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Dinmica molecular

La Dinmica Molecular (DM) es una tcnica de simulacin por computadora en la que se


permite que tomos y molculas interacten por un perodo, permitiendo una visualizacin
del movimiento de las partculas. Originalmente fue concebida dentro de la fsica terica,
aunque hoy en da se utiliza sobre todo en biofsica y ciencia de materiales. Su campo de
aplicacin va desde superficies catalticas hasta sistemas biolgicos como las protenas. Si
bien los experimentos de cristalografa de rayos X permiten tomar "fotografas estticas" y
la tcnica de RMN nos da indicios del movimiento molecular, ningn experimento es capaz
de acceder a todas las escalas de tiempo involucradas. Resulta tentador, aunque no es
enteramente correcto, describir a la DM como un "microscopio virtual" con alta resolucin
espacial y temporal.
En general, los sistemas moleculares son complejos y consisten de un gran nmero de
partculas, por lo cual sera imposible encontrar sus propiedades de forma analtica. Para
evitar este problema, la DM utiliza mtodos numricos. La DM representa un punto
intermedio entre los experimentos y la teora. Puede ser entendida como un experimento
en la computadora.
Sabemos que la materia est constituida de partculas en movimiento e interaccin al
menos desde la poca de Boltzmann en el siglo XIX. Pero muchos an se imaginan a las
molculas como los modelos estticos de un museo. Richard Feynman dijo en 1963 que
"todo lo que hacen los seres vivos puede ser entendido a travs de los saltos y
contorsiones de los tomos."1 Una de las contribuciones ms importantes de la dinmica
molecular es crear conciencia de que el ADN y las protenas son mquinas en movimiento.
Se le utiliza para explorar la relacin entre estructura, movimiento y funcin.
La dinmica molecular es un campo multidisciplinario. Sus leyes y teoras provienen de
las matemticas, fsica y qumica. Emplea algoritmos de las ciencias de la
computacin yteora de la informacin. Permite entender a los materiales y las molculas
no cmo entidades rgidas, sino como cuerpos animados. Tambin se le ha llamado
"estadstica mecnica numrica" o "la visin de Laplace de la mecnica Newtoniana", en el
sentido de predecir el futuro al animar las fuerzas de la naturaleza.
Para utilizar esta tcnica de forma correcta, es importante entender las aproximaciones
utilizadas y evitar caer en el error conceptual de que estamos simulando el
comportamiento real y exacto de un sistema molecular. La integracin de las ecuaciones
de movimiento estn mal condicionadas, lo cual genera errores numricos acumulativos,
que pueden ser minimizados seleccionando apropiadamente los algoritmos, pero no
eliminados del todo. Por otro lado, las interacciones entre las partculas se modelan con
un campo de fuerza aproximado, que puede o no ser adecuado dependiendo del problema
que queremos resolver. De cualquier forma, la dinmica molecular nos permite explorar su
comportamiento representativo en el espacio fsico.

Ejemplo de de una simulacin de un sistema simple por el mtodo de dinmica molecular:


deposicin de untomo de Cu en una superficie de Cu (001). Cada crculo ilustra la posicin de
un tomo; note que las verdaderas interacciones atmicas usadas en simulacin son ms complejas
que las bidimensionales mostradas en la figura.

En la DM, hay que balancear el costo computacional y la fiabilidad en los resultados. En la


