De ADN a ARN

Transcripcin y traduccin son el medio por el cual clulas leda, o expresan, las instrucciones
genticas en sus genes. Porque muchas copias idnticas de RNA pueden realizarse desde el mismo
gen, y cada molcula de ARN puede dirigir la sntesis de muchas molculas idnticas de protena , las
clulas pueden sintetizar una gran cantidad de protena rpidamente cuando sea necesario. Pero cada
gen tambin puede ser transcrito y traducido con una eficacia diferente, permitiendo a la clula hacer
enormes cantidades de algunas protenas y pequeas cantidades de otros (figura 6-3). Por otra parte,
como vemos en el prximo captulo, una clula puede cambiar (o regular) la expresin de cada uno
de sus genes segn las necesidades del momento ms obviamente controlando la produccin de su
ARN.

Figura 6-3
Los genes pueden expresarse con diferentes eficiencias. A Gene es transcrito y traducido mucho ms
eficientemente que el gen B. Esto permite que la cantidad de protena en la clula a ser mucho mayor
que el de la protena B.
Vete a:

Porciones de la secuencia del ADN se transcriben en ARN

El primer paso que lleva a una clula en la lectura una parte necesaria de sus las instrucciones
genticas es copiar una porcin particular de su secuencia de nucletidos de ADN , un gen, en una
secuencia de nucletidos de ARN . La informacin en el ARN, aunque copiado en otra forma
qumica, est todava escrita en esencialmente el mismo idioma como en el ADN, la lengua de una
secuencia de nucletidos. Por lo tanto, la transcripcin del nombre.
Como el ADN, el ARN es un linear polmero de cuatro tipos diferentes de subunidades de
nucletidos Unidos entre s por enlaces fosfodister (figura 6-4). Difiere de la DNA qumicamente en
dos aspectos: (1) los nucletidos en el ARN son ribonucletidos es decir, que contienen el azcar
ribosa (de ah el nombre ribonucleico cido) en lugar de desoxirribosa; (2) aunque, como DNA, el
RNA contiene las bases adenina (A), guanina (G) y citosina (C), que contiene la base uracilo (U) en
lugar de la timina (T) en el ADN. Puesto que U, como T, puede par de base por la Unin de
hidrgeno con A (figura 6-5), las propiedades de bases complementarias se describe para el ADN en
los captulos 4 y 5 se aplican tambin al RNA (en el ARN, pares G con C y A pares con U). No es
infrecuente, sin embargo, para encontrar otros tipos de pares de bases en el ARN: por ejemplo, G se
aparea con U ocasionalmente.

Figura 6-4

La estructura qumica del ARN. (A) RNA contiene la ribosa azcar, que se diferencia de la
desoxirribosa, el azcar utilizado en el ADN, por la presencia de un grupo -OH. (B) RNA contiene la
base uracilo, que difiere de la timina, el equivalente de base en el ADN, (ms...)

Figura 6-5
Uracilo forma pares de bases con la adenina. La ausencia de un grupo metilo en la U no tiene ningn
efecto en el emparejamiento de base; as, U A base de pares parecidos pares de bases A-t-A (ver
figura 4-4).
A pesar de estas pequeas diferencias qumicas, ADN y ARN difieren bastante dramticamente en la
estructura general. Mientras que el ADN siempre se produce en las clulas como una hlice de doble
cadena, el ARN es monocatenario. Cadenas de RNA por lo tanto doblan para arriba en una variedad
de formas, as como a pliegues de la cadena de polipptido hasta forma la forma de una protena
(figura 6-6). Como vemos ms adelante en este captulo, la capacidad de doblar en complejas formas
tridimensionales permite que algunas molculas de ARN que tienen funciones estructurales y
catalticas.

Figura 6-6
RNA puede doblar en estructuras especficas. ARN es monocatenario en gran parte, pero a menudo
contiene extensiones cortas de nucletidos que pueden formar pares de bases convencionales con
secuencias complementarias en otras partes se encuentran en la misma molcula. Estas interacciones,
a lo largo de (ms...)
Vete a:

Transcripcin produce ARN complementario a una cadena de

ADN
Todo del RNA en una clula se hace por la transcripcin del ADN, un proceso que tiene ciertas
similitudes con el proceso de replicacin del ADN discuten en el captulo 5. Transcripcin se inicia
con la apertura y la correccin de una pequea porcin de la doble hlice del ADN para exponer las
bases de cada hebra de ADN. Entonces uno de los dos filamentos de la doble hlice del ADN acta
como una plantilla para la sntesis de una molculadel RNA. Como en la replicacin del ADN, la
secuencia de nucletidos de la cadena de RNA es determinado por el complementario baseapareamiento entre nucletidos entrantes y la plantilla de la DNA. Cuando se hace un buen partido, el
ribonucletido entrante es covalente a la cadena creciente de RNA en un enzimticamente catalizada
la reaccin. La cadena de RNA producido por la transcripcin: la transcripcin, es alargado de un

nucletido en un momento, y tiene una secuencia de nucletidos que es exactamente complementaria

a la hebra de ADN utilizado como plantilla (figura 6-7).

Figura 6-7
Transcripcin de ADN produce una molcula de RNA monocatenario que es complementaria de una
hebra de ADN.
Transcripcin, sin embargo, difiere de la replicacin del ADN de varias maneras cruciales. A
diferencia de un filamento de ADN recin formado, el filamento del RNA no sigue siendo hidrgenoenlazado a la hebra molde de ADN. En su lugar, justo detrs de la regin donde los ribonucletidos se
aaden, la cadena de RNA se desplaza y la hlice del ADN re-formas. As, las molculas de ARN de
transcripcin se liberan de la plantilla de la DNA como solos filamentos. Adems, porque se copian
de slo una regin limitada de la DNA, las molculas de ARN son mucho ms cortas que las
molculas de ADN. Una molcula de ADN en un humano cromosoma puede ser hasta 250 millones
de nucletidos-pares largos; en cambio, la mayora del RNAs son unos pocos miles de nucletidos de
largo, y muchos son considerablemente ms cortos.
Las enzimas que realizan la transcripcin se llaman Polimerasas del RNA. Como la ADN polimerasa
que cataliza la replicacin del ADN (discutida en el captulo 5), ARN polimerasas catalizan la
formacin de los enlaces fosfodister que unen los nucletidos para formar una cadena lineal. La
RNA polimerasa se mueve paso a paso a lo largo de la DNA, desenrollar la hlice del ADN por
delante del sitio activo para la polimerizacin exponer una nueva regin de la hebra molde para la
base complementaria -maridaje. De esta manera, la cadena de RNA creciente se extiende por un
nucletido en un momento en la direccin 5 a 3 (figura 6-8). Los sustratos son anlogos de los
nuclesidos trifosfatos (ATP, CTP, UTP y el GTP); en cuanto a la replicacin del ADN, una
hidrlisis de enlaces de alta energa proporciona la energa necesaria para impulsar la reaccin (ver
figura 5-4).

Figura 6-8
DNA es transcrito por la enzima ARN polimerasa. La ARN polimerasa (azul claro) se mueve paso a
paso a lo largo de la DNA, desenrollar la hlice del ADN en su sitio activo. A medida que progresa,
la polimerasa aade nucletidos (aqu, formas de "T" pequea) uno por (ms...)
La liberacin casi inmediata del filamento del RNA de la DNA que es sintetizado que se pueden
hacer muchas copias de RNA del mismo gen en un tiempo relativamente corto, la sntesis de ms
molculas de ARN se inicia antes de que el primer ARN es completa (figura 6-9). Cuando las
molculas de ARN polimerasa siguen duro en los talones de esta manera, cada movimiento a unos 20
nucletidos por segundo (la velocidad en eucariotas), ms 1 mil transcripciones pueden ser
sintetizadas en una hora de un solo gen.

Figura 6-9
Transcripcin de dos genes como se observa bajo el microscopio electrnico. La micrografa muestra
muchas molculas de ARN polimerasa transcribir simultneamente cada uno de dos genes
adyacentes. Las molculas de ARN polimerasa son visibles como una serie de puntos a lo largo de la
DNA (ms...)
Aunque ARN polimerasa cataliza esencialmente la misma qumica reaccin como polimerasa de la
DNA, hay algunas diferencias importantes entre las dos enzimas. Primera y ms obvia, la ARN
polimerasa cataliza el acoplamiento de ribonucletidos, no desoxirribonucletidos. En segundo lugar,
a diferencia de las polimerasas de la DNA en la replicacin del ADN, ARN Polimerasas pueden
iniciar una cadena de RNA sin imprimacin. Esta diferencia puede existir porque la transcripcin no
necesita ser tan precisa como rplica de la DNA (vase tabla 5-1, p. 243). A diferencia de ADN, RNA
no permanentemente almacenan informacin gentica en las clulas. Polimerasas del RNA comete un
error por cada 104 nucletidos copiados en el ARN (en comparacin con una tasa de error para copia
directa por la polimerasa de ADN de aproximadamente uno de cada 107 nucletidos), y las
consecuencias de un error en la transcripcin del RNA son mucho menos significativas que en la
replicacin del ADN.
Aunque son no casi tan exactos como las polimerasas de la DNA que repliegan la DNA polimerasas
del RNA , no obstante tener un mecanismo de correccin moderado. Si el ribonucletido incorrecta se
agrega a la cadena creciente de RNA, la polimerasa puede subir, y el sitio activo de la enzima puede
realizar una escisin reaccin que imita a la inversa de la reaccin de polimerizacin, salvo que se
utiliza agua en lugar de pirofosfato (ver figura 5-4). ARN polimerasa se desplaza alrededor de un
ribonucletido misincorporated ms de lo que hace para una correcta incorporacin, causando
supresin a ser favorecido para nucletidos incorrectos. Sin embargo, polimerasa del RNA accisas
muchas bases correctas como parte del costo para la exactitud mejorada.
Vete a:

Las clulas producen varios tipos de ARN

La mayora de los genes en de una clula ADN especifica la secuencia de aminocidos de las
protenas; las molculas de ARN que se copiaron de estos genes (que, en definitiva, dirigen la sntesis
de protenas) se llaman molculas de ARN mensajero (ARNm) . El producto final de una minora de
los genes, sin embargo, es el ARN de s mismo. Un cuidadoso anlisis de la secuencia completa del
ADN del genoma de la levadura S. cerevisiae ha descubierto genes ms 750 (algo ms del 10% del
nmero total de genes de la levadura) que producen RNA como su producto final, aunque este
nmero incluye mltiples copias de algunos genes altamente repetidos. Estos RNAs, como las
protenas, sirven como componentes estructurales y enzimticos para una amplia variedad de
procesos en la clula. En el captulo 5 nos encontramos con uno de los RNAs, la plantilla por la
enzima telomerasa. Aunque no todas sus funciones se conocen, que vemos en este captulo que
algunas molculas de ARN nuclear pequeo (snRNA) dirigen el splicing del pre-mRNA para formar
ARNm, que forman las molculas de ARN ribosmico (rRNA) el ncleo del ribosoma, y que las
molculas de ARN de transferencia (tRNA) forman los adaptadores que seleccione aminocidos y
mantienen en su lugar en un ribosoma para incorporacin en la protena (tabla 6-1).

Tabla 6-1

Principales tipos de RNAs producidos en las clulas.

