gnicas.
Introduccin
En 1936, Bridges report una de las primeras observaciones de duplicacin gnica a
partir de la aparicin de dos bandas cromosmicas en una mutante de la mosca de la
fruta Drosophila melanogaster, quien presentaba una reduccin extrema de los ojos. El
rol potencial de la duplicacin gnica en la evolucin fue posteriormente sugerida y los
posibles escenarios de evolucin mediante este mecanismo fueron propuestos. Sin
embargo, no fue hasta finales de los noventas cuando muchas secuencias genmicas
fueron determinadas y analizadas, que la prevalencia e importancia de la duplicacin
gnica se demostr claramente. Mediante el anlisis de las secuencias, el modelaje de
poblaciones genticas y experimentaciones moleculares, el rpido progreso ha sido
logrado para entender los mecanismos por lo que los genes se duplican y logran
divergir en funcin para contribuir a la evolucin de las especies. (Bridges, 1936;
Zhang, 2003)
La duplicacin de genes puede ser resultado de cruce desigual, retroposition o
duplicacin del cromosoma (o genoma); de todos, los resultados son muy diferentes.
Un cruce desigual usualmente genera la duplicacin de genes en tndem; es decir, la
duplicacin de genes ligados en un cromosoma. Dependiendo de la posicin a cruzar,
la regin duplicada puede contener parte de un gen, un gen completo, o varios genes.
En los dos ltimos casos, si hay intrones presentes en los genes originales, estarn
tambin presentes en los genes duplicados. Esto est en marcado contraste con el
resultado de retroposition. La retroposition se produce cuando un ARNm se retro
transcribe a ADN complementario (ADNc) y luego es insertado en el genoma. Como
era de esperar de este proceso, hay varias caractersticas moleculares de retroposition:
prdida de intrones y secuencias reguladoras, la presencia de colas de poli-A y la
presencia de repeticiones directas cortas flanqueantes. La insercin del cDNA en el
genoma es ms o menos aleatoria. Tambin es imposible tener bloques de genes
duplicados entre s por retrotransposicin a menos que los genes involucrados estn
ubicados en operones. La duplicacin cromosmica o del genoma ocurre
probablemente por una falta de disyuncin entre las cromosomas hijas despus de la
replicacin del DNA. Existe evidencia de que este tipo de duplicacin ocurre con mayor
frecuencia en plantas y es muy poco visto en animales. (Long, 2001; Hughes, 1994;
Teichmann y Babu, 2004)
Todos los tipos de duplicaciones mencionados anteriormente, han trado mucha
informacin para las investigaciones de hoy en da. En la actualidad, las herramientas
Objetivos
Disear una sonda que pueda funcionar para la bsqueda de genes de vasopresina
homlogos en otros organismos de inters cientfico.
Metodologa
1.
Se utilizan las secuencias correspondientes a los receptores de vasopresina otorgados
previamente
por
el
profesor.
2.
Se analizan las secuencias en el programa Bioedit y se realiz un alineamiento mltiple
con la herramienta Muscle de este mismo programa para detectar la homologa.
3.
Posteriormente, en el mismo programa se obtiene una secuencia consenso, misma que
servir de sonda. La sonda obtenida fue de 135 nucletidos, y es la siguiente:
GATCTGGCGGTGGCGTTTTTTCAGGTGCTGCCGCAGCTGGCCTGGGATGCGACCTATCGTTTTCGTGGCC
CGGATGCGCTGTGCCGTGCGGTGAAATATCTGCAGATGGTGGGCATGTATGCGAGCAGCTATATG
4.
sta sonda se utiliza para realizar un alineamiento en la herramienta Blast-n para
obtener secuencias de inters con alto nivel de homologa. Con 90% de identidad, se
obtuvieron secuencias de Equus asinus (Burro), Nannospalax galili (Spalax), Equus caballus
(Caballo), especies del gnero Macaca (Macacos), Sus scrofa (Jabal), Aotus nancymaae
(Mono nocturno), Cercocebus atys (Mangabey), Saimiri boliviensis (Mono), entre otros.
Resultados
Luego de realizar el alineamiento, se determin la siguiente secuencia de 135
nucletidos que se encontraba muy conservada, esa misma fue seleccionada como
sonda al realizar la secuencia consenso:
Figura 1.- Alineamiento generado y regin seleccionada para realizar la secuencia consenso que ser utilizada como sonda.
La
secuencia
consenso
es
la
siguiente:
GATCTGGCGGTGGCGTTTTTTCAGGTGCTGCCGCAGCTGGCCTGGGATGCGACCT
ATCGTTTTCGTGGCCCGGATGCGCTGTGCCGTGCGGTGAAATATCTGCAGATGGTG
GGCATGTATGCGAGCAGCTATATG.
