAR DE UNIN
DE UNA MOLECULA
REGULADORA

LUGAR PARA SITUAR A

LA PROTEINA EN UN
LUGAR DE LA CLULA

SITIOS DE UNION DE LAS PROTEINAS

El lugar de unin est formado por aminocidos

cercanos espacialmente

IDEAS GENERALES (4)

Las interacciones entre los residuos de la
superficie originan:
A) Impedimento del
ingreso de agua.
El agua competira con
los ligandos.
Resultara
energticamente
desfavorable a
c/molcula de H2O
separarse de la red.

 B) Alteracin en la reactividad de los aminocidos

polares vecinos:
Potenciar la afinidad por un in de una zona que agrupa residuos de la misma
carga.
Activar grupos laterales normalmente no reactivos (como CH2OH de la serina)

La reactividad qumica no solo depende de las cadenas laterales sino de

la exacta orientacin de estas cadenas entre s.

SERIN PROTEASAS:
Triada aspartato histidina - serina

Sitio cataltico de la tripsina

IDEAS GENERALES (5)

Los lugares de unin al ligando presentan
aminocidos que no han variado con el tiempo (o al
menos en la familia proteica)

SISTEMAS DE UNIN EN ENTRE PROTENAS

Superhlice
Dominio SH2 reconoce
un asa fosforilada de
otra protena.

Protenas reguladoras
de genes: Cremallera de
leucina.

Es la ms comn y la ms
fuerte.
Ejemplo: enzima y sustrato

FUNCIN DE DEFENSA
ANTICUERPOS

ESTRUCTURA DE LOS ANTICUERPOS

Las inmunoglobulinas son glucoprotenas que poseen cadenas

pesadas y ligeras

ESTRUCTURA DE LOS ANTICUERPOS

LUGAR DE UNIN AL ANTGENO: bucles del dominio variable

de cadena pesada (VH) y dominio variable de cadena ligera (VL).

FUNCIN ENZIMTICA

 Las molculas se encuentran las unas a las otras con

mucha frecuencia debido a sus continuos movimientos
trmicos al azar.

Cuando se forman muchos enlaces no covalentes la

asociacin puede persistir por mucho tiempo.

ENZIMAS

Son biocatalizadores de naturaleza proteica (algunas ARN) que actan

sobre un sustrato formando o rompiendo enlaces covalentes.
Las enzimas aumentan notablemente la velocidad de las reacciones
qumicas.

Las enzimas aumentan la velocidad

de las reacciones qumicas

Clasificacin de las enzimas

ENERGIA DE
ACTIVACIN
Las enzimas incrementan
S en el sitio cataltico
manteniendo los tomos
en orientacin correcta
para la reaccin..
Los sustratos pasan por
estados intermedios de
geometra antes de
originar productos.
Las enzimas poseen
mayor afinidad (fuerte
interaccin) por las
formas inestables.

La energa de activacin es la energa libre

requerida para alcanzar el estado de
transicin ms inestable del sustrato.

CINTICA ENZIMATICA

El Km mide el grado de afinidad de la enzima por su sustrato y el grado

de saturacin es esta.

Anlisis de Km de dos isoenzimas

La hexocinasa: Posee una kM baja para la glucosa por lo tanto se satura a muy
bajas concentraciones de glucosa. Est presente en todas las clulas.
La glucocinasa: Es ms abundante en el hgado. Tiene un kM elevado, lo cual nos
indica que esta enzima se satura recin a muy altas concentraciones de glucosa.

ABZIMAS
Son anticuerpos con capacidad cataltica (Ejm: los
anticuerpos monoclonales)

TIPOS DE CATLISIS

Las enzimas pueden realizar catlisis cida y bsica a la vez.

ACCIN DE LA LISOZIMA
Antibitico natural presente en la clara de
huevo, saliva, lgrimas y otras secreciones.

 La lisozima cataliza
la rotura de las
paredes celulares
bacterianas.

 La lisozima realiza hidrlisis: aade H2O a los enlaces

que unen el polisacrido.
Su lugar activo es un canal que puede contener un
fragmente de 6 unidades de azcar al mismo tiempo.

 El sitio activo de la lisozima contiene tomos cargados que alteran

la distribucin de electrones del sustrato y aceleran su reaccin.