Cada segmento transcrito de la DNA se llama una unidad de transcripcin. En eucariotas, una unidad
de transcripcin normalmente lleva la informacin de un geny por lo tanto los cdigos para una sola
molcula del RNA o una sola protena (o grupo de protenas relacionadas si el inicial de RNA
transcripcin se empalma en ms de una vez para producir mRNAs diferentes). En las bacterias, un
conjunto de genes adyacentes suele ser producto de trans como una unidad; por lo tanto, la molcula
de ARNm resultante lleva la informacin para varias protenas distintas.
En general, RNA constituye un pequeo porcentaje del peso seco de la clula. La mayor parte del
ARN en las clulas es rRNA; mRNA consta de solamente 3-5% del ARN total en una clula tpica de
mamfero. La poblacin de ARNm se compone de decenas de miles de especies diferentes, y hay en
promedio slo 10 a 15 molculas de cada especie de mRNA presente en cada clula.
Vete a:

Las seales codificadas en el ADN decir ARN polimerasa donde

a arranque y parada
Para transcribir un gen exactamente, ARN polimerasa debe reconocer en el genoma para iniciar y
donde terminar. La manera en que RNA polimerasas de la realizacin de estas tareas algo difiere
entre bacterias y eucariotas. Porque el proceso en las bacterias es ms simple, vemos all primero.
La iniciacin de la transcripcin es un paso muy importante en la expresin del gen debido a que es el
principal punto en el que la clula regula qu protenas deben producir y a qu ritmo. Bacteriana
polimerasa del RNA es un mltiples subunidades de complejos. Un desmontable de
subunidadllamada factor sigma (), es en gran parte responsable de su capacidad para leer las seales
en el ADN que le indican dnde comenzar a transcribir (figura 6-10). Molculas de polimerasa del
RNA se adhieren slo dbilmente a la DNA bacteriana cuando chocan con ella, y una polimerasa la
molcula tpicamente se desliza rpidamente a lo largo de la larga molcula de ADN hasta que se
disocia una vez ms. Sin embargo, cuando las diapositivas de la polimerasa en una regin en la doble
hlice del ADN llaman promotor, una secuencia especial de nucletidos que indica el punto de
partida para la sntesis de RNA, se une firmemente a ella. La polimerasa, usando su factor ,
reconoce esta secuencia de ADN haciendo contactos especficos con las porciones de las bases que se
exponen en el exterior de la hlice (paso 1 en la figura 6-10).

Figura 6-10
El ciclo de la transcripcin de la ARN polimerasa bacteriana. En el paso 1, el holoenzyme de la
polimerasa del RNA (factor de core polimerasa adems de ) forma y luego localiza un promotor (ver
figura 6-12). La polimerasa desenrolla el ADN en la posicin en que transcripcin (ms...)
Despus de la ARN polimerasa se une fuertemente al promotor ADN de esta manera, se abre la doble
hlice para exponer un corto tramo de nucleotides en cada filamento (paso 2 en la figura 6-10). A
diferencia de una helicasa de DNA reaccin (ver figura 5-15), esta apertura limitada de la hlice no
requiere la energa de la hidrlisis de ATP. En cambio, la polimerasa y ADN tanto sufren reversibles
cambios estructurales ocurridos en un estado ms enrgio favorable. Con el ADN desenrollado, uno

de los dos filamentos de ADN expuestos acta como una plantilla para la base complementaria maridaje con ribonucletidos entrantes (ver figura 6-7), dos de los cuales se unen entre s por la
polimerasa para comenzar una cadena de RNA. Despus de los primeros diez o as que nucletidos de
ARN se han sintetizado (un proceso relativamente ineficiente durante que polimerasa sintetiza y
descarta oligmeros cortos nucletidos ), el factor relaja su control apretado sobre la polimerasa y
Patrick se distancia de l. Durante este proceso, la polimerasa sufre cambios estructurales adicionales
que permitan avanzar rpidamente, transcribir sin el factor (paso 4 en la figura 6-10). Elongacin de
la cadena contina (a una velocidad de aproximadamente 50 nucletidos/seg para las polimerasas
bacterianas del RNA) hasta que la enzima encuentra con una segunda seal en el ADN, el terminator
(descrito ms abajo), donde la polimerasa se detiene y libera la plantilla de la DNA y el RNA cadena
recin hecha (paso 7 en la figura 6-10). Despus de la polimerasa ha sido lanzada en un terminator,
reassociates con un factor gratis y busca un nuevo promotor, donde puede iniciar el proceso de
transcripcin otra vez.
Varias caractersticas estructurales de la bacteriana polimerasa del RNA hacen particularmente adepto
a realizar el ciclo de transcripcin que acaba de describir. Una vez los puestos de factor la
polimerasa en el promotor y la plantilla de ADN ha sido desenrollada y empuj al sitio activo, un par
de mandbulas mviles est pensado para sujetar sobre el ADN (figura 6-11). Cuando los primeros 10
nucletidos han sido transcritas, la disociacin de permite una aleta en la parte posterior de la
polimerasa para formar a un tnel de salida a travs del cual el RNA recin hecho abandona la
enzima. Con la polimerasa funciona ahora en su modo de alargamiento, continuamente de una timncomo la estructura de la enzima pries aparte el hbrido ADN-ARN formado. Podemos ver la serie de
cambios conformacionales que ocurre durante la iniciacin de la transcripcin como un ajuste
sucesivos de la enzima en el ADN y el ARN para que no disocian antes que haya terminado de
transcribir un gen. Si un ARN polimerasa disociar prematuramente, no se puede reanudar la sntesis
pero debe empezar de nuevo en el promotor.

Figura 6-11
La estructura de una RNA polimerasa bacteriana. Dos representaciones de la estructura
tridimensional de una bacteriana polimerasa del RNA, DNA y RNA modeladas en. Esta polimerasa
de ARN est formada por cuatro subunidades diferentes, indicados por diferentes colores (derecha).
(ms...)
Cmo detener la polimerasa alarga las seales en el ADN (seales de terminacin)? Para la mayora
de los genes bacteriana una seal de terminacin consiste en una cadena de pares de nucletidos A-t
precedido por una secuencia de ADN simtrica doble, que, cuando se transcribe en el RNA, pliegues
en una "horquilla" se estructuran a travs de Watson-Crick base-apareamiento (vea la figura 6-10).
Como la polimerasa transcribe a travs de un adaptador, la horquilla puede ayudar a la cua abre la
aleta movible en la polimerasa del RNA y RNA transcripcin desde el tnel de salida. Al mismo
tiempo, el hbrido ADN-ARN en el sitio activo, que se mantiene unida predominante por U-A pares
de bases (que son menos estables que los pares de bases - C Gporque forman dos en lugar de tres
enlaces de hidrgeno por cada par de base), no es lo suficientemente resistente como para mantener el
ARN en su lugar, y disocia provocando la liberacin de la polimerasa de la DNA , tal vez por obligar
a abrir sus mandbulas. As, en algunos aspectos, terminacin de transcripcin parece implicar la
reversin de las transiciones estructurales que ocurren durante la iniciacin. El proceso de
terminacin tambin es un ejemplo de un tema comn en este captulo: la capacidad de doblar en
estructuras especficas figuras prominantly en muchos aspectos de la decodificacin del genoma de
ARN.
Vete a:

Inicio de la transcripcin y seales de parada son heterogneas

en la secuencia de nucletidos
Como hemos visto, los procesos de transcripcin iniciacin y terminacin implican una compleja
serie de transiciones estructurales en protenas, DNAy RNA molculas. Quizs no es sorprendente
que las seales codificadas en el ADN que especifican estas transiciones son difciles para los
investigadores a reconocer. De hecho, una comparacin de muchos promotores bacterianos diferentes
revela que son heterogneos en la secuencia de la DNA. Sin embargo, contienen secuencias
relacionadas, reflejando en parte aspectos del ADN que son reconocidos directamente por el factor .
Estas caractersticas comunes se resumen a menudo bajo la forma de una secuencia consenso (figura
6-12). En general, se deriva una secuencia de nucletidos consenso comparando muchas secuencias
con la misma funcin bsica y un recuento hasta el nucletido ms comun encontrado en cada
posicin. Por lo tanto sirve como un resumen o "promedio" de un gran nmero de secuencias de
nucletidos individuales.

Figura 6-12
Secuencia de consenso para la clase principal de los promotores de e. coli . (A) los promotores se
caracterizan por dos secuencias de la DNA del hexmero, la secuencia de-35 y la secuencia-10
llamado as por su ubicacin aproximada respecto al punto de inicio de la transcripcin (sealado
(ms...)
Una de las razones que los promotores bacterianos difieren en la secuencia de ADN es que la
secuencia precisa determina la fuerza (o nmero de eventos de iniciacin por unidad de tiempo) del
promotor. Procesos evolutivos han ajustado as cada promotor para iniciar tantas veces como sea
necesario y han creado una amplia gama de promotores. Promotores de genes que cdigo para
protenas abundantes son mucho ms fuertes que los asociados con genes que codifican protenas
raras, y sus secuencias de nucletidos son responsables de estas diferencias.
Como bacterianas promotores, terminadores de transcripcin tambin incluyen una amplia gama de
secuencias, con el potencial para formar una estructura de RNA simple, siendo la caracterstica
comn ms importante. Puesto que un nmero casi ilimitado de secuencias de nucletidos tiene este
potencial, terminator las secuencias son mucho ms heterogneas que los de los promotores.
Hemos discutido bacterianas promotores y terminadores en detalle para ilustrar un punto importante
en relacin con el anlisis de las secuencias del genoma . Aunque conocemos mucho sobre
terminadores y promotores bacterianos y pueden desarrollar secuencias de consenso que resumen sus
caractersticas ms salientes, su variacin en la secuencia de nucletidos hace difcil para los
investigadores (aun cuando con la ayuda de ordenadores potentes) definitivamente localizarlos
simplemente por inspeccin de la secuencia de nucletidos de un genoma. Cuando nos encontramos
con tipos anlogos de secuencias en eucariotas, el problema de la situacin les es ms difcil. A
menudo, se necesita informacin adicional, parte de la experimentacin directa, para localizar con
precisin las seales cortas de ADN en genomas.
Promotor secuencias son asimtrica (ver figura 6-12), y esta caracterstica tiene importantes
consecuencias para su arreglo en genomas. Puesto que el ADN es bicatenario, dos diferentes
molculas de ARN podran en principio ser transcrito de cualquier gene, cada uno de los dos
filamentos de ADN usando como plantilla. Sin embargo un gen normalmente tiene slo un nico
promotor, y porque las secuencias de nucletido de los promotores bacterianos (como las) son
asimtricas la polimerasa puede enlazar en solamente una orientacin. La polimerasa as no tiene

ninguna opcin pero al transcribir un filamento de la DNA, ya que puede sintetizar RNA solamente
en el 5 a 3 direccin (figura 6-13). La eleccin del filamento de la plantilla para cada gen es por lo
tanto determinado por la ubicacin y orientacin del promotor. Las secuencias del genoma revelan
que la cadena de ADN utilizada como plantilla para la sntesis de ARN vara de un gen a gen (figura
6-14; ver tambin figura 1-31).

Figura 6-13
La importancia de la orientacin de la ARN polimerasa. La DNA del filamento que sirve como
plantilla debe atravesar en un 3 ' a 5 de la direccin, como se ilustra en la figura 6-9. As, la direccin
del movimiento de la polimerasa del RNA determina que el ADN de dos filamentos (ms...)

Figura 6-14
Direcciones de transcripcin a lo largo de una corta porcin de un cromosoma bacteriano. Algunos
genes se transcriben utilizando un filamento de la DNA como plantilla, mientras que otros se
transcriben usando el filamento de la DNA. La direccin de la transcripcin est determinada por el
promotor (ms...)
Habiendo examinado la transcripcin en bacterias, pasamos ahora a la situacin en eucariotas, donde
la sntesis de molculas de ARN es un asunto mucho ms elaborado.
Vete a:

Iniciacin de la transcripcin en eucariotas requiere muchas

protenas
En contraste con las bacterias, que contienen un solo tipo de ARN polimerasa, ncleos eucariotos
tienen tres, llamado ARN polimerasa I, ARN polimerasa II, y ARN polimerasa III. Las tres
Polimerasas son estructuralmente similares a uno otro (y la bacteriana enzima). Comparten muchas
caractersticas estructurales y algunas subunidades comunes, pero transcriben distintos tipos de genes
(tabla 6-2). ARN Polimerasas I y III transcribe los genes que codifican ARN de transferencia, ARN
ribosmico y varios ARNs pequeos. ARN polimerasa II transcribe la gran mayora de los genes,
incluyendo aquellos que codifican protenas, y nuestra discusin se centra, por tanto, en esta enzima.

Tabla 6-2

Las tres Polimerasas del RNA en clulas eucariotas.

Aunque las ARN polimerasa II tiene muchas similitudes estructurales a la ARN polimerasa
bacteriana (figura 6-15), hay algunas importantes diferencias en la manera en que las enzimas
bacterianas y eucariotas funcin, dos que se refieren nos inmediatamente.

