Estructura tridimensional de la protena trombina (vaca).

Secuencia de aminocidos en estructura primaria:

En la anterior estructura se pueden apreciar los diferentes componentes que
la conforman dicha protena entre ellos tenemos:
Las alfa hlices: representado como una estructura de color verde.
Las betas hlices: representado como una estructura de color dorado.
Los buclers o giros: representado como una estructura de color azul.
Dominios alineados: representado con un tomo de calcio, tomos de
carbono, tomos de oxigeno, grupos aminos y los enlaces disulfuro.

Para el anlisis de la protena trombina perteneciente al Bos taurus (vaca),

utilizamos el programa NCBI (El Centro Nacional de Informacin
Biotecnolgica) con el cual podemos observar la estructura secundaria de

forma tridimensional. Dicho programa nos permite identificar y diferenciar

la secuencia de aminocidos que la conforman, adems nos permite
reconocer estructuras tales como: alfa hlice, beta hlice, buclers, grupos
amino, un tomo de calcio, tomos de carbono, tomos de oxigeno y los
enlaces disulfuro.
La trombina es una enzima glucoprotenica formada por dos cadenas
de polipptidos de 36 y 259 aminocidos respectivamente, unidas por un
puente disulfuro. Se forma a partir del precursor protrombina que es una
reaccin catalizada por la enzima tromboplastina en presencia de iones de
calcio (Ca++). Tiene un peso molecular de 33701 daltons. La ruptura de la
protrombina entre los aminocidos Arg274-Thr275 y Arg323-Ile324
produce la trombina. La trombina es utilizada tradicionalmente y posee un
origen animal (bovino o equino). Estas preparaciones han sido, en muchos
casos, origen de reacciones inmunolgicas debidas a la sobrecarga de
protenas heterlogas. Esta protena presenta un pH entre 5,08,5.
En la estructura tridimensional de la trombina la cual contiene 224.
Adems se logra observar varias estructuras tales como las alfa hlices, la
cual esta presente dos veces en esta protena, constituida segn el orden,
por los siguientes aminocidos:
Alfa hlice 1: cido asprtico (d), Serina (s), Serina (s), Cistena(c),
Lisina(k), Serina (s), Alanina (a), Tirosina (y).

Alfa hlice 2: Valina (v), Serina (s), Triptfano (w), Isoleucina (i), Lisina
(k), Glutamina (q), Treonina (t), Isoleucina (i), Alanina (a), Serina (s).

Alfa hlice 1

Alfa hlice 2

Las alfa hlices presentan 18 aminocidos en total. Por otra parte se puede
analizar y observar cada uno de los elementos que conforman las alfa
hlices (Alfa hlice1 y Alfa hlice 2), de la protena trombina. En donde,
el color negro representa el elemento carbono, el color rojo representa el
elemento oxigeno, el color azul representa los grupos aminos y el color
amarrillo representa el enlace disulfuro.

Beta hlice:
Estn conformados por 109 aminocidos, dentro de los cuales encontramos
(Figura 1): Alanina (a), Arginina (r), Asparagina (n), Cistena (c),
Glutamina (q), cido glutmico (e), Glicina (g), Histidina (h), Isoleucina
(i), Leucina (l), Lisina (k), Metionina (m), Fenilalanina (f), Prolina (p),
Serina (s), Treonina (t),Triptfano (w), Tirosina (y), Valina (v).
Figura 1:

Figura 2:

En el anlisis de las betas hlices se pueden apreciar los elementos que la

conforman (Figura 2); diferencindose de las alfa hlices debido a que en
esta encontramos mayor cantidad de enlaces disulfuros (6).
Los buclers o giros:
Estn compuestos por 97 aminocidos entre los cuales se encuentran los
siguientes (Figura 3): Alanina (a), Arginina (r), Asparagina (n), cido
asprtico (d) Cistena (c), Glutamina (q), cido glutmico (e), Glicina (g),
Histidina (h), Isoleucina (i), Leucina (l), Lisina (k), Prolina (p), Serina (s),
Treonina (t), Tirosina (y), Valina (v). Adems se encuentran dos enlaces
disulfuro (naranja).
Figura 3:

Figura 4:

En el anlisis de los buclers o giros, se pueden apreciar los elementos que

la conforman (Figura 3); observando que estos elementos son los mismo,
pero presentan diferencian tanto en cantidad como en los enlaces
disulfuros, ya que en estos encontramos 4 enlaces como se puede apreciar
en la imagen.

