INSTITUTO POLITCNICO NACIONAL

ESCUELA SUPERIOR DE CMPUTO

Prctica 2:
INTRODUCTION TO VMD
NOMBRE: Aguirre Cruz Eder Jonathan
MATERIA: Bioinformatics
PROFESOR: Rosas Trigueros Jos Luis
GRUPO: 3CM1
FECHA DE REALIZACIN: 26 02- 2016
FECHA DE ENTREGA: 04 03- 2016

MARCO TERICO
Qu es VMD?
VMD (Visual Molecular Dynamics) es un programa de modelamiento molecular y
visualizacin de estructuras. VMD fue principalmente desarrollado como una
herramienta para ver y analizar los resultados de las simulaciones de dinmica
molecular, pero tambin incluye herramientas para trabajar con datos de volumen,
secuencias y objetos grficos arbitrarios como conos, cilindros o esferas.
VMD est diseado para el modelado, la visualizacin y el anlisis de los sistemas
biolgicos, tales como protenas, cidos nucleicos, conjuntos de bicapa lipdica, etc.
VMD puede leer los archivos de convencionales del Protein Data Bank (PDB) y
mostrar en pantalla la estructura contenida del archivo .PDB. VMD ofrece una
amplia variedad de mtodos para la representacin y la coloracin de una molcula:
puntos y lneas simples, esferas y cilindros de CPK, bonos de regaliz, tubos de
cadena principal y las cintas dibujos animados, dibujos y otros.
VMD se puede utilizar para animar y analizar la trayectoria de una simulacin de
dinmica molecular (MD). En particular, VMD puede actuar como interfaz grfica
para un programa de MD externo mediante la visualizacin y animacin de una
molcula de someterse a la simulacin en una computadora remota.

Qu es una protena?
Los nutrientes de gran importancia biolgica que son las protenas, son
macromolculas formadas por aminocidos, que constituyen el principal nutriente
para la formacin de los msculos del cuerpo.

Funciones de las protenas

Son transportar las sustancias grasas a travs de la sangre, elevando as las
defensas de nuestro organismo. La importancia de las protenas es tal que la
prctica totalidad de las funciones biolgicas que son desempeadas en cualquier
organismo vivo son realizadas por las protenas, tambin realizan diversas
funciones, desde estructurales como el colgeno en nuestra piel, funciones
metablicas como la insulina, que regula los niveles de azcar en nuestra sangre,
tambin existen protenas que presentan una funcin de transporte como la
hemoglobina, la cual transporta el oxgeno que respiramos a todo nuestro cuerpo.

Estructura de las protenas

Las protenas poseen una estructura qumica central que consiste en una cadena
lineal de aminocidos plegada de forma que muestra una estructura tridimensional,

esto les permite a las protenas realizar sus funciones. En las protenas se codifica
el material gentico de cada organismo y en l se especifica su secuencia de
aminocidos. Estas secuencias de aminocidos se sintetizan por los ribosomas para
formar las macromolculas que son las protenas.
Existen 20 aminocidos diferentes que se combinan entre ellos de mltiples
maneras para formar cada tipo de protenas. Los aminocidos pueden dividirse en
2 tipos: Aminocidos esenciales que son 9 y que se obtienen de alimentos y
aminocidos no esenciales que son 11 y se producen en nuestro cuerpo.

Protena 4HHB (LA ESTRUCTURA DE CRISTAL EN HUMANOS:

Desoxihemoglobina)
4HHB es una estructura de 4 cadenas, con la secuencia de humano. sta estructura
reemplaza a la protena 1HHB del PDB, y ahora se encuentra eliminada.

Funcin y Biologa
Funcin bioqumica
Proceso biolgico

heme vinculante
El transporte de bicarbonato

Componente celular
Secuencia de los
dominios

Regin extracelular
Hemoglobina alfa [IPR002338]
hemoglobina, tipo beta [IPR002337]
Globina [IPR000971]
Hemoglobina pi [IPR002339]
Proto-globina [IPR 012292]
Globina al igual [IPR009050]
globinas

Estructura de dominio

Tabla 1.- Propiedades biolgicas y funciones de la 4HHB

Anlisis de su estructura
La composicin de montaje: heterotetrmero
Macromolculas (2 distinta):