Figura 6-15
Similitud estructural entre una ARN polimerasa bacteriana y una eucariotas ARN polimerasa II.
Regiones de las dos Polimerasas del RNA que tienen estructuras similares estn indicadas en verde.
La polimerasa eucariotas es ms grande que la enzima bacteriana (12 subunidades (ms...)
1.
Mientras que la bacteriana polimerasa del RNA (con factor como una de sus subunidades)
es capaz de iniciar la transcripcin de un ADN plantilla in vitro sin la ayuda de protenas
adicionales, las ARN Polimerasas no pueden. Necesitan la ayuda de un gran conjunto de
protenas llamadas factores de transcripcin generalesque debe reunir en el promotor con la
polimerasa antes de la polimerasa puede iniciar la transcripcin.
2.
Iniciacin de la transcripcin eucariotas debe lidiar con el embalaje del ADN en los
nucleosomas y formas de orden ms alto de la estructura de la cromatina , caractersticas
ausentes de los cromosomas bacterianos.
Vete a:

Polimerasa II del RNA requiere factores de transcripcin

General
El descubrimiento de que, a diferencia de la bacteriana polimerasa del RNA, haba purificada
eucariotas ARN polimerasa II no podra iniciar la transcripcin in vitro conducido al descubrimiento
y purificacin de los factores ms necesarios para este proceso. Estos factores de transcripcin
generales ayuda a posicionar correctamente la ARN polimerasa en el promotor, ayuda en
separndolas de las dos hebras de ADN para permitir la transcripcin comenzar y polimerasa del
RNA de la promotora en el modo de elongacin una vez soltado ha comenzado la transcripcin. Las
protenas son "generales" porque monta sobre todo promotores utilizados por ARN polimerasa II;
consistente en un conjunto de protenas obran recprocamente, son designados como TFII (para el
factor de la transcripcin por la polimerasa II) y como TFIIA, TFIIB y as sucesivamente. En un
sentido amplio, los factores de transcripcin generales eucariotas realizan funciones equivalentes a las
del factor en bacterias.
Figura 6-16 muestra cmo los factores de transcripcin general montan in vitro en promotores
utilizados por la ARN polimerasa II. El proceso comienza con el atascamiento del factor de
transcripcin general TFIID a una secuencia corta de ADN doble helicoidal principalmente
compuesta de nucletidos T y A. Por esta razn, esta secuencia es conocida como la secuencia
TATA, o caja de TATAy la subunidad de TFIID que reconoce se peda TBP (TATA- protena). La

caja TATA es 25 nucletidos tpicamente situados aguas arriba del sitio de inicio de transcripcin. No
es la nica secuencia de ADN que indica el comienzo de la transcripcin (figura 6-17), pero para la
mayora de los promotores polimerasa II, es el ms importante. La Unin de TFIID provoca una gran
distorsin en el ADN de la caja TATA (figura 6-18). Esta distorsin se piensa para servir como un
punto de referencia fsico para la ubicacin de un activo promotor de en medio de un gran genoma, y
trae secuencias de ADN en ambos lados de la distorsin para permitir pasos de ensamblaje de
protena posterior. Otros factores entonces se ensamblan, junto con la ARN polimerasa II, para
formar una completa transcripcin iniciacin complejo (ver figura 6-16).

Figura 6-16
Iniciacin de la transcripcin de un gen de eucariotes por ARN polimerasa II. Para iniciar la
transcripcin, la ARN polimerasa requiere un nmero general de factores de transcripcin (llamado
TFIIA, TFIIB y as sucesivamente). (A) el promotor contiene una secuencia de ADN llamada el
TATA (ms...)

Figura 6-17
Secuencias de consenso encontradas en las cercanas de las ARN polimerasa II iniciar puntos. El
nombre dado a cada secuencia de consenso (primera columna) y el factor de transcripcin general
que reconoce (ltima columna) se indican. N indica cualquier nucletido, (ms...)

Figura 6-18
Estructura tridimensional de la TBP (TATA-protena) a ADN. La TBP es la subunidad del factor
general de transcripcin TFIID que se encarga de reconocer y unirse a la secuencia de la caja TATA
en el ADN (rojo). El nico ADN de flexin (ms...)

Despus de ARN polimerasa II se ha guiado por el promotor ADN para formar una transcripcin
iniciacin complejo, debe acceder a la cadena en el punto de inicio de transcripcin . Este paso es
ayudado por uno de los factores de transcripcin generales, TFIIH, que contiene un DNA helicase. A
continuacin, como la polimerasa bacteriana, polimerasa II permanece en el promotor, sintetizar
segmentos cortos de ARN hasta que sufre un cambio conformacional y es liberado para comenzar a
transcribir un gen. Un paso clave en esta versin es la adicin de grupos fosfato a la "cola" de la ARN
polimerasa (conocida como la CTD o c-terminal dominio). Esta fosforilacin es catalizada tambin
por TFIIH, que, adems de una helicasa, contiene una protena quinasa como una de sus subunidades
(vase figura 6-16, D y E). La polimerasa entonces puede desengancharse de la agrupacin de
factores de transcripcin generales, sometidos a una serie de cambios conformacionales que apriete
su interaccin con el ADN y la adquisicin de nuevas protenas que le permiten transcribir para largas
distancias sin disociar.
Una vez que la polimerasa II ha comenzado alarga la transcripcindel RNA , la mayora de los
factores de transcripcin generales es liberada de la DNA para que estn disponibles para iniciar otra
ronda de transcripcin con una nueva molculadel ARN polimerasa . Como vemos poco, la
fosforilacin de la cola de la ARN polimerasa II produce tambin componentes de la maquinaria de
procesamiento de RNA para cargar a la polimerasa y as estar en condiciones de modificar el ARN
recin transcrito desprende la polimerasa.
Vete a:

Polimerasa II tambin requiere activador, mediador y

protenas modificadores de la cromatina
El modelo para la iniciacin de la transcripcin de describir fue establecido mediante el estudio de la
accin de la ARN polimerasa II y sus factores de transcripcin general en purificado ADN plantillas
in vitro. Sin embargo, como comentamos en el captulo 4, ADN en clulas eucariotas est
empaquetado en nucleosomas, que ms se arreglan en estructuras de orden superior la cromatina .
Como resultado, iniciacin de la transcripcin en una clula eucariotas es ms compleja y requiere
ms protenas que hace en el ADN purificado. En primer lugar, protenas reguladoras de genes
conocidas como activadores transcripcionales se unen a secuencias especficas de ADN y ayudan a
atraer la polimerasa II del RNA para el punto de inicio de la transcripcin (figura 6-19). Esta
atraccin es necesario para ayudar a la ARN polimerasa y los factores de transcripcin general en la
superacin de la dificultad de unin a ADN empaquetado en cromatina. Discutimos el rol de
activadores en el captulo 7, porque representan una de las maneras principales en que clulas regulan
la expresin de sus genes. Aqu simplemente podemos observar que su presencia en el ADN es
necesario para la iniciacin de la transcripcin en una clula eucariotas. En segundo lugar, las
transcripcin iniciacin in vivo requiere la presencia de una protena compleja conocida como el
mediador, que permite a las protenas del activador para comunicarse correctamente con la
polimerasa II y con los factores de transcripcin generales. Finalmente, la iniciacin de la
transcripcin en la clula a menudo requiere la contratacin local de modificadores de la cromatina
enzimas, incluyendo los complejos de remodelacin de cromatina y acetilasas de histonas (ver figura
6-19). Como comentamos en el captulo 4, ambos tipos de enzimas pueden permitir mayor
accesibilidad a la DNA en la cromatina, y haciendo as, facilitan el montaje de la maquinaria de
iniciacin de transcripcin en el ADN.

Figura 6-19

Iniciacin de la transcripcin por la ARN polimerasa II en una clula eucariotas. Transcripcin

iniciacin en vivo requiere la presencia de las protenas del activador transcripcional. Como se
describe en el captulo 7, estas protenas se unen a secuencias cortas especficas en el ADN. Aunque
(ms...)
Como se ilustra en la figura 6-19, deben reunir muchas protenas (subunidades individuales de ms de
cien) en el punto de inicio de la transcripcin para iniciar la transcripcin en una clula eucariotas. El
orden de ensamblaje de estas protenas es probablemente diferente para diferentes genes y por lo
tanto no puede seguir un camino prescrito. De hecho, algunos de estos conjuntos diferentes de
protena pueden interactuar con los dems de la DNA y se trajo al ADN como Subcomplejos mando
preformado. Por ejemplo, el mediador, ARN polimerasa II y algunos de los factores de transcripcin
general pueden enlazar entre s en el nucleoplasia y tradas al ADN como una unidad. Volvemos a
este tema en el captulo 7, donde discutimos las muchas maneras en las clulas pueden regular el
proceso de la iniciacin de la transcripcin.
Vete a:

Elongacin de la transcripcin produce tensin Superhelical en

ADN
Una vez que ha iniciado la transcripcin, RNA polimerasa no procede suavemente a lo largo de una
molculade ADN ; algo se mueve bruscamente, haciendo una pausa en algunas secuencias y
transcribir rpidamente a travs de otros. Alarga ARN Polimerasas, bacterianos y eucariotas, estn
asociados con una serie de factores de elongacin, protenas que disminuyen la probabilidad de que
la ARN polimerasa se disocian antes de que llegue el final de un gen. Estos factores normalmente
asocian con la polimerasa del RNA poco despus de que ha ocurrido la iniciacin y ayudar a
polimerasas para moverse a travs de la amplia variedad de diferentes secuencias de ADN que se
encuentran en los genes. Las ARN Polimerasas tambin deben lidiar con la estructura de la cromatina
como se mueven a lo largo de una plantillade la DNA. Experimentos han demostrado que
polimerasas bacterianas, que nunca encuentran nucleosomas in vivo, sin embargo pueden transcribir a
travs de ellos en vitro, sugiriendo que un nucleosoma es fcilmente atravesado. Sin embargo, las
polimerasas tienen para moverse a travs de formas de la cromatina ms compactas que una simple
nucleosoma. Por lo tanto, parece probable que transcriben con la ayuda de la cromatina remodelado
complejos (vea pgs. 212 213). Estos complejos pueden mover con la polimerasa o simplemente
pueden buscar y rescatar la polimerasa estancada ocasional. Adems, algunos factores de elongacin
asociados a eucariotas ARN polimerasa facilitan la transcripcin a travs de nucleosomas sin requerir
energa adicional. No se entiende todava cmo esto se logra, pero estas protenas pueden ayudar a
desalojar las piezas del ncleo del nucleosoma como la polimerasa transcribe el ADN de un
nucleosoma.
Hay an otra barrera para alargar las polimerasas bacterianas y eucariotas. Para hablar de este tema,
debemos primero considerar una propiedad sutil inherente a la doble hlice del ADN llamado
superenrollamiento de ADN. Superenrollamiento de ADN representa una conformacin que ADN
adoptar en respuesta a tensin superhelical; por el contrario, la creacin de varios bucles o bobinas
en la hlice puede crear tal tensin. Una forma sencilla de visualizar las limitaciones topolgicas que
causan superenrollamiento del ADN se ilustra en la figura 6-20A. Hay aproximadamente 10 pares de
nucletidos por cada vuelta helicoidal en una doble hlice de ADN. Imaginar una hlice cuyos dos
extremos son fijos con respecto a ellas (como en un crculo de DNA, tales como un bacteriano
cromosoma, o en un lazo firmemente sujeta, como se cree que existen en los cromosomas eucariotes).
En este caso, un gran supercoil de DNA se forma para compensar cada 10 pares de nucletidos que se
abren (perdido). La formacin de este supercoil es enrgio favorable ya que aporta un giro helicoidal
normal al de la base-junto a las regiones que quedan, que de lo contrario tendra que ser una debido a
los extremos fijos.