Dominios alineados:
Donde se puede apreciar los elementos o tomos de carbono (negro),
unidos con el oxigeno (rojo), mediante enlaces disulfuro (amarrillo),
adems encontramos el grupo amino (violeta) el cual tambin esta unido a
los tomos de carbono y un cofactor el cual es el calcio.

COMPARACIN DE LA PROTENA TROMBINA EN

DIFERENTES ANIMALES

Trombina de hirudo (sanguijuela)

Trombina de vaca

Adems de analizar nuestra protena trombina (vaca), la compararemos

con la misma pero presente en los hirudos (sanguijuela), en las cuales se
observan diferencias estructurales como lo son los dominios alineados. Ya
que en la trombina de la vaca, estn presentes el cofactor calcio y los
elementos de oxigeno, grupo amino y enlaces disulfuro, estos se pueden
apreciar a simple vista mientras que en la trombina de los hirudo sola
mente podemos observar el cofactor calcio pero no los elementos
mencionados anteriormente.
Al comparar la secuencia de aminocidos en las alfa hlices de las
protenas se encontr que estas son casi iguales variando un poco en
algunos aminocidos.

 En la primera alfa hlice de la trombina de la vaca; se presenta un

cambio de la Alanina (a) por la Serina (s).
En la segunda alfa enlice de la trombina de la vaca; la lisina (k) es
remplazada por la Glutamina (q)

Aminocido

Cdigo de tres Cdigo de

letras
una letra

Alanina

Ala

Arginina

Arg

Asparagina

Asn

cido asprtico

Asp

Cistena

Cys

Glutamina

Gln

cido glutmico

Glu

Glicina

Gly

Histidina

His

Isoleucina

Ile

Leucina

Leu

Lisina

Lys

Metionina

Met

Fenilalanina

Phe

Prolina

Pro

Serina

Ser

Treonina

Thr

Triptfano

Trp

Tirosina

Tyr

Valina

Val

Phe, Asp, Val, Asn,

Ser, His, Thr, Thr, Pro,
Cys, Gly, Pro, Val,
Thr, Cys, Ser, Gly,
Ala, Gly, Met, Cys,
Glu, Val, Asp, Lys,
Cys, Val, Cys, Ser,
Asp, Leu, His, Cys,
Lys, Val, Lys, Cys,
Glu, His, Gly, Phe,
Lys, Lys, Asp, Asp,
Asn, Gly, Cys, Glu,
Tyr, Ala, Cys, Ile, Cys,
Ala, Asp, Ala, Pro,
Gln,

Phe, Asp, Val, Asn, Ser, His, Thr, Thr, Pro, Cys, Gly, Pro, Val, Thr, Cys,
Ser, Gly, Ala, Gly, Met, Cys, Glu, Val, Asp, Lys, Cys, Val, Cys, Ser, Asp,
Leu, His, Cys, Lys, Val, Lys, Cys, Glu, His, Gly, Phe, Lys, Lys, Asp, Asp,
Asn, Gly, Cys, Glu, Tyr, Ala, Cys, Ile, Cys, Ala, Asp, Ala, Pro, Gln,

Formacin de trombina
El ritmo de produccin de protrombina (pro= en favor de) en trombina, es casi directamente
proporcional a la cantidad de tromboplastina disponible en la sangre. La tromboplastina se forma
cuando hay dao tisular y su cantidad depende del grado de dao sufrido por el vaso sanguneo. 1 La
tromboplastina se encuentra en casi todos los tejidos y se libera cuando existe rotura de plaquetas y
lesin de las clulas hsticas. La trombina se forma a partir de la protrombina.

