Ejemplo transcripcin

El siguiente ejercicio es para poder comprender conceptos como codn de inicio, codn de terminacin, regin codificante, regin
promotora, transcripcin, cdigo gentico, etc. El ejemplo que esta en la parte inferior, es una secuencia pequea hipottica, de un
fragmento de ADN de doble cadena pequeo, ste en particular, tendra la capacidad de servir para codificar una protena puesto que
cuenta con los elementos necesarios: una regin reguladora (donde se encuentra el promotor), una codificante y una de terminacin.
Para identificar el elemento del promotor que usa este gen se tiene que revisar la secuencia de nucletidos y compararla con las
secuencias de la imagen 2. Tienes que corroborar que los 7 nucletidos de alguno de los elementos (BRE, TATA, INR o DPE) se
encuentren en el fragmento de ADN. Forzosamente tienen que estar los 7 nucletidos en ese orden, ya sea en la cadena de arriba o la de
abajo, pero SIEMPRE en sentido 3 a 5, que es como lo lee la maquinaria celular. Por ejemplo, si quieres revisar si tu secuencia tiene el
elemento DPE tendras que ubicar A/G G A/T C G T G. Lo anterior quiere decir que la primera letra a ubicar es una adenina o una guanina,
la segunda letra una guanina, la tercera una adenina o una timina y as sucesivamente hasta confirmar las 7, pero siempre leyendo de 3 a
5 (si dice N` significa que puede ser cualquiera de las bases). El segundo paso sera confirmar si estn a la distacia correspondiente del
codn de inicio. Como dice en la imagen 2, DPE se encuentra a +30, lo que implica que la primera adenina o guanina de la secuencia de
DPE debe de estar a 30 nucletidos del codn de inicio (por el SIGNO POSITIVO de +30) ro arriba. Ro arriba significa en sentido 3 a 5.
En el caso del ejemplo inferior, en color rojo se puede apreciar la secuencia de INR. Como dice en la imagen 2, INR se encuentra justo en
el sitio donde comienza la transcripcin, as que de alguna manera se traslapan la secuencia de INR y el codn de inicio.

Imagen 2: Secuencia ejemplo de un

fragmento de ADN de doble cadena.

Depus se confirma que el codn de inicio est presente. Si no estan a la distancia correcta el promotor del codn de inicio, no se
da la transcripcin. O bien, si se encuentra el codn de inicio, pero no hay ninguna secuencia promotora cerca, tampoco se da el
proceso. En el ejemplo, se encuentra en letras azules el codn de inicio. Slo hay una opcin de codn de inicio que se puede tener
(imagen 3) y si bien, en el ejemplo el codn de inicio dice T-A-C (porque es ADN), al obtener su secuencia complementaria de ARN,
podemos identificar el A-U-G que nos muestra la tabla del cdigo gentico.
En el caso del codn de paro, en el ejemplo se aprecia de color verde. Despus del codn de inicio, se tienen que ir agrupando los
nucletidos de 3 en 3 (puesto que as se conforman los codones) hasta ubicar el codn de paro o terminacin.
Finalmente, encontrados el promotor, el codn de inicio, el de terminacin y agrupados todos los codones, podemos contabilizar la
cantidad total de codones que conforma la secuencia codificante, que abarca desde el codn de inicio (codn nmero 1) hasta el codn de
terminacin.

Imagen 2: Secuencias alternativas de los

elementos del promotor. Cada gen puede
incluir dentro de la secuencia de su
promotor, el elemento BRE, TATA, INR o
DPE (slo uno de ellos) y su secuencia, que
siempre es de 7 nucletidos se encontrar a
una posicin variable respecto al codn de
inicio, ya sea ro arriba o ro abajo. El
elemento TATA por ejemplo, se encuentra a
30 posiciones ro arriba del codn de inicio,
es decir, si contamos 30 nucletidos antes
del primer nuclotido del codn de inicio,
ah estar la primera timina de la caja TATA.

Imagen 3: Cdigo gentico. Se puede apreciar el codn

correspondiente a la metionina, que es el primer
aminocido que se tendr en la cadena polipeptdica que
posteriormente se genere. El codn de inicio siempre es
AUG (en las letras de ARN), porque no hay ningn otro
codn que codifique para metionina. Sin embargo,
tenemos 3 codones distintos de paro; cualquiera puede
estar en nuestra secuencia y en el momento de la sntesis
proteica, ste ser identificado por el ribosoma y se
convertir en la indicacin de que el proceso de
traduccin debe concluir, por lo que estos tres codones
no codifican para aminocido alguno.

Secuencia de ARN:
Para comenzar a escribir la secuencia, debes recordar que la transcripcin (la generacin en s de la cadena de ARN) es en
sentido 5 a 3. Sin embargo, la cadena molde de ADN que se lee es la que va alrevs, de 3 a 5 (aquella en donde se identifica el
promotor y codn de inicio).
Posteriormente se va leyendo la secuencia de la cadena molde y a medida que se identifican los nucletidos se va escribiendo el
nucletido complementario de ARN. Por ejemplo, el primer nucletido de la secuencia codificante siempre es una timina (la que est en
caf en el ejemplo), porque el codn de inicio lo primero que tiene es una timina, por lo tanto el primer nucletido de RNA que se escribe
en una adenina (complementario de la timina). El segundo es una adenina (en el ejemplo es de color azul) y su complementario a escribir
es un uracilo (porque es ARN, y en el ARN la adenina se une con el uracilo)..... y as sucesivamente hasta llegar al ltimo nucletido del
codn de paro. La secuencia de ARN acorde al ejemplo anterior, quedara como sigue:

5`- AUG ACU GCA UGG AUU UCG AUC UGC AGG UAC CAG GUC AUU UAC AUU UGA - 3`

Ejercicio transcripcin
3- G C T A T A A A T C C T T G T C T G A A G T G T A G T T C C A T T A C T G G A C C A T G G A C G T C T A G C T T T C G G T A C G T C A G A T C C T - 5
5- C G A T A T T T A G G A A C A G A C T T C A C A T C A A T G T A A T G A C C T G G T A C C T G C A G A T C G A A A G C A A T G C A G T C T A G G A - 3

En base a esta secuencia nucleotdica, realizar el siguiente ejercicio. Hecho esto, ir a la parte del cuestionario de la plataforma,
para contestar las 5 preguntas correspondientes.
a) Identifica el elemento del promotor que usa este gen. Cambia las letras a otro color o marca la secuencia en la cadena donde la
encuentres en la forma que gustes.
b) Identifica y marca el codn de inicio.
c) Identifica en la secuencia del codn de paro.
d) Cuenta el nmero de codones que abarca la regin codificante, incluyendo el codn de inicio y el codn de terminacin/paro y escrbelo
en la parte inferior de la secuencia.
d) Con base en la lectura de la cadena molde, escribe la secuencia del ARN monocatenario correspondiente.