Figura 6-20
Superhelical tensin en el ADN produce superenrollamiento de ADN. (A) para una molcula de ADN
con un extremo libre (o un nick en un filamento que sirve como un eslabn giratorio), la doble hlice
de ADN gira una vuelta por cada 10 pares de nucletidos abierto. (B) si se impide la rotacin, (ms...)
Tambin se crea tensin superhelical como RNA polimerasa se mueve a lo largo de un tramo de
ADN que est anclada en sus extremos (figura 6-20 C). Como la polimerasa no est libre para girar
rpidamente (y rotacin es poco probable dado el tamao de las Polimerasas del RNA y sus
transcripciones adjuntas), una movimiento polimerasa genera tensin superhelical positiva en el ADN
frente a ella y la tensin helicoidal negativa detrs de l. Para eucariotas, esta situacin est pensada
para proporcionar un bono: la tensin superhelical positivo por delante de la polimerasa hace ms
difcil abrir la hlice del ADN, pero esta tensin debe facilitar el desenvolver de ADN en los
nucleosomas, como la liberacin de ADN de la histonas core ayuda a relajar tensin superhelical
positiva.
Cualquier protena que se propulsa nicamente a lo largo de una hebra de DNA de doble hlice tiende
a generar tensin superhelical. En eucariotas, las enzimas topoisomerasa de ADN quitar rpidamente
esta tensin superhelical (vase la p. 251). Sin embargo, en bacterias, una topoisomerasa
especializada denominada girasa de ADN utiliza la energa de la hidrlisis de ATP para bomba
superenrollamientos continuamente en el ADN, manteniendo el ADN bajo tensin constante. Estas
son negativos superenrollamientos, tener el uso de las manos enfrente de los superenrollamientos
positivos que se forman cuando una regin de la hlice de ADN se abre (ver figura 6-20B). Estos
superenrollamientos negativos se eliminan bacterias cada vez que una regin de la hlice de ADN se
abre, reduciendo la tensin superhelical. Girasa de ADN por lo tanto hace la apertura de la hlice del
ADN en bacterias enrgio favorables en comparacin con la hlice en ADN que no est
superenrollado. Por esta razn, generalmente facilita esos procesos genticos en bacterias, incluyendo
la iniciacin de la transcripcin por polimerasa del RNAde la bacteriana, que requieren la apertura de
la hlice (ver figura 6-10).
Vete a:

Elongacin de la transcripcin en eucariotas se acopla

firmemente a ARN de procesamiento
Hemos visto que mRNAs bacterianos son sintetizados por la ARN polimerasa de arranque y parada
en puntos especficos en el genoma. La situacin en eucariotas es sustancialmente diferente. En
particular, la transcripcin es slo el primer paso en una serie de reacciones que incluye la
modificacin covalente de ambos extremos del ARN y la eliminacin de las secuencias del intrn que
son desechados por el proceso de empalme de RNA (figura 6-21) desde el centro de la transcripcin
del RNA. Las modificaciones de los extremos de las mRNA son capsular en el extremo 5 y
poliadenilacin del extremo 3 ' (figura 6-22). Estos fines especiales permiten la celda determinar si
ambos extremos de una molcula de mRNA estn presentes (y por lo tanto est intacto el mensaje)
antes de que exporta la secuencia de ARN desde el ncleo para la traduccin a protena. En el
captulo 4, vimos que un tpico las gene est presente en el genoma como bloques cortos de secuencia
codificante de la protena (exones) separados por intrones muchos, y empalme del RNA es el paso
crucial en la que se unen entre s las diferentes partes de una protena secuencia de codificacin.

Como describimos a continuacin, RNA splicing tambin proporciona mayor eucariotas capaces de
sintetizar varias protenas diferentes del mismo gen.

Figura 6-21
Resumen de los pasos previos del gen a la protena en bacterias y eucariotas. El ltimo nivel de una
protena en la clula depende de la eficacia de cada paso y en las tasas de degradacin de las
molculas de ARN y protena. (A) en las clulas (ms...)

Figura 6-22
Una comparacin de las estructuras de las molculas de ARNm de procariotas y eucariotas. (A) los
extremos 5 y 3 de un mRNA bacteriano son los extremos sin modificar de la cadena sintetizado por
la ARN polimerasa, que inicia y termina la transcripcin (ms...)
Estos pasos de proceso del ARN estn fuertemente acoplados a elongacin de la transcripcin por un
ingenioso mecanismo. Como comentamos anteriormente, un paso clave de la transicin de la ARN
polimerasa II en el modo de alargamiento de la sntesis de ARN es una extensa la fosforilacin de la
cola RNA polimerasa II, llamada el CCD. Este dominio del c-terminal de la mayor subunidad consta
de una variedad de largo tndem de un repetido siete-amino-cido secuencia, que contiene dos serinas
por repeticin que puede ser phosphorylated. Porque hay 52 repeticiones en el CCD de la humana
ARN polimerasa II, aadir su fosforilacin completa 104 carga negativa grupos fosfato a la
polimerasa. Este paso de la fosforilacin no slo disocia de la ARN polimerasa II de otras protenas
presentes en el punto de inicio de la transcripcin, permite tambin un nuevo conjunto de protenas
para asociar a la cola de la polimerasa del RNA que funcionan en la elongacin de la transcripcin y
procesamiento demRNA previo. Como se indica a continuacin, algunas de estas protenas de
procesamiento parecen a "saltar" de la cola de la polimerasa en la naciente de RNA molcula para
comenzar a procesar que emerge de la ARN polimerasa. As, la ARN polimerasa II en su modo de
alargamiento puede considerarse como una fbrica del RNA que transcribe el ADN en el ARN y el
ARN produce (figura 6-23 los procesos).

Figura 6-23
El concepto de "Fbrica de RNA" de eucariotas ARN polimerasa II. No slo hace la polimerasa
transcribir el ADN en ARN, pero tambin lleva las protenas pre-mRNA-procesando en su cola, que
se transfieren del ARN naciente apropiado (ms...)
Vete a:

Tapado de ARN es la primera modificacin de los Pre-mRNAs

eucariotas
Tan pronto como la ARN polimerasa II ha producido unos 25 nucletidos de ARN, el extremo 5 de
la nueva molcula del RNA se modifica por la adicin de un "tapn" que consiste en un modificado
de guanina nucletido (ver figura 6-22B). El tapado de reaccin se realiza por tres enzimas que
actan en la sucesin: uno (una fosfatasa) quita un fosfato del extremo 5 del ARN naciente, otro
(Guanil transferasa) aade un GMP en reversa acoplamiento (5 a 5 en vez de 5 a 3), y un tercero
(una transferasa metil) aade un grupo metilo a la guanosina (figura 6-24). Porque todas las tres
enzimas se unen a la cola de la polimerasa del RNA fosforilada, ellos estn a punto de modificar el
extremo 5 de la naciente transcripcin tan pronto como emerge de la polimerasa.

Figura 6-24
Las reacciones que tapn el extremo 5 de cada molcula de RNA sintetizado por la ARN polimerasa
II. La tapa final contiene una novela 5 a 5 vinculacin de los residuos cargados positivamente de G
7-metil y el extremo 5 de la RNA transcripcin (ms...)
La tapa de la 5-metil seala el extremo 5 de mRNAs eucariotas y este ayuda a la clula para
distinguir mRNAs de los otros tipos de molculas de ARN presentes en la clula . Por ejemplo, ARN
Polimerasas I y III producir RNAs destapados durante la transcripcin, en parte porque estas
polimerasas tienen colas. En el ncleo, la tapa une una protena complejo llamado CBC (cap-enlace
complejo), que, como discutimos en las secciones posteriores, el ARN para ser debidamente
procesados y exportados. La tapa de metilo 5 tambin tiene un papel importante en la traduccin de
mRNAs en el citosol como discutimos ms adelante en el captulo.
Vete a:

Splicing de ARN elimina las secuencias del intrn de PremRNAs recin transcrito
Como comentamos en el captulo 4, la protena codificacin de secuencias de las genes son
generalmente interrumpidos por noncoding secuencias intervinientes (intrones). Descubierto en 1977,
esta caracterstica de los genes eucariotas fue una sorpresa para los cientficos, que haban sido, hasta
ese momento, slo con genes bacterianos, que consisten en tpicamente un tramo continuo de la
codificacin de ADN que se transcribe directamente en mRNA. En marcado contraste, se encontraron
genes eucariotes estar roto para arriba en pedazos pequeos de codificacin secuencia (expresa
secuencias o exones) intercalada con mucho ms largas secuencias intervinientes o intrones; por lo
tanto la parte de codificacin de un gen de las a menudo es slo una pequea fraccin de la longitud
del gen (figura 6-25).

Figura 6-25
Estructura de dos genes humanos que muestran el arreglo de los exones y los intrones. (A) el gen globina relativamente pequeo, que codifica una de las subunidades de la hemoglobina protena
transportadora de oxgeno, contiene 3 exones (vase tambin figura 4-7). (B) la cantidad (ms...)
Secuencias del intrn y el exn se transcriben en el RNA. Las secuencias del intrn se extraen en el
RNA recin sintetizado a travs del proceso de empalme de RNA. La gran mayora de empalme de
RNA que se produce en las funciones de las clulas en la produccin de mRNAy nuestra discusin se
centra en este tipo de empalme. Se denomina empalme para denotar que se produce en las molculas
de ARN destinadas a convertirse en mRNAs de mRNA precursor (o pre-mRNA). Slo despus de 5
y 3 procesamiento y empalme han tomado lugar es tal RNA denominado mRNA.
Cada evento que empalma remueve un intrn, procediendo a travs de dos reacciones de transferencia
de fosforilo alternativamente conocidas como transesterificacin; Estos se unen a dos exones y
eliminacin del intrn como un "lazo" (figura 6-26). Debido a que el nmero de enlaces de fosfato es
lo mismo, estas reacciones podran en principio ocurrir sin hidrlisis de nuclesidos trifosfato. Sin
embargo, la maquinaria que cataliza antes de empalmar demRNA es complejo, que consta de 5 ms
molculas de ARN y ms de 50 protenas, e hidroliza muchas molculas de ATP por evento de
empalme. Esta complejidad es probablemente necesario para asegurar que empalme es altamente
exacto, al mismo tiempo suficientemente flexible para hacer frente a la enorme variedad de intrones
encontrados en una tpica clula eucariotas. Errores frecuentes en la RNA daara severamente la
clula, como pueden provocar mal funcionamiento de las protenas. En el captulo 7 vemos que
cuando se producen raros errores que empalma, la clula tiene un dispositivo "a prueba de fallos"
para eliminar los mRNAs mal empalmados.

Figura 6-26
La reaccin del splicing del RNA. (A) en el primer paso, un nucletido de adenina especficas en la
secuencia del intrn (indicado en rojo) ataca el sitio de empalme de 5 y cortes del azcar-fosfato del
ARN en este punto. El extremo 5 de corte (ms...)
Puede parecer desmedido remover gran nmero de intrones por empalmar del RNA. Al intentar
explicar por qu ocurre, los cientficos han sealado que el exn-intrn arreglo parece facilitar la
aparicin de protenas nuevas y tiles. As, la presencia de numerosos intrones en el ADN permite la
recombinacin gentica combinar fcilmente los exones de genes diferentes (vase la p. 462),
permitiendo a los genes para nuevas protenas evolucionar ms fcilmente por la combinacin de
partes de genes preexistentes. Esta idea es apoyada por la observacin, que se describe en el captulo
3, que muchas protenas en las clulas actuales se asemejan a remiendos compuestos de un conjunto
comn de piezas de la protena , llamada protena dominios.
Empalme de RNA tambin tiene una ventaja actual. La transcripcin de muchos genes eucariotes
(estimados en un 60% de los genes en los seres humanos) est empalmados en una variedad de
maneras diferentes para producir un conjunto de mRNAs diferentes, lo que permite un conjunto
correspondiente de protenas diferentes que se producir del mismo gen (figura 6-27). Se discuten
ejemplos adicionales de alternativa de empalme en el captulo 7, ya que tambin es uno de los
mecanismos que las clulas utilizan para cambiar la expresin de sus genes. En lugar de ser el

proceso de despilfarro que puede parecer a primera vista, empalme de RNA permite eucariotas
aumentar el ya enorme potencial de codificacin de sus genomas. Regresamos a esta idea varias
veces en este captulo y el siguiente, pero primero tenemos que describir la maquinaria celular que
realiza esta tarea notable.