Acciones

Molcula de trombina. Las cadenas se diferencian por los colores.

La trombina activada es una enzima con accin proteoltica de forma ms o menos esfrica que
acta sobre el fibringeno suprimiendo dos pptidos de bajo peso molecular de cada molcula de
fibringeno dando formacin a monmeros de fibrina que a su vez se aglomeran en polmeros de
fibrina los cuales se estabilizan al formar el retculo del cogulo.

Anticoagulantes

La admninistracin de frmacos anticoagulantes como la heparina, tiene como finalidad potenciar

los efectos antitrombticos fisiolgicos naturales para obstaculizar la conversin del fibringeno en
fibrina en el lugar donde ocurri lesin

Formacin de trombina
El ritmo de produccin de protrombina (pro= en favor de) en trombina, es casi directamente
proporcional a la cantidad de tromboplastina disponible en la sangre. La tromboplastina se forma
cuando hay dao tisular y su cantidad depende del grado de dao sufrido por el vaso sanguneo.[1]
La tromboplastina se encuentra en casi todos los tejidos y se libera cuando existe rotura de
plaquetas y lesin de las clulas hsticas.

La trombina activada es una enzima con accin proteoltica de forma ms o menos esfrica que
acta sobre el fibringeno suprimiendo dos pptidos de bajo peso molecular de cada molcula de
fibringeno dando formacin a monmeros de fibrina que a su vez se aglomeran en polmeros de
fibrina los cuales se estabilizan al formar el retculo del cogulo.

Los defectos del fibringeno de la fase III sedetectan mediante el tiempo de trombina.
Adems, tambin ayudan a detectarCID e hipofibrinogenemia y se utiliza para vigilar el
tratamiento con estreptocinasa.
Esta prueba mide el tiempo necesario paraq ue el plasma coagule cuando se le aade
trombina. Normalmente el cogulo se forma con rapidez, si no lo hace, significa que existe una
deficiencia de fibringeno.

La trombina no es un constituyente normal de la sangre circulante, sino que

se genera a partir de la protrombina o factor II mediante una reaccin
catalizada por el factor activado de Stuart (factor Xa). Es el paso final de
las dos cascadas convergentes de reacciones, llamadas va intrnseca y va
extrnseca de la coagulacin. La ruptura de la protrombina entre los
aminocidos Arg274-Thr275 y Arg323-Ile324 produce la trombina de un
peso molcular de 32 kd
La trombina es una glicoprotena formada por dos cadenas de polipptidos
de 36 (*) y 259 (*) aminocidos unidas por un puente disulfuro. Una vez
activada, la molcula tiene una forma ms o menos esfrica (*) , en la que
se han identificado tres puntos importantes:

 el sitio cataltico que confiere a la molcula su propiedad de serina

proteasa, donde se fija el sustrato (el fibringeno), tambin llamado
receptor de trombina
dos sitios para la fijacin de la antitrombina III y la inactivacin de
la trombina cargados positivamente llamados exositio 1 y exositio 2
El sitio activo de la trombina se parece a una estrecha hendidura con dos
extremos "norte" y "sur". El ncleo del sitio activo est formado por
residuos polares, mientras que ambos extremos de la hendidura son
compuestos hidrofbicos
La trombina juega dos importantes papeles en la coagulacin de la sangre
(*)
Por un lado activa la degradacin del fibringeno a monmeros de fibrina,
activando adems el factor XIII, o factor estabilizante de la fibrina. El
cogulo de sangre est formado por un ovillo de hebras de fibrina insoluble
en las que estn atrapadas varios tipos de clulas de la sangre. La trombina
tiene la propiedad de activar el factor XIII formando puentes convalentes
entre los grupos amino y carboxilo de dos monmeros diferentes para darle
mayor fuerza al cogulo.
Por otro lado, dispone de un punto de unin para la trombomodulina, un
cofactor presente en las clulas endoteliales, que al fijarse aumenta
notablemente la capacidad de la trombina para activar la protena C. La
protena C frena el proceso de coagulacin para que no sea demasiado
rpido
El mecanismo cataltico de la trombina (y de otras serinproteasas) se
verifica en tres pasos: unin de la enzima al sustrato para formar un
intermedio al tiempo que llega un ligando que interacciona con el
intermedio y se desprende inmediatamente, formacin de un aducto
intermedio y desprendimiento del producto final y de la enzima libre
Es interesante destacar que la activacin de la funcin cataltica se verifica
cuando se unen ligandos a los exositios 1 o 2. Por ejemplo, la hirudina, el
factor II de la heparina o el receptor de trombina se unen al exositio 1
mientras que la trombomodulina, los glicosoaminoglicanos y otras
molculas lo hacen al exositio 2. La unin de cualquier ligando a uno u otro
de los exositios produce cambios conformacionales de tal naturaleza que
hacen imposible la unin a ambos, de modo que si un ligando se une a un
exositio, desplaza al ligando unido al otro. Este mecanismo es importante

ya que permite a la trombina una regulacin de los mecanismos de

coagulacin/anticoagulacin
De esta manera, la hirudina (un anticoagulante de la saliva de las
sanguijuelas) formada por un pptido de 65 aminocidos se une de forma
casi irreversible al exositio 1 de la trombina (y a reas prximas al mismo)
mediante tres enlaces disulfuro, formando un complejo no covalente e
inactivando la trombina. De igual forma, cuando la trombomodulina se fija
al exositio 2, cambia la conformacin de la trombina que acta entonces
como factor activante de la protena C pero sin poder ya degradar el
fibringeno a fibrina. La protena C es anticoagulante ya que inactiva los
factores Va y VIIIa, los cuales inhiben a su vez la formacin de trombina.
Es realmente notable el hecho de que al unirse la trombomodulina a la
trombina, la afinidad de esta hacia la protena C aumente 1000 veces
Adems, la trombina tiene otras importantes funciones:
estimula a las plaquetas para que estas se expandan y liberen
componentes de los densos grnulos en ellas presentes.
altera la sntesis, expresin y liberacin de protenas de las clulas
endoteliales, en particular la produccin del PDGF (factor de
crecimiento derivado de las plaquetas), el factor XIII, factor VIII,
tPA y el factor activante de las plaquetas, todas ellas capaces de
modificar las interacciones entre las clulas endoteliales y las clulas
subyacentes
aumenta la expresin de glycoprotenas de adhesin de la membrana
celular endotelial lo que favorece a la fijacin de factores de la
inflamacin al endotelio
Induce la quimiotaxis en los neutrfilos y promueva la liberacin de
factores inflamatorios
La trombina es tambin un potente quimiotxico para los macrfagos
en los que altera la produccin de citocinas y metabolitos del cido
araquidnico
El mecanismo por el cual la trombina activa las plaquetas y otras clulas ha
sido desconocido hasta hace poco. El clonado del receptor plaquetario a la
trombina ha revelado el mecanismo de su activacin.

Una vez unida a su receptor, la trombina rompe la extensin aminoterminal

del mismo para exponer una nueva secuencia de aminocidos que se une a
la tercera asa extracelular del receptor, activandolo. Esta secuencia capaz
de autoactivarse ha sido llamada secuencia de amarre.
Se han sintetizado varios pptidos con secuencias parecidas a la secuencia
de amarre y se ha demostrado su capacidad para activar el receptor de
trombina. Adems, este mecanismo de activacin ha sido demostrado en
clulas no plaquetarias

Nomenclatura de aminocidos