Estrategias de la catlisis enzimtica

La interaccin E- S se establece mediante enlaces no

covalentes, pero muchas enzimas establecen enlaces
covalentes transitorios entre el S y una cadena lateral
de la enzima.

Muchas protenas poseen una

molcula pequea adicional

RETINAL: Se una a la rodopsina

HEMO: Se una a la hemoglobina

Muchas enzimas requieres un

cofactor derivado de vitaminas

AUMENTO DE LA EFICIENCIA DE UNA

ENZIMA

FORMACION DE COMPARTIMIENTOS INTRACELULARES

AUMENTO DE LA EFICIENCIA DE UNA

ENZIMA (2)

APARICIN DE PROTEINAS ARMAZN O SCAFFOLD

El fenmeno de proximidad inducida permite a las clulas acelerar las
reacciones generando una concentracin local muy elevada de las especies
reaccionantes incluso en ausencia de membrana.

PROTEINAS ARMAZN O SCAFFOLD

AUMENTO DE LA EFICIENCIA DE UNA

ENZIMA (3)

FORMACION DE COMPLEJOS ENZIMTICOS

AUMENTO DE LA EFICIENCIA DE UNA ENZIMA (4)

Tneles
moleculares
Los tneles conectan dos o
ms sitio activos
Carbamil fosfato sintetasa

APARICIN DE DOMINIOS CON DIFERENTES SITIOS ACTIVOS

Regulacin enzimtica

Las enzimas se
pueden inhibir por el
producto final

Regulacin
enzimtica II
Vas metablicas
enlazadas e inhibidas
por productos finales

Regulacin positiva generada por el

acoplamiento conformacional entre dos lugares
de unin distante.

Regulacin negativa generada por el

acoplamiento conformacional entre dos lugares
de unin distantes entre s.

Transicin
cooperativa
alostrica en una
enzima compuesta
por dos subunidades
idnticas

ACTIVACIN E INACTIVACIN
DE PROTEINAS
POR FOSFORILACION A PARTIR DEL ATP
POR INTERCAMBIO GDP POR GTP

I. FOSFORILACIN DE PROTEINAS

ENZIMAS QUE FOSFORILAN: QUINASAS

ENZIMAS QUE DESFOSFORILAN: FOSFATASAS
Ocurre en: serina, treonina o tirosina.
Es reversible y puede activar o inactivar.
La fosforilacin:
Carga negativamente a la protena (aade 2 cargas negativas).
Sirve de reconocimiento por otras protenas (SH2 reconoce cadenas
laterales tirosina fosforiladas).

PROTEIN QUINASA
Familia de protenas
relacionadas.
Sitio activo posee dos
lugares:
Unin al ATP
Unin al pptido a fosforilar

Asas en su superficie:
interactuar con ligandos.

Evolucin de las proteinquinasas

Quinasas importantes
QUINASAS CDK
Participan en la
divisin celular.
Fosforilan en residuos
de serina y treonina
Se activa en 3 pasos:
Unin a una ciclina
Fosforilacin en
treonina
Desfosforilacin en
tirosina

Quinasas importantes
QUINASA TIPO Src
Fosforilan en residuos de tirosina
(Tirosin quinasas)
Provienen por evolucin de las
serinas/treoninas quinasas.
Ancladas a la membrana celular.
Activan en 3 pasos:
Eliminacin del fosfato C-terminal
Unin de SH3 a protena activadora
Autofosforilacin en su residuo tirosina

Activacin de la quinasa Src

Activacin de la quinasa Src

Activacin de la quinasa Src

II. ACTIVACIN POR GTP: Protenas G

Son protenas que unen e hidrolizan GTP: Son GTP asas.
Protena unida a GTP: activa
Protena unida a GDP: inactiva

Para activarse realizan intercambio de GDP por GTP.

REGULACIN:
Son inactivadas por GAP: Protena activadora de GTP asa. Induce a
hidrolizar el GTP unido a GDP + Pi.
Son activadas por GEF: Factor intercambiador de nucletidos de
Guanina: Induce la liberacin de GDP y acoplamiento de GTP.

PROTEINA G TRIMRICA
Se sitan en la membrana plasmtica.
Se activan por interaccin con receptores especficos.

PROTEINA G MONOMRICA
-Son pequeas son
GTPasas ubicadas en
el citosol.
-Actan como
reguladoras de
procesos claves,
como:
Proliferacin celular
(p. ej. Ras)
Trfico de vesculas
(p. ej. Raf)
Estructura del
citoesqueleto (p. ej.
Rho).