Figura 6-27
Splicing alternativo del gen -tropomiosina de rata. -tropomiosina es una protena de bobina en
espiral (ver figura 3-11) que regula la contraccin de las clulas musculares. La transcripcin
primaria se puede empalmar de diferentes maneras, como se indica en la (ms...)
Vete a:

Seal de secuencias de nucletidos donde empalmar ocurre

Varan en tamao de unos 10 nucletidos a ms 100.000 nucletidos en intrones. Seleccin las
fronteras precisas de un intrn es muy difcil para los cientficos a hacer (incluso con la ayuda de
computadoras) cuando se enfrenta con una secuencia completa de genoma de un eucariota. La
posibilidad de empalmar alternativo agrava el problema de predecir secuencias de protena
nicamente de una secuencia del genoma. Esta dificultad constituye uno de los principales obstculos
para identificar todos los genes en una secuencia del genoma completo, y es la razn principal de que
sabemos que slo el nmero aproximado de genes, por ejemplo, el genoma humano. Sin embargo,
cada clula en nuestro cuerpo reconoce y accisas rpidamente las secuencias del intrn adecuado con
alta fidelidad. Hemos visto que retiro del intrn secuencia consiste en tres posiciones en el RNA: el
sitio de empalme de 5, el sitio de empalme 3 ' y el poder del punto en la secuencia del intrn que
forma la base de la lariat suprimido. En pre-mRNA , cada uno de estos tres sitios tiene una secuencia
de nucletidos de un consenso que es similar de un intrn a intrn, proporciona la clula seales en
donde empalmar es ocurrir (figura 6-28). Sin embargo, existe bastante variacin en cada secuencia
para que sea muy difcil para los cientficos seleccionar todas las muchas seales que empalma en una
secuencia del genoma.

Figura 6-28
El consenso secuencias de nucletidos en una molcula de RNA que sealan el principio y el fin de la
mayora de intrones en los seres humanos. Slo los tres bloques de secuencias de nucletidos que se
muestra estn obligados a eliminar una secuencia del intrn; el resto del intrn puede ser ocupados
(ms...)
Vete a:

Splicing de ARN se realiza por el espliceosoma

A diferencia de los otros pasos de la produccin de mRNA que hemos discutido, RNA splicing se
realiza en gran parte por molculas de ARN en lugar de protenas. Las molculas de ARN reconocen
intrn-exn fronteras y participan en la qumica de empalme. Estas molculas de RNA son
relativamente cortos (menos de 200 nucletidos) y existen cinco de ellos (U1, U2, U4, U5 y U6) en la

forma principal de splicing pre-mRNA. Conocido como snRNAs (RNAs nucleares pequeo), cada
uno es complexed con al menos siete subunidades proteicas para formar un RNPnp
(ribonucleoprotena nuclear pequea). Estos snRNPs forman la base del espliceosoma, la gran
Asamblea de las molculas de ARN y protena que realiza empalmar pre-mRNA de la clula.
El espliceosoma es una mquina dinmica; como vemos a continuacin, est montado en el premRNA de componentes separados, y piezas de entraran y dejan como el que empalma la reaccin
procede (figura 6-29). Durante la reaccin de splicing, el reconocimiento de la Unin de empalme de
5, el sitio del punto de rama y la ensambladura del empalme 3 ' se realiza en gran parte a travs de la
base-maridaje entre los snRNAs y las secuencias de RNA de consenso en el pre-mRNA de sustrato
(figura 6-30). En el curso de empalme, el espliceosoma somete a varios turnos en el que un conjunto
de interacciones de pares de base se rompe y otro est formado en su lugar. Por ejemplo, U1 es
sustituido por U6 en la ensambladura del empalme de 5 (ver figura 6-30A). Como veremos, este tipo
de cambio de RNA-RNA (en el que la formacin de una interaccin de la RNA-RNA requiere la
interrupcin de otro) se produce varias veces durante la reaccin de splicing. Permite la
comprobacin y rechecking de secuencias de ARN antes de la reaccin qumica pueda proceder,
aumentando as la precisin del empalme.

Figura 6-29
El mecanismo de splicing del RNA. Empalme de RNA es catalizado por una Asamblea de los
snRNPs (se muestra como crculos de color) adems de otras protenas (ms del que no se muestran),
que juntos constituyen el espliceosoma. El espliceosoma reconoce las seales de splicing en (ms...)

Figura 6-30
Varios de los cambios que tienen lugar en el espliceosoma durante splicing pre-mRNA. Se muestra
aqu son los detalles de la levadura Saccharomyces cerevisiae, en la que las secuencias de nucletido
involucradas son ligeramente diferentes de las clulas humanas. (ms...)
Vete a:

El espliceosoma utiliza hidrlisis de ATP para producir una

compleja serie de cambios de ARN-ARN
Aunque no es necesario para la qumica del RNA empalme propiamentehidrlisis de ATP, es
necesario para el montaje paso a paso y los cambios del espliceosoma. Algunas de las protenas
adicionales que componen el espliceosoma son RNA helicasas, que utilizan la energa de la hidrlisis

de ATP para romper existentes interacciones RNA-RNA para permitir la formacin de nuevos. De
hecho, todos los pasos que se muestra anteriormente en la figura 6-29 excepto la Asociacin de
BBP en el punto de entronque del sitio y RNPnp U1 con el 5 empalme sitio requiere hidrlisis de
ATP y protenas adicionales. En total, ms de 50 protenas, los que forman los snRNPs, incluidos se
requieren para cada evento que empalma.
Los cambios que requieren ATP RNA-RNA que se realizan en el espliceosoma se producen dentro de
los snRNPs ellos mismos y entre los snRNPs y el pre-mRNA sustrato. Uno de los papeles ms
importantes de estos cambios es la creacin del sitio cataltico activo del espliceosoma. La estrategia
de creacin de un sitio activo solamente despus de la Asamblea y el cambio de componentes que
empalma en un sustrato pre-mRNA es una manera importante de prevenir el empalme dscolo.
Tal vez la caracterstica ms sorprendente del espliceosoma es la naturaleza del sitio cataltico s
mismo: es en gran parte (por no decir exclusivamente) formado por molculas de ARN en lugar de
protenas. En la ltima seccin de este captulo que se discuten en general trminos las propiedades
estructurales y qumicas del ARN que le permiten llevar a cabo catlisis; aqu slo necesitamos
considerar que los snRNAs U2 y U6 en el espliceosoma forman una precisa estructura tridimensional
de RNA que yuxtapone el sitio de empalme de 5 del pre-mRNA con el sitio de punto de bifurcacin
y probablemente realiza la primera transesterificacin reaccin (ver figura 6-30 C). De manera
similar, las uniones de empalme 5 y 3 se unen (un evento que requiere la U5 snRNA) para facilitar
la segunda transesterificacin.
Una vez terminada el empalme de la qumica, los snRNPs continuar obligados para el lazo y se libera
el producto empalmado. El desmontaje de los snRNPs de la lariat (y unos de los otros) requiere otra
serie de reordenamientos de RNA - RNAque requieren hidrlisis de ATP, volviendo as los snRNAs
a su configuracin original por lo que pueden ser utilizados otra vez en una nueva reaccin.
Vete a:

Influencias de pedidos en el Pre-mRNA ayuda a explicar cmo

se eligen los sitios de empalme adecuado
Como hemos visto, intron secuencias varan enormemente en tamao, con algn ser superior a
100.000 nucletidos. Si seleccin del sitio del empalme era determinada nicamente por la actuacin
de snRNPs en un preformado, protena-gratis RNA molcula, esperaramos que empalma errores
como saltar del exn y el uso de los sitios de empalme crptico: muy comn (figura 6-31).

Figura 6-31
Dos tipos de errores que empalma. Se puede esperar que ambos tipos ocurren con frecuencia si la
seleccin del sitio del empalme se realizaron por el espliceosoma en una molcula de RNA
preformada, protenas. Las seales de splicing "Crpticas" son secuencias de nucletido de (ms...)
Los mecanismos de la fidelidad en el espliceosoma estn complementados por dos factores
adicionales que ayudan a asegurar que empalmar ocurre exactamente. Estos pedidos de influencias en
el pre-mRNA aumentan la probabilidad de que los pares apropiados de 5 y 3 empalme sitios se
reunirn en el espliceosoma antes de que comience la qumica que empalma. Los primeros resultados
de la Asamblea del espliceosoma que ocurre como el pre-mRNA se desprende una transcribir ARN
polimerasa II (ver figura 6-23). En cuanto a la formacin del cap 5, varios componentes del
espliceosoma parecen llevarse la cola fosforilada de la ARN polimerasa. Su transferencia
directamente de la polimerasa para el pre-ARNm naciente supuestamente ayuda a la clula de

seguimiento de los intrones y exones: los snRNPs en un sitio del empalme 5 se present inicialmente
con solamente un sitio de empalme 3 ' solo desde los sitios ms abajo no se todava han sintetizado.
Esta funcin ayuda a prevenir saltar del exn de inadecuado.
El segundo factor que ayuda a la clula para elegir sitios de empalme ha dado en llamar la "hiptesis
de definicin delexn" , y se entiende slo en contorno. Tamao del exn tiende a ser mucho ms
uniforme que el intrn tamao, con un promedio de cerca de 150 pares de nucletidos en una amplia
variedad de organismos eucariotes (figura 6-32). Como procede de la sntesis de ARN , un grupo de
componentes del espliceosoma , llamado las protenas SR (llamado as porque contienen un dominio
rico en serinas y arginines), se piensa montar en secuencias del exn y marca de cada sitio de
empalme 3 ' y 5 comenzando en el extremo 5 del ARN (figura 6-33). Esta Asamblea lleva a cabo en
conjunto con el U1 snRNA, que marca un lmite exn y U2AF, que inicialmente ayuda a especificar
la otra. Marcando especialmente los exones de esta manera, la clula aumenta la precisin con la que
los componentes iniciales del empalmes se depositan en el RNA naciente y as ayuda a evitar crptico
empalme sitios. Cmo las protenas SR discriminan secuencias del exn de secuencias del intrn no
se entiende; sin embargo, se sabe que algunas de las protenas SR se unen preferencialmente a
secuencias de ARN en los exones especficos. En principio, la redundancia en el cdigo gentico
podra han sido explotada durante la evolucin para seleccionar sitios para las protenas SR en los
exones, permitiendo a estos sitios para crear sin restriccin de secuencias de aminocidos de Unin.

Figura 6-32
Variacin en la longitud del intrn y el exn en el ser humano, del gusano y genomas de la mosca.
(A) distribucin de exones. (B) distribucin de intrones. Tenga en cuenta que la longitud de exn es
mucho ms uniforme que la longitud del intrn. (Adaptado de secuenciacin de genoma humano
internacional (ms...)

Figura 6-33
La hiptesis de la definicin de exn. Segn una propuesta, SR protenas se unen a cada secuencia del
exn en el pre-mRNA y as ayudar a guiar a las snRNPs a los lmites apropiados del intrn/del exn.
Esta demarcacin de exones por las protenas SR ocurre co-transcriptionally, (ms...)
Tanto la marca fuera lmites exn e intrn y el montaje del espliceosoma comienzan en una molcula
del RNA mientras que an es ser alargado por la polimerasa de ARN en su extremo 3. Sin embargo,
la qumica real del empalme puede ocurrir mucho ms tarde. Este retraso significa intron secuencias
no necesariamente se eliminan de una molcula demRNA antes en el orden en que aparecen a lo largo
de la cadena de RNA. Tambin significa que, aunque la Asamblea spliceosome es co-transcriptional,
las reacciones de empalmes ocurren a veces posttranscriptionally, que es, despus de que una
molcula de pre-mRNA completo ha hecho.
Vete a:

Un segundo conjunto de snRNPs empalme una fraccin

pequea de secuencias del intrn en animales y plantas

Simples eucariotas como las levaduras tienen solamente un sistema de snRNPs que realizan todos
pre-ARNm splicing. Sin embargo, los eucariotas ms complejos tales como moscas, mamferos y
plantas tienen un segundo conjunto de snRNPs que dirigen el empalme de una pequea fraccin de
sus secuencias del intrn . Esta forma menor del espliceosoma reconoce un conjunto diferente de
secuencias de ADN en las uniones de empalme 5 y 3 y en el punto de rama; se le llama el
espliceosoma AT-AC por los determinantes de la secuencia de nucletidos en sus intrn -exn
fronteras (figura 6-34). A pesar de reconocer secuencias de nucletidos diferentes, los snRNPs en este
spliceosome hacer los mismos tipos de interacciones de RNA - RNAcon el pre-mRNA y con los
dems como hacen los snRNPs principales (figura 6-34B). El descubrimiento reciente de esta clase de
snRNPs nos da confianza en la base-par interacciones deducidas para el spliceosome principales, ya
que proporciona un conjunto independiente de molculas que experimentan las interacciones RNARNA mismo a pesar de las diferencias en las secuencias de RNA implicadas.