La hemoglobina de la subunidad beta

Cadenas
B, D
Longitud
146 aminocidos
Peso terico
15,89 kDa
Organismo de procedencia Homo sapiens
Sistema de expresin
no proporcionado
UniProt
P68871 (Residuos: 2-147; Cobertura: 99%)
Nombre del gen
HBB
Secuencia de los dominios globina [PF00042]
Estructura de dominio
Globinas [1.10.490.10]
Tabla 2.- Propiedades de la subunidad beta

La hemoglobina de la subunidad alfa

Cadenas
A,C
Longitud
141 aminocidos
Peso terico
15,15 kDa
Organismo de procedencia Homo sapiens
Sistema de expresin
no proporcionado
UniProt
P6905 (Residuos: 2-142; Cobertura: 99%)
Nombre del gen
HBA1,HBA2
Secuencia de los dominios globina [PF00042]
Estructura de dominio
Globinas [1.10.490.10]
Tabla 3.- Propiedades de la subunidad alfa

MATERIAL Y EQUIPO

1 Computadora o Laptop (2GB RAM, 500GB Disco Duro)

Procesador de textos
Conexin a internet
Software VMD 1.9.2

DESARROLLO DE LA PRCTICA
Para poder ralizar la prctica #2, se llevaron a cabo las siguientes
instrucciones
1.- Descargar la protena en el sitio www.rcsb.org

Figura 1.- Descarga de protena en www.rcsb.org

2.- Crear una nueva molcula en VMD

Figura 2.- Crear molcula en VMD

3.- Buscar el archivo PDB descargado y cargar la protena

Figura 3.- Cargando archivo PDB en VMD

4.- Se obtuvo la protena 4HHB representada de la siguiente manera

Figura 4.- Protena 4HHB representada en estilo lneas y seleccionados todos sus tomos

5.- Se crearon 4 nuevas representaciones de la protena original como se muestra

a continuacin

Figura 5.- Creando 4 representaciones en VMD de la protena 4HHB

6.- Se seleccionaron diferentes tipos y estilos para crear las 4 representaciones

como se muestra a continuacin:

Mtodo de coloracin: ResType

Mtodo de dibujado: Tubos
Material: Opaco
Seleccin de tomos: hlice

Figura 6.- Representacin 1 de 4HHB

Mtodo de coloracin: Beta

Mtodo de dibujado: Regaliz
Material: Opaco
Seleccin de tomos: superficie

Figura 7.- Representacin 2 de 4HHB

Mtodo de coloracin: Estructura secundaria

Mtodo de dibujado: VDW
Material: Opaco
Seleccin de tomos: Oxgeno

Figura 8.- Representacin 3 de 4HHB

Mtodo de coloracin: ColorID4 (Amarillo)

Mtodo de dibujado: Dibujo animado
Material: Pastel metlico
Seleccin de tomos: cclicos

Figura 9.- Representacin 4 de 4HHB

CONCLUSIONES
VMD es un software de gran importancia en el campo de la bioinformtica, ya que
resulta ser muy til para la observacin y estudio de protenas y molculas que estn
en constante observacin o simplemente para fines educativos como es nuestro
caso. VMD nos muestra diversas maneras para que nosotros como usuarios
podamos representar, en ste caso una protena de diversas maneras segn nos
sea posible obtener los resultados esperados.
Un punto importante que se debe mencionar, es que VMD es un software muy
predecible, es decir, que como usuarios nos facilita el aprender cmo es que
funciona y cules son las herramientas que nos brinda, cuenta con una interfaz muy
accesible y fcil de entender ya que cuenta con mens de opciones para que se
pueda elegir una de acuerdo a lo que se desee trabajar. VMD resulta ser un
software bastante aceptable en cuanto a facilidad y funcionalidad, ya que a pesar
de ser un software utilizado para temas relacionados con salud, biologa, etc., un
nuevo usuario como cualquiera de nosotros puede usar y comprender fcilmente
como es el modo de operacin de dicho software.

BIBLIOGRAFA
lvarez, J. C. (11 de julio de 2012). Las Protenas. Obtenido de http://proteinas.org.es/que-son-lasproteinas
Fermi, G. P. (17 de Julio de 1984). Protein Data Bank. Obtenido de
http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=4HHB
Protein Data Bank of Europe. (2012). Obtenido de https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/4hhb/
Syngenta Biotecnologa. (2013). Obtenido de http://www.syngenta.com.mx/que-es-unaproteina.aspx
Theoretical and Computational Biophysics Group . (8 de Abril de 2008). Obtenido de
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/allversions/what_is_vmd.html