Proteina ras

Otras familias GTP asas:

Protena EF-Tu o EF-1
Factor de elongacin en la
sntesis proteica: Carga cada
molcula de aminoacil- t
RNA.
Se forma un complejo: tRNA
y EF Tu unido a GTP: el
aminocido unido al RNA
est colocado de forma
incorrecta para la sntesis
proteica.
Al hidrolizar el GTP: tRNA
recin transfiere su
aminocido.

Protena EF-Tu o EF-1

PROTEIN QUINASAS
SERIN/TREONIN
QUINASAS

TIROSIN
QUINASAS

Dominio quinasa (SH1)

Usan ATP

=
=

Bucles de regulacin ubicados

en la superficie
Ubicadas en el citosol/ncleo

Primeras en aparecer

Ejemplos: Cdk

Dominio quinasa (SH1)

Usan ATP
Dominios de regulacin
SH2 y SH3
Ubicadas en la membrana
celular

Evolutivamente son ms
recientes
Ejemplos:

Src

PROTEINAS GTP asas

MONOMRICAS

TRIMRICAS

Activacin con GEF

Inactivacin con GAP

=
=

Activacin con GEF

Inactivacin con GAP

Usan GTP
Una sola subunidad
Sealizacin hacia en el
citosol

Usan GTP
Tres subunidades: , y
Sealizacin a nivel de la
membrana celular

Ejemplos: Ras (proliferacin

celular), Rab (trfico celular),
Rho (citoesqueleto)

Ejemplos: protenas G
estimuladoras (Gs y Gq) y
las protenas G inhibitorias (Gi)

FAMILIA Src
La protena Src es una tirosin
quinasa (usa ATP).
Est unida a la membrana
celular por acilacin en su
extremo N-terminal.
Sealiza a nivel de la
membrana celular.
Es un protooncogen (2 5 % de todos
los cnceres humano).

Exterior

Src es una protena quinasa

FAMILIA Ras
Exterior

La protena Ras es una protena

G monomrica(una pequea GTPasa).
Est unida a la membrana
celular por prenilacin en su
extremo C-terminal.
Sealiza hacia el citosol/ncleo
activando numerosas rutas de
transduccin de seales,
principalmente las protenas
kinasas activadas por mitgenos
(MAP Kinasas).
Es un protooncogen (20 -30 % de
todos los cnceres humano).

Ras es una protena GTP asa transductora de

seales

TIPOS DE PROTENAS
TIPO

EJEMPLOS

ADAPTADORA

Recluta a otras protenas

transductoras. Ejm: Grb-2
Intercambio GDP por GTP.
Ejem: SOS
Amplifican la seal hacia el
citosol o ncleo. Ejem: Ras

ACTIVADORA (GEF)
TRANSDUCTORA
(Protena G)

ARMAZN
(Escafold)
ACOPLADORA (Docking)

Unen y mantienen juntas

protenas de sealizacin de
una misma va
Conectan 2 mas vas de
sealizacin

PROTENAS MOTORAS

PROTENAS MOTORAS
FUNCIN: Mover a otras molculas.

La hidrlisis del ATP

hace que el ciclo
completo sea
irreversible. Al
repetirse el ciclo hace
que la protena se
mueva a la derecha.

Principales protenas motoras

Movimientos
citoplasmticos
Dinena
Quinesina.
Miosina

Replicacin ADN
Helicasa
PCNA

MOVIMIENTO DE LAS PROTEINAS

PROTENAS
TRANSPORTADORAS

PROTENAS TRANSPORTADORAS
Los transportadores ABC (del ingls ATP binding cassette)
son protenas en su mayora especializadas en el transporte
activo de sustancias a travs de la membrana celular.
PROCARIOTAS: Importa nutrientes esenciales
EUCARIOTAS; Exporta molculas hidrofbicas y txicas.

Estructura del transportador ABC

Otras bombas ATPasa

SISTEMA CHAPERONASUBIQUITINA-PROTEOSOMAS

Plegamiento cotraduccional

Algunas protenas comienzan a plegarse cuando an estn siendo

sintetizadas.
El dominio N terminal es el primero en plegarse, adquiriendo su
estructura 2 final y luego su estructura 3 casi definitiva.