Figura 6-34
Esquema de los mecanismos utilizados para tres tipos de RNA splicing. (A) tres tipos de
Espliceosomas. El espliceosoma (izquierda), el AT-AC spliceosome principales (medio) y el transespliceosoma (derecha) aparecen cada uno en dos etapas de montaje. La RNPnp U5 es (ms...)
Una variante particular en empalme, llamado trans-splicing, se ha descubierto en algunos organismos
eucariotos. Estos incluyen los tripanosomas unicelulares, protozoos que causan la enfermedad
africana del sueo en los seres humanos y el modelo organismo multicelular, el gusano nematodo.
En trans-splicing, exones de dos transcritos de RNA separadas son empalmados juntos para formar
una de mRNA maduro molcula (vase figura 6-34). Tripanosomas producen todos de sus mRNAs de
esta manera, mientras que slo alrededor del 1% de los mRNAs nematodos son producido por transsplicing. En ambos casos, un solo exn se empalma en el extremo 5 de muchos diferentes transcritos
de RNA producido por la clula; de esta manera, todos los productos de trans-splicing tienen el
mismo exn de 5 y 3 diferentes exones. Muchos de los snRNPs mismo que funcionan en la
convencional se utilizan en esta reaccin, aunque trans-empalme utiliza un nico RNPnp (llamado el
RNP de SL) que trae en el exn comn (vase figura 6-34).
Se desconoce la razn por la que algunos organismos utilizan trans-splicing ; sin embargo, se cree
que el comn de 5 exn puede ayudar en la traduccin del mRNA. As, los productos de transsplicing en nematodos parecen traducir con eficacia especialmente alta.
Vete a:

Empalme del ARN muestra plasticidad notable

Hemos visto que la eleccin de los sitios de empalme depende de muchas caractersticas de la premRNA transcripcin; Estos incluyen la afinidad de las tres seales en el RNA (los 5 y 3 empalme
ensambladuras y punto de rama) para la secuencia que empalma de la maquinaria, la longitud y el
nucletido del exn, la Asamblea co-transcriptional de espliceosomay la exactitud de la
"contabilidad" que subyace a la definicin de exn. Hasta ahora hemos subrayado la exactitud de los
procesos de splicing del RNA que ocurren en una clula. Pero tambin parece que el mecanismo ha
sido seleccionado por su flexibilidad, que permite a la clula probar nuevas protenas en ocasiones.
As, por ejemplo, cuando una mutacin ocurre en una secuencia de nucletidos crtica para empalmar
de un intrnde particular, no necesariamente impide empalme del intrn en conjunto. En cambio, la
mutacin por lo general crea un nuevo patrn de empalme (figura 6-35). Ms comnmente,

simplemente es un exn saltado (figura 6-35B). En otros casos, la mutacin causa una ensambladura
del empalme "crptico" a ser utilizado (figura 6-35 C). Presumiblemente, la maquinaria de splicing ha
evolucionado para seleccionar el mejor patrn posible de uniones de empalme, y si una ptima est
daada por mutacin, buscar la siguiente mejor diseo y as sucesivamente. Esta flexibilidad en el
proceso de splicing del RNA sugiere que cambios en la pautas causados por mutaciones al azar han
sido un camino importante en la evolucin de genes y organismos.

Figura 6-35
Procesamiento anormal de la transcripcin de RNA primaria de -globina en los seres humanos con
la talasemia de la enfermedad. En los ejemplos mostrados, la enfermedad es causada por
mutaciones del empalmar-sitio, denotadas por las puntas de flecha negras. Las cajas azules oscuras
representan el (ms...)
La plasticidad de RNA splicing tambin significa que la clula puede regular fcilmente el patrn de
RNA splicing. Anteriormente en esta seccin vimos que empalmar alternativo puede dar lugar a
protenas diferentes del mismo gen. Algunos ejemplos de splicing alternativo son constitutivos; es
decir, los mRNAs alternativomente empalmados se producen continuamente por las clulas de un
organismo. Sin embargo, en la mayora de los casos, los patrones de splicing son regulados por la
clula para que diferentes formas de la protena se producen en diferentes momentos y en diferentes
tejidos (ver figura 6-27). En el captulo 7 Volvemos a este tema para discutir algunos ejemplos
especficos de regulacin RNA splicing.
Vete a:

Splicing de ARN catalizado por spliceosome probablemente

evolucion a partir de uno mismo-empalmar mecanismos
Cuando fue descubierto el espliceosoma , haba desconcertado a bilogos moleculares. Por qu las
molculas de ARN en lugar de protenas funcionan papeles importantes en el reconocimiento del sitio
de empalme y en la qumica de empalme? Por qu es un lazo intermedio usado en lugar de la
alternativa aparentemente ms simple de llevar a los 5 y 3 empalme sitios juntos en un solo paso,
seguido por su directa escote y reincorporarse? Las respuestas a estas preguntas reflejan la manera en
que el espliceosoma se cree que han evolucionado.
Como discutido brevemente en el captulo 1 (y tomado otra vez en ms detalle en la ltima seccin de
este captulo), se cree que las primeras clulas utilizaron molculas de ARN en lugar de protenas
como sus principales catalizadores y que almacenan su informacin gentica en el ARN, en lugar de
secuencias de ADN . Catalizada por el RNA splicing reacciones presumiblemente tenan papeles
importantes en estas clulas tempranas. Como evidencia, algunos introns uno mismo-empalmar RNA

(es decir, intron secuencias en el ARN cuya salida de empalme puede ocurrir en la ausencia de
protenas u otras molculas de RNA) siguen siendo hoy en da por ejemplo, en los genes de ARNr
nuclear del ciliado Tetrahymena, en unos cuantos genes del bacterifago T4 y en algunos
mitocondrial y de cloroplasto genes.
Una secuencia de intron uno mismo-que empalma puede identificarse en un tubo de ensayo
incubando un puro del RNA molcula que contiene la secuencia del intrn y observando la
reaccinde empalme. De esta manera se pueden distinguir dos clases principales de uno mismo-que
empalman las secuencias del intrn. Grupo I las secuencias del intrn comienza la reaccin de
splicing atando un G nucletido en la secuencia del intrn; Este G se activa as para formar el grupo
atacante que romper el primero de los enlaces fosfodister troceados durante empalmar (el enlace en
el sitio de empalme de 5). En secuencias en grupo II intrn, una especialmente reactiva A residuos
en la secuencia del intrn es el grupo de atacante, y se genera un lazo intermedio. De lo contrario los
caminos de reaccin para los dos tipos de uno mismo-que empalman las secuencias del intrn son los
mismos. Tanto se presumen que representan vestigios de mecanismos muy antiguos (figura 6-36).

Figura 6-36
Las dos clases conocidas de uno mismo-que empalman las secuencias del intrn. El grupo las
secuencias del intrn unen un nucletido G gratis a un sitio especfico en el ARN para iniciar el
empalme, mientras que las secuencias del intrn grupo II utilizan un reactivo especialmente un
nucletido en el intrn (ms...)
Para ambos tipos de reacciones de uno mismo-que empalma, la secuencia de nucletido del intrn es
crtica; los pliegues de RNA intron en una estructura tridimensional especfica, que rene a las
uniones de empalme 5 y 3 y proporciona precisamente colocados grupos reactivos para realizar la
qumica (vase figura 6-6 C). Basado en el hecho de que la qumica de las reacciones de empalmes es
tan similar, se ha propuesto que el pre-mRNA empalme mecanismo de espliceosoma evolucion de
grupo II que empalma. Segn esta idea, cuando los snRNPs spliceosomal asumi el control las
funciones estructurales y qumicas de los intrones II grupo, habran desaparecido las restricciones de
secuencia estricta en las secuencias del intrn, lo que permite una gran expansin en el nmero de
diferentes RNAs podra empalmarse.
Vete a:

Procesamiento de RNA enzimas generan el 3 ' final de mRNAs

eucariotas
Como se explica anteriormente, el extremo 5 del pre-mRNA producido por la ARN polimerasa II
tiene un tope casi tan pronto como emerge de la ARN polimerasa. Entonces, como la polimerasa
contina su movimiento a lo largo de un gen, los componentes del espliceosoma montan en el RNA y
delinean los lmites intrn y el exn . Largo C-terminal de la cola de las coordenadas de la ARN
polimerasa estos procesos mediante la transferencia de nivelacin y empalmar componentes
directamente al RNA como el ARN de emerge de la enzima. Como podemos ver en esta seccin,
como ARN polimerasa II termina transcripcin al final de un gen, utiliza un mecanismo similar para
asegurar que el extremo 3 del pre-mRNA se convierte adecuadamente procesado.

Como podra esperarse, los extremos 3 ' de los mRNAs se especifican en ltima instancia por las
seales de la DNA codificadas en el genoma (figura 6-37). Estas seales de ADN se transcriben en
ARN , la ARN polimerasa II se mueve a travs de ellos, y luego son reconocidos (como RNA) por
una serie de protenas de unin a RNA y procesamiento de RNA enzimas (figura 6-38). Dos protenas
mltiples subunidades, llamadas CstF (factor de estimulacin dehendidura F) y CPSF (escote y
poliadenilacin especificidad factor), son de especial importancia. Ambas de estas protenas viajan
con la cola de la ARN polimerasa y se transfieren al extremo 3 procesamiento de secuencia de una
molcula del RNA como emerge de la ARN polimerasa. Algunas de las subunidades de la CPSF
estn asociados con el factor de transcripcin general TFIID, que, como vimos anteriormente en este
captulo, participa en la iniciacin de la transcripcin. Durante la iniciacin de la transcripcin, estas
subunidades pueden ser transferidas de TFIID a la cola de la ARN polimerasa, restante asociado all
hasta que la polimerasa se transcribe hasta el final de un gen.

Figura 6-37
Nucletido de consenso secuencias escote directa y poliadenilacin para formar el extremo 3 de un
mRNA eucariotas. Estas secuencias estn codificadas en el genoma y son reconocidas por protenas
especficas, despus se transcribe en el RNA. El hexamer (ms...)