DM clsica se utilizan lasEcuaciones de Newton, cuyo costo computacional es mucho
menor que el de las de la mecnica cuntica. Es por ello que muchas propiedades que
pueden resultar de inters, como la formacin o ruptura de enlaces no puedan ser
estudiadas mediante este mtodo ya que no contempla estados excitados o reactividad.
Existen mtodos hbridos denominados QM/MM (Quantum Mechanics/Molecular
Mechanics) en los que un centro reactivo es tratado de modo cuntico mientras que el
ambiente que lo rodea se trata de modo clsico. El desafo en este tipo de mtodos resulta
en la definicin de manera precisa de la interaccin entre los dos formas de describir el
sistema...
El resultado de una simulacin de dinmica molecular son las posiciones y
velocidades de cada tomo de la molcula, para cada instante en el tiempo discretizado.
A esto se le llama trayectoria.
ndice
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1Principios fsicos
o 1.1Colectividad microcannica (NVE)
o 1.2Ensamble cannico (NVT)
2Potenciales en dinmica molecular
o 2.1Potencial Lennard Jones
3Software
4Referencias
5Vase tambin
6Enlaces externos

Principios fsicos[editar]
Colectividad microcannica (NVE)[editar]
La forma ms simple de dinmica molecular ocurre en el colectividad microcannica. En l,
el sistema est aislado: su volumen no se altera (V) y no intercambia masa (N) ni energa
(E) con el entorno. Para un sistema de N partculas con coordenadas y velocidades , se
puede plantear el siguiente par de ecuaciones diferenciales de primer orden

La funcin de energa potencial son las atracciones y repulsiones que sienten los
tomos entre s debido a los enlaces qumicos, interacciones electrostticas, van
der Waals, etc. de las molculas. A tambin se le conoce como campo potencial
de fuerza y es una funcin de las coordenadas de las partculas . Normalmente
proviene de clculos de qumica cuntica y/o experimentos espectroscpicos. Sin
embargo, el campo de fuerza generalmente tiene una forma funcional que lo hace
pertenecer a la mecnica clsica.
La trayectoria de las partculas es discreta en el tiempo. Normalmente se elige un
paso de tiempo suficientemente pequeo (p.ej. 1 femtosegundo) para evitar
errores numricos de discretizacin. Para cada paso de tiempo, se integra la
posicin y velocidad con un mtodo simplctico como la integracin de Verlet.
Dadas las posiciones iniciales (p.ej. la estructura de rayos X de una protena) y las
velocidades iniciales (p.ej. aleatorias y Gaussianas), es posible calcular todas las
posiciones y velocidades en el futuro.
La colectividad NVE es difcil de realizar experimentalmente. Por ello,
generalmente se utiliza la colectividad NVT o NPT en las simulaciones. Sin
embargo, las simulaciones NVE son importantes para verificar que un campo de
fuerza combinado con un algoritmo de integracin conserva la energa del
sistema.

Ensamble cannico (NVT)[editar]


En el ensamble cannico, el volumen no se altera (V) y no se intercambia masa
(N). La temperatura (T) se mantiene alrededor de la media deseada. La
temperatura instantnea del sistema no es constante, sino slo su promedio. En la
colectividad NVT, la energa de los procesos endotrmicos y exotrmicos
(transiciones conformacionales entre estados con diferentes energas potenciales)
es intercambiada con un termostato.
Existe una gran variedad de termostatos para aadir o remover energa para
mantener la temperatura promedio constante. Incluyen la reescalacin de
velocidades, dinmica Langevin, termostato Nos-Hoover y el termostato
Berendsen. No es fcil obtener una distribucin de microestados correspondiente
a la colectividad cannica, ya que ello depende del tamao del sistema, seleccin
del termostato, parmetros del termostato, paso de tiempo e integrador utilizados.

Potenciales en dinmica molecular[editar]


Potencial Lennard Jones[editar]
El potencial Lennard Jones es un potencial a pares que se usa en simulaciones
de dinmica molecular para comprobar la teora y algoritmos existentes en el rea.

Software[editar]
En la actualidad existen varios programas capaces de llevar a cabo las
simulaciones de DM, y a su vez existen varios campos de fuerza, que en general
pueden utilizarse con diversos

programas. CHARMM, AMBER, NAMD y GROMACS son algunos de los paquetes


ms populares.

Referencias[editar]
1. Volver arriba Feynman, Richard (1963). Lectures on Physics.