Etapas en la generacin de una

protena funcional
La traduccin no es el proceso final
en la formacin de una protena.
TIENE QUE OCURRIR LUEGO:
Plegamiento correcto.
Unin a cofactores (enlaces
covalentes o no covalentes.
Ensamblaje con otras cadenas (si es
necesario).
Modificaciones covalentes (ms de
100 tipos).

CHAPERONAS
Participan en el plegamiento de las protenas.
Se denominan protenas de shock trmico (Hsp): aumentan
su sntesis a altas temperaturas (42C).
Poseen afinidad por las zonas de aminocidos hidrofbicos
en protenas mal plegadas.
Hidrolizan ATP.

 Las chaperonas o carabinas moleculares

ayudan en el plegamiento de la mayora de
las protenas.

PLEGAMIENTO DE LAS PROTENAS

Ovillo
aleatorio

Estado nativo

FORMAS TRANSITORIAS: Glbulo

fundido

TIPOS DE CHAPERONAS
Hsp 70
Actan durante la sntesis proteica (ETAPA TEMPRANA)
DnaK en E. coli.
Se une a aa hidrofbicos. Son ayudada por la cochaperona Hsp40
(DnaJ en E. coli).

Ciclo de la Hsp 70
La cochaperona Hsp40 recluta a la protena mal plegada hacia la Hsp 70.
Hsp 70 unido a ATP adoptan una forma abierta.
La hidrlisis del ATP hasta ADP hace que la Hsp 70 se cierre plegando a la
protena diana.
El intercambio ADP por ATP libera a la protena diana.

TIPOS DE CHAPERONAS
Hsp 60
Actan despus de la sntesis proteica (ETAPA TARDIA).
Reconoce aa hidrofbicos. Forma de barril. Llamada chaperoninas.
Ayudadas por sus cochaperoninas (cubiertas).
CHAPERONINAS: .
Mitocondria (Hsp60), R.E. (BIP), Citosol (TCP1), Bacterias (GroEL).

Cochaperonina
(cubierta)
Chaperonina
(barril)

Ciclo de la Hsp 60
Las protenas mal plegadas son captadas (por interacciones hidrofbicas) por el
barril GroEL.
La unin de ATP y la cochaperonina aumenta el dimetro del barril empezando
el plegamiento de la protena.
La hidrlisis del ATP debilita el sistema y el ingreso de otro ATP permite liberar a
la protena diana.
o Hsp 10

Control de calidad posterior a la

sntesis proteica

Protenas plegadas de forma anormal pueden

formar agregados
Enfermedades humanas: anemia celular perniciosa,
deficiencia de - antitripsina, enfermedad de Huntington,
enfermedad de Alzheimer.

Agregados proteicos

Conversin de PrP en PrP*

Filamento de
entrecruzamientos beta
resistente a la protelisis

UBIQUITINACIN
UBIQUITINA:
Polipptido ubicuo encontrado en
eucariotas.
Consta de 76 aminocidos con un
PM = 8.5 kDa
Presenta 7 residuos de lisina (K)
y una de glicina C-terminal.
Posee alto grado de conservacin
en eucariotas.
48

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

PROCESO DE UBIQUITINACIN
1. ACTIVACIN DE LA UBIQUITINA: Por la enzima activadora
de ubiquitina (E1) con la formacin de un enlace tioster y
consumo de ATP.
Producto intermedio adenilil-ubiquitina (AMP ubiquitina).

 2. Transferencia de la ubiquitina: De la E1 a la enzima

conjugadora de Ubiquitina (E2) mediante un proceso de
transtioesterificacin.
3. Formacin de un enlace isopeptdico: Entre la lisina de la
protena diana y la glicina de la ubiquitina

Cada G de la ubiquitina (extremo carboxilo terminal) se

une a un residuo de lisina (K) de la ubiquitina anterior
generando una cadena lineal de conjugados ubiquitinaubiquitina: seal que reconocer el proteosoma.