Figura 6-38
Algunos de los pasos principales en la generacin del extremo 3 de un mRNA eucariotas. Este
proceso es mucho ms complicado que el proceso anlogo en las bacterias, donde la ARN polimerasa
simplemente se detiene en una terminacin de seal y libera tanto el 3 (ms...)
Una vez que se unen a secuencias especficas de nucletidos en una emergente del RNA
molculaCstF y CPSF, protenas adicionales montan con ellos para llevar a cabo el proceso que crea
el extremo 3 del mRNA. En primer lugar, el ARN es hendido (vase figura 6-38). A continuacin
una enzima llamada polimerasa poly-A aade uno a la vez, de aproximadamente 200 nucletidos al
extremo 3 ' produccin por el escote. El precursor de nucletidos para estas adiciones es ATP, y el
mismo tipo de bonos 5 a 3 se forman como en la sntesis de ARN convencionales (ver figura 6-4). A
diferencia de las Polimerasas del RNA generalmente, poli A polimerasa no requiere una plantilla; por

lo tanto, la cola poly-A de mRNAs eucariotas no se codifica directamente en el genoma. Como se

sintetiza la cola poly-A, protenas llamadas-para-poli-las proteinas montan sobre l y, por un
mecanismo mal entendido, determinan la longitud final de la cola. -Para-poli-las proteinas quedan
enlazados a la cola de poly-A como el mRNA hace su viaje desde el ncleo hasta el citosol y ayudan
a dirigir la sntesis de una protena en el ribosoma, como vemos ms adelante en este captulo.
Despus de que el extremo 3 ' de una las pre-mRNA molcula ha sido troceado, la ARN polimerasa II
sigue a transcribir, en algunos casos continua tanto como varios cientos nucletidos ms all de la
DNA que contiene el 3 ' escote-informacin del sitio. Pero la polimerasa pronto lanza su apretn en la
plantilla y termina la transcripcin; el pedazo de ARN aguas abajo del sitio de clivaje entonces se
degrada en el ncleode la clula. No se entiende todava lo que provoca la prdida de polimerasa II
procesividad despus de que el ARN es hendido. Una idea es que el traspaso del extremo 3 factores
de la ARN polimerasa del ARN de procesamiento provoca un cambio conformacional en la
polimerasa que se afloja su control sobre el ADN; otra es que la falta de una estructura del casquillo
(y el CBC) en el extremo 5 del ARN que se desprende de la polimerasa de alguna manera las seales
a la polimerasa para terminar la transcripcin.
Vete a:

Maduro mRNAs eucariotas selectivamente se exportan del

ncleo
Hemos visto cmo las pre-mRNA sntesis y procesamiento lleva a cabo de manera ordenada dentro
del ncleode la clula. Sin embargo, estos eventos crean un problema especial para las clulas
eucariotas, especialmente en los organismos complejos , donde los intrones son mucho ms largos
que los exones. Del pre-mRNA que es sintetizado, slo una pequea fraccin, el mRNA maduro, es
ms til a la clula. El resto suprimida intrones, rotos RNAs y aberrantemente empalmadas premRNAs no es slo intil sino puede ser peligroso si no fue destruido. Entonces, cmo la clula
hace una distincin entre las molculas de mRNA maduro relativamente rara que desea mantener y la
abrumadora cantidad de desperdicios de procesamiento de RNA ? La respuesta es que el transporte de
ARNm desde el ncleo al citoplasma, donde es traducido a protena, es altamente selectivo, se junta
de cerca para corregir el proceso del ARN. Este acoplamiento se logra por el complejo del poro
nuclear, que reconoce y transporta slo terminado mRNAs.
Hemos visto que, como un pre-mRNA molcula es sintetizada y procesada, est limitado por una
variedad de protenas, incluyendo el complejocap-Unin las protenas SR y el poly-A protenas. Para
estar "listo para la exportacin", parece que un mRNA debe regirse por el conjunto apropiado de
protenas con ciertas protenas como la tapa-enlace complejo presente y otras como las protenas
de RNPnp ausente. Protenas adicionales, a la RNA durante empalmar, parecen marcar exn-lmites
del exn y tal modo significan eventos empalmes terminados. Slo si el conjunto adecuado de
protenas est enlazado a un mRNA se basa a travs del poro nuclear complejo en el citosol. Como se
describe en el captulo 12, son complejos de poro nuclear acuosa en la nuclear membrana los canales
que conectan directamente el nucleoplasia y citosol. Molculas pequeas (menos de 50.000 daltons)
pueden difundir libremente a travs de ellos. Sin embargo, la mayora de las macromolculas de las
clulas, incluyendo complexed con las protenas, mRNAs son demasiado grande para pasar por los
poros sin un proceso especial para moverlos. Un transporte activo de sustancias a travs de los
complejos de poro nuclear ocurre en ambas direcciones. Como se explic en el captulo 12, las
seales en la macromolcula determinan si se exporta del ncleo (un mRNA, por ejemplo) o
importados a l (una polimerasa del RNA, por ejemplo). Para el caso de los mRNAs, las protenas
lmite que marcan eventos empalmes terminados son de particular importancia, como se les conoce
directamente como factores de la exportacin del RNA (ver figura 12-16). transcripcin de los genes
que falta intrones aparentemente contienen secuencias de nucletidos que son reconocidas

directamente por otros RNA mRNAs exportacin factores. Las clulas as usan sus complejos de poro
nuclear como puertas que permiten que molculas de ARN slo tiles entrar en el citoplasma.
De todas las protenas que en el pre-mRNA molculas que surjan de la transcripcin de ARN
polimerasas, los ms abundantes son las hnRNPs (protenas heterogneas nucleares ribonuclear).
Algunas de estas protenas (hay aproximadamente 30 de ellos en los seres humanos) quitar las hlices
de la horquilla de RNA para que empalme y otras seales en el ARN se pueden leer ms fcilmente.
Otros paquete el RNA contenido en las secuencias muy largo intrn tpicamente encontraron en los
genes de organismos complejos (ver figura 6-33). Adems de las histonas, ciertas protenas hnRNP
estn las protenas ms abundantes en el ncleode la clula, y pueden desempear un papel
particularmente importante en la distincin de mRNA maduro de procesamiento de desechos.
partculas de hnRNP (nucleosoma-como complejos de RNA y de protenas hnRNP ver figura 633) estn en gran parte excluidos secuencias del exn , tal vez mediante la Unin previa de los
componentes del espliceosoma . Permanecer en intrones suprimidos y probablemente ayude a marcar
para la retencin nuclear y eventual destruccin.
La exportacin de mRNA- complejos de laprotena del ncleo pueden observarse con un microscopio
electrnico para el mRNA inusualmente abundante del insecto Balbiani anillo genes. Como estos
genes se transcriben, el recin formado de RNA se ve para ser empaquetado por las protenas
(incluyendo protenas SR y hnRNP). Este complejo protena-ARN somete a una serie de transiciones
estructurales, reflejando probablemente ARN procesamiento de eventos que culminaron en una fibra
curveada (figura 6-39). Esta curva fibra luego se mueve por el nucleoplasia y entra en el complejo de
poro nuclear (con su 5 cap procedimiento primero), y se somete a otra serie de transiciones
estructurales mientras se mueve a travs de la APN. Estas y otras observaciones revelan que los
complejos pre-ARNm-protena y de mRNA y protenas son estructuras dinmicas que ganan y perder
numerosas protenas especficas durante la sntesis de ARN, procesamiento, exportacin y traduccin
(figura 6-40).

Figura 6-39
Transporte de una molcula de mRNA grande a travs del complejo de poro nuclear. (A) la
maduracin de una molcula de mRNA Balbiani anillo que es sintetizada por la ARN polimerasa y
empaquetada por una variedad de protenas nucleares. Este dibujo de inusualmente abundante RNA
producido (ms...)

Figura 6-40
Ilustracin esquemtica de una molcula de mRNA "exportacin-ready" y su transporte a travs del
poro nuclear. Como se indic, algunas protenas viajan con el mRNA como se mueve a travs de los
poros, mientras que otros permanecen en el ncleo. Una vez en el citoplasma, (ms...)
Antes de examinar lo que sucede a mRNAs despus de salir del ncleo, consideramos brevemente
cmo se produce la sntesis y procesamiento de los RNA molculas. Aunque hay muchos otros
ejemplos, nuestra discusin se centra en los rRNAs que son crticamente importantes para la
traduccin de mRNAs en la protena.
Vete a:

Muchos Noncoding RNAs son tambin sintetizados y

procesados en el ncleo
Unos pocos por ciento del peso seco de una clula de mamfero es RNA; de eso, unos 3 5% es
mRNA. Una fraccin del resto representa secuencias intrn antes de que se han degradado, pero la
mayor parte del ARN en las clulas lleva a cabo funciones estructurales y catalticas (ver tabla 6-1, p.
306). El ARN ms abundante en las clulas es los RNAs ribosomal (rRNAs), que constituyen
aproximadamente el 80% de lo ARN en rpidamente dividir las clulas. Como se explica ms
adelante en este captulo, estos RNAs forman el ncleo del ribosoma. A diferencia de las bacterias, en
que los ARNs en la clula se sintetizan mediante una sola ARN polimerasa eucariotas tienen un
separado, especializado polimerasa, ARN polimerasa I, que se dedica a la produccin de rRNAs.
ARN polimerasa I es similar estructuralmente a la ARN polimerasa II discutido previamente; sin
embargo, la ausencia de un c-terminal cola en polimerasa me ayuda a explicar por qu sus
transcripciones estn capped tampoco ni cofia. Como comentamos anteriormente, esta diferencia
ayuda a la clula distinguir entre noncoding RNAs y mRNAs.
Porque mltiples rondas de traduccin de cada molcula de ARNm pueden proporcionar una
amplificacin enorme en la produccin de molculas de protenas , muchas de las protenas que son
muy abundantes en una clula pueden ser sintetizados de genes que estn presentes en un solo
ejemplar por haploid genoma. En cambio, los componentes de RNA del ribosoma son productos de
ltima gene , y una clula mamfera creciente debe sintetizar aproximadamente 10 millones de copias
de cada tipo de ARN ribosmico en cada generacin celular para construir sus ribosomas 10
millones. Pueden producir cantidades suficientes de RNAs ribosomal slo porque la clula contiene
mltiples copias de los genes de rRNA cdigo de RNAs ribosomal (rRNAs). Incluso e. coli necesita
siete copias de sus genes de rRNA para satisfacer las necesidades de la clula de los ribosomas. Las
clulas humanas contienen cerca de 200 copias del gene del rRNA por genoma haploide, repartidos
en pequeos grupos en cinco cromosomas diferentes (ver figura 4-11), mientras que las clulas de la
rana Xenopus contienen alrededor de 600 rRNA gen copias por genoma haploide en un nico clster
en un cromosoma (figura 6-41).

Figura 6-41
Transcripcin de tandemly dispuestas genes de rRNA, como se ve en el microscopio electrnico. El
patrn de alternancia de gene transcrito y espaciador nontranscribed se ve fcilmente. En la figura 6-9
se muestra una vista de mayor aumento. (De V.E. enemigo, Cold Spring (ms...)
Hay cuatro tipos de rRNAs eucariotos, cada presente en una copia por el ribosoma. Tres de los cuatro
rRNAs (18S, 5.8S y 28S) se hacen qumicamente modificando y hiende de un solo precursor grandes
rRNA (figura 6-42); la cuarta (5S RNA) se sintetiza a partir de un grupo independiente de genes por
una polimerasa diferentes, ARN polimerasa III y no requiere de modificacin qumica. No se sabe
por qu este una RNA se transcribe por separado.

Figura 6-42

La modificacin qumica y procesamiento de nucleolytic de una molcula de rRNA precursor 45S

eucariotes en tres separarn RNAs ribosomales. Como se indic, dos tipos de modificaciones
qumicas (se muestra en la figura 6-43) se hacen para el precursor de rRNA antes de que es hendida.
(ms...)
Amplias modificaciones qumicas ocurren en 13.000 -nucletido-largo precursor rRNA antes los
rRNAs troceados fuera de l y montar en los ribosomas. Esto incluye unos 100 metilaciones de las
posiciones 2 ' -OH de azcares nucletidos y 100 isomerizaciones de nucletidos de uridina en
pseudouridina (figura 6-43A). Las funciones de estas modificaciones no se entienden en detalle, pero
probablemente ayuda en el plegamiento y ensamblaje de los rRNAs final y tambin sutilmente puede
alterar la funcin de los ribosomas. Cada modificacin se hace en una posicin especfica en el
precursor de rRNA. Estas posiciones se especifican por varios cientos "Gua RNAs," que se localizan
a travs de la base-maridaje para el precursor de rRNA y as traer un RNA-modificacin enzimtica
en la posicin apropiada (figura 6-43B). Otra gua RNAs promover la hendidura de los rRNAs
precursor en los rRNAs maduros, probablemente provocando cambios conformacionales en el
precursor de rRNA. Todos estos gua RNAs son miembros de una clase grande de ARN llamados
RNAs nucleolares pequeo (o ARNnop ' s), llamado as porque estos RNAs desempear sus
funciones en un subcompartment del ncleo llaman nucleolo. Muchos ARNnop ' s estn codificados
en los intrones de otros genes, especialmente aquellos que codifican las protenas ribosomales. Por lo
tanto son sintetizados por la ARN polimerasa II y procesados de las secuencias suprimidas intrn .