Con la sonda obtenida se realiz un alineamiento con BLAST-n intentado encontrar
organismos de inters en donde se puedan buscar duplicaciones o protenas similares:
Figura 2.- Resultado de la bsqueda de homlogos con ayuda de la sonda realizada, se puede observar tambin la excelente
identidad y similitud que presentan, as mismo el E-value es de muy buena calidad.
a) En el caso de las sondas muy degeneradas, presentan una mayor versatilidad para la
bsqueda de organismos diferentes al grupo seleccionado para hacer la sonda, si es
muy degenerada existir una mayor probabilidad de que otras especies sean
portadoras al menos en su mayora por el alineamiento realizado.
b) Para el caso de las sondas muy conservadas como la realizada en esta prctica, se
obtendrn excelentes resultados en cuanto a la bsqueda de portadores homlogos, de
manera que sera un mtodo viable para analizar las diferencias y los cambios
evolutivos que han surgido con el paso del tiempo de la divergencia de estas especies.
Discusin.
En esta prctica se utilizaron 9 secuencias de receptores de vasopresinas de animales
para crear con ellas una sonda, con el fin de buscar secuencias homlogas. Esta se
realiz mediante un alineamiento con la herramienta bioinformtica Bioedit.
La sonda de nucletidos construida es de una longitud de 135 pares de bases (bp), de
acuerdo a Lewins, 1994 una sonda se debe de construir de un mnimo de 50 bp, por lo
que la sonda elaborada cumple perfectamente con esta caracterstica.
Las vasopresinas son hormonas pptidas producidas en el hipotlamo en el caso del
humano. La mayora se almacenan en la parte posterior de la glndula pituitaria
(neurohipfisis) con el fin de ser liberadas en la corriente sangunea, siendo algunas de
ellas liberadas incluso directamente en el cerebro (Alcaraz, 2001).
La vasopresina se encuentra relacionada con la oxitocina, ya que ambas cuentan con
una estructura muy similar, la cual difiere solamente en dos aminocidos (Gruber,
2013), es por ello que si se disminuye la especificidad del BLASTn, se encontrarn
algunas oxitocinas.
Las vasopresinas se encuentran de manera amplia en los seres vivos, tanto en
vertebrados como en invertebrados y de acuerdo a los anlisis efectuados se ha
determinado que la superfamilia de la vasopresina/oxitocina, provienen de una forma
ancestral an desconocida, sin embargo se conoce que el precursor de estas
hormonas se encontr en una Archaemetazoa, grupo del que divergieron los
vertebrados de los invertebrados hace unos 600 millones de aos (Kesteren et al.,
1992). Esto indica que las vasopresinas estan altamente conservadas, por lo cual
obtener una sonda y organismos homlogos de esta, es tarea fcil.
Aunque se encuentre en la mayora de los seres vivos embargo no todos los animales
expresan estos pptidos, de manera ms especfica vasopresina (Gruber,2013), por
ello que en el BLAST realizado se encontraron mayoritariamente ciertas especies de
animales, como es el caso de los mamferos, de manera ms especfica se encontr un
gran nmero de homnidos relacionados con la sonda. A parte de la primer razn ya
expuesta, esto tambin se puede deber a que la sonda se fabric con secuencias de
Conclusiones.
Se logr el diseo de una sonda para identificar los homlogos del gen de
vasopresina.
Para que la sonda abarque tanto vertebrados como invertebrados es necesario
poner una cantidad equilibrada tanto de unos como de otros, esto con el
proposito de gnerar una sonda confiable para identificar los homologos a este
gen.
Literatura consultada
Alcaraz V.M. 2001. Estructura y funcin del sistema nervioso: Recepcin sensorial y
estados del organismo. 2 ed. Manual Moderno
Bridges, C.B. (1936) The Bar gene a duplication. Science, 83, 210 211.
CarrilloEsper R., GonzlezSalazar J.A., CalvoCarrillo B. 2004. Uso de la
vasopresina en el estado de choque. Gac Md Mx. 140 (1): 71-76
Gruber, C. W. (2013). Physiology of invertebrate oxytocin and vasopressin
neuropeptides. Experimental Physiology, 99(1), 55-61.
Hughes, A. L. (1994). The evolution of functionally novel proteins after gene duplication.
Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 256(1346), 119124.
Kesteren, R. E., Smit, A. B., Dirks, R. W., With, N. D., Geraerts, W. P., & Joosse, J.
(1992). Evolution of the vasopressin/oxytocin superfamily: Characterization of a cDNA
encoding a vasopressin-related precursor, preproconopressin, from the mollusc
Lymnaea stagnalis. Proceedings of the National Academy of Sciences, 89(10), 45934597.
Lewin B. 1994. Genes V. Oxford: Oxford University Press
Long, M. (2001) Evolution of novel genes. Current Opinion in Genetics & Development.
11, 673 680.
Ponzio, T. A., Yue, C., & Gainer, H. (2007). An intron-based real-time PCR method for
measuring vasopressin gene transcription. Journal of Neuroscience Methods, 164(1),
149-154.
Teichmann, S. A., & Babu, M. M. (2004). Gene regulatory network growth by
duplication. Nature genetics, 36(5), 492-496.
Zhang, J. (2003). Evolution by gene duplication: an update. Trends in ecology &
evolution, 18(6), 292-298.