Estructura de la ubiquitin ligasa SCF

Formada por 5
subunidades
proteicas, la
mayor de ellas
es una protena
armazn
(cullina)

Complejo
ubiquitin ligasa:
E2-E3

Mecanismo de ubiquitinacin

Para qu se ubiquitiniza?
Apoptosis
Ciclo celular y divisin
Respuesta inmune e
inflamacin
Biognesis ribosmica
Modulacin de
receptores de la
superficie celular,
canales inicos y vas
de secrecin
Infeccin viral

Significado de la ubiquitinacin

Lys 48

Lys 63

SEAL PARA DIRIGIR AL PROTEOSOMA: Poliubiquitinacin por lo menos con

cuatro residuos de lisinas unidas mediante residuos de K48

PROTEOSOMA
Maquinaria proteoltica que compite con las chaperonas por las
protenas mal plegadas. Constituye el 1% de la protena celular.
ESTRUCTURA:
COMPLEJO 20S
Cilindro central hueco
4 anillos heptamricos (2,2)
Centros activos hacia el interior
COMPLEJO 19S (Capuchn)
Extremos del cilindro
1 anillo hexamrico por cubierta.
Dos dominios: Lid y base.
En inmunoproteosomas: 11S.

19S

20S
19S

El proteosoma est presente en el citosol y en el ncleo.

Mecanismo de accin del proteosoma

PROGRESIVIDAD: Se fija al sustrato hasta degradarlo en

pequeos pptidos.
1. La protena poliubiquitinizada es reconocida por el complejo
19S
2. Eliminacin de la cadena de poliubiquitina por el dominio Lid.
3. La protena se despliega enhebrndose en el tunel del
proteosoma. Necesita de la hidrlisis del ATP.
4. La protena es degradada hasta oligopptidos por ataque
nucleoflico OH treonina (subunidad ) enlaces peptdicos.

Funcin del Proteosoma

Destruye protenas desnaturalizadas, mal plegadas o
plegadas con lentitud.
Papel regulador: ciclo celular, sistema inmune,
diferenciacin celular, etc.

MODIFICACIONES COVALENTES
DE LAS PROTENAS

SIGNIFICACIN BIOLGICA
Regulacin del estado funcional de la
protena.
Control de la vida media.
Control del destino celular.
Puede tener un papel importante en
procesos de autoensamblamiento de
estructuras supramoleculares.

o Estas modificaciones pueden consistir en:

Modificacin covalente de residuos de aminocidos
(ms de 200).
Protelisis parcial.

o Las modificaciones pueden ser:

Reversibles o irreversibles.
Presentes en todas las molculas o slo en algunas.
Enzimticas o no enzimticas.
Co-traduccionales, post-traduccionales inmediatas,
o post-traduccionales tardas.

FOSFORILACIN
-Principalmente en residuos de serina,tirosina y treonina.
-En ocasiones tambin en histidina y aspartato.
-Mecanismo central en la regulacin del metabolismo, la
proliferacin celular y la diferenciacin celular.

N- y O- GLICOSILACIN (Asn, Ser/Thr)

*O-glicosilacin:

en el grupo hidroxilo de serina o treonina.

*N-glicosilacin: a traves del grupo amino de la cadena lateral
de asparagina.

METILACIN
-En residuos de lisina.
-Grupo donador de metilos: S-adenosilmetionina(SAM)
-En el ADN es regulador importante de la estructura de la
cromatina y actividad transcripcional

ACETILACIN (N-terminal)
-Es modificado el grupo amino terminal.
-El dador es: Acetil CoA
-Mecanismo importante para el control de la actividad gnica.

HIDROXILACIN
-El colgeno y algunas proteinas son modificados en residuos de
lisina y prolina para preparar la formacin de fibrillas estables.
-La hidroxilacin de residuos de asparagina interviene en la
reaccin de las clulas ante hipoxia.

CARBOXILACIN

Modificaciones para insercin en

membranas:
o LIPIDACIN:
Palmitoilacin y miristoilacin.
Prenilacin (farnesilacin, geranilgeranilacin).
Unin de ancla de glicosil fosfatidil inositol.

o Procesado proteoltico:
Remocin del pptido seal.
Remocin de dominios proProcesamiento de precursores hormonales,
poliprotenas virales.
Splicing de protenas.

PRENILACIN
-Ocurre en el grupo SH de residuos de cisteina con los
isoprenoides farnesol o geranogeraniol.
-Sirve para el anclaje de protenas a las membranas.

LIPIDACIN

ACILACIN
-Adicin de una cadena de cido graso.
-Sirve para el anclaje de protenas a las membranas.

Modificaciones covalentes y sus efectos

Existe un cdigo de regulacin

combinatorio