Figura 6-43
Modificaciones del precursor del rRNA por gua RNAs. (A) dos importantes modificaciones
covalentes ocurren despus de la sntesis de rRNA; tomos rojos indican las diferencias entre el
nucletido incorporado inicialmente. (B) como se indica, ARNnop ' s localizar los sitios de (ms...)
Vete a:

El nucleolo es una fbrica productora de ribosomas

El nucleolo es la estructura ms evidente en el ncleo de una clula eucariotas cuando se ve en el
microscopio ptico. Por lo tanto, fue tan estrechamente analizado por citlogos tempranos que una
revisin 1898 podra enumerar algunas 700 referencias. Ahora sabemos que el nucleolo es el sitio
para el procesamiento de rRNAs y su montaje en los ribosomas. A diferencia de otros organelos en la
clula, no est limitado por una membrana (figura 6-44); en cambio, es un gran agregado de
macromolculas, incluyendo los genes de rRNA ellos mismos, precursor rRNAs, rRNAs maduros,
enzimas de procesamiento del rRNA, snoRNPs, subunidades ribosomal de la protena y parcialmente
ensamblado de los ribosomas. La estrecha asociacin de estos componentes permite probablemente la
Asamblea de los ribosomas ocurrir rpidamente y sin problemas.

Figura 6-44

Micrografa electrnica de una seccin delgada de un nucleolo en un fibroblasto humano, mostrando

sus tres zonas distintas. (A) vista de ncleo entero. (B) alta potencia vista del nucleolo. Se cree que la
transcripcin de los genes de rRNA ocurre entre (ms...)
Es an no entiende cmo el nucleolo se mantiene unida y organizada, pero varios tipos de molculas
de ARN juegan un papel central en su qumica y su estructura, lo que sugiere que el nucleolo puede
haber evolucionado desde una estructura antigua presente en las clulas dominadas por catlisis de
RNA. En las clulas actuales, los genes de rRNA tambin tienen un papel importante en la formacin
del nucleolo. En una clula humana diploide , los genes de rRNA estn distribuidos en 10 grupos,
cada uno de ellos se encuentra cerca de la punta de uno de los dos ejemplares de cinco cromosomas
diferentes (ver figura 4-11). Cada vez que una clula humana sufre mitosis, los cromosomas se
dispersan y el nucleolo se rompe; despus de la mitosis, las puntas de los 10 cromosomas se fusionan
como las reformas de nucleolo (figuras 6-45 y 6-46). La transcripcin de los genes de rRNA por
polimerasa del RNA es necesaria para este proceso.

Figura 6-45
Cambios en la apariencia del nucleolo en una clula humana durante el ciclo celular. Slo el ncleo
de la clula se representa en este diagrama. En las clulas eucariotas ms la membrana nuclear rompe
durante la mitosis, como se indica en los crculos de puntos.

Figura 6-46
Fusin nucleolar. Estas fotografas luz de fibroblastos humanos en cultivo muestran diversas fases de
fusin nucleolar. Despus de la mitosis, cada uno de los diez cromosomas humanos que llevan un
cluster de genes de rRNA comienza a formar un nuclolo pequeo, pero estos rpidamente (ms...)
Como cabra esperar, el tamao del nucleolo refleja el nmero de ribosomas que est produciendo la
clula. Su tamao por lo tanto vara grandemente en diversas clulas y puede cambiar en una sola
celda, ocupando el 25% del total del volumen nuclear en las clulas que son inusualmente grandes
cantidades de protena.
Un diagrama esquemtico de la Asamblea de los ribosomas se muestra en la figura 6-47. Adems de
su importante papel en la biognesis del ribosome , el nucleolo es el sitio donde se producen otros

RNAs y otros RNA- complejos de laprotena se ensamblan. Por ejemplo, la RNPnp U6, que, como
hemos visto, las funciones de pre-mRNA que empalma (vase figura 6-29), se compone de al menos
siete protenas y un RNA molcula . El U6 snRNA es modificado qumicamente por ARNnop ' s en
el nucleolo antes de su ensamblaje final all en el U6 RNPnp. Otros importantes complejos de la
protena RNA, incluyendo telomerasa (encontrado en el captulo 5) y la partcula de reconocimiento
de seal (que discutimos en el captulo 12), tambin se creen para ser ensamblada en el nucleolo. Por
ltimo, los tARNs (ARN de transferencia) que llevan los aminocidos para la sntesis de protenas se
procesan all tambin. As, el nucleolo puede ser pensado como una gran fbrica en la que muchos
diferentes RNAs noncoding son procesados y montados con protenas para formar una gran variedad
de complejos de ribonucleoprotena.

Figura 6-47
La funcin del nucleolo ribosoma y otras sntesis de ribonucleoprotena. El precursor 45S que rRNA
est empaquetado en una partcula de ribonucleoprotena grande que contiene muchas protenas
ribosmicas importadas del citoplasma. Mientras que esta partcula se mantiene en el (ms...)
Vete a:

El ncleo contiene una variedad de estructuras Subnuclear

Aunque el nucleolo es la estructura ms prominente en el ncleo, varios otros cuerpos nucleares han
sido visualizados y estudiado (figura 6-48). Estos incluyen Cajal cuerpos (nombrados para el
cientfico que primero los describi en 1906), gemas (Gminis de los cuerpos en espiral) y racimos de
grnulo interchromatin (tambin llamados "puntos"). Como el nucleolo, estas otras estructuras
nucleares carecen de membranas y son altamente dinmicos; su aspecto es probablemente el resultado
de los componentes de la estrecha asociacin de protenas y ARN (y tal vez ADN) implicados en la
sntesis, montaje y almacenamiento de los implicados en la expresinde gene de macromolculas.
Cuerpos de Cajal y GEMS se asemejan entre s y con frecuencia se presenta en el ncleo; no est
claro si son estructuras realmente distintas. Puede ser sitios donde snRNAs y ARNnop ' s sufren sus
modificaciones finales y Asamblea con protena. El ARN y las protenas que conforman los snRNPs
en parte se ensamblan en el citoplasma, pero son transportados en el ncleo de sus modificaciones
finales. Se ha propuesto que los cuerpos de Cajal/gemas tambin son sitios donde los snRNPs son
reciclados y sus RNAs son "reset" despus de los cambios que se producen durante empalmar (vase
p. 322). En contraste, los clusters del interchromatin grnulo se han propuesto para ser reservas de
snRNPs completamente maduros que estn listos para ser usados en la de los pre-mRNAs (figura 649).

Figura 6-48

Visualizacin de la cromatina y cuerpos nucleares. (A-d muestra micrografas del mismo ncleo de la
clula humana, cada uno procesa diferentemente para mostrar un conjunto particular de las
estructuras nucleares. (E) muestra una superposicin agrandamiento de las cuatro imgenes
individuales. (A) muestra (ms...)

Figura 6-49
Vista esquemtica de las estructuras subnuclear. Un tpico ncleo vertebrado cuenta con varios
cuerpos de Cajal, que se proponen ser los sitios donde snRNPs y snoRNPs sufrir su modificacin
final. Racimos de grnulo interchromatin proponen almacenamiento sitios (ms...)
Los cientficos han tenido dificultades en el trabajo la funcin de las pequeas estructuras subnuclear
acaba de describir. Gran parte del progreso ahora hacerse depende de herramientas genticas
examen de los efectos de mutaciones diseadas en ratones o de mutaciones espontneas en los seres
humanos. Por ejemplo, gemas contienen la protenadel SMN (supervivencia de las neuronas
motoras). Ciertas mutaciones el gen que codifica esta protena son la causa de la atrofia muscular
espinal hereditaria, una enfermedad humana que se caracteriza por un desgaste de los msculos. La
enfermedad parece estar causado por un defecto sutil en RNPnp Asamblea y posterior pre-mRNA
empalme. Defectos ms graves se espera a ser letal.
Dada la importancia de subdominios nucleares en proceso del ARN , se esperar que pre-ARNm
splicing ocurrira en un lugar en particular en el ncleo, ya que requiere numerosos componentes de
RNA y protenas . Sin embargo, hemos visto que el montaje de componentes en el pre-mRNA de
empalme es co-transcriptional; as empalmar debe ocurrir en muchos lugares a lo largo de los
cromosomas. Vimos en el captulo 4 que la interfase los cromosomas ocupan territorios discretos en
el ncleo, y transcripcin y splicing pre-mRNA deben llevarse a cabo dentro de estos territorios. Sin
embargo, los cromosomas de la interfase son dinmicos y su posicin exacta en el ncleo se
correlaciona con la expresindel gen . Por ejemplo, regiones transcripcionalmente silenciosas de los
cromosomas de la interfase son a menudo asociadas con la envoltura nuclear donde la concentracin
de los componentes de la heterocromatina se cree que es especialmente alta. Cuando estas mismas
regiones transcripcionalmente activas, trasladar hacia el interior del ncleo, que es ms rico en los
componentes necesarios para la sntesis de mRNA. Se ha propuesto que, aunque una clula mamfera
tpica se puede expresar del orden de 15.000 genes, transcripcin y RNA splicing pueden localizar
slo varios miles de sitios en el ncleo. Estos sitios ellos mismos son altamente dinmicos y
probablemente el resultado de la Asociacin de transcripcin y splicing componentes para crear
pequeas "lneas de montaje" donde la concentracin local de estos componentes es muy alta. Como
resultado, el ncleo parece ser altamente organizado en subdominios, snRNPs, snoRNPs y otros
componentes nucleares entre ellos de una manera ordenada segn las necesidades de la clula (figura
6-49).
Vete a:

Resumen
Antes de comenzar la sntesis de una protena en particular, la correspondiente mRNA molcula debe
ser producido por la transcripcin. Las bacterias contienen un nico tipo de RNA polimerasa (la
enzima que lleva a cabo la transcripcin del ADN en ARN). Una molcula de ARNm se produce
cuando esta enzima inicia la transcripcin en un promotor, sintetiza el ARN por la elongacin de la

cadena, detiene la transcripcin en un adaptadory libera la plantilla de la DNA y la molcula de

mRNA completado. En las clulas eucariotas, el proceso de transcripcin es mucho ms complejo, y
hay tres ARN Polimerasas, sealado polimerasa I, II y III, que estn relacionados evolutivamente uno
al otro y a la polimerasa bacteriana.
Eucariotas ARNm es sintetizado por la ARN polimerasa II. Esta enzima requiere una serie de
protenas adicionales, llamados los factores de transcripcin generales, para iniciar la transcripcin de
DNA purificado plantilla y an ms protenas (incluyendo la cromatina-remodelacin de complejos e
histona acetiltransferasas) para iniciar la transcripcin en su plantilla de cromatina dentro de la clula.
Durante la fase de elongacin de la transcripcin, el RNA naciente sufre tres tipos de procesamiento
de eventos: un especial nucletido se agrega a su extremo 5 (tapado), secuencias del intrn se extraen
de la mitad de la molcula del RNA (splicing), y el extremo 3 ' del ARN se genera (escote y
poliadenilacin). Algunos de estos eventos de procesamiento de RNA que modificar la inicial de
RNA transcripcin (por ejemplo, los implicados en el splicing del RNA) se llevan a cabo
principalmente por las molculas de ARN pequeo especiales.
Para algunos genes, RNA es el producto final. En eucariotas, estos genes son generalmente transcrito
por cada ARN polimerasa I o ARN polimerasa III. ARN polimerasa convierte el ARN ribosmico.
Despus de su sntesis como un gran precursor, los rRNAs son qumicamente modificados, troceados
y montados en los ribosomas en el nucleolo, una estructura subnuclear distintiva que tambin ayuda a
procesar algunos pequeos RNA - complejos de laprotena en la clula. Estructuras subnuclear
adicionales (incluyendo cuerpos de Cajal y grnulo interchromatin clusters) son sitios donde los
componentes implicados en el procesamiento de RNA son montados, almacenados y reciclados.
De acuerdo con la editorial, este libro es accesible por la funcin de bsqueda, pero no puede ser
navegado.
Copyright 2002, Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts y
Peter Walter; Copyright 1983, 1989, 1994, Bruce Alberts, Dennis Bray, Julian Lewis, Martin Raff,
Keith Roberts y James